3V3I | Genus

Total Genus 70

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	70
Knots found	KnotProt 2.0: S +3₁
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	HWGFGKHNGPEHWHKDFPIAKGERQSPVDIDTHTAKYDPSLKPLSVSYDQATSLRILNNGHAFQVEFDDSQDKAVLKGGPLDGTYRLIQFHFHWGSHDGQGSEHTVDKKKYAAELHLVHWNTKYGDFGKAVQQPDGLAVLGIFLKVGSAKPGLQKVVDVLDSIKTKGKSADFTNFDPRGLLPESLDYWTYPGSLTTPPLLECVTWIVLKEPISVSSEQVSKFRKLNFNGEGEPEEPMVDNWRPAQPLKNRQIKASFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__732852630161295__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__732852630161295__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3v3i/B/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__732852630161295__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"732852630161295","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3v3i/B/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__732852630161295__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d033ec02dac8366b9bf7683/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d033ec02dac8366b9bf7683/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d033ec02dac8366b9bf7683/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d033ec02dac8366b9bf7683/pdb.gz): 81 ms

reading 257 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

257 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:256});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Kinetic and structural characterization of thermostabilized mutants of human carbonic anhydrase II. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Carbonic anhydrase 2
total genus	70
structure length	257
sequence length	257
other databases	KnotProt 2.0: S +3₁
ec nomenclature	ec 4.2.1.1: Carbonic anhydrase.
pdb deposition date	2011-12-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF00194	Carb_anhydrase	Eukaryotic-type carbonic anhydrase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.10.200.10	Alpha Beta	Roll	Carbonic Anhydrase II	Alpha carbonic anhydrase	3v3iB00

2NWZA 3RGEA 1IF5A 3ML2A 5E2SA 1RZDA 4RIUA 5IPZA 3KONA 4WL4A 4MTYA 2X7SA 3RZ1B 3DC3A 1IF9A 5FNMA 4L5VA 4C3TA 1V9EA 3DD8A 3RZ7A 1BN4A 4GL1X 1G6VA 4QSAA 3MHCA 1CZMA 1OKLA 3D0NA 4K0ZA 3TMJA 1I8ZA 2FOSA 5FLRA 4ZX0A 5FLTA 5FL5A 1I9OA 3NJ9A 3M40A 5JEGB 2FMZA 4HEWA 1CVBA 1BNWA 4RH2A 3ZNCA 3F7BA 5DRSA 2WEOA 2FNMA 4N16A 2AX2A 1CNXA 1BN3A 3VBDA 5AMGA 1H9NA 3RYXB 5G0CA 4ILXA 2NNSA 4Q7VA 2QP6A 3MMFA 3T84A 4CA2A 4FPTA 4Q7SA 5EH7A 1UGCA 1FSRA 4KNJA 5SZ0A 2POUA 4MDMA 4YYTA 4FVNA 1RZCA 3M1JA 4R5AA 5JG5B 1HEDA 7CA2A 2NWPA 4QJ0A 2FMGA 3P55A 4WUPA 3FW3A 4CNVA 3F4XA 3OY0A 2VVAX 3KOKA 5SZ2A 3D92A 4E3FA 4COQA 3M5TA 2WEJA 1HCBA 3EFTA 4YWPA 5BYIA 4KNIA 1RAYA 3U47A 5FL6A 3BL1A 1FLJA 2FOUA 3RZ8A 9CA2A 2GEHA 3M1WA 3MHIA 1G4JA 4MLXA 4BCWA 3M96A 1CCSA 2FOYA 2FW4A 2CABA 3IBNA 4JSZA 4WR7A 4YGJA 3JXGA 1CAYA 4FU5A 3U45X 4YXUA 3V7XA 4MLTA 4XIWA 2NN1A 1I9MA 3MNAA 1JD0A 4HT2A 3OYSA 5FLSA 1BNMA 5BNLA 5JG3B 5FNHA 2FOQA 5SZ5A 4CNWA 1KWRA 3GZ0A 3FFPX 3M14A 3V5GA 1AZMA 1LG5A 1LG6A 3B4FA 3N0NA 4HT0A 3K2FA 1G3ZA 1BNQA 1T9NA 5EHEA 1CNIA 4Q07A 1I9NA 1CCTA 4CNRA 4E9OX 1V9IC 4KP8A 3DCCA 1G4OA 1XPZA 1JV0A 3F7UA 4YGFA 2EU2A 3KWAA 2WD3A 3DVBA 3R16A 3MNHA 4Q87A 3R17B 3V2MA 4Q8ZA 5DSOA 4M2RA 3RLDA 4K0SA 3MNJA 1CANA 5EIJA 3DVCA 4QSIA 4QJXA 1BNVA 1CNBA 1HUHA 3N2PA 3NI5A 1CVFA 4TWLA 4PYXA 5SZ7A 1CVAA 1ZE8A 3MNIA 4N0XB 4Q0LA 1G52A 1YO2A 1CAZA 1RAZA 4MDGA 2HFWA 4L5WA 4PQ7A 5DSNA 3FE4A 3MHLA 1CNHA 1HUGA 4PYYA 4DZ9A 2CA2A 3K7KA 1FR4A 4X5SA 4Q8YA 3K34A 3UYNA 3SBHA 4JSSA 5JEHB 1XEGA 1Z9YA 1G0EA 3PO6A 3ZP9A 5E2NA 1UGDA 3M2NA 4FL7A 4Q49A 3DC9A 3P5LA 5E2KA 3M67A 1CNGA 3OYQA 4Q09A 4RUYA 1BCDA 4PXXA 4HEYA 1CAOA 12CAA 4LHIA 5DSPA 2WEGA 3V2JA 1TG9A 1HCAA 4ZWZA 3DD0A 1CVHA 1TTMA 1RZBA 4ZWIA 4QK1A 1KOQA 6CA2A 3T82A 1DCBA 1J9WA 3M1KA 3MZCA 4ZAOA 4KUWA 2H15A 1G1DA 4M2VA 5AMDA 4QIYA 1EOUA 4CQ0A 3D93A 5DSRA 3D8WA 4Q08A 2NXSA 3QYKA 4DZ7A 1XQ0A 4Z1KA 1CNJA 1TBTX 4RUXA 1MUAA 5EH8A 1G45A 3M98A 5FNIA 5FDCA 4TWMA 2X7TA 1I9QA 5DSKA 3TVNX 1G54A 1BV3A 2W2JA 5E2RA 4Q7WA 2NMXA 4Q9YA 4HF3A 1FR7A 1ZH9A 2FOVA 3RJ7A 5DOHA 3OKUA 2O4ZA 2ZNCA 4KNNA 1G48A 4FRCA 4ETQC 5C8IA 5L3OA 4Q99A 2GD8A 5EH5A 5HPJA 1ZGEA 3B1BA 5E2MA 1CA3A 1HEBA 3S9TA 1FSNA 4QJPA 2NNVA 1YO0A 2NXTA 1CVEA 2NXRA 5EKHA 4RUZA 1RJ6A 2OSMA 3MHOA 1ZNCA 4WUQA 3S72B 3DBUA 4QJWA 3KIGA 4JS6A 5FNKA 3S76A 1CNCA 3PYKA 2CBCA 1BN1A 2NWYA 4Q8XA 4BF6A 1G0FA 1OQ5A 1YDDA 5L6KA 3MNKA 4R59A 3DA2A 1OKNA 3MNUA 5EHWA 5SZ6A 1CNYA 5J8ZA 3OKVA 1YDBA 5BRWA 3SAXA 3P4VA 4Z1EA 4ZWYA 4YGLA 3P58A 1UGEA 3M3XA 3V3HB 1ZGFA 3IBLA 5FLPA 1H9QA 1LGDA 3KLDB 5G01A 3RYVB 3HLJA 3EFIA 1CCUA 1TEUX 4WW6A 1KEQA 3RG3A 3KOIA 1ZFKA 1HVAA 4KUVA 3ML5A 2X7UA 3M1QA 1Z93A 5JDVB 2VVBX 2CBDA 4Q7PA 3DV7A 4RN4A 3V3FA 3W6HA 5BRUA 3NB5A 3N4BA 4QIZA 4QJMA 1BZMA 1ZSCA 3HFPA 4QTLA 5A25A 2F14A 1CVDA 1UGAA 1YDAA 3TVOX 1TH9A 3P5AA 1Y7WA 1BICA 4ITOA 4MO8A 1CNKA 1BNTA 5CACA 2H4NA 1TEQX 5DSLA 3RYZA 2NWOA 3S97A 1CILA 2HNCA 4XE1A 2NN7A 3T5ZA 4XFWA 2CBBA 2Q38A 4ZX1A 3OIMA 3S75B 3BETA 3RZ5A 2EU3A 2ILIA 4QSBA 3RG4A 3RYJB 3D9ZA 1CAHA 5EZTX 1CVCA 3BL0A 4CNXA 4Q81A 3SAPA 3T85A 3CAJA 5G03A 3HKNA 5SZ4A 1HEAA 2POWA 4MDLA 4FVOA 1URTA 4YVYA 4L5UA 1AVNA 2CBAA 3M04A 8CA2A 4Q6DA 4XIXA 4QK3A 3SBIA 4KP5A 1I91A 3MYQA 4ZWXA 3CZVA 5FLOA 5DVXA 3S77B 2CBEA 1BNNA 1A42A 5DSIA 5CJFA 5AMLA 1CAJA 3P3HA 1FQNA 2ABEA 2FNNA 3V3GB 3IEOA 1KWQA 1FQRA 3LXEA 4R5BA 2NNOA 1THKA 4YHAA 2HKKA 1TE3X 3S78B 2Q1BA 5JQTA 3IAIA 4XZ5A 5SZ3A 1AM6A 1TB0X 4YGNA 4Q90A 3U7CA 3KKXA 4E5QA 2POVA 3P3JA 2HD6A 4G7AA 5SZ1A 3DCWA 4K0TA 5FDIA 1JCZA 5CA2A 3V3JA 1G53A 2WD2A 5FLQA 2AW1A 2Q1QA 3KS3A 4G0CA 5DSJA 4M2WA 1ZFQA 3KNEA 1CRAA 2OSFA 4Z1JA 1FQLA 1Z97A 4YGKA 5JQ0A 3MDZA 1CA2A 3L14A 3C7PA 3JXHC 1DMXA 1RZEA 1CAMA 1CINA 4Z0QA 1FQMA 5G0BA 3M5SA 1TG3A 5E28A 1UGFA 1IF6A 3HKTA 3MWOA 5DSQA 2QOAA 5LMDA 4BF1A 3P44A 1DCAA 3IBUA 1I90A 3DCSA 3DVDA 3S71B 5FNJA 2QO8A 1CRMA 4KAPA 4LP6A 1IF4A 5FNGA 5E5UA 5JGTB 3M5EA 3MHMA 3OILA 2HOCA 4IDRX 3IGPA 4KV0A 5EHVA 4ITPA 4RFDA 5EKJA 4E4AA 4E3GA 5DSMA 3S73B 3M2XA 3N3JA 5JEPB 1YDCA 5JGSB 4JSWA 5BRVA 4Q78A 5CLUA 4QSJA 3OIKA 5FL4A 1DMYA 3HKQA 3T83A 5JESB 3T5UA 4K1QA 1MOOA 4FIKA 4LU3A 4E3HA 3IBIA 3UYQA 4KUYA 4RFCA 1H4NA 3HKUA 1CALA 3W6IA 4QEFA 3Q31A 1CAIA 3HS4A 4KNMA 1FSQA 1IF7A 1YO1A 1UGGA 4YXOA 4PZHA 1LZVA 4K13A 3JXFA 4E3DA 3M2YA 4QY3A 1UGBA 2IT4A 2HL4A 1BNUA 3S8XA 5E5RA 2EZ7A 1ZSBA 4HU1A 3M2ZA 1CAKA 4QK2A 3DAZA 5EKMA 4Y0JA 5A6HA 1IF8A 1F2WA 5FNLA 2NNGA 1I9PA 4QJOA 1HECA 4Q83A 4M2UA 3S74B 1G46A 4HBAA 3F8EA 4CACA 4RIVA 1LUGA 4YX4A 4Z1NA 3RZ0B 4YXIA 3CYUA 1RZAA 1ZSAA 3V3IB 1RJ5A 1CNWA 3U3AX 4JSAA 1I9LA 4UOVA 3RYYA 1XEVA 1KOPA 2WEHA 5EOIA 4E49A 2FNKA 4Q6EA 3PJJA 4HEZA 1CIMA 5DOGA 4IWZA 3CA2A 1OKMA 4WW8A 4Q06A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2NWZ A;  3RGE A;  1IF5 A;  3ML2 A;  5E2S A;  1RZD A;  4RIU A;  5IPZ A;  3KON A;  4WL4 A;  4MTY A;  2X7S A;  3RZ1 B;  3DC3 A;  1IF9 A;  5FNM A;  4L5V A;  4C3T A;  1V9E A;  3DD8 A;  3RZ7 A;  1BN4 A;  4GL1 X;  1G6V A;  4QSA A;  3MHC A;  1CZM A;  1OKL A;  3D0N A;  4K0Z A;  3TMJ A;  1I8Z A;  2FOS A;  5FLR A;  4ZX0 A;  5FLT A;  5FL5 A;  1I9O A;  3NJ9 A;  3M40 A;  5JEG B;  2FMZ A;  4HEW A;  1CVB A;  1BNW A;  4RH2 A;  3ZNC A;  3F7B A;  5DRS A;  2WEO A;  2FNM A;  4N16 A;  2AX2 A;  1CNX A;  1BN3 A;  3VBD A;  5AMG A;  1H9N A;  3RYX B;  5G0C A;  4ILX A;  2NNS A;  4Q7V A;  2QP6 A;  3MMF A;  3T84 A;  4CA2 A;  4FPT A;  4Q7S A;  5EH7 A;  1UGC A;  1FSR A;  4KNJ A;  5SZ0 A;  2POU A;  4MDM A;  4YYT A;  4FVN A;  1RZC A;  3M1J A;  4R5A A;  5JG5 B;  1HED A;  7CA2 A;  2NWP A;  4QJ0 A;  2FMG A;  3P55 A;  4WUP A;  3FW3 A;  4CNV A;  3F4X A;  3OY0 A;  2VVA X;  3KOK A;  5SZ2 A;  3D92 A;  4E3F A;  4COQ A;  3M5T A;  2WEJ A;  1HCB A;  3EFT A;  4YWP A;  5BYI A;  4KNI A;  1RAY A;  3U47 A;  5FL6 A;  3BL1 A;  1FLJ A;  2FOU A;  3RZ8 A;  9CA2 A;  2GEH A;  3M1W A;  3MHI A;  1G4J A;  4MLX A;  4BCW A;  3M96 A;  1CCS A;  2FOY A;  2FW4 A;  2CAB A;  3IBN A;  4JSZ A;  4WR7 A;  4YGJ A;  3JXG A;  1CAY A;  4FU5 A;  3U45 X;  4YXU A;  3V7X A;  4MLT A;  4XIW A;  2NN1 A;  1I9M A;  3MNA A;  1JD0 A;  4HT2 A;  3OYS A;  5FLS A;  1BNM A;  5BNL A;  5JG3 B;  5FNH A;  2FOQ A;  5SZ5 A;  4CNW A;  1KWR A;  3GZ0 A;  3FFP X;  3M14 A;  3V5G A;  1AZM A;  1LG5 A;  1LG6 A;  3B4F A;  3N0N A;  4HT0 A;  3K2F A;  1G3Z A;  1BNQ A;  1T9N A;  5EHE A;  1CNI A;  4Q07 A;  1I9N A;  1CCT A;  4CNR A;  4E9O X;  1V9I C;  4KP8 A;  3DCC A;  1G4O A;  1XPZ A;  1JV0 A;  3F7U A;  4YGF A;  2EU2 A;  3KWA A;  2WD3 A;  3DVB A;  3R16 A;  3MNH A;  4Q87 A;  3R17 B;  3V2M A;  4Q8Z A;  5DSO A;  4M2R A;  3RLD A;  4K0S A;  3MNJ A;  1CAN A;  5EIJ A;  3DVC A;  4QSI A;  4QJX A;  1BNV A;  1CNB A;  1HUH A;  3N2P A;  3NI5 A;  1CVF A;  4TWL A;  4PYX A;  5SZ7 A;  1CVA A;  1ZE8 A;  3MNI A;  4N0X B;  4Q0L A;  1G52 A;  1YO2 A;  1CAZ A;  1RAZ A;  4MDG A;  2HFW A;  4L5W A;  4PQ7 A;  5DSN A;  3FE4 A;  3MHL A;  1CNH A;  1HUG A;  4PYY A;  4DZ9 A;  2CA2 A;  3K7K A;  1FR4 A;  4X5S A;  4Q8Y A;  3K34 A;  3UYN A;  3SBH A;  4JSS A;  5JEH B;  1XEG A;  1Z9Y A;  1G0E A;  3PO6 A;  3ZP9 A;  5E2N A;  1UGD A;  3M2N A;  4FL7 A;  4Q49 A;  3DC9 A;  3P5L A;  5E2K A;  3M67 A;  1CNG A;  3OYQ A;  4Q09 A;  4RUY A;  1BCD A;  4PXX A;  4HEY A;  1CAO A;  12CA A;  4LHI A;  5DSP A;  2WEG A;  3V2J A;  1TG9 A;  1HCA A;  4ZWZ A;  3DD0 A;  1CVH A;  1TTM A;  1RZB A;  4ZWI A;  4QK1 A;  1KOQ A;  6CA2 A;  3T82 A;  1DCB A;  1J9W A;  3M1K A;  3MZC A;  4ZAO A;  4KUW A;  2H15 A;  1G1D A;  4M2V A;  5AMD A;  4QIY A;  1EOU A;  4CQ0 A;  3D93 A;  5DSR A;  3D8W A;  4Q08 A;  2NXS A;  3QYK A;  4DZ7 A;  1XQ0 A;  4Z1K A;  1CNJ A;  1TBT X;  4RUX A;  1MUA A;  5EH8 A;  1G45 A;  3M98 A;  5FNI A;  5FDC A;  4TWM A;  2X7T A;  1I9Q A;  5DSK A;  3TVN X;  1G54 A;  1BV3 A;  2W2J A;  5E2R A;  4Q7W A;  2NMX A;  4Q9Y A;  4HF3 A;  1FR7 A;  1ZH9 A;  2FOV A;  3RJ7 A;  5DOH A;  3OKU A;  2O4Z A;  2ZNC A;  4KNN A;  1G48 A;  4FRC A;  4ETQ C;  5C8I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3V3IB

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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