1K73P

Co-crystal structure of anisomycin bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 34
Loading diagram...

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
34
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKTNPRLSSLIADLKSAARSSGGAVWGDVAERLEKPRRTHAEVNLGRIERYAQEDETVVVPGKVLGSGVLQKDVTVAAVDFSGTAETKIDQVGEAVSLEQAIENNPEGSHVRVIR
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
total genus 34
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
P PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1k73P00
3CCRL 3I56O 3CMAL 1VQPO 3CC7O 3CCLO 3CMEL 2OTLO 1N8RP 1YJWL 1VQNL 3CCML 1YITO 1VQOO 3CCQO 1KD1P 3G4SO 1KD1M 3G71L 3I55O 1VQLO 3CCJL 1VQ4L 1YHQO 3G6EO 3CCVL 2QEXL 3CC2O 1VQKL 1QVFK 3CXCN 1K9MP 3CD6L 1YI2L 1Q7YP 3CMAO 1VQ9L 1M90P 1NJIM 3CMEO 3CPWN 1M90M 3OW2N 1Q82P 1Q82M 3CCUO 1VQ8L 1VQML 1N8RM 1YJ9O 1W2BN 1VQ4O 2OTJL 1Q81P 1S72L 1Q81M 1JJ2N 2QEXO 1K73P 3CCEL 1K73M 1YIJL 2QA4O 1VQ6O 1Q86P 1KQSN 1Q86M 3OW2K 1QVGN 1VQ9O 3CC4L 1K9MM 3CCRO 1Q7YM 1YJNL 1YJWO 1VQNO 3CCLL 3CCMO 1K8AP 1M1KP 2OTLL 1M1KM 1VQ5L 2OTJO 3G71O 1VQOL 3G4SL 3CCJO 1S72O 3I55L 1VQLL 3CCEO 1VQ7L 1YIJO 3CCVO 1YHQL 3CXCK 3G6EL 1VQKO 3CCSL 3CC4O 3CD6O 3CPWK 1KC8P 1YI2O 1KC8M 1QVFN 1YJNO 1VQ8O 3I56L 1VQ5O 1VQMO 3CCUL 3CC7L 1VQPL 1W2BK 1JJ2K 1K8AM 1YJ9L 1YITL 3CCQL 1VQ7O 1KQSK 1QVGK 3CCSO 2QA4L 1VQ6L 3CC2L 1NJIP
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CCRL 3I56O 3CMAL 1VQPO 3CC7O 3CCLO 3CMEL 2OTLO 1N8RP 1YJWL 1VQNL 3CCML 1YITO 1VQOO 3CCQO 1KD1P 5DS6A 3G4SO 1KD1M 3G71L 3I55O 4N06A 1VQLO 3CCJL 1VQ4L 1YHQO 3G6EO 3CCVL 2QEXL 3CC2O 1VQKL 1QVFK 3CXCN 1K9MP 3CD6L 4P6IC 1YI2L 1Q7YP 3CMAO 1VQ9L 1M90P 1NJIM 3CMEO 3CPWN 1M90M 3OW2N 1Q82P 1Q82M 3CCUO 1VQ8L 1VQML 1N8RM 1YJ9O 4W8KA 1W2BN 1VQ4O 2OTJL 1Q81P 1S72L 1Q81M 1JJ2N 2QEXO 1K73P 3CCEL 1K73M 1YIJL 2QA4O 1VQ6O 1Q86P 5DLJA 1KQSN 1Q86M 3OW2K 1QVGN 1VQ9O 5DQTA 3CC4L 5DS4A 1K9MM 3CCRO 1Q7YM 1YJNL 3NKDA 5DS5A 1YJWO 1VQNO 3CCLL 3CCMO 1K8AP 1M1KP 2OTLL 3GODA 1M1KM 1VQ5L 2OTJO 3G71O 1VQOL 3G4SL 3CCJO 1S72O 3I55L 2YZSA 1VQLL 3CCEO 1VQ7L 1YIJO 3CCVO 1YHQL 3CXCK 3G6EL 1VQKO 3CCSL 3CC4O 3CD6O 3CPWK 1KC8P 1YI2O 1KC8M 1QVFN 1YJNO 4XTKA 5FCLA 1VQ8O 3I56L 1VQ5O 1VQMO 3CCUL 3CC7L 1VQPL 1W2BK 1JJ2K 1K8AM 1YJ9L 1YITL 4QDLA 3CCQL 1VQ7O 1KQSK 4WJ0A 1QVGK 5DQZA 3CCSO 2QA4L 1VQ6L 3CC2L 1NJIP
chains in the Genus database with same CATH topology
3CCRL 3I56O 3CMAL 1VQPO 3CC7O 3CCLO 3CMEL 2OTLO 1N8RP 1YJWL 1VQNL 3CCML 1YITO 1VQOO 3CCQO 1KD1P 5DS6A 3G4SO 1KD1M 3G71L 3I55O 4N06A 1VQLO 3CCJL 1VQ4L 1YHQO 3G6EO 3CCVL 2QEXL 3CC2O 1VQKL 1QVFK 3CXCN 1K9MP 3CD6L 4P6IC 1YI2L 1Q7YP 3CMAO 1VQ9L 1M90P 1NJIM 3CMEO 3CPWN 1M90M 3OW2N 1Q82P 1Q82M 3CCUO 1VQ8L 1VQML 1N8RM 1YJ9O 4W8KA 1W2BN 1VQ4O 2OTJL 1Q81P 1S72L 1Q81M 1JJ2N 2QEXO 1K73P 3CCEL 1K73M 1YIJL 2QA4O 1VQ6O 1Q86P 5DLJA 1KQSN 1Q86M 3OW2K 1QVGN 1VQ9O 5DQTA 3CC4L 5DS4A 1K9MM 3CCRO 1Q7YM 1YJNL 3NKDA 5DS5A 1YJWO 1VQNO 3CCLL 3CCMO 1K8AP 1M1KP 2OTLL 3GODA 1M1KM 1VQ5L 2OTJO 3G71O 1VQOL 3G4SL 3CCJO 1S72O 3I55L 2YZSA 1VQLL 3CCEO 1VQ7L 1YIJO 3CCVO 1YHQL 3CXCK 3G6EL 1VQKO 3CCSL 3CC4O 3CD6O 3CPWK 1KC8P 1YI2O 1KC8M 1QVFN 1YJNO 4XTKA 5FCLA 1VQ8O 3I56L 1VQ5O 1VQMO 3CCUL 3CC7L 1VQPL 1W2BK 1JJ2K 1K8AM 1YJ9L 1YITL 4QDLA 3CCQL 1VQ7O 1KQSK 4WJ0A 1QVGK 5DQZA 3CCSO 2QA4L 1VQ6L 3CC2L 1NJIP
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCR L;  3I56 O;  3CMA L;  1VQP O;  3CC7 O;  3CCL O;  3CME L;  2OTL O;  1N8R P;  1YJW L;  1VQN L;  3CCM L;  1YIT O;  1VQO O;  3CCQ O;  1KD1 P;  3G4S O;  1KD1 M;  3G71 L;  3I55 O;  1VQL O;  3CCJ L;  1VQ4 L;  1YHQ O;  3G6E O;  3CCV L;  2QEX L;  3CC2 O;  1VQK L;  1QVF K;  3CXC N;  1K9M P;  3CD6 L;  1YI2 L;  1Q7Y P;  3CMA O;  1VQ9 L;  1M90 P;  1NJI M;  3CME O;  3CPW N;  1M90 M;  3OW2 N;  1Q82 P;  1Q82 M;  3CCU O;  1VQ8 L;  1VQM L;  1N8R M;  1YJ9 O;  1W2B N;  1VQ4 O;  2OTJ L;  1Q81 P;  1S72 L;  1Q81 M;  1JJ2 N;  2QEX O;  1K73 P;  3CCE L;  1K73 M;  1YIJ L;  2QA4 O;  1VQ6 O;  1Q86 P;  1KQS N;  1Q86 M;  3OW2 K;  1QVG N;  1VQ9 O;  3CC4 L;  1K9M M;  3CCR O;  1Q7Y M;  1YJN L;  1YJW O;  1VQN O;  3CCL L;  3CCM O;  1K8A P;  1M1K P;  2OTL L;  1M1K M;  1VQ5 L;  2OTJ O;  3G71 O;  1VQO L;  3G4S L;  3CCJ O;  1S72 O;  3I55 L;  1VQL L;  3CCE O;  1VQ7 L;  1YIJ O;  3CCV O;  1YHQ L;  3CXC K;  3G6E L;  1VQK O;  3CCS L;  3CC4 O;  3CD6 O;  3CPW K;  1KC8 P;  1YI2 O;  1KC8 M;  1QVF N;  1YJN O;  1VQ8 O;  3I56 L;  1VQ5 O;  1VQM O;  3CCU L;  3CC7 L;  1VQP L;  1W2B K;  1JJ2 K;  1K8A M;  1YJ9 L;  1YIT L;  3CCQ L;  1VQ7 O;  1KQS K;  1QVG K;  3CCS O;  2QA4 L;  1VQ6 L;  3CC2 L;  1NJI P; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CCR L;  3I56 O;  3CMA L;  1VQP O;  3CC7 O;  3CCL O;  3CME L;  2OTL O;  1N8R P;  1YJW L;  1VQN L;  3CCM L;  1YIT O;  1VQO O;  3CCQ O;  1KD1 P;  5DS6 A;  3G4S O;  1KD1 M;  3G71 L;  3I55 O;  4N06 A;  1VQL O;  3CCJ L;  1VQ4 L;  1YHQ O;  3G6E O;  3CCV L;  2QEX L;  3CC2 O;  1VQK L;  1QVF K;  3CXC N;  1K9M P;  3CD6 L;  4P6I C;  1YI2 L;  1Q7Y P;  3CMA O;  1VQ9 L;  1M90 P;  1NJI M;  3CME O;  3CPW N;  1M90 M;  3OW2 N;  1Q82 P;  1Q82 M;  3CCU O;  1VQ8 L;  1VQM L;  1N8R M;  1YJ9 O;  4W8K A;  1W2B N;  1VQ4 O;  2OTJ L;  1Q81 P;  1S72 L;  1Q81 M;  1JJ2 N;  2QEX O;  1K73 P;  3CCE L;  1K73 M;  1YIJ L;  2QA4 O;  1VQ6 O;  1Q86 P;  5DLJ A;  1KQS N;  1Q86 M;  3OW2 K;  1QVG N;  1VQ9 O;  5DQT A;  3CC4 L;  5DS4 A;  1K9M M;  3CCR O;  1Q7Y M;  1YJN L;  3NKD A;  5DS5 A;  1YJW O;  1VQN O;  3CCL L;  3CCM O;  1K8A P;  1M1K P;  2OTL L;  3GOD A;  1M1K M;  1VQ5 L;  2OTJ O;  3G71 O;  1VQO L;  3G4S L;  3CCJ O;  1S72 O;  3I55 L;  2YZS A;  1VQL L;  3CCE O;  1VQ7 L;  1YIJ O;  3CCV O;  1YHQ L;  3CXC K;  3G6E L;  1VQK O;  3CCS L;  3CC4 O;  3CD6 O;  3CPW K;  1KC8 P;  1YI2 O;  1KC8 M;  1QVF N;  1YJN O;  4XTK A;  5FCL A;  1VQ8 O;  3I56 L;  1VQ5 O;  1VQM O;  3CCU L;  3CC7 L;  1VQP L;  1W2B K;  1JJ2 K;  1K8A M;  1YJ9 L;  1YIT L;  4QDL A;  3CCQ L;  1VQ7 O;  1KQS K;  4WJ0 A;  1QVG K;  5DQZ A;  3CCS O;  2QA4 L;  1VQ6 L;  3CC2 L;  1NJI P; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3CCR L;  3I56 O;  3CMA L;  1VQP O;  3CC7 O;  3CCL O;  3CME L;  2OTL O;  1N8R P;  1YJW L;  1VQN L;  3CCM L;  1YIT O;  1VQO O;  3CCQ O;  1KD1 P;  5DS6 A;  3G4S O;  1KD1 M;  3G71 L;  3I55 O;  4N06 A;  1VQL O;  3CCJ L;  1VQ4 L;  1YHQ O;  3G6E O;  3CCV L;  2QEX L;  3CC2 O;  1VQK L;  1QVF K;  3CXC N;  1K9M P;  3CD6 L;  4P6I C;  1YI2 L;  1Q7Y P;  3CMA O;  1VQ9 L;  1M90 P;  1NJI M;  3CME O;  3CPW N;  1M90 M;  3OW2 N;  1Q82 P;  1Q82 M;  3CCU O;  1VQ8 L;  1VQM L;  1N8R M;  1YJ9 O;  4W8K A;  1W2B N;  1VQ4 O;  2OTJ L;  1Q81 P;  1S72 L;  1Q81 M;  1JJ2 N;  2QEX O;  1K73 P;  3CCE L;  1K73 M;  1YIJ L;  2QA4 O;  1VQ6 O;  1Q86 P;  5DLJ A;  1KQS N;  1Q86 M;  3OW2 K;  1QVG N;  1VQ9 O;  5DQT A;  3CC4 L;  5DS4 A;  1K9M M;  3CCR O;  1Q7Y M;  1YJN L;  3NKD A;  5DS5 A;  1YJW O;  1VQN O;  3CCL L;  3CCM O;  1K8A P;  1M1K P;  2OTL L;  3GOD A;  1M1K M;  1VQ5 L;  2OTJ O;  3G71 O;  1VQO L;  3G4S L;  3CCJ O;  1S72 O;  3I55 L;  2YZS A;  1VQL L;  3CCE O;  1VQ7 L;  1YIJ O;  3CCV O;  1YHQ L;  3CXC K;  3G6E L;  1VQK O;  3CCS L;  3CC4 O;  3CD6 O;  3CPW K;  1KC8 P;  1YI2 O;  1KC8 M;  1QVF N;  1YJN O;  4XTK A;  5FCL A;  1VQ8 O;  3I56 L;  1VQ5 O;  1VQM O;  3CCU L;  3CC7 L;  1VQP L;  1W2B K;  1JJ2 K;  1K8A M;  1YJ9 L;  1YIT L;  4QDL A;  3CCQ L;  1VQ7 O;  1KQS K;  4WJ0 A;  1QVG K;  5DQZ A;  3CCS O;  2QA4 L;  1VQ6 L;  3CC2 L;  1NJI P; 
...loading similar chains, please wait...
similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)

 
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
#similar chains, but unknotted
...loading similar chains, please wait...
#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...