1VQLO

The structure of the transition state analogue "dcsn" bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 34
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
34
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKTNPRLSSLIADLKSAARSSGGAVWGDVAERLEKPRRTHAEVNLGRIERYAQEDETVVVPGKVLGSGVLQKDVTVAAVDFSGTAETKIDQVGEAVSLEQAIENNPEGSHVRVIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 34
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1vqlO00
1YJWO 1VQLL 3CMAO 1K9MM 3G6EL 1VQ5O 2OTJO 3I56L 1VQMO 1YIJL 1VQ4L 1S72O 1VQKL 3CCQO 3G71L 1YJNO 1K9MP 3G6EO 3OW2K 1QVGN 1YJWL 3CMAL 3I55O 1NJIM 1VQPL 1VQ5L 1YIJO 1VQKO 1VQML 3G71O 1M1KM 1S72L 1YITO 1KQSK 3CCQL 3CXCK 1JJ2K 1Q81M 1K8AM 1Q86M 1VQ8L 1NJIP 1QVFK 3G4SL 1VQPO 3CC4O 1M90M 1VQOO 3I55L 3CCEL 1W2BN 3CPWN 1M1KP 3CC2O 3CMEL 1VQNO 1YITL 1VQ7O 1Q81P 1K8AP 1Q86P 1VQ8O 3G4SO 1Q82P 1M90P 3CCEO 1KD1M 3CD6O 3CC4L 1VQOL 1KC8M 2QEXL 1VQ9L 3CMEO 3OW2N 1Q7YM 3CC2L 1YJ9L 3CCLL 1N8RM 1VQ6O 1VQNL 1VQ7L 1KD1P 1Q82M 2QEXO 1KC8P 1KQSN 1VQ9O 3CD6L 3CXCN 3CCJL 1JJ2N 1Q7YP 2QA4L 1YJ9O 1QVFN 3CCLO 1N8RP 3CCVL 1VQ6L 3CCRL 3CPWK 3CCJO 2OTLL 2QA4O 3CCUL 3CCVO 3CCRO 1QVGK 3CC7L 3CCSL 1YI2O 3CCML 2OTLO 1VQLO 1YHQL 3CCUO 1K73M 3I56O 3CC7O 3CCSO 1VQ4O 2OTJL 3CCMO 1YI2L 1W2BK 1YHQO 1YJNL 1K73P
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YJWO 1VQLL 3CMAO 5DS4A 1K9MM 3G6EL 1VQ5O 2OTJO 5DQTA 3I56L 1VQMO 1YIJL 1VQ4L 1S72O 1VQKL 3NKDA 3CCQO 3G71L 1YJNO 1K9MP 3G6EO 3OW2K 1QVGN 1YJWL 3CMAL 3I55O 1NJIM 1VQPL 1VQ5L 1YIJO 1VQKO 4N06A 1VQML 3G71O 1M1KM 4XTKA 1S72L 1YITO 1KQSK 3CCQL 3CXCK 1JJ2K 5FCLA 3GODA 1Q81M 1K8AM 1Q86M 1VQ8L 1NJIP 1QVFK 3G4SL 1VQPO 3CC4O 1M90M 1VQOO 3I55L 3CCEL 1W2BN 3CPWN 1M1KP 5DS6A 3CC2O 3CMEL 1VQNO 2YZSA 1YITL 1VQ7O 1Q81P 1K8AP 1Q86P 1VQ8O 5DS5A 3G4SO 1Q82P 1M90P 3CCEO 1KD1M 3CD6O 3CC4L 1VQOL 1KC8M 2QEXL 4QDLA 1VQ9L 3CMEO 3OW2N 1Q7YM 3CC2L 1YJ9L 3CCLL 1N8RM 1VQ6O 1VQNL 1VQ7L 1KD1P 1Q82M 2QEXO 1KC8P 1KQSN 1VQ9O 3CD6L 3CXCN 3CCJL 1JJ2N 4WJ0A 1Q7YP 5DQZA 2QA4L 1YJ9O 1QVFN 3CCLO 1N8RP 3CCVL 4P6IC 1VQ6L 3CCRL 5DLJA 3CPWK 3CCJO 2OTLL 2QA4O 3CCUL 3CCVO 4W8KA 3CCRO 1QVGK 3CC7L 3CCSL 1YI2O 3CCML 2OTLO 1VQLO 1YHQL 3CCUO 1K73M 3I56O 3CC7O 3CCSO 1VQ4O 2OTJL 3CCMO 1YI2L 1W2BK 1YHQO 1YJNL 1K73P
chains in the Genus database with same CATH topology
1YJWO 1VQLL 3CMAO 5DS4A 1K9MM 3G6EL 1VQ5O 2OTJO 5DQTA 3I56L 1VQMO 1YIJL 1VQ4L 1S72O 1VQKL 3NKDA 3CCQO 3G71L 1YJNO 1K9MP 3G6EO 3OW2K 1QVGN 1YJWL 3CMAL 3I55O 1NJIM 1VQPL 1VQ5L 1YIJO 1VQKO 4N06A 1VQML 3G71O 1M1KM 4XTKA 1S72L 1YITO 1KQSK 3CCQL 3CXCK 1JJ2K 5FCLA 3GODA 1Q81M 1K8AM 1Q86M 1VQ8L 1NJIP 1QVFK 3G4SL 1VQPO 3CC4O 1M90M 1VQOO 3I55L 3CCEL 1W2BN 3CPWN 1M1KP 5DS6A 3CC2O 3CMEL 1VQNO 2YZSA 1YITL 1VQ7O 1Q81P 1K8AP 1Q86P 1VQ8O 5DS5A 3G4SO 1Q82P 1M90P 3CCEO 1KD1M 3CD6O 3CC4L 1VQOL 1KC8M 2QEXL 4QDLA 1VQ9L 3CMEO 3OW2N 1Q7YM 3CC2L 1YJ9L 3CCLL 1N8RM 1VQ6O 1VQNL 1VQ7L 1KD1P 1Q82M 2QEXO 1KC8P 1KQSN 1VQ9O 3CD6L 3CXCN 3CCJL 1JJ2N 4WJ0A 1Q7YP 5DQZA 2QA4L 1YJ9O 1QVFN 3CCLO 1N8RP 3CCVL 4P6IC 1VQ6L 3CCRL 5DLJA 3CPWK 3CCJO 2OTLL 2QA4O 3CCUL 3CCVO 4W8KA 3CCRO 1QVGK 3CC7L 3CCSL 1YI2O 3CCML 2OTLO 1VQLO 1YHQL 3CCUO 1K73M 3I56O 3CC7O 3CCSO 1VQ4O 2OTJL 3CCMO 1YI2L 1W2BK 1YHQO 1YJNL 1K73P
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YJW O;  1VQL L;  3CMA O;  1K9M M;  3G6E L;  1VQ5 O;  2OTJ O;  3I56 L;  1VQM O;  1YIJ L;  1VQ4 L;  1S72 O;  1VQK L;  3CCQ O;  3G71 L;  1YJN O;  1K9M P;  3G6E O;  3OW2 K;  1QVG N;  1YJW L;  3CMA L;  3I55 O;  1NJI M;  1VQP L;  1VQ5 L;  1YIJ O;  1VQK O;  1VQM L;  3G71 O;  1M1K M;  1S72 L;  1YIT O;  1KQS K;  3CCQ L;  3CXC K;  1JJ2 K;  1Q81 M;  1K8A M;  1Q86 M;  1VQ8 L;  1NJI P;  1QVF K;  3G4S L;  1VQP O;  3CC4 O;  1M90 M;  1VQO O;  3I55 L;  3CCE L;  1W2B N;  3CPW N;  1M1K P;  3CC2 O;  3CME L;  1VQN O;  1YIT L;  1VQ7 O;  1Q81 P;  1K8A P;  1Q86 P;  1VQ8 O;  3G4S O;  1Q82 P;  1M90 P;  3CCE O;  1KD1 M;  3CD6 O;  3CC4 L;  1VQO L;  1KC8 M;  2QEX L;  1VQ9 L;  3CME O;  3OW2 N;  1Q7Y M;  3CC2 L;  1YJ9 L;  3CCL L;  1N8R M;  1VQ6 O;  1VQN L;  1VQ7 L;  1KD1 P;  1Q82 M;  2QEX O;  1KC8 P;  1KQS N;  1VQ9 O;  3CD6 L;  3CXC N;  3CCJ L;  1JJ2 N;  1Q7Y P;  2QA4 L;  1YJ9 O;  1QVF N;  3CCL O;  1N8R P;  3CCV L;  1VQ6 L;  3CCR L;  3CPW K;  3CCJ O;  2OTL L;  2QA4 O;  3CCU L;  3CCV O;  3CCR O;  1QVG K;  3CC7 L;  3CCS L;  1YI2 O;  3CCM L;  2OTL O;  1VQL O;  1YHQ L;  3CCU O;  1K73 M;  3I56 O;  3CC7 O;  3CCS O;  1VQ4 O;  2OTJ L;  3CCM O;  1YI2 L;  1W2B K;  1YHQ O;  1YJN L;  1K73 P; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1YJW O;  1VQL L;  3CMA O;  5DS4 A;  1K9M M;  3G6E L;  1VQ5 O;  2OTJ O;  5DQT A;  3I56 L;  1VQM O;  1YIJ L;  1VQ4 L;  1S72 O;  1VQK L;  3NKD A;  3CCQ O;  3G71 L;  1YJN O;  1K9M P;  3G6E O;  3OW2 K;  1QVG N;  1YJW L;  3CMA L;  3I55 O;  1NJI M;  1VQP L;  1VQ5 L;  1YIJ O;  1VQK O;  4N06 A;  1VQM L;  3G71 O;  1M1K M;  4XTK A;  1S72 L;  1YIT O;  1KQS K;  3CCQ L;  3CXC K;  1JJ2 K;  5FCL A;  3GOD A;  1Q81 M;  1K8A M;  1Q86 M;  1VQ8 L;  1NJI P;  1QVF K;  3G4S L;  1VQP O;  3CC4 O;  1M90 M;  1VQO O;  3I55 L;  3CCE L;  1W2B N;  3CPW N;  1M1K P;  5DS6 A;  3CC2 O;  3CME L;  1VQN O;  2YZS A;  1YIT L;  1VQ7 O;  1Q81 P;  1K8A P;  1Q86 P;  1VQ8 O;  5DS5 A;  3G4S O;  1Q82 P;  1M90 P;  3CCE O;  1KD1 M;  3CD6 O;  3CC4 L;  1VQO L;  1KC8 M;  2QEX L;  4QDL A;  1VQ9 L;  3CME O;  3OW2 N;  1Q7Y M;  3CC2 L;  1YJ9 L;  3CCL L;  1N8R M;  1VQ6 O;  1VQN L;  1VQ7 L;  1KD1 P;  1Q82 M;  2QEX O;  1KC8 P;  1KQS N;  1VQ9 O;  3CD6 L;  3CXC N;  3CCJ L;  1JJ2 N;  4WJ0 A;  1Q7Y P;  5DQZ A;  2QA4 L;  1YJ9 O;  1QVF N;  3CCL O;  1N8R P;  3CCV L;  4P6I C;  1VQ6 L;  3CCR L;  5DLJ A;  3CPW K;  3CCJ O;  2OTL L;  2QA4 O;  3CCU L;  3CCV O;  4W8K A;  3CCR O;  1QVG K;  3CC7 L;  3CCS L;  1YI2 O;  3CCM L;  2OTL O;  1VQL O;  1YHQ L;  3CCU O;  1K73 M;  3I56 O;  3CC7 O;  3CCS O;  1VQ4 O;  2OTJ L;  3CCM O;  1YI2 L;  1W2B K;  1YHQ O;  1YJN L;  1K73 P; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1YJW O;  1VQL L;  3CMA O;  5DS4 A;  1K9M M;  3G6E L;  1VQ5 O;  2OTJ O;  5DQT A;  3I56 L;  1VQM O;  1YIJ L;  1VQ4 L;  1S72 O;  1VQK L;  3NKD A;  3CCQ O;  3G71 L;  1YJN O;  1K9M P;  3G6E O;  3OW2 K;  1QVG N;  1YJW L;  3CMA L;  3I55 O;  1NJI M;  1VQP L;  1VQ5 L;  1YIJ O;  1VQK O;  4N06 A;  1VQM L;  3G71 O;  1M1K M;  4XTK A;  1S72 L;  1YIT O;  1KQS K;  3CCQ L;  3CXC K;  1JJ2 K;  5FCL A;  3GOD A;  1Q81 M;  1K8A M;  1Q86 M;  1VQ8 L;  1NJI P;  1QVF K;  3G4S L;  1VQP O;  3CC4 O;  1M90 M;  1VQO O;  3I55 L;  3CCE L;  1W2B N;  3CPW N;  1M1K P;  5DS6 A;  3CC2 O;  3CME L;  1VQN O;  2YZS A;  1YIT L;  1VQ7 O;  1Q81 P;  1K8A P;  1Q86 P;  1VQ8 O;  5DS5 A;  3G4S O;  1Q82 P;  1M90 P;  3CCE O;  1KD1 M;  3CD6 O;  3CC4 L;  1VQO L;  1KC8 M;  2QEX L;  4QDL A;  1VQ9 L;  3CME O;  3OW2 N;  1Q7Y M;  3CC2 L;  1YJ9 L;  3CCL L;  1N8R M;  1VQ6 O;  1VQN L;  1VQ7 L;  1KD1 P;  1Q82 M;  2QEX O;  1KC8 P;  1KQS N;  1VQ9 O;  3CD6 L;  3CXC N;  3CCJ L;  1JJ2 N;  4WJ0 A;  1Q7Y P;  5DQZ A;  2QA4 L;  1YJ9 O;  1QVF N;  3CCL O;  1N8R P;  3CCV L;  4P6I C;  1VQ6 L;  3CCR L;  5DLJ A;  3CPW K;  3CCJ O;  2OTL L;  2QA4 O;  3CCU L;  3CCV O;  4W8K A;  3CCR O;  1QVG K;  3CC7 L;  3CCS L;  1YI2 O;  3CCM L;  2OTL O;  1VQL O;  1YHQ L;  3CCU O;  1K73 M;  3I56 O;  3CC7 O;  3CCS O;  1VQ4 O;  2OTJ L;  3CCM O;  1YI2 L;  1W2B K;  1YHQ O;  1YJN L;  1K73 P; 
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