3CCQO

Structure of anisomycin resistant 50s ribosomal subunit: 23s rrna mutation a2488u
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKTNPRLSSLIADLKSAARSSGGAVWGDVAERLEKPRRTHAEVNLGRIERYAQEDETVVVPGKVLGSGVLQKDVTVAAVDFSGTAETKIDQVGEAVSLEQAIENNPEGSHVRVIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
publication title Mutations outside the anisomycin-binding site can make ribosomes drug-resistant.
pubmed doi rcsb
total genus 32
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 3ccqO00
1JJ2K 3G71L 1M90M 1QVGN 2OTLL 3CCVL 1S72L 1VQOL 3CCML 1VQ8L 3CXCK 3CCSL 1Q86P 3G71O 1YI2L 3G4SL 1KQSN 1M1KP 2OTLO 3CCVO 1VQOO 3CCMO 1YITO 1VQ8O 3CC7L 3G4SO 1VQKL 1YIJL 1Q7YM 1KD1P 3CD6L 3CCEO 1YJ9O 1KC8P 3CC4L 3CC7O 1VQKO 1VQ7L 1YJNL 1VQ4L 3CD6O 1Q82P 1K8AM 1VQ7O 2QEXO 3CMAL 1YJNO 1K73P 1VQ4O 3CCQL 1QVFK 3CCJL 3CMAO 1Q81M 3CCLL 1N8RP 1S72O 1VQ6L 3CCSO 3CCJO 1YI2O 2QA4L 1M90P 1W2BK 3OW2N 1VQ6O 1VQML 1VQNL 1YIJO 3CC2L 1K9MM 3CC4O 1VQMO 1QVGK 1JJ2N 1YJWL 1VQNO 3CPWK 3CC2O 3I55L 1Q7YP 1KQSK 1YHQL 1VQ9L 3CXCN 1NJIM 1QVFN 1VQLL 1VQ5L 1K8AP 1VQPL 3CCQO 1VQ5O 1Q86M 3CCLO 1M1KM 1VQPO 3I56L 2QA4O 1Q81P 3G6EL 1KD1M 3I56O 3CPWN 1YITL 1KC8M 3CCRL 2OTJL 3G6EO 3CMEL 1YJWO 1Q82M 3CCEL 3CCRO 1YJ9L 3I55O 2OTJO 3CMEO 1YHQO 1K9MP 3OW2K 1VQ9O 3CCUL 1K73M 1VQLO 1W2BN 3CCUO 2QEXL 1NJIP 1N8RM
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JJ2K 3G71L 1M90M 1QVGN 2OTLL 3CCVL 1S72L 1VQOL 3CCML 1VQ8L 3CXCK 2YZSA 3CCSL 3G71O 1Q86P 1YI2L 3G4SL 1KQSN 1M1KP 2OTLO 3CCVO 1VQOO 3CCMO 1YITO 1VQ8O 3CC7L 3G4SO 1VQKL 1YIJL 5DS6A 1Q7YM 1KD1P 4XTKA 3CD6L 3CCEO 1YJ9O 1KC8P 3CC4L 3CC7O 1VQKO 5DQZA 1VQ7L 1YJNL 1VQ4L 3CD6O 1Q82P 4P6IC 1K8AM 1VQ7O 2QEXO 3CMAL 1YJNO 1K73P 1VQ4O 3CCQL 1QVFK 4W8KA 3CCJL 3CMAO 1Q81M 3CCLL 1N8RP 5DS4A 1S72O 1VQ6L 5DS5A 3CCSO 3CCJO 1YI2O 2QA4L 1M90P 1W2BK 3OW2N 3NKDA 1VQ6O 1VQML 1VQNL 1YIJO 3CC2L 1K9MM 3CC4O 1VQMO 1QVGK 1JJ2N 1YJWL 1VQNO 3CPWK 3CC2O 3I55L 1Q7YP 1KQSK 5DQTA 1YHQL 1VQ9L 3CXCN 1NJIM 1QVFN 1VQLL 1VQ5L 1K8AP 1VQPL 3CCQO 4N06A 4QDLA 1VQ5O 1Q86M 3CCLO 1M1KM 1VQPO 3I56L 2QA4O 1Q81P 3G6EL 5DLJA 3I56O 1KD1M 3CPWN 1YITL 1KC8M 3CCRL 4WJ0A 2OTJL 3G6EO 3CMEL 1YJWO 1Q82M 3CCEL 3CCRO 1YJ9L 3I55O 5FCLA 2OTJO 3CMEO 1YHQO 1K9MP 3OW2K 1VQ9O 3CCUL 1K73M 1VQLO 1W2BN 3CCUO 2QEXL 1NJIP 1N8RM 3GODA
chains in the Genus database with same CATH topology
1JJ2K 3G71L 1M90M 1QVGN 2OTLL 3CCVL 1S72L 1VQOL 3CCML 1VQ8L 3CXCK 2YZSA 3CCSL 3G71O 1Q86P 1YI2L 3G4SL 1KQSN 1M1KP 2OTLO 3CCVO 1VQOO 3CCMO 1YITO 1VQ8O 3CC7L 3G4SO 1VQKL 1YIJL 5DS6A 1Q7YM 1KD1P 4XTKA 3CD6L 3CCEO 1YJ9O 1KC8P 3CC4L 3CC7O 1VQKO 5DQZA 1VQ7L 1YJNL 1VQ4L 3CD6O 1Q82P 4P6IC 1K8AM 1VQ7O 2QEXO 3CMAL 1YJNO 1K73P 1VQ4O 3CCQL 1QVFK 4W8KA 3CCJL 3CMAO 1Q81M 3CCLL 1N8RP 5DS4A 1S72O 1VQ6L 5DS5A 3CCSO 3CCJO 1YI2O 2QA4L 1M90P 1W2BK 3OW2N 3NKDA 1VQ6O 1VQML 1VQNL 1YIJO 3CC2L 1K9MM 3CC4O 1VQMO 1QVGK 1JJ2N 1YJWL 1VQNO 3CPWK 3CC2O 3I55L 1Q7YP 1KQSK 5DQTA 1YHQL 1VQ9L 3CXCN 1NJIM 1QVFN 1VQLL 1VQ5L 1K8AP 1VQPL 3CCQO 4N06A 4QDLA 1VQ5O 1Q86M 3CCLO 1M1KM 1VQPO 3I56L 2QA4O 1Q81P 3G6EL 5DLJA 3I56O 1KD1M 3CPWN 1YITL 1KC8M 3CCRL 4WJ0A 2OTJL 3G6EO 3CMEL 1YJWO 1Q82M 3CCEL 3CCRO 1YJ9L 3I55O 5FCLA 2OTJO 3CMEO 1YHQO 1K9MP 3OW2K 1VQ9O 3CCUL 1K73M 1VQLO 1W2BN 3CCUO 2QEXL 1NJIP 1N8RM 3GODA
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JJ2 K;  3G71 L;  1M90 M;  1QVG N;  2OTL L;  3CCV L;  1S72 L;  1VQO L;  3CCM L;  1VQ8 L;  3CXC K;  3CCS L;  1Q86 P;  3G71 O;  1YI2 L;  3G4S L;  1KQS N;  1M1K P;  2OTL O;  3CCV O;  1VQO O;  3CCM O;  1YIT O;  1VQ8 O;  3CC7 L;  3G4S O;  1VQK L;  1YIJ L;  1Q7Y M;  1KD1 P;  3CD6 L;  3CCE O;  1YJ9 O;  1KC8 P;  3CC4 L;  3CC7 O;  1VQK O;  1VQ7 L;  1YJN L;  1VQ4 L;  3CD6 O;  1Q82 P;  1K8A M;  1VQ7 O;  2QEX O;  3CMA L;  1YJN O;  1K73 P;  1VQ4 O;  3CCQ L;  1QVF K;  3CCJ L;  3CMA O;  1Q81 M;  3CCL L;  1N8R P;  1S72 O;  1VQ6 L;  3CCS O;  3CCJ O;  1YI2 O;  2QA4 L;  1M90 P;  1W2B K;  3OW2 N;  1VQ6 O;  1VQM L;  1VQN L;  1YIJ O;  3CC2 L;  1K9M M;  3CC4 O;  1VQM O;  1QVG K;  1JJ2 N;  1YJW L;  1VQN O;  3CPW K;  3CC2 O;  3I55 L;  1Q7Y P;  1KQS K;  1YHQ L;  1VQ9 L;  3CXC N;  1NJI M;  1QVF N;  1VQL L;  1VQ5 L;  1K8A P;  1VQP L;  3CCQ O;  1VQ5 O;  1Q86 M;  3CCL O;  1M1K M;  1VQP O;  3I56 L;  2QA4 O;  1Q81 P;  3G6E L;  1KD1 M;  3I56 O;  3CPW N;  1YIT L;  1KC8 M;  3CCR L;  2OTJ L;  3G6E O;  3CME L;  1YJW O;  1Q82 M;  3CCE L;  3CCR O;  1YJ9 L;  3I55 O;  2OTJ O;  3CME O;  1YHQ O;  1K9M P;  3OW2 K;  1VQ9 O;  3CCU L;  1K73 M;  1VQL O;  1W2B N;  3CCU O;  2QEX L;  1NJI P;  1N8R M; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JJ2 K;  3G71 L;  1M90 M;  1QVG N;  2OTL L;  3CCV L;  1S72 L;  1VQO L;  3CCM L;  1VQ8 L;  3CXC K;  2YZS A;  3CCS L;  3G71 O;  1Q86 P;  1YI2 L;  3G4S L;  1KQS N;  1M1K P;  2OTL O;  3CCV O;  1VQO O;  3CCM O;  1YIT O;  1VQ8 O;  3CC7 L;  3G4S O;  1VQK L;  1YIJ L;  5DS6 A;  1Q7Y M;  1KD1 P;  4XTK A;  3CD6 L;  3CCE O;  1YJ9 O;  1KC8 P;  3CC4 L;  3CC7 O;  1VQK O;  5DQZ A;  1VQ7 L;  1YJN L;  1VQ4 L;  3CD6 O;  1Q82 P;  4P6I C;  1K8A M;  1VQ7 O;  2QEX O;  3CMA L;  1YJN O;  1K73 P;  1VQ4 O;  3CCQ L;  1QVF K;  4W8K A;  3CCJ L;  3CMA O;  1Q81 M;  3CCL L;  1N8R P;  5DS4 A;  1S72 O;  1VQ6 L;  5DS5 A;  3CCS O;  3CCJ O;  1YI2 O;  2QA4 L;  1M90 P;  1W2B K;  3OW2 N;  3NKD A;  1VQ6 O;  1VQM L;  1VQN L;  1YIJ O;  3CC2 L;  1K9M M;  3CC4 O;  1VQM O;  1QVG K;  1JJ2 N;  1YJW L;  1VQN O;  3CPW K;  3CC2 O;  3I55 L;  1Q7Y P;  1KQS K;  5DQT A;  1YHQ L;  1VQ9 L;  3CXC N;  1NJI M;  1QVF N;  1VQL L;  1VQ5 L;  1K8A P;  1VQP L;  3CCQ O;  4N06 A;  4QDL A;  1VQ5 O;  1Q86 M;  3CCL O;  1M1K M;  1VQP O;  3I56 L;  2QA4 O;  1Q81 P;  3G6E L;  5DLJ A;  3I56 O;  1KD1 M;  3CPW N;  1YIT L;  1KC8 M;  3CCR L;  4WJ0 A;  2OTJ L;  3G6E O;  3CME L;  1YJW O;  1Q82 M;  3CCE L;  3CCR O;  1YJ9 L;  3I55 O;  5FCL A;  2OTJ O;  3CME O;  1YHQ O;  1K9M P;  3OW2 K;  1VQ9 O;  3CCU L;  1K73 M;  1VQL O;  1W2B N;  3CCU O;  2QEX L;  1NJI P;  1N8R M;  3GOD A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1JJ2 K;  3G71 L;  1M90 M;  1QVG N;  2OTL L;  3CCV L;  1S72 L;  1VQO L;  3CCM L;  1VQ8 L;  3CXC K;  2YZS A;  3CCS L;  3G71 O;  1Q86 P;  1YI2 L;  3G4S L;  1KQS N;  1M1K P;  2OTL O;  3CCV O;  1VQO O;  3CCM O;  1YIT O;  1VQ8 O;  3CC7 L;  3G4S O;  1VQK L;  1YIJ L;  5DS6 A;  1Q7Y M;  1KD1 P;  4XTK A;  3CD6 L;  3CCE O;  1YJ9 O;  1KC8 P;  3CC4 L;  3CC7 O;  1VQK O;  5DQZ A;  1VQ7 L;  1YJN L;  1VQ4 L;  3CD6 O;  1Q82 P;  4P6I C;  1K8A M;  1VQ7 O;  2QEX O;  3CMA L;  1YJN O;  1K73 P;  1VQ4 O;  3CCQ L;  1QVF K;  4W8K A;  3CCJ L;  3CMA O;  1Q81 M;  3CCL L;  1N8R P;  5DS4 A;  1S72 O;  1VQ6 L;  5DS5 A;  3CCS O;  3CCJ O;  1YI2 O;  2QA4 L;  1M90 P;  1W2B K;  3OW2 N;  3NKD A;  1VQ6 O;  1VQM L;  1VQN L;  1YIJ O;  3CC2 L;  1K9M M;  3CC4 O;  1VQM O;  1QVG K;  1JJ2 N;  1YJW L;  1VQN O;  3CPW K;  3CC2 O;  3I55 L;  1Q7Y P;  1KQS K;  5DQT A;  1YHQ L;  1VQ9 L;  3CXC N;  1NJI M;  1QVF N;  1VQL L;  1VQ5 L;  1K8A P;  1VQP L;  3CCQ O;  4N06 A;  4QDL A;  1VQ5 O;  1Q86 M;  3CCL O;  1M1K M;  1VQP O;  3I56 L;  2QA4 O;  1Q81 P;  3G6E L;  5DLJ A;  3I56 O;  1KD1 M;  3CPW N;  1YIT L;  1KC8 M;  3CCR L;  4WJ0 A;  2OTJ L;  3G6E O;  3CME L;  1YJW O;  1Q82 M;  3CCE L;  3CCR O;  1YJ9 L;  3I55 O;  5FCL A;  2OTJ O;  3CME O;  1YHQ O;  1K9M P;  3OW2 K;  1VQ9 O;  3CCU L;  1K73 M;  1VQL O;  1W2B N;  3CCU O;  2QEX L;  1NJI P;  1N8R M;  3GOD A; 
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