3I55L

Co-crystal structure of mycalamide a bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
150
structure length
145
Chain Sequence
TSKKKRQRGSRTHGGGSHKNRRGAGHRGGRGDAGRDKHEFHNHEPLGKSGFKRPQKVQEEAATIDVREIDENVTLLAADDVAEFRVDVRDVVEEADDADYVKVLGAGQVRHELTLIADDFSEGAREKVEGAGGSVELTDLGEERQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome/antibiotic
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title Structures of triacetyloleandomycin and mycalamide A bind to the large ribosomal subunit of Haloarcula marismortui.
pubmed doi rcsb
total genus 27
structure length 145
sequence length 150
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 3i55L02
4.10.990.10 Few Secondary Structures Irregular Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 3i55L01
1YITL 1VQNO 3CCQL 3CCML 1KQSK 1QVGN 1QVGK 1K73M 3G71L 1S72O 3CD6O 1K9MM 1VQML 3CCUL 3G6EL 1VQLO 3CCEO 1KC8M 1M90M 1K8AM 1N8RP 2OTJO 3CC2O 1VQOO 3CCRO 1YJWO 1NJIM 1VQ4O 1YI2L 1VQ5O 2OTLL 1Q7YP 1VQ7L 3CMAO 3CCSL 1VQ8O 3CC7L 1VQ6L 3G4SO 1VQPO 1W2BK 1W2BN 3OW2N 3OW2K 1VQ9L 2QEXL 1KD1P 3CCVO 1VQ5L 1YHQO 1Q81M 1VQKL 3CCLL 3I56L 3CC4O 1M1KP 1YIJO 1VQNL 1YJNO 1S72L 1YJ9O 1K73P 3CD6L 1Q82M 1VQLL 2QA4O 1K9MP 3CXCN 3CXCK 3CCEL 3CMEO 3CCJO 2OTJL 1KC8P 1M90P 1K8AP 3I55O 3CC2L 1VQOL 1YITO 3CCRL 1Q86P 3CCMO 1YJWL 1QVFN 1KD1M 1QVFK 1VQ4L 3CMAL 1NJIP 3CPWN 3CPWK 1JJ2K 1JJ2N 1VQ8L 3G4SL 1VQPL 1VQMO 3CCUO 1N8RM 3CCVL 1KQSN 1YHQL 1Q7YM 3CC4L 1YIJL 1YI2O 1Q81P 2OTLO 1VQ7O 3CCSO 1YJNL 3CC7O 1VQ6O 1YJ9L 3CCQO 1VQ9O 3G71O 2QEXO 1Q86M 2QA4L 1Q82P 3G6EO 1M1KM 3CMEL 3CCJL 1VQKO 3CCLO 3I56O 3I55L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YITL 1VQNO 3CCQL 3CCML 1KQSK 1QVGN 1QVGK 1K73M 3G71L 1S72O 3CD6O 1K9MM 3GODA 1VQML 4P6IC 3G6EL 3CCUL 1VQLO 3CCEO 1KC8M 1M90M 1K8AM 1N8RP 2OTJO 3CC2O 1VQOO 3NKDA 3CCRO 5DS6A 4W8KA 1YJWO 1NJIM 1VQ4O 1YI2L 5DS5A 1VQ5O 2OTLL 1Q7YP 3CMAO 1VQ7L 5FCLA 3CCSL 1VQ8O 3CC7L 1VQ6L 3G4SO 1VQPO 1W2BK 1W2BN 3OW2N 3OW2K 5DQTA 1VQ9L 2QEXL 1KD1P 3CCVO 1VQ5L 1YHQO 1Q81M 1VQKL 4XTKA 3I56L 3CCLL 3CC4O 1M1KP 1YIJO 1VQNL 1YJNO 1S72L 2YZSA 1YJ9O 1K73P 4WJ0A 3CD6L 1Q82M 1VQLL 2QA4O 1K9MP 3CXCN 3CXCK 3CCEL 5DS4A 3CMEO 3CCJO 2OTJL 1KC8P 1M90P 1K8AP 3I55O 3CC2L 1VQOL 1YITO 3CCRL 1Q86P 3CCMO 1YJWL 1QVFN 1KD1M 1QVFK 1VQ4L 3CMAL 1NJIP 3CPWN 3CPWK 1JJ2K 1JJ2N 1VQ8L 3G4SL 1VQPL 1VQMO 3CCUO 1N8RM 5DQZA 3CCVL 1KQSN 1YHQL 1Q7YM 3CC4L 4QDLA 1YIJL 1YI2O 1Q81P 2OTLO 1VQ7O 3CCSO 1YJNL 3CC7O 1VQ6O 1YJ9L 3CCQO 1VQ9O 3G71O 2QEXO 1Q86M 2QA4L 1Q82P 4N06A 3G6EO 1M1KM 3CMEL 3CCJL 1VQKO 5DLJA 3CCLO 3I56O 3I55L
chains in the Genus database with same CATH topology
1YITL 1VQNO 3CCQL 3CCML 1KQSK 1QVGN 1QVGK 1K73M 3G71L 1S72O 3CD6O 1K9MM 3GODA 1VQML 4P6IC 3G6EL 3CCUL 1VQLO 3CCEO 1KC8M 1M90M 1K8AM 1N8RP 2OTJO 3CC2O 1VQOO 3NKDA 3CCRO 5DS6A 4W8KA 1YJWO 1NJIM 1VQ4O 1YI2L 5DS5A 1VQ5O 2OTLL 1Q7YP 3CMAO 1VQ7L 5FCLA 3CCSL 1VQ8O 3CC7L 1VQ6L 3G4SO 1VQPO 1W2BK 1W2BN 3OW2N 3OW2K 5DQTA 1VQ9L 2QEXL 1KD1P 3CCVO 1VQ5L 1YHQO 1Q81M 1VQKL 4XTKA 3I56L 3CCLL 3CC4O 1M1KP 1YIJO 1VQNL 1YJNO 1S72L 2YZSA 1YJ9O 1K73P 4WJ0A 3CD6L 1Q82M 1VQLL 2QA4O 1K9MP 3CXCN 3CXCK 3CCEL 5DS4A 3CMEO 3CCJO 2OTJL 1KC8P 1M90P 1K8AP 3I55O 3CC2L 1VQOL 1YITO 3CCRL 1Q86P 3CCMO 1YJWL 1QVFN 1KD1M 1QVFK 1VQ4L 3CMAL 1NJIP 3CPWN 3CPWK 1JJ2K 1JJ2N 1VQ8L 3G4SL 1VQPL 1VQMO 3CCUO 1N8RM 5DQZA 3CCVL 1KQSN 1YHQL 1Q7YM 3CC4L 4QDLA 1YIJL 1YI2O 1Q81P 2OTLO 1VQ7O 3CCSO 1YJNL 3CC7O 1VQ6O 1YJ9L 3CCQO 1VQ9O 3G71O 2QEXO 1Q86M 2QA4L 1Q82P 4N06A 3G6EO 1M1KM 3CMEL 3CCJL 1VQKO 5DLJA 3CCLO 3I56O 3I55L
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YIT L;  1VQN O;  3CCQ L;  3CCM L;  1KQS K;  1QVG N;  1QVG K;  1K73 M;  3G71 L;  1S72 O;  3CD6 O;  1K9M M;  1VQM L;  3CCU L;  3G6E L;  1VQL O;  3CCE O;  1KC8 M;  1M90 M;  1K8A M;  1N8R P;  2OTJ O;  3CC2 O;  1VQO O;  3CCR O;  1YJW O;  1NJI M;  1VQ4 O;  1YI2 L;  1VQ5 O;  2OTL L;  1Q7Y P;  1VQ7 L;  3CMA O;  3CCS L;  1VQ8 O;  3CC7 L;  1VQ6 L;  3G4S O;  1VQP O;  1W2B K;  1W2B N;  3OW2 N;  3OW2 K;  1VQ9 L;  2QEX L;  1KD1 P;  3CCV O;  1VQ5 L;  1YHQ O;  1Q81 M;  1VQK L;  3CCL L;  3I56 L;  3CC4 O;  1M1K P;  1YIJ O;  1VQN L;  1YJN O;  1S72 L;  1YJ9 O;  1K73 P;  3CD6 L;  1Q82 M;  1VQL L;  2QA4 O;  1K9M P;  3CXC N;  3CXC K;  3CCE L;  3CME O;  3CCJ O;  2OTJ L;  1KC8 P;  1M90 P;  1K8A P;  3I55 O;  3CC2 L;  1VQO L;  1YIT O;  3CCR L;  1Q86 P;  3CCM O;  1YJW L;  1QVF N;  1KD1 M;  1QVF K;  1VQ4 L;  3CMA L;  1NJI P;  3CPW N;  3CPW K;  1JJ2 K;  1JJ2 N;  1VQ8 L;  3G4S L;  1VQP L;  1VQM O;  3CCU O;  1N8R M;  3CCV L;  1KQS N;  1YHQ L;  1Q7Y M;  3CC4 L;  1YIJ L;  1YI2 O;  1Q81 P;  2OTL O;  1VQ7 O;  3CCS O;  1YJN L;  3CC7 O;  1VQ6 O;  1YJ9 L;  3CCQ O;  1VQ9 O;  3G71 O;  2QEX O;  1Q86 M;  2QA4 L;  1Q82 P;  3G6E O;  1M1K M;  3CME L;  3CCJ L;  1VQK O;  3CCL O;  3I56 O;  3I55 L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1YIT L;  1VQN O;  3CCQ L;  3CCM L;  1KQS K;  1QVG N;  1QVG K;  1K73 M;  3G71 L;  1S72 O;  3CD6 O;  1K9M M;  3GOD A;  1VQM L;  4P6I C;  3G6E L;  3CCU L;  1VQL O;  3CCE O;  1KC8 M;  1M90 M;  1K8A M;  1N8R P;  2OTJ O;  3CC2 O;  1VQO O;  3NKD A;  3CCR O;  5DS6 A;  4W8K A;  1YJW O;  1NJI M;  1VQ4 O;  1YI2 L;  5DS5 A;  1VQ5 O;  2OTL L;  1Q7Y P;  3CMA O;  1VQ7 L;  5FCL A;  3CCS L;  1VQ8 O;  3CC7 L;  1VQ6 L;  3G4S O;  1VQP O;  1W2B K;  1W2B N;  3OW2 N;  3OW2 K;  5DQT A;  1VQ9 L;  2QEX L;  1KD1 P;  3CCV O;  1VQ5 L;  1YHQ O;  1Q81 M;  1VQK L;  4XTK A;  3I56 L;  3CCL L;  3CC4 O;  1M1K P;  1YIJ O;  1VQN L;  1YJN O;  1S72 L;  2YZS A;  1YJ9 O;  1K73 P;  4WJ0 A;  3CD6 L;  1Q82 M;  1VQL L;  2QA4 O;  1K9M P;  3CXC N;  3CXC K;  3CCE L;  5DS4 A;  3CME O;  3CCJ O;  2OTJ L;  1KC8 P;  1M90 P;  1K8A P;  3I55 O;  3CC2 L;  1VQO L;  1YIT O;  3CCR L;  1Q86 P;  3CCM O;  1YJW L;  1QVF N;  1KD1 M;  1QVF K;  1VQ4 L;  3CMA L;  1NJI P;  3CPW N;  3CPW K;  1JJ2 K;  1JJ2 N;  1VQ8 L;  3G4S L;  1VQP L;  1VQM O;  3CCU O;  1N8R M;  5DQZ A;  3CCV L;  1KQS N;  1YHQ L;  1Q7Y M;  3CC4 L;  4QDL A;  1YIJ L;  1YI2 O;  1Q81 P;  2OTL O;  1VQ7 O;  3CCS O;  1YJN L;  3CC7 O;  1VQ6 O;  1YJ9 L;  3CCQ O;  1VQ9 O;  3G71 O;  2QEX O;  1Q86 M;  2QA4 L;  1Q82 P;  4N06 A;  3G6E O;  1M1K M;  3CME L;  3CCJ L;  1VQK O;  5DLJ A;  3CCL O;  3I56 O;  3I55 L; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1YIT L;  1VQN O;  3CCQ L;  3CCM L;  1KQS K;  1QVG N;  1QVG K;  1K73 M;  3G71 L;  1S72 O;  3CD6 O;  1K9M M;  3GOD A;  1VQM L;  4P6I C;  3G6E L;  3CCU L;  1VQL O;  3CCE O;  1KC8 M;  1M90 M;  1K8A M;  1N8R P;  2OTJ O;  3CC2 O;  1VQO O;  3NKD A;  3CCR O;  5DS6 A;  4W8K A;  1YJW O;  1NJI M;  1VQ4 O;  1YI2 L;  5DS5 A;  1VQ5 O;  2OTL L;  1Q7Y P;  3CMA O;  1VQ7 L;  5FCL A;  3CCS L;  1VQ8 O;  3CC7 L;  1VQ6 L;  3G4S O;  1VQP O;  1W2B K;  1W2B N;  3OW2 N;  3OW2 K;  5DQT A;  1VQ9 L;  2QEX L;  1KD1 P;  3CCV O;  1VQ5 L;  1YHQ O;  1Q81 M;  1VQK L;  4XTK A;  3I56 L;  3CCL L;  3CC4 O;  1M1K P;  1YIJ O;  1VQN L;  1YJN O;  1S72 L;  2YZS A;  1YJ9 O;  1K73 P;  4WJ0 A;  3CD6 L;  1Q82 M;  1VQL L;  2QA4 O;  1K9M P;  3CXC N;  3CXC K;  3CCE L;  5DS4 A;  3CME O;  3CCJ O;  2OTJ L;  1KC8 P;  1M90 P;  1K8A P;  3I55 O;  3CC2 L;  1VQO L;  1YIT O;  3CCR L;  1Q86 P;  3CCM O;  1YJW L;  1QVF N;  1KD1 M;  1QVF K;  1VQ4 L;  3CMA L;  1NJI P;  3CPW N;  3CPW K;  1JJ2 K;  1JJ2 N;  1VQ8 L;  3G4S L;  1VQP L;  1VQM O;  3CCU O;  1N8R M;  5DQZ A;  3CCV L;  1KQS N;  1YHQ L;  1Q7Y M;  3CC4 L;  4QDL A;  1YIJ L;  1YI2 O;  1Q81 P;  2OTL O;  1VQ7 O;  3CCS O;  1YJN L;  3CC7 O;  1VQ6 O;  1YJ9 L;  3CCQ O;  1VQ9 O;  3G71 O;  2QEX O;  1Q86 M;  2QA4 L;  1Q82 P;  4N06 A;  3G6E O;  1M1K M;  3CME L;  3CCJ L;  1VQK O;  5DLJ A;  3CCL O;  3I56 O;  3I55 L; 
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