1Q81P

Crystal structure of minihelix with 3' puromycin bound to a-site of the 50s ribosomal subunit.
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKTNPRLSSLIADLKSAARSSGGAVWGDVAERLEKPRRTHAEVNLGRIERYAQEDETVVVPGKVLGSGVLQKDVTVAAVDFSGTAETKIDQVGEAVSLEQAIENNPEGSHVRVIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural Insights into Peptide Bond Formation
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 37
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
P PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1q81P00
3CMAO 1N8RM 3OW2N 3CD6L 3CC4O 1K9MM 3CMEO 1Q7YM 3CCEO 1QVGK 1VQPO 1M1KP 1K8AM 3CC2O 3CCVL 3I55L 1VQ6L 3CMAL 3CC4L 1YJNL 1VQ5O 3CMEL 3CCEL 1VQPL 1YIJO 1QVFK 2QEXO 1Q86P 1KQSN 3G71O 1YJ9O 1KD1M 1VQ5L 2QA4L 2QEXL 3OW2K 3I56O 1VQLL 1YJ9L 3CPWN 1NJIM 1VQNO 3I56L 3CCRO 1VQ4L 3CXCN 1M1KM 1VQKO 1VQNL 3CC2L 1KQSK 3G4SO 1M90P 3G6EO 2OTJO 3CCRL 1VQKL 3CCLO 1Q86M 1YIJL 3G4SL 1K73M 3G6EL 2OTJL 3G71L 1QVGN 3CPWK 3CCLL 1W2BN 1Q82P 1VQOO 1YI2O 3CC7O 3CXCK 1YITO 1JJ2N 1YJWO 3CCJO 1Q81P 1KC8P 3CCMO 1N8RP 1VQOL 1YI2L 1K9MP 1Q7YP 3CC7L 1VQ7O 1YITL 1K8AP 1YJWL 1S72O 3CCML 1YJNO 1M90M 3CCSO 1VQ7L 1S72L 1YHQO 1VQ8O 2QA4O 1W2BK 1VQ9O 1KD1P 3CCJL 1JJ2K 3CCSL 2OTLO 1QVFN 3CCUO 3CCQO 1VQMO 1VQ4O 1VQLO 1K73P 3CD6O 1YHQL 1Q82M 1VQ8L 1VQ9L 1NJIP 1Q81M 1KC8M 2OTLL 3CCVO 3I55O 3CCUL 3CCQL 1VQ6O 1VQML
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CMAO 1N8RM 3OW2N 3CD6L 3CC4O 5DQZA 1K9MM 3CMEO 1Q7YM 3CCEO 1QVGK 1VQPO 1M1KP 1K8AM 3CC2O 3CCVL 3I55L 1VQ6L 3CMAL 3CC4L 1YJNL 1VQ5O 3CMEL 3CCEL 1VQPL 1YIJO 1QVFK 2QEXO 1Q86P 5DQTA 4QDLA 1KQSN 3G71O 1YJ9O 1KD1M 1VQ5L 4WJ0A 2QA4L 3GODA 2QEXL 3OW2K 3I56O 1VQLL 1YJ9L 3CPWN 1NJIM 1VQNO 3I56L 3CCRO 1VQ4L 3CXCN 1M1KM 1VQKO 1VQNL 3CC2L 1KQSK 3G4SO 1M90P 3G6EO 2OTJO 5DS4A 3CCRL 4N06A 1VQKL 3CCLO 1Q86M 1YIJL 2YZSA 3G4SL 1K73M 3G6EL 2OTJL 3G71L 1QVGN 3CPWK 3CCLL 1W2BN 1Q82P 1VQOO 1YI2O 3CC7O 3CXCK 1YITO 1JJ2N 1YJWO 5FCLA 3CCJO 1Q81P 1KC8P 3CCMO 1N8RP 1VQOL 1YI2L 1K9MP 1Q7YP 3CC7L 1VQ7O 1YITL 1K8AP 1YJWL 1S72O 3CCML 1YJNO 1M90M 5DS6A 3NKDA 4XTKA 3CCSO 1VQ7L 4P6IC 1S72L 1YHQO 1VQ8O 2QA4O 1W2BK 5DLJA 1VQ9O 1KD1P 3CCJL 1JJ2K 3CCSL 2OTLO 1QVFN 5DS5A 4W8KA 3CCUO 3CCQO 1VQMO 1VQ4O 1VQLO 1K73P 3CD6O 1YHQL 1Q82M 1VQ8L 1VQ9L 1NJIP 1Q81M 1KC8M 2OTLL 3CCVO 3I55O 3CCUL 3CCQL 1VQ6O 1VQML
chains in the Genus database with same CATH topology
3CMAO 1N8RM 3OW2N 3CD6L 3CC4O 5DQZA 1K9MM 3CMEO 1Q7YM 3CCEO 1QVGK 1VQPO 1M1KP 1K8AM 3CC2O 3CCVL 3I55L 1VQ6L 3CMAL 3CC4L 1YJNL 1VQ5O 3CMEL 3CCEL 1VQPL 1YIJO 1QVFK 2QEXO 1Q86P 5DQTA 4QDLA 1KQSN 3G71O 1YJ9O 1KD1M 1VQ5L 4WJ0A 2QA4L 3GODA 2QEXL 3OW2K 3I56O 1VQLL 1YJ9L 3CPWN 1NJIM 1VQNO 3I56L 3CCRO 1VQ4L 3CXCN 1M1KM 1VQKO 1VQNL 3CC2L 1KQSK 3G4SO 1M90P 3G6EO 2OTJO 5DS4A 3CCRL 4N06A 1VQKL 3CCLO 1Q86M 1YIJL 2YZSA 3G4SL 1K73M 3G6EL 2OTJL 3G71L 1QVGN 3CPWK 3CCLL 1W2BN 1Q82P 1VQOO 1YI2O 3CC7O 3CXCK 1YITO 1JJ2N 1YJWO 5FCLA 3CCJO 1Q81P 1KC8P 3CCMO 1N8RP 1VQOL 1YI2L 1K9MP 1Q7YP 3CC7L 1VQ7O 1YITL 1K8AP 1YJWL 1S72O 3CCML 1YJNO 1M90M 5DS6A 3NKDA 4XTKA 3CCSO 1VQ7L 4P6IC 1S72L 1YHQO 1VQ8O 2QA4O 1W2BK 5DLJA 1VQ9O 1KD1P 3CCJL 1JJ2K 3CCSL 2OTLO 1QVFN 5DS5A 4W8KA 3CCUO 3CCQO 1VQMO 1VQ4O 1VQLO 1K73P 3CD6O 1YHQL 1Q82M 1VQ8L 1VQ9L 1NJIP 1Q81M 1KC8M 2OTLL 3CCVO 3I55O 3CCUL 3CCQL 1VQ6O 1VQML
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CMA O;  1N8R M;  3OW2 N;  3CD6 L;  3CC4 O;  1K9M M;  3CME O;  1Q7Y M;  3CCE O;  1QVG K;  1VQP O;  1M1K P;  1K8A M;  3CC2 O;  3CCV L;  3I55 L;  1VQ6 L;  3CMA L;  3CC4 L;  1YJN L;  1VQ5 O;  3CME L;  3CCE L;  1VQP L;  1YIJ O;  1QVF K;  2QEX O;  1Q86 P;  1KQS N;  3G71 O;  1YJ9 O;  1KD1 M;  1VQ5 L;  2QA4 L;  2QEX L;  3OW2 K;  3I56 O;  1VQL L;  1YJ9 L;  3CPW N;  1NJI M;  1VQN O;  3I56 L;  3CCR O;  1VQ4 L;  3CXC N;  1M1K M;  1VQK O;  1VQN L;  3CC2 L;  1KQS K;  3G4S O;  1M90 P;  3G6E O;  2OTJ O;  3CCR L;  1VQK L;  3CCL O;  1Q86 M;  1YIJ L;  3G4S L;  1K73 M;  3G6E L;  2OTJ L;  3G71 L;  1QVG N;  3CPW K;  3CCL L;  1W2B N;  1Q82 P;  1VQO O;  1YI2 O;  3CC7 O;  3CXC K;  1YIT O;  1JJ2 N;  1YJW O;  3CCJ O;  1Q81 P;  1KC8 P;  3CCM O;  1N8R P;  1VQO L;  1YI2 L;  1K9M P;  1Q7Y P;  3CC7 L;  1VQ7 O;  1YIT L;  1K8A P;  1YJW L;  1S72 O;  3CCM L;  1YJN O;  1M90 M;  3CCS O;  1VQ7 L;  1S72 L;  1YHQ O;  1VQ8 O;  2QA4 O;  1W2B K;  1VQ9 O;  1KD1 P;  3CCJ L;  1JJ2 K;  3CCS L;  2OTL O;  1QVF N;  3CCU O;  3CCQ O;  1VQM O;  1VQ4 O;  1VQL O;  1K73 P;  3CD6 O;  1YHQ L;  1Q82 M;  1VQ8 L;  1VQ9 L;  1NJI P;  1Q81 M;  1KC8 M;  2OTL L;  3CCV O;  3I55 O;  3CCU L;  3CCQ L;  1VQ6 O;  1VQM L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CMA O;  1N8R M;  3OW2 N;  3CD6 L;  3CC4 O;  5DQZ A;  1K9M M;  3CME O;  1Q7Y M;  3CCE O;  1QVG K;  1VQP O;  1M1K P;  1K8A M;  3CC2 O;  3CCV L;  3I55 L;  1VQ6 L;  3CMA L;  3CC4 L;  1YJN L;  1VQ5 O;  3CME L;  3CCE L;  1VQP L;  1YIJ O;  1QVF K;  2QEX O;  1Q86 P;  5DQT A;  4QDL A;  1KQS N;  3G71 O;  1YJ9 O;  1KD1 M;  1VQ5 L;  4WJ0 A;  2QA4 L;  3GOD A;  2QEX L;  3OW2 K;  3I56 O;  1VQL L;  1YJ9 L;  3CPW N;  1NJI M;  1VQN O;  3I56 L;  3CCR O;  1VQ4 L;  3CXC N;  1M1K M;  1VQK O;  1VQN L;  3CC2 L;  1KQS K;  3G4S O;  1M90 P;  3G6E O;  2OTJ O;  5DS4 A;  3CCR L;  4N06 A;  1VQK L;  3CCL O;  1Q86 M;  1YIJ L;  2YZS A;  3G4S L;  1K73 M;  3G6E L;  2OTJ L;  3G71 L;  1QVG N;  3CPW K;  3CCL L;  1W2B N;  1Q82 P;  1VQO O;  1YI2 O;  3CC7 O;  3CXC K;  1YIT O;  1JJ2 N;  1YJW O;  5FCL A;  3CCJ O;  1Q81 P;  1KC8 P;  3CCM O;  1N8R P;  1VQO L;  1YI2 L;  1K9M P;  1Q7Y P;  3CC7 L;  1VQ7 O;  1YIT L;  1K8A P;  1YJW L;  1S72 O;  3CCM L;  1YJN O;  1M90 M;  5DS6 A;  3NKD A;  4XTK A;  3CCS O;  1VQ7 L;  4P6I C;  1S72 L;  1YHQ O;  1VQ8 O;  2QA4 O;  1W2B K;  5DLJ A;  1VQ9 O;  1KD1 P;  3CCJ L;  1JJ2 K;  3CCS L;  2OTL O;  1QVF N;  5DS5 A;  4W8K A;  3CCU O;  3CCQ O;  1VQM O;  1VQ4 O;  1VQL O;  1K73 P;  3CD6 O;  1YHQ L;  1Q82 M;  1VQ8 L;  1VQ9 L;  1NJI P;  1Q81 M;  1KC8 M;  2OTL L;  3CCV O;  3I55 O;  3CCU L;  3CCQ L;  1VQ6 O;  1VQM L; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3CMA O;  1N8R M;  3OW2 N;  3CD6 L;  3CC4 O;  5DQZ A;  1K9M M;  3CME O;  1Q7Y M;  3CCE O;  1QVG K;  1VQP O;  1M1K P;  1K8A M;  3CC2 O;  3CCV L;  3I55 L;  1VQ6 L;  3CMA L;  3CC4 L;  1YJN L;  1VQ5 O;  3CME L;  3CCE L;  1VQP L;  1YIJ O;  1QVF K;  2QEX O;  1Q86 P;  5DQT A;  4QDL A;  1KQS N;  3G71 O;  1YJ9 O;  1KD1 M;  1VQ5 L;  4WJ0 A;  2QA4 L;  3GOD A;  2QEX L;  3OW2 K;  3I56 O;  1VQL L;  1YJ9 L;  3CPW N;  1NJI M;  1VQN O;  3I56 L;  3CCR O;  1VQ4 L;  3CXC N;  1M1K M;  1VQK O;  1VQN L;  3CC2 L;  1KQS K;  3G4S O;  1M90 P;  3G6E O;  2OTJ O;  5DS4 A;  3CCR L;  4N06 A;  1VQK L;  3CCL O;  1Q86 M;  1YIJ L;  2YZS A;  3G4S L;  1K73 M;  3G6E L;  2OTJ L;  3G71 L;  1QVG N;  3CPW K;  3CCL L;  1W2B N;  1Q82 P;  1VQO O;  1YI2 O;  3CC7 O;  3CXC K;  1YIT O;  1JJ2 N;  1YJW O;  5FCL A;  3CCJ O;  1Q81 P;  1KC8 P;  3CCM O;  1N8R P;  1VQO L;  1YI2 L;  1K9M P;  1Q7Y P;  3CC7 L;  1VQ7 O;  1YIT L;  1K8A P;  1YJW L;  1S72 O;  3CCM L;  1YJN O;  1M90 M;  5DS6 A;  3NKD A;  4XTK A;  3CCS O;  1VQ7 L;  4P6I C;  1S72 L;  1YHQ O;  1VQ8 O;  2QA4 O;  1W2B K;  5DLJ A;  1VQ9 O;  1KD1 P;  3CCJ L;  1JJ2 K;  3CCS L;  2OTL O;  1QVF N;  5DS5 A;  4W8K A;  3CCU O;  3CCQ O;  1VQM O;  1VQ4 O;  1VQL O;  1K73 P;  3CD6 O;  1YHQ L;  1Q82 M;  1VQ8 L;  1VQ9 L;  1NJI P;  1Q81 M;  1KC8 M;  2OTL L;  3CCV O;  3I55 O;  3CCU L;  3CCQ L;  1VQ6 O;  1VQM L; 
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