1Q86M

Crystal structure of cca-phe-cap-biotin bound simultaneously at half occupancy to both the a-site and p-site of the the 50s ribosomal subunit.
Total Genus 29
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
150
structure length
145
Chain Sequence
TSKKKRQRGSRTHGGGSHKNRRGAGHRGGRGDAGRDKHEFHNHEPLGKSGFKRPQKVQEEAATIDVREIDENVTLLAADDVAEFRVDVRDVVEEADDADYVKVLGAGQVRHELTLIADDFSEGAREKVEGAGGSVELTDLGEERQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural insights into peptide bond formation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal rna
molecule tags Ribosome
total genus 29
structure length 145
sequence length 150
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1q86M02
4.10.990.10 Few Secondary Structures Irregular Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 1q86M01
3CCEL 1VQ4L 1YI2L 2QA4O 3OW2K 1VQPO 1VQKO 1W2BN 1Q82M 1K73P 1VQ4O 1YJWL 3CD6L 1YHQO 1VQ8O 3I55L 3CCSL 3CCUL 3CXCK 3CCSO 3CCUO 1YJ9O 1M1KP 3CC4O 2OTJO 3CCRL 3CCLL 3OW2N 1YIJL 1YITO 1VQ6L 1VQNL 1M1KM 2QA4L 1QVFN 1VQPL 1VQKL 1VQLO 1KD1P 1VQNO 1YHQL 1VQ8L 3CXCN 1QVFK 1KD1M 3CCJO 1Q7YP 1Q86M 1S72O 1YJ9L 3CC7L 3CC4L 1Q7YM 3CMAO 2OTJL 1VQMO 1QVGK 3G6EO 1YITL 3CC7O 1VQ5O 1M90P 3CC2O 1VQLL 3CPWN 1M90M 1KQSN 2OTLO 1YJNO 3CCJL 3G4SO 1Q86P 1K8AM 1S72L 3CPWK 1QVGN 1JJ2K 1KQSK 3CMAL 2QEXO 1VQML 3G6EL 1Q81P 3CCVO 1VQ6O 1VQ5L 3CMEO 1KC8P 3CCQL 3CC2L 1Q81M 1KC8M 3CCQO 2OTLL 3CCML 1VQOO 1VQ7O 1YJNL 1JJ2N 1N8RM 3G4SL 1K8AP 3G71O 1VQ9O 1K9MP 3CCMO 3CCEO 1YI2O 2QEXL 1K73M 1K9MM 3I56L 3CCVL 3CMEL 1YJWO 1W2BK 3CD6O 3I55O 3I56O 1NJIP 1VQOL 1VQ7L 1NJIM 1N8RP 3G71L 3CCRO 1VQ9L 3CCLO 1Q82P 1YIJO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CCEL 1VQ4L 1YI2L 2QA4O 5FCLA 3OW2K 1VQPO 1VQKO 1W2BN 4P6IC 1Q82M 1K73P 1VQ4O 1YJWL 3CD6L 1YHQO 1VQ8O 3I55L 3CCSL 3CCUL 3CXCK 3CCSO 3CCUO 1YJ9O 1M1KP 3CC4O 2OTJO 3CCRL 3CCLL 4N06A 3OW2N 1YIJL 1YITO 1VQ6L 1VQNL 1M1KM 2QA4L 1QVFN 1VQPL 1VQKL 1VQLO 1KD1P 1VQNO 1YHQL 1VQ8L 5DQZA 3CXCN 1QVFK 1KD1M 3CCJO 1Q7YP 1Q86M 1S72O 1YJ9L 3CC7L 3CC4L 1Q7YM 3CMAO 2OTJL 1VQMO 4W8KA 1QVGK 3G6EO 1YITL 3CC7O 5DS5A 1VQ5O 1M90P 3CC2O 1VQLL 3CPWN 5DS4A 1M90M 1KQSN 2OTLO 1YJNO 5DQTA 3CCJL 3G4SO 1Q86P 1K8AM 1S72L 3CPWK 1QVGN 1JJ2K 1KQSK 3CMAL 2QEXO 1VQML 3G6EL 1Q81P 3CCVO 1VQ6O 1VQ5L 3CMEO 1KC8P 3CCQL 3CC2L 1Q81M 1KC8M 3CCQO 4QDLA 2OTLL 3CCML 1VQOO 1VQ7O 1YJNL 1JJ2N 1N8RM 3G4SL 1K8AP 3G71O 1VQ9O 1K9MP 3CCMO 3GODA 4XTKA 3CCEO 1YI2O 5DLJA 2QEXL 1K73M 1K9MM 3I56L 3CCVL 3CMEL 1YJWO 1W2BK 3CD6O 3I55O 3I56O 5DS6A 1NJIP 4WJ0A 1VQOL 1VQ7L 3NKDA 1NJIM 2YZSA 1N8RP 3G71L 3CCRO 1VQ9L 3CCLO 1Q82P 1YIJO
chains in the Genus database with same CATH topology
3CCEL 1VQ4L 1YI2L 2QA4O 5FCLA 3OW2K 1VQPO 1VQKO 1W2BN 4P6IC 1Q82M 1K73P 1VQ4O 1YJWL 3CD6L 1YHQO 1VQ8O 3I55L 3CCSL 3CCUL 3CXCK 3CCSO 3CCUO 1YJ9O 1M1KP 3CC4O 2OTJO 3CCRL 3CCLL 4N06A 3OW2N 1YIJL 1YITO 1VQ6L 1VQNL 1M1KM 2QA4L 1QVFN 1VQPL 1VQKL 1VQLO 1KD1P 1VQNO 1YHQL 1VQ8L 5DQZA 3CXCN 1QVFK 1KD1M 3CCJO 1Q7YP 1Q86M 1S72O 1YJ9L 3CC7L 3CC4L 1Q7YM 3CMAO 2OTJL 1VQMO 4W8KA 1QVGK 3G6EO 1YITL 3CC7O 5DS5A 1VQ5O 1M90P 3CC2O 1VQLL 3CPWN 5DS4A 1M90M 1KQSN 2OTLO 1YJNO 5DQTA 3CCJL 3G4SO 1Q86P 1K8AM 1S72L 3CPWK 1QVGN 1JJ2K 1KQSK 3CMAL 2QEXO 1VQML 3G6EL 1Q81P 3CCVO 1VQ6O 1VQ5L 3CMEO 1KC8P 3CCQL 3CC2L 1Q81M 1KC8M 3CCQO 4QDLA 2OTLL 3CCML 1VQOO 1VQ7O 1YJNL 1JJ2N 1N8RM 3G4SL 1K8AP 3G71O 1VQ9O 1K9MP 3CCMO 3GODA 4XTKA 3CCEO 1YI2O 5DLJA 2QEXL 1K73M 1K9MM 3I56L 3CCVL 3CMEL 1YJWO 1W2BK 3CD6O 3I55O 3I56O 5DS6A 1NJIP 4WJ0A 1VQOL 1VQ7L 3NKDA 1NJIM 2YZSA 1N8RP 3G71L 3CCRO 1VQ9L 3CCLO 1Q82P 1YIJO
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCE L;  1VQ4 L;  1YI2 L;  2QA4 O;  3OW2 K;  1VQP O;  1VQK O;  1W2B N;  1Q82 M;  1K73 P;  1VQ4 O;  1YJW L;  3CD6 L;  1YHQ O;  1VQ8 O;  3I55 L;  3CCS L;  3CCU L;  3CXC K;  3CCS O;  3CCU O;  1YJ9 O;  1M1K P;  3CC4 O;  2OTJ O;  3CCR L;  3CCL L;  3OW2 N;  1YIJ L;  1YIT O;  1VQ6 L;  1VQN L;  1M1K M;  2QA4 L;  1QVF N;  1VQP L;  1VQK L;  1VQL O;  1KD1 P;  1VQN O;  1YHQ L;  1VQ8 L;  3CXC N;  1QVF K;  1KD1 M;  3CCJ O;  1Q7Y P;  1Q86 M;  1S72 O;  1YJ9 L;  3CC7 L;  3CC4 L;  1Q7Y M;  3CMA O;  2OTJ L;  1VQM O;  1QVG K;  3G6E O;  1YIT L;  3CC7 O;  1VQ5 O;  1M90 P;  3CC2 O;  1VQL L;  3CPW N;  1M90 M;  1KQS N;  2OTL O;  1YJN O;  3CCJ L;  3G4S O;  1Q86 P;  1K8A M;  1S72 L;  3CPW K;  1QVG N;  1JJ2 K;  1KQS K;  3CMA L;  2QEX O;  1VQM L;  3G6E L;  1Q81 P;  3CCV O;  1VQ6 O;  1VQ5 L;  3CME O;  1KC8 P;  3CCQ L;  3CC2 L;  1Q81 M;  1KC8 M;  3CCQ O;  2OTL L;  3CCM L;  1VQO O;  1VQ7 O;  1YJN L;  1JJ2 N;  1N8R M;  3G4S L;  1K8A P;  3G71 O;  1VQ9 O;  1K9M P;  3CCM O;  3CCE O;  1YI2 O;  2QEX L;  1K73 M;  1K9M M;  3I56 L;  3CCV L;  3CME L;  1YJW O;  1W2B K;  3CD6 O;  3I55 O;  3I56 O;  1NJI P;  1VQO L;  1VQ7 L;  1NJI M;  1N8R P;  3G71 L;  3CCR O;  1VQ9 L;  3CCL O;  1Q82 P;  1YIJ O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CCE L;  1VQ4 L;  1YI2 L;  2QA4 O;  5FCL A;  3OW2 K;  1VQP O;  1VQK O;  1W2B N;  4P6I C;  1Q82 M;  1K73 P;  1VQ4 O;  1YJW L;  3CD6 L;  1YHQ O;  1VQ8 O;  3I55 L;  3CCS L;  3CCU L;  3CXC K;  3CCS O;  3CCU O;  1YJ9 O;  1M1K P;  3CC4 O;  2OTJ O;  3CCR L;  3CCL L;  4N06 A;  3OW2 N;  1YIJ L;  1YIT O;  1VQ6 L;  1VQN L;  1M1K M;  2QA4 L;  1QVF N;  1VQP L;  1VQK L;  1VQL O;  1KD1 P;  1VQN O;  1YHQ L;  1VQ8 L;  5DQZ A;  3CXC N;  1QVF K;  1KD1 M;  3CCJ O;  1Q7Y P;  1Q86 M;  1S72 O;  1YJ9 L;  3CC7 L;  3CC4 L;  1Q7Y M;  3CMA O;  2OTJ L;  1VQM O;  4W8K A;  1QVG K;  3G6E O;  1YIT L;  3CC7 O;  5DS5 A;  1VQ5 O;  1M90 P;  3CC2 O;  1VQL L;  3CPW N;  5DS4 A;  1M90 M;  1KQS N;  2OTL O;  1YJN O;  5DQT A;  3CCJ L;  3G4S O;  1Q86 P;  1K8A M;  1S72 L;  3CPW K;  1QVG N;  1JJ2 K;  1KQS K;  3CMA L;  2QEX O;  1VQM L;  3G6E L;  1Q81 P;  3CCV O;  1VQ6 O;  1VQ5 L;  3CME O;  1KC8 P;  3CCQ L;  3CC2 L;  1Q81 M;  1KC8 M;  3CCQ O;  4QDL A;  2OTL L;  3CCM L;  1VQO O;  1VQ7 O;  1YJN L;  1JJ2 N;  1N8R M;  3G4S L;  1K8A P;  3G71 O;  1VQ9 O;  1K9M P;  3CCM O;  3GOD A;  4XTK A;  3CCE O;  1YI2 O;  5DLJ A;  2QEX L;  1K73 M;  1K9M M;  3I56 L;  3CCV L;  3CME L;  1YJW O;  1W2B K;  3CD6 O;  3I55 O;  3I56 O;  5DS6 A;  1NJI P;  4WJ0 A;  1VQO L;  1VQ7 L;  3NKD A;  1NJI M;  2YZS A;  1N8R P;  3G71 L;  3CCR O;  1VQ9 L;  3CCL O;  1Q82 P;  1YIJ O; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3CCE L;  1VQ4 L;  1YI2 L;  2QA4 O;  5FCL A;  3OW2 K;  1VQP O;  1VQK O;  1W2B N;  4P6I C;  1Q82 M;  1K73 P;  1VQ4 O;  1YJW L;  3CD6 L;  1YHQ O;  1VQ8 O;  3I55 L;  3CCS L;  3CCU L;  3CXC K;  3CCS O;  3CCU O;  1YJ9 O;  1M1K P;  3CC4 O;  2OTJ O;  3CCR L;  3CCL L;  4N06 A;  3OW2 N;  1YIJ L;  1YIT O;  1VQ6 L;  1VQN L;  1M1K M;  2QA4 L;  1QVF N;  1VQP L;  1VQK L;  1VQL O;  1KD1 P;  1VQN O;  1YHQ L;  1VQ8 L;  5DQZ A;  3CXC N;  1QVF K;  1KD1 M;  3CCJ O;  1Q7Y P;  1Q86 M;  1S72 O;  1YJ9 L;  3CC7 L;  3CC4 L;  1Q7Y M;  3CMA O;  2OTJ L;  1VQM O;  4W8K A;  1QVG K;  3G6E O;  1YIT L;  3CC7 O;  5DS5 A;  1VQ5 O;  1M90 P;  3CC2 O;  1VQL L;  3CPW N;  5DS4 A;  1M90 M;  1KQS N;  2OTL O;  1YJN O;  5DQT A;  3CCJ L;  3G4S O;  1Q86 P;  1K8A M;  1S72 L;  3CPW K;  1QVG N;  1JJ2 K;  1KQS K;  3CMA L;  2QEX O;  1VQM L;  3G6E L;  1Q81 P;  3CCV O;  1VQ6 O;  1VQ5 L;  3CME O;  1KC8 P;  3CCQ L;  3CC2 L;  1Q81 M;  1KC8 M;  3CCQ O;  4QDL A;  2OTL L;  3CCM L;  1VQO O;  1VQ7 O;  1YJN L;  1JJ2 N;  1N8R M;  3G4S L;  1K8A P;  3G71 O;  1VQ9 O;  1K9M P;  3CCM O;  3GOD A;  4XTK A;  3CCE O;  1YI2 O;  5DLJ A;  2QEX L;  1K73 M;  1K9M M;  3I56 L;  3CCV L;  3CME L;  1YJW O;  1W2B K;  3CD6 O;  3I55 O;  3I56 O;  5DS6 A;  1NJI P;  4WJ0 A;  1VQO L;  1VQ7 L;  3NKD A;  1NJI M;  2YZS A;  1N8R P;  3G71 L;  3CCR O;  1VQ9 L;  3CCL O;  1Q82 P;  1YIJ O; 
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