1Q86M

Crystal structure of cca-phe-cap-biotin bound simultaneously at half occupancy to both the a-site and p-site of the the 50s ribosomal subunit.
Total Genus 29
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
150
structure length
145
Chain Sequence
TSKKKRQRGSRTHGGGSHKNRRGAGHRGGRGDAGRDKHEFHNHEPLGKSGFKRPQKVQEEAATIDVREIDENVTLLAADDVAEFRVDVRDVVEEADDADYVKVLGAGQVRHELTLIADDFSEGAREKVEGAGGSVELTDLGEERQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural insights into peptide bond formation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 29
structure length 145
sequence length 150
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1q86M02
4.10.990.10 Few Secondary Structures Irregular Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 1q86M01
2QA4O 3G4SO 3OW2K 3CPWN 3CCSO 1W2BK 3CD6L 3CMAL 3CCML 1JJ2N 3CCJL 3CMAO 1VQOO 3CCJO 3CCVO 1VQ5L 3CCEL 3CC4L 1VQ7O 1VQ8O 1YJ9O 1YI2O 3CC2L 3CC7L 1KD1P 1K73P 1M90P 3CCUO 2QEXL 3G6EO 1W2BN 2QEXO 1N8RP 3CMEL 3CCLL 1VQML 3CD6O 3CCMO 1KD1M 1QVFN 3CMEO 1VQMO 1QVGK 1K73M 1VQLL 1M90M 1VQ5O 1VQ6L 3CCEO 3CC4O 1VQPL 1K9MP 1YITL 1N8RM 3CXCK 1YJNL 1S72L 1VQ9L 1VQPO 1NJIP 1YITO 1YJWL 3CPWK 3CC2O 3CC7O 1YJWO 1VQNL 3OW2N 1YHQL 1Q82P 1VQ4L 1KQSK 3CCQL 3G6EL 1K9MM 2OTJL 3I55L 1NJIM 1YIJL 3G71L 3CCLO 1QVGN 1Q81P 1VQLO 3I56L 1Q82M 1M1KP 2QA4L 1VQKL 3G4SL 2OTLL 3CXCN 3CCSL 1VQ6O 1VQKO 1KC8P 2OTLO 1YJNO 1S72O 1VQ9O 1Q7YP 1VQOL 1JJ2K 1Q81M 3CCVL 1K8AP 1QVFK 1KQSN 1VQNO 1Q86P 1M1KM 1YHQO 1VQ4O 1VQ7L 1VQ8L 3CCQO 3CCRL 1KC8M 1YJ9L 2OTJO 3I55O 1YI2L 1YIJO 3G71O 3CCRO 1Q7YM 1K8AM 3CCUL 3I56O 1Q86M
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QA4O 2YZSA 3G4SO 3OW2K 3CPWN 3CCSO 1W2BK 3CD6L 3CMAL 3CCML 5DLJA 1JJ2N 3CCJL 3CMAO 3GODA 1VQOO 3CCJO 3CCVO 1VQ5L 3CCEL 3CC4L 1VQ7O 1VQ8O 1YJ9O 1YI2O 3CC2L 3CC7L 1KD1P 1K73P 1M90P 3CCUO 2QEXL 3G6EO 5FCLA 1W2BN 2QEXO 4WJ0A 1N8RP 3CMEL 3CCLL 1VQML 4W8KA 3CD6O 5DQTA 3CCMO 1KD1M 3CMEO 1QVFN 1VQMO 4P6IC 1QVGK 1K73M 1VQLL 1M90M 1VQ5O 5DS4A 1VQ6L 3CCEO 3CC4O 1VQPL 1K9MP 1YITL 1N8RM 3CXCK 1YJNL 1S72L 1VQ9L 1VQPO 1NJIP 1YITO 1YJWL 3CPWK 4QDLA 3CC2O 3CC7O 3NKDA 1YJWO 1VQNL 3OW2N 1YHQL 1Q82P 1VQ4L 1KQSK 3CCQL 1K9MM 2OTJL 3I55L 1NJIM 1YIJL 3G71L 3CCLO 1QVGN 5DS5A 4N06A 1Q81P 1VQLO 3I56L 5DS6A 1Q82M 1M1KP 2QA4L 1VQKL 3G4SL 2OTLL 3CXCN 3CCSL 1VQ6O 1VQKO 1KC8P 2OTLO 1YJNO 1S72O 1VQ9O 1Q7YP 1VQOL 1JJ2K 1Q81M 3CCVL 4XTKA 1K8AP 1QVFK 1KQSN 1VQNO 1Q86P 1M1KM 1YHQO 1VQ4O 1VQ7L 1VQ8L 3CCQO 3CCRL 1KC8M 1YJ9L 1Q86M 2OTJO 3I55O 1YI2L 1YIJO 3G71O 3CCRO 1Q7YM 5DQZA 1K8AM 3CCUL 3I56O 3G6EL
chains in the Genus database with same CATH topology
2QA4O 2YZSA 3G4SO 3OW2K 3CPWN 3CCSO 1W2BK 3CD6L 3CMAL 3CCML 5DLJA 1JJ2N 3CCJL 3CMAO 3GODA 1VQOO 3CCJO 3CCVO 1VQ5L 3CCEL 3CC4L 1VQ7O 1VQ8O 1YJ9O 1YI2O 3CC2L 3CC7L 1KD1P 1K73P 1M90P 3CCUO 2QEXL 3G6EO 5FCLA 1W2BN 2QEXO 4WJ0A 1N8RP 3CMEL 3CCLL 1VQML 4W8KA 3CD6O 5DQTA 3CCMO 1KD1M 3CMEO 1QVFN 1VQMO 4P6IC 1QVGK 1K73M 1VQLL 1M90M 1VQ5O 5DS4A 1VQ6L 3CCEO 3CC4O 1VQPL 1K9MP 1YITL 1N8RM 3CXCK 1YJNL 1S72L 1VQ9L 1VQPO 1NJIP 1YITO 1YJWL 3CPWK 4QDLA 3CC2O 3CC7O 3NKDA 1YJWO 1VQNL 3OW2N 1YHQL 1Q82P 1VQ4L 1KQSK 3CCQL 1K9MM 2OTJL 3I55L 1NJIM 1YIJL 3G71L 3CCLO 1QVGN 5DS5A 4N06A 1Q81P 1VQLO 3I56L 5DS6A 1Q82M 1M1KP 2QA4L 1VQKL 3G4SL 2OTLL 3CXCN 3CCSL 1VQ6O 1VQKO 1KC8P 2OTLO 1YJNO 1S72O 1VQ9O 1Q7YP 1VQOL 1JJ2K 1Q81M 3CCVL 4XTKA 1K8AP 1QVFK 1KQSN 1VQNO 1Q86P 1M1KM 1YHQO 1VQ4O 1VQ7L 1VQ8L 3CCQO 3CCRL 1KC8M 1YJ9L 1Q86M 2OTJO 3I55O 1YI2L 1YIJO 3G71O 3CCRO 1Q7YM 5DQZA 1K8AM 3CCUL 3I56O 3G6EL
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QA4 O;  3G4S O;  3OW2 K;  3CPW N;  3CCS O;  1W2B K;  3CD6 L;  3CMA L;  3CCM L;  1JJ2 N;  3CCJ L;  3CMA O;  1VQO O;  3CCJ O;  3CCV O;  1VQ5 L;  3CCE L;  3CC4 L;  1VQ7 O;  1VQ8 O;  1YJ9 O;  1YI2 O;  3CC2 L;  3CC7 L;  1KD1 P;  1K73 P;  1M90 P;  3CCU O;  2QEX L;  3G6E O;  1W2B N;  2QEX O;  1N8R P;  3CME L;  3CCL L;  1VQM L;  3CD6 O;  3CCM O;  1KD1 M;  1QVF N;  3CME O;  1VQM O;  1QVG K;  1K73 M;  1VQL L;  1M90 M;  1VQ5 O;  1VQ6 L;  3CCE O;  3CC4 O;  1VQP L;  1K9M P;  1YIT L;  1N8R M;  3CXC K;  1YJN L;  1S72 L;  1VQ9 L;  1VQP O;  1NJI P;  1YIT O;  1YJW L;  3CPW K;  3CC2 O;  3CC7 O;  1YJW O;  1VQN L;  3OW2 N;  1YHQ L;  1Q82 P;  1VQ4 L;  1KQS K;  3CCQ L;  3G6E L;  1K9M M;  2OTJ L;  3I55 L;  1NJI M;  1YIJ L;  3G71 L;  3CCL O;  1QVG N;  1Q81 P;  1VQL O;  3I56 L;  1Q82 M;  1M1K P;  2QA4 L;  1VQK L;  3G4S L;  2OTL L;  3CXC N;  3CCS L;  1VQ6 O;  1VQK O;  1KC8 P;  2OTL O;  1YJN O;  1S72 O;  1VQ9 O;  1Q7Y P;  1VQO L;  1JJ2 K;  1Q81 M;  3CCV L;  1K8A P;  1QVF K;  1KQS N;  1VQN O;  1Q86 P;  1M1K M;  1YHQ O;  1VQ4 O;  1VQ7 L;  1VQ8 L;  3CCQ O;  3CCR L;  1KC8 M;  1YJ9 L;  2OTJ O;  3I55 O;  1YI2 L;  1YIJ O;  3G71 O;  3CCR O;  1Q7Y M;  1K8A M;  3CCU L;  3I56 O;  1Q86 M; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2QA4 O;  2YZS A;  3G4S O;  3OW2 K;  3CPW N;  3CCS O;  1W2B K;  3CD6 L;  3CMA L;  3CCM L;  5DLJ A;  1JJ2 N;  3CCJ L;  3CMA O;  3GOD A;  1VQO O;  3CCJ O;  3CCV O;  1VQ5 L;  3CCE L;  3CC4 L;  1VQ7 O;  1VQ8 O;  1YJ9 O;  1YI2 O;  3CC2 L;  3CC7 L;  1KD1 P;  1K73 P;  1M90 P;  3CCU O;  2QEX L;  3G6E O;  5FCL A;  1W2B N;  2QEX O;  4WJ0 A;  1N8R P;  3CME L;  3CCL L;  1VQM L;  4W8K A;  3CD6 O;  5DQT A;  3CCM O;  1KD1 M;  3CME O;  1QVF N;  1VQM O;  4P6I C;  1QVG K;  1K73 M;  1VQL L;  1M90 M;  1VQ5 O;  5DS4 A;  1VQ6 L;  3CCE O;  3CC4 O;  1VQP L;  1K9M P;  1YIT L;  1N8R M;  3CXC K;  1YJN L;  1S72 L;  1VQ9 L;  1VQP O;  1NJI P;  1YIT O;  1YJW L;  3CPW K;  4QDL A;  3CC2 O;  3CC7 O;  3NKD A;  1YJW O;  1VQN L;  3OW2 N;  1YHQ L;  1Q82 P;  1VQ4 L;  1KQS K;  3CCQ L;  1K9M M;  2OTJ L;  3I55 L;  1NJI M;  1YIJ L;  3G71 L;  3CCL O;  1QVG N;  5DS5 A;  4N06 A;  1Q81 P;  1VQL O;  3I56 L;  5DS6 A;  1Q82 M;  1M1K P;  2QA4 L;  1VQK L;  3G4S L;  2OTL L;  3CXC N;  3CCS L;  1VQ6 O;  1VQK O;  1KC8 P;  2OTL O;  1YJN O;  1S72 O;  1VQ9 O;  1Q7Y P;  1VQO L;  1JJ2 K;  1Q81 M;  3CCV L;  4XTK A;  1K8A P;  1QVF K;  1KQS N;  1VQN O;  1Q86 P;  1M1K M;  1YHQ O;  1VQ4 O;  1VQ7 L;  1VQ8 L;  3CCQ O;  3CCR L;  1KC8 M;  1YJ9 L;  1Q86 M;  2OTJ O;  3I55 O;  1YI2 L;  1YIJ O;  3G71 O;  3CCR O;  1Q7Y M;  5DQZ A;  1K8A M;  3CCU L;  3I56 O;  3G6E L; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 2QA4 O;  2YZS A;  3G4S O;  3OW2 K;  3CPW N;  3CCS O;  1W2B K;  3CD6 L;  3CMA L;  3CCM L;  5DLJ A;  1JJ2 N;  3CCJ L;  3CMA O;  3GOD A;  1VQO O;  3CCJ O;  3CCV O;  1VQ5 L;  3CCE L;  3CC4 L;  1VQ7 O;  1VQ8 O;  1YJ9 O;  1YI2 O;  3CC2 L;  3CC7 L;  1KD1 P;  1K73 P;  1M90 P;  3CCU O;  2QEX L;  3G6E O;  5FCL A;  1W2B N;  2QEX O;  4WJ0 A;  1N8R P;  3CME L;  3CCL L;  1VQM L;  4W8K A;  3CD6 O;  5DQT A;  3CCM O;  1KD1 M;  3CME O;  1QVF N;  1VQM O;  4P6I C;  1QVG K;  1K73 M;  1VQL L;  1M90 M;  1VQ5 O;  5DS4 A;  1VQ6 L;  3CCE O;  3CC4 O;  1VQP L;  1K9M P;  1YIT L;  1N8R M;  3CXC K;  1YJN L;  1S72 L;  1VQ9 L;  1VQP O;  1NJI P;  1YIT O;  1YJW L;  3CPW K;  4QDL A;  3CC2 O;  3CC7 O;  3NKD A;  1YJW O;  1VQN L;  3OW2 N;  1YHQ L;  1Q82 P;  1VQ4 L;  1KQS K;  3CCQ L;  1K9M M;  2OTJ L;  3I55 L;  1NJI M;  1YIJ L;  3G71 L;  3CCL O;  1QVG N;  5DS5 A;  4N06 A;  1Q81 P;  1VQL O;  3I56 L;  5DS6 A;  1Q82 M;  1M1K P;  2QA4 L;  1VQK L;  3G4S L;  2OTL L;  3CXC N;  3CCS L;  1VQ6 O;  1VQK O;  1KC8 P;  2OTL O;  1YJN O;  1S72 O;  1VQ9 O;  1Q7Y P;  1VQO L;  1JJ2 K;  1Q81 M;  3CCV L;  4XTK A;  1K8A P;  1QVF K;  1KQS N;  1VQN O;  1Q86 P;  1M1K M;  1YHQ O;  1VQ4 O;  1VQ7 L;  1VQ8 L;  3CCQ O;  3CCR L;  1KC8 M;  1YJ9 L;  1Q86 M;  2OTJ O;  3I55 O;  1YI2 L;  1YIJ O;  3G71 O;  3CCR O;  1Q7Y M;  5DQZ A;  1K8A M;  3CCU L;  3I56 O;  3G6E L; 
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