1VQ6L

The structure of c-hpmn and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 28
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
28
sequence length
150
structure length
145
Chain Sequence
TSKKKRQRGSRTHGGGSHKNRRGAGHRGGRGDAGRDKHEFHNHEPLGKSGFKRPQKVQEEAATIDVREIDENVTLLAADDVAEFRVDVRDVVEEADDADYVKVLGAGQVRHELTLIADDFSEGAREKVEGAGGSVELTDLGEERQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 28
structure length 145
sequence length 150
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1vq6L02
4.10.990.10 Few Secondary Structures Irregular Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 1vq6L01
3CCML 3CMEO 1W2BK 1QVFN 1Q7YM 3CCLO 3CCRO 1K9MM 1VQ6O 1VQ9O 3CMEL 2OTJO 2QA4O 3CCLL 3CCRL 3CCSO 3CXCN 1JJ2N 3CXCK 1JJ2K 1VQ6L 1KQSN 1Q81M 1VQNO 1VQ9L 1K8AM 3G4SO 1YI2O 2OTJL 2QA4L 1VQMO 1N8RP 3CC4O 1N8RM 3CCSL 3CCQO 1VQNL 1W2BN 1KC8M 3G4SL 1M90M 1YI2L 1Q7YP 1VQML 1K9MP 3CC4L 1YJ9O 3CCQL 3OW2N 3OW2K 3CCJO 1QVGN 1QVGK 1YJ9L 1Q81P 1K8AP 3CC2O 3CCJL 1VQOO 1S72O 1VQ5O 1NJIM 1VQ4O 1KC8P 3CC2L 1VQKO 1M90P 3CC7O 1VQPO 1KD1M 2QEXO 1VQOL 1S72L 1VQ5L 3CMAO 1YJWL 1VQ4L 2OTLO 3CCVO 3G71O 3CCUO 1VQKL 3CC7L 1VQPL 2QEXL 1Q82M 3I55L 3CMAL 2OTLL 3CCVL 1YIJO 3G71L 1Q86M 1M1KM 3CD6O 3CCUL 1K73M 1VQLO 3CCEO 1NJIP 1YJWO 1QVFK 1YHQO 1YIJL 1VQ7O 3CD6L 1YITO 1KD1P 3CPWN 1VQLL 3CPWK 3I55O 3CCEL 3I56O 1VQ8O 1YHQL 1YJNO 1VQ7L 1YITL 3G6EO 3CCMO 1Q82P 1KQSK 3I56L 1VQ8L 1M1KP 1Q86P 1YJNL 1K73P 3G6EL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CCML 3CMEO 1W2BK 1QVFN 1Q7YM 3CCLO 3CCRO 1K9MM 1VQ6O 1VQ9O 3CMEL 2OTJO 3NKDA 2QA4O 3CCLL 3CCRL 3CCSO 3CXCN 1JJ2N 3CXCK 1JJ2K 1VQ6L 1KQSN 1Q81M 1VQNO 1VQ9L 1K8AM 3G4SO 1YI2O 2OTJL 5DLJA 2QA4L 1VQMO 3CC4O 1N8RP 1N8RM 5DS6A 3CCSL 3GODA 3CCQO 4N06A 1VQNL 5DS4A 1W2BN 1KC8M 3G4SL 1M90M 1YI2L 1Q7YP 1VQML 1K9MP 3CC4L 1YJ9O 2YZSA 3CCQL 3OW2N 3OW2K 3CCJO 1QVGN 1QVGK 1YJ9L 1Q81P 1K8AP 3CC2O 4P6IC 3CCJL 1VQOO 1S72O 1VQ5O 1NJIM 1VQ4O 1KC8P 3CC2L 1VQKO 1M90P 3CC7O 1VQPO 1KD1M 2QEXO 1VQOL 1S72L 1VQ5L 3CMAO 1YJWL 1VQ4L 4QDLA 2OTLO 3CCVO 3G71O 3CCUO 1VQKL 3CC7L 1VQPL 2QEXL 1Q82M 3I55L 3CMAL 2OTLL 5FCLA 3CCVL 1YIJO 3G71L 1Q86M 1M1KM 3CD6O 3CCUL 1K73M 5DS5A 1VQLO 3CCEO 1NJIP 1YJWO 1QVFK 1YHQO 1YIJL 4XTKA 1VQ7O 3CD6L 1YITO 1KD1P 3CPWN 1VQLL 3CPWK 3I55O 3CCEL 5DQZA 3I56O 1VQ8O 1YHQL 1YJNO 5DQTA 1VQ7L 1YITL 3G6EO 3CCMO 1Q82P 1KQSK 4W8KA 3I56L 1VQ8L 4WJ0A 1M1KP 1Q86P 1YJNL 1K73P 3G6EL
chains in the Genus database with same CATH topology
3CCML 3CMEO 1W2BK 1QVFN 1Q7YM 3CCLO 3CCRO 1K9MM 1VQ6O 1VQ9O 3CMEL 2OTJO 3NKDA 2QA4O 3CCLL 3CCRL 3CCSO 3CXCN 1JJ2N 3CXCK 1JJ2K 1VQ6L 1KQSN 1Q81M 1VQNO 1VQ9L 1K8AM 3G4SO 1YI2O 2OTJL 5DLJA 2QA4L 1VQMO 3CC4O 1N8RP 1N8RM 5DS6A 3CCSL 3GODA 3CCQO 4N06A 1VQNL 5DS4A 1W2BN 1KC8M 3G4SL 1M90M 1YI2L 1Q7YP 1VQML 1K9MP 3CC4L 1YJ9O 2YZSA 3CCQL 3OW2N 3OW2K 3CCJO 1QVGN 1QVGK 1YJ9L 1Q81P 1K8AP 3CC2O 4P6IC 3CCJL 1VQOO 1S72O 1VQ5O 1NJIM 1VQ4O 1KC8P 3CC2L 1VQKO 1M90P 3CC7O 1VQPO 1KD1M 2QEXO 1VQOL 1S72L 1VQ5L 3CMAO 1YJWL 1VQ4L 4QDLA 2OTLO 3CCVO 3G71O 3CCUO 1VQKL 3CC7L 1VQPL 2QEXL 1Q82M 3I55L 3CMAL 2OTLL 5FCLA 3CCVL 1YIJO 3G71L 1Q86M 1M1KM 3CD6O 3CCUL 1K73M 5DS5A 1VQLO 3CCEO 1NJIP 1YJWO 1QVFK 1YHQO 1YIJL 4XTKA 1VQ7O 3CD6L 1YITO 1KD1P 3CPWN 1VQLL 3CPWK 3I55O 3CCEL 5DQZA 3I56O 1VQ8O 1YHQL 1YJNO 5DQTA 1VQ7L 1YITL 3G6EO 3CCMO 1Q82P 1KQSK 4W8KA 3I56L 1VQ8L 4WJ0A 1M1KP 1Q86P 1YJNL 1K73P 3G6EL
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCM L;  3CME O;  1W2B K;  1QVF N;  1Q7Y M;  3CCL O;  3CCR O;  1K9M M;  1VQ6 O;  1VQ9 O;  3CME L;  2OTJ O;  2QA4 O;  3CCL L;  3CCR L;  3CCS O;  3CXC N;  1JJ2 N;  3CXC K;  1JJ2 K;  1VQ6 L;  1KQS N;  1Q81 M;  1VQN O;  1VQ9 L;  1K8A M;  3G4S O;  1YI2 O;  2OTJ L;  2QA4 L;  1VQM O;  1N8R P;  3CC4 O;  1N8R M;  3CCS L;  3CCQ O;  1VQN L;  1W2B N;  1KC8 M;  3G4S L;  1M90 M;  1YI2 L;  1Q7Y P;  1VQM L;  1K9M P;  3CC4 L;  1YJ9 O;  3CCQ L;  3OW2 N;  3OW2 K;  3CCJ O;  1QVG N;  1QVG K;  1YJ9 L;  1Q81 P;  1K8A P;  3CC2 O;  3CCJ L;  1VQO O;  1S72 O;  1VQ5 O;  1NJI M;  1VQ4 O;  1KC8 P;  3CC2 L;  1VQK O;  1M90 P;  3CC7 O;  1VQP O;  1KD1 M;  2QEX O;  1VQO L;  1S72 L;  1VQ5 L;  3CMA O;  1YJW L;  1VQ4 L;  2OTL O;  3CCV O;  3G71 O;  3CCU O;  1VQK L;  3CC7 L;  1VQP L;  2QEX L;  1Q82 M;  3I55 L;  3CMA L;  2OTL L;  3CCV L;  1YIJ O;  3G71 L;  1Q86 M;  1M1K M;  3CD6 O;  3CCU L;  1K73 M;  1VQL O;  3CCE O;  1NJI P;  1YJW O;  1QVF K;  1YHQ O;  1YIJ L;  1VQ7 O;  3CD6 L;  1YIT O;  1KD1 P;  3CPW N;  1VQL L;  3CPW K;  3I55 O;  3CCE L;  3I56 O;  1VQ8 O;  1YHQ L;  1YJN O;  1VQ7 L;  1YIT L;  3G6E O;  3CCM O;  1Q82 P;  1KQS K;  3I56 L;  1VQ8 L;  1M1K P;  1Q86 P;  1YJN L;  1K73 P;  3G6E L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CCM L;  3CME O;  1W2B K;  1QVF N;  1Q7Y M;  3CCL O;  3CCR O;  1K9M M;  1VQ6 O;  1VQ9 O;  3CME L;  2OTJ O;  3NKD A;  2QA4 O;  3CCL L;  3CCR L;  3CCS O;  3CXC N;  1JJ2 N;  3CXC K;  1JJ2 K;  1VQ6 L;  1KQS N;  1Q81 M;  1VQN O;  1VQ9 L;  1K8A M;  3G4S O;  1YI2 O;  2OTJ L;  5DLJ A;  2QA4 L;  1VQM O;  3CC4 O;  1N8R P;  1N8R M;  5DS6 A;  3CCS L;  3GOD A;  3CCQ O;  4N06 A;  1VQN L;  5DS4 A;  1W2B N;  1KC8 M;  3G4S L;  1M90 M;  1YI2 L;  1Q7Y P;  1VQM L;  1K9M P;  3CC4 L;  1YJ9 O;  2YZS A;  3CCQ L;  3OW2 N;  3OW2 K;  3CCJ O;  1QVG N;  1QVG K;  1YJ9 L;  1Q81 P;  1K8A P;  3CC2 O;  4P6I C;  3CCJ L;  1VQO O;  1S72 O;  1VQ5 O;  1NJI M;  1VQ4 O;  1KC8 P;  3CC2 L;  1VQK O;  1M90 P;  3CC7 O;  1VQP O;  1KD1 M;  2QEX O;  1VQO L;  1S72 L;  1VQ5 L;  3CMA O;  1YJW L;  1VQ4 L;  4QDL A;  2OTL O;  3CCV O;  3G71 O;  3CCU O;  1VQK L;  3CC7 L;  1VQP L;  2QEX L;  1Q82 M;  3I55 L;  3CMA L;  2OTL L;  5FCL A;  3CCV L;  1YIJ O;  3G71 L;  1Q86 M;  1M1K M;  3CD6 O;  3CCU L;  1K73 M;  5DS5 A;  1VQL O;  3CCE O;  1NJI P;  1YJW O;  1QVF K;  1YHQ O;  1YIJ L;  4XTK A;  1VQ7 O;  3CD6 L;  1YIT O;  1KD1 P;  3CPW N;  1VQL L;  3CPW K;  3I55 O;  3CCE L;  5DQZ A;  3I56 O;  1VQ8 O;  1YHQ L;  1YJN O;  5DQT A;  1VQ7 L;  1YIT L;  3G6E O;  3CCM O;  1Q82 P;  1KQS K;  4W8K A;  3I56 L;  1VQ8 L;  4WJ0 A;  1M1K P;  1Q86 P;  1YJN L;  1K73 P;  3G6E L; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3CCM L;  3CME O;  1W2B K;  1QVF N;  1Q7Y M;  3CCL O;  3CCR O;  1K9M M;  1VQ6 O;  1VQ9 O;  3CME L;  2OTJ O;  3NKD A;  2QA4 O;  3CCL L;  3CCR L;  3CCS O;  3CXC N;  1JJ2 N;  3CXC K;  1JJ2 K;  1VQ6 L;  1KQS N;  1Q81 M;  1VQN O;  1VQ9 L;  1K8A M;  3G4S O;  1YI2 O;  2OTJ L;  5DLJ A;  2QA4 L;  1VQM O;  3CC4 O;  1N8R P;  1N8R M;  5DS6 A;  3CCS L;  3GOD A;  3CCQ O;  4N06 A;  1VQN L;  5DS4 A;  1W2B N;  1KC8 M;  3G4S L;  1M90 M;  1YI2 L;  1Q7Y P;  1VQM L;  1K9M P;  3CC4 L;  1YJ9 O;  2YZS A;  3CCQ L;  3OW2 N;  3OW2 K;  3CCJ O;  1QVG N;  1QVG K;  1YJ9 L;  1Q81 P;  1K8A P;  3CC2 O;  4P6I C;  3CCJ L;  1VQO O;  1S72 O;  1VQ5 O;  1NJI M;  1VQ4 O;  1KC8 P;  3CC2 L;  1VQK O;  1M90 P;  3CC7 O;  1VQP O;  1KD1 M;  2QEX O;  1VQO L;  1S72 L;  1VQ5 L;  3CMA O;  1YJW L;  1VQ4 L;  4QDL A;  2OTL O;  3CCV O;  3G71 O;  3CCU O;  1VQK L;  3CC7 L;  1VQP L;  2QEX L;  1Q82 M;  3I55 L;  3CMA L;  2OTL L;  5FCL A;  3CCV L;  1YIJ O;  3G71 L;  1Q86 M;  1M1K M;  3CD6 O;  3CCU L;  1K73 M;  5DS5 A;  1VQL O;  3CCE O;  1NJI P;  1YJW O;  1QVF K;  1YHQ O;  1YIJ L;  4XTK A;  1VQ7 O;  3CD6 L;  1YIT O;  1KD1 P;  3CPW N;  1VQL L;  3CPW K;  3I55 O;  3CCE L;  5DQZ A;  3I56 O;  1VQ8 O;  1YHQ L;  1YJN O;  5DQT A;  1VQ7 L;  1YIT L;  3G6E O;  3CCM O;  1Q82 P;  1KQS K;  4W8K A;  3I56 L;  1VQ8 L;  4WJ0 A;  1M1K P;  1Q86 P;  1YJN L;  1K73 P;  3G6E L; 
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