1QVFK

Structure of a deacylated trna minihelix bound to the e site of the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 28
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
28
sequence length
150
structure length
145
Chain Sequence
TSKKKRQRGSRTHGGGSHKNRRGAGHRGGRGDAGRDKHEFHNHEPLGKSGFKRPQKVQEEAATIDVREIDENVTLLAADDVAEFRVDVRDVVEEADDADYVKVLGAGQVRHELTLIADDFSEGAREKVEGAGGSVELTDLGEERQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structures of deacylated tRNA mimics bound to the E site of the large ribosomal subunit
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
total genus 28
structure length 145
sequence length 150
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
K PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1qvfK02
4.10.990.10 Few Secondary Structures Irregular Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 1qvfK01
3CMAO 3G6EL 3CCUL 1VQ8O 3CCRL 3CXCK 3I56O 3CCVL 3CCQO 1K8AM 1Q82P 1YI2O 1VQNO 1VQ9L 2OTJL 1QVFK 3CC4O 3CCJO 3CPWK 1Q81P 1Q82M 3G71L 3G6EO 3CCUO 3CCEO 1KC8P 1YJ9L 3CCVO 1YJWL 1VQ4L 1YITL 1Q81M 2QEXL 1YIJL 3CMEL 1VQLL 3CCLL 3CCSL 1VQ9O 1KC8M 1VQPL 1VQ6L 3G71O 1VQKL 3CC2L 2QA4L 1S72L 1YJ9O 1YJWO 3I55L 1YITO 1VQ5L 2QEXO 1VQ7L 1YIJO 3CD6L 3CCRO 3CMAL 1M1KP 1VQML 1VQLO 1YJNL 3CC7L 3CCLO 3CCSO 1KD1P 1YHQL 1VQOL 1VQ6O 1KQSN 1W2BN 2OTJO 1M1KM 1K73P 1VQNL 3OW2N 1KD1M 3CC2O 2QA4O 1S72O 3I55O 3CCML 1Q7YP 1VQ5O 1VQ7O 3CD6O 2OTLL 3G4SL 1VQMO 1K73M 1NJIM 1YJNO 3CC7O 1VQ4O 3CCEL 3CMEO 1QVGN 1YHQO 1N8RP 1JJ2N 1VQOO 1KQSK 1Q86P 1W2BK 1Q7YM 1VQ8L 1M90P 3I56L 3CXCN 1VQPO 3CCQL 1K9MP 3OW2K 1N8RM 1YI2L 1NJIP 1VQKO 3CCMO 1Q86M 2OTLO 3G4SO 1M90M 3CC4L 3CCJL 1QVFN 1K9MM 1QVGK 1K8AP 3CPWN 1JJ2K
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CMAO 3G6EL 3CCUL 1VQ8O 3CCRL 3CXCK 3I56O 3CCVL 3CCQO 1K8AM 1Q82P 1YI2O 1VQNO 1VQ9L 4QDLA 4XTKA 2OTJL 1QVFK 3CC4O 3CCJO 3CPWK 1Q81P 1Q82M 3G71L 3G6EO 3CCUO 3CCEO 1KC8P 2YZSA 1YJ9L 3CCVO 1YJWL 1VQ4L 1YITL 1Q81M 2QEXL 1YIJL 3CMEL 5DS4A 4WJ0A 3NKDA 1VQLL 3CCLL 3CCSL 1VQ9O 1KC8M 1VQPL 1VQ6L 3G71O 1VQKL 3CC2L 2QA4L 1S72L 1YJ9O 1YJWO 3I55L 1YITO 1VQ5L 2QEXO 1VQ7L 1YIJO 3CD6L 3CCRO 3CMAL 1M1KP 1VQML 1VQLO 1YJNL 3CC7L 3CCLO 3CCSO 1KD1P 1YHQL 5DQZA 1VQOL 1VQ6O 5DS6A 1KQSN 1W2BN 2OTJO 1M1KM 4N06A 1K73P 1VQNL 3OW2N 1KD1M 3CC2O 4P6IC 2QA4O 1S72O 3GODA 3I55O 3CCML 1Q7YP 1VQ5O 1VQ7O 3CD6O 2OTLL 3G4SL 1VQMO 5DQTA 1K73M 1NJIM 1YJNO 3CC7O 1VQ4O 3CCEL 3CMEO 1QVGN 1YHQO 1N8RP 5DLJA 1JJ2N 1VQOO 1KQSK 1Q86P 1W2BK 1Q7YM 1VQ8L 5FCLA 1M90P 3I56L 3CXCN 1VQPO 3CCQL 1K9MP 3OW2K 5DS5A 4W8KA 1N8RM 1YI2L 1NJIP 1VQKO 3CCMO 1Q86M 2OTLO 3G4SO 1M90M 3CC4L 3CCJL 1QVFN 1K9MM 1QVGK 1K8AP 3CPWN 1JJ2K
chains in the Genus database with same CATH topology
3CMAO 3G6EL 3CCUL 1VQ8O 3CCRL 3CXCK 3I56O 3CCVL 3CCQO 1K8AM 1Q82P 1YI2O 1VQNO 1VQ9L 4QDLA 4XTKA 2OTJL 1QVFK 3CC4O 3CCJO 3CPWK 1Q81P 1Q82M 3G71L 3G6EO 3CCUO 3CCEO 1KC8P 2YZSA 1YJ9L 3CCVO 1YJWL 1VQ4L 1YITL 1Q81M 2QEXL 1YIJL 3CMEL 5DS4A 4WJ0A 3NKDA 1VQLL 3CCLL 3CCSL 1VQ9O 1KC8M 1VQPL 1VQ6L 3G71O 1VQKL 3CC2L 2QA4L 1S72L 1YJ9O 1YJWO 3I55L 1YITO 1VQ5L 2QEXO 1VQ7L 1YIJO 3CD6L 3CCRO 3CMAL 1M1KP 1VQML 1VQLO 1YJNL 3CC7L 3CCLO 3CCSO 1KD1P 1YHQL 5DQZA 1VQOL 1VQ6O 5DS6A 1KQSN 1W2BN 2OTJO 1M1KM 4N06A 1K73P 1VQNL 3OW2N 1KD1M 3CC2O 4P6IC 2QA4O 1S72O 3GODA 3I55O 3CCML 1Q7YP 1VQ5O 1VQ7O 3CD6O 2OTLL 3G4SL 1VQMO 5DQTA 1K73M 1NJIM 1YJNO 3CC7O 1VQ4O 3CCEL 3CMEO 1QVGN 1YHQO 1N8RP 5DLJA 1JJ2N 1VQOO 1KQSK 1Q86P 1W2BK 1Q7YM 1VQ8L 5FCLA 1M90P 3I56L 3CXCN 1VQPO 3CCQL 1K9MP 3OW2K 5DS5A 4W8KA 1N8RM 1YI2L 1NJIP 1VQKO 3CCMO 1Q86M 2OTLO 3G4SO 1M90M 3CC4L 3CCJL 1QVFN 1K9MM 1QVGK 1K8AP 3CPWN 1JJ2K
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CMA O;  3G6E L;  3CCU L;  1VQ8 O;  3CCR L;  3CXC K;  3I56 O;  3CCV L;  3CCQ O;  1K8A M;  1Q82 P;  1YI2 O;  1VQN O;  1VQ9 L;  2OTJ L;  1QVF K;  3CC4 O;  3CCJ O;  3CPW K;  1Q81 P;  1Q82 M;  3G71 L;  3G6E O;  3CCU O;  3CCE O;  1KC8 P;  1YJ9 L;  3CCV O;  1YJW L;  1VQ4 L;  1YIT L;  1Q81 M;  2QEX L;  1YIJ L;  3CME L;  1VQL L;  3CCL L;  3CCS L;  1VQ9 O;  1KC8 M;  1VQP L;  1VQ6 L;  3G71 O;  1VQK L;  3CC2 L;  2QA4 L;  1S72 L;  1YJ9 O;  1YJW O;  3I55 L;  1YIT O;  1VQ5 L;  2QEX O;  1VQ7 L;  1YIJ O;  3CD6 L;  3CCR O;  3CMA L;  1M1K P;  1VQM L;  1VQL O;  1YJN L;  3CC7 L;  3CCL O;  3CCS O;  1KD1 P;  1YHQ L;  1VQO L;  1VQ6 O;  1KQS N;  1W2B N;  2OTJ O;  1M1K M;  1K73 P;  1VQN L;  3OW2 N;  1KD1 M;  3CC2 O;  2QA4 O;  1S72 O;  3I55 O;  3CCM L;  1Q7Y P;  1VQ5 O;  1VQ7 O;  3CD6 O;  2OTL L;  3G4S L;  1VQM O;  1K73 M;  1NJI M;  1YJN O;  3CC7 O;  1VQ4 O;  3CCE L;  3CME O;  1QVG N;  1YHQ O;  1N8R P;  1JJ2 N;  1VQO O;  1KQS K;  1Q86 P;  1W2B K;  1Q7Y M;  1VQ8 L;  1M90 P;  3I56 L;  3CXC N;  1VQP O;  3CCQ L;  1K9M P;  3OW2 K;  1N8R M;  1YI2 L;  1NJI P;  1VQK O;  3CCM O;  1Q86 M;  2OTL O;  3G4S O;  1M90 M;  3CC4 L;  3CCJ L;  1QVF N;  1K9M M;  1QVG K;  1K8A P;  3CPW N;  1JJ2 K; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CMA O;  3G6E L;  3CCU L;  1VQ8 O;  3CCR L;  3CXC K;  3I56 O;  3CCV L;  3CCQ O;  1K8A M;  1Q82 P;  1YI2 O;  1VQN O;  1VQ9 L;  4QDL A;  4XTK A;  2OTJ L;  1QVF K;  3CC4 O;  3CCJ O;  3CPW K;  1Q81 P;  1Q82 M;  3G71 L;  3G6E O;  3CCU O;  3CCE O;  1KC8 P;  2YZS A;  1YJ9 L;  3CCV O;  1YJW L;  1VQ4 L;  1YIT L;  1Q81 M;  2QEX L;  1YIJ L;  3CME L;  5DS4 A;  4WJ0 A;  3NKD A;  1VQL L;  3CCL L;  3CCS L;  1VQ9 O;  1KC8 M;  1VQP L;  1VQ6 L;  3G71 O;  1VQK L;  3CC2 L;  2QA4 L;  1S72 L;  1YJ9 O;  1YJW O;  3I55 L;  1YIT O;  1VQ5 L;  2QEX O;  1VQ7 L;  1YIJ O;  3CD6 L;  3CCR O;  3CMA L;  1M1K P;  1VQM L;  1VQL O;  1YJN L;  3CC7 L;  3CCL O;  3CCS O;  1KD1 P;  1YHQ L;  5DQZ A;  1VQO L;  1VQ6 O;  5DS6 A;  1KQS N;  1W2B N;  2OTJ O;  1M1K M;  4N06 A;  1K73 P;  1VQN L;  3OW2 N;  1KD1 M;  3CC2 O;  4P6I C;  2QA4 O;  1S72 O;  3GOD A;  3I55 O;  3CCM L;  1Q7Y P;  1VQ5 O;  1VQ7 O;  3CD6 O;  2OTL L;  3G4S L;  1VQM O;  5DQT A;  1K73 M;  1NJI M;  1YJN O;  3CC7 O;  1VQ4 O;  3CCE L;  3CME O;  1QVG N;  1YHQ O;  1N8R P;  5DLJ A;  1JJ2 N;  1VQO O;  1KQS K;  1Q86 P;  1W2B K;  1Q7Y M;  1VQ8 L;  5FCL A;  1M90 P;  3I56 L;  3CXC N;  1VQP O;  3CCQ L;  1K9M P;  3OW2 K;  5DS5 A;  4W8K A;  1N8R M;  1YI2 L;  1NJI P;  1VQK O;  3CCM O;  1Q86 M;  2OTL O;  3G4S O;  1M90 M;  3CC4 L;  3CCJ L;  1QVF N;  1K9M M;  1QVG K;  1K8A P;  3CPW N;  1JJ2 K; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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