1W2BK

Trigger factor ribosome binding domain in complex with 50s
Total Genus 30
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
30
sequence length
150
structure length
145
Chain Sequence
TSKKKRQRGSRTHGGGSHKNRRGAGHRGGRGDAGRDKHEFHNHEPLGKSGFKRPQKVQEEAATIDVREIDENVTLLAADDVAEFRVDVRDVVEEADDADYVKVLGAGQVRHELTLIADDFSEGAREKVEGAGGSVELTDLGEERQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
publication title Trigger Factor in Complex with the Ribosome Forms a Molecular Cradle for Nascent Proteins
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 30
structure length 145
sequence length 150
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
K PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1w2bK02
4.10.990.10 Few Secondary Structures Irregular Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 1w2bK01
3CCLO 1M1KM 1VQ5L 2QA4O 1VQML 1QVFN 1QVGN 3G71L 1VQOO 1M1KP 3CMAO 3CCQO 1VQKL 1VQ4L 3CC2L 1VQ7L 1YJWO 1VQOL 1KQSK 3CMEO 1YJ9L 1VQLO 3CD6L 1JJ2N 3CXCK 2QEXL 3I56L 1VQ6O 3CC7O 3CCRL 3CMEL 1YJNL 1VQNL 1K8AM 3G4SL 2OTJO 3CCJL 1S72O 3CCSL 1W2BN 1YITL 1YJWL 3CCLL 3CC4O 3CC7L 1YI2O 3I55O 1K8AP 1KD1M 1Q7YM 1YIJO 2QA4L 3CPWN 1NJIM 2OTLO 1KC8P 3CMAL 3CCMO 1VQPO 3CCQL 1Q7YP 1KD1P 1NJIP 3CCVO 1JJ2K 1YHQO 3CCML 1VQLL 1Q86P 3CCEO 1K73M 1VQ9O 1W2BK 1VQ8O 1VQ6L 1KQSN 1KC8M 3OW2N 2OTJL 1QVFK 1S72L 1QVGK 1K73P 3CXCN 3CC4L 1YI2L 1K9MP 3I55L 1VQMO 1YIJL 3G71O 1Q86M 1N8RM 2OTLL 1M90P 1VQKO 1VQ4O 3CCUO 1VQ7O 1VQPL 1Q82M 3CC2O 3CCVL 1YJ9O 3CD6O 1Q81M 1N8RP 1YHQL 3G6EO 3CCUL 1Q82P 1K9MM 2QEXO 3I56O 3CCEL 3CCRO 1YJNO 3OW2K 1Q81P 1VQ9L 1VQNO 3G4SO 3G6EL 3CCJO 1VQ8L 3CCSO 1VQ5O 3CPWK 1YITO 1M90M
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CCLO 5DLJA 2YZSA 1M1KM 1VQ5L 2QA4O 5DS6A 1VQML 1QVFN 1QVGN 3G71L 1VQOO 1M1KP 3CMAO 3CCQO 1VQKL 1VQ4L 3CC2L 1VQ7L 1VQOL 1KQSK 3CMEO 1YJ9L 1VQLO 3CD6L 4XTKA 1JJ2N 3CXCK 2QEXL 3I56L 1VQ6O 3CC7O 3CCRL 3CMEL 1YJNL 1VQNL 1K8AM 3G4SL 2OTJO 5DQZA 3CCJL 1S72O 3CCSL 1W2BN 1YITO 1YITL 1YJWL 3CCLL 3CC4O 3CC7L 1YI2O 3I55O 1K8AP 5DS5A 1KD1M 1Q7YM 1YIJO 2QA4L 3CPWN 4WJ0A 1NJIM 2OTLO 1KC8P 3CMAL 3CCMO 1VQPO 3CCQL 1Q7YP 1KD1P 4QDLA 1NJIP 3CCVO 3GODA 1JJ2K 1YHQO 3CCML 1VQLL 1Q86P 3CCEO 1K73M 1VQ9O 4W8KA 1W2BK 1VQ8O 1VQ6L 1KQSN 1KC8M 3OW2N 2OTJL 1QVFK 1S72L 5FCLA 1QVGK 1K73P 3CXCN 3CC4L 1YI2L 1K9MP 5DQTA 3I55L 1VQMO 1YIJL 3G71O 1Q86M 4N06A 1N8RM 2OTLL 1M90P 1VQKO 1VQ4O 3CCUO 1VQ7O 1VQPL 1Q82M 3CC2O 5DS4A 3CCVL 1YJ9O 3CD6O 1Q81M 1N8RP 1YHQL 3G6EO 3NKDA 3CCUL 1Q82P 1K9MM 2QEXO 3I56O 3CCEL 3CCRO 1YJNO 3OW2K 1Q81P 1VQ9L 1VQNO 3G4SO 3G6EL 3CCJO 1VQ8L 3CCSO 1VQ5O 3CPWK 1YJWO 1M90M 4P6IC
chains in the Genus database with same CATH topology
3CCLO 5DLJA 2YZSA 1M1KM 1VQ5L 2QA4O 5DS6A 1VQML 1QVFN 1QVGN 3G71L 1VQOO 1M1KP 3CMAO 3CCQO 1VQKL 1VQ4L 3CC2L 1VQ7L 1VQOL 1KQSK 3CMEO 1YJ9L 1VQLO 3CD6L 4XTKA 1JJ2N 3CXCK 2QEXL 3I56L 1VQ6O 3CC7O 3CCRL 3CMEL 1YJNL 1VQNL 1K8AM 3G4SL 2OTJO 5DQZA 3CCJL 1S72O 3CCSL 1W2BN 1YITO 1YITL 1YJWL 3CCLL 3CC4O 3CC7L 1YI2O 3I55O 1K8AP 5DS5A 1KD1M 1Q7YM 1YIJO 2QA4L 3CPWN 4WJ0A 1NJIM 2OTLO 1KC8P 3CMAL 3CCMO 1VQPO 3CCQL 1Q7YP 1KD1P 4QDLA 1NJIP 3CCVO 3GODA 1JJ2K 1YHQO 3CCML 1VQLL 1Q86P 3CCEO 1K73M 1VQ9O 4W8KA 1W2BK 1VQ8O 1VQ6L 1KQSN 1KC8M 3OW2N 2OTJL 1QVFK 1S72L 5FCLA 1QVGK 1K73P 3CXCN 3CC4L 1YI2L 1K9MP 5DQTA 3I55L 1VQMO 1YIJL 3G71O 1Q86M 4N06A 1N8RM 2OTLL 1M90P 1VQKO 1VQ4O 3CCUO 1VQ7O 1VQPL 1Q82M 3CC2O 5DS4A 3CCVL 1YJ9O 3CD6O 1Q81M 1N8RP 1YHQL 3G6EO 3NKDA 3CCUL 1Q82P 1K9MM 2QEXO 3I56O 3CCEL 3CCRO 1YJNO 3OW2K 1Q81P 1VQ9L 1VQNO 3G4SO 3G6EL 3CCJO 1VQ8L 3CCSO 1VQ5O 3CPWK 1YJWO 1M90M 4P6IC
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCL O;  1M1K M;  1VQ5 L;  2QA4 O;  1VQM L;  1QVF N;  1QVG N;  3G71 L;  1VQO O;  1M1K P;  3CMA O;  3CCQ O;  1VQK L;  1VQ4 L;  3CC2 L;  1VQ7 L;  1YJW O;  1VQO L;  1KQS K;  3CME O;  1YJ9 L;  1VQL O;  3CD6 L;  1JJ2 N;  3CXC K;  2QEX L;  3I56 L;  1VQ6 O;  3CC7 O;  3CCR L;  3CME L;  1YJN L;  1VQN L;  1K8A M;  3G4S L;  2OTJ O;  3CCJ L;  1S72 O;  3CCS L;  1W2B N;  1YIT L;  1YJW L;  3CCL L;  3CC4 O;  3CC7 L;  1YI2 O;  3I55 O;  1K8A P;  1KD1 M;  1Q7Y M;  1YIJ O;  2QA4 L;  3CPW N;  1NJI M;  2OTL O;  1KC8 P;  3CMA L;  3CCM O;  1VQP O;  3CCQ L;  1Q7Y P;  1KD1 P;  1NJI P;  3CCV O;  1JJ2 K;  1YHQ O;  3CCM L;  1VQL L;  1Q86 P;  3CCE O;  1K73 M;  1VQ9 O;  1W2B K;  1VQ8 O;  1VQ6 L;  1KQS N;  1KC8 M;  3OW2 N;  2OTJ L;  1QVF K;  1S72 L;  1QVG K;  1K73 P;  3CXC N;  3CC4 L;  1YI2 L;  1K9M P;  3I55 L;  1VQM O;  1YIJ L;  3G71 O;  1Q86 M;  1N8R M;  2OTL L;  1M90 P;  1VQK O;  1VQ4 O;  3CCU O;  1VQ7 O;  1VQP L;  1Q82 M;  3CC2 O;  3CCV L;  1YJ9 O;  3CD6 O;  1Q81 M;  1N8R P;  1YHQ L;  3G6E O;  3CCU L;  1Q82 P;  1K9M M;  2QEX O;  3I56 O;  3CCE L;  3CCR O;  1YJN O;  3OW2 K;  1Q81 P;  1VQ9 L;  1VQN O;  3G4S O;  3G6E L;  3CCJ O;  1VQ8 L;  3CCS O;  1VQ5 O;  3CPW K;  1YIT O;  1M90 M; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CCL O;  5DLJ A;  2YZS A;  1M1K M;  1VQ5 L;  2QA4 O;  5DS6 A;  1VQM L;  1QVF N;  1QVG N;  3G71 L;  1VQO O;  1M1K P;  3CMA O;  3CCQ O;  1VQK L;  1VQ4 L;  3CC2 L;  1VQ7 L;  1VQO L;  1KQS K;  3CME O;  1YJ9 L;  1VQL O;  3CD6 L;  4XTK A;  1JJ2 N;  3CXC K;  2QEX L;  3I56 L;  1VQ6 O;  3CC7 O;  3CCR L;  3CME L;  1YJN L;  1VQN L;  1K8A M;  3G4S L;  2OTJ O;  5DQZ A;  3CCJ L;  1S72 O;  3CCS L;  1W2B N;  1YIT O;  1YIT L;  1YJW L;  3CCL L;  3CC4 O;  3CC7 L;  1YI2 O;  3I55 O;  1K8A P;  5DS5 A;  1KD1 M;  1Q7Y M;  1YIJ O;  2QA4 L;  3CPW N;  4WJ0 A;  1NJI M;  2OTL O;  1KC8 P;  3CMA L;  3CCM O;  1VQP O;  3CCQ L;  1Q7Y P;  1KD1 P;  4QDL A;  1NJI P;  3CCV O;  3GOD A;  1JJ2 K;  1YHQ O;  3CCM L;  1VQL L;  1Q86 P;  3CCE O;  1K73 M;  1VQ9 O;  4W8K A;  1W2B K;  1VQ8 O;  1VQ6 L;  1KQS N;  1KC8 M;  3OW2 N;  2OTJ L;  1QVF K;  1S72 L;  5FCL A;  1QVG K;  1K73 P;  3CXC N;  3CC4 L;  1YI2 L;  1K9M P;  5DQT A;  3I55 L;  1VQM O;  1YIJ L;  3G71 O;  1Q86 M;  4N06 A;  1N8R M;  2OTL L;  1M90 P;  1VQK O;  1VQ4 O;  3CCU O;  1VQ7 O;  1VQP L;  1Q82 M;  3CC2 O;  5DS4 A;  3CCV L;  1YJ9 O;  3CD6 O;  1Q81 M;  1N8R P;  1YHQ L;  3G6E O;  3NKD A;  3CCU L;  1Q82 P;  1K9M M;  2QEX O;  3I56 O;  3CCE L;  3CCR O;  1YJN O;  3OW2 K;  1Q81 P;  1VQ9 L;  1VQN O;  3G4S O;  3G6E L;  3CCJ O;  1VQ8 L;  3CCS O;  1VQ5 O;  3CPW K;  1YJW O;  1M90 M;  4P6I C; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3CCL O;  5DLJ A;  2YZS A;  1M1K M;  1VQ5 L;  2QA4 O;  5DS6 A;  1VQM L;  1QVF N;  1QVG N;  3G71 L;  1VQO O;  1M1K P;  3CMA O;  3CCQ O;  1VQK L;  1VQ4 L;  3CC2 L;  1VQ7 L;  1VQO L;  1KQS K;  3CME O;  1YJ9 L;  1VQL O;  3CD6 L;  4XTK A;  1JJ2 N;  3CXC K;  2QEX L;  3I56 L;  1VQ6 O;  3CC7 O;  3CCR L;  3CME L;  1YJN L;  1VQN L;  1K8A M;  3G4S L;  2OTJ O;  5DQZ A;  3CCJ L;  1S72 O;  3CCS L;  1W2B N;  1YIT O;  1YIT L;  1YJW L;  3CCL L;  3CC4 O;  3CC7 L;  1YI2 O;  3I55 O;  1K8A P;  5DS5 A;  1KD1 M;  1Q7Y M;  1YIJ O;  2QA4 L;  3CPW N;  4WJ0 A;  1NJI M;  2OTL O;  1KC8 P;  3CMA L;  3CCM O;  1VQP O;  3CCQ L;  1Q7Y P;  1KD1 P;  4QDL A;  1NJI P;  3CCV O;  3GOD A;  1JJ2 K;  1YHQ O;  3CCM L;  1VQL L;  1Q86 P;  3CCE O;  1K73 M;  1VQ9 O;  4W8K A;  1W2B K;  1VQ8 O;  1VQ6 L;  1KQS N;  1KC8 M;  3OW2 N;  2OTJ L;  1QVF K;  1S72 L;  5FCL A;  1QVG K;  1K73 P;  3CXC N;  3CC4 L;  1YI2 L;  1K9M P;  5DQT A;  3I55 L;  1VQM O;  1YIJ L;  3G71 O;  1Q86 M;  4N06 A;  1N8R M;  2OTL L;  1M90 P;  1VQK O;  1VQ4 O;  3CCU O;  1VQ7 O;  1VQP L;  1Q82 M;  3CC2 O;  5DS4 A;  3CCV L;  1YJ9 O;  3CD6 O;  1Q81 M;  1N8R P;  1YHQ L;  3G6E O;  3NKD A;  3CCU L;  1Q82 P;  1K9M M;  2QEX O;  3I56 O;  3CCE L;  3CCR O;  1YJN O;  3OW2 K;  1Q81 P;  1VQ9 L;  1VQN O;  3G4S O;  3G6E L;  3CCJ O;  1VQ8 L;  3CCS O;  1VQ5 O;  3CPW K;  1YJW O;  1M90 M;  4P6I C; 
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