2QEXO

Negamycin binds to the wall of the nascent chain exit tunnel of the 50s ribosomal subunit
Total Genus 33
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKTNPRLSSLIADLKSAARSSGGAVWGDVAERLEKPRRTHAEVNLGRIERYAQEDETVVVPGKVLGSGVLQKDVTVAAVDFSGTAETKIDQVGEAVSLEQAIENNPEGSHVRVIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Negamycin binds to the wall of the nascent chain exit tunnel of the 50S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal RNA
total genus 33
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 2qexO00
1M1KM 1VQKL 3CCQL 1KQSK 1KC8M 1VQOL 3G6EO 3CCSO 1Q86M 1YI2L 1QVFK 3CD6L 1YITL 1YJ9O 3OW2N 3G71O 1VQNL 1M90P 3OW2K 1VQPL 1Q81P 1YHQL 1VQ5O 2OTLL 1QVGN 3CC7L 3CC4L 3CMAL 3CMEO 1VQML 1Q82M 1YJNO 3CPWN 3CCLO 1K73P 1KD1P 1W2BK 3G4SL 3CCVL 2QEXL 1VQ8L 1VQ7O 1VQ4O 1N8RM 1KQSN 1YJWL 1M1KP 3I55L 1QVFN 1VQLO 1KC8P 1K8AM 3CCEO 3CCUL 1Q86P 3CCRO 1Q7YM 1VQ9L 2QA4L 3G6EL 1K9MM 3CC2O 3CCSL 1VQ6O 1YIJO 1YJ9L 3G71L 1W2BN 1Q82P 1JJ2K 3I56L 1VQ5L 3CC4O 1S72O 2OTJO 3CMEL 3CCMO 1YJNL 1N8RP 3CCJO 3CCLL 3G4SO 1VQ7L 1NJIM 1VQ4L 1VQKO 3CCQO 1K8AP 1VQOO 1YI2O 1VQLL 3CD6O 1YITO 1Q7YP 3CCEL 3CCUO 1JJ2N 1K9MP 1VQNO 1VQPO 1VQ9O 1YHQO 3CCRL 2QA4O 2OTLO 3CC7O 3CMAO 1VQMO 1M90M 3CXCN 3CC2L 3CXCK 1VQ6L 1Q81M 1YIJL 3I56O 2QEXO 3CCVO 1VQ8O 1S72L 1QVGK 2OTJL 3CCML 1YJWO 1K73M 1KD1M 1NJIP 3CPWK 3I55O 3CCJL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1M1KM 4QDLA 1VQKL 3CCQL 1KQSK 1KC8M 1VQOL 3G6EO 3CCSO 1Q86M 1YI2L 1QVFK 3CD6L 1YITL 1YJ9O 3OW2N 3G71O 1VQNL 1M90P 3OW2K 1VQPL 4WJ0A 1Q81P 1YHQL 1VQ5O 2OTLL 1QVGN 3CC7L 3CC4L 3CMAL 3CMEO 1VQML 1Q82M 4P6IC 1YJNO 3CPWN 3CCLO 4N06A 1K73P 1KD1P 1W2BK 3G4SL 3CCVL 2QEXL 1VQ8L 5DS4A 1VQ7O 5DS6A 5FCLA 1VQ4O 1N8RM 1KQSN 5DLJA 1YJWL 5DQTA 4XTKA 1M1KP 3I55L 1QVFN 1VQLO 1KC8P 1K8AM 3CCEO 3CCUL 5DS5A 1Q86P 3CCRO 1Q7YM 1VQ9L 2QA4L 3NKDA 3G6EL 1K9MM 3CC2O 3CCSL 1VQ6O 1YIJO 1YJ9L 3G71L 1W2BN 1Q82P 1JJ2K 3I56L 1VQ5L 3CC4O 1S72O 2OTJO 3CMEL 3CCMO 1YJNL 2YZSA 1N8RP 3CCJO 3CCLL 3G4SO 1VQ7L 1NJIM 1VQ4L 1VQKO 3CCQO 1K8AP 1VQOO 4W8KA 1YI2O 1VQLL 3CD6O 1YITO 1Q7YP 3CCEL 3CCUO 1JJ2N 1K9MP 1VQNO 1VQPO 1VQ9O 1YHQO 3CCRL 2QA4O 2OTLO 3CC7O 3CMAO 1VQMO 1M90M 3CXCN 3GODA 3CC2L 3CXCK 1VQ6L 1Q81M 1YIJL 3I56O 2QEXO 3CCVO 1VQ8O 5DQZA 1S72L 1QVGK 2OTJL 3CCML 1YJWO 1K73M 1KD1M 1NJIP 3CPWK 3I55O 3CCJL
chains in the Genus database with same CATH topology
1M1KM 4QDLA 1VQKL 3CCQL 1KQSK 1KC8M 1VQOL 3G6EO 3CCSO 1Q86M 1YI2L 1QVFK 3CD6L 1YITL 1YJ9O 3OW2N 3G71O 1VQNL 1M90P 3OW2K 1VQPL 4WJ0A 1Q81P 1YHQL 1VQ5O 2OTLL 1QVGN 3CC7L 3CC4L 3CMAL 3CMEO 1VQML 1Q82M 4P6IC 1YJNO 3CPWN 3CCLO 4N06A 1K73P 1KD1P 1W2BK 3G4SL 3CCVL 2QEXL 1VQ8L 5DS4A 1VQ7O 5DS6A 5FCLA 1VQ4O 1N8RM 1KQSN 5DLJA 1YJWL 5DQTA 4XTKA 1M1KP 3I55L 1QVFN 1VQLO 1KC8P 1K8AM 3CCEO 3CCUL 5DS5A 1Q86P 3CCRO 1Q7YM 1VQ9L 2QA4L 3NKDA 3G6EL 1K9MM 3CC2O 3CCSL 1VQ6O 1YIJO 1YJ9L 3G71L 1W2BN 1Q82P 1JJ2K 3I56L 1VQ5L 3CC4O 1S72O 2OTJO 3CMEL 3CCMO 1YJNL 2YZSA 1N8RP 3CCJO 3CCLL 3G4SO 1VQ7L 1NJIM 1VQ4L 1VQKO 3CCQO 1K8AP 1VQOO 4W8KA 1YI2O 1VQLL 3CD6O 1YITO 1Q7YP 3CCEL 3CCUO 1JJ2N 1K9MP 1VQNO 1VQPO 1VQ9O 1YHQO 3CCRL 2QA4O 2OTLO 3CC7O 3CMAO 1VQMO 1M90M 3CXCN 3GODA 3CC2L 3CXCK 1VQ6L 1Q81M 1YIJL 3I56O 2QEXO 3CCVO 1VQ8O 5DQZA 1S72L 1QVGK 2OTJL 3CCML 1YJWO 1K73M 1KD1M 1NJIP 3CPWK 3I55O 3CCJL
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1M1K M;  1VQK L;  3CCQ L;  1KQS K;  1KC8 M;  1VQO L;  3G6E O;  3CCS O;  1Q86 M;  1YI2 L;  1QVF K;  3CD6 L;  1YIT L;  1YJ9 O;  3OW2 N;  3G71 O;  1VQN L;  1M90 P;  3OW2 K;  1VQP L;  1Q81 P;  1YHQ L;  1VQ5 O;  2OTL L;  1QVG N;  3CC7 L;  3CC4 L;  3CMA L;  3CME O;  1VQM L;  1Q82 M;  1YJN O;  3CPW N;  3CCL O;  1K73 P;  1KD1 P;  1W2B K;  3G4S L;  3CCV L;  2QEX L;  1VQ8 L;  1VQ7 O;  1VQ4 O;  1N8R M;  1KQS N;  1YJW L;  1M1K P;  3I55 L;  1QVF N;  1VQL O;  1KC8 P;  1K8A M;  3CCE O;  3CCU L;  1Q86 P;  3CCR O;  1Q7Y M;  1VQ9 L;  2QA4 L;  3G6E L;  1K9M M;  3CC2 O;  3CCS L;  1VQ6 O;  1YIJ O;  1YJ9 L;  3G71 L;  1W2B N;  1Q82 P;  1JJ2 K;  3I56 L;  1VQ5 L;  3CC4 O;  1S72 O;  2OTJ O;  3CME L;  3CCM O;  1YJN L;  1N8R P;  3CCJ O;  3CCL L;  3G4S O;  1VQ7 L;  1NJI M;  1VQ4 L;  1VQK O;  3CCQ O;  1K8A P;  1VQO O;  1YI2 O;  1VQL L;  3CD6 O;  1YIT O;  1Q7Y P;  3CCE L;  3CCU O;  1JJ2 N;  1K9M P;  1VQN O;  1VQP O;  1VQ9 O;  1YHQ O;  3CCR L;  2QA4 O;  2OTL O;  3CC7 O;  3CMA O;  1VQM O;  1M90 M;  3CXC N;  3CC2 L;  3CXC K;  1VQ6 L;  1Q81 M;  1YIJ L;  3I56 O;  2QEX O;  3CCV O;  1VQ8 O;  1S72 L;  1QVG K;  2OTJ L;  3CCM L;  1YJW O;  1K73 M;  1KD1 M;  1NJI P;  3CPW K;  3I55 O;  3CCJ L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1M1K M;  4QDL A;  1VQK L;  3CCQ L;  1KQS K;  1KC8 M;  1VQO L;  3G6E O;  3CCS O;  1Q86 M;  1YI2 L;  1QVF K;  3CD6 L;  1YIT L;  1YJ9 O;  3OW2 N;  3G71 O;  1VQN L;  1M90 P;  3OW2 K;  1VQP L;  4WJ0 A;  1Q81 P;  1YHQ L;  1VQ5 O;  2OTL L;  1QVG N;  3CC7 L;  3CC4 L;  3CMA L;  3CME O;  1VQM L;  1Q82 M;  4P6I C;  1YJN O;  3CPW N;  3CCL O;  4N06 A;  1K73 P;  1KD1 P;  1W2B K;  3G4S L;  3CCV L;  2QEX L;  1VQ8 L;  5DS4 A;  1VQ7 O;  5DS6 A;  5FCL A;  1VQ4 O;  1N8R M;  1KQS N;  5DLJ A;  1YJW L;  5DQT A;  4XTK A;  1M1K P;  3I55 L;  1QVF N;  1VQL O;  1KC8 P;  1K8A M;  3CCE O;  3CCU L;  5DS5 A;  1Q86 P;  3CCR O;  1Q7Y M;  1VQ9 L;  2QA4 L;  3NKD A;  3G6E L;  1K9M M;  3CC2 O;  3CCS L;  1VQ6 O;  1YIJ O;  1YJ9 L;  3G71 L;  1W2B N;  1Q82 P;  1JJ2 K;  3I56 L;  1VQ5 L;  3CC4 O;  1S72 O;  2OTJ O;  3CME L;  3CCM O;  1YJN L;  2YZS A;  1N8R P;  3CCJ O;  3CCL L;  3G4S O;  1VQ7 L;  1NJI M;  1VQ4 L;  1VQK O;  3CCQ O;  1K8A P;  1VQO O;  4W8K A;  1YI2 O;  1VQL L;  3CD6 O;  1YIT O;  1Q7Y P;  3CCE L;  3CCU O;  1JJ2 N;  1K9M P;  1VQN O;  1VQP O;  1VQ9 O;  1YHQ O;  3CCR L;  2QA4 O;  2OTL O;  3CC7 O;  3CMA O;  1VQM O;  1M90 M;  3CXC N;  3GOD A;  3CC2 L;  3CXC K;  1VQ6 L;  1Q81 M;  1YIJ L;  3I56 O;  2QEX O;  3CCV O;  1VQ8 O;  5DQZ A;  1S72 L;  1QVG K;  2OTJ L;  3CCM L;  1YJW O;  1K73 M;  1KD1 M;  1NJI P;  3CPW K;  3I55 O;  3CCJ L; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1M1K M;  4QDL A;  1VQK L;  3CCQ L;  1KQS K;  1KC8 M;  1VQO L;  3G6E O;  3CCS O;  1Q86 M;  1YI2 L;  1QVF K;  3CD6 L;  1YIT L;  1YJ9 O;  3OW2 N;  3G71 O;  1VQN L;  1M90 P;  3OW2 K;  1VQP L;  4WJ0 A;  1Q81 P;  1YHQ L;  1VQ5 O;  2OTL L;  1QVG N;  3CC7 L;  3CC4 L;  3CMA L;  3CME O;  1VQM L;  1Q82 M;  4P6I C;  1YJN O;  3CPW N;  3CCL O;  4N06 A;  1K73 P;  1KD1 P;  1W2B K;  3G4S L;  3CCV L;  2QEX L;  1VQ8 L;  5DS4 A;  1VQ7 O;  5DS6 A;  5FCL A;  1VQ4 O;  1N8R M;  1KQS N;  5DLJ A;  1YJW L;  5DQT A;  4XTK A;  1M1K P;  3I55 L;  1QVF N;  1VQL O;  1KC8 P;  1K8A M;  3CCE O;  3CCU L;  5DS5 A;  1Q86 P;  3CCR O;  1Q7Y M;  1VQ9 L;  2QA4 L;  3NKD A;  3G6E L;  1K9M M;  3CC2 O;  3CCS L;  1VQ6 O;  1YIJ O;  1YJ9 L;  3G71 L;  1W2B N;  1Q82 P;  1JJ2 K;  3I56 L;  1VQ5 L;  3CC4 O;  1S72 O;  2OTJ O;  3CME L;  3CCM O;  1YJN L;  2YZS A;  1N8R P;  3CCJ O;  3CCL L;  3G4S O;  1VQ7 L;  1NJI M;  1VQ4 L;  1VQK O;  3CCQ O;  1K8A P;  1VQO O;  4W8K A;  1YI2 O;  1VQL L;  3CD6 O;  1YIT O;  1Q7Y P;  3CCE L;  3CCU O;  1JJ2 N;  1K9M P;  1VQN O;  1VQP O;  1VQ9 O;  1YHQ O;  3CCR L;  2QA4 O;  2OTL O;  3CC7 O;  3CMA O;  1VQM O;  1M90 M;  3CXC N;  3GOD A;  3CC2 L;  3CXC K;  1VQ6 L;  1Q81 M;  1YIJ L;  3I56 O;  2QEX O;  3CCV O;  1VQ8 O;  5DQZ A;  1S72 L;  1QVG K;  2OTJ L;  3CCM L;  1YJW O;  1K73 M;  1KD1 M;  1NJI P;  3CPW K;  3I55 O;  3CCJ L; 
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