2QA4O

A more complete structure of the the l7/l12 stalk of the haloarcula marismortui 50s large ribosomal subunit
Total Genus 34
Loading diagram...

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
34
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKTNPRLSSLIADLKSAARSSGGAVWGDVAERLEKPRRTHAEVNLGRIERYAQEDETVVVPGKVLGSGVLQKDVTVAAVDFSGTAETKIDQVGEAVSLEQAIENNPEGSHVRVIR
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RIBOSOMAL RNA
publication title Structure of the base of the L7/L12 stalk of the Haloarcula marismortui large ribosomal subunit: Analysis of L11 movements
pubmed doi rcsb
total genus 34
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 2qa4O00
1YJWO 1VQKO 1YJNO 1NJIM 1KQSK 2OTLL 1M90P 3CPWN 3I55L 1YITL 3CC7O 3CD6L 1VQ7O 1Q82P 3CCEL 1S72O 1VQ8L 1VQ4L 1VQ5O 1YJWL 3G71L 1K73M 1KD1M 1K8AM 1YJNL 1VQKL 1M1KP 1VQNO 1YHQO 1VQOL 1K9MP 1VQ6O 3CCVO 1QVGK 3CC7L 1VQ7L 3CMAO 3CXCN 1VQ5L 3CCJO 3CC4O 3CCMO 3CCQO 3CCSO 2QA4O 1QVFN 1VQNL 1YHQL 1YJ9O 1M90M 3CC2O 3CCVL 1VQ6L 1Q86P 2OTJO 1W2BN 3CMAL 3I56O 1YI2O 1Q82M 1YIJO 3G6EO 3CCJL 3CCQL 2QA4L 1VQLO 1M1KM 1KC8P 1YJ9L 3OW2K 1Q7YP 3CCLO 3CMEO 3CCUO 3G4SO 3CC2L 2OTJL 1K9MM 1S72L 1Q81P 3CXCK 3I56L 1YI2L 2QEXO 1YIJL 3G6EL 3CCRO 1QVFK 3CPWK 1JJ2N 1VQLL 1VQPO 3CCLL 1N8RP 1NJIP 3CMEL 3CCUL 1VQ9O 3G4SL 1KQSN 1W2BK 1Q86M 1VQMO 3G71O 3CCSL 3CCML 1N8RM 3CC4L 2QEXL 3CCRL 1VQOO 1VQPL 1K73P 1KC8M 1K8AP 1KD1P 1Q7YM 1VQ9L 2OTLO 1VQML 1Q81M 3I55O 1YITO 3CD6O 1QVGN 3OW2N 1JJ2K 3CCEO 1VQ8O 1VQ4O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YJWO 1VQKO 1YJNO 1NJIM 1KQSK 2OTLL 1M90P 3CPWN 3I55L 1YITL 3CC7O 3CD6L 1VQ7O 1Q82P 3CCEL 1S72O 1VQ8L 1VQ4L 1VQ5O 1YJWL 3G71L 1K73M 1KD1M 1K8AM 1YJNL 1VQKL 1M1KP 1VQNO 1YHQO 1VQOL 1K9MP 1VQ6O 3CCVO 1QVGK 3CC7L 1VQ7L 3CMAO 4N06A 3CXCN 1VQ5L 3CCJO 5DQTA 3CC4O 3CCMO 3CCQO 3CCSO 2QA4O 1QVFN 1VQNL 5DLJA 1YHQL 1YJ9O 1M90M 5DS6A 3CC2O 3CCVL 1VQ6L 1Q86P 2OTJO 1W2BN 3CMAL 4W8KA 3I56O 1YI2O 1Q82M 1YIJO 3G6EO 3CCJL 5DS4A 2YZSA 3CCQL 2QA4L 1VQLO 1M1KM 1KC8P 1YJ9L 3OW2K 1Q7YP 3CCLO 5FCLA 3CMEO 3CCUO 3G4SO 3CC2L 2OTJL 1K9MM 1S72L 4QDLA 1Q81P 3CXCK 5DS5A 3I56L 1YI2L 3NKDA 2QEXO 1YIJL 3G6EL 3CCRO 1QVFK 3CPWK 1JJ2N 1VQLL 1VQPO 3CCLL 1N8RP 1NJIP 3CMEL 3CCUL 1VQ9O 3G4SL 4P6IC 1KQSN 1W2BK 1Q86M 1VQMO 3G71O 3CCSL 3CCML 1N8RM 3CC4L 2QEXL 3CCRL 1VQOO 4WJ0A 1VQPL 1K73P 1KC8M 1K8AP 1KD1P 3GODA 1Q7YM 1VQ9L 2OTLO 4XTKA 1VQML 1Q81M 5DQZA 3I55O 1YITO 3CD6O 1QVGN 3OW2N 1JJ2K 3CCEO 1VQ8O 1VQ4O
chains in the Genus database with same CATH topology
1YJWO 1VQKO 1YJNO 1NJIM 1KQSK 2OTLL 1M90P 3CPWN 3I55L 1YITL 3CC7O 3CD6L 1VQ7O 1Q82P 3CCEL 1S72O 1VQ8L 1VQ4L 1VQ5O 1YJWL 3G71L 1K73M 1KD1M 1K8AM 1YJNL 1VQKL 1M1KP 1VQNO 1YHQO 1VQOL 1K9MP 1VQ6O 3CCVO 1QVGK 3CC7L 1VQ7L 3CMAO 4N06A 3CXCN 1VQ5L 3CCJO 5DQTA 3CC4O 3CCMO 3CCQO 3CCSO 2QA4O 1QVFN 1VQNL 5DLJA 1YHQL 1YJ9O 1M90M 5DS6A 3CC2O 3CCVL 1VQ6L 1Q86P 2OTJO 1W2BN 3CMAL 4W8KA 3I56O 1YI2O 1Q82M 1YIJO 3G6EO 3CCJL 5DS4A 2YZSA 3CCQL 2QA4L 1VQLO 1M1KM 1KC8P 1YJ9L 3OW2K 1Q7YP 3CCLO 5FCLA 3CMEO 3CCUO 3G4SO 3CC2L 2OTJL 1K9MM 1S72L 4QDLA 1Q81P 3CXCK 5DS5A 3I56L 1YI2L 3NKDA 2QEXO 1YIJL 3G6EL 3CCRO 1QVFK 3CPWK 1JJ2N 1VQLL 1VQPO 3CCLL 1N8RP 1NJIP 3CMEL 3CCUL 1VQ9O 3G4SL 4P6IC 1KQSN 1W2BK 1Q86M 1VQMO 3G71O 3CCSL 3CCML 1N8RM 3CC4L 2QEXL 3CCRL 1VQOO 4WJ0A 1VQPL 1K73P 1KC8M 1K8AP 1KD1P 3GODA 1Q7YM 1VQ9L 2OTLO 4XTKA 1VQML 1Q81M 5DQZA 3I55O 1YITO 3CD6O 1QVGN 3OW2N 1JJ2K 3CCEO 1VQ8O 1VQ4O
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YJW O;  1VQK O;  1YJN O;  1NJI M;  1KQS K;  2OTL L;  1M90 P;  3CPW N;  3I55 L;  1YIT L;  3CC7 O;  3CD6 L;  1VQ7 O;  1Q82 P;  3CCE L;  1S72 O;  1VQ8 L;  1VQ4 L;  1VQ5 O;  1YJW L;  3G71 L;  1K73 M;  1KD1 M;  1K8A M;  1YJN L;  1VQK L;  1M1K P;  1VQN O;  1YHQ O;  1VQO L;  1K9M P;  1VQ6 O;  3CCV O;  1QVG K;  3CC7 L;  1VQ7 L;  3CMA O;  3CXC N;  1VQ5 L;  3CCJ O;  3CC4 O;  3CCM O;  3CCQ O;  3CCS O;  2QA4 O;  1QVF N;  1VQN L;  1YHQ L;  1YJ9 O;  1M90 M;  3CC2 O;  3CCV L;  1VQ6 L;  1Q86 P;  2OTJ O;  1W2B N;  3CMA L;  3I56 O;  1YI2 O;  1Q82 M;  1YIJ O;  3G6E O;  3CCJ L;  3CCQ L;  2QA4 L;  1VQL O;  1M1K M;  1KC8 P;  1YJ9 L;  3OW2 K;  1Q7Y P;  3CCL O;  3CME O;  3CCU O;  3G4S O;  3CC2 L;  2OTJ L;  1K9M M;  1S72 L;  1Q81 P;  3CXC K;  3I56 L;  1YI2 L;  2QEX O;  1YIJ L;  3G6E L;  3CCR O;  1QVF K;  3CPW K;  1JJ2 N;  1VQL L;  1VQP O;  3CCL L;  1N8R P;  1NJI P;  3CME L;  3CCU L;  1VQ9 O;  3G4S L;  1KQS N;  1W2B K;  1Q86 M;  1VQM O;  3G71 O;  3CCS L;  3CCM L;  1N8R M;  3CC4 L;  2QEX L;  3CCR L;  1VQO O;  1VQP L;  1K73 P;  1KC8 M;  1K8A P;  1KD1 P;  1Q7Y M;  1VQ9 L;  2OTL O;  1VQM L;  1Q81 M;  3I55 O;  1YIT O;  3CD6 O;  1QVG N;  3OW2 N;  1JJ2 K;  3CCE O;  1VQ8 O;  1VQ4 O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1YJW O;  1VQK O;  1YJN O;  1NJI M;  1KQS K;  2OTL L;  1M90 P;  3CPW N;  3I55 L;  1YIT L;  3CC7 O;  3CD6 L;  1VQ7 O;  1Q82 P;  3CCE L;  1S72 O;  1VQ8 L;  1VQ4 L;  1VQ5 O;  1YJW L;  3G71 L;  1K73 M;  1KD1 M;  1K8A M;  1YJN L;  1VQK L;  1M1K P;  1VQN O;  1YHQ O;  1VQO L;  1K9M P;  1VQ6 O;  3CCV O;  1QVG K;  3CC7 L;  1VQ7 L;  3CMA O;  4N06 A;  3CXC N;  1VQ5 L;  3CCJ O;  5DQT A;  3CC4 O;  3CCM O;  3CCQ O;  3CCS O;  2QA4 O;  1QVF N;  1VQN L;  5DLJ A;  1YHQ L;  1YJ9 O;  1M90 M;  5DS6 A;  3CC2 O;  3CCV L;  1VQ6 L;  1Q86 P;  2OTJ O;  1W2B N;  3CMA L;  4W8K A;  3I56 O;  1YI2 O;  1Q82 M;  1YIJ O;  3G6E O;  3CCJ L;  5DS4 A;  2YZS A;  3CCQ L;  2QA4 L;  1VQL O;  1M1K M;  1KC8 P;  1YJ9 L;  3OW2 K;  1Q7Y P;  3CCL O;  5FCL A;  3CME O;  3CCU O;  3G4S O;  3CC2 L;  2OTJ L;  1K9M M;  1S72 L;  4QDL A;  1Q81 P;  3CXC K;  5DS5 A;  3I56 L;  1YI2 L;  3NKD A;  2QEX O;  1YIJ L;  3G6E L;  3CCR O;  1QVF K;  3CPW K;  1JJ2 N;  1VQL L;  1VQP O;  3CCL L;  1N8R P;  1NJI P;  3CME L;  3CCU L;  1VQ9 O;  3G4S L;  4P6I C;  1KQS N;  1W2B K;  1Q86 M;  1VQM O;  3G71 O;  3CCS L;  3CCM L;  1N8R M;  3CC4 L;  2QEX L;  3CCR L;  1VQO O;  4WJ0 A;  1VQP L;  1K73 P;  1KC8 M;  1K8A P;  1KD1 P;  3GOD A;  1Q7Y M;  1VQ9 L;  2OTL O;  4XTK A;  1VQM L;  1Q81 M;  5DQZ A;  3I55 O;  1YIT O;  3CD6 O;  1QVG N;  3OW2 N;  1JJ2 K;  3CCE O;  1VQ8 O;  1VQ4 O; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1YJW O;  1VQK O;  1YJN O;  1NJI M;  1KQS K;  2OTL L;  1M90 P;  3CPW N;  3I55 L;  1YIT L;  3CC7 O;  3CD6 L;  1VQ7 O;  1Q82 P;  3CCE L;  1S72 O;  1VQ8 L;  1VQ4 L;  1VQ5 O;  1YJW L;  3G71 L;  1K73 M;  1KD1 M;  1K8A M;  1YJN L;  1VQK L;  1M1K P;  1VQN O;  1YHQ O;  1VQO L;  1K9M P;  1VQ6 O;  3CCV O;  1QVG K;  3CC7 L;  1VQ7 L;  3CMA O;  4N06 A;  3CXC N;  1VQ5 L;  3CCJ O;  5DQT A;  3CC4 O;  3CCM O;  3CCQ O;  3CCS O;  2QA4 O;  1QVF N;  1VQN L;  5DLJ A;  1YHQ L;  1YJ9 O;  1M90 M;  5DS6 A;  3CC2 O;  3CCV L;  1VQ6 L;  1Q86 P;  2OTJ O;  1W2B N;  3CMA L;  4W8K A;  3I56 O;  1YI2 O;  1Q82 M;  1YIJ O;  3G6E O;  3CCJ L;  5DS4 A;  2YZS A;  3CCQ L;  2QA4 L;  1VQL O;  1M1K M;  1KC8 P;  1YJ9 L;  3OW2 K;  1Q7Y P;  3CCL O;  5FCL A;  3CME O;  3CCU O;  3G4S O;  3CC2 L;  2OTJ L;  1K9M M;  1S72 L;  4QDL A;  1Q81 P;  3CXC K;  5DS5 A;  3I56 L;  1YI2 L;  3NKD A;  2QEX O;  1YIJ L;  3G6E L;  3CCR O;  1QVF K;  3CPW K;  1JJ2 N;  1VQL L;  1VQP O;  3CCL L;  1N8R P;  1NJI P;  3CME L;  3CCU L;  1VQ9 O;  3G4S L;  4P6I C;  1KQS N;  1W2B K;  1Q86 M;  1VQM O;  3G71 O;  3CCS L;  3CCM L;  1N8R M;  3CC4 L;  2QEX L;  3CCR L;  1VQO O;  4WJ0 A;  1VQP L;  1K73 P;  1KC8 M;  1K8A P;  1KD1 P;  3GOD A;  1Q7Y M;  1VQ9 L;  2OTL O;  4XTK A;  1VQM L;  1Q81 M;  5DQZ A;  3I55 O;  1YIT O;  3CD6 O;  1QVG N;  3OW2 N;  1JJ2 K;  3CCE O;  1VQ8 O;  1VQ4 O; 
...loading similar chains, please wait...
similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)

 
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
#similar chains, but unknotted
...loading similar chains, please wait...
#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...