3CC4O

Co-crystal structure of anisomycin bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 34
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
34
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKTNPRLSSLIADLKSAARSSGGAVWGDVAERLEKPRRTHAEVNLGRIERYAQEDETVVVPGKVLGSGVLQKDVTVAAVDFSGTAETKIDQVGEAVSLEQAIENNPEGSHVRVIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Mutations outside the anisomycin-binding site can make ribosomes drug-resistant.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
total genus 34
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 3cc4O00
1JJ2N 1VQOO 3CCRO 3CCLO 2QA4O 1Q7YM 2OTJO 3CCQO 3CPWK 1M90P 3G6EL 3CCMO 1VQ6O 3OW2K 1KD1P 1KQSK 1VQOL 2QEXO 1N8RP 1YJWL 3CCLL 1NJIM 1K8AM 2QA4L 2OTJL 3CCQL 1Q82P 1QVGN 1YIJL 1YITL 1YI2O 3CCML 3CCSL 1VQ6L 3G71O 3G6EO 3CXCK 3CCUO 1M90M 1K9MP 2QEXL 1VQPO 3CPWN 1VQ8O 1YJWO 1YI2L 3OW2N 3CCJO 1W2BK 1VQLO 1YIJO 1YITO 1VQNO 3G71L 3CCSO 1M1KP 3I55L 1VQ5O 3CCUL 1Q82M 1KC8P 3CMAL 1VQPL 1Q81P 3CC4O 1VQ8L 3CCVL 3CCEO 1YHQO 3CCJL 3CXCN 1VQLL 1VQNL 1VQ5L 1VQ9O 1VQKO 3I55O 3CMAO 1K73P 3CC4L 1Q86P 1W2BN 3CCEL 1KD1M 3CCVO 1YHQL 3CMEL 1VQ4L 1Q81M 1Q7YP 3G4SL 1N8RM 1KQSN 1YJNL 1VQ9L 1VQKL 1YJ9L 1VQMO 3CC7L 1K73M 1K9MM 1QVFK 3CMEO 1VQ4O 3G4SO 1YJNO 1S72L 3I56O 1JJ2K 1YJ9O 1M1KM 3CD6O 1VQML 1KC8M 3CC2O 3CC7O 2OTLO 1VQ7O 3CCRL 1S72O 3I56L 1QVFN 3CD6L 3CC2L 2OTLL 1NJIP 1K8AP 1QVGK 1Q86M 1VQ7L
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DQTA 1JJ2N 4QDLA 1VQOO 3CCRO 3CCLO 2QA4O 1Q7YM 2OTJO 3CCQO 3GODA 3CPWK 1M90P 3G6EL 3CCMO 1VQ6O 3OW2K 1KD1P 1KQSK 1VQOL 2QEXO 1N8RP 1YJWL 3CCLL 1NJIM 1K8AM 2QA4L 2OTJL 3CCQL 1Q82P 1QVGN 1YIJL 1YITL 1YI2O 2YZSA 3CCML 4XTKA 3CCSL 1VQ6L 3G71O 3G6EO 5DQZA 3CXCK 3CCUO 1M90M 1K9MP 2QEXL 1VQPO 3CPWN 1VQ8O 1YJWO 1YI2L 3OW2N 3CCJO 1W2BK 1VQLO 1YIJO 1YITO 1VQNO 3G71L 3CCSO 1M1KP 3I55L 1VQ5O 3CCUL 1Q82M 1KC8P 5FCLA 3CMAL 1VQPL 1Q81P 3CC4O 1VQ8L 3CCVL 3CCEO 1YHQO 3CCJL 3CXCN 1VQLL 1VQNL 1VQ5L 1VQ9O 1VQKO 3I55O 3CMAO 1K73P 4N06A 5DS4A 3CC4L 1Q86P 1W2BN 3CCEL 4P6IC 1KD1M 3CCVO 1YHQL 3CMEL 1VQ4L 1Q81M 1Q7YP 3G4SL 1N8RM 1KQSN 1YJNL 1VQ9L 1VQKL 1YJ9L 4W8KA 1VQMO 3CC7L 1K73M 1K9MM 1QVFK 3CMEO 1VQ4O 3G4SO 1YJNO 1S72L 3I56O 1JJ2K 1YJ9O 4WJ0A 1M1KM 3CD6O 1VQML 1KC8M 3CC2O 3CC7O 2OTLO 1VQ7O 3CCRL 5DS5A 5DLJA 1S72O 3I56L 3NKDA 5DS6A 1QVFN 3CD6L 3CC2L 2OTLL 1NJIP 1K8AP 1QVGK 1Q86M 1VQ7L
chains in the Genus database with same CATH topology
5DQTA 1JJ2N 4QDLA 1VQOO 3CCRO 3CCLO 2QA4O 1Q7YM 2OTJO 3CCQO 3GODA 3CPWK 1M90P 3G6EL 3CCMO 1VQ6O 3OW2K 1KD1P 1KQSK 1VQOL 2QEXO 1N8RP 1YJWL 3CCLL 1NJIM 1K8AM 2QA4L 2OTJL 3CCQL 1Q82P 1QVGN 1YIJL 1YITL 1YI2O 2YZSA 3CCML 4XTKA 3CCSL 1VQ6L 3G71O 3G6EO 5DQZA 3CXCK 3CCUO 1M90M 1K9MP 2QEXL 1VQPO 3CPWN 1VQ8O 1YJWO 1YI2L 3OW2N 3CCJO 1W2BK 1VQLO 1YIJO 1YITO 1VQNO 3G71L 3CCSO 1M1KP 3I55L 1VQ5O 3CCUL 1Q82M 1KC8P 5FCLA 3CMAL 1VQPL 1Q81P 3CC4O 1VQ8L 3CCVL 3CCEO 1YHQO 3CCJL 3CXCN 1VQLL 1VQNL 1VQ5L 1VQ9O 1VQKO 3I55O 3CMAO 1K73P 4N06A 5DS4A 3CC4L 1Q86P 1W2BN 3CCEL 4P6IC 1KD1M 3CCVO 1YHQL 3CMEL 1VQ4L 1Q81M 1Q7YP 3G4SL 1N8RM 1KQSN 1YJNL 1VQ9L 1VQKL 1YJ9L 4W8KA 1VQMO 3CC7L 1K73M 1K9MM 1QVFK 3CMEO 1VQ4O 3G4SO 1YJNO 1S72L 3I56O 1JJ2K 1YJ9O 4WJ0A 1M1KM 3CD6O 1VQML 1KC8M 3CC2O 3CC7O 2OTLO 1VQ7O 3CCRL 5DS5A 5DLJA 1S72O 3I56L 3NKDA 5DS6A 1QVFN 3CD6L 3CC2L 2OTLL 1NJIP 1K8AP 1QVGK 1Q86M 1VQ7L
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JJ2 N;  1VQO O;  3CCR O;  3CCL O;  2QA4 O;  1Q7Y M;  2OTJ O;  3CCQ O;  3CPW K;  1M90 P;  3G6E L;  3CCM O;  1VQ6 O;  3OW2 K;  1KD1 P;  1KQS K;  1VQO L;  2QEX O;  1N8R P;  1YJW L;  3CCL L;  1NJI M;  1K8A M;  2QA4 L;  2OTJ L;  3CCQ L;  1Q82 P;  1QVG N;  1YIJ L;  1YIT L;  1YI2 O;  3CCM L;  3CCS L;  1VQ6 L;  3G71 O;  3G6E O;  3CXC K;  3CCU O;  1M90 M;  1K9M P;  2QEX L;  1VQP O;  3CPW N;  1VQ8 O;  1YJW O;  1YI2 L;  3OW2 N;  3CCJ O;  1W2B K;  1VQL O;  1YIJ O;  1YIT O;  1VQN O;  3G71 L;  3CCS O;  1M1K P;  3I55 L;  1VQ5 O;  3CCU L;  1Q82 M;  1KC8 P;  3CMA L;  1VQP L;  1Q81 P;  3CC4 O;  1VQ8 L;  3CCV L;  3CCE O;  1YHQ O;  3CCJ L;  3CXC N;  1VQL L;  1VQN L;  1VQ5 L;  1VQ9 O;  1VQK O;  3I55 O;  3CMA O;  1K73 P;  3CC4 L;  1Q86 P;  1W2B N;  3CCE L;  1KD1 M;  3CCV O;  1YHQ L;  3CME L;  1VQ4 L;  1Q81 M;  1Q7Y P;  3G4S L;  1N8R M;  1KQS N;  1YJN L;  1VQ9 L;  1VQK L;  1YJ9 L;  1VQM O;  3CC7 L;  1K73 M;  1K9M M;  1QVF K;  3CME O;  1VQ4 O;  3G4S O;  1YJN O;  1S72 L;  3I56 O;  1JJ2 K;  1YJ9 O;  1M1K M;  3CD6 O;  1VQM L;  1KC8 M;  3CC2 O;  3CC7 O;  2OTL O;  1VQ7 O;  3CCR L;  1S72 O;  3I56 L;  1QVF N;  3CD6 L;  3CC2 L;  2OTL L;  1NJI P;  1K8A P;  1QVG K;  1Q86 M;  1VQ7 L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5DQT A;  1JJ2 N;  4QDL A;  1VQO O;  3CCR O;  3CCL O;  2QA4 O;  1Q7Y M;  2OTJ O;  3CCQ O;  3GOD A;  3CPW K;  1M90 P;  3G6E L;  3CCM O;  1VQ6 O;  3OW2 K;  1KD1 P;  1KQS K;  1VQO L;  2QEX O;  1N8R P;  1YJW L;  3CCL L;  1NJI M;  1K8A M;  2QA4 L;  2OTJ L;  3CCQ L;  1Q82 P;  1QVG N;  1YIJ L;  1YIT L;  1YI2 O;  2YZS A;  3CCM L;  4XTK A;  3CCS L;  1VQ6 L;  3G71 O;  3G6E O;  5DQZ A;  3CXC K;  3CCU O;  1M90 M;  1K9M P;  2QEX L;  1VQP O;  3CPW N;  1VQ8 O;  1YJW O;  1YI2 L;  3OW2 N;  3CCJ O;  1W2B K;  1VQL O;  1YIJ O;  1YIT O;  1VQN O;  3G71 L;  3CCS O;  1M1K P;  3I55 L;  1VQ5 O;  3CCU L;  1Q82 M;  1KC8 P;  5FCL A;  3CMA L;  1VQP L;  1Q81 P;  3CC4 O;  1VQ8 L;  3CCV L;  3CCE O;  1YHQ O;  3CCJ L;  3CXC N;  1VQL L;  1VQN L;  1VQ5 L;  1VQ9 O;  1VQK O;  3I55 O;  3CMA O;  1K73 P;  4N06 A;  5DS4 A;  3CC4 L;  1Q86 P;  1W2B N;  3CCE L;  4P6I C;  1KD1 M;  3CCV O;  1YHQ L;  3CME L;  1VQ4 L;  1Q81 M;  1Q7Y P;  3G4S L;  1N8R M;  1KQS N;  1YJN L;  1VQ9 L;  1VQK L;  1YJ9 L;  4W8K A;  1VQM O;  3CC7 L;  1K73 M;  1K9M M;  1QVF K;  3CME O;  1VQ4 O;  3G4S O;  1YJN O;  1S72 L;  3I56 O;  1JJ2 K;  1YJ9 O;  4WJ0 A;  1M1K M;  3CD6 O;  1VQM L;  1KC8 M;  3CC2 O;  3CC7 O;  2OTL O;  1VQ7 O;  3CCR L;  5DS5 A;  5DLJ A;  1S72 O;  3I56 L;  3NKD A;  5DS6 A;  1QVF N;  3CD6 L;  3CC2 L;  2OTL L;  1NJI P;  1K8A P;  1QVG K;  1Q86 M;  1VQ7 L; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 5DQT A;  1JJ2 N;  4QDL A;  1VQO O;  3CCR O;  3CCL O;  2QA4 O;  1Q7Y M;  2OTJ O;  3CCQ O;  3GOD A;  3CPW K;  1M90 P;  3G6E L;  3CCM O;  1VQ6 O;  3OW2 K;  1KD1 P;  1KQS K;  1VQO L;  2QEX O;  1N8R P;  1YJW L;  3CCL L;  1NJI M;  1K8A M;  2QA4 L;  2OTJ L;  3CCQ L;  1Q82 P;  1QVG N;  1YIJ L;  1YIT L;  1YI2 O;  2YZS A;  3CCM L;  4XTK A;  3CCS L;  1VQ6 L;  3G71 O;  3G6E O;  5DQZ A;  3CXC K;  3CCU O;  1M90 M;  1K9M P;  2QEX L;  1VQP O;  3CPW N;  1VQ8 O;  1YJW O;  1YI2 L;  3OW2 N;  3CCJ O;  1W2B K;  1VQL O;  1YIJ O;  1YIT O;  1VQN O;  3G71 L;  3CCS O;  1M1K P;  3I55 L;  1VQ5 O;  3CCU L;  1Q82 M;  1KC8 P;  5FCL A;  3CMA L;  1VQP L;  1Q81 P;  3CC4 O;  1VQ8 L;  3CCV L;  3CCE O;  1YHQ O;  3CCJ L;  3CXC N;  1VQL L;  1VQN L;  1VQ5 L;  1VQ9 O;  1VQK O;  3I55 O;  3CMA O;  1K73 P;  4N06 A;  5DS4 A;  3CC4 L;  1Q86 P;  1W2B N;  3CCE L;  4P6I C;  1KD1 M;  3CCV O;  1YHQ L;  3CME L;  1VQ4 L;  1Q81 M;  1Q7Y P;  3G4S L;  1N8R M;  1KQS N;  1YJN L;  1VQ9 L;  1VQK L;  1YJ9 L;  4W8K A;  1VQM O;  3CC7 L;  1K73 M;  1K9M M;  1QVF K;  3CME O;  1VQ4 O;  3G4S O;  1YJN O;  1S72 L;  3I56 O;  1JJ2 K;  1YJ9 O;  4WJ0 A;  1M1K M;  3CD6 O;  1VQM L;  1KC8 M;  3CC2 O;  3CC7 O;  2OTL O;  1VQ7 O;  3CCR L;  5DS5 A;  5DLJ A;  1S72 O;  3I56 L;  3NKD A;  5DS6 A;  1QVF N;  3CD6 L;  3CC2 L;  2OTL L;  1NJI P;  1K8A P;  1QVG K;  1Q86 M;  1VQ7 L; 
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