3G71O

Co-crystal structure of bruceantin bound to the large ribosomal subunit
Total Genus 31
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
31
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKTNPRLSSLIADLKSAARSSGGAVWGDVAERLEKPRRTHAEVNLGRIERYAQEDETVVVPGKVLGSGVLQKDVTVAAVDFSGTAETKIDQVGEAVSLEQAIENNPEGSHVRVIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title U2504 determines the species specificity of the A-site cleft antibiotics: the structures of tiamulin, homoharringtonine, and bruceantin bound to the ribosome.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
molecule tags Ribosome
total genus 31
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-02-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 3g71O00
1YJ9O 1JJ2N 3CXCN 1VQNO 1YIJL 3CCVO 1M1KP 3CC2L 3CCEO 1KC8M 3CMAL 1YJWO 1NJIM 1VQPO 3CCQL 3CCSO 2QEXO 1YJ9L 3CCVL 3CCUL 3G6EL 1YHQO 1QVFK 1KC8P 1YITL 1VQPL 1NJIP 1VQ9O 3CC2O 1VQ6O 3CMAO 3CMEL 3CCQO 1VQ5L 1YHQL 1Q86M 1Q7YM 3CCUO 3G6EO 1VQ9L 1VQ6L 1JJ2K 3CXCK 1YITO 1VQLL 1QVGN 1Q86P 1KQSN 1Q7YP 3CMEO 1VQ5O 1VQKO 3CC7O 3CCJL 3CCLO 3I55L 1VQLO 1VQ4O 1M90M 1S72L 1VQKL 2OTLO 3I56O 1YJNL 3CC7L 1Q81M 1K73M 3G4SO 3CCLL 1VQ8L 1KD1M 1Q82M 1VQ4L 1VQMO 1VQOO 1M90P 3CC4O 3CCJO 2OTLL 1QVGK 3I55O 3I56L 3CCRO 1YI2O 1W2BN 3CPWN 1KQSK 1S72O 1N8RM 3G4SL 3OW2N 1Q81P 1K73P 3CCML 1KD1P 1YJNO 1Q82P 1VQOL 1VQML 3G71O 2QA4O 3CC4L 1VQ8O 3CCRL 1YI2L 2OTJL 1N8RP 1VQ7L 3G71L 2QA4L 1K8AM 3CD6O 1VQNL 1QVFN 3CCMO 1K9MM 3CCEL 1M1KM 1YIJO 1YJWL 3CCSL 2QEXL 3CD6L 1K8AP 2OTJO 1W2BK 3CPWK 1VQ7O 3OW2K 1K9MP
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NKDA 1YJ9O 1JJ2N 3CXCN 1VQNO 1YIJL 3CCVO 1M1KP 3CC2L 3CCEO 1KC8M 3CMAL 1YJWO 1NJIM 1VQPO 3CCQL 3CCSO 2QEXO 1YJ9L 5DS4A 3CCVL 3CCUL 5DQTA 3G6EL 1YHQO 1QVFK 1KC8P 1YITL 1VQPL 1NJIP 1VQ9O 3CC2O 1VQ6O 2YZSA 3CMAO 3CMEL 3CCQO 1VQ5L 1YHQL 1Q86M 4N06A 1Q7YM 3CCUO 3G6EO 5DS5A 1VQ9L 1VQ6L 1JJ2K 3CXCK 1YITO 1VQLL 3GODA 1QVGN 1Q86P 1KQSN 1Q7YP 3CMEO 1VQ5O 1VQKO 4WJ0A 3CC7O 3CCJL 3CCLO 3I55L 4W8KA 1VQLO 1VQ4O 1M90M 1S72L 1VQKL 2OTLO 3I56O 1YJNL 5DS6A 3CC7L 1Q81M 1K73M 3G4SO 3CCLL 1VQ8L 1KD1M 1Q82M 1VQ4L 1VQMO 1VQOO 1M90P 3CC4O 5DQZA 3CCJO 2OTLL 3I55O 3I56L 1QVGK 3CCRO 1YI2O 1W2BN 3CPWN 1KQSK 1S72O 1N8RM 3G4SL 3OW2N 1Q81P 1K73P 3CCML 1KD1P 1YJNO 1Q82P 1VQOL 1VQML 5FCLA 3G71O 2QA4O 3CC4L 1VQ8O 3CCRL 1YI2L 2OTJL 1N8RP 1VQ7L 3G71L 2QA4L 1K8AM 3CD6O 1VQNL 1QVFN 4XTKA 3CCMO 1K9MM 3CCEL 1M1KM 1YIJO 1YJWL 5DLJA 3CCSL 2QEXL 3CD6L 1K8AP 4P6IC 4QDLA 1W2BK 2OTJO 3CPWK 1VQ7O 3OW2K 1K9MP
chains in the Genus database with same CATH topology
3NKDA 1YJ9O 1JJ2N 3CXCN 1VQNO 1YIJL 3CCVO 1M1KP 3CC2L 3CCEO 1KC8M 3CMAL 1YJWO 1NJIM 1VQPO 3CCQL 3CCSO 2QEXO 1YJ9L 5DS4A 3CCVL 3CCUL 5DQTA 3G6EL 1YHQO 1QVFK 1KC8P 1YITL 1VQPL 1NJIP 1VQ9O 3CC2O 1VQ6O 2YZSA 3CMAO 3CMEL 3CCQO 1VQ5L 1YHQL 1Q86M 4N06A 1Q7YM 3CCUO 3G6EO 5DS5A 1VQ9L 1VQ6L 1JJ2K 3CXCK 1YITO 1VQLL 3GODA 1QVGN 1Q86P 1KQSN 1Q7YP 3CMEO 1VQ5O 1VQKO 4WJ0A 3CC7O 3CCJL 3CCLO 3I55L 4W8KA 1VQLO 1VQ4O 1M90M 1S72L 1VQKL 2OTLO 3I56O 1YJNL 5DS6A 3CC7L 1Q81M 1K73M 3G4SO 3CCLL 1VQ8L 1KD1M 1Q82M 1VQ4L 1VQMO 1VQOO 1M90P 3CC4O 5DQZA 3CCJO 2OTLL 3I55O 3I56L 1QVGK 3CCRO 1YI2O 1W2BN 3CPWN 1KQSK 1S72O 1N8RM 3G4SL 3OW2N 1Q81P 1K73P 3CCML 1KD1P 1YJNO 1Q82P 1VQOL 1VQML 5FCLA 3G71O 2QA4O 3CC4L 1VQ8O 3CCRL 1YI2L 2OTJL 1N8RP 1VQ7L 3G71L 2QA4L 1K8AM 3CD6O 1VQNL 1QVFN 4XTKA 3CCMO 1K9MM 3CCEL 1M1KM 1YIJO 1YJWL 5DLJA 3CCSL 2QEXL 3CD6L 1K8AP 4P6IC 4QDLA 1W2BK 2OTJO 3CPWK 1VQ7O 3OW2K 1K9MP
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YJ9 O;  1JJ2 N;  3CXC N;  1VQN O;  1YIJ L;  3CCV O;  1M1K P;  3CC2 L;  3CCE O;  1KC8 M;  3CMA L;  1YJW O;  1NJI M;  1VQP O;  3CCQ L;  3CCS O;  2QEX O;  1YJ9 L;  3CCV L;  3CCU L;  3G6E L;  1YHQ O;  1QVF K;  1KC8 P;  1YIT L;  1VQP L;  1NJI P;  1VQ9 O;  3CC2 O;  1VQ6 O;  3CMA O;  3CME L;  3CCQ O;  1VQ5 L;  1YHQ L;  1Q86 M;  1Q7Y M;  3CCU O;  3G6E O;  1VQ9 L;  1VQ6 L;  1JJ2 K;  3CXC K;  1YIT O;  1VQL L;  1QVG N;  1Q86 P;  1KQS N;  1Q7Y P;  3CME O;  1VQ5 O;  1VQK O;  3CC7 O;  3CCJ L;  3CCL O;  3I55 L;  1VQL O;  1VQ4 O;  1M90 M;  1S72 L;  1VQK L;  2OTL O;  3I56 O;  1YJN L;  3CC7 L;  1Q81 M;  1K73 M;  3G4S O;  3CCL L;  1VQ8 L;  1KD1 M;  1Q82 M;  1VQ4 L;  1VQM O;  1VQO O;  1M90 P;  3CC4 O;  3CCJ O;  2OTL L;  1QVG K;  3I55 O;  3I56 L;  3CCR O;  1YI2 O;  1W2B N;  3CPW N;  1KQS K;  1S72 O;  1N8R M;  3G4S L;  3OW2 N;  1Q81 P;  1K73 P;  3CCM L;  1KD1 P;  1YJN O;  1Q82 P;  1VQO L;  1VQM L;  3G71 O;  2QA4 O;  3CC4 L;  1VQ8 O;  3CCR L;  1YI2 L;  2OTJ L;  1N8R P;  1VQ7 L;  3G71 L;  2QA4 L;  1K8A M;  3CD6 O;  1VQN L;  1QVF N;  3CCM O;  1K9M M;  3CCE L;  1M1K M;  1YIJ O;  1YJW L;  3CCS L;  2QEX L;  3CD6 L;  1K8A P;  2OTJ O;  1W2B K;  3CPW K;  1VQ7 O;  3OW2 K;  1K9M P; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3NKD A;  1YJ9 O;  1JJ2 N;  3CXC N;  1VQN O;  1YIJ L;  3CCV O;  1M1K P;  3CC2 L;  3CCE O;  1KC8 M;  3CMA L;  1YJW O;  1NJI M;  1VQP O;  3CCQ L;  3CCS O;  2QEX O;  1YJ9 L;  5DS4 A;  3CCV L;  3CCU L;  5DQT A;  3G6E L;  1YHQ O;  1QVF K;  1KC8 P;  1YIT L;  1VQP L;  1NJI P;  1VQ9 O;  3CC2 O;  1VQ6 O;  2YZS A;  3CMA O;  3CME L;  3CCQ O;  1VQ5 L;  1YHQ L;  1Q86 M;  4N06 A;  1Q7Y M;  3CCU O;  3G6E O;  5DS5 A;  1VQ9 L;  1VQ6 L;  1JJ2 K;  3CXC K;  1YIT O;  1VQL L;  3GOD A;  1QVG N;  1Q86 P;  1KQS N;  1Q7Y P;  3CME O;  1VQ5 O;  1VQK O;  4WJ0 A;  3CC7 O;  3CCJ L;  3CCL O;  3I55 L;  4W8K A;  1VQL O;  1VQ4 O;  1M90 M;  1S72 L;  1VQK L;  2OTL O;  3I56 O;  1YJN L;  5DS6 A;  3CC7 L;  1Q81 M;  1K73 M;  3G4S O;  3CCL L;  1VQ8 L;  1KD1 M;  1Q82 M;  1VQ4 L;  1VQM O;  1VQO O;  1M90 P;  3CC4 O;  5DQZ A;  3CCJ O;  2OTL L;  3I55 O;  3I56 L;  1QVG K;  3CCR O;  1YI2 O;  1W2B N;  3CPW N;  1KQS K;  1S72 O;  1N8R M;  3G4S L;  3OW2 N;  1Q81 P;  1K73 P;  3CCM L;  1KD1 P;  1YJN O;  1Q82 P;  1VQO L;  1VQM L;  5FCL A;  3G71 O;  2QA4 O;  3CC4 L;  1VQ8 O;  3CCR L;  1YI2 L;  2OTJ L;  1N8R P;  1VQ7 L;  3G71 L;  2QA4 L;  1K8A M;  3CD6 O;  1VQN L;  1QVF N;  4XTK A;  3CCM O;  1K9M M;  3CCE L;  1M1K M;  1YIJ O;  1YJW L;  5DLJ A;  3CCS L;  2QEX L;  3CD6 L;  1K8A P;  4P6I C;  4QDL A;  1W2B K;  2OTJ O;  3CPW K;  1VQ7 O;  3OW2 K;  1K9M P; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3NKD A;  1YJ9 O;  1JJ2 N;  3CXC N;  1VQN O;  1YIJ L;  3CCV O;  1M1K P;  3CC2 L;  3CCE O;  1KC8 M;  3CMA L;  1YJW O;  1NJI M;  1VQP O;  3CCQ L;  3CCS O;  2QEX O;  1YJ9 L;  5DS4 A;  3CCV L;  3CCU L;  5DQT A;  3G6E L;  1YHQ O;  1QVF K;  1KC8 P;  1YIT L;  1VQP L;  1NJI P;  1VQ9 O;  3CC2 O;  1VQ6 O;  2YZS A;  3CMA O;  3CME L;  3CCQ O;  1VQ5 L;  1YHQ L;  1Q86 M;  4N06 A;  1Q7Y M;  3CCU O;  3G6E O;  5DS5 A;  1VQ9 L;  1VQ6 L;  1JJ2 K;  3CXC K;  1YIT O;  1VQL L;  3GOD A;  1QVG N;  1Q86 P;  1KQS N;  1Q7Y P;  3CME O;  1VQ5 O;  1VQK O;  4WJ0 A;  3CC7 O;  3CCJ L;  3CCL O;  3I55 L;  4W8K A;  1VQL O;  1VQ4 O;  1M90 M;  1S72 L;  1VQK L;  2OTL O;  3I56 O;  1YJN L;  5DS6 A;  3CC7 L;  1Q81 M;  1K73 M;  3G4S O;  3CCL L;  1VQ8 L;  1KD1 M;  1Q82 M;  1VQ4 L;  1VQM O;  1VQO O;  1M90 P;  3CC4 O;  5DQZ A;  3CCJ O;  2OTL L;  3I55 O;  3I56 L;  1QVG K;  3CCR O;  1YI2 O;  1W2B N;  3CPW N;  1KQS K;  1S72 O;  1N8R M;  3G4S L;  3OW2 N;  1Q81 P;  1K73 P;  3CCM L;  1KD1 P;  1YJN O;  1Q82 P;  1VQO L;  1VQM L;  5FCL A;  3G71 O;  2QA4 O;  3CC4 L;  1VQ8 O;  3CCR L;  1YI2 L;  2OTJ L;  1N8R P;  1VQ7 L;  3G71 L;  2QA4 L;  1K8A M;  3CD6 O;  1VQN L;  1QVF N;  4XTK A;  3CCM O;  1K9M M;  3CCE L;  1M1K M;  1YIJ O;  1YJW L;  5DLJ A;  3CCS L;  2QEX L;  3CD6 L;  1K8A P;  4P6I C;  4QDL A;  1W2B K;  2OTJ O;  3CPW K;  1VQ7 O;  3OW2 K;  1K9M P; 
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