3CCEL

Structure of anisomycin resistant 50s ribosomal subunit: 23s rrna mutation u2535a
Total Genus 28

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
28
sequence length
150
structure length
145
Chain Sequence
TSKKKRQRGSRTHGGGSHKNRRGAGHRGGRGDAGRDKHEFHNHEPLGKSGFKRPQKVQEEAATIDVREIDENVTLLAADDVAEFRVDVRDVVEEADDADYVKVLGAGQVRHELTLIADDFSEGAREKVEGAGGSVELTDLGEERQ
2040608010012014014012010080604020
0510152025Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTII1 (7-10)3H1 (4-6)TI'1 (12-15)TIV1 (10-13)TIV2 (18-21)TI1 (17-20)TIV3 (19-22)3H2 (24-27)TIV4 (27-30)TIV5 (36-39)TII'1 (30-33)TII2 (32-35)TIV6 (40-43)TI2 (34-37)TIV10 (97-100)S1 (61-65)AH1 (66-71)S3 (105-109)TI4 (72-75)TI5 (73-76)TI6 (76-79)TIV12 (135-138)TIV8 (81-89)S4 (118-122)TIV11 (99-102)S6 (139-142)TI7 (100-103)AH2 (127-135)S5 (124-125)3H3 (55-57)S2 (89-92)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Ribosome
publication title Mutations outside the anisomycin-binding site can make ribosomes drug-resistant.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
total genus 28
structure length 145
sequence length 150
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 3cceL02
4.10.990.10 Few Secondary Structures Irregular Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 3cceL01
3CMAO 3CMEL 1VQ8L 1Q86M 2OTJL 1M1KM 1VQKL 2OTLO 3CD6O 1S72L 1VQ9O 1YJWO 3CC4L 1Q7YP 1Q82P 1VQLL 1VQNL 3G6EL 1VQ4L 1NJIM 1K73M 1M90P 1VQ7L 3CC7L 3G4SO 3CCMO 1KD1M 1VQOL 1K9MP 1Q81M 1YHQO 3G71L 2QEXL 1N8RP 3CCLL 3CCRO 3CCEO 3CC2O 3CCUL 1VQML 3CMAL 3OW2K 3CCJO 1YIJL 1YJ9O 3OW2N 1K8AP 3CXCN 3CCQL 2OTLL 3I55O 3CMEO 1YJWL 1VQ9L 1VQ6O 2QA4L 2OTJO 1W2BK 3I56O 1W2BN 3CCSO 1VQPO 1KC8P 3CCVL 1VQ5L 3G4SL 3CCML 1Q7YM 1Q82M 1M90M 1YI2O 1VQ7O 3CXCK 3CC7O 3CCRL 3CCEL 3CC2L 1K9MM 1YITO 1Q86P 1YJNO 3CPWK 1M1KP 1YJ9L 3CPWN 1JJ2K 3CD6L 1N8RM 1JJ2N 3CCLO 1VQ8O 3I55L 1VQMO 1YIJO 1VQKO 1QVGK 1K8AM 1NJIP 1K73P 1VQ6L 1QVGN 1S72O 3CCQO 1KD1P 3I56L 3CC4O 3CCSL 1VQPL 1YHQL 1Q81P 1VQNO 1VQLO 3G6EO 1VQ4O 1QVFK 1QVFN 2QA4O 1VQOO 3CCJL 1KQSK 1YI2L 1KC8M 3G71O 3CCVO 1VQ5O 2QEXO 1KQSN 1YITL 1YJNL 3CCUO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CMAO 3CMEL 1VQ8L 1Q86M 2OTJL 1M1KM 1VQKL 2OTLO 3CD6O 1S72L 1VQ9O 1YJWO 3CC4L 1Q7YP 1Q82P 1VQLL 1VQNL 3G6EL 1VQ4L 1NJIM 1K73M 1M90P 1VQ7L 4N06A 3CC7L 2YZSA 3G4SO 3CCMO 1KD1M 1VQOL 1K9MP 5FCLA 1Q81M 1YHQO 3G71L 5DLJA 2QEXL 1N8RP 3CCLL 5DQZA 3CCRO 3CCEO 3CC2O 3CCUL 1VQML 3CMAL 3OW2K 3CCJO 1YIJL 1YJ9O 3OW2N 1K8AP 3GODA 3CXCN 3CCQL 4XTKA 2OTLL 3I55O 5DS4A 3CMEO 5DS5A 1YJWL 1VQ9L 1VQ6O 4WJ0A 2QA4L 2OTJO 1W2BK 3I56O 4QDLA 3CCSO 1W2BN 3NKDA 1VQPO 1KC8P 3CCVL 1VQ5L 3G4SL 3CCML 4P6IC 1Q7YM 1Q82M 1M90M 1YI2O 1VQ7O 3CXCK 3CC7O 3CCRL 3CCEL 3CC2L 1K9MM 1YITO 1Q86P 1YJNO 3CPWK 1M1KP 1YJ9L 3CPWN 1JJ2K 5DS6A 3CD6L 1N8RM 1JJ2N 3CCLO 1VQ8O 3I55L 4W8KA 1VQMO 1YIJO 1VQKO 1QVGK 1K8AM 1NJIP 1K73P 1VQ6L 1QVGN 1S72O 3CCQO 1KD1P 3I56L 3CC4O 3CCSL 1VQPL 1YHQL 1Q81P 1VQNO 1VQLO 3G6EO 1VQ4O 1QVFK 1QVFN 2QA4O 1VQOO 3CCJL 1KQSK 1YI2L 1KC8M 3G71O 3CCVO 1VQ5O 5DQTA 2QEXO 1KQSN 1YITL 1YJNL 3CCUO
chains in the Genus database with same CATH topology
3CMAO 3CMEL 1VQ8L 1Q86M 2OTJL 1M1KM 1VQKL 2OTLO 3CD6O 1S72L 1VQ9O 1YJWO 3CC4L 1Q7YP 1Q82P 1VQLL 1VQNL 3G6EL 1VQ4L 1NJIM 1K73M 1M90P 1VQ7L 4N06A 3CC7L 2YZSA 3G4SO 3CCMO 1KD1M 1VQOL 1K9MP 5FCLA 1Q81M 1YHQO 3G71L 5DLJA 2QEXL 1N8RP 3CCLL 5DQZA 3CCRO 3CCEO 3CC2O 3CCUL 1VQML 3CMAL 3OW2K 3CCJO 1YIJL 1YJ9O 3OW2N 1K8AP 3GODA 3CXCN 3CCQL 4XTKA 2OTLL 3I55O 5DS4A 3CMEO 5DS5A 1YJWL 1VQ9L 1VQ6O 4WJ0A 2QA4L 2OTJO 1W2BK 3I56O 4QDLA 3CCSO 1W2BN 3NKDA 1VQPO 1KC8P 3CCVL 1VQ5L 3G4SL 3CCML 4P6IC 1Q7YM 1Q82M 1M90M 1YI2O 1VQ7O 3CXCK 3CC7O 3CCRL 3CCEL 3CC2L 1K9MM 1YITO 1Q86P 1YJNO 3CPWK 1M1KP 1YJ9L 3CPWN 1JJ2K 5DS6A 3CD6L 1N8RM 1JJ2N 3CCLO 1VQ8O 3I55L 4W8KA 1VQMO 1YIJO 1VQKO 1QVGK 1K8AM 1NJIP 1K73P 1VQ6L 1QVGN 1S72O 3CCQO 1KD1P 3I56L 3CC4O 3CCSL 1VQPL 1YHQL 1Q81P 1VQNO 1VQLO 3G6EO 1VQ4O 1QVFK 1QVFN 2QA4O 1VQOO 3CCJL 1KQSK 1YI2L 1KC8M 3G71O 3CCVO 1VQ5O 5DQTA 2QEXO 1KQSN 1YITL 1YJNL 3CCUO
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CMA O;  3CME L;  1VQ8 L;  1Q86 M;  2OTJ L;  1M1K M;  1VQK L;  2OTL O;  3CD6 O;  1S72 L;  1VQ9 O;  1YJW O;  3CC4 L;  1Q7Y P;  1Q82 P;  1VQL L;  1VQN L;  3G6E L;  1VQ4 L;  1NJI M;  1K73 M;  1M90 P;  1VQ7 L;  3CC7 L;  3G4S O;  3CCM O;  1KD1 M;  1VQO L;  1K9M P;  1Q81 M;  1YHQ O;  3G71 L;  2QEX L;  1N8R P;  3CCL L;  3CCR O;  3CCE O;  3CC2 O;  3CCU L;  1VQM L;  3CMA L;  3OW2 K;  3CCJ O;  1YIJ L;  1YJ9 O;  3OW2 N;  1K8A P;  3CXC N;  3CCQ L;  2OTL L;  3I55 O;  3CME O;  1YJW L;  1VQ9 L;  1VQ6 O;  2QA4 L;  2OTJ O;  1W2B K;  3I56 O;  1W2B N;  3CCS O;  1VQP O;  1KC8 P;  3CCV L;  1VQ5 L;  3G4S L;  3CCM L;  1Q7Y M;  1Q82 M;  1M90 M;  1YI2 O;  1VQ7 O;  3CXC K;  3CC7 O;  3CCR L;  3CCE L;  3CC2 L;  1K9M M;  1YIT O;  1Q86 P;  1YJN O;  3CPW K;  1M1K P;  1YJ9 L;  3CPW N;  1JJ2 K;  3CD6 L;  1N8R M;  1JJ2 N;  3CCL O;  1VQ8 O;  3I55 L;  1VQM O;  1YIJ O;  1VQK O;  1QVG K;  1K8A M;  1NJI P;  1K73 P;  1VQ6 L;  1QVG N;  1S72 O;  3CCQ O;  1KD1 P;  3I56 L;  3CC4 O;  3CCS L;  1VQP L;  1YHQ L;  1Q81 P;  1VQN O;  1VQL O;  3G6E O;  1VQ4 O;  1QVF K;  1QVF N;  2QA4 O;  1VQO O;  3CCJ L;  1KQS K;  1YI2 L;  1KC8 M;  3G71 O;  3CCV O;  1VQ5 O;  2QEX O;  1KQS N;  1YIT L;  1YJN L;  3CCU O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CMA O;  3CME L;  1VQ8 L;  1Q86 M;  2OTJ L;  1M1K M;  1VQK L;  2OTL O;  3CD6 O;  1S72 L;  1VQ9 O;  1YJW O;  3CC4 L;  1Q7Y P;  1Q82 P;  1VQL L;  1VQN L;  3G6E L;  1VQ4 L;  1NJI M;  1K73 M;  1M90 P;  1VQ7 L;  4N06 A;  3CC7 L;  2YZS A;  3G4S O;  3CCM O;  1KD1 M;  1VQO L;  1K9M P;  5FCL A;  1Q81 M;  1YHQ O;  3G71 L;  5DLJ A;  2QEX L;  1N8R P;  3CCL L;  5DQZ A;  3CCR O;  3CCE O;  3CC2 O;  3CCU L;  1VQM L;  3CMA L;  3OW2 K;  3CCJ O;  1YIJ L;  1YJ9 O;  3OW2 N;  1K8A P;  3GOD A;  3CXC N;  3CCQ L;  4XTK A;  2OTL L;  3I55 O;  5DS4 A;  3CME O;  5DS5 A;  1YJW L;  1VQ9 L;  1VQ6 O;  4WJ0 A;  2QA4 L;  2OTJ O;  1W2B K;  3I56 O;  4QDL A;  3CCS O;  1W2B N;  3NKD A;  1VQP O;  1KC8 P;  3CCV L;  1VQ5 L;  3G4S L;  3CCM L;  4P6I C;  1Q7Y M;  1Q82 M;  1M90 M;  1YI2 O;  1VQ7 O;  3CXC K;  3CC7 O;  3CCR L;  3CCE L;  3CC2 L;  1K9M M;  1YIT O;  1Q86 P;  1YJN O;  3CPW K;  1M1K P;  1YJ9 L;  3CPW N;  1JJ2 K;  5DS6 A;  3CD6 L;  1N8R M;  1JJ2 N;  3CCL O;  1VQ8 O;  3I55 L;  4W8K A;  1VQM O;  1YIJ O;  1VQK O;  1QVG K;  1K8A M;  1NJI P;  1K73 P;  1VQ6 L;  1QVG N;  1S72 O;  3CCQ O;  1KD1 P;  3I56 L;  3CC4 O;  3CCS L;  1VQP L;  1YHQ L;  1Q81 P;  1VQN O;  1VQL O;  3G6E O;  1VQ4 O;  1QVF K;  1QVF N;  2QA4 O;  1VQO O;  3CCJ L;  1KQS K;  1YI2 L;  1KC8 M;  3G71 O;  3CCV O;  1VQ5 O;  5DQT A;  2QEX O;  1KQS N;  1YIT L;  1YJN L;  3CCU O; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3CMA O;  3CME L;  1VQ8 L;  1Q86 M;  2OTJ L;  1M1K M;  1VQK L;  2OTL O;  3CD6 O;  1S72 L;  1VQ9 O;  1YJW O;  3CC4 L;  1Q7Y P;  1Q82 P;  1VQL L;  1VQN L;  3G6E L;  1VQ4 L;  1NJI M;  1K73 M;  1M90 P;  1VQ7 L;  4N06 A;  3CC7 L;  2YZS A;  3G4S O;  3CCM O;  1KD1 M;  1VQO L;  1K9M P;  5FCL A;  1Q81 M;  1YHQ O;  3G71 L;  5DLJ A;  2QEX L;  1N8R P;  3CCL L;  5DQZ A;  3CCR O;  3CCE O;  3CC2 O;  3CCU L;  1VQM L;  3CMA L;  3OW2 K;  3CCJ O;  1YIJ L;  1YJ9 O;  3OW2 N;  1K8A P;  3GOD A;  3CXC N;  3CCQ L;  4XTK A;  2OTL L;  3I55 O;  5DS4 A;  3CME O;  5DS5 A;  1YJW L;  1VQ9 L;  1VQ6 O;  4WJ0 A;  2QA4 L;  2OTJ O;  1W2B K;  3I56 O;  4QDL A;  3CCS O;  1W2B N;  3NKD A;  1VQP O;  1KC8 P;  3CCV L;  1VQ5 L;  3G4S L;  3CCM L;  4P6I C;  1Q7Y M;  1Q82 M;  1M90 M;  1YI2 O;  1VQ7 O;  3CXC K;  3CC7 O;  3CCR L;  3CCE L;  3CC2 L;  1K9M M;  1YIT O;  1Q86 P;  1YJN O;  3CPW K;  1M1K P;  1YJ9 L;  3CPW N;  1JJ2 K;  5DS6 A;  3CD6 L;  1N8R M;  1JJ2 N;  3CCL O;  1VQ8 O;  3I55 L;  4W8K A;  1VQM O;  1YIJ O;  1VQK O;  1QVG K;  1K8A M;  1NJI P;  1K73 P;  1VQ6 L;  1QVG N;  1S72 O;  3CCQ O;  1KD1 P;  3I56 L;  3CC4 O;  3CCS L;  1VQP L;  1YHQ L;  1Q81 P;  1VQN O;  1VQL O;  3G6E O;  1VQ4 O;  1QVF K;  1QVF N;  2QA4 O;  1VQO O;  3CCJ L;  1KQS K;  1YI2 L;  1KC8 M;  3G71 O;  3CCV O;  1VQ5 O;  5DQT A;  2QEX O;  1KQS N;  1YIT L;  1YJN L;  3CCU O; 
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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