The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
166
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sequence length |
519
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structure length |
516
|
Chain Sequence |
EKNVSIVVAASVLSSGIGINGQLPWSISEDLKFFSKITNNKCDSNKKNALIMGRKTWDSIGRRPLKNRIIVVISSSLPQDEADPNVVVFRNLEDSIENLMNDDSIENIFVCGGESIYRDALKDNFVDRIYLTRVALEDIEFDTYFPEIPETFLPVYMSQTFCTKNISYDFMIFEKQEKKNCDPARGQLKSIDDTVDLLGEIFGIRKMGNRHKFPKEEIYNTPSIRFGREHYEFQYLDLLSRVLENGAYRENRTGISTYSIFGQMMRFDMRESFPLLTTKKVAIRGIFEELIWFIKGDTNGNHLIEKKVYIWSGNGSKEYLERIGLGHREENDLGPIYGFQWRHYNGEYKTMHDDYTGVGVDQLAKLIETLKNNPKDRRHILTAWNPSALSQMALPPCHVLSQYYVTNDNCLSCNLYQRSCDLGLGSPFNIASYAILTMMLAQVCGYEPGELAIFIGDAHIYENHLTQLKEQLSRTPRPFPQLKFKRKVENIEDFKWEDIELIGYYPYPTIKMDMAV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Nonconserved residues Ala287 and Ser290 of the Cryptosporidium hominis thymidylate synthase domain facilitate its rapid rate of catalysis
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Chain A, crystal structure of Dhfr
|
| molecule tags |
Transferase, oxidoreductase
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| source organism |
Cryptosporidium hominis
|
| total genus |
166
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| structure length |
516
|
| sequence length |
519
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E
|
| ec nomenclature |
ec
1.5.1.3: Dihydrofolate reductase. |
| pdb deposition date | 2007-01-11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Thymidylate Synthase; Chain A | Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Thymidylate Synthase; Chain A | Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Dihydrofolate Reductase, subunit A | Dihydrofolate Reductase, subunit A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3DGA C; 8DFR A; 3FRF X; 1D1G A; 1F4E A; 3TMS A; 3I8A X; 1TVW A; 3F0X X; 1KZI A; 1B5E A; 1F4B A; 3CL9 A; 1B5D A; 3FQF A; 1DYR A; 4X5J A; 1LCA A; 1OHJ A; 3ROA A; 1TDR A; 2JYB A; 3RO9 A; 2TDM A; 1EVG A; 1DG5 A; 3QLY A; 3KJS A; 4IRR A; 4TU5 X; 4H95 A; 3SRQ X; 2P4G A; 3F0B X; 1QZF A; 2W3A A; 5DXV A; 3FL9 A; 1TJS A; 2RDA A; 4FGG A; 5H39 A; 4HOF A; 1LY4 A; 4XT4 A; 1ZPR A; 1HFR A; 4EIG A; 3EHI X; 3NZC X; 1RX1 A; 2VF0 A; 1F4D A; 3LG4 A; 1CI7 A; 3EIG A; 3IRN A; 1JUV A; 5BY6 A; 1J3K A; 5HQY A; 2CD2 A; 4X5I A; 1TSW A; 1TYS A; 4PSY A; 3GI2 A; 4Q67 A; 3IJZ A; 4I13 A; 1OHK A; 3IX9 A; 1JMH A; 3F0V X; 3B5B A; 2DRC A; 4KJL A; 3SA1 A; 1HFQ A; 1RX9 A; 1PDB A; 3JWF A; 4RGC A; 1TSM A; 1RA9 A; 1EVF A; 1F4C A; 4GD7 A; 4H98 A; 1B49 A; 3FY9 X; 3BZ0 A; 1FFL A; 3HJ3 A; 3FQV A; 4XEC X; 3EBU A; 4Q6A A; 2KGK A; 2VET A; 3KGY A; 4M7U A; 3SAI A; 3KFY A; 4KM2 A; 1BO8 A; 4ELF A; 1DDU A; 1BO7 A; 4KY4 A; 1U71 A; 4FGH A; 4IQQ A; 2L28 A; 3NRR A; 1VZA A; 2G8X A; 1JMF A; 4H0U A; 4KAK A; 3HB8 A; 1TLS A; 1RD7 A; 3UWL B; 3QLS A; 3NU0 A; 1CZ3 A; 4LAH X; 1BQ1 A; 1RE7 A; 3NTZ A; 4KYA A; 2B3Z A; 1DR1 A; 4ECK A; 3NXO A; 3JWK A; 4M6L A; 1JG0 A; 1TDB A; 3BGX A; 5HSR A; 3SQY X; 3GH2 X; 3N5E B; 2FTO X; 1NJD A; 1J3K C; 3QJ7 A; 3IRM A; 1J3I A; 5HF0 X; 2OIP A; 1TSV A; 3NZ6 X; 3BHR A; 1THY A; 3BHL A; 3NZB X; 3GHW A; 1IA4 A; 4XT7 A; 3OB7 A; 4QLG A; 1DR6 A; 2W9T A; 3GG5 A; 1S3W A; 4GEV A; 5HUI A; 3OAF A; 2W9H A; 1RA1 A; 5ECC A; 2FZI A; 1TSY A; 3EEK A; 3SR5 X; 4HOG A; 1TVU A; 3N5E A; 4O1X D; 1DR7 A; 3NZD A; 3EX8 A; 3F0S X; 5H38 A; 1VDR A; 3GYF A; 4QLF A; 5WRN A; 3JW3 A; 1KLK A; 7DFR A; 1AXW A; 2ANQ A; 4IXE D; 3QLR A; 4GH8 A; 3NXV A; 3N5G A; 4XRB A; 1DRB A; 3IX6 A; 3S9U A; 2ONB A; 1KZJ A; 4PTH A; 1RX7 A; 1BSP A; 1JOM A; 2G6V A; 2TSC A; 2QK8 A; 1TDC A; 3F8Z A; 4QJC A; 4EJ1 A; 1JUT A; 2A9W A; 3GHV A; 5HT4 A; 1VJ3 A; 3NZ9 X; 1TRG A; 3VCO A; 4P3R A; 2ANO A; 1MVT A; 3DG8 A; 3JW5 A; 1J3I C; 1DRF A; 4KD7 A; 5HPB A; 1VZD A; 4KEB A; 2BLA A; 3SA2 A; 3CLB A; 5U27 A; 1IA3 A; 4E5O A; 5E8Q A; 4Q0D A; 3NXY A; 3H9K A; 3BNZ A; 1BSF A; 1RB2 A; 4IXF X; 1DG8 A; 1MVS A; 3V8H A; 3QYL A; 1M79 A; 3IA4 A; 5HVE A; 4KM0 A; 4EB4 A; 1JU6 A; 4G2O X; 1TIS A; 2KCE A; 1RX2 A; 4FGT A; 2C2T A; 3KJR A; 1DIS A; 1RA8 A; 3IK1 A; 4FHB A; 1TSZ A; 1RB3 A; 3UM5 A; 3DAT A; 3DFR A; 4P3Q A; 2GD9 A; 3ZPC A; 3S3V A; 4DPH A; 1VZE A; 3FS6 A; 4ELH A; 1LCE A; 5HT5 A; 3SRS X; 4M2X A; 3DAU A; 1EV8 A; 4DP3 A; 3SRU X; 1BQ2 A; 2FZH A; 1IA2 A; 5JA3 A; 1DF7 A; 4KY8 A; 1EV5 A; 2DHF A; 3F8Y A; 3FY8 X; 3M08 A; 3FRA X; 4KLX A; 5HF2 X; 5HS3 A; 3TQ9 A; 4HA7 A; 4LRR A; 1M7A A; 3K2H A; 3F0U X; 4O1X A; 4OR7 A; 2OBC A; 4NX6 A; 3TD8 A; 1HW4 A; 1DR5 A; 4F2V A; 1F4F A; 3R33 A; 1DAJ A; 1PD8 A; 4NX7 A; 3NXX A; 1AOE A; 3INV A; 4DFR A; 1HFP A; 4DPD A; 3DG8 C; 2TSR A; 4XT6 A; 3ED7 A; 1DRH A; 3FRD X; 5CC9 A; 4KPW A; 1TSN A; 1RH3 A; 1YHO A; 3ZPG A; 4I1N A; 4XT8 A; 2FZJ A; 3SGY A; 3EAW X; 3EEJ A; 5FDA A; 5JG0 X; 5J7W A; 1AIQ A; 2HXV A; 4QJZ D; 4H1I A; 1CD2 A; 1BDU A; 4KFJ A; 1DRE A; 5ECX A; 4M7V A; 3IHI A; 1U70 A; 1JUJ A; 3UWL A; 3TQA A; 4DQ1 A; 1DLS A; 2D0K A; 3FQC A; 3B9H A; 3DRC A; 4FOA A; 5FCT A; 1JTQ A; 1NJE A; 1DYI A; 4XT5 A; 3SRR X; 3UM6 A; 4KBN A; 3S7A A; 3I3R A; 1NJA A; 4ISK A; 2CIG A; 3QLW A; 1I00 A; 4M6K A; 1F4G A; 1RA2 A; 3CSE A; 4O7U A; 1TDA A; 1U72 A; 3QLZ A; 4EIN A; 3NZA X; 4DDR A; 4X5H A; 3KGB A; 2HM9 A; 1RG7 A; 3JSU A; 5HQZ A; 3K47 A; 2D5N A; 3HBB A; 3GHC A; 2RD8 B; 4H97 A; 1HW3 A; 1E26 A; 1TSX A; 1BKO A; 1RX6 A; 2W3B A; 6DFR A; 1JMI A; 1KMS A; 5HI6 A; 2HQP A; 1SYN A; 4PSG A; 2LF1 A; 3JWC A; 4IQB A; 3FYV X; 1NJC A; 1RTS A; 3EGY X; 4CD2 A; 2C2S A; 5HSU A; 1PD9 A; 2ITH A; 4XSD A; 1RC4 A; 4PST A; 1BP0 A; 4IXG X; 1DNA A; 3DL5 A; 1LY3 A; 1JMG A; 3EJL A; 4G8Z X; 2RD8 A; 3EEM A; 3FQ0 A; 1BJG A; 1TDU A; 4ELE A; 1LCB A; 1S3Y A; 2G8A A; 1F28 A; 4KJJ A; 4ELG A; 3GH0 A; 4G3M A; 3D80 A; 3JVX A; 4E28 A; 1RX3 A; 1DHI A; 4ELB A; 4XE6 X; 1HVY A; 4JEF A; 1DIU A; 4PSS A; 4LEK X; 4PTJ A; 4LAG X; 4QHV A; 3M09 A; 1JTU A; 3F0Q X; 1DHF A; 1TSD A; 5U26 A; 4EIZ A; 2ZZA A; 2TDD A; 1KMV A; 2BL9 A; 1BID A; 1BP6 A; 3QL3 A; 2BLB A; 3JTW A; 1DDS A; 1JOL A; 3N0H A; 4QI9 A; 4Q0E A; 2AAZ A; 1DRA A; 4FOX A; 1J3J A; 1DR3 A; 3QL0 A; 3F91 A; 4KNE A; 1RA3 A; 1DYJ A; 1HZW A; 1VZB A; 3BYX A; 1RF7 A; 1M78 A; 3IA5 A; 2G89 A; 2BLC A; 3BFI A; 4X5F A; 1RX5 A; 1DR4 A; 1AJM A; 3L3R A; 3FQZ A; 3CD2 A; 3QLX A; 4KJK A; 3UM8 A; 1IA1 A; 3QFX A; 4KL9 A; 4M6J A; 1LUD A; 1RX8 A; 3KY8 A; 4QLE A; 1NJB A; 3FL8 A; 4G95 A; 2INQ A; 4H96 A; 2G8D A; 4ISW A; 1DR2 A; 3FYW X; 3FRE X; 1RX4 A; 3QGT A; 1S3V A; 5EAJ A; 3K45 A; 2W9S A; 2W3M A; 3DGA A; 4O1U A; 4XSC A; 1ZDR A; 1NCE A; 1DDR A; 1YPV A; 4H0R A; 3DL6 A; 3NXR A; 1AN5 A; 3EF9 A; 1SEJ A; 3C06 A; 1KCE A; 4LAE X; 1S3U A; 4FQS A; 1BKP A; 4UP1 A; 4OSG A; 3EDW X; 4HOE A; 1TSL A; 3QYO A; 2H2Q A; 2AZN A; 1BPJ A; 1DYH A; 1BZF A; 4EIL A; 3EEL A; 1AO8 A; 1AI9 A; 2W3W A; 1TVV A; 3IK0 A; 3TQ8 A; 5H3A A; 1FWM A; 3RG9 A; 3TQB A; 4EZ8 A; 4TMS A; 1DHJ A; 1DG7 A; 1BOZ A; 1J3J C; 4XSE A; 3E0B A; 4PDJ A; 2W3V A; 3D84 X; 3K74 A; 2O7P A; 3C0A A; 1VZC A; 2BBQ A; 2FTN A; 4HA9 A; 3Q1H A; 2W9G A; 4FOG A; 1QQQ A; 3OCH A; 2G86 A; 4GYH A; 5CCC A; 1DLR A; 3FRB X; 1TLC A; 4X5G A; 1B02 A; 4G6W X; 2FTQ A; 2XW7 A; 5DFR A; 1AOB A; 3QG2 A; 3JWM A; 3IRO A; 3SH2 A; 3FQO A; 5HVB A; 4P66 A; 3SRW X; 4KNZ A; 3NXT A; 4P68 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3DGA C; 8DFR A; 3FRF X; 1D1G A; 1F4E A; 3TMS A; 3I8A X; 1TVW A; 3F0X X; 1KZI A; 1B5E A; 1F4B A; 3CL9 A; 1B5D A; 3FQF A; 1DYR A; 4X5J A; 1LCA A; 1OHJ A; 3ROA A; 1TDR A; 2JYB A; 3RO9 A; 2TDM A; 1EVG A; 1DG5 A; 3QLY A; 3KJS A; 4IRR A; 4TU5 X; 4H95 A; 3SRQ X; 2P4G A; 3F0B X; 1QZF A; 2W3A A; 5DXV A; 3FL9 A; 1TJS A; 2RDA A; 4FGG A; 5H39 A; 4HOF A; 1LY4 A; 4XT4 A; 1ZPR A; 1HFR A; 4EIG A; 3EHI X; 3NZC X; 1RX1 A; 2VF0 A; 1F4D A; 3LG4 A; 1CI7 A; 3EIG A; 3IRN A; 1JUV A; 5BY6 A; 1J3K A; 5HQY A; 2CD2 A; 4X5I A; 1TSW A; 1TYS A; 4PSY A; 3GI2 A; 4Q67 A; 3IJZ A; 4I13 A; 1OHK A; 3IX9 A; 1JMH A; 3F0V X; 3B5B A; 2DRC A; 4KJL A; 3SA1 A; 1HFQ A; 1RX9 A; 1PDB A; 3JWF A; 4RGC A; 1TSM A; 1RA9 A; 1EVF A; 1F4C A; 4GD7 A; 4H98 A; 1B49 A; 3FY9 X; 3BZ0 A; 1FFL A; 3HJ3 A; 3FQV A; 4XEC X; 3EBU A; 4Q6A A; 2KGK A; 2VET A; 3KGY A; 4M7U A; 3SAI A; 3KFY A; 4KM2 A; 1BO8 A; 4ELF A; 1DDU A; 1BO7 A; 4KY4 A; 1U71 A; 4FGH A; 4IQQ A; 2L28 A; 3NRR A; 1VZA A; 2G8X A; 1JMF A; 4H0U A; 4KAK A; 3HB8 A; 1TLS A; 1RD7 A; 3UWL B; 3QLS A; 3NU0 A; 1CZ3 A; 4LAH X; 1BQ1 A; 1RE7 A; 3NTZ A; 4KYA A; 2B3Z A; 1DR1 A; 4ECK A; 3NXO A; 3JWK A; 4M6L A; 1JG0 A; 1TDB A; 3BGX A; 5HSR A; 3SQY X; 3GH2 X; 3N5E B; 2FTO X; 1NJD A; 1J3K C; 3QJ7 A; 3IRM A; 1J3I A; 5HF0 X; 2OIP A; 1TSV A; 3NZ6 X; 3BHR A; 1THY A; 3BHL A; 3NZB X; 3GHW A; 1IA4 A; 4XT7 A; 3OB7 A; 4QLG A; 1DR6 A; 2W9T A; 3GG5 A; 1S3W A; 4GEV A; 5HUI A; 3OAF A; 2W9H A; 1RA1 A; 5ECC A; 2FZI A; 1TSY A; 3EEK A; 3SR5 X; 4HOG A; 1TVU A; 3N5E A; 4O1X D; 1DR7 A; 3NZD A; 3EX8 A; 3F0S X; 5H38 A; 1VDR A; 3GYF A; 4QLF A; 5WRN A; 3JW3 A; 1KLK A; 7DFR A; 1AXW A; 2ANQ A; 4IXE D; 3QLR A; 4GH8 A; 3NXV A; 3N5G A; 4XRB A; 1DRB A; 3IX6 A; 3S9U A; 2ONB A; 1KZJ A; 4PTH A; 1RX7 A; 1BSP A; 1JOM A; 2G6V A; 2TSC A; 2QK8 A; 1TDC A; 3F8Z A; 4QJC A; 4EJ1 A; 1JUT A; 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3ZPG A; 4I1N A; 4XT8 A; 2FZJ A; 3SGY A; 3EAW X; 3EEJ A; 5FDA A; 5JG0 X; 5J7W A; 1AIQ A; 2HXV A; 4QJZ D; 4H1I A; 1CD2 A; 1BDU A; 4KFJ A; 1DRE A; 5ECX A; 4M7V A; 3IHI A; 1U70 A; 1JUJ A; 3UWL A; 3TQA A; 4DQ1 A; 1DLS A; 2D0K A; 3FQC A; 3B9H A; 3DRC A; 4FOA A; 5FCT A; 1JTQ A; 1NJE A; 1DYI A; 4XT5 A; 3SRR X; 3UM6 A; 4KBN A; 3S7A A; 3I3R A; 1NJA A; 4ISK A; 2CIG A; 3QLW A; 1I00 A; 4M6K A; 1F4G A; 1RA2 A; 3CSE A; 4O7U A; 1TDA A; 1U72 A; 3QLZ A; 4EIN A; 3NZA X; 4DDR A; 4X5H A; 3KGB A; 2HM9 A; 1RG7 A; 3JSU A; 5HQZ A; 3K47 A; 2D5N A; 3HBB A; 3GHC A; 2RD8 B; 4H97 A; 1HW3 A; 1E26 A; 1TSX A; 1BKO A; 1RX6 A; 2W3B A; 6DFR A; 1JMI A; 1KMS A; 5HI6 A; 2HQP A; 1SYN A; 4PSG A; 2LF1 A; 3JWC A; 4IQB A; 3FYV X; 1NJC A; 1RTS A; 3EGY X; 4CD2 A; 2C2S A; 5HSU A; 1PD9 A; 2ITH A; 4XSD A; 1RC4 A; 4PST A; 1BP0 A; 4IXG X; 1DNA A; 3DL5 A; 1LY3 A; 1JMG A; 3EJL A; 4G8Z X; 2RD8 A; 3EEM A; 3FQ0 A; 1BJG A; 1TDU A; 4ELE A; 1LCB A; 1S3Y A; 2G8A A; 1F28 A; 4KJJ A; 4ELG A; 3GH0 A; 4G3M A; 3D80 A; 3JVX A; 4E28 A; 1RX3 A; 1DHI A; 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