The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
153
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sequence length |
515
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structure length |
510
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Chain Sequence |
SLFKIRMPETVAEGTRLALRAFSLVVAVDERGGIGDGRSIPWNVPEDMKFFRDVTTKLRGKNVKPSPAKRNAVVMGRKTWDSIPPKFRPLPGRLNVVLSSTLTTQHLLDGLPDEHADSIVAVNGGLEQALQLLASPNYTPSIETVYCIGGGSVYAEALRPPCVHLLQAIYRTTIRASESSCSVFFRVPESGTEAAAGIEWQRETISEELTSANGNETKYYFEKLIPRNREEEQYLSLVDRIIREGNVKHDRTGVGTLSIFGAQMRFSLRNNRLPLLTTKRVFWRGVCEELLWFLRGETYAKKLSDKGVHIWDDNGSRAFLDSRGLTEYEEMDLGPVYGFQWRHFGAAYTHHDANYDGQGVDQIKAIVETLKTNPDDRRMLFTAWNPSALPRMALPPCHLLAQFYVSNGELSCMLYQRSCDMGLGVPFNIASYALLTILIAKATGLRPGELVHTLGDAHVYSNHVEPCNEQLKRVPRAFPYLVFRREREFLEDYEEGDMEVIDYAPYPPIS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure-based approach to pharmacophore identification, in silico screening, and three-dimensional quantitative structure-activity relationship studies for inhibitors of Trypanosoma cruzi dihydrofolate reductase function.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase, transferase
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| source organism |
Trypanosoma cruzi
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| molecule keywords |
DHFR-TS
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| total genus |
153
|
| structure length |
510
|
| sequence length |
515
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
1.5.1.3: Dihydrofolate reductase. |
| pdb deposition date | 2008-03-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00186 | DHFR_1 | Dihydrofolate reductase |
| A | PF00303 | Thymidylat_synt | Thymidylate synthase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Thymidylate Synthase; Chain A | Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Dihydrofolate Reductase, subunit A | Dihydrofolate Reductase, subunit A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3FQ0 A; 3N5E A; 4IXG X; 1DR7 A; 4KLX A; 2A9W A; 2W3M A; 4KM0 A; 3SR5 X; 4H98 A; 3I8A X; 5CC9 A; 2B3Z A; 1HVY A; 3CD2 A; 4O1U A; 3F0S X; 1D1G A; 1RA3 A; 4M7V A; 1TLC A; 4X5I A; 2GD9 A; 1BKO A; 2VET A; 2TDD A; 1HW4 A; 4KJK A; 3BGX A; 3F0U X; 3KGY A; 1DF7 A; 1SYN A; 4ISK A; 5FCT A; 4FQS A; 1LCA A; 2BLB A; 5H3A A; 1HZW A; 3UWL B; 1PD8 A; 5CCC A; 1DNA A; 1AO8 A; 4X5G A; 2HQP A; 3EIG A; 3FRE X; 1QQQ A; 1DIS A; 1J3K A; 3IK1 A; 4EIL A; 1U70 A; 1BOZ A; 4FGH A; 5HUI A; 5HVB A; 3SH2 A; 2RDA A; 3CLB A; 3F8Y A; 4M6L A; 1B02 A; 3C0A A; 1DR5 A; 2TSC A; 1S3W A; 1PDB A; 3B9H A; 4DQ1 A; 4QHV A; 1TSN A; 1F4F A; 3EJL A; 2W3W A; 3DAT A; 3CL9 A; 2OBC A; 1AN5 A; 3FQO A; 3NXV A; 3IX9 A; 3F8Z A; 4O1X D; 1DDS A; 1BP6 A; 1THY A; 5HT4 A; 4DPD A; 1VDR A; 1RX2 A; 1RX3 A; 1NJB A; 1BDU A; 1OHJ A; 4KJJ A; 2C2T A; 1AXW A; 1JOL A; 3JWM A; 1HFQ A; 1DHI A; 4P3Q A; 1NJC A; 1DR2 A; 2L28 A; 1FFL A; 2G89 A; 3QLZ A; 2QK8 A; 3FY8 X; 1BJG A; 5EAJ A; 1DYH A; 2BL9 A; 2BBQ A; 3DAU A; 4HA7 A; 5DXV A; 4Q0D A; 2W9G A; 4ISW A; 4ELF A; 4LAH X; 3TQ9 A; 4KD7 A; 3JSU A; 4KYA A; 2W9S A; 1BSF A; 3EEK A; 1BO7 A; 1TIS A; 3Q1H A; 3TD8 A; 3OB7 A; 4XSC A; 1QZF A; 3SA2 A; 4M6J A; 4KFJ A; 3K74 A; 1F4C A; 1NJA A; 3BNZ A; 1M78 A; 6DFR A; 4Q6A A; 3BHL A; 4KL9 A; 4O7U A; 3KJR A; 1RX5 A; 3TMS A; 1DRA A; 5HS3 A; 1VZC A; 2H2Q A; 1LUD A; 1JOM A; 4PSG A; 3GHC A; 1VZA A; 4HOG A; 4Q67 A; 3NXT A; 4G95 A; 4H1I A; 4NX7 A; 3FRD X; 3QLW A; 3SRQ X; 3VCO A; 1TSW A; 3EBU A; 1DG8 A; 5ECC A; 3IA4 A; 3UM6 A; 1CD2 A; 3FQC A; 4EB4 A; 3EEL A; 4P66 A; 5HVE A; 3OCH A; 1LY3 A; 3N0H A; 4XT7 A; 1BZF A; 5ECX A; 1TSY A; 1JG0 A; 1DG5 A; 1DHF A; 1RC4 A; 3N5E B; 3JTW A; 4KNE A; 3FY9 X; 4G8Z X; 3QFX A; 5HT5 A; 4XT5 A; 4EIN A; 1TSV A; 4H0U A; 4OSG A; 2RD8 A; 4F2V A; 2W3B A; 1TSD A; 3H9K A; 1LCE A; 8DFR A; 4TU5 X; 1BPJ A; 3HB8 A; 5HQY A; 1TLS A; 2G8X A; 4XT8 A; 4HOF A; 2FZH A; 3FL9 A; 4QLG A; 3SQY X; 4HOE A; 3QLS A; 1RG7 A; 3DL5 A; 4JEF A; 1EVG A; 4PSS A; 4ELE A; 3S7A A; 1DG7 A; 3QJ7 A; 4KEB A; 3D84 X; 4LRR A; 4IRR A; 4QLF A; 3N5G A; 2JYB A; 5DFR A; 2W9T A; 1VZB A; 1JUV A; 1TJS A; 3D80 A; 2AAZ A; 3DG8 A; 1U72 A; 3F0X X; 3SRR X; 5BY6 A; 4FOX A; 1YHO A; 3NXX A; 1NJE A; 1TYS A; 3K2H A; 7DFR A; 2C2S A; 4PST A; 4PTH A; 1FWM A; 5HF2 X; 3S9U A; 1AIQ A; 3EHI X; 3V8H A; 5J7W A; 1DYI A; 3GH2 X; 5WRN A; 3UWL A; 1RA9 A; 3JW3 A; 1DRH A; 1RH3 A; 1RX1 A; 3IX6 A; 4KM2 A; 3DGA C; 2W3A A; 4IXE D; 3SRS X; 1ZDR A; 1RE7 A; 4KBN A; 4IQB A; 1BKP A; 3SA1 A; 1TDU A; 3F91 A; 1JTQ A; 1KZI A; 1HFP A; 1IA3 A; 3M09 A; 4GH8 A; 1RB3 A; 2DRC A; 3TQA A; 4O1X A; 2FTO X; 1S3U A; 1KCE A; 4KY8 A; 2INQ A; 5H38 A; 1SEJ A; 4M6K A; 1J3I C; 4ELB A; 1BP0 A; 4GYH A; 1AJM A; 1HW3 A; 4E28 A; 4XT6 A; 4H0R A; 1BO8 A; 5HSU A; 4G3M A; 5E8Q A; 4ELG A; 1LY4 A; 3NZC X; 1JMF A; 1RA8 A; 5JG0 X; 4RGC A; 1DRB A; 1TVU A; 1TSX A; 4KJL A; 5U27 A; 3JWK A; 1NCE A; 3IJZ A; 3FQZ A; 3NXR A; 1JMH A; 4IXF X; 4X5F A; 3KY8 A; 1AOB A; 3NZB X; 4KY4 A; 1F4B A; 4QJZ D; 1S3Y A; 1JUJ A; 4M7U A; 3DFR A; 4XSE A; 3TQ8 A; 2XW7 A; 3IRM A; 3IRN A; 4ELH A; 1JMI A; 4UP1 A; 1B5D A; 3K45 A; 3QLX A; 1LCB A; 2KGK A; 3R33 A; 4PDJ A; 3TQB A; 4QJC A; 4EJ1 A; 3M08 A; 4P3R A; 3F0B X; 5HPB A; 1F4E A; 1AI9 A; 4PSY A; 4FGT A; 3EEM A; 3NZ6 X; 2ONB A; 1RX9 A; 1RX7 A; 2VF0 A; 3IRO A; 4E5O A; 2RD8 B; 1F4G A; 2G8D A; 5HSR A; 1TVV A; 3RG9 A; 4NX6 A; 1VZE A; 3BZ0 A; 3BYX A; 1M7A A; 3QL0 A; 1RA1 A; 3FQV A; 5JA3 A; 3KGB A; 3KJS A; 2W9H A; 1J3K C; 3ED7 A; 1M79 A; 4CD2 A; 4FHB A; 1TRG A; 1VZD A; 1DAJ A; 2G8A A; 1S3V A; 3ZPG A; 3FYW X; 1IA4 A; 1EV5 A; 1JUT A; 1F4D A; 1TDC A; 2G6V A; 2HM9 A; 4DDR A; 2ANQ A; 2BLC A; 2ZZA A; 3E0B A; 1RX8 A; 1TDA A; 3NZA X; 4H97 A; 1DHJ A; 1RX4 A; 3HJ3 A; 4QI9 A; 1TDB A; 1IA2 A; 2OIP A; 4QLE A; 2BLA A; 1DR4 A; 5HF0 X; 1DRE A; 1CI7 A; 3QLY A; 2LF1 A; 3QL3 A; 3DRC A; 1CZ3 A; 4EIZ A; 1DDU A; 1RD7 A; 1KMV A; 3DL6 A; 4Q0E A; 3NZD A; 1YPV A; 3EEJ A; 3RO9 A; 1PD9 A; 5HI6 A; 3SGY A; 2TDM A; 1U71 A; 2FZJ A; 4GD7 A; 3JWC A; 3SRU X; 1EVF A; 3NZ9 X; 3I3R A; 3FRB X; 2FTN A; 1DYR A; 3FS6 A; 3QGT A; 3GHW A; 4OR7 A; 1DR6 A; 2KCE A; 1JU6 A; 2G86 A; 1DRF A; 1DIU A; 3L3R A; 4HA9 A; 1EV8 A; 4X5J A; 4G2O X; 4I13 A; 2AZN A; 1KMS A; 4TMS A; 1BQ2 A; 3FL8 A; 2CD2 A; 4FOG A; 3KFY A; 3QYO A; 3BHR A; 1TVW A; 3NXO A; 1TSL A; 3NTZ A; 3UM5 A; 3SRW X; 3QG2 A; 3ZPC A; 1I00 A; 1MVT A; 4XRB A; 1KLK A; 1BSP A; 1DR3 A; 3FYV X; 2CIG A; 4XSD A; 4LAE X; 3EX8 A; 1RTS A; 2FTQ A; 1ZPR A; 4ECK A; 1TSZ A; 2HXV A; 3F0V X; 3SAI A; 3FQF A; 3EF9 A; 3FRF X; 4KPW A; 1BQ1 A; 2FZI A; 3IA5 A; 1RA2 A; 3B5B A; 3LG4 A; 1HFR A; 2W3V A; 1JMG A; 4LEK X; 4DP3 A; 1MVS A; 3C06 A; 4H96 A; 1J3J C; 1TDR A; 3GHV A; 1B5E A; 4DPH A; 3INV A; 3OAF A; 4I1N A; 4DFR A; 1DYJ A; 1RB2 A; 1BID A; 3DGA A; 4P68 A; 3HBB A; 1KZJ A; 3QYL A; 5H39 A; 5FDA A; 4EIG A; 3K47 A; 4M2X A; 1JTU A; 2DHF A; 3ROA A; 1F28 A; 1B49 A; 3IHI A; 3CSE A; 4EZ8 A; 3FRA X; 3IK0 A; 2TSR A; 3NRR A; 3EGY X; 3GI2 A; 3S3V A; 1J3I A; 3GH0 A; 3JWF A; 1DLR A; 3QLR A; 3NXY A; 4KNZ A; 4FOA A; 2D0K A; 2ANO A; 4FGG A; 5U26 A; 3EDW X; 3BFI A; 1IA1 A; 2ITH A; 4GEV A; 2D5N A; 1RF7 A; 4KAK A; 4XEC X; 4H95 A; 1TSM A; 3NU0 A; 3DG8 C; 3F0Q X; 3UM8 A; 1NJD A; 4IQQ A; 2P4G A; 3JVX A; 1OHK A; 1VJ3 A; 4LAG X; 5HQZ A; 3JW5 A; 4X5H A; 1RX6 A; 4XE6 X; 4PTJ A; 1DLS A; 1E26 A; 3EAW X; 1AOE A; 2O7P A; 4XT4 A; 1DR1 A; 1J3J A; 4G6W X; 3GYF A; 1DDR A; 3GG5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3FQ0 A; 3N5E A; 4IXG X; 1DR7 A; 4KLX A; 2A9W A; 2W3M A; 4KM0 A; 3SR5 X; 4H98 A; 3I8A X; 5CC9 A; 2B3Z A; 1HVY A; 3CD2 A; 4O1U A; 3F0S X; 1D1G A; 1RA3 A; 4M7V A; 1TLC A; 4X5I A; 2GD9 A; 1BKO A; 2VET A; 2TDD A; 1HW4 A; 4KJK A; 3BGX A; 3F0U X; 3KGY A; 1DF7 A; 1SYN A; 4ISK A; 5FCT A; 4FQS A; 1LCA A; 2BLB A; 5H3A A; 1HZW A; 3UWL B; 1PD8 A; 5CCC A; 1DNA A; 1AO8 A; 4X5G A; 2HQP A; 3EIG A; 3FRE X; 1QQQ A; 1DIS A; 1J3K A; 3IK1 A; 4EIL A; 1U70 A; 1BOZ A; 4FGH A; 5HUI A; 5HVB A; 3SH2 A; 2RDA A; 3CLB A; 3F8Y A; 4M6L A; 1B02 A; 3C0A A; 1DR5 A; 2TSC A; 1S3W A; 1PDB A; 3B9H A; 4DQ1 A; 4QHV A; 1TSN A; 1F4F A; 3EJL A; 2W3W A; 3DAT A; 3CL9 A; 2OBC A; 1AN5 A; 3FQO A; 3NXV A; 3IX9 A; 3F8Z A; 4O1X D; 1DDS A; 1BP6 A; 1THY A; 5HT4 A; 4DPD A; 1VDR A; 1RX2 A; 1RX3 A; 1NJB A; 1BDU A; 1OHJ A; 4KJJ A; 2C2T A; 1AXW A; 1JOL A; 3JWM A; 1HFQ A; 1DHI A; 4P3Q A; 1NJC A; 1DR2 A; 2L28 A; 1FFL A; 2G89 A; 3QLZ A; 2QK8 A; 3FY8 X; 1BJG A; 5EAJ A; 1DYH A; 2BL9 A; 2BBQ A; 3DAU A; 4HA7 A; 5DXV A; 4Q0D A; 2W9G A; 4ISW A; 4ELF A; 4LAH X; 3TQ9 A; 4KD7 A; 3JSU A; 4KYA A; 2W9S A; 1BSF A; 3EEK A; 1BO7 A; 1TIS A; 3Q1H A; 3TD8 A; 3OB7 A; 4XSC A; 1QZF A; 3SA2 A; 4M6J A; 4KFJ A; 3K74 A; 1F4C A; 1NJA A; 3BNZ A; 1M78 A; 6DFR A; 4Q6A A; 3BHL A; 4KL9 A; 4O7U A; 3KJR A; 1RX5 A; 3TMS A; 1DRA A; 5HS3 A; 1VZC A; 2H2Q A; 1LUD A; 1JOM A; 4PSG A; 3GHC A; 1VZA A; 4HOG A; 4Q67 A; 3NXT A; 4G95 A; 4H1I A; 4NX7 A; 3FRD X; 3QLW A; 3SRQ X; 3VCO A; 1TSW A; 3EBU A; 1DG8 A; 5ECC A; 3IA4 A; 3UM6 A; 1CD2 A; 3FQC A; 4EB4 A; 3EEL A; 4P66 A; 5HVE A; 3OCH A; 1LY3 A; 3N0H A; 4XT7 A; 1BZF A; 5ECX A; 1TSY A; 1JG0 A; 1DG5 A; 1DHF A; 1RC4 A; 3N5E B; 3JTW A; 4KNE A; 3FY9 X; 4G8Z X; 3QFX A; 5HT5 A; 4XT5 A; 4EIN A; 1TSV A; 4H0U A; 4OSG A; 2RD8 A; 4F2V A; 2W3B A; 1TSD A; 3H9K A; 1LCE A; 8DFR A; 4TU5 X; 1BPJ A; 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