The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
171
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sequence length |
563
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structure length |
510
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Chain Sequence |
PVCLVVAMTPKRGIGINNGLPWPHLTTDFKHFSRVTKTTPASRFNAVVMGRKTWESMPRKFRPLVDRLNIVVSSSLKEEDIAAEKPQAEGQQRVRVCASLPAALSLLEEEYKDSVDQIFVVGGAGLYEAALSLGVASHLYITRVAREFPCDVFFPAFPGDDILSNKATYRPIFISKTFSDNGVPYDFVVLEKRRSSAAAIAPVLAWMDELIRAVPHVHFRGHEEFQYLDLIADIINNGRTMDDRTGVGVISKFGCTMRYSLDQAFPLLTTKRVFWKGVLEELLWFIRGDTNANHLSEKGVKIWDKNVTREFLDSRNLPHREVGDIGPGYGFQWRHFGAAYKDMHTDYTGQGVDQLKNVIQMLRTNPTDRRMLMTAWNPAALDEMALPPCHLLCQFYVNDQKELSCIMYQRSCDVGLGVPFNIASYSLLTLMVAHVCNLKPKEFIHFMGNTHVYTNHVEALKEQLRREPRPFPIVNILNKERIKEIDDFTAEDFEVVGYVPHGRIQMEMAV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
First Three-Dimensional Structure of Toxoplasma gondii Thymidylate Synthase-Dihydrofolate Reductase: Insights for Catalysis, Interdomain Interactions, and Substrate Channeling.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
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| molecule tags |
Oxidoreductase, transferase
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| source organism |
Toxoplasma gondii
|
| total genus |
171
|
| structure length |
510
|
| sequence length |
563
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H
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| ec nomenclature |
ec
1.5.1.3: Dihydrofolate reductase. |
| pdb deposition date | 2012-04-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00303 | Thymidylat_synt | Thymidylate synthase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Thymidylate Synthase; Chain A | Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Dihydrofolate Reductase, subunit A | Dihydrofolate Reductase, subunit A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5HT5 A; 1J3J A; 4XSD A; 1HVY A; 1TJS A; 2HXV A; 3INV A; 1RX8 A; 3FQF A; 1RA9 A; 3JVX A; 3VCO A; 2W9H A; 2TDM A; 2DRC A; 2L28 A; 3JWK A; 3NXO A; 2G6V A; 1RE7 A; 2P4G A; 1KLK A; 3I3R A; 3R33 A; 1DR7 A; 3QFX A; 4OSG A; 3EEM A; 1RA1 A; 4KBN A; 5E8Q A; 1CZ3 A; 3QL0 A; 4E28 A; 1AJM A; 3DAU A; 1KMV A; 3GHW A; 3KY8 A; 1HZW A; 3IK1 A; 1DHJ A; 2G8D A; 1RF7 A; 1BQ1 A; 3NXX A; 1F4C A; 1KZI A; 1SEJ A; 5HQZ A; 4LAH X; 4Q0E A; 3K47 A; 4PDJ A; 5WRN A; 4EJ1 A; 3DGA C; 1S3W A; 1DDR A; 4M6J A; 3OAF A; 3NXY A; 1JOM A; 4XT4 A; 4FOX A; 1TYS A; 5HVB A; 4H97 A; 3SRS X; 3CLB A; 4KY8 A; 2W3A A; 3NZ6 X; 3BNZ A; 1RD7 A; 3IHI A; 3RO9 A; 3IK0 A; 3E0B A; 4EIL A; 1VJ3 A; 1TSZ A; 1JU6 A; 2BBQ A; 4OR7 A; 7DFR A; 3SRU X; 1D1G A; 3IX6 A; 3UM8 A; 2TDD A; 1B02 A; 3FL9 A; 2XW7 A; 3B9H A; 4KJJ A; 3S3V A; 4PTJ A; 3FY8 X; 1E26 A; 2C2T A; 4X5J A; 4M2X A; 4M7V A; 3EEK A; 1JMH A; 2BLA A; 4ELE A; 4FOA A; 5DFR A; 1DF7 A; 3IA4 A; 3SRQ X; 4LEK X; 3BHL A; 1PD9 A; 1DYH A; 1HFQ A; 4CD2 A; 4QJZ D; 1RA3 A; 1DR2 A; 2BLC A; 3D80 A; 4KJK A; 2FZJ A; 1KZJ A; 3FS6 A; 4XT6 A; 1BO8 A; 3IRN A; 4E5O A; 1TLS A; 4PSS A; 4IXG X; 1THY A; 3F0U X; 1DRE A; 4FGG A; 3IJZ A; 1EVG A; 1BO7 A; 3GH2 X; 2W9S A; 3EX8 A; 4JEF A; 1KCE A; 3EHI X; 2GD9 A; 2ZZA A; 1IA1 A; 1TVV A; 2JYB A; 5HF2 X; 1DIS A; 3QLZ A; 3DG8 A; 4H1I A; 4EB4 A; 1YHO A; 2BL9 A; 2HQP A; 4I1N A; 3NXR A; 1TSW A; 1NJA A; 2RDA A; 4P3R A; 1BKO A; 3QLR A; 1RX1 A; 3N5E B; 5U26 A; 2FTN A; 1RG7 A; 2FTQ A; 2DHF A; 5HQY A; 1KMS A; 2LF1 A; 3IX9 A; 3QYL A; 4PTH A; 4KYA A; 1LCE A; 3SA2 A; 4HOG A; 4NX6 A; 3GHC A; 4H95 A; 3BGX A; 3N5E A; 4LAE X; 4ELB A; 3CL9 A; 1DR1 A; 3DG8 C; 3F8Y A; 1DNA A; 1TDB A; 1S3Y A; 1TSX A; 1DHF A; 4KM0 A; 5HSR A; 1PDB A; 1F4G A; 2W3B A; 1ZPR A; 2KCE A; 4TU5 X; 3ROA A; 2G89 A; 4P3Q A; 5U27 A; 3FQV A; 4IXE D; 1TDR A; 3KFY A; 2W3M A; 2KGK A; 3SQY X; 4KM2 A; 3NRR A; 4H0R A; 1RB3 A; 1DR4 A; 3EF9 A; 3QG2 A; 4GEV A; 3C06 A; 4Q67 A; 3EIG A; 1J3J C; 3BHR A; 3SRR X; 3F0Q X; 1F28 A; 3GH0 A; 4G6W X; 4QI9 A; 3FYW X; 5HT4 A; 4DQ1 A; 4EIN A; 3KJS A; 3DAT A; 1HFP A; 4O1X D; 3DFR A; 4LAG X; 1FWM A; 1RX3 A; 4XT7 A; 3EEJ A; 3NZ9 X; 3TD8 A; 4IQQ A; 4IRR A; 1DRB A; 1VZC A; 2QK8 A; 1M78 A; 3NZD A; 1J3I A; 5DXV A; 4QLF A; 1DHI A; 4PSY A; 1AXW A; 1AI9 A; 2HM9 A; 3FRE X; 1I00 A; 2FZI A; 5ECC A; 3TQ9 A; 4H98 A; 4KEB A; 3CD2 A; 1JUT A; 1DDU A; 3FQO A; 1J3K A; 1IA3 A; 3V8H A; 3JWF A; 4QJC A; 1BSF A; 1OHJ A; 1NJD A; 1B5D A; 1TSV A; 3QLY A; 1TVU A; 3F8Z A; 3Q1H A; 3NU0 A; 5FCT A; 5CC9 A; 4G2O X; 3S9U A; 3HJ3 A; 1BP0 A; 4F2V A; 4EZ8 A; 3HB8 A; 3K45 A; 1MVT A; 3QGT A; 1J3I C; 1TSN A; 4XT5 A; 1TVW A; 4KNE A; 3NXT A; 2O7P A; 2ITH A; 4NX7 A; 4DDR A; 4ELF A; 1VZB A; 5HPB A; 4H0U A; 1RB2 A; 3I8A X; 1F4B A; 2AAZ A; 1J3K C; 4O1U A; 3SRW X; 3RG9 A; 1DLS A; 1S3V A; 3QL3 A; 2VET A; 3NZB X; 3TQB A; 4KJL A; 3JWC A; 4EIZ A; 1F4D A; 4X5G A; 4XSE A; 1DYI A; 3SA1 A; 1LY4 A; 1IA2 A; 3DL5 A; 4XRB A; 1BQ2 A; 4FOG A; 3JWM A; 4XE6 X; 1RC4 A; 4HA9 A; 5CCC A; 4DPH A; 4DFR A; 3NZC X; 3TQA A; 3EGY X; 6DFR A; 5EAJ A; 1BID A; 4FGH A; 4M7U A; 4UP1 A; 1DIU A; 4I13 A; 4QLE A; 4PSG A; 4Q6A A; 1IA4 A; 5JA3 A; 1JMG A; 1TDU A; 4DPD A; 2CIG A; 5HUI A; 3JW5 A; 1RTS A; 1EV5 A; 1RX2 A; 4FHB A; 5HSU A; 1FFL A; 3NZA X; 1LCA A; 1DG5 A; 3EJL A; 2BLB A; 4KPW A; 1BKP A; 3N5G A; 3NXV A; 4FGT A; 4Q0D A; 3ZPG A; 2A9W A; 3UWL B; 2FZH A; 1S3U A; 1M79 A; 1NJE A; 1ZDR A; 3FRF X; 1NJB A; 4O7U A; 4TMS A; 2ANO A; 5HF0 X; 2ANQ A; 3F0V X; 4G8Z X; 1AOE A; 4FQS A; 3KJR A; 1VDR A; 1LY3 A; 4KD7 A; 4KNZ A; 5FDA A; 3UWL A; 3GI2 A; 3GYF A; 2D0K A; 3F0B X; 3KGY A; 4GH8 A; 1RA2 A; 3QYO A; 3H9K A; 1DDS A; 1M7A A; 1B49 A; 1DR5 A; 3DRC A; 4ISK A; 3QLW A; 1JG0 A; 1DG8 A; 2OBC A; 1DAJ A; 4KLX A; 3C0A A; 2H2Q A; 1CI7 A; 1JUV A; 1DR3 A; 4ELH A; 5HVE A; 4GYH A; 4ELG A; 1PD8 A; 3F0X X; 2VF0 A; 1EVF A; 4P68 A; 1OHK A; 4ISW A; 1QZF A; 1NCE A; 1BOZ A; 4LRR A; 2B3Z A; 3DGA A; 1VZE A; 3ZPC A; 1NJC A; 1HW3 A; 2OIP A; 3HBB A; 1DRH A; 1F4F A; 4IXF X; 5H38 A; 3EEL A; 4IQB A; 3QJ7 A; 3KGB A; 1BZF A; 1DYR A; 5H39 A; 1TSD A; 4PST A; 4O1X A; 1F4E A; 3M08 A; 3OCH A; 3IRM A; 3CSE A; 3K74 A; 3EAW X; 1HFR A; 2G8X A; 3B5B A; 3IA5 A; 4XT8 A; 4KL9 A; 3SH2 A; 1TSM A; 4EIG A; 1RX5 A; 1QQQ A; 4ECK A; 1JTU A; 1DRA A; 1AO8 A; 3JW3 A; 3IRO A; 4X5H A; 5JG0 X; 1BSP A; 2CD2 A; 2INQ A; 3S7A A; 1JMI A; 1JUJ A; 1JTQ A; 4HOF A; 1LUD A; 3TMS A; 3DL6 A; 1LCB A; 1TDA A; 1AOB A; 3OB7 A; 1DR6 A; 2RD8 B; 3N0H A; 3EDW X; 4X5I A; 2ONB A; 3QLS A; 3SAI A; 4DP3 A; 3FY9 X; 1MVS A; 1TIS A; 2AZN A; 3FRA X; 1VZD A; 3EBU A; 3FRD X; 3M09 A; 1DYJ A; 3F0S X; 3GHV A; 4P66 A; 1BP6 A; 1U70 A; 1TSY A; 2RD8 A; 4G3M A; 1TLC A; 1EV8 A; 3JSU A; 1RA8 A; 4M6L A; 1RX6 A; 3FQ0 A; 2W9G A; 1JOL A; 3FRB X; 1U72 A; 1SYN A; 4XSC A; 5ECX A; 1BPJ A; 1JMF A; 4KFJ A; 1AIQ A; 1U71 A; 3NTZ A; 4M6K A; 3F91 A; 4HA7 A; 1RX9 A; 1TDC A; 4GD7 A; 1BJG A; 8DFR A; 3BFI A; 3TQ8 A; 1TRG A; 5BY6 A; 5H3A A; 3ED7 A; 2FTO X; 2G8A A; 3BZ0 A; 2D5N A; 1CD2 A; 3SGY A; 1RX4 A; 4KY4 A; 5HS3 A; 3FQC A; 1BDU A; 5J7W A; 2W3V A; 1DRF A; 1HW4 A; 4G95 A; 1VZA A; 1YPV A; 5HI6 A; 4XEC X; 4QLG A; 4X5F A; 1DLR A; 3SR5 X; 3K2H A; 3FYV X; 3JTW A; 1TSL A; 1AN5 A; 3LG4 A; 3QLX A; 3UM5 A; 4HOE A; 4QHV A; 2W3W A; 3UM6 A; 1RH3 A; 2G86 A; 2TSR A; 3D84 X; 3FL8 A; 3L3R A; 1B5E A; 3GG5 A; 2TSC A; 4RGC A; 1DG7 A; 4KAK A; 2C2S A; 1RX7 A; 3FQZ A; 4H96 A; 3BYX A; 2W9T A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5HT5 A; 1J3J A; 4XSD A; 1HVY A; 1TJS A; 2HXV A; 3INV A; 1RX8 A; 3FQF A; 1RA9 A; 3JVX A; 3VCO A; 2W9H A; 2TDM A; 2DRC A; 2L28 A; 3JWK A; 3NXO A; 2G6V A; 1RE7 A; 2P4G A; 1KLK A; 3I3R A; 3R33 A; 1DR7 A; 3QFX A; 4OSG A; 3EEM A; 1RA1 A; 4KBN A; 5E8Q A; 1CZ3 A; 3QL0 A; 4E28 A; 1AJM A; 3DAU A; 1KMV A; 3GHW A; 3KY8 A; 1HZW A; 3IK1 A; 1DHJ A; 2G8D A; 1RF7 A; 1BQ1 A; 3NXX A; 1F4C A; 1KZI A; 1SEJ A; 5HQZ A; 4LAH X; 4Q0E A; 3K47 A; 4PDJ A; 5WRN A; 4EJ1 A; 3DGA C; 1S3W A; 1DDR A; 4M6J A; 3OAF A; 3NXY A; 1JOM A; 4XT4 A; 4FOX A; 1TYS A; 5HVB A; 4H97 A; 3SRS X; 3CLB A; 4KY8 A; 2W3A A; 3NZ6 X; 3BNZ A; 1RD7 A; 3IHI A; 3RO9 A; 3IK0 A; 3E0B A; 4EIL A; 1VJ3 A; 1TSZ A; 1JU6 A; 2BBQ A; 4OR7 A; 7DFR A; 3SRU X; 1D1G A; 3IX6 A; 3UM8 A; 2TDD A; 1B02 A; 3FL9 A; 2XW7 A; 3B9H A; 4KJJ A; 3S3V A; 4PTJ A; 3FY8 X; 1E26 A; 2C2T A; 4X5J A; 4M2X A; 4M7V A; 3EEK A; 1JMH A; 2BLA A; 4ELE A; 4FOA A; 5DFR A; 1DF7 A; 3IA4 A; 3SRQ X; 4LEK X; 3BHL A; 1PD9 A; 1DYH A; 1HFQ A; 4CD2 A; 4QJZ D; 1RA3 A; 1DR2 A; 2BLC A; 3D80 A; 4KJK A; 2FZJ A; 1KZJ A; 3FS6 A; 4XT6 A; 1BO8 A; 3IRN A; 4E5O A; 1TLS A; 4PSS A; 4IXG X; 1THY A; 3F0U X; 1DRE A; 4FGG A; 3IJZ A; 1EVG A; 1BO7 A; 3GH2 X; 2W9S A; 3EX8 A; 4JEF A; 1KCE A; 3EHI X; 2GD9 A; 2ZZA A; 1IA1 A; 1TVV A; 2JYB A; 5HF2 X; 1DIS A; 3QLZ A; 3DG8 A; 4H1I A; 4EB4 A; 1YHO A; 2BL9 A; 2HQP A; 4I1N A; 3NXR A; 1TSW A; 1NJA A; 2RDA A; 4P3R A; 1BKO A; 3QLR A; 1RX1 A; 3N5E B; 5U26 A; 2FTN A; 1RG7 A; 2FTQ A; 2DHF A; 5HQY A; 1KMS A; 2LF1 A; 3IX9 A; 3QYL A; 4PTH A; 4KYA A; 1LCE A; 3SA2 A; 4HOG A; 4NX6 A; 3GHC A; 4H95 A; 3BGX A; 3N5E A; 4LAE X; 4ELB A; 3CL9 A; 1DR1 A; 3DG8 C; 3F8Y A; 1DNA A; 1TDB A; 1S3Y A; 1TSX A; 1DHF A; 4KM0 A; 5HSR A; 1PDB A; 1F4G A; 2W3B A; 1ZPR A; 2KCE A; 4TU5 X; 3ROA A; 2G89 A; 4P3Q A; 5U27 A; 3FQV A; 4IXE D; 1TDR A; 3KFY A; 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