The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
63
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sequence length |
190
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structure length |
190
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Chain Sequence |
IPGYTYGETENRAPFNLEDLKLLKEAVMFTAEDEEYIQKAGEVLEDQVEEILDTWYGFVGSHPHLLYYFTSPDGTPNEKYLAAVRKRFSRWILDTSNRSYDQAWLDYQYEIGLRHHRTKKNQTDNVESVPNIGYRYLVAFIYPITATMKPFLARKGHTPEEVEKMYQAWFKATTLQVALWSYPYVKYGDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Iron-binding protein
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| molecule keywords |
PROTOGLOBIN
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| publication title |
Structure and Haem-Distal Site Plasticity in Methanosarcina Acetivorans Protoglobin.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Methanosarcina acetivorans
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| total genus |
63
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| structure length |
190
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| sequence length |
190
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-01-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF11563 | Protoglobin | Protoglobin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1BZP A; 4ESA A; 1IRC A; 3NFE B; 3S48 C; 1S5Y A; 2HHD B; 3ASE A; 1A6G A; 1HLB A; 2FRK X; 1J40 B; 3VRE B; 1VWT A; 3V2V A; 3RGK A; 3A0G B; 4H0B A; 1CPW A; 1J7Y A; 1YHU C; 1UX8 A; 4TWU A; 2VYY A; 2LH5 A; 4L2M A; 4VHB A; 3UHQ A; 1CH5 A; 2RAO A; 1Y4F B; 3DHR B; 1Y7C B; 1LH6 A; 1J7S A; 2ZSQ A; 1THB B; 1YHE B; 1IWH B; 3GDJ A; 3UHX A; 5CN4 A; 1XZ4 B; 1EW6 A; 1LFQ A; 1MTI A; 1O1K B; 1BBB A; 3S65 A; 3E55 A; 2W6V A; 1V5H A; 2ZT0 A; 1LH1 A; 2PGH A; 1YVQ A; 3AT6 A; 2OH9 A; 4H2L B; 2RI4 A; 1BZ0 B; 1HDB A; 3WFT A; 1MBO A; 5EUI B; 3UHY A; 4HRT B; 3UHI A; 2YRS B; 1CH2 A; 1BIN A; 5CN9 A; 3U3E A; 1S0H A; 2HHD A; 4O2G A; 1BZZ B; 3IXF A; 3NMM B; 1YH9 B; 3VRE A; 3ZJI A; 1QSH B; 4DWT A; 3A0G A; 3WCW D; 1WMU A; 1XZ2 B; 3QM9 A; 3WCU D; 1A9W A; 2R80 B; 1RTE A; 2B7H B; 3V2Z A; 1CO8 A; 3DHR A; 1A01 B; 1CIK A; 1NQP A; 2ZLW B; 2ZWJ A; 2ZSY A; 2HHB A; 1MNH A; 2MHB A; 2H8F B; 3ZJJ A; 3QM8 A; 2AV3 A; 1LFY A; 1N9H A; 3AT5 A; 3GK9 A; 3S66 A; 2V1J A; 3E5O A; 1YMA A; 3UHE A; 1SDL B; 4HSW A; 3UHN A; 3O7N A; 1TU9 A; 3WCP B; 1OFK A; 3GQG A; 1LH7 A; 2YRS A; 3UGY A; 5HU6 A; 4XS0 B; 1MYF A; 4F6B A; 2ZS0 B; 1ECN A; 3D17 A; 1LH3 A; 5SW7 A; 3NMM A; 2R50 A; 3K3U A; 4LPI A; 3RJ6 A; 1QSH A; 4U8U B; 3KMF C; 1MBN A; 4N7O A; 4YU3 B; 105M A; 1V4U A; 5CN8 A; 2D60 A; 4ZVB A; 2R80 A; 1MBD A; 4IT8 A; 4F4O B; 2MGI A; 1A01 A; 4KJT A; 1HDS B; 4MQH B; 2WY4 A; 1DUO A; 1HBA B; 1VXD A; 2O5L X; 5EV5 A; 1Y7D A; 3MJU B; 1T1N B; 1J7W A; 1SHR A; 2H8F A; 5KER A; 1O1O B; 1Y5F A; 2FRJ X; 3E5I A; 3WCT B; 3D4X B; 1U7R A; 5JGG A; 1KR7 A; 3LB2 A; 4JAC A; 3BOM A; 2D5X B; 1YEO B; 2NSR A; 2Z8A A; 5JOM A; 1SDL A; 5EYS A; 2PEG B; 3B75 A; 1G0A A; 4HHB A; 4MQC B; 3UBV A; 1ECA A; 1BZR A; 1X9F B; 1IOP A; 3GYS B; 1Y4B A; 1LHS A; 5HY8 B; 4U8U A; 2O5T X; 3PIA A; 5M3S A; 1O1L A; 1GCV A; 3G4Q A; 3H58 A; 1JZM A; 2VEE A; 1GDL A; 1BIJ B; 1JW8 A; 1DKE A; 1A0Z B; 2ZSP A; 1HDS A; 4MQH A; 2G0R A; 1QPW A; 2HCO A; 5IKS A; 2R4Y A; 3GKV B; 3HRW B; 1G09 B; 4ZVA A; 2MYA A; 102M A; 1FAW B; 1PBX A; 3D4X A; 3BJ1 B; 4FH7 A; 2D5X A; 1V75 B; 1YDZ A; 3PEL B; 4U8U C; 1URV A; 1Y5J B; 3HF4 B; 1Y09 B; 1GBV A; 1HAC B; 2GL3 A; 2R1H A; 1SI4 B; 3M3A A; 1YHU D; 2QSS A; 3SDN A; 1XYE B; 3GYS A; 3MJP B; 2W6W A; 4MQI B; 3DUT B; 1GCW A; 3PT8 B; 2GKN A; 1HBB A; 2ZST A; 3AQ8 A; 5F0B A; 1BZ1 B; 5CHR A; 1A3N B; 4NXC A; 2ZSR A; 2VHB A; 1K1K B; 1A0Z A; 1DM1 A; 1FSX B; 1NEJ B; 1MLR A; 2EVP A; 2VLY A; 3IC0 A; 2H8D A; 1SPG A; 3UH6 A; 2D2M A; 5EE4 C; 1IRD B; 1Y45 B; 1Y4G B; 4HRR B; 3HRW A; 2HBS A; 2Z6N B; 1G09 A; 3A5G A; 1HRM A; 3WFW A; 4PNJ A; 3ZJS A; 3QJD B; 5EYJ A; 1XZ7 B; 1M6M A; 1GBU A; 2M6Z A; 3IC2 B; 3QJB A; 1KD2 A; 1RSE A; 1O1P A; 3UHH A; 1G9V B; 1HBS B; 2SPM A; 1VRE A; 1JP9 A; 1C7D A; 1HAC A; 1G0B A; 1O1J A; 5CNC A; 1SWM A; 2DN1 B; 3M38 A; 3W4U B; 2HBE B; 1ABW B; 4MQJ A; 1YOI A; 3DUT A; 2D2M C; 2DHB B; 5EQM A; 3PT8 A; 2ZSS A; 5CN7 A; 1IT2 A; 1HDA B; 4XDI A; 5CND A; 1HBI A; 2FRF A; 1BZ1 A; 1COH B; 4X0L A; 1OBM A; 1NS9 A; 1X3K A; 1BJE A; 1V4W A; 1SPE A; 2W72 B; 1HBR B; 1FSX A; 5AZR A; 1Y8W B; 4F6G A; 1XZU B; 1LH2 A; 1YMB A; 3BCQ A; 3RJN B; 2NRM A; 1Y45 A; 2Z6N A; 4B3W A; 1DO3 A; 3DR9 A; 3QJD A; 3EOK B; 1YFF B; 1HBS A; 3ZJR A; 4MBN A; 1NGK A; 3ZJO A; 3AG0 A; 3BA2 A; 4C0N A; 3K8B A; 3UHZ A; 2HBE A; 1YEN A; 1ABW A; 1Z8U B; 3G52 A; 1YCA A; 3E4N A; 1AJ9 A; 3WCV B; 1Y0C B; 3HYU B; 1YE0 A; 1O1I B; 1FHJ A; 2ZLU A; 2IG3 A; 1NWN A; 1CH3 A; 3QQR A; 3HEN A; 1Y35 A; 1YG5 B; 2R4W A; 1XZU A; 2GRF A; 3BJ2 B; 1GLI B; 2LH7 A; 3G46 A; 2D2N B; 1JEB B; 2W6Y A; 3HXN B; 2AUO A; 3TM3 A; 1I3E A; 1DXU B; 4MQG B; 3EOK A; 3PI8 A; 4M4A B; 1J52 A; 1HGA B; 3LB4 A; 1QSI A; 3G4W A; 2GDM A; 1Y01 B; 1FN3 B; 1DXD A; 1CLS B; 1JWN A; 1NPF A; 2AUP A; 1NPG A; 2DN3 B; 2XKH A; 7HBI A; 3EU1 A; 1J3Z B; 4O1T A; 1HLM A; 3WCV A; 3UHT A; 2R4X A; 1Y0C A; 3HYU A; 3BJ3 B; 1H1X A; 1O1I A; 3LQD B; 3PI2 A; 5C6E B; 3R5I B; 2AA1 A; 1C40 B; 2VEB A; 3CIU B; 2QMB A; 1NXF A; 1YVT B; 1MBI A; 2ZS1 C; 1MWD A; 1XY0 B; 3FH9 B; 1SDK A; 3K9Z A; 1YG5 A; 1LA6 B; 1RVW B; 1GLI A; 2D2N A; 1JEB A; 4U8U D; 5CMV A; 1YCB A; 1J41 B; 2G0S A; 1DXU A; 1Y5K B; 1Y0A B; 1HAB B; 1MNO A; 1XQ5 A; 2MYB A; 3QJE B; 3WCV C; 2H35 B; 1Y4Q B; 3NG6 A; 1A9W E; 2OH8 A; 1YIE B; 1HGB B; 1YIH B; 4NI1 A; 4BJA A; 4IRO A; 1MCY A; 2HHE B; 4MPM A; 5KDQ B; 2DN3 A; 2G0Z A; 3PI9 B; 1UC3 A; 1Y0W A; 2QU0 B; 1DLY A; 1UIW A; 1LFT A; 3ZOM A; 2JHO A; 3VRF B; 1XXT A; 1RQ3 B; 1GDK A; 2D2N C; 3BJ3 A; 4M4B B; 5C6E A; 1XZV A; 1RPS B; 4FH6 A; 1QXD B; 5EE4 D; 3NFE A; 1C40 A; 1DXT B; 3CIU A; 1YVT A; 3ARL A; 1MTJ A; 1J40 A; 3UHU A; 4DC7 A; 2NX0 A; 1LH5 A; 2O5B X; 110M A; 1LA6 A; 3ZJP A; 1RVW A; 1GZX B; 3AQ5 A; 2GNW A; 1XCH A; 1MYG A; 1RQA B; 1HHO B; 1CH4 A; 3ZOL A; 1Y4F A; 1J41 A; 1MBA A; 3ONZ B; 1Y7C A; 2G0X A; 3ZJM A; 1Y5K A; 1GVH A; 2HBC B; 1N9I A; 1THB A; 1YHE A; 3QJE A; 5B85 A; 1IWH A; 108M A; 1XZ4 A; 1O1K A; 3OO4 B; 3G53 A; 3PI3 A; 1YIE A; 2D2M D; 1YIH A; 2O5M X; 1VXC A; 2MGG A; 2HHE A; 3QJC B; 2ZSN A; 3OJ1 A; 1DO1 A; 2MBW A; 1YZI B; 3D7O B; 1VXF A; 2QU0 A; 1HGC B; 2ZLX B; 2EB8 A; 4H2L A; 1BZ0 A; 3PT7 B; 4PQ6 A; 1N9X A; 1Y7Z B; 5EUI A; 3LR7 A; 4HRT A; 1DWT A; 1A0U B; 4MQK B; 4NXA A; 1BZZ A; 5CN6 A; 4DWU A; 2D5Z B; 2O5O X; 1YH9 A; 1GZX A; 1XZ2 A; 1RTX A; 1HSY A; 2OHA A; 1HHO A; 4WJG A; 2B7H A; 2GNV A; 3DHT B; 4UZV A; 1S61 A; 3MKB B; 3AQ6 A; 2ZLW A; 5C6Y A; 1HJT A; 4NK1 A; 1MOH A; 3OO5 B; 2HZ3 A; 2G14 A; 1OR6 A; 2QFN A; 3SZK B; 2MGC A; 1YZI A; 2G12 A; 1CG5 B; 4GZG A; 4FWY A; 4ODC B; 2ZT3 A; 1PMB A; 3WCP A; 3TM9 A; 1Y0D B; 4G1V A; 1A0U A; 1Q1F A; 4XS0 A; 4YU4 B; 2ZS0 A; 1DO4 A; 2ZFB B; 4DC8 A; 1ABS A; 1S69 A; 3M39 A; 4YU3 A; 1ITH A; 2XKG A; 1WVP A; 3GOU B; 1MWB A; 1YE2 B; 3WCW B; 1J3Y B; 1FSL A; 1Y2Z B; 2Z6S A; 4F4O A; 3DHT A; 1A4F B; 3WCU B; 1GDI A; 3UH7 A; 1HBA A; 1DLW A; 3A59 B; 1MLM A; 3HHB B; 3MJU A; 1Y31 B; 1T1N A; 1YOG A; 2VM0 A; 3S1J A; 1X46 A; 1O1O A; 1OUU B; 4ROM B; 1YEU B; 3OO5 A; 1ABY B; 2WTH A; 3WCT A; 1DXV B; 3A5A A; 1YEO A; 2ZS0 C; 1S5X B; 1V9Q A; 2PEG A; 4ODC A; 1QI8 B; 3QQQ A; 1M9P B; 2GRH A; 1MLG A; 1QXE B; 2IN4 A; 1XZ5 B; 1CBL A; 2ZS1 D; 2EF2 A; 3MN0 A; 4MQC A; 1MLN A; 1OR4 A; 1YOH A; 2MGB A; 4YU4 A; 2VLX A; 1X9F A; 1MLQ A; 5HY8 A; 4PQB A; 104M A; 4G1B A; 1MLL A; 1VXA A; 3GQR B; 1YGD B; 1BIJ A; 1Y8H B; 3GOU A; 3WCT C; 3WCV D; 1YE2 A; 1Y8K B; 1YMC A; 2O5S X; 1A4F A; 1MWC A; 1HV4 B; 1DXC A; 3A59 A; 1MKO B; 3QMA A; 3ARJ A; 1LFZ B; 5CN5 A; 4F68 A; 2MGM A; 5KKK A; 1YGF B; 3GKV A; 1OUU A; 4ROL B; 5ILR A; 5HLU A; 1GJN A; 1FAW A; 5EU2 A; 1Y46 B; 3UHS A; 3BJ1 A; 4C44 A; 1X9F C; 1S5X A; 5D1V A; 3ZHW A; 1V75 A; 2VYW A; 1HBH B; 3PEL A; 4WCH D; 1Y5J A; 3HF4 A; 2HZ1 A; 1Y09 A; 1ASH A; 2GRZ A; 1SI4 A; 1MNJ A; 1O1M B; 5JDO F; 1V4X B; 4OOD A; 4N7P B; 4QAU A; 3WTG B; 1UT0 A; 2LH6 A; 1XYE A; 2BLH A; 3MJP A; 3UI0 A; 4MQI A; 1DO7 A; 2DC3 A; 3NL7 B; 3GQR A; 2ZFO B; 1Y7G B; 1A3N A; 2HBF B; 3UHR A; 1Y8I B; 3D1A B; 3ODQ B; 3ZJQ A; 5EET A; 1MZ0 A; 1K1K A; 5CNG A; 1HV4 A; 1NEJ A; 1Y83 B; 2EKU A; 4ILZ A; 1NZ3 A; 3OZV A; 1NWI A; 3QZX A; 3P5Q B; 1IRD A; 1JF4 A; 3A2G A; 3WHM B; 1Y4G A; 4HRR A; 5E29 B; 1OJ6 A; 1C7B B; 1A00 B; 2VYZ A; 4HSX A; 1DTM A; 1XZ7 A; 1A6N A; 1CP5 A; 3IC2 A; 1HBH A; 1G9V A; 2ZT4 A; 1Y22 B; 1R1X B; 4F69 A; 2SPL A; 2BNL A; 2V1E A; 1MLK A; 2EB9 A; 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1YHR B; 1BAB A; 1WLA A; 4MXL A; 1FN3 A; 1MLO A; 3EDA A; 4UIQ A; 1CLS A; 5JDO C; 3GLN A; 1NQP B; 1LTW A; 5E6E B; 2BLJ M; 1LUE A; 2HHB B; 3WCT D; 1EBC A; 2LH3 A; 3UHV A; 2MHB B; 5MBN A; 1J3Z A; 2BLI A; 1NIH B; 2AUQ A; 1J3F A; 1JF3 A; 1LFY B; 3AT5 B; 3LQD A; 5CHQ A; 1RQ4 B; 3R5I A; 3S66 B; 4HBI A; 1IT3 A; 1NZ4 A; 2GTL B; 3UHC A; 2O58 X; 1XY0 A; 3FH9 A; 3GQG B; 1AZI A; 1O1N B; 3CY5 B; 1X9F D; 2MGE A; 4PQC A; 6HBW B; 5HU6 B; 1VXB A; 106M A; 3ZH0 A; 2Z6T A; 3D17 B; 1MYT A; 5SW7 B; 1Y0A A; 1HAB A; 1VXE A; 3HEP A; 4N7O B; 1Y85 A; 4F6J A; 1V4U B; 3D1K A; 2H35 A; 3ECL A; 1Y4Q A; 1YHR A; 2D60 B; 1HGB A; 3S1I A; 2W31 A; 2BK9 A; 2BMM A; 5CNB A; 3IA3 B; 3ARK A; 4MBA A; 2OIF A; 5KDQ A; 5E6E A; 1KFR A; 1Y7D B; 3PI9 A; 3KMF A; 1CQX A; 1J7W B; 1SHR B; 5KER B; 1NIH A; 3VRF A; 1Y5F B; 1RQ3 A; 5JGG B; 4M4B A; 1RPS A; 1RQ4 A; 3BOM B; 2OLP A; 4KMW A; 3A5B A; 1QXD A; 3UH3 A; 1F5O A; 1DXT A; 2GTL A; 3B75 B; 1G0A B; 4FWX A; 1JPB A; 5EOH A; 1CBM A; 1UFP A; 5F2A A; 1OFJ A; 1O1N A; 3CY5 A; 4HHB B; 1MOD A; 4H07 A; 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