The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
61
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sequence length |
215
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structure length |
214
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Chain Sequence |
AIIKEFMRFKVHMEGSVNGHVFEIEGEGEGRPYEGTQTAKLKVTKGGPLPFTWDILSPQFSNAYVKHPADIPDYFKLSFPEGFKWERVMKFEDGGVVTVTQDSSLQDGEFIYKVKLRGTNFPSDGPVMQKKTMGWEALSERMYPEDGALKGEVKPRVKLKDGGHYDAEVKTTYKAKKPVQLPGAYNVNRKLDITSHNEDYTIVEQYERAEGRHS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Photoactivation mechanism of PAmCherry based on crystal structures of the protein in the dark and fluorescent states.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PAmCherry1 protein
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| molecule tags |
Fluorescent protein
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| source organism |
Discosoma sp.
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| total genus |
61
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| structure length |
214
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| sequence length |
215
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-10-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01353 | GFP | Green fluorescent protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Green Fluorescent Protein | Green fluorescent protein |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3BXC A; 4IK1 A; 4B5Y A; 1QYO A; 3NEZ A; 4U2V A; 4LJB A; 4W6I A; 5LK4 A; 1ZUX A; 4W6R A; 4OY4 A; 2QRF A; 2Z6X A; 2GX0 A; 3WCK A; 3UG0 A; 4W7R A; 3SSP A; 3U8C A; 3H1O A; 5HZT A; 2Q6P A; 3DQJ A; 2H9W A; 3DQ3 A; 3G9A A; 3SG7 A; 4W7X A; 2QLH A; 3ED8 A; 4W7A A; 2IB6 A; 4HVF A; 4DXN A; 3DPW A; 5DY6 A; 1EMF A; 4LJD C; 2HQZ A; 3LA1 A; 1RMO A; 5DPG A; 4AR7 A; 3EK8 A; 4N3D A; 2WUR A; 2H5O A; 3DQ9 A; 3LF3 A; 1BFP A; 2C9J A; 3EVP A; 2FZU A; 2QU1 A; 4H3L A; 5LTQ A; 5DTY A; 2A54 B; 5DU0 A; 4W6D A; 3OSR A; 3CGL A; 5LTR A; 2ZO6 A; 2PXW A; 3PJB A; 4DKM A; 3BXB A; 3NF0 A; 2H8Q A; 4H3N A; 2EMN A; 4ORN A; 5BTT B; 1CV7 A; 1YHG A; 3BXA A; 3AI5 A; 2HCG A; 4ZF3 A; 3AKO A; 3DQI A; 1Z1Q A; 2AWM A; 3BX9 A; 2JAD A; 3VK1 A; 3O77 A; 3LVA A; 1JBY A; 4PPJ A; 1H4U A; 2RH7 A; 3KCS A; 4KW4 A; 4JF9 A; 1HCJ A; 2DD9 A; 2VVI A; 4IK8 A; 3PJ7 A; 3E5T A; 2H5R A; 3LVC A; 4LQU A; 3P8U A; 3SSK A; 3SSH A; 3SSL A; 2DUF A; 2Q57 A; 3SST A; 2V4E A; 3DQM A; 1EML A; 2AH8 A; 3NT3 A; 4W7E A; 4EMQ A; 2ZMW A; 1H6R A; 3UFZ A; 5HW9 A; 3SVB A; 3U8P A; 1B9C A; 3LVD A; 4W6S A; 3ZTF A; 4OJ0 A; 2G3O A; 2IOV A; 5J2O A; 1QY3 A; 3SG2 A; 2HRS A; 4H3M A; 3RWA A; 4Q7U A; 5HZS A; 3DQ4 A; 1Z1P A; 3TMR A; 4Z4K A; 4P76 A; 4JC2 A; 3VHT B; 1YHI A; 2AHA A; 4W6T A; 4DXM A; 2AWJ A; 1MOU A; 5DQB A; 3E5W A; 2DDC A; 4W6J A; 3RWT A; 3EKH A; 4Q9W A; 1W7S A; 1Q4A A; 5DRF A; 3ST0 A; 1RM9 A; 4Q9X A; 4RYS A; 3ST3 A; 4W76 A; 4IZN A; 2OJK A; 2G2S B; 5BQL A; 1F0B A; 2HJO A; 1XA9 A; 5H88 A; 2C9I A; 2DDD A; 2OTB A; 4IK4 A; 1HUY A; 1KYP A; 4EN1 A; 2V4E C; 1MOV A; 2YE0 A; 4GF6 B; 2A48 A; 3MGF A; 3SV5 A; 3AI4 A; 1OXF A; 2Z1O A; 1RRX A; 1EMC A; 2A46 A; 3I19 A; 4W74 A; 3CD9 A; 3IR8 A; 1G7K A; 3VHT A; 2QT2 A; 4HQ9 A; 3GL4 A; 4W77 A; 4H48 A; 2A56 B; 2ARL A; 2BTJ A; 2HFC A; 3SRY A; 4B30 B; 1Q4E A; 5DTZ A; 3DQ7 A; 3DQ8 A; 5EB6 A; 2H5P A; 2IB5 A; 4KGE A; 5F9G A; 4GOB A; 4OHS A; 3SVR A; 2A52 B; 2VVH A; 4DXO A; 4W7F A; 3OSQ A; 4ZFS A; 3SSV A; 1GGX A; 3SSY A; 1XQM A; 4KAG A; 1ZGQ A; 4ZIO A; 3DQN A; 5EB7 A; 3NT9 A; 3DQU A; 3GB3 A; 2VZX A; 2G5Z B; 1QYQ A; 5HZU A; 3W1C A; 1YJ2 A; 3DQ5 A; 3EK4 A; 3DPZ A; 4R6B A; 3SG4 A; 2Z6Z A; 2O2B A; 4Z4M A; 4OQW A; 3SVS A; 3DQA A; 3NED A; 4JFG A; 2H5Q A; 1OXD A; 4W6B A; 2B3Q A; 5EXB A; 1JC1 A; 4XVP A; 2A47 A; 3PIB A; 4W6G A; 4L1I A; 3K1K A; 3ST4 A; 5FHV A; 3DQO A; 1OXE A; 1MYW A; 2GW4 B; 1YHH A; 5DTL A; 5EXU A; 1UIS A; 4HE4 A; 2O24 A; 3U8A A; 4KA9 A; 3S05 A; 3H1R A; 5DPI A; 2HPW A; 4L12 A; 3DQH A; 3ZUF A; 1Q73 A; 4LQT A; 1S6Z A; 4JGE A; 4W6U A; 5DQM A; 3VIC A; 4XOV A; 1KP5 A; 3O78 A; 5BTT A; 2WSO A; 4NWS A; 4W75 A; 2G3D B; 3ZUJ A; 4J89 A; 4TZG A; 3SVU A; 4W6O A; 5FVF A; 2WSN A; 4W6L A; 4W6C A; 2OKW A; 2A53 B; 2WHU A; 2WIQ A; 4UTS A; 3CFF A; 1W7U A; 1GFL A; 1EMG A; 1EMK A; 4W69 A; 3CD1 A; 4RTC A; 4W73 A; 5HZO A; 2HGY A; 4JEO A; 1EME A; 4KW8 A; 1KYR A; 3M24 A; 5FVG A; 2G6X A; 1EMA A; 2DUI A; 3CFA A; 2POX A; 4W6P A; 2Z6Y A; 4DKN A; 2VAD A; 3DQ2 A; 5AQB B; 4AS8 A; 1XAE A; 4ZF5 A; 3DQD A; 1XSS A; 3U0M A; 2VVJ A; 3CFH A; 5DPH A; 5EJU A; 4KF5 A; 3V3D A; 3GJ2 A; 4H47 A; 5T3I A; 1EMB A; 1YFP A; 4ZB1 A; 4BDU A; 2QLG B; 2DUG A; 4HQ8 A; 2EMD A; 3KCT A; 3P28 A; 4J88 A; 3W1D A; 2HGD A; 2IE2 A; 3E5V A; 4OGS A; 5EBJ A; 5HGE A; 2AWK A; 2P4M A; 2GW3 A; 4IK5 A; 5EXC I; 3ADF A; 4Q7R A; 2OGR A; 3IP2 A; 3GJ1 A; 2DUE A; 4P1Q A; 3SVC A; 5H87 A; 5KTG A; 2A50 B; 3M22 A; 2YDZ A; 5DPJ A; 1F09 A; 1ZGO A; 3EVU A; 3CBE A; 4W7D A; 5EHU A; 2EMO A; 2GX2 A; 1C4F A; 4ANJ A; 4PFE A; 1RMP A; 4LJC A; 2V4E B; 4EDO A; 3DPX A; 3TMT A; 2FL1 A; 3DQ1 A; 1EMM A; 4R6D A; 4W6A A; 4W72 A; 3EVR A; 2WHS A; 3DQF A; 1JBZ A; 2G6Y A; 2QLG A; 2PXS A; 4L13 A; 2O29 A; 2DD7 A; 4I2Y A; 4KF4 A; 1Q4B A; 4XGY A; 4LW5 A; 3DQK A; 1YZW A; 3WLD A; 4KF5 C; 3DQL A; 1XMZ A; 4J8A A; 2YE1 A; 1QXT A; 3SG6 A; 3SVE A; 4B30 A; 4XL5 A; 2QZ0 A; 3A8S A; 4W6M A; 3LSA A; 2ZMU A; 2QLE A; 2VAE A; 2AWL A; 4IK3 A; 1QYF A; 4W6F A; 1YJF A; 3DQE A; 2H6V A; 1JC0 A; 3EK7 A; 3DQC A; 2DUH A; 3GEX A; 4JRB A; 3U0L A; 3SS0 A; 3EKJ A; 2B3P A; 4PPL A; 4RYW A; 4W6H A; 3LF4 B; 2QLI A; 1Q4D A; 2WHT A; 3SVN A; 5H89 A; 4EUL A; 3PJ5 A; 3SG5 A; 3U0N A; 3SG3 A; 5HBD A; 1W7T A; 1GL4 A; 4LJD A; 4TZA A; 4GES B; 4KEX A; 2ICR A; 4ZF4 A; 3ZUL A; 4DXQ A; 3DQ6 A; 5BT0 A; 4DXP A; 1ZGP A; 3WLC A; 4KGF A; 4KPI A; 1Q4C A; 4W6N A; 1RMM A; 4KW9 A; 4EDS A; 2YFP A; 5DRG A; 3ST2 A; 2OTE A; 2WIS A; 3SVO A; 3U0K A; 4HQC A; 2Y0G A; 4Q7T A; 4XOW A; 2OKY A; 4IK9 A; 4W7C A; 2HQK A; 2G16 B; 2ZO7 A; 1KYS A; 3EVV A; 4ZBL A; 3SVD A; 2FWQ A; 2G6E A; 3LS3 A; 5DTX A; 4W6K A; 5LTP A; 3CB9 A; 4DXI A; 3OGO A; 4PPK A; 4ZIN A; 5FVI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3BXC A; 4IK1 A; 4B5Y A; 1QYO A; 3NEZ A; 4U2V A; 4LJB A; 4W6I A; 5LK4 A; 1ZUX A; 4W6R A; 4OY4 A; 2QRF A; 2Z6X A; 2GX0 A; 3WCK A; 3UG0 A; 4W7R A; 3SSP A; 3U8C A; 3H1O A; 5HZT A; 2Q6P A; 3DQJ A; 2H9W A; 3DQ3 A; 3G9A A; 3SG7 A; 4W7X A; 2QLH A; 3ED8 A; 4W7A A; 2IB6 A; 4HVF A; 4DXN A; 3DPW A; 5DY6 A; 1EMF A; 4LJD C; 2HQZ A; 3LA1 A; 1RMO A; 5DPG A; 4AR7 A; 3EK8 A; 4N3D A; 2WUR A; 2H5O A; 3DQ9 A; 3LF3 A; 1BFP A; 2C9J A; 3EVP A; 2FZU A; 2QU1 A; 4H3L A; 5LTQ A; 5DTY A; 2A54 B; 5DU0 A; 4W6D A; 3OSR A; 3CGL A; 5LTR A; 2ZO6 A; 2PXW A; 3PJB A; 4DKM A; 3BXB A; 3NF0 A; 2H8Q A; 4H3N A; 2EMN A; 4ORN A; 5BTT B; 1CV7 A; 1YHG A; 3BXA A; 3AI5 A; 2HCG A; 4ZF3 A; 3AKO A; 3DQI A; 1Z1Q A; 2AWM A; 3BX9 A; 2JAD A; 3VK1 A; 3O77 A; 3LVA A; 1JBY A; 4PPJ A; 1H4U A; 2RH7 A; 3KCS A; 4KW4 A; 4JF9 A; 1HCJ A; 2DD9 A; 2VVI A; 4IK8 A; 3PJ7 A; 3E5T A; 2H5R A; 3LVC A; 4LQU A; 3P8U A; 3SSK A; 3SSH A; 3SSL A; 2DUF A; 2Q57 A; 3SST A; 2V4E A; 3DQM A; 1EML A; 2AH8 A; 3NT3 A; 4W7E A; 4EMQ A; 2ZMW A; 1H6R A; 3UFZ A; 5HW9 A; 3SVB A; 3U8P A; 1B9C A; 3LVD A; 4W6S A; 3ZTF A; 4OJ0 A; 2G3O A; 2IOV A; 5J2O A; 1QY3 A; 3SG2 A; 2HRS A; 4H3M A; 3RWA A; 4Q7U A; 5HZS A; 3DQ4 A; 1Z1P A; 3TMR A; 4Z4K A; 4P76 A; 4JC2 A; 3VHT B; 1YHI A; 2AHA A; 4W6T A; 4DXM A; 2AWJ A; 1MOU A; 5DQB A; 3E5W A; 2DDC A; 4W6J A; 3RWT A; 3EKH A; 4Q9W A; 1W7S A; 1Q4A A; 5DRF A; 3ST0 A; 1RM9 A; 4Q9X A; 4RYS A; 3ST3 A; 4W76 A; 4IZN A; 2OJK A; 2G2S B; 5BQL A; 1F0B A; 2HJO A; 1XA9 A; 5H88 A; 2C9I A; 2DDD A; 2OTB A; 4IK4 A; 1HUY A; 1KYP A; 4EN1 A; 2V4E C; 1MOV A; 2YE0 A; 4GF6 B; 2A48 A; 3MGF A; 3SV5 A; 3AI4 A; 1OXF A; 2Z1O A; 1RRX A; 1EMC A; 2A46 A; 3I19 A; 4W74 A; 3CD9 A; 3IR8 A; 1G7K A; 3VHT A; 2QT2 A; 4HQ9 A; 3GL4 A; 4W77 A; 4H48 A; 2A56 B; 2ARL A; 2BTJ A; 2HFC A; 3SRY A; 4B30 B; 1Q4E A; 5DTZ A; 3DQ7 A; 3DQ8 A; 5EB6 A; 2H5P A; 2IB5 A; 4KGE A; 5F9G A; 4GOB A; 4OHS A; 3SVR A; 2A52 B; 2VVH A; 4DXO A; 4W7F A; 3OSQ A; 4ZFS A; 3SSV A; 1GGX A; 3SSY A; 1XQM A; 4KAG A; 1ZGQ A; 4ZIO A; 3DQN A; 5EB7 A; 3NT9 A; 3DQU A; 3GB3 A; 2VZX A; 2G5Z B; 1QYQ A; 5HZU A; 3W1C A; 1YJ2 A; 3DQ5 A; 3EK4 A; 3DPZ A; 4R6B A; 3SG4 A; 2Z6Z A; 2O2B A; 4Z4M A; 4OQW A; 3SVS A; 3DQA A; 3NED A; 4JFG A; 2H5Q A; 1OXD A; 4W6B A; 2B3Q A; 5EXB A; 1JC1 A; 4XVP A; 2A47 A; 3PIB A; 4W6G A; 4L1I A; 3K1K A; 3ST4 A; 5FHV A; 3DQO A; 1OXE A; 1MYW A; 2GW4 B; 1YHH A; 5DTL A; 5EXU A; 1UIS A; 4HE4 A; 2O24 A; 3U8A A; 4KA9 A; 3S05 A; 3H1R A; 5DPI A; 2HPW A; 4L12 A; 3DQH A; 3ZUF A; 1Q73 A; 4LQT A; 1S6Z A; 4JGE A; 4W6U A; 5DQM A; 3VIC A; 4XOV A; 1KP5 A; 3O78 A; 5BTT A; 2WSO A; 4NWS A; 4W75 A; 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