The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
61
|
sequence length |
228
|
structure length |
227
|
Chain Sequence |
SKGEKLFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKMSLKFICTTGKLPVPWPTLKTTLMQCFARYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGVDFKEDGNILGHKLEYNAISGNANITADKQKNGIKAYFTIRHDVEDGSVLLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSKQSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGIPL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the green fluorescent protein NowGFP with an anionic tryptophan-based chromophore.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Fluorescent protein
|
| molecule keywords |
NowGFP_conv
|
| total genus |
61
|
| structure length |
227
|
| sequence length |
228
|
| chains with identical sequence |
B, C
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-12-17 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Green Fluorescent Protein | Green fluorescent protein |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2G6X A; 3O77 A; 3U0N A; 1MYW A; 2VVI A; 5HZU A; 3ZUF A; 2DD7 A; 1Z1Q A; 3SG6 A; 3SV5 A; 5FVF A; 4W76 A; 3ZUJ A; 2PXW A; 2WSO A; 3DPX A; 3DQN A; 4W6D A; 4W74 A; 3SSL A; 4DXQ A; 5BTT A; 5HGE A; 4AR7 A; 4JEO A; 2DDD A; 3DQD A; 4N3D A; 2OJK A; 4ANJ A; 4W6F A; 2YDZ A; 2A46 A; 3CFF A; 5DTZ A; 2G16 B; 3ZTF A; 4XGY A; 2C9I A; 1ZUX A; 3SG7 A; 3WLC A; 1QY3 A; 4HQ8 A; 3PJ7 A; 4DXN A; 4ZBL A; 1RMM A; 3EK8 A; 4PPL A; 2IB6 A; 1QYO A; 3VIC A; 2JAD A; 3GB3 A; 3AKO A; 2RH7 A; 5BT0 A; 3DQ9 A; 4Q7R A; 3U0M A; 3EVU A; 4J89 A; 1F09 A; 1QXT A; 3K1K A; 1EMA A; 3BXB A; 2A54 B; 2O29 A; 4NWS A; 4ZF4 A; 3U0K A; 4JC2 A; 4DXO A; 3DQ1 A; 2V4E C; 3PJB A; 1Q73 A; 1EMC A; 3LA1 A; 5EJU A; 3IP2 A; 4OJ0 A; 2AWM A; 5DPI A; 2FWQ A; 5EXU A; 1YHI A; 5FVG A; 4OQW A; 4W75 A; 2QT2 A; 2AWJ A; 2WIS A; 4XOV A; 4IK4 A; 4LJD A; 4DKN A; 2Q6P A; 5EXC I; 1YFP A; 5DPJ A; 5LTR A; 1KP5 A; 2ICR A; 3ST2 A; 4RTC A; 3SSV A; 3WLD A; 3ZUL A; 3DPW A; 2H5O A; 3U0L A; 1EMM A; 5AQB B; 3CD1 A; 3CD9 A; 4EN1 A; 3EK4 A; 3ST0 A; 4PPJ A; 4W6I A; 3LSA A; 4W7D A; 4W72 A; 3LS3 A; 4IK3 A; 1Q4E A; 2DUG A; 2G5Z B; 1YJF A; 2Z6X A; 3EVP A; 5DY6 A; 1G7K A; 3P8U A; 4IK9 A; 4KF5 C; 2HQK A; 2ZMW A; 5BTT B; 3LVD A; 3DQI A; 3DQ5 A; 1YZW A; 5HBD A; 2OKW A; 1UIS A; 5DPH A; 1GGX A; 5DTY A; 4R6D A; 4W6N A; 1RMP A; 3DQ6 A; 2WIQ A; 3UG0 A; 2OKY A; 2GX2 A; 2ZO7 A; 4B30 A; 3WCK A; 3BX9 A; 4W6B A; 2EMN A; 5DRG A; 4EDO A; 1ZGO A; 2BTJ A; 3SVD A; 2HRS A; 4HE4 A; 3SVB A; 4W7R A; 1GL4 A; 2H5Q A; 3DQU A; 4H3N A; 3P28 A; 4HQC A; 2EMO A; 1KYR A; 4H3L A; 2B3P A; 4DXM A; 4W6L A; 2FL1 A; 1JC0 A; 1RMO A; 2AWK A; 4KF4 A; 3DPZ A; 4JGE A; 2G3D B; 4Z4M A; 4W7E A; 2Q57 A; 2H9W A; 4TZA A; 2HPW A; 4W6P A; 3SG5 A; 1MOU A; 2VAE A; 4KGE A; 2P4M A; 4KGF A; 4EUL A; 1YHH A; 3U8C A; 1EMK A; 4Q7T A; 1EML A; 1XQM A; 3E5W A; 3CBE A; 3NED A; 3TMR A; 2G6Y A; 2G3O A; 4PFE A; 3SG3 A; 4ZFS A; 1ZGP A; 4W73 A; 1C4F A; 2VVH A; 5DTX A; 1W7S A; 4J8A A; 5DRF A; 2G6E A; 3NT9 A; 3GJ2 A; 3NEZ A; 5LTP A; 1RM9 A; 3SG2 A; 4DXP A; 1XA9 A; 3GEX A; 3GJ1 A; 4W7X A; 3S05 A; 3W1D A; 3PJ5 A; 3H1R A; 5EXB A; 4XL5 A; 4W77 A; 2FZU A; 4RYS A; 2YE1 A; 2HJO A; 2IOV A; 3I19 A; 4W7F A; 3DQH A; 4LQT A; 3KCS A; 2C9J A; 1XAE A; 2H6V A; 1GFL A; 2YE0 A; 1MOV A; 4LW5 A; 4W6J A; 3U8P A; 2QZ0 A; 1KYP A; 2WHT A; 2DDC A; 2HGY A; 4LJC A; 2Z6Y A; 3SSK A; 2DUF A; 2Z6Z A; 3E5T A; 1H4U A; 1HUY A; 5HZS A; 5KTG A; 1EMG A; 4HQ9 A; 3E5V A; 4H3M A; 5EBJ A; 4W7A A; 2GX0 A; 2A50 B; 3SVE A; 2WHS A; 4KA9 A; 3SVC A; 1CV7 A; 1F0B A; 3DQF A; 4B30 B; 2HQZ A; 3G9A A; 2WHU A; 4GF6 B; 4W6M A; 4L1I A; 4XVP A; 3KCT A; 1S6Z A; 3VHT A; 1Q4A A; 1Z1P A; 4Z4K A; 4IK8 A; 5J2O A; 3SVN A; 1OXD A; 1Q4D A; 5F9G A; 1JC1 A; 3LF4 B; 4UTS A; 4W7C A; 2VVJ A; 4DKM A; 4R6B A; 3SSP A; 2HGD A; 3OSR A; 1OXE A; 2V4E B; 3DQE A; 1H6R A; 4OHS A; 3LF3 A; 4Q9W A; 3DQA A; 3EK7 A; 1EMF A; 4W6S A; 4JRB A; 5FVI A; 4W6U A; 3AI5 A; 4EDS A; 3EVR A; 2G2S B; 4LJD C; 3DQK A; 3DQ7 A; 1JBY A; 3GL4 A; 2DD9 A; 4EMQ A; 2H5R A; 2A48 A; 3DQ2 A; 3BXA A; 4PPK A; 3DQ8 A; 4W6H A; 1XMZ A; 4GOB A; 3RWA A; 2OTE A; 3CFH A; 4LQU A; 4LJB A; 4L13 A; 4W6R A; 4J88 A; 2IB5 A; 3M22 A; 3ST3 A; 4KEX A; 2H8Q A; 2V4E A; 3DQC A; 5EB6 A; 2ZMU A; 4W6K A; 3SVR A; 2DUH A; 2VZX A; 4KAG A; 1YJ2 A; 2QRF A; 4W6A A; 1EME A; 1JBZ A; 3M24 A; 1YHG A; 3SG4 A; 2H5P A; 2QLE A; 3EVV A; 4JFG A; 2PXS A; 4ZF5 A; 5T3I A; 3SVS A; 3DQL A; 5DPG A; 2WUR A; 4P76 A; 3IR8 A; 1B9C A; 1QYQ A; 3H1O A; 2O24 A; 3CB9 A; 1OXF A; 3SSY A; 3TMT A; 5HZT A; 3W1C A; 2HCG A; 5DTL A; 3SRY A; 3VK1 A; 1Q4C A; 1Q4B A; 4ZIO A; 4P1Q A; 3AI4 A; 3EKJ A; 2O2B A; 4L12 A; 1ZGQ A; 4XOW A; 3U8A A; 3SSH A; 2ARL A; 3NF0 A; 4Q9X A; 2A56 B; 3VHT B; 5DU0 A; 2GW4 B; 3A8S A; 2GW3 A; 4W6T A; 2A52 B; 1KYS A; 5LK4 A; 2AWL A; 3MGF A; 4IK1 A; 4KF5 A; 4B5Y A; 3LVA A; 5BQL A; 5H89 A; 4KW8 A; 4H48 A; 4IK5 A; 3OGO A; 2DUE A; 3SST A; 3BXC A; 3V3D A; 4I2Y A; 4W6O A; 5FHV A; 3UFZ A; 5HW9 A; 1XSS A; 2Y0G A; 3SVU A; 1BFP A; 2B3Q A; 2DUI A; 4Q7U A; 3DQ4 A; 4RYW A; 4U2V A; 5H88 A; 3OSQ A; 3LVC A; 3CGL A; 2YFP A; 4TZG A; 5EHU A; 3DQM A; 1EMB A; 4ZF3 A; 2VAD A; 5H87 A; 2EMD A; 4ORN A; 3DQO A; 2QLG B; 4AS8 A; 5DQB A; 4BDU A; 5LTQ A; 1QYF A; 2POX A; 2QLI A; 1W7U A; 4W6G A; 4KW4 A; 5HZO A; 2IE2 A; 3SVO A; 4DXI A; 3ADF A; 1RRX A; 3ST4 A; 2OTB A; 2AHA A; 5EB7 A; 4W6C A; 4KW9 A; 4KPI A; 3ED8 A; 3CFA A; 2QLH A; 1HCJ A; 1W7T A; 3EKH A; 4ZB1 A; 4OY4 A; 4GES B; 4OGS A; 3SS0 A; 4HVF A; 3RWT A; 4ZIN A; 2ZO6 A; 2A53 B; 2OGR A; 5DQM A; 3NT3 A; 4H47 A; 4IZN A; 3DQJ A; 2QU1 A; 4JF9 A; 3O78 A; 2HFC A; 2AH8 A; 2QLG A; 3DQ3 A; 2Z1O A; 4W69 A; 3PIB A; 2WSN A; 2A47 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2G6X A; 3O77 A; 3U0N A; 1MYW A; 2VVI A; 5HZU A; 3ZUF A; 2DD7 A; 1Z1Q A; 3SG6 A; 3SV5 A; 5FVF A; 4W76 A; 3ZUJ A; 2PXW A; 2WSO A; 3DPX A; 3DQN A; 4W6D A; 4W74 A; 3SSL A; 4DXQ A; 5BTT A; 5HGE A; 4AR7 A; 4JEO A; 2DDD A; 3DQD A; 4N3D A; 2OJK A; 4ANJ A; 4W6F A; 2YDZ A; 2A46 A; 3CFF A; 5DTZ A; 2G16 B; 3ZTF A; 4XGY A; 2C9I A; 1ZUX A; 3SG7 A; 3WLC A; 1QY3 A; 4HQ8 A; 3PJ7 A; 4DXN A; 4ZBL A; 1RMM A; 3EK8 A; 4PPL A; 2IB6 A; 1QYO A; 3VIC A; 2JAD A; 3GB3 A; 3AKO A; 2RH7 A; 5BT0 A; 3DQ9 A; 4Q7R A; 3U0M A; 3EVU A; 4J89 A; 1F09 A; 1QXT A; 3K1K A; 1EMA A; 3BXB A; 2A54 B; 2O29 A; 4NWS A; 4ZF4 A; 3U0K A; 4JC2 A; 4DXO A; 3DQ1 A; 2V4E C; 3PJB A; 1Q73 A; 1EMC A; 3LA1 A; 5EJU A; 3IP2 A; 4OJ0 A; 2AWM A; 5DPI A; 2FWQ A; 5EXU A; 1YHI A; 5FVG A; 4OQW A; 4W75 A; 2QT2 A; 2AWJ A; 2WIS A; 4XOV A; 4IK4 A; 4LJD A; 4DKN A; 2Q6P A; 5EXC I; 1YFP A; 5DPJ A; 5LTR A; 1KP5 A; 2ICR A; 3ST2 A; 4RTC A; 3SSV A; 3WLD A; 3ZUL A; 3DPW A; 2H5O A; 3U0L A; 1EMM A; 5AQB B; 3CD1 A; 3CD9 A; 4EN1 A; 3EK4 A; 3ST0 A; 4PPJ A; 4W6I A; 3LSA A; 4W7D A; 4W72 A; 3LS3 A; 4IK3 A; 1Q4E A; 2DUG A; 2G5Z B; 1YJF A; 2Z6X A; 3EVP A; 5DY6 A; 1G7K A; 3P8U A; 4IK9 A; 4KF5 C; 2HQK A; 2ZMW A; 5BTT B; 3LVD A; 3DQI A; 3DQ5 A; 1YZW A; 5HBD A; 2OKW A; 1UIS A; 5DPH A; 1GGX A; 5DTY A; 4R6D A; 4W6N A; 1RMP A; 3DQ6 A; 2WIQ A; 3UG0 A; 2OKY A; 2GX2 A; 2ZO7 A; 4B30 A; 3WCK A; 3BX9 A; 4W6B A; 2EMN A; 5DRG A; 4EDO A; 1ZGO A; 2BTJ A; 3SVD A; 2HRS A; 4HE4 A; 3SVB A; 4W7R A; 1GL4 A; 2H5Q A; 3DQU A; 4H3N A; 3P28 A; 4HQC A; 2EMO A; 1KYR A; 4H3L A; 2B3P A; 4DXM A; 4W6L A; 2FL1 A; 1JC0 A; 1RMO A; 2AWK A; 4KF4 A; 3DPZ A; 4JGE A; 2G3D B; 4Z4M A; 4W7E A; 2Q57 A; 2H9W A; 4TZA A; 2HPW A; 4W6P A; 3SG5 A; 1MOU A; 2VAE A; 4KGE A; 2P4M A; 4KGF A; 4EUL A; 1YHH A; 3U8C A; 1EMK A; 4Q7T A; 1EML A; 1XQM A; 3E5W A; 3CBE A; 3NED A; 3TMR A; 2G6Y A; 2G3O A; 4PFE A; 3SG3 A; 4ZFS A; 1ZGP A; 4W73 A; 1C4F A; 2VVH A; 5DTX A; 1W7S A; 4J8A A; 5DRF A; 2G6E A; 3NT9 A; 3GJ2 A; 3NEZ A; 5LTP A; 1RM9 A; 3SG2 A; 4DXP A; 1XA9 A; 3GEX A; 3GJ1 A; 4W7X A; 3S05 A; 3W1D A; 3PJ5 A; 3H1R A; 5EXB A; 4XL5 A; 4W77 A; 2FZU A; 4RYS A; 2YE1 A; 2HJO A; 2IOV A; 3I19 A; 4W7F A; 3DQH A; 4LQT A; 3KCS A; 2C9J A; 1XAE A; 2H6V A; 1GFL A; 2YE0 A; 1MOV A; 4LW5 A; 4W6J A; 3U8P A; 2QZ0 A; 1KYP A; 2WHT A; 2DDC A; 2HGY A; 4LJC A; 2Z6Y A; 3SSK A; 2DUF A; 2Z6Z A; 3E5T A; 1H4U A; 1HUY A; 5HZS A; 5KTG A; 1EMG A; 4HQ9 A; 3E5V A; 4H3M A; 5EBJ A; 4W7A A; 2GX0 A; 2A50 B; 3SVE A; 2WHS A; 4KA9 A; 3SVC A; 1CV7 A; 1F0B A; 3DQF A; 4B30 B; 2HQZ A; 3G9A A; 2WHU A; 4GF6 B; 4W6M A; 4L1I A; 4XVP A; 3KCT A; 1S6Z A; 3VHT A; 1Q4A A; 1Z1P A; 4Z4K A; 4IK8 A; 5J2O A; 3SVN A; 1OXD A; 1Q4D A; 5F9G A; 1JC1 A; 3LF4 B; 4UTS A; 4W7C A; 2VVJ A; 4DKM A; 4R6B A; 3SSP A; 2HGD A; 3OSR A; 1OXE A; 2V4E B; 3DQE A; 1H6R A; 4OHS A; 3LF3 A; 4Q9W A; 3DQA A; 3EK7 A; 1EMF A; 4W6S A; 4JRB A; 5FVI A; 4W6U A; 3AI5 A; 4EDS A; 3EVR A; 2G2S B; 4LJD C; 3DQK A; 3DQ7 A; 1JBY A; 3GL4 A; 2DD9 A; 4EMQ A; 2H5R A; 2A48 A; 3DQ2 A; 3BXA A; 4PPK A; 3DQ8 A; 4W6H A; 1XMZ A; 4GOB A; 3RWA A; 2OTE A; 3CFH A; 4LQU A; 4LJB A; 4L13 A; 4W6R A; 4J88 A; 2IB5 A; 3M22 A; 3ST3 A; 4KEX A; 2H8Q A; 2V4E A; 3DQC A; 5EB6 A; 2ZMU A; 4W6K A; 3SVR A; 2DUH A; 2VZX A; 4KAG A; 1YJ2 A; 2QRF A; 4W6A A; 1EME A; 1JBZ A; 3M24 A; 1YHG A; 3SG4 A; 2H5P A; 2QLE A; 3EVV A; 4JFG A; 2PXS A; 4ZF5 A; 5T3I A; 3SVS A; 3DQL A; 5DPG A; 2WUR A; 4P76 A; 3IR8 A; 1B9C A; 1QYQ A; 3H1O A; 2O24 A; 3CB9 A; 1OXF A; 3SSY A; 3TMT A; 5HZT A; 3W1C A; 2HCG A; 5DTL A; 3SRY A; 3VK1 A; 1Q4C A; 1Q4B A; 4ZIO A; 4P1Q A; 3AI4 A; 3EKJ A; 2O2B A; 4L12 A; 1ZGQ A; 4XOW A; 3U8A A; 3SSH A; 2ARL A; 3NF0 A; 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2VVI A; 5HZU A; 3ZUF A; 2DD7 A; 1Z1Q A; 3SG6 A; 3SV5 A; 5FVF A; 4W76 A; 3ZUJ A; 2PXW A; 2WSO A; 3DPX A; 3DQN A; 4W6D A; 4W74 A; 3SSL A; 4DXQ A; 5BTT A; 5HGE A; 4AR7 A; 4JEO A; 2DDD A; 3DQD A; 4N3D A; 2OJK A; 4ANJ A; 4W6F A; 2YDZ A; 2A46 A; 3CFF A; 5DTZ A; 2G16 B; 3ZTF A; 4XGY A; 2C9I A; 1ZUX A; 3SG7 A; 3WLC A; 1QY3 A; 4HQ8 A; 3PJ7 A; 4DXN A; 4ZBL A; 1RMM A; 3EK8 A; 4PPL A; 2IB6 A; 1QYO A; 3VIC A; 2JAD A; 3GB3 A; 3AKO A; 2RH7 A; 5BT0 A; 3DQ9 A; 4Q7R A; 3U0M A; 3EVU A; 4J89 A; 1F09 A; 1QXT A; 3K1K A; 1EMA A; 3BXB A; 2A54 B; 2O29 A; 4NWS A; 4ZF4 A; 3U0K A; 4JC2 A; 4DXO A; 3DQ1 A; 2V4E C; 3PJB A; 1Q73 A; 1EMC A; 3LA1 A; 5EJU A; 3IP2 A; 4OJ0 A; 2AWM A; 5DPI A; 2FWQ A; 5EXU A; 1YHI A; 5FVG A; 4OQW A; 4W75 A; 2QT2 A; 2AWJ A; 2WIS A; 4XOV A; 4IK4 A; 4LJD A; 4DKN A; 2Q6P A; 5EXC I; 1YFP A; 5DPJ A; 5LTR A; 1KP5 A; 2ICR A; 3ST2 A; 4RTC A; 3SSV A; 3WLD A; 3ZUL A; 3DPW A; 2H5O A; 3U0L A; 1EMM A; 5AQB B; 3CD1 A; 3CD9 A; 4EN1 A; 3EK4 A; 3ST0 A; 4PPJ A; 4W6I A; 3LSA A; 4W7D A; 4W72 A; 3LS3 A; 4IK3 A; 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