The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RRNA
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| publication title |
Crystal structures of complexes of the small ribosomal subunit with tetracycline, edeine and IF3.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
26
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| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-03-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4OX9 O; 1D2D A; 3JAM N; 4DR7 O; 4A5U B; 2FKX A; 4KHP O; 4JI8 O; 1HR0 O; 2UU9 O; 1XEQ A; 3OTO O; 1IBK O; 1I94 O; 4DV4 O; 4DR6 O; 3J81 N; 4LF4 O; 4DR2 O; 5LL6 Y; 1J5E O; 1XNQ O; 4LFB O; 1G1X B; 2LW7 A; 4DV5 O; 2DJV A; 1N34 O; 1HNZ O; 4LF8 O; 2UXC O; 4DR4 O; 5LMU O; 4DUY O; 2JRI A; 4JI7 O; 1XNR O; 2UUB O; 5A2Q N; 4X62 O; 2F4V O; 1F7Y A; 4X64 O; 4DV0 O; 1R6T A; 5BY1 A; 1AIL A; 4B3S O; 1N36 O; 2AGA A; 4NXN O; 5BXZ A; 4DV2 O; 2UUA O; 1A32 A; 4DR3 O; 2DOS A; 4JI1 O; 4X66 O; 1YZB A; 1AB3 A; 3SDL A; 4JI4 O; 1X59 A; 1FYJ A; 5IWA O; 4JI3 O; 3F5T A; 5BR8 O; 1N32 O; 4LFA O; 1XMQ O; 4LF7 O; 2E5L O; 4DV3 O; 4JI5 O; 4K0K O; 1HNW O; 4LF9 O; 2N74 A; 4OPH A; 3M8A A; 4JI6 O; 2UXD O; 1IBL O; 4DV6 O; 4YY3 O; 1N33 O; 4DR5 O; 4JI2 O; 1FKA O; 4NXM O; 2VQF O; 4B3T O; 1IBM O; 5H5N A; 4GKK O; 3J7A U; 3O65 A; 4JYA O; 1HNX O; 2Z0A A; 4GKJ O; 4AQY O; 2VQE O; 4LFC O; 4JI0 O; 2UXB O; 4LF6 O; 4OPA A; 4LF5 O; 4DV1 O; 2ZKO A; 5IT9 N; 3J80 N; 4JV5 O; 4DUZ O; 1FJG O; 4DV7 O; 4B3R O; 4YHH O; 5LMN O; 5FLX N; 1R1B A; 1DK1 A; 3R66 A; 4DR1 O; 1KUQ A; 2ZM6 O; 3RT3 C; 3T1H O; 3T1Y O; 2UUC O; 4X65 O; 2HHH O; 4B3M O; 1NS1 A; 1XMO O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3L9D A; 4JPR A; 1D2D A; 3CC7 V; 1P84 F; 5JH7 B; 3JAR A; 4JZ2 A; 4HYO A; 3ASN C; 4Z1M G; 2G38 A; 2HJF C; 1PPJ H; 1OCO B; 4LF4 O; 2Q8V A; 4LF8 B; 4FLW A; 2DE0 X; 4H33 A; 5LMU B; 4PHZ A; 2DJV A; 5AG2 A; 3SPJ A; 1N34 O; 3NR7 A; 1NH2 D; 1Y74 A; 4XDK A; 2QKS A; 4O4L A; 3C3S A; 3RYH A; 1BE3 H; 4JI6 B; 1F7Y A; 1IX9 A; 4I9W A; 5J2U A; 3P3N A; 4X88 A; 2N05 A; 2XAF A; 3AEI A; 4Q20 A; 1E79 G; 5BY1 A; 1H2G A; 2CTW A; 3A0R A; 4G27 B; 2IBZ H; 1NQT A; 4GLX A; 2DOS A; 2CAZ C; 5LXT A; 1I7F A; 3D3Q A; 4X66 O; 3M99 B; 4I5S A; 3TGU H; 3CE2 A; 4QPJ A; 3ML0 A; 1WPB A; 4FM1 A; 1K4C C; 3SDL A; 4MVQ A; 2QWQ B; 1NBM G; 3F5T A; 2YXH A; 2XAQ A; 3L71 H; 5F2V O; 4F6R A; 3RBZ A; 1VEW A; 2WLI B; 2H94 A; 1SQV H; 3SGI A; 1YF2 A; 4DRX B; 4UCV A; 3WFV A; 3CJH A; 3STZ C; 3K06 A; 3K58 A; 4TT3 G; 4R50 A; 4QNH B; 4DR7 B; 1YSC A; 5JVD B; 2ZD9 A; 1LUW A; 2BE3 A; 1I94 B; 1YDX A; 1VQ6 V; 1X4T A; 3E83 A; 1CXZ B; 4FIP C; 4O4H A; 5EIB D; 1WB7 A; 2Q69 A; 2K9P A; 2D3O W; 2XT9 A; 3CWB H; 2Q67 A; 3T1Y O; 1ZWI C; 2UUB B; 4PA9 A; 2IH1 C; 5IYB O; 1Z2G A; 2KSD A; 3HKB B; 3UO3 A; 1H2N A; 5HFM A; 4G28 B; 1KKC A; 5JQG A; 2ZXW B; 4A5U B; 1M4U A; 3ABK B; 2KKW A; 3K5O A; 1YJW V; 5EZY A; 1EN6 A; 4DR6 O; 5B3S C; 4FLT A; 1SS3 A; 2HEP A; 5GON B; 4D7T A; 3CD6 V; 5BR8 B; 4LC1 A; 4LF8 O; 3CRQ A; 4DR4 O; 5LMU O; 2QKA A; 1WAZ A; 4CBC A; 3OMA B; 3CCE V; 4DV0 O; 2YI8 A; 2ZDI C; 3DTU B; 4B3T B; 4FLV A; 2WA4 A; 3OMN B; 3BCC H; 3RN4 A; 2RMK B; 4NTW A; 5IYZ A; 4H0L B; 3STL C; 1WPX A; 2GBO A; 3JAL B; 1OCC B; 1Q43 A; 1L0N H; 1Y76 A; 4DUZ B; 1NTZ H; 2Q4P A; 3JAS A; 3MHS C; 2QDO A; 1W2B U; 3CCL V; 1GH6 A; 2GDS A; 1TVK A; 4X1K B; 1NI8 A; 4DR5 O; 3AG2 C; 4ZOL B; 5J9P C; 2IJH A; 3X2Q C; 5CB4 B; 3THO A; 2R72 A; 1VF6 A; 2Y4T A; 3FB6 C; 3GWK C; 2BOC C; 3BAB A; 2ZQM A; 5JWP A; 1IXB A; 5IE9 A; 2JVD A; 4QJF B; 1YTF B; 3HB3 B; 2JGD B; 5DN6 G; 3RYI B; 1AJQ A; 3AG7 A; 4O4J A; 1H8H G; 2WLM A; 4FJC C; 4P2Z A; 3K79 A; 3CRR A; 1GTO A; 5E1A C; 1Y67 A; 1RFY A; 1HWY A; 2OTJ V; 4B3M B; 1AI4 A; 4DUY B; 1K7D A; 1MNG A; 2HHH O; 3CB2 A; 1AJP A; 2Q5Z A; 1I08 A; 1S77 D; 3ZMV A; 1YIJ V; 4D7S A; 3E2E A; 2LQT A; 1FXH A; 4NXN B; 2LGW A; 4ZHQ A; 2IH3 C; 1R73 A; 2JK5 C; 1XNQ O; 5FL7 G; 1K73 W; 4ZKI A; 1QVF U; 3GB7 C; 1KEC A; 2E3C A; 1TUB B; 1CP9 A; 4CS3 A; 5BMV A; 1SZT A; 3RGB A; 2QM4 A; 4PA7 A; 1Q6H A; 1AVM A; 3L72 H; 1Y6X A; 3SR2 C; 4JAV A; 4GKK B; 3EXA A; 3QO8 A; 4W4K A; 5L3C A; 2WAM A; 3BA8 A; 3K59 A; 1N36 O; 4JYY A; 1PV0 A; 4UCU A; 3CMA V; 4DV1 B; 2YDE A; 2Y69 C; 2X0L A; 2AZ2 A; 4JI3 O; 3HPL C; 4JI5 B; 1JPX A; 4YHH B; 3KKY A; 1H38 A; 4DV6 B; 4EB6 B; 5CA1 A; 4LP8 A; 1OCZ B; 3RYC B; 2B1G A; 2EIL B; 5IY5 C; 1F4M A; 1M57 C; 4AIL C; 5LP6 C; 4E4E A; 3Q4H B; 2M7W A; 4KHP B; 1BL8 A; 5IT9 N; 2IU0 A; 3OTO B; 1AP5 A; 2XUM A; 1IBK B; 5JCO A; 1TUE B; 4IHJ A; 3HR0 A; 4MVU A; 3T4Z A; 5LA6 B; 1IDS A; 1DK1 A; 1SES A; 3DGE A; 3AG1 B; 4TV8 B; 3H1I H; 4I50 A; 4U7N A; 4B3M O; 4L8J A; 5EIB C; 3H1H H; 3LSQ A; 4JI8 B; 5C8Y A; 2EIN C; 3RFR A; 1BSM A; 1GM8 A; 3CP1 A; 2HLD G; 3L74 H; 3SYC A; 1BZK A; 2BTQ B; 4PA3 A; 2RN9 A; 1ZTE A; 4BIU A; 2EBO A; 4Q6G A; 3A8T A; 2HFE C; 3DC5 A; 2ZIN A; 2EIM C; 3JAR B; 3VQW A; 2EJR A; 2KQX A; 3OAA G; 3DXR A; 3H01 A; 1BQ0 A; 3CC2 V; 3OUS A; 4LF9 B; 1IBL B; 1V55 C; 4EKW A; 3SJB C; 3CRA A; 1AIL A; 3A0H Z; 2W0F C; 3ETE A; 2PI5 A; 4ZI7 A; 1Q82 W; 1Y74 B; 3RYH B; 1FXV A; 4CS2 A; 5J2U B; 1YZB A; 1OJH A; 2ZDI A; 3ABL C; 5IYC O; 4DV7 B; 1GM7 A; 4LF7 O; 1H2K A; 4O4I B; 5LMN B; 4JI5 O; 1SKV A; 4DR1 B; 5LXT B; 4IT5 A; 3UCS C; 5A9G A; 4DV6 O; 1ENV A; 4F6R B; 3N2G A; 4YJ2 A; 5EYP A; 4OX9 B; 2KB1 A; 4FLX A; 4JV5 B; 2A3Q A; 4JI0 O; 2YC0 A; 4UVC A; 4JTD B; 5DM6 V; 3RW0 A; 2ZNI A; 1EN5 A; 2WSS G; 3CJH B; 3J80 N; 2XOK G; 3JD1 A; 1FJG O; 5EC1 C; 1J5E B; 1LNQ A; 1GO3 F; 2E75 B; 2XAG A; 2PYJ A; 4UVA A; 4FPP A; 4JI7 B; 2EIJ B; 2HP8 A; 2QGN A; 4K35 A; 5JJJ B; 1QHT A; 4O4H B; 4GX1 A; 2A06 H; 3M8A A; 1KP2 A; 2RCV A; 2QWN B; 5KUK A; 1FXK C; 5LGN A; 1VQM V; 1PP9 H; 2ZCE A; 4JI8 O; 1ZL8 A; 4B7E A; 2ZIO A; 3JCZ A; 1L0L H; 1JJO A; 4N21 A; 4K8Z A; 1VQL V; 3ABT A; 3AK1 A; 2A9H A; 1CEZ A; 1G1X B; 1IUR A; 5JQG B; 2DYS C; 1R3J C; 4P30 A; 4X62 B; 1WLE A; 1VMG A; 3K9A A; 5EZY B; 1XNR O; 3OR6 C; 4YXW G; 1Z5V A; 3D8C A; 3E35 A; 4BW5 A; 1TUB A; 3GWO A; 3S3X A; 2AHZ A; 4IYI A; 4LBE C; 1JA8 A; 2UXB B; 3TCU A; 4RUE A; 4DR3 O; 4JI1 O; 2ZE5 A; 4LF5 B; 1HW7 A; 2DYR B; 1N8R W; 2JEX A; 1K33 A; 5GW7 A; 3OW2 U; 1FFX A; 3OR7 C; 1Q6I A; 1T5E A; 1RM1 B; 3B40 A; 2R70 A; 2WWW A; 1HNW B; 4B3R B; 1GN4 A; 4J9Z B; 1YI2 V; 1XMQ O; 5IYZ B; 1KD1 W; 4NXM B; 4OPH A; 3FX7 A; 1GRJ A; 1Y76 B; 2VQF O; 3JAS B; 1KU9 A; 1THZ A; 1M56 C; 4TUY A; 5B1A B; 5H6R A; 2OCC B; 2CGN A; 1EM1 A; 1PNK A; 4I0X B; 2ZKO A; 2CDY A; 4JV5 O; 3AG3 C; 3D3I A; 1BS3 A; 2E74 B; 4FM0 A; 3AG4 B; 3K04 A; 5H2F Z; 4R8C A; 4NKG B; 3ZHR A; 4UXN A; 3WG7 B; 5GTH Z; 1MAB G; 2UUC B; 1XL6 A; 3R65 A; 3MD0 A; 3BY6 A; 2PTM A; 4KUM A; 1OHH G; 4FK5 C; 3TK1 A; 4F6E A; 2R9A A; 4O4J B; 3ZRX A; 4WCE V; 3ZED A; 4UV9 A; 1VF5 B; 1U97 A; 4HAM A; 1Z5W A; 1QU7 A; 1GN3 A; 1SRY A; 3W7X A; 3TET A; 4DV2 B; 3CYO A; 2UUA B; 1Q81 W; 4TWK A; 1ARO P; 1ZAU A; 4DV5 O; 3CCQ V; 4NYK A; 1HNZ O; 2ATK C; 1FS0 G; 1P4R A; 3BRC A; 4X1I A; 4ZHQ B; 5A2Q N; 3G71 V; 4X62 O; 3VQX A; 3CRM A; 1XOU A; 2IU3 A; 1GM9 A; 3FYI B; 4PDL A; 1PM9 A; 2Q7H A; 5BMV B; 1QLE C; 1L8D A; 4PDV A; 4J80 A; 1AR5 A; 1R6N A; 5IWA B; 3OEE G; 4P9P A; 3PJS K; 1Q6U A; 1HNW O; 4RUF A; 3SJQ C; 4QGP A; 1N33 O; 5CA0 A; 5BZB A; 4NXM O; 4CZZ A; 3K5M A; 4GZR B; 4O2B B; 4O4I A; 5DEC A; 4WFE A; 1VQ4 V; 3BFR A; 4JAS A; 2EZO A; 2ZE8 A; 2PGG A; 4PEL A; 5CA1 B; 1NR1 A; 2WLL A; 5KAF Z; 3W7W A; 4O2A A; 4IL6 Z; 2FL4 A; 2XTA A; 1MG1 A; 4LR3 A; 3A0B Z; 1NR7 A; 2YIA A; 1SA0 A; 3CHX A; 2UUC O; 1QR8 A; 1Y4M A; 4IHJ B; 2DW4 A; 1V9P A; 5ITZ A; 1XDC A; 2YIC A; 1XMO O; 3JAK A; 4I55 A; 5H9C A; 2GUZ A; 1XRE A; 2FML A; 1BQZ A; 2YID A; 1EZJ A; 3ZJZ A; 1XBL A; 4I50 B; 1PNM A; 1RSO A; 2UXN A; 2YIB A; 1XIL A; 2QWR B; 5C8Y B; 3H1J H; 1XHZ A; 5KLV H; 2W6I G; 3VBB A; 4DV3 B; 2Q73 A; 4DW1 A; 4ZIB A; 1GAX A; 2XAS A; 3K08 A; 2PY5 A; 4MT8 A; 3UKM A; 2CH7 B; 1SQP H; 2F1M A; 4LH7 A; 3DXR B; 2VWK A; 1S5J A; 2P67 A; 3QVN A; 2IM9 A; 4U7O A; 5LGU A; 5B3S B; 4MTG A; 2QEX V; 3H1L H; 1GMG A; 4RQF A; 4YIP A; 3ASO B; 1X59 A; 1FYJ A; 5IWA O; 4X8A A; 4ZI7 B; 2CGO A; 1R3L C; 2B9Z A; 2F93 B; 3APO A; 4JI6 O; 2FTK A; 1PL4 A; 5KHH A; 4WFB V; 4FZ0 A; 3OEH G; 4AHC A; 3EVK A; 3UM7 A; 1B06 A; 1AI6 A; 4YJ3 A; 2QTS A; 1GN6 A; 1V54 B; 3OT7 A; 3UT5 A; 1WP7 A; 3ICX A; 5IJ9 A; 3N2G B; 4YJ2 B; 5EYP B; 1D5A A; 1S3J A; 5B1B B; 4LFB B; 1OCC C; 4I0X A; 2YEV A; 3HKC A; 4PI2 A; 3R66 A; 2ARH A; 1URF A; 4GUN A; 4HZ3 A; 4EEQ A; 2H8P C; 4EFE A; 4XBF A; 1F51 A; 1QCE A; 5B66 Z; 3SPI A; 5CBH A; 5KHG A; 2AW9 A; 4U3F H; 4DR7 O; 4J41 A; 1ROP A; 1HDJ A; 4DR2 B; 3F7Y C; 1I94 O; 4ZBM A; 2FB5 A; 3E8B A; 1TA8 A; 3ZRW A; 3RVZ A; 3CCU V; 4RO2 A; 4B08 A; 2YS8 A; 2NN4 A; 1ZL8 B; 3P32 A; 4JYB A; 2UUB O; 5LHG A; 2JS5 A; 3OM3 B; 2UXD B; 2H3O A; 1IBM B; 3LNM B; 2BCC H; 1G6U A; 2ITD C; 4CH5 A; 3LSU A; 4GCZ A; 4CH4 A; 5KUM A; 2P5O A; 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4JYA B; 5JJE B; 4X1I B; 2VQE B; 4NXN O; 4WBN A; 3T2M A; 1LUV A; 2ZIM A; 3OTF A; 4TQD A; 2CH7 A; 5J2T A; 1M5I A; 2EIM B; 3BEH A; 4J7J A; 5KMG A; 1VQN V; 1H8E G; 3FFQ A; 1N0J A; 3WU2 Z; 2ZM6 B; 4NVP A; 1L1F A; 1JMK C; 4UVB A; 4JI2 O; 1FKA O; 2PF4 E; 5LOV A; 1NVP B; 4GKK O; 1W59 A; 4KL1 A; 2R9I A; 4LFC O; 4MW3 A; 1E1Q G; 3FD9 A; 4X9Q A; 1P7G A; 1W0K G; 1Y66 A; 4DV1 O; 1UFI A; 5CA0 B; 3SYA A; 2QE7 G; 3IAY A; 2A7W A; 2QKC A; 3BVO A; 3AK3 A; 3DC6 A; 5KHI A; 3ABL B; 1VQ5 V; 2XAH A; 3OE7 G; 1XHX A; 4YHH O; 3T1C A; 1DGS A; 4PA4 A; 3D36 C; 4C7U A; 2DQ0 A; 2WLL B; 3RT3 C; 3EFF K; 3JYC A; 3SYO A; 4O2A B; 3CCV V; 4FLU A; 4DW0 A; 1SC5 B; 3SYP A; 1SQG A; 3E8H A; 3LSS A; 4UFZ A; 3B77 A; 4LWS B; 3U11 A; 1S5H C; 2VS0 A; 3MDS A; 1SA0 B; 4QE7 A; 4KHP O; 1HR0 O; 3OTO O; 2WLN A; 1IBK O; 3K5L A; 3UO2 A; 5ITZ B; 1WP8 A; 2EZP A; 3JAK B; 4I55 B; 5DED A; 2GUZ B; 1AI7 A; 4RQE A; 4J9Y B; 3TXQ A; 2F95 B; 3K3W A; 1RSO B; 2WLH A; 4N23 A; 5L3D A; 4X64 O; 4B3S B; 2OYQ A; 3SYQ A; 5K1P A; 3TJT A; 2EIJ C; 1G4Y B; 4LF6 B; 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