The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
34
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
34
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1KUQ A; 4A5U B; 2FKX A; 4DV4 O; 2UUA O; 2Z0A A; 1DK1 A; 1R1B A; 4DV0 O; 4DR1 O; 4JI8 O; 4B3S O; 2VQF O; 3O65 A; 4DR6 O; 4LFA O; 4DR3 O; 2ZKO A; 1AIL A; 1HNW O; 4NXN O; 4GKJ O; 2UU9 O; 2UXB O; 4X66 O; 4B3T O; 2DJV A; 1FYJ A; 4DV5 O; 1HR0 O; 1HNZ O; 2VQE O; 1A32 A; 2JRI A; 4LFC O; 1J5E O; 3RT3 C; 5LMN O; 1IBM O; 1FJG O; 2UXD O; 3M8A A; 2ZM6 O; 2E5L O; 1IBL O; 4JI1 O; 3J81 N; 2HHH O; 4B3R O; 5IT9 N; 4X64 O; 4DUY O; 1G1X B; 4YHH O; 5BXZ A; 1XMO O; 2UUC O; 3SDL A; 4DR2 O; 4LF6 O; 1YZB A; 4AQY O; 4DV2 O; 4JI6 O; 4JI3 O; 1XEQ A; 1R6T A; 1X59 A; 3OTO O; 5FLX N; 5BY1 A; 4JI7 O; 4JI2 O; 4YY3 O; 4X62 O; 4NXM O; 5LL6 Y; 3F5T A; 1D2D A; 2LW7 A; 2F4V O; 3JAM N; 4LF5 O; 1N32 O; 4JI4 O; 4LFB O; 5BR8 O; 2UXC O; 5IWA O; 1N33 O; 2DOS A; 4JI0 O; 4LF4 O; 2UUB O; 1NS1 A; 4JYA O; 4OPH A; 1N36 O; 4DR4 O; 4GKK O; 3T1Y O; 5A2Q N; 4DV3 O; 1FKA O; 1XNR O; 3J7A U; 4B3M O; 1N34 O; 4LF9 O; 4DV7 O; 4KHP O; 4JI5 O; 4DUZ O; 4DV1 O; 4K0K O; 3T1H O; 4DR5 O; 4X65 O; 4LF8 O; 4JV5 O; 3J80 N; 4DR7 O; 1F7Y A; 4DV6 O; 5LMU O; 4LF7 O; 5H5N A; 4OX9 O; 1AB3 A; 2AGA A; 1XMQ O; 2N74 A; 1IBK O; 1XNQ O; 3R66 A; 4OPA A; 1HNX O; 1I94 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2N04 A; 4O4J B; 4DV4 O; 4UFZ A; 1YVW A; 3ZRS A; 1VQP V; 3ZMV A; 4I50 A; 4FFB B; 3A2F A; 3AG2 C; 3UT5 A; 4GKK B; 2ZIO A; 1QCE A; 1Y76 A; 2KQX A; 3JCU Z; 2BOB C; 3OUF A; 3U0Z A; 4I7Z B; 3H1J H; 1BHB A; 1BHA A; 1IBK B; 3PN1 A; 2XUM A; 4LF6 B; 4JI1 O; 4LH6 A; 3JAW A; 3IAY A; 4K8Z A; 2DE0 X; 1DTO A; 1KMI Z; 3KZI Z; 1S5J A; 1QNM A; 3UO3 A; 1VQO V; 3OTO O; 2P90 A; 3LNN A; 2Q0A A; 4JI2 O; 1YXB A; 3ZMZ A; 2WLI B; 5KHG A; 2W0F C; 5DEC A; 5J9P C; 4FK5 C; 4TV9 B; 3RW0 A; 2IJI A; 5LA6 A; 2JVD A; 3ZBH A; 2QE7 G; 1AJQ A; 1FXK B; 3T2M A; 3D3Q A; 3JAK A; 4CS4 A; 1PNK A; 4RQF A; 1SKV A; 4O2A B; 1MNG A; 1Z2G A; 4DV2 B; 4YIP A; 3RYC B; 2QSA A; 3HPL C; 3JYC A; 2DN9 A; 1Z5W A; 5EC2 C; 3ZED A; 3OGI B; 2IJH A; 1FXK A; 1GKF A; 4CS3 A; 4LFB B; 1BT8 A; 2WSS G; 3RYC A; 4JYB A; 2EZO A; 3LSU A; 2UUB B; 1R1B A; 2X6B A; 2VQF O; 1NU1 H; 3HKE B; 4O2B B; 1AIL A; 3WG7 C; 1IXB A; 2YIB A; 2E74 B; 3K5O A; 3N2G A; 4J41 A; 4Z2W A; 2IU3 A; 1TA8 A; 3ABT A; 4XDJ A; 1SA0 B; 3ZHS A; 2W6I G; 1N4C A; 1NZ6 A; 4UCR A; 5GON A; 4GZR B; 4JAU A; 4MSW C; 3T1C A; 2Y0P A; 2ZM6 O; 1AI7 A; 3THO A; 5B3S B; 2A0L A; 4NVP A; 1SA0 A; 4R7C A; 2PUS A; 4JI8 B; 4FLW A; 4B7E A; 1DF4 A; 3BPZ A; 2Y48 A; 4O4H B; 1YJN V; 2KKW A; 2D3O W; 2A79 B; 1Y6X A; 3BFR A; 4JYC A; 1VEW A; 2GUZ A; 1ZSP A; 3E8H A; 5KLV H; 1Q6H A; 2UU9 B; 1RM1 C; 1LUV A; 4MT8 A; 4PA6 A; 2FTK A; 1IUR A; 3FAV A; 3JSL A; 5LL6 Y; 4RQE A; 2JJ2 G; 5CA0 A; 4WF9 V; 4H13 B; 2H8P C; 4B08 A; 3H1I H; 4CZZ A; 2ZDI C; 3ZRX A; 1AI5 A; 3X2Q B; 3ZRW B; 2YS8 A; 1I0H A; 4GKK O; 1MG1 A; 3S3X A; 3CRC A; 3K9S A; 2YSU B; 3H1H H; 1YHQ V; 2EIL C; 2GTA A; 5KMG A; 1VF6 A; 4MVZ A; 2YUA A; 3ZRW A; 3H1L H; 3L9D A; 3J80 N; 4K3A A; 1Q6I A; 3SPJ A; 1M57 C; 4LF5 B; 1IBK O; 4FIP C; 2LW1 A; 4LF6 O; 3RBZ A; 3MDS A; 5KUK A; 2CGO A; 1NTM H; 4J80 A; 1HW7 A; 3SYO A; 1VF5 B; 1GM8 A; 3CYO A; 2LO1 A; 4LR3 A; 3OAA G; 3KCX A; 4FLU A; 1OCR C; 1F51 A; 3K5L A; 1B04 A; 3TJT A; 2R70 A; 3SJC C; 4GYC B; 3JCZ A; 4PDM A; 5CBH A; 2QM4 A; 2X0L A; 1FYJ A; 4ZI7 B; 1XI1 A; 1GAX A; 1IZ3 A; 1MA1 A; 5LMU B; 3ZHR A; 1K4D C; 3LDC A; 2IJK A; 2VWK A; 4PA9 A; 2QWN B; 3RVY A; 3OR6 C; 1WPX A; 1URF A; 4CH4 A; 4LWS B; 1V55 B; 5LHH A; 4DV0 B; 4BAY A; 5FPO A; 4YJ3 A; 1R3L C; 1QVG U; 3E8B A; 2QDO A; 3CRR A; 3SDL A; 2EX3 A; 3WB2 A; 5FNV B; 1N8R W; 3K3W A; 1RSO A; 1VAR A; 4DV2 O; 4ZBM A; 3BCC H; 4LWS A; 5BMV B; 3MD0 A; 1XQ8 A; 4DW0 A; 5EBW C; 5FLX N; 4ZHQ B; 5KA5 A; 3K0G A; 5CMU A; 4PEL A; 4OGQ B; 4CC5 A; 3JAM N; 3K5N A; 3DC6 A; 4LFB O; 3C3S A; 2AHY A; 5IWA O; 2ZQM A; 1Q7Y W; 2GHY A; 2UUB O; 1ORQ C; 1SQG A; 4OPH A; 3FB8 C; 1L0N H; 3A0R A; 3HKB B; 2XAQ A; 2AXT Z; 2QKS A; 2CDY A; 1AI6 A; 5IJ0 A; 4MW8 A; 3HKB A; 2ZIM A; 1B6Q A; 4UCS A; 1DF5 A; 3E83 A; 5LYJ A; 2XND G; 2ZNI A; 5L3C A; 5CN0 A; 4KUM A; 4B7K A; 1SZT A; 4O4I B; 5ITZ A; 4CH5 A; 4J7K A; 1KUQ A; 1XHX A; 1PPJ H; 4X1K A; 2HJF C; 4JI8 O; 1FXK C; 1N36 B; 3ABM B; 4P2Z A; 3ZHT A; 4I4T A; 4DR4 B; 4RUF A; 3NXS A; 2OTL V; 2QTO A; 4LF9 B; 2YIA A; 4DYL A; 1X4T A; 4GX1 A; 2LGQ A; 5J2U B; 2UU9 O; 3L71 H; 4NTW A; 4Z1M G; 2ZT9 B; 3BY6 A; 3SPH A; 3VQV A; 2PYJ A; 4FLT A; 3WFV A; 2NLJ C; 2X6A A; 5TIS Z; 5J2U A; 2VRZ A; 4TV8 B; 3D3I A; 4NB5 A; 3OR7 C; 4PA4 A; 2Q7G A; 5E1A C; 2QGN A; 2JDI G; 4ZOL A; 2YXY A; 2WLH A; 1XEQ A; 4G28 B; 1BS3 A; 4PA3 A; 3CC2 V; 1K8A W; 2LW7 A; 5LP6 A; 2WWW A; 1SC5 B; 4LH7 A; 2RN9 A; 4LF5 O; 5B3S C; 2UXD B; 3CCM V; 4AI8 A; 2AZ2 A; 5JH7 B; 4EFE A; 3K58 A; 2CH7 A; 3F7Y C; 1K4C C; 1PKX A; 3H01 A; 3L73 H; 3SPG A; 3BVO A; 4IL6 Z; 3CCU V; 1EM1 A; 3MHH C; 4G27 B; 1JVM A; 1Q5O A; 2P67 A; 1N0N A; 1NJI W; 2IU0 A; 2PGG A; 4NXM B; 5LMU O; 4BW5 A; 3SYP A; 1L8D A; 1N32 B; 2R72 A; 2ZD9 A; 5C8Y A; 3JSN A; 3CPW U; 3X2Q C; 4JI0 B; 4X1Y A; 4C7U A; 4DV0 O; 4GLX A; 2CTW A; 4EB6 B; 3EXA A; 3RGB A; 1XNR B; 1LUW A; 2R9A A; 1YIT V; 1QLE B; 1I5X A; 3BA8 A; 4TUY B; 3QTC A; 2CTR A; 1RP3 B; 4LF8 B; 4JV5 B; 2Q67 A; 4DR7 B; 3QO5 A; 1YTF D; 1SQX H; 1A32 A; 4DV6 B; 4OX9 B; 3G67 A; 4TQD A; 2JS5 A; 3JAR B; 5H6R A; 4U3F H; 2XAJ A; 3WU2 Z; 2WLN A; 2EBO A; 1HNX B; 2QJ1 A; 2UUA B; 2P6J A; 1VIB A; 5IT9 N; 3ETG A; 4JTD B; 4DR6 B; 3JD4 A; 3OEH G; 4JTC B; 1SQQ H; 1US6 A; 3RYF A; 3TGU H; 1YF2 A; 5KX5 B; 4GKJ B; 5EYP B; 4O4L B; 1X59 A; 5IYZ A; 1N0J A; 3B8N A; 2OYQ A; 2P4V A; 4BR6 A; 1PM9 A; 2L35 A; 2KG7 B; 3VQW A; 1JX9 A; 3BAA A; 1L1F A; 2E5L B; 2H94 A; 1JR9 A; 1EN6 A; 2F43 G; 1NS1 A; 1YSC A; 5E79 Z; 1N36 O; 4DR4 O; 3D36 C; 2KG7 A; 4JF3 A; 1F4M A; 2JEU A; 3SYA A; 4H33 A; 1YIJ V; 4CH3 A; 4LF9 O; 4AQY B; 3W7W A; 2DYR B; 1KP3 A; 4QIW F; 2WAM A; 2GTS A; 2Q5Z A; 2ILM A; 2YXH A; 5IYB O; 1JMK C; 2ZM6 B; 1H2K A; 1YTF B; 3E22 A; 1CP9 A; 4UUJ C; 3C90 A; 5EIB C; 3U10 A; 2EIM B; 2Q0O C; 2ZIN A; 1MZE A; 4IHJ A; 5JJJ B; 1SQB H; 1YJ9 V; 4WFE A; 1IXM A; 2DQ3 A; 1FFX A; 1NTZ H; 2EIN B; 4DV7 B; 2ETN A; 1K5S A; 3UT5 B; 3TXS A; 2B1G A; 1KQS U; 3HKD A; 1Y76 B; 4L87 A; 1BZK A; 1NH2 D; 4UXN A; 1H38 A; 3FYI B; 2UXD O; 3N27 A; 1EZJ A; 3G80 A; 1IBL O; 3ABM C; 4MS2 A; 2WPD G; 3CSX A; 4JGS A; 3UKM A; 4ASU G; 4DR3 B; 3L75 H; 4UB6 Z; 4J9Y B; 1YZB A; 3IJ4 A; 3JAW B; 1HNW B; 3JAT A; 3IC9 A; 2UXB B; 2YIB D; 2ZE7 A; 4P30 A; 2YI8 A; 2PTM A; 1K5Q A; 1HNZ B; 4NXM O; 2VS0 A; 2WLJ A; 3K9A A; 2YID A; 1N32 O; 3AG4 B; 2EIJ B; 2C2A A; 4XBF A; 3K59 A; 1S72 V; 5IY5 B; 4JI0 O; 1VQ7 V; 1M5I A; 2ZXW B; 4WFH A; 1IX9 A; 1XNR O; 4K8X A; 5LA6 B; 5B1O A; 1WN7 A; 3HKC A; 1H2G A; 5KHK A; 5JWP A; 4LF8 O; 4JI7 B; 4JV5 O; 4DR7 O; 1QVF U; 3JAK B; 4DV6 O; 1NR7 A; 4OX9 O; 2OIE A; 3DXR B; 3ETQ A; 1D5A A; 1KEC A; 1BSM A; 1HNX O; 5LBQ A; 5J2T A; 3LDE A; 2ITC C; 5EK0 A; 2UUA O; 2O57 A; 4JYA B; 5LHI A; 1PP9 H; 3O65 A; 4DR6 O; 1TUB A; 3DXR A; 2EUL A; 3FD9 A; 3N2K A; 3JAL A; 1FFT B; 1Q86 W; 3QF7 A; 5CA1 A; 3ASO B; 4GKJ O; 1NVP D; 4JAV A; 4PI0 A; 1M56 B; 3KCY A; 4FM1 A; 1KP2 A; 3P32 A; 2XTA A; 1MMM A; 5IWA B; 4WFG A; 3N2G B; 1XNQ B; 2P4K A; 3TK1 A; 2DMX A; 2P22 C; 3K08 A; 2VWJ A; 2E5L O; 2HP8 A; 1FXH A; 5GON B; 3K06 A; 4UCT A; 3SYQ A; 1VQK V; 2Q68 A; 3AG1 B; 5D5P A; 1QLE C; 3B8M A; 4AQY O; 4NXN B; 2CAZ C; 1CXZ B; 2QWR B; 2NNU A; 4BW9 A; 2A3Q A; 1R3J C; 2GUZ B; 5IJ9 A; 2WA3 A; 3E86 A; 1VQ6 V; 4I9W A; 3CB2 A; 2E3C A; 4GCZ A; 1FJG B; 3RFR A; 2N05 A; 3FAV B; 4WBN A; 1AR4 A; 1JFF A; 4B3R B; 4IIJ A; 5CA0 B; 2ARH A; 3KG2 A; 3UO2 A; 4X1I A; 4DR2 B; 4DV7 O; 4F6R A; 3I5D A; 1PL0 A; 3CWB H; 3APQ A; 1W0J G; 5KUM A; 3JD0 A; 2QWO B; 3CX5 F; 1NVP B; 3WB1 A; 1AB3 A; 3ABU A; 3CP1 A; 3ZN1 A; 3I55 V; 5KMG B; 2F4V B; 5LOV B; 3OMI B; 1G6U A; 2QEX V; 1G4Y B; 4NYK A; 4A5U B; 4MTO A; 2Z0A A; 4GX0 A; 1WP8 A; 4BIU A; 4DR3 O; 5LOV A; 1NKD A; 4KL1 A; 2DYR C; 4NKG B; 1VQ8 V; 1HNW O; 2F1M A; 2CUG A; 2ATK C; 2UXB O; 5FPR A; 1TGO A; 3QVN A; 1FS0 G; 2H3O A; 2LGW A; 1HNZ O; 5EC1 C; 2NR5 A; 3CXC U; 3ZS8 C; 1K97 A; 2EIM C; 4FPP A; 1XRE A; 4LNU B; 3W7U A; 4YJ2 A; 3QG5 A; 2BSK A; 4X88 A; 3KKY A; 4FLY A; 3Q4H A; 3CRA A; 3K57 A; 2EIN C; 4I9Q A; 3OMA B; 1B3Q A; 3G71 V; 4LNU A; 4PV1 B; 2K1E A; 2YIC A; 4HNA A; 3LSQ A; 2W6J G; 4YJ3 B; 2CGN A; 2RCV A; 4X8A A; 4QJF B; 2Y69 B; 1S5L Z; 2BOC C; 4JI7 O; 1D2D A; 1RSO B; 1WJZ A; 1S3J A; 2Q73 A; 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4DR2 O; 5KA6 A; 1M56 C; 4FLV A; 4DV5 B; 3FFQ A; 3ETE A; 4ZOL B; 1W0K G; 4LP8 A; 2OTJ V; 4LFC B; 2CTP A; 2F4V O; 1EBO A; 2PI5 A; 1IBM B; 1V54 B; 1XL6 A; 2HKO A; 2V7Q G; 2B9Z A; 2DOS A; 5B1N A; 3CS5 A; 1QQC A; 5LP6 B; 3EFF K; 3AG1 C; 5EBM C; 2R9I A; 3E2E A; 5DN6 G; 5EZY A; 3CMA V; 2DYS B; 1FKA O; 2YC0 A; 3CXH F; 1K92 A; 5JVD A; 4JZG A; 2CH7 B; 3CHX A; 3VQY A; 4KP4 A; 4EKW A; 3CCE V; 5EBL C; 1THZ A; 2FYU H; 3ZX6 A; 4X62 B; 1GRJ A; 2BTQ A; 4MVM A; 5H5N A; 2PYL A; 2JGU A; 2V4D A; 1IBL B; 4H37 A; 1CEZ A; 2YI9 A; 2XHB A; 1VQ9 V; 1S5H C; 4QNH B; 2QKC A; 1FPO A; 3CCS V; 1DK1 A; 4E4E A; 1H8E G; 4I55 A; 1TVK A; 1UFI A; 5C8Y B; 3SYC A; 3LDD A; 4IYH A; 1XDC A; 2CK3 G; 4X1Y B; 1K7D A; 3JAS A; 3BAB A; 1AP6 A; 3QNE A; 4F6E A; 4NTY A; 1P7G A; 4KFM A; 3CCJ V; 3TET A; 4DR5 B; 1Y74 A; 4U7N A; 1ZTE A; 4FMT A; 1VF6 C; 2HFE C; 1J5E O; 5LMN O; 3S3W A; 4YXW G; 1ENV A; 1OCO B; 5GTH Z; 1I94 B; 5CB4 A; 4ZIB A; 1PV0 A; 1RPR A; 2HHH O; 1JQ0 A; 1Y67 A; 2P06 A; 1G1X B; 1VQL V; 4YHH O; 1AP5 A; 2JJ1 G; 1BGY H; 3ASN B; 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