The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| total genus |
31
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| structure length |
87
|
| sequence length |
87
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3OTO O; 1XMQ O; 4K0K O; 1N34 O; 1FYJ A; 2HHH O; 4DV0 O; 5H5N A; 1IBL O; 1R6T A; 4LF7 O; 4DR3 O; 4B3T O; 2UXB O; 4JI5 O; 4LF5 O; 4X66 O; 1N32 O; 3O65 A; 4JI1 O; 1AIL A; 3T1H O; 4JI2 O; 1A32 A; 2ZKO A; 4X62 O; 1YZB A; 3J7A U; 4X65 O; 1XEQ A; 4LF9 O; 4LF6 O; 3RT3 C; 1KUQ A; 4DR7 O; 4OX9 O; 1IBK O; 3J81 N; 1XMO O; 2Z0A A; 1DK1 A; 3SDL A; 4OPH A; 4LF8 O; 1HNZ O; 4DR1 O; 1HR0 O; 5LMU O; 5BR8 O; 5FLX N; 3J80 N; 4DV3 O; 2E5L O; 4YHH O; 4JV5 O; 1J5E O; 1G1X B; 4DR2 O; 5BXZ A; 1FJG O; 4X64 O; 3F5T A; 5IWA O; 4DR4 O; 2UXC O; 4GKJ O; 1D2D A; 4NXN O; 4GKK O; 4DV5 O; 4JI3 O; 1NS1 A; 4JI6 O; 4JI7 O; 1FKA O; 2F4V O; 4B3M O; 4NXM O; 1X59 A; 4OPA A; 4JYA O; 2UU9 O; 4DUZ O; 2UXD O; 5IT9 N; 4JI8 O; 2FKX A; 4DR6 O; 4B3S O; 2ZM6 O; 4DV1 O; 4DV2 O; 1HNW O; 2DOS A; 2JRI A; 4LFA O; 2UUC O; 1N33 O; 3M8A A; 2AGA A; 2UUB O; 1I94 O; 1R1B A; 4LFC O; 4DV7 O; 2UUA O; 2VQF O; 5A2Q N; 3JAM N; 1HNX O; 3T1Y O; 2LW7 A; 4DR5 O; 4LF4 O; 2N74 A; 5LMN O; 4DUY O; 1IBM O; 3R66 A; 5LL6 Y; 1AB3 A; 4DV4 O; 5BY1 A; 4DV6 O; 2DJV A; 4AQY O; 1XNR O; 4JI4 O; 4KHP O; 4JI0 O; 4A5U B; 1F7Y A; 4B3R O; 1XNQ O; 4LFB O; 1N36 O; 4YY3 O; 2VQE O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2Q67 A; 1AR5 A; 2HHH O; 2YEV B; 1Q90 D; 4FZ1 A; 1JJO A; 1VQ4 V; 3EVK A; 3MHS C; 1SET A; 1DF5 A; 1I5Y A; 3K0G A; 4DR3 O; 3JD0 A; 5EBL C; 2DYS C; 3B4S A; 1Y76 A; 5JCO C; 2P4K A; 2YXL A; 4FLT A; 4B3S B; 1UPG A; 3J7A U; 3MAQ A; 4AHC A; 2R9I A; 1XEQ A; 1AJN A; 3FB6 C; 3SJA C; 1FXH A; 4OX9 O; 4TQF A; 1IBK O; 3OTF A; 2GDS A; 4JTC B; 1WP8 A; 5J2U B; 1PP9 H; 4MVQ A; 5LMU O; 1P4R A; 3OAA G; 5B1B B; 3SPI A; 3D36 C; 5DM6 V; 5LGT A; 1K5Q A; 3E8F A; 3T4Z A; 5LA6 A; 1JA8 A; 3OGC C; 3THO A; 4RUF A; 1CEZ A; 3AG2 B; 1TVK A; 2ODM A; 3FYE B; 2HLD G; 4U7N A; 1Y76 B; 2ZE7 A; 1M90 W; 4JYA O; 3JAR A; 4Z1V A; 5IYZ A; 2Q7H A; 2WPD G; 3E35 A; 3H1I H; 1VQ8 V; 1H2K A; 2RNB A; 4WF9 V; 1L8D A; 4X8A A; 1IXM A; 3G6B A; 2JEX A; 4FFB B; 1SQQ H; 3WB2 A; 3D36 A; 4DV4 B; 3HB3 B; 1KP3 A; 1WAZ A; 5HFM A; 4DW1 A; 4BIZ A; 1HNX O; 2LW7 A; 4D6T H; 2ZDI C; 2YC0 A; 3CJH B; 1XBL A; 1FFX B; 3BY6 A; 1IXB A; 5LA6 B; 3R66 A; 3LNN A; 4UVC A; 1V54 B; 2HHH B; 3JYC A; 3EXA A; 4O2B B; 1M1K W; 3F5W C; 2F93 B; 1H8E G; 5IYZ B; 5IE9 A; 1PNM A; 1OJH A; 4DR3 B; 3RN4 A; 4ICG A; 1XMQ O; 4H13 B; 3CCM V; 1NVP D; 5DED A; 3WU2 Z; 1SA0 B; 2QTS A; 3JCU Z; 1QVG U; 3K9S A; 2ZDI A; 2BE3 A; 2PI5 A; 3ML0 A; 1N4C A; 2CTP A; 5H6R A; 3STL C; 4LF7 O; 4JI5 O; 2QE7 G; 3MD0 A; 4OX9 B; 1F51 A; 1IBK B; 4J9Z B; 3G71 V; 1PPJ H; 4MVS A; 2WLI A; 5IJ9 B; 5LMU B; 2GBO A; 2ZNI A; 1KU9 A; 3SPJ A; 4JPR A; 1Z5V A; 2RN9 A; 1QCE A; 3QF7 A; 3J81 N; 3OGI B; 3G6E V; 4DR1 O; 3DXR A; 5EC1 C; 1S72 V; 1Z5W A; 1XIL A; 4UCU A; 2DE0 X; 2LQT A; 1J5E O; 4JV5 O; 4U3F H; 1QU7 A; 4NTY A; 1QR9 A; 2ADQ B; 4LCU C; 4DV6 B; 1N8R W; 1V55 B; 1JR9 A; 5L3D A; 1TUB A; 2HEP A; 3K57 A; 2GTA A; 1YSC A; 3GWO A; 5KAI Z; 1Q86 W; 1RSO B; 2WLI B; 1GK9 A; 2A9H A; 2QKC A; 2Y48 A; 1YEW A; 2ZT9 B; 4EEQ A; 5B3S B; 2C2A A; 4CC5 A; 3VQV A; 2X6B A; 1I94 O; 4LFC O; 3FFQ A; 3UO2 A; 3DXR B; 4BWA A; 3BEH A; 3A2F A; 3JAM N; 2ZIO A; 3HKB B; 4C7U A; 3RYI B; 1Q6I A; 1Z2G A; 5JWP A; 4I5S A; 5LOV A; 1ZSP A; 4ZOL B; 4PI0 A; 4TV8 B; 3SYQ A; 1IDS A; 1ORQ C; 2CE4 A; 1TUB B; 4JYC A; 2QTO A; 2CDY A; 5JVD A; 1QQC A; 3CD6 V; 1WLE A; 4B08 A; 4PV1 B; 4I4T A; 4TT3 G; 2VQE O; 4JI5 B; 2IU0 A; 1N34 O; 1LR1 A; 1XDC A; 1Y74 A; 2QWP B; 4DRX A; 5LGU A; 4GYC B; 3K5O A; 1BQ0 A; 4YJ2 A; 1G8M A; 3T2M A; 1AI6 A; 2YXH A; 1N0J A; 1JMK C; 1PNL A; 1HDJ A; 2OT5 A; 2EIK C; 4DR1 B; 2ZKO A; 3ZN1 A; 2ZM6 B; 3K0D A; 4MSW C; 4FPP A; 5DN6 G; 3CME V; 2AZ0 A; 2WLM A; 1COW G; 4WFH A; 1DGS A; 4TOI A; 3G4S V; 1GRJ A; 2OYQ A; 1BZK A; 1Y74 B; 4R6Z A; 4WBN A; 4DRX B; 4UB8 Z; 5CB4 A; 4YJ2 B; 1YJ9 V; 3CHX A; 3DC5 A; 3BA9 A; 1M56 B; 4DR4 O; 4KHP B; 2UXC O; 2JS3 A; 1RM1 C; 4JI6 O; 2PI4 A; 2BTO A; 2OCH A; 2NLJ C; 2FL4 A; 5BMV A; 5KA5 A; 1FXK A; 1X4T A; 2PF4 E; 1DF4 A; 3ZMS A; 4DV1 O; 3IFX A; 3BAB A; 1AP5 A; 4B3T B; 1QNM A; 3P3N A; 3JAW A; 4J10 A; 2UUA O; 1ZUQ A; 5A2Q N; 5KHG A; 4P9P A; 3RGB A; 3LSS A; 1GN4 A; 5FNV A; 2N74 A; 4BW9 A; 1N34 B; 3C90 A; 2G38 A; 3OM3 B; 1KEC A; 4DK0 A; 2CUG A; 5KHH A; 1ENV A; 3LDE A; 1U97 A; 4FLY A; 1TA8 A; 4B3R O; 2F23 A; 3ZMZ A; 1AJP A; 3OUS A; 3U0Z A; 3LSQ A; 5BMV B; 1FXK B; 4YJ3 B; 4LR3 A; 4FFK A; 1YTF B; 3OT7 A; 4J7K A; 2OIG A; 5J2T A; 4I50 A; 3JAW B; 1ZX3 A; 4IYI A; 4FVM A; 3PN1 A; 3E8H A; 1IX9 A; 5GTI Z; 1K7D A; 2ARH A; 5FNV B; 2L6L A; 1NI8 A; 4RQE A; 2EIM C; 1D5A A; 5IYD O; 2QKA A; 3OD4 A; 3UQ8 A; 2P90 A; 1SZT A; 1XHX A; 2WLL B; 1W0K G; 3ZBH A; 4QE7 A; 2ZE5 A; 3AK2 A; 1S77 D; 3MHH C; 2FYU H; 2P4V A; 4LC1 A; 3CC7 V; 2YID A; 2F1M A; 1AI5 A; 4O4I B; 5CA0 A; 5J2T B; 4DV1 B; 4I50 B; 1OHH G; 2KKW A; 3TK1 A; 3BHP A; 4NXM O; 3FX7 A; 3UM7 A; 1CP9 A; 5KA6 A; 2UUA B; 3ZHR A; 3BCC H; 3RYH A; 2YUA A; 1MAB G; 1H2N A; 2CTQ A; 3HKD A; 5EBW C; 2ZE6 A; 2FKX A; 4KP4 A; 4RO2 A; 4DV2 O; 1U96 A; 4H44 B; 3P3P A; 4QPK A; 3ZS8 C; 1UJW B; 4B7K A; 1XL4 A; 4LWS A; 3ABU A; 4DV7 O; 1I5X A; 3ABL B; 3KCY A; 2XAQ A; 4D7S A; 4B3R B; 1BT8 A; 3L71 H; 1YJW V; 1LUV A; 2VRZ A; 5LMN O; 1SQF A; 5CA0 B; 2DJV A; 4AQY O; 4JI0 O; 1EN5 A; 2LFR A; 2DMX A; 2MW2 B; 3RYH B; 2OTJ V; 2ZIN A; 4E2L A; 3LSU A; 3H1J H; 2HVK C; 2LJ2 A; 5KLV H; 3FYI B; 1B06 A; 3ASO B; 1FAF A; 1GMG A; 4LWS B; 3UO3 A; 1AR1 B; 4B3M B; 4PA3 A; 1KP2 A; 1FXV A; 1Q6H A; 2QDO A; 2XND G; 1AJQ A; 4X20 A; 3K79 A; 3K3W A; 5KUK A; 3QO8 A; 3GWK C; 1DLB A; 3ETG A; 3RT3 C; 4DXW A; 2P67 A; 1SQB H; 3HR0 A; 5AG2 A; 5B1A B; 3ZRX A; 2ZQM A; 3JD1 A; 3UT5 B; 1GN2 A; 2KG7 A; 4X9Q A; 2IW5 A; 4P30 A; 4NXM B; 1WPX A; 2N05 A; 3CCE V; 1NTM H; 2XAS A; 3RVZ A; 5BXZ A; 3JAK B; 1E1Q G; 5KMG B; 2Y69 C; 3RVY A; 1QLE B; 1EN4 A; 3N2G A; 4DV2 B; 1VAR A; 1OCZ B; 3K59 A; 2QWO B; 4DV7 B; 1R3J C; 1NBM G; 2ZNJ A; 3B40 A; 4X20 B; 2DYR C; 3CWB H; 4ASU G; 4CC6 A; 1KB9 F; 4BAY A; 2AHZ A; 4B3S O; 3CCU V; 4P2Z A; 4U7O A; 2GV9 A; 2O57 A; 4YXW G; 5LMN B; 4FLW A; 4JI0 B; 5K1X A; 3GVM A; 3IJ4 A; 2KG7 B; 3P30 A; 4LF4 O; 4HZ3 A; 5LL6 Y; 3L9D A; 2Q6A A; 2F43 G; 3A0R A; 2LW1 A; 1XNQ O; 3ZMV A; 1H2M A; 3WFV A; 4EFB A; 1LUW A; 4PA9 A; 4LH6 A; 3SJQ C; 3S3W A; 2Y69 B; 1HWY A; 3ICX A; 3E86 A; 2Q5Z A; 1N0N A; 3EHB B; 4F6R A; 3HKC A; 3H1L H; 1SF9 A; 1YJN V; 4G2K A; 3KKY A; 2EX3 A; 4GX0 A; 1M57 C; 1PNK A; 2DYR B; 4W4K A; 1NH2 B; 3CRM A; 5IY5 B; 1YIJ V; 4I0X A; 4JYY A; 2GUZ B; 5L3C A; 1W59 A; 5BR8 O; 3B09 A; 3LUT B; 5FLX N; 1VQK V; 4YHH O; 2K9P A; 3T1C A; 3L75 H; 1Y4M A; 4PDV A; 3FB5 C; 1BS3 A; 5JJJ B; 1D2D A; 4JI3 O; 2ZXW B; 4QPJ A; 2W0X A; 2WA3 A; 4F6R B; 3HKC B; 3O9O A; 3ZHS A; 4PHZ A; 3H1H H; 2OWO A; 4LF4 B; 1P84 F; 1YF2 A; 2DOS A; 5ITZ A; 4PDR A; 5GON A; 4I0X B; 5JCO A; 4XDL A; 4JI1 B; 4CS4 A; 2QM8 A; 3T1H B; 1XNQ B; 2Q4P A; 3ZED A; 5C93 A; 4TUY A; 2PTM A; 3FD9 A; 4HNA A; 2CK3 G; 4DV6 O; 1XHZ A; 1IZ3 A; 1M57 B; 2PUS A; 4XDJ A; 1MG1 A; 2PYL A; 2BSK A; 1OV9 A; 4FIP C; 3N27 A; 2BOC C; 4G27 B; 5ITZ B; 5KHI A; 2DYS B; 1QR8 A; 4MVR A; 4NXN B; 2XAJ A; 3K06 A; 4DV5 B; 4G28 B; 3FAV A; 1BMF G; 4H37 A; 2A06 H; 3W7S A; 1MZF A; 4NR1 A; 1K9M W; 1GM7 A; 1TVK B; 4FMT A; 5CMU A; 1TGO A; 4TUY B; 1URF A; 5BR8 B; 4DYL A; 3JAR B; 4HNA B; 3ZX6 A; 3I55 V; 4YHH B; 4MS2 A; 2ZE8 A; 1K33 A; 3APQ A; 4JI3 B; 4PD4 F; 3CYO A; 3ETD A; 2JGU A; 2Q9L A; 3ABK C; 1G1X B; 1FJG O; 4E4E A; 3OE7 G; 5IWA O; 3FAV B; 1NS1 A; 2HJD A; 2F4V O; 1O9H A; 2QKS A; 5C8Y A; 4JGS A; 1X59 A; 1JFF A; 3CRQ A; 3KCX A; 5FPO A; 3SPC A; 2LO1 A; 1JX9 A; 3L73 H; 4H0L B; 2ZM6 O; 2JRI A; 1NR1 A; 4J9Y B; 4LNU A; 2IH3 C; 2N04 A; 2YDE A; 3PJS K; 3CCJ V; 2VQF O; 3ZJZ A; 1WJZ A; 3W7W A; 4YIP A; 4IGG A; 4NKG B; 4CH5 A; 4JI2 B; 4UCS A; 4RAI A; 1OCR C; 1NJI W; 4MTO A; 4X65 B; 1R3I C; 4LF6 B; 4Z2W A; 3RYF A; 4KHP O; 3ZMT A; 5F2V O; 3QO7 A; 2QGN A; 4RQF A; 3U10 A; 4ZBM A; 1S5L Z; 3AG4 C; 5C8Y B; 2DWE C; 2Q69 A; 2JJ2 G; 1GM9 A; 4I55 A; 2EIJ C; 4K0K O; 4NTW A; 1FYJ A; 5D5P A; 1PL0 A; 1NQT A; 1K3E A; 2CH7 A; 2CAZ C; 3FB8 C; 4I9W A; 3STZ C; 4B3T O; 3JAS A; 2NNU A; 3TXS A; 4PI2 A; 2M6Y A; 1AIL A; 3ABM C; 5B5E Z; 5CBG A; 1AI7 A; 3M7M X; 1M93 A; 2WLH A; 1FJG B; 2Y0P A; 5IWA B; 2CGO A; 3JCZ A; 4J42 A; 3B2E E; 3H9V A; 3T1Y B; 2F4V B; 1EBO A; 1FD9 A; 3ETQ A; 2EZP A; 5KAF Z; 3A8T A; 2XUM A; 2KB1 A; 3KZI Z; 1FFT B; 4P9O A; 3F7V C; 1M5I A; 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2DWD C; 2BOB C; 5LHG A; 2CTW A; 2RMK B; 4FZ0 A; 2B9Z A; 5CBH A; 3BA8 A; 5H9C A; 1H38 A; 1R6N A; 1IBM B; 3NR7 A; 5D5Q A; 3IC7 A; 2AGA A; 3N2K A; 4ZIB A; 4N23 A; 2YXY A; 1N32 B; 4L87 A; 4J41 A; 5K1P A; 1PKX A; 4DR5 O; 4GT1 A; 1VF6 C; 2F66 C; 2WA4 A; 2ZCE A; 3OUF A; 4MVU A; 1VP7 A; 2A0L A; 1B6Q A; 1NT2 B; 3L72 H; 1G6U A; 3E83 A; 3JD4 A; 1QLN A; 1FPO A; 1GKF A; 2DN9 A; 4IL6 Z; 4UCO A; 4U3J A; 2AXT Z; 4AIL C; 3GB7 C; 2EJR A; 4J7Z A; 2XAG A; 2VWK A; 3B77 A; 3N2K B; 1VF6 A; 4LF9 B; 4JI7 B; 3ZHU A; 1KMI Z; 4QJF B; 2UXB O; 4CZZ A; 3AG7 A; 4EB6 A; 1JCH A; 2X7R B; 5DEC A; 1VQL V; 2EIM B; 1RFY A; 1K8A W; 2WSS G; 1A32 A; 3K08 A; 3CCV V; 1DTO A; 3HKD B; 1CXZ B; 4TWK A; 5EC2 C; 3W7U A; 5CA3 A; 5LHH A; 1VQM V; 3VQY A; 3OMI B; 2W0F C; 5B1N A; 4ZHQ A; 1YVW A; 4U3J B; 1OCO C; 1NVP B; 2QWQ B; 4WFA V; 1XL6 A; 4BW5 A; 1H2S B; 4GKJ O; 2YSU B; 4I7Z B; 3OMA B; 5JH7 A; 4CBC A; 3ZCC A; 1QVF U; 3U11 A; 4X1Y A; 4HAM A; 3IC9 A; 1AP6 A; 3CS5 A; 2UU9 O; 2Y4U A; 2ZD9 A; 2IBZ H; 4DR6 O; 4FLV A; 4DR5 B; 4DV0 B; 2IJI A; 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