The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| total genus |
33
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| structure length |
87
|
| sequence length |
87
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XEQ A; 3SDL A; 1N33 O; 2FKX A; 4DR3 O; 1F7Y A; 4X64 O; 3T1H O; 1G1X B; 4NXM O; 1FJG O; 1A32 A; 1YZB A; 4GKK O; 2Z0A A; 3J81 N; 4DR2 O; 2N74 A; 2AGA A; 4DV1 O; 4JI8 O; 4JI4 O; 2F4V O; 4LF6 O; 4X62 O; 4B3M O; 4OPH A; 1AB3 A; 4DR1 O; 1XMQ O; 4JI1 O; 5FLX N; 4K0K O; 3J7A U; 2UUA O; 1FYJ A; 2UXD O; 1XNQ O; 5LMN O; 1IBL O; 4DR6 O; 4B3T O; 1IBM O; 1HNZ O; 3RT3 C; 3F5T A; 2E5L O; 3OTO O; 5A2Q N; 2DJV A; 4JI7 O; 4LF4 O; 5IT9 N; 4OPA A; 5IWA O; 4OX9 O; 1XMO O; 2UUC O; 1I94 O; 2UXC O; 4DUY O; 5H5N A; 2ZKO A; 2DOS A; 3R66 A; 4DV5 O; 2VQF O; 4DV4 O; 3T1Y O; 1XNR O; 4NXN O; 5BY1 A; 1HNW O; 1FKA O; 4KHP O; 4DR4 O; 1AIL A; 4LFC O; 4DV2 O; 2UU9 O; 4JYA O; 4JI3 O; 4AQY O; 1J5E O; 1N32 O; 3O65 A; 4DV0 O; 1KUQ A; 3M8A A; 2UXB O; 1IBK O; 1NS1 A; 2JRI A; 2HHH O; 2VQE O; 1DK1 A; 1D2D A; 1R6T A; 4YY3 O; 4DR7 O; 1R1B A; 1X59 A; 5BXZ A; 3J80 N; 5LMU O; 4DV3 O; 3JAM N; 2LW7 A; 4JI6 O; 4DV6 O; 4LF5 O; 4B3S O; 4JI2 O; 4LF9 O; 5LL6 Y; 4DUZ O; 4A5U B; 4GKJ O; 4X65 O; 2UUB O; 4LF8 O; 4LFA O; 4B3R O; 4JV5 O; 4JI5 O; 5BR8 O; 1N34 O; 1HR0 O; 4JI0 O; 4YHH O; 1N36 O; 1HNX O; 4LFB O; 4LF7 O; 4X66 O; 4DR5 O; 4DV7 O; 2ZM6 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2QWR B; 4UB6 Z; 4CZZ A; 4X64 O; 1HWY A; 4FLZ A; 2AW9 A; 4W4L A; 1FAF A; 3CCS V; 2XND G; 2LW1 A; 2Z0A A; 3J81 N; 3CS5 A; 2F23 A; 1NR1 A; 1UJW B; 2ZE8 A; 3JSL A; 1MMM A; 1H2K A; 1R3J C; 2JK5 C; 5TIS Z; 1WAZ A; 1IBL O; 3RT3 C; 2PY5 A; 3E8F A; 2BE3 A; 4KP4 A; 2CH7 B; 1Z5W A; 1E79 G; 1ZUQ A; 4X64 B; 4DK0 A; 1XMO O; 1MOF A; 4JZG A; 1ZL8 A; 3PJS K; 3HKC A; 4LH6 A; 2UUB B; 5KA5 A; 1SES A; 3CMA V; 3ICX A; 1V54 B; 2ZNJ A; 4FLW A; 1YIT V; 3FYI B; 1QLE B; 1SZX A; 5EIB C; 1IBL B; 3CB2 A; 3F5W C; 1R6T A; 1K34 A; 1P84 F; 1AP5 A; 1XMO B; 4GKK B; 2BTQ A; 2PYJ A; 2Q7E A; 1K3E A; 4LF5 O; 2ODM A; 4JI2 O; 4GX1 A; 1YVW A; 3B40 A; 3K9A A; 2KQX A; 1W59 A; 2O57 A; 3ABM C; 1OCZ B; 5IY5 B; 4B3R O; 2HR3 A; 4J41 A; 4JV5 O; 4O4J B; 3DTU B; 3K03 A; 4I4T B; 5H2F Z; 4D7S A; 1I08 A; 1BHA A; 4ZOL B; 4R50 A; 4LFB O; 2QE7 G; 3N2K A; 1OCO B; 3ZED A; 1VQP V; 1KBH A; 2Y0I A; 3ETE A; 4LP8 A; 1YZB A; 4FM1 A; 2QJ1 A; 4J11 A; 1Y74 A; 5CB4 A; 1R6K A; 4LNU B; 4JI8 O; 2Y4T A; 4X62 O; 4TV9 A; 3K9S A; 2DW4 A; 4TOI A; 2KB1 A; 4G28 B; 1BGY H; 3LSU A; 4B3R B; 3U0Z A; 5FLX N; 2YID A; 4IHJ A; 2EBO A; 4DV3 B; 1GK9 A; 1JVM A; 3VBB A; 2VS0 A; 3K58 A; 1JJ2 U; 4BW9 A; 4XDK A; 3T4D A; 5IWA O; 3OGC C; 3ZN1 A; 4B3S B; 4FZ0 A; 2Q8V A; 4LF9 B; 4GX5 A; 4F6E A; 1VF6 A; 1Q81 W; 3K3W A; 2ADQ B; 1L8D A; 2M7W A; 4X62 B; 3F7V C; 4W4K A; 4JYA O; 3K59 A; 1SRY A; 1NVP B; 2GDS A; 4FZ1 A; 2EUL A; 5KUK A; 4WFF A; 2HVJ C; 4ZHQ A; 3GWK C; 4NKG B; 5GTI Z; 1AJP A; 4HNA B; 5IDJ A; 3QO5 A; 4NTX A; 3ABT A; 1M56 C; 3RYC A; 4IT5 A; 2EIM B; 1RM1 C; 4FK5 C; 1PNM A; 1SQV H; 1NTZ H; 3ZHV A; 2JGU A; 4BIZ A; 4NTW A; 1PV0 A; 5DM6 V; 4DYL A; 2K1E A; 1NTK H; 4YXW G; 4WBN B; 2OWO A; 1YI2 V; 4JYA B; 1G6U A; 3HR0 A; 1L0N H; 3IC9 A; 3QO7 A; 4GLX A; 3ABK B; 2YUA A; 4JAA A; 4D6T H; 1V55 B; 1XHZ A; 2UUC B; 2EJR A; 3CP1 A; 2JS3 A; 2VQF B; 3UO3 A; 2AXT Z; 1N33 O; 1WLE A; 3L73 H; 2F66 C; 4DR3 O; 4I50 B; 1QQC A; 2B5U A; 2A9H A; 3L9D A; 1THZ A; 1YTF B; 3BVO A; 3FB7 C; 2AGA A; 2ZE6 A; 5EIB D; 2CDY A; 3G80 A; 1F23 A; 3SJB C; 4CC5 A; 4LCU C; 4DR1 O; 2WPD G; 5L3D A; 3J7A U; 2WA4 A; 4UV9 A; 3RYI B; 2D2C B; 1IBM O; 3CC7 V; 1VF6 C; 2DE0 X; 3B4S A; 4FIP C; 4X1I A; 5LHG A; 3SR2 C; 2DYR B; 4LWS B; 4MVO A; 4Z2W A; 3OTO O; 4R8C A; 2X7R B; 3ETQ A; 4B08 A; 1TUB A; 3RWR D; 4N21 A; 4JZ2 A; 1CEZ A; 2DOS A; 1MA1 A; 2GTS A; 3EFF K; 5ITZ B; 2QWO B; 1FPO A; 2Y69 C; 1AR5 A; 5GW7 A; 2P7T C; 3FB5 C; 4LF8 B; 3H1H H; 5JWP A; 4KXR A; 1G8M A; 3LSS A; 5IE9 A; 5LGT A; 1JMK C; 1GN6 A; 1R3K C; 3E8H A; 1SQP H; 1LUW A; 5LOV B; 1IBM B; 1VQL V; 1K92 A; 1Y66 A; 3K0D A; 3CRQ A; 5BXZ A; 4L87 A; 3WU2 Z; 2B1I A; 2HG5 C; 5KHK A; 4IL6 Z; 3IFX A; 3ABL C; 3A2F A; 5LP6 B; 1BQ0 A; 1Q6U A; 1Y6X A; 4UCV A; 5EBM C; 3ZMU A; 3D36 A; 2IJH A; 3SYC A; 2DN9 A; 1K4C C; 2HVK C; 5KX5 B; 3UKM A; 4WFB V; 2PF4 E; 4DR6 B; 4O4I B; 5DN6 G; 5IJ0 A; 4JAS A; 5HFM A; 1FFX A; 3K5L A; 1HNX O; 2AZ2 A; 4LF7 O; 4DUY B; 3JAR A; 4GYC B; 4DR5 O; 2RMK B; 4QNH B; 3SYP A; 2WLI A; 1R73 A; 4UVA A; 1IUR A; 4HAM A; 4DR4 B; 2ZE5 A; 5KUM A; 3FYE B; 1QHT A; 1H2M A; 4YJ2 A; 2CK3 G; 5L3F A; 3CME V; 2DWE C; 4QIW F; 2LFS A; 1WNS A; 2GUZ A; 2X6C A; 1EN4 A; 1IDS A; 1M9N A; 4PA9 A; 4DR5 B; 4LF4 O; 3ZMZ A; 3JAT B; 4CS3 A; 5J2T B; 4EKW A; 1Y4M A; 1Q6H A; 3A8T A; 4DUZ B; 1WPX A; 3T1Y O; 4CBC A; 1MSD A; 1W0J G; 1XIL A; 2E74 B; 3ZRX A; 1PNL A; 2UU9 O; 1J5E O; 4EB6 B; 4NR1 A; 1RP3 B; 1YIJ V; 3BAB A; 5IYB O; 3F7Y C; 2UXB O; 5J2U B; 3D36 C; 3X2Q B; 1COW G; 4YY3 O; 1NR7 A; 5CBF A; 1X59 A; 4UXN A; 2MK3 A; 4RUE A; 2YXH A; 2IU3 A; 1OZ0 A; 2EIL B; 1FXK B; 5A9G A; 3OUS A; 1YF2 A; 3WG7 C; 4I0X B; 5EBL C; 5IYC O; 1J5E B; 1BT8 A; 2JJ2 G; 1PKX A; 3ZHQ A; 3CCU V; 4O4J A; 4WFE A; 2CTR A; 2WLL B; 4I4T A; 3FX7 A; 4E4E A; 4J10 A; 2ZD9 A; 4ZOL A; 1BE3 H; 5EYP B; 3GB7 C; 5FPO A; 2ZQM A; 2HEP A; 4KHP B; 5B1B B; 5JQG B; 4DV2 B; 1BS3 A; 1O9G A; 3JCU Z; 3G71 V; 2EJ7 A; 5DED A; 1AB3 A; 2JVD A; 4LNU A; 4TQD A; 3NR7 A; 2P90 A; 1NBM G; 1UPG A; 3CJH B; 2YIA A; 3CRR A; 1EN5 A; 3CXC U; 2QWN B; 2P4V A; 2RNB A; 1H2G A; 1OCR B; 5A2Q N; 2DYS B; 1FXH A; 2HP8 A; 4H37 A; 2QDO A; 4GZR B; 1V54 C; 3JAW B; 4X20 B; 1D5N A; 2GBO A; 4DV4 O; 1QLE C; 4K8X A; 3BEH A; 1BL8 A; 1GM9 A; 1XNR O; 1AR1 B; 4J80 A; 4LFC O; 3OFN G; 3BHP A; 3JD4 A; 3DGE A; 4JGS A; 5J9P C; 2YC0 A; 4KUM A; 4G2K A; 2QM4 A; 1QR9 A; 3H1L H; 3LDD A; 4NVP A; 3I5D A; 2NNU A; 2NLJ C; 3CRA A; 4HNA A; 4N23 A; 1R6N A; 1TVK B; 3ZRS A; 1OCZ C; 1W2B U; 2VWK A; 5IY5 C; 2HJD A; 4JI4 B; 3JAS A; 3W7U A; 3E86 A; 3CXH F; 3IC7 A; 3ZRV A; 4DV6 O; 2H3O A; 3B09 A; 5B1A B; 1VAR A; 1XNQ B; 5K1P A; 4WBN A; 4WFH A; 1OCO C; 4FJC C; 2JJ1 G; 4LBE C; 4ZI7 B; 1CPY A; 1B3Q A; 3MHH C; 1N34 O; 1MG1 A; 1H8H G; 3AG7 A; 4PDL A; 4JI0 O; 4YHH O; 4WFG A; 2QWP B; 1Q82 W; 4FLU A; 3CCM V; 3UT5 B; 3D8C A; 2ZDI A; 2EIN B; 4FFK A; 2QM8 A; 4I55 B; 1YSC A; 4NXN B; 1XBL A; 3SPC A; 2A0L A; 2EZP A; 3CCJ V; 4I50 A; 2N05 A; 2RN9 A; 2FL4 A; 2E76 B; 4X1Y B; 4DRX B; 3P32 A; 1YEW A; 3KG2 A; 3ETD A; 4BAY A; 1F4N A; 2HLD G; 4Z1M G; 3C90 A; 1N34 B; 3HKB A; 4B3T O; 5EBW C; 3L74 H; 4O2A B; 3JCZ A; 1G4Y B; 5KLV H; 5L3E A; 1YJW V; 2MW2 B; 4LWS A; 2JS5 A; 1I94 O; 3RFR A; 2KG7 B; 4EFB A; 1B06 A; 2PYL A; 4PA3 A; 3APO A; 5ITZ A; 2XHB A; 2ITC C; 3KCX A; 1NH2 D; 1SKV A; 3O65 A; 1Q8I A; 2EIM C; 3JD2 A; 3LNM B; 3GVM A; 4DV0 O; 2CTQ A; 3KKY A; 4B3T B; 2JRI A; 1DK1 A; 1D2D A; 5LOV A; 4I9Q A; 1R1B A; 2H94 A; 3AG4 B; 3H1K H; 1VQ5 V; 2F95 B; 4HYO A; 5IYD O; 4K3A A; 1Y76 B; 4CH4 A; 1HP8 A; 1KEC A; 1M1K W; 1DGS A; 5CMU A; 3ABK C; 1V55 C; 5LP6 A; 3CC4 V; 1SQQ H; 3AK1 A; 1Q3E A; 4JTD B; 4BW5 A; 2ZDI C; 4FM0 A; 1WA8 B; 3H1I H; 3HKD B; 1TUE B; 1MSW D; 1FFT B; 4TT3 G; 2AHZ A; 1OHH G; 4IYH A; 3OMA B; 2OT5 A; 4D7T A; 1SET A; 1P7G A; 2FKX A; 4CH6 A; 1JCH A; 3M99 B; 1D5A A; 2W0X A; 3QG5 A; 1FJG O; 4YIP A; 5KMG A; 3O9O A; 3SJA C; 1Y67 A; 2L35 A; 3ETG A; 1QLN A; 4MVQ A; 2DYR C; 1RPR A; 1XMQ O; 1Q5O A; 2UUA O; 3OT7 A; 3OMN B; 5JCO A; 1BSM A; 2OIG A; 3RBZ A; 1SQG A; 2FTK A; 1HNZ O; 2XAS A; 3N27 A; 1Z5V A; 4I9W A; 5LYJ B; 1K4D C; 1VP7 A; 2DMX A; 1Z2G A; 4OX9 O; 4UB8 Z; 3IGA C; 3AG2 B; 3CCE V; 4LF5 B; 4UCT A; 1TAE A; 5J2T A; 4JI2 B; 1JX9 A; 5JJJ B; 3KCY A; 1ZLZ A; 1NU1 H; 3STL C; 2WA3 A; 1BCC H; 3LSQ A; 1PL4 A; 2QKS A; 2R70 A; 4JV5 B; 1AIL A; 1N32 O; 1S5J A; 2V4D A; 2WWW A; 2CE4 A; 3TXS A; 5IYZ B; 4LFB B; 1ZWI C; 4EB6 A; 1IVS A; 1NZ6 A; 5CA0 B; 1QR8 A; 4DK1 A; 3VQX A; 5LP6 C; 5B1N A; 4YJ3 A; 4RO2 A; 1EM1 A; 1WP8 A; 5J2U A; 2IM9 A; 1KP2 A; 3LDE A; 1LR1 A; 2FB5 A; 4OX9 B; 4J7Z A; 2P67 A; 5KA6 A; 2EX3 A; 3H1J H; 1VIB A; 1XRE A; 4JI8 B; 5KAF Z; 3IJ4 A; 1GKF A; 1FXK A; 5JVD B; 1I7F A; 2B9Z A; 3ZHT A; 3I55 V; 4H44 B; 4I0X A; 3UQ8 A; 2KKW A; 4GX2 A; 1K5Q A; 5IWA B; 2YDE A; 1SER A; 4TV8 A; 2IJJ A; 3SYQ A; 3L71 H; 4WCE V; 1NVP D; 1FD9 A; 3CCV V; 1IX9 A; 5JCO C; 5EYP A; 3AG3 B; 5LGN A; 2QA4 V; 4DR2 O; 3OGI B; 5L3B A; 2XAF A; 1NTM H; 1WP7 A; 3T2M A; 3QTC A; 3SPI A; 1ARO P; 1JR9 A; 1CP9 A; 1SQF A; 1S5H C; 1DTO A; 1XQ8 A; 4IIJ B; 3B8M A; 3F5T A; 4GCZ A; 1Q90 D; 3N2G B; 1TA8 A; 3VQY A; 3ZIA G; 4Q6G A; 2JDI G; 4UVC A; 1GRJ A; 1ZX3 A; 1GM7 A; 3JAW A; 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2L6L A; 4AHC A; 5LGU A; 3CYO A; 4JAV A; 1GN2 A; 1VF7 A; 3QF7 A; 1URF A; 2R72 A; 2IH3 C; 3L70 H; 4RWU A; 2B1G A; 4JI3 O; 4JI1 B; 1PNK A; 3CHX A; 1HNX B; 1S3J A; 4LF7 B; 1PD3 A; 3L72 H; 2Q68 A; 3FB6 C; 1IBK O; 1MNG A; 2HHH O; 3BRC A; 2CH7 A; 5GON B; 2UXN A; 1QNM A; 2AZ0 A; 5LMU O; 5B1A C; 3W7X A; 3N2K B; 4RQF A; 3FAV B; 5LA6 B; 3U10 A; 1Y76 A; 1FS0 G; 4H33 A; 4TSF G; 3ZJZ A; 1YXB A; 3EHB B; 1P7B A; 1Y74 B; 1CXZ B; 5CN0 A; 3BCC H; 1RFY A; 5CA1 B; 4FM2 A; 2EIN C; 1WA8 A; 3HKD A; 1WJZ A; 4JI5 O; 4LF4 B; 4IHJ B; 1IBK B; 2HHH B; 1K97 A; 1GTO A; 3K79 A; 1M57 B; 2YXY A; 4XDL A; 4X66 O; 5LMU B; 4DV7 O; 3L75 H; 1XL4 A; 3ZHR A; 3T1Y B; 1F7Y A; 4K8Z A; 4TWK A; 1T5E A; 4Q20 A; 3T1H O; 3SYA A; 4LH7 A; 1TGO A; 2UU9 B; 4H13 B; 4UFZ A; 1GAX A; 3AG1 B; 4B3M O; 4OPH A; 3OEH G; 3QO8 A; 4J7J A; 1OCC B; 4QJF B; 2UXB B; 3SPH A; 4YY3 B; 2GTA A; 2UXD O; 5E79 Z; 5H6Q A; 2N04 A; 1QVG U; 4X89 A; 1XHX A; 3HKE B; 4K35 A; 2WSS G; 4DV7 B; 2P4K A; 4FMT A; 4R6Z A; 5LYJ A; 2ARH A; 2QKC A; 4KFM A; 3E83 A; 2ZKO A; 4ZIB A; 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