The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
37
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sequence length |
92
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structure length |
92
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Chain Sequence |
VGSVAALLTVVFYIAAVMATNLYGATFPEWFGDLSKSLYTLFQVMTLESWSMGIVRPVMNVHPNAWVFFIPFIMLTTFTVLNLFIGIIVDAM
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transport protein
|
| molecule keywords |
Ion transport protein
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| publication title |
Prokaryotic NavMs channel as a structural and functional model for eukaryotic sodium channel antagonism.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Magnetococcus sp.
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| total genus |
37
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| structure length |
92
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| sequence length |
92
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-04-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2R9R B; 2W0F C; 4P9O A; 2WLL B; 3SYC A; 4MVU A; 1S5H C; 4R8C A; 3AG2 C; 3T4Z A; 4H37 A; 2DWE C; 4ZBM A; 5J9P C; 2ATK C; 2ITD C; 3E8B A; 1OCR C; 3FB5 C; 4MSW C; 1OCZ C; 4RO2 A; 3T1C A; 4PA6 A; 2K1E A; 4MVS A; 1G4Y B; 4JTC B; 5EBM C; 5IY5 C; 1BL8 A; 2ZD9 A; 3SPH A; 1XL6 A; 3ASO C; 1JVM A; 1M57 C; 4PDV A; 4DXW A; 4WFG A; 2EIN C; 3OGC C; 4CBC A; 2WLL A; 3AG1 C; 3SPG A; 4HZ3 A; 3TET A; 5EC2 C; 3K08 A; 1R3K C; 2HG5 C; 4MTF A; 4WFE A; 3R65 A; 3SPC A; 1ZWI C; 3OUF A; 3OR7 C; 2KB1 A; 4PA3 A; 5EBL C; 3K03 A; 2WLH A; 5EK0 A; 2HVJ C; 2JK5 C; 4J9Y B; 5CBF A; 2A9H A; 2WLK A; 4MS2 A; 4UUJ C; 4WFF A; 4G27 B; 4JTA B; 4RUE A; 2QKS A; 4R6Z A; 2IH3 C; 3OR6 C; 4MTG A; 4R7C A; 2YEV A; 4MVR A; 4I9W A; 4G28 B; 4GX2 A; 4MTO A; 3RBZ A; 2X6A A; 2EIM C; 3STL C; 5B3S C; 4P9P A; 4QNH B; 3ABM C; 3SPI A; 3E83 A; 2QTO A; 3AG4 C; 3F7V C; 4QE9 A; 4QE7 A; 5E1A C; 3K06 A; 4JTD B; 2A79 B; 2Q68 A; 3ABK C; 3T4D A; 1ORQ C; 5EC1 C; 4PDR A; 3EFF K; 4X88 A; 3UKM A; 3RVZ A; 2WLN A; 1J95 A; 5B1B C; 2AHZ A; 2P7T C; 4HYO A; 4H33 A; 2DYS C; 4MVZ A; 3SYA A; 3HPL C; 4EKW A; 4XDK A; 3K0G A; 4P2Z A; 4GX0 A; 1R3L C; 3PJS K; 3F7Y C; 3RVY A; 4X8A A; 1V55 C; 4XDJ A; 2A0L A; 1OCO C; 1QLE C; 4R50 A; 3E86 A; 4RUF A; 2HVK C; 3F5W C; 1K4D C; 5B1A C; 2Q6A A; 3LDC A; 4X89 A; 4XDL A; 3BEH A; 3OUS A; 1R3I C; 4TWK A; 4F4L A; 5EBW C; 2Q69 A; 4J9Z B; 3STZ C; 2X6B A; 3K0D A; 5CBH A; 2ITC C; 2OCC C; 5KUM A; 3SYO A; 2DYR C; 3SYP A; 2BOC C; 2WLM A; 4GX1 A; 4LBE C; 3JYC A; 3LDE A; 4PA9 A; 3SPJ A; 4MVQ A; 3E8F A; 3SYQ A; 3ZJZ A; 4MW3 A; 3ZRS A; 3WG7 C; 1OCC C; 3T2M A; 2X6C A; 3FB6 C; 4P30 A; 3UM7 A; 1XL4 A; 3VOU A; 2IH1 C; 2ZXW C; 1P7B A; 2Q67 A; 3LNM B; 4PDL A; 3TCU A; 2BOB C; 2NLJ C; 3LUT B; 4PA4 A; 3X2Q C; 1K4C C; 1R3J C; 4MVO A; 3ABL C; 4OXS A; 1M56 C; 1KKD A; 5CBG A; 3FB7 C; 2HFE C; 3GB7 C; 3KG2 A; 5BZB A; 3SJQ C; 3E8G A; 3K04 A; 3ASN C; 2EIL C; 2WLI A; 4KFM A; 3LDD A; 3AG3 C; 2Y69 C; 2EIJ C; 3E8H A; 3FB8 C; 3RW0 A; 4LP8 A; 2HJF C; 3E89 A; 4MW8 A; 2H8P C; 4PA7 A; 4RAI A; 2WLJ A; 4LCU C; 2EIK C; 5KUK A; 3IFX A; 1V54 C; 1LNQ A; 4WFH A; 4GX5 A; 4PDM A; 3IGA C; 4BW5 A; 4MVM A; 2DWD C; 2WLI B; 2AHY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2R70 A; 1GN4 A; 2W0F C; 5CA1 B; 5KHH A; 5JQG B; 1XMQ O; 3AK2 A; 3BA9 A; 1AR1 B; 4MVS A; 2XHB A; 5H6R A; 3OEE G; 1B06 A; 1DGS A; 3W7X A; 1AJN A; 1M57 C; 4B7K A; 5C8Y B; 4WFG A; 4PHZ A; 1VQP V; 4O4J B; 2IJH A; 1VQL V; 1N33 O; 4EEQ A; 3K03 A; 2P22 C; 3K5O A; 5LMU O; 4JI8 O; 2WA4 A; 3AG4 B; 4RWU A; 1FXV A; 4I5S A; 5CA3 A; 2Y0I A; 3D36 C; 5BY1 A; 2A9H A; 2Q5Z A; 4X1I B; 2HLD G; 2WPD G; 4IYH A; 3OR6 C; 4MTG A; 1VQ7 V; 1YJ9 V; 4L87 A; 4WCE V; 1RSO A; 3K57 A; 4IT5 A; 1SS3 A; 4JI4 B; 3F7V C; 2X7R B; 2YUA A; 3X2Q B; 1ORQ C; 4LF7 O; 3OEH G; 3TK1 A; 3JAT A; 1SZX A; 2CTQ A; 1US6 A; 2IJI A; 4MVZ A; 4JV5 O; 2UXD O; 4CH5 A; 4OPA A; 3PJS K; 4FIP C; 4O2A A; 2Z0A A; 4O4I A; 3D8C A; 3E86 A; 3QVN A; 4FLY A; 2ZE5 A; 4DW1 A; 2ARH A; 3OUS A; 3JAS A; 3ABT A; 1WB8 A; 4PJ0 Z; 4LF8 O; 1BHA A; 4UCT A; 4TV9 A; 2K9P A; 1Q8I A; 3SYP A; 3SPJ A; 1BGY H; 3ZRS A; 3SGI A; 4BIU A; 2EZP A; 4LF5 O; 1HDJ A; 3CCQ V; 2Q67 A; 3AG7 A; 3JCU Z; 4X66 B; 2ZKO A; 3MAQ A; 1HNZ O; 4K8X A; 2LFS A; 3AG3 C; 4NXN B; 3SJC C; 1YI2 V; 3MD0 A; 5L3E A; 4EFB A; 4O2B A; 1P49 A; 2BCC H; 1S5H C; 4U3J A; 2AGA A; 3Q4H B; 4UVB A; 1JQ0 A; 4YJ2 B; 5EYP B; 2ATK C; 1OCR C; 2CDY A; 1SA0 A; 3T1C A; 3CCR V; 1RPR A; 1Y4M A; 1BL8 A; 1FXH A; 4DXW A; 4CC5 A; 3ZRX A; 4IIJ A; 3TET A; 2GHY A; 1K92 A; 3R65 A; 5JQG A; 2KB1 A; 1G1X B; 1UFI A; 2LFR A; 2UXC O; 1QVF U; 2XAJ A; 4MS2 A; 4LH7 A; 5C8Y A; 1WJZ A; 1KQS U; 2FYU H; 1NH2 D; 4MTO A; 4F6R B; 3NR7 A; 4QE9 A; 5JJN B; 5CN0 A; 5E1A C; 2Z5U A; 3QNE A; 1OCO B; 2V1D A; 3WB2 A; 3CJH A; 5B1B C; 2XAH A; 1AI7 A; 1SQB H; 2ZNI A; 2QDO A; 4OGQ B; 3B2E E; 4QIW F; 4NB5 A; 4JI2 B; 5CMU A; 2F1M A; 4R50 A; 4TQF A; 4I4T B; 2HHH B; 2P5O A; 1VF6 C; 1K3E A; 3BA8 A; 4XDL A; 1K97 A; 1SET A; 1N4C A; 1OCC B; 1TGO A; 2OIE A; 1N32 B; 2DOS A; 4J9Z B; 4DO2 A; 2F93 B; 1MSD A; 1FJG O; 3CB2 A; 4LF4 O; 5LHI A; 1NS1 A; 4MW3 A; 4B3R B; 3WG7 C; 1GO3 F; 3UM7 A; 1G6U A; 4YHH O; 3LNM B; 4FLT A; 4X64 B; 1YZB A; 2FKX A; 4OXS A; 1KKD A; 5CBG A; 3GB7 C; 4WBN A; 4KFM A; 4WF9 V; 2VQF O; 2BTQ A; 1Q81 W; 1NTM H; 4L8J A; 4LF9 B; 1EZV H; 2ZDI C; 5LP6 B; 4GKJ B; 2GV9 A; 2FTK A; 2FML A; 3W7W A; 3L73 H; 5HFL A; 2R9R B; 4H37 A; 4PI2 A; 1AIL A; 1M93 A; 3FAV B; 5H5N A; 2K1E A; 1MG1 A; 2Q9L A; 4ZOL B; 2L6L A; 1Z5W A; 3LSQ A; 1Z5V A; 2NN4 A; 1KB9 F; 2JEU A; 1MA1 A; 1KC8 W; 5DM6 V; 3Q4H A; 3BY6 A; 3P3N A; 4LNU A; 3SPC A; 5IYZ A; 1BCC H; 1FS0 G; 2OWO A; 5KX5 B; 1KMI Z; 2LW7 A; 3ZHT A; 3K58 A; 1DTO A; 3C90 A; 4B08 A; 3H9V A; 2CH7 B; 3MHS C; 4TSF G; 4JI6 O; 3J81 N; 2KKW A; 2UUA O; 4AQY O; 1YF2 A; 1Q6U A; 4UFZ A; 1Q6I A; 1Q43 A; 5L3D A; 2RJZ A; 3CC4 V; 3HPL C; 1WAZ A; 2ETN A; 1S5L Z; 1PNL A; 4CH4 A; 4I55 B; 3K5L A; 4F6R A; 2A7W A; 1Y74 B; 4X8A A; 5GTH Z; 2JGU A; 1SQV H; 2HVK C; 5LA6 B; 4UB8 Z; 2PYL A; 1K7D A; 2JDI G; 4EB6 B; 1R3I C; 5TIS Z; 4HAM A; 4UCV A; 3KCX A; 1HNX B; 1W59 A; 1Q5O A; 1JCH A; 3BCC H; 4JYA O; 3RT3 C; 1YTF D; 3K0D A; 2YI9 A; 4JI3 B; 4DRX A; 3LDE A; 2ZIM A; 4PA9 A; 4K3A A; 2UU9 O; 4I4T A; 4DR2 O; 2HJD A; 2WAM A; 1HNW O; 4OX9 B; 2Q8V A; 4FPP A; 3KZI Z; 3I55 V; 3B40 A; 4PDL A; 2F43 G; 4FFB B; 5LOV B; 1NT2 B; 3RN4 A; 4JI0 B; 4J7Z A; 1BS3 A; 2A3Q A; 3LNN A; 4QPJ A; 2L35 A; 5H9C A; 1WNS A; 3W7U A; 1FYJ A; 1IBK B; 1LNQ A; 5CB4 A; 4MT8 A; 3ZS8 C; 1IBM B; 3EVK A; 3W7S A; 2ZE7 A; 1NKD A; 3IC9 A; 3JAR B; 5HFM A; 3L75 H; 4HNA B; 2HR3 A; 5LXT B; 1Y67 A; 2Y4U A; 3ZMZ A; 1H2S B; 3RYF B; 5LMN O; 4A5U B; 1PD3 A; 1F23 A; 3OT7 A; 3OUF A; 3NXS A; 2QWQ B; 1NTZ H; 1M4U A; 4ZOL A; 1QVG U; 2V7Q G; 1YJN V; 4UCO A; 5L3G A; 4JYB A; 3G6E V; 3DC5 A; 1R1B A; 2V4D A; 1IBL O; 2IM9 A; 3CME V; 2EIM C; 1PKX A; 3JD1 A; 1IDS A; 4KUM A; 3RYH B; 3AG4 C; 2XOK G; 5JJJ B; 4YY3 O; 5IWA O; 1YIT V; 4YIP A; 1BSM A; 3VQV A; 2CH7 A; 3CXH F; 4CZZ A; 5JWP A; 1LR1 A; 2RNB A; 2PY5 A; 2ZM6 O; 4NKG B; 5D5Q A; 4TV8 A; 4DK0 A; 2XAQ A; 1OZ0 A; 4LH6 A; 3DSQ A; 5LA6 A; 2Y0P A; 5BR8 O; 3AG1 B; 3G6B A; 1V54 B; 1EN6 A; 4J10 A; 3ABL C; 2EJR A; 3D3I A; 4DR4 B; 1PNK A; 2QWO B; 5LYJ B; 2E5L B; 4ZKI A; 3GVM A; 4U7O A; 2HP8 A; 4WFH A; 4J7K A; 1YHQ V; 4DR1 B; 1BMF G; 3IJ4 A; 1R6K A; 3I56 V; 3ETQ A; 2DWE C; 1E1Q G; 3FB5 C; 1Q90 D; 1XOU A; 1ZTE A; 1K34 A; 2YXH A; 4E4E A; 4C7U A; 2YIA A; 2PF4 E; 3CS5 A; 5B1A B; 2NNU A; 3F5T A; 3RYF A; 5EK0 A; 3ZX6 A; 2PUS A; 3OMN B; 4R6Z A; 2OT5 A; 2Y4T A; 4I9W A; 1NU1 H; 4DV6 B; 4FLW A; 1JR9 A; 1CPY A; 5JVD B; 5JCO C; 4QNH B; 5B66 Z; 3SPI A; 1ZSP A; 4JTD B; 2A79 B; 1XQ8 A; 5EC1 C; 1IZ3 A; 4JI7 O; 1RSO B; 4FLZ A; 2P7T C; 1B04 A; 2PGG A; 3OTO O; 4JI1 B; 2ILM A; 1VIB A; 3A8T A; 3WU2 Z; 5EZY B; 5CA0 B; 1VF7 A; 4J11 A; 3CCM V; 2GTS A; 3RYH A; 3JAT B; 5IYC O; 4FM1 A; 1GM9 A; 1OCO C; 5IJ0 B; 2GUZ A; 1NBM G; 4Q20 A; 3E22 B; 4UCR A; 2PTM A; 2B1I A; 2LQT A; 4O2A B; 4J42 A; 4O4I B; 4B3T B; 3JAK A; 3SYO A; 2JS5 A; 3JYC A; 2EIN B; 3CRA A; 1OCC C; 1S5J A; 4FLX A; 3DTU B; 4P30 A; 2QWN B; 4TV9 B; 3O65 A; 4IHJ B; 1EN5 A; 4NTY A; 2EIK B; 4B7E A; 3CCV V; 1RPO A; 1W2B U; 1IXB A; 4JI4 O; 4DYL A; 1OJH A; 1GAX A; 1XMO B; 4MVO A; 5ITZ B; 2EBO A; 5IJ9 A; 1Z2G A; 1AB3 A; 5B1O A; 2B9Z A; 4ZHQ A; 4QGP A; 3OTF A; 1XEQ A; 5H6Q A; 1AP5 A; 1FD9 A; 1KP3 A; 5K1X A; 1I08 A; 1TA8 A; 2ZT9 B; 2LGQ A; 3ZHU A; 5LP6 C; 4O2B B; 3LSS A; 1UJW B; 4GKK B; 4DR5 B; 4JTC B; 1M90 W; 1ZAU A; 2QWR B; 4U3J B; 5FLX N; 3QTC A; 2XAG A; 1FFX A; 1MZF A; 1XNR O; 1U96 A; 1KU9 A; 1XBL A; 3FX7 A; 1ZX3 A; 1THZ A; 3M8A A; 2UUB B; 2CE4 A; 2BTO A; 2HVJ C; 4X66 O; 4WFF A; 2LGW A; 2QM7 A; 2QKS A; 1SRY A; 2YEV A; 3ZHV A; 4GZR B; 3RBZ A; 2UUC B; 3P30 A; 2P67 A; 1VMG A; 2ZDI A; 1J95 A; 4DUY B; 3SYA A; 3ZMT A; 3ZED A; 4TUY A; 3T1Y B; 1KP2 A; 1MZE A; 5JVD A; 3CJH B; 1KD1 W; 5BMV A; 2DYR B; 2H3O A; 1MMM A; 2XAS A; 2Q7G A; 5CA0 A; 5EZY A; 1N0J A; 1PL4 A; 4X65 B; 4K0K O; 5IJ0 A; 1K33 A; 3E22 A; 1YXB A; 1HP8 A; 2MW2 B; 3TCU A; 1ROP A; 1H38 A; 1FKA O; 1PV0 A; 1FXK B; 4PEL A; 4UCS A; 2WLI A; 2W6J G; 4B3M B; 1JPX A; 4PD4 F; 3CRM A; 3CE2 A; 2YS8 A; 3IGA C; 4IHJ A; 4WBN B; 4JI2 O; 5EBW C; 1R6T A; 2BTQ B; 3ZHQ A; 2UXB B; 1VQ5 V; 5ITZ A; 4D7S A; 2WWW A; 1M1K W; 4RO2 A; 2VRZ A; 5EBM C; 1VQ9 V; 4UVA A; 4X1Y B; 2GTA A; 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4GCZ A; 5FPR A; 4OX9 O; 3H01 A; 3G80 A; 3CPW U; 1S0V A; 1JA8 A; 3OD4 A; 2QKC A; 4UUJ C; 5FL7 G; 4X1Y A; 3QO8 A; 2M6Y A; 4RUE A; 3I5D A; 4DK1 A; 3UT5 A; 1H2K A; 5J2U A; 1VQM V; 4JZ2 A; 2JJ2 G; 4GT1 A; 2GBO A; 4X88 A; 3ETE A; 3CCL V; 2H94 A; 2CGN A; 2EIJ B; 1D5N A; 4DR6 B; 4NXM O; 1R3L C; 4TQD A; 2BSK A; 2UXC B; 2A0L A; 1COW G; 1Q86 W; 3SR2 C; 1I0H A; 3N27 A; 3B09 A; 4JI5 O; 2R72 A; 2YID A; 2ITC C; 3ZHS A; 3A0H Z; 2YXL A; 4FMT A; 4DV2 B; 1JMK C; 1HR0 O; 4CS2 A; 4TV8 B; 1QU7 A; 3ZMV A; 1K5Q A; 1SQP H; 4TT3 G; 1XHZ A; 2RN9 A; 4J7J A; 4QPK A; 2RCV A; 3H1J H; 4I50 A; 1SER A; 1AJP A; 4J80 A; 2A06 H; 2O57 A; 3CRC A; 2EIK C; 4DR3 O; 3IFX A; 1KYO F; 2P4V A; 3G4S V; 1GKF A; 3SYC A; 4LF4 B; 1KKC A; 1NR1 A; 4ZBM A; 4JPR A; 4H0L B; 4YHH B; 1GM7 A; 1URF A; 1AVM A; 3SPH A; 1HW7 A; 1I94 O; 1QLN A; 4HZ3 A; 3K08 A; 5KHI A; 1TUE B; 2F4V B; 1ZWI C; 4JAV A; 1XUQ A; 2EZO A; 2WLH A; 3U0Z A; 1I7F A; 2OYQ A; 3H1L H; 4JTA B; 4MVR A; 4JZG A; 2E5L O; 4Z1V A; 3RYC A; 1WLE A; 1FFT B; 4FZ1 A; 2N04 A; 4UXN A; 1P7G A; 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