The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
34
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| total genus |
34
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI6 O; 3T1Y O; 1XMO O; 3RT3 C; 4B3M O; 1J5E O; 4B3S O; 4LFA O; 3JAM N; 4DV1 O; 5IT9 N; 4DUZ O; 1FKA O; 4DV3 O; 1HNZ O; 4DV0 O; 1R6T A; 4DV2 O; 3F5T A; 4NXM O; 1HNX O; 2JRI A; 1G1X B; 2F4V O; 4LF8 O; 1HR0 O; 4LF7 O; 1FYJ A; 1XMQ O; 5BY1 A; 1DK1 A; 3R66 A; 4LF5 O; 2DJV A; 1IBK O; 4DR4 O; 4B3T O; 4LF4 O; 4AQY O; 1A32 A; 4DV7 O; 4JI3 O; 4KHP O; 5IWA O; 1D2D A; 5BXZ A; 5FLX N; 4DR2 O; 3T1H O; 2VQE O; 5LMN O; 5LMU O; 1X59 A; 2UUA O; 2HHH O; 1YZB A; 4JI0 O; 2UXB O; 1N33 O; 4OPH A; 4B3R O; 4NXN O; 2FKX A; 2VQF O; 3SDL A; 4LF6 O; 2UXD O; 4GKK O; 2UXC O; 1FJG O; 3M8A A; 5H5N A; 1N32 O; 2UU9 O; 1R1B A; 4DR7 O; 1IBL O; 2E5L O; 1I94 O; 1IBM O; 5A2Q N; 4JI4 O; 5BR8 O; 2UUC O; 4LFC O; 1N36 O; 4JI1 O; 3J80 N; 2ZKO A; 4DR1 O; 2ZM6 O; 1AIL A; 1KUQ A; 4DV5 O; 4JI8 O; 4LF9 O; 4X64 O; 1XNR O; 1XEQ A; 4DR6 O; 4JI7 O; 4OX9 O; 1AB3 A; 3J7A U; 4JI5 O; 1N34 O; 4DR5 O; 4X66 O; 4JI2 O; 4X65 O; 3O65 A; 2AGA A; 4DV6 O; 2LW7 A; 4DV4 O; 4JYA O; 3OTO O; 5LL6 Y; 1HNW O; 4K0K O; 4OPA A; 4DUY O; 4YY3 O; 2Z0A A; 4DR3 O; 4X62 O; 4GKJ O; 2UUB O; 2N74 A; 4JV5 O; 2DOS A; 4LFB O; 1NS1 A; 1F7Y A; 4A5U B; 1XNQ O; 3J81 N; 4YHH O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3TXQ A; 1ZLZ A; 2QWN B; 1IXB A; 1E79 G; 3M99 B; 1QLE C; 4EB6 B; 3CRR A; 3G6E V; 1MNG A; 3ML0 A; 4O4I B; 3X2Q C; 1GTO A; 3PN1 A; 3ZHU A; 3BY6 A; 2CGN A; 2QM4 A; 3HR0 A; 5EIB C; 4C7U A; 3K5M A; 1NH2 B; 3RW0 A; 5JWP A; 4FM0 A; 4F6R A; 4LF5 O; 4MS2 A; 1PL4 A; 1AI4 A; 2IJI A; 2LW1 A; 1JJO A; 4JAS A; 2DWE C; 4FLU A; 3P30 A; 1SRY A; 4RUF A; 3RYF A; 4DV4 B; 3FB6 C; 1XL6 A; 3OTO B; 2Z3Y A; 1GO3 F; 1L0L H; 4O2B B; 3NXS A; 3IAY A; 4ZI7 A; 5LGN A; 2CUG A; 3AK2 A; 4OX9 B; 3SYP A; 2EBO A; 3CCV V; 4TV8 B; 1SQG A; 1FFX B; 1BGY H; 5EK0 A; 1V55 B; 3G6B A; 1HNZ B; 2X6C A; 4H44 B; 2CK3 G; 2P06 A; 4PI2 A; 3OEE G; 1DF5 A; 3HKE A; 5D5P A; 4H13 B; 3J7A U; 2RN9 A; 1SQB H; 4KFM A; 2KQX A; 5EBL C; 1FXH A; 2JGD A; 4PDM A; 1G4Y B; 3S3X A; 2L35 A; 1J95 A; 4JTA B; 4IYH A; 5EBW C; 3MAQ A; 1PP9 H; 3VQV A; 2OTJ V; 2UXB B; 4F4L A; 1R3J C; 4QIW F; 4YHH O; 2EZP A; 2VS0 A; 5H6R A; 3FB5 C; 1ORQ C; 2P90 A; 1FXK B; 1P49 A; 1O9H A; 3A0B Z; 5J2T A; 2ZD9 A; 5FNV A; 1G1X B; 4YIP A; 2PZS A; 4XDJ A; 3T1C A; 3ZX6 A; 5E79 Z; 1DK1 A; 1TVK B; 3CC2 V; 3JD0 A; 2P22 C; 5DEC A; 3ZMS A; 3PJS K; 2EX3 A; 3JD4 A; 4K8Z A; 1FD9 A; 4FFB B; 1V55 C; 1YIJ V; 2LQT A; 5BXZ A; 2N04 A; 1PM9 A; 3B2E E; 3SYA A; 1CPY A; 1FPO A; 3STZ C; 1YZB A; 2LP7 A; 3JAS B; 4HAM A; 1VQ4 V; 1BHA A; 4NXN O; 4LF6 O; 1M90 W; 3OD4 A; 2X0L A; 2QWO B; 4YJ3 B; 3OGI B; 1I08 A; 3SJA C; 1R1B A; 2UU9 O; 3OW2 U; 2DQ0 A; 1IBM O; 4LCU C; 2Q5Z A; 5CA1 A; 2QTO A; 1VQ7 V; 4FLT A; 3ETG A; 1Q3E A; 1FFT B; 2L6L A; 5LHH A; 2ZM6 O; 4QJF B; 2RCV A; 2QR4 A; 2XAJ A; 4JAU A; 1MMM A; 2BSK B; 2KSD A; 2EIL B; 4FLX A; 4JGS A; 1FXK C; 3DC6 A; 3ICX A; 5KX5 A; 1ARO P; 1Y76 B; 3P32 A; 4FLZ A; 4LF8 B; 3CXC U; 3R65 A; 1NVP D; 5LA6 B; 2JIZ G; 1WPX A; 5AG2 A; 3I56 V; 1NBM G; 1VQ8 V; 3JCZ A; 4YHH B; 3D8C A; 2X6A A; 1ZTE A; 5EZY A; 1SS3 A; 3B77 A; 4J9Y B; 5DM6 V; 2R9I A; 1SET A; 1Q81 W; 4KUM A; 2N74 A; 4XBF A; 3E8F A; 2XOK G; 2JJ2 G; 1QCE A; 3OM3 B; 4LFA O; 2HVJ C; 1OV9 A; 1AI6 A; 4O4J A; 1SKV A; 4GCZ A; 1IBL B; 4FK5 C; 2JDI G; 4JI4 B; 1BQZ A; 1YJ9 V; 3BRC A; 4DV0 O; 3MHS C; 2OWO A; 4GX2 A; 2XAQ A; 3K06 A; 5LP6 C; 2HEP A; 4X88 A; 2A79 B; 3IC9 A; 5GON A; 4I55 B; 4NXN B; 3BAB A; 4LF6 B; 3UO2 A; 1H2L A; 2HFE C; 3N2K B; 3CCL V; 4MT8 A; 3LSU A; 4MW8 A; 4JI7 B; 2XAS A; 4KP4 A; 2EIL C; 4LNU B; 2ADQ B; 5LMU O; 4JTC B; 2UUA O; 2OCC B; 2IJJ A; 4N23 A; 3BVO A; 4L8J A; 5LBQ A; 3C3T A; 5B3S B; 2D2C B; 2DYS B; 2WLI B; 3SGI A; 1I94 O; 1NT2 B; 1OCO B; 5BR8 O; 2YUA A; 2Y4T A; 5HFM A; 4JI6 B; 2Q7G A; 1H2K A; 1YTF D; 2PTM A; 3F7Y C; 5JQG A; 4BIO A; 2QWR B; 2EIM B; 5B1A B; 1Z5V A; 1D5N A; 5CBH A; 4ZKI A; 1Z2G A; 1M4U A; 4PDR A; 4EB6 A; 2ZDI C; 3AG3 C; 4O4I A; 4RQF A; 3SPH A; 4DV7 B; 2QM7 A; 1GMG A; 4CS4 A; 4OPA A; 3E8B A; 2YI8 A; 4TQD A; 4DV0 B; 4PDL A; 1FAF A; 2M7W A; 4WFF A; 2LFR A; 4FVM A; 2VQF B; 5LYJ A; 2ITD C; 5JCO A; 4UVB A; 2QA4 V; 4JZ2 A; 2Q7H A; 3CCE V; 2Z5U A; 4TOI A; 2DQ3 A; 1HWY A; 2DYS C; 5FL7 G; 1R6T A; 1ZX3 A; 3UQ8 A; 5KHH A; 2HVK C; 2LJ2 A; 3D3Q A; 4O2B A; 1CP9 A; 1OCO C; 1FYJ A; 3CX5 F; 5L3E A; 1GN6 A; 2UUA B; 2HG5 C; 2LGQ A; 3B4S A; 4UCU A; 4PI0 A; 4PA4 A; 1COW G; 4B3T O; 2YS8 A; 5ITZ B; 2QGN A; 2YID A; 2ZR3 A; 3IGA C; 1IVS A; 2CGO A; 2GTA A; 4WBN B; 4TV8 A; 1FFX A; 1VEW A; 2EIM C; 5B1A C; 1I94 B; 3AG7 A; 4LC1 A; 5E1A C; 5J2U B; 1P84 F; 5IYB O; 2PUS A; 3BEH A; 5BR8 B; 5KLV H; 4FM2 A; 2H3O A; 4UFZ A; 3ZJZ A; 2EIJ B; 5CA0 B; 2KG7 A; 2DWD C; 4YY3 B; 4WFG A; 4X62 B; 2QSA A; 2F23 A; 4IIJ B; 3CCM V; 2BE3 A; 2UUC O; 2WWW A; 1BMF G; 4JI1 O; 4DR1 O; 3AK1 A; 4UCR A; 5CB4 A; 4DV5 O; 4MW3 A; 4ASU G; 4P9O A; 3SYO A; 4FIP C; 1S77 D; 1NTZ H; 3SJQ C; 1XNR O; 4X1K B; 1H8H G; 1FXK A; 4XDK A; 2WA4 A; 1N34 O; 5LHG A; 4X66 O; 4F6E A; 3L75 H; 4JYA O; 4DV6 O; 1W0J G; 2LW7 A; 1HNW O; 5IWA B; 3ZBH A; 4UB8 Z; 1TVK A; 2XAG A; 2Z0A A; 2VWK A; 1SQF A; 5KHK A; 1WAZ A; 1CXZ B; 1Y4M A; 1EM1 A; 1F7Y A; 1H8E G; 4A5U B; 4J41 A; 4FFB A; 4MVU A; 5JVD B; 1LUW A; 3JSN A; 3OFN G; 3RT3 C; 2ODM A; 2E76 B; 1T5E A; 5KHI A; 2ZKO A; 5TIS Z; 2EIJ C; 3JAM N; 4W4L A; 4RO2 A; 3JAS A; 4TUY B; 1BZK A; 4MVR A; 1BCC H; 4YJ3 A; 1YJW V; 3CRM A; 1R3L C; 3CXH F; 3B09 A; 2DW4 A; 2IU0 A; 2GBO A; 3AK3 A; 4JI8 B; 3CCS V; 4GT1 A; 4D7S A; 2HR3 A; 1URF A; 2P4V A; 4DR6 B; 2R70 A; 1JMK C; 3ZMT A; 3O9O A; 4DR2 O; 2YXH A; 2BSK A; 2LGW A; 4JYC A; 1AI7 A; 3I5D A; 2GTS A; 3BPZ A; 2WLH A; 1BQ0 A; 5IJ0 B; 1Y76 A; 4P2Z A; 4DR1 B; 3RFR A; 3MDS A; 1XIL A; 2H8P C; 2QKS A; 3STL C; 5C93 A; 1N4C A; 4X9Q A; 4DV5 B; 1H2G A; 2ZXW C; 2AHZ A; 3H01 A; 3A2F A; 1UFI A; 1WN7 A; 2YXY A; 1VQK V; 1IDS A; 3K5N A; 1PD3 A; 2X7R B; 2YXL A; 1N34 B; 4X66 B; 1QR8 A; 1LUV A; 3L74 H; 4R7C A; 4CZZ A; 4JYA B; 3W7X A; 3AG1 B; 1HNW B; 1QLE B; 3X2Q B; 4DK1 A; 1V54 C; 1FXV A; 5K1X A; 4L87 A; 1VQN V; 3ASN B; 4DV4 O; 1K92 A; 3OTO O; 5IJ9 B; 4JTD B; 2CTP A; 4JF3 A; 1E1R G; 4K8X A; 2CE4 A; 4UVA A; 2B1I A; 3P3P A; 2ZIN A; 2IJK A; 2JEU A; 4I55 A; 1WA8 B; 2FB5 A; 4NTY A; 1OCZ C; 5LGT A; 3LNN A; 2IW5 A; 5L3F A; 4NTX A; 3L71 H; 1EBO A; 4U3J A; 4LFC B; 4B7K A; 1HNZ O; 1RPO A; 4NR1 A; 3C90 A; 3ZIA G; 4AIL C; 2WLI A; 2WSS G; 3AEI A; 4XDL A; 1NZ6 A; 2K1E A; 1KEC A; 3E8H A; 4TV9 A; 3CMA V; 1VF5 B; 2PI5 A; 3JAR B; 3HPL C; 1K3E A; 4TQF A; 3AG1 C; 2IU3 A; 2W0F C; 4UUJ C; 1MA1 A; 3ZRX A; 5L3B A; 5EYP B; 5JH7 B; 2UXB O; 4GYC B; 1W0K G; 4DUY B; 3RYI B; 1SA0 A; 3ASN C; 4JAV A; 4H37 A; 1DF4 A; 1B6Q A; 2Y48 A; 3CRC A; 3QO8 A; 4I0X B; 3EHB B; 3K04 A; 1ZL8 B; 1JOY A; 3TK1 A; 3UCS C; 2EJR A; 4G2K A; 5EC1 C; 1THZ A; 3JD2 A; 3E89 A; 1OCC B; 1XDC A; 4G28 B; 2F4V B; 3L70 H; 1TAE A; 1XEQ A; 1Q43 A; 3ZED A; 4JI2 O; 1BHB A; 4I9Q A; 4AQY B; 1PL0 A; 3GWO A; 2XAF A; 3LSS A; 1NTM H; 1Y6X A; 1VMG A; 1ZUQ A; 4I7Z B; 1PKX A; 1YEW A; 5JJE B; 3CCR V; 4R6Z A; 4X20 B; 1VQ5 V; 3TXS A; 2ITC C; 4FLY A; 1TA8 A; 5B66 Z; 2YC0 A; 2BTO A; 1M5I A; 1R6N A; 3KKY A; 4PDV A; 3ZHT A; 3BAA A; 3FKS G; 3K9S A; 2V1D A; 5J2U A; 2DMX A; 4UCT A; 1BT8 A; 4X8A A; 1FKA O; 1KC8 W; 1R3K C; 1PNM A; 1Q5O A; 1K73 W; 5CA0 A; 2LFS A; 4EKW A; 4G27 B; 3H1J H; 3CJH B; 1HW7 A; 2Q0A A; 4LF8 O; 4LF7 O; 2UXX A; 3OUF A; 3SYC A; 4IIJ A; 4QNH B; 3JAK B; 5C8Y B; 2EJ7 A; 2JEX A; 4E4E A; 1BE3 H; 1A32 A; 2GV9 A; 1KBH A; 4LH7 A; 1P7B A; 1OCC C; 4KXR A; 4EFB A; 1AR5 A; 3K08 A; 1XUQ A; 2NLJ C; 4BAY A; 1US6 A; 2QWP B; 4LWS B; 4X65 B; 2RJZ A; 3JYC A; 2WLL B; 4JAA A; 4DW0 A; 3DTU B; 3BFR A; 2FKX A; 1B3Q A; 4X1K A; 1P7G A; 4DR3 B; 3BA8 A; 3JAT B; 1IBL O; 3ZHR A; 1ENV A; 4JI4 O; 3IFX A; 3KG2 A; 1V9P A; 2F95 B; 5GW7 A; 4WFA V; 3J80 N; 4P9P A; 1NVP B; 3QF7 A; 1Q90 D; 4R50 A; 1QQC A; 1LR1 A; 1BSM A; 2VRZ A; 4CS2 A; 1J5E B; 1JQ0 A; 3AG4 B; 4JI2 B; 1MZF A; 5FPO A; 4ZHQ B; 4PA6 A; 3ZCC A; 5GTI Z; 1GK9 A; 5JVD A; 2ZE8 A; 4QE9 A; 1HDJ A; 1QVF U; 1K33 A; 1Z5W A; 1ZWI C; 4JI7 O; 1VF7 A; 5LP6 B; 1VF6 A; 4H0L B; 1XOU A; 1ROP A; 4TUY A; 1IBK B; 2XHB A; 5LXT B; 2A0L A; 4UVC A; 1SQQ H; 1ZAU A; 1I0H A; 3L9D A; 1PV0 A; 2ATK C; 1AP5 A; 1BS3 A; 1M57 B; 3FX7 A; 3EVK A; 1F51 A; 1Q8I A; 2UXC B; 1RFY A; 1WJZ A; 4P30 A; 4LF7 B; 4JI6 O; 1B04 A; 4D6T H; 4DR7 B; 2B9Z A; 2ZNI A; 1Y67 A; 3L73 H; 1I7F A; 3AG2 B; 3IJ4 A; 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1SES A; 3ASO B; 4K35 A; 5IY5 B; 1NQT A; 2KKW A; 1KQS U; 5EYP A; 2WPD G; 1PNK A; 2EIN B; 3W7S A; 1RPR A; 1YIT V; 3LNM B; 4U7N A; 1AVM A; 3BCC H; 3N27 A; 4FZ1 A; 4LR3 A; 4J9Z B; 2Q67 A; 1S3J A; 5IDJ A; 2WLN A; 1Q82 W; 2YDE A; 3DGE A; 3E22 B; 4I0X A; 3CC7 V; 5KUK A; 1ZL8 A; 5KUM A; 2QJ1 A; 1Y66 A; 4J7Z A; 5IWA O; 4OXS A; 5CBG A; 2EIK C; 3UT5 B; 3T1H O; 4EFE A; 1GM7 A; 2GUZ B; 1NI8 A; 3K0G A; 3FYI B; 4U3F H; 1N33 O; 3SDL A; 3CD6 V; 3CME V; 4X1I B; 5H5N A; 5GTH Z; 2Y69 C; 5B5E Z; 1M93 A; 1XMO B; 4J80 A; 3LDC A; 1TGO A; 3DXR B; 4X20 A; 3G80 A; 3WU2 Z; 4JI8 O; 3DSQ A; 5D5Q A; 5IY5 C; 3ASO C; 2Y0I A; 1AJQ A; 3CWB H; 1XI1 A; 1PNL A; 2EIN C; 1KMI Z; 4DR6 O; 3P3N A; 3F7V C; 1RSO B; 3ABL B; 4DXW A; 4MVO A; 3T1Y B; 4JI3 B; 4WFH A; 3CJH A; 1K8A W; 1VAR A; 2BOC C; 2JGD B; 1KKD A; 3OR7 C; 5C8Y A; 2VQE B; 4R8C A; 4PEL A; 2GHY A; 2JS5 A; 3FB7 C; 1K4C C; 3J81 N; 3ETD A; 3U10 A; 2IM9 A; 4LWS A; 1VQM V; 1K9M W; 2WLL A; 4LP8 A; 2ZXW B; 3SJC C; 4BR6 A; 3OTF A; 2N05 A; 3BA9 A; 5J9P C; 1HNX O; 3T1H B; 3S3W A; 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