The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
The central role of protein S12 in organizing the structure of the decoding site of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
33
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| structure length |
87
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| sequence length |
87
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3T1H O; 3RT3 C; 1J5E O; 1XMO O; 1A32 A; 2ZKO A; 2VQF O; 1NS1 A; 3F5T A; 4JI2 O; 3SDL A; 3JAM N; 1AB3 A; 4X64 O; 4OPH A; 4LF8 O; 4JV5 O; 4DV5 O; 4LF7 O; 4LF9 O; 1XNQ O; 4DR6 O; 4LFB O; 4A5U B; 5BXZ A; 4LF6 O; 1IBM O; 4JI7 O; 4DV0 O; 4GKK O; 2DOS A; 4JI6 O; 4JI1 O; 2DJV A; 1N33 O; 4JI3 O; 4NXM O; 1FKA O; 1HNX O; 4DV6 O; 1I94 O; 4OX9 O; 4DR3 O; 5LL6 Y; 2UUC O; 4DR7 O; 1HNZ O; 4DUZ O; 4OPA A; 4DR1 O; 1HNW O; 4B3T O; 3J81 N; 2LW7 A; 1IBL O; 4DR2 O; 4AQY O; 5LMN O; 3R66 A; 1XMQ O; 4LFA O; 1DK1 A; 1XEQ A; 2Z0A A; 4DUY O; 4GKJ O; 1XNR O; 1HR0 O; 1AIL A; 4YHH O; 1KUQ A; 1R6T A; 2E5L O; 5A2Q N; 1N36 O; 3J80 N; 4JI4 O; 4DV1 O; 2N74 A; 1N34 O; 4JI8 O; 5BY1 A; 5LMU O; 4JI5 O; 2UUA O; 1FJG O; 4DV7 O; 4JYA O; 1IBK O; 2F4V O; 1YZB A; 1D2D A; 4LF5 O; 2UU9 O; 4JI0 O; 2JRI A; 1X59 A; 2VQE O; 4B3S O; 4X62 O; 5BR8 O; 4X65 O; 4B3R O; 1F7Y A; 5H5N A; 4DV4 O; 4K0K O; 2UXB O; 5IT9 N; 3O65 A; 3M8A A; 2ZM6 O; 1R1B A; 2AGA A; 2UXD O; 5FLX N; 1FYJ A; 4NXN O; 4DR5 O; 2UXC O; 2HHH O; 4KHP O; 3J7A U; 1G1X B; 5IWA O; 3T1Y O; 4YY3 O; 4B3M O; 4DR4 O; 2UUB O; 4LF4 O; 4DV3 O; 1N32 O; 4LFC O; 4DV2 O; 4X66 O; 2FKX A; 3OTO O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4O2A B; 5CBH A; 2OYQ A; 4FM2 A; 3K0D A; 3A0H Z; 2ZKO A; 3RYI B; 2YUA A; 4X65 B; 1URF A; 4I9W A; 2PGG A; 1GK9 A; 4FLZ A; 4LF7 O; 4LF9 O; 1QCE A; 4H37 A; 3H1L H; 2EX3 A; 4GYC B; 4NTY A; 4QPJ A; 2Q9L A; 5JJN B; 5EBW C; 2W6I G; 3GB7 C; 2ZR3 A; 3AG3 C; 3SYP A; 2F1M A; 3IC9 A; 1QVF U; 2EIL C; 5CB4 A; 3ABU A; 2QWP B; 5CBF A; 1O9G A; 3SR2 C; 1HNZ O; 3T1H B; 4JAS A; 3X2Q B; 1JFF B; 4MVO A; 4DK1 A; 2L6L A; 1BQ0 A; 4FFB A; 2N04 A; 5LHI A; 4CH4 A; 1BL8 A; 1PD3 A; 3CS5 A; 5KAF Z; 1Q6U A; 1Y67 A; 3MDS A; 5JVD A; 5IY5 B; 5A2Q N; 2ZT9 B; 4UFZ A; 4F4L A; 4DV1 O; 2IBZ H; 5LP6 C; 5KMG B; 1AP6 A; 3HR0 A; 3FD9 A; 2HVJ C; 3E8G A; 3SGI A; 5FNV A; 2A0L A; 4UB6 Z; 4HAM A; 2LFR A; 4E2L A; 4O2A A; 3A0B Z; 3M7M X; 4PEL A; 1VQ8 V; 1RPR A; 4LWS B; 3RYI A; 2P4K A; 5GTI Z; 4FJC C; 3CC2 V; 3K79 A; 4GT1 A; 3U0Z A; 1ZTE A; 2L35 A; 5LGN A; 2DN9 A; 2CTQ A; 3AK1 A; 2B1G A; 1B06 A; 5LBQ A; 1K97 A; 1SQX H; 2W0F C; 1IDS A; 1VF5 B; 1Q8I A; 3SPJ A; 1BQZ A; 1WA8 B; 2YSU B; 1SER A; 3B8N A; 2HVK C; 2DMX A; 4X89 A; 1AJQ A; 1JFF A; 1V54 C; 5B1B B; 4B3S B; 1K7D A; 5LHG A; 4JPR A; 3A0R A; 3CHX A; 4R6Z A; 1IZ3 A; 1KMI Z; 4LFB O; 2LJ2 A; 2RDC A; 4W4L A; 4DXW A; 3EXA A; 5KMG A; 1F4N A; 3KZI Z; 3K3W A; 4IL6 Z; 2DQ3 A; 3EVK A; 4LC1 A; 4HZ3 A; 1AR1 B; 1Q3E A; 5D5P A; 2WPD G; 4FMT A; 4LWS A; 3QO5 A; 4XDL A; 1SKV A; 3BAB A; 2Q8V A; 2QKA A; 3R66 A; 4HNA B; 1MAB G; 1XEQ A; 3BY6 A; 3B40 A; 4JZG A; 4LF7 B; 3CE2 A; 1DF4 A; 2WLJ A; 4KP4 A; 1EZV H; 1R6T A; 3LDE A; 1Q6I A; 2RN9 A; 3A8T A; 1S72 V; 4JI8 O; 2ADQ B; 2FTK A; 1WA8 A; 2FL4 A; 4X66 B; 1GTO A; 4ZOL A; 4DW1 A; 2Q67 A; 1GN4 A; 3LUT B; 1XMO B; 5CA1 A; 3KCY A; 1HNZ B; 4O4J B; 3E22 B; 5CMU A; 1N4C A; 3LNN A; 2AZ2 A; 1E1Q G; 5LOV B; 2UXB O; 4YIP A; 3B8M A; 1SQG A; 1ARO P; 1G4Y B; 1XL4 A; 1WNS A; 4DR5 O; 2UXC O; 5IJ0 A; 4DV6 B; 4DV1 B; 4P2Z A; 2PF4 E; 4DR4 O; 3SYO A; 2EIM C; 2Y69 C; 4NKG B; 1N0N A; 3FAV A; 3IJ4 A; 4HNA A; 3UM7 A; 4O4H B; 3W7W A; 1J5E O; 2CK3 G; 4ABM A; 5B66 Z; 2ZE7 A; 4FZ1 A; 4JAU A; 2A06 H; 2AW9 A; 4FLX A; 3JD1 A; 1VMG A; 1N0J A; 4PV1 B; 1H2L A; 3CCU V; 4JYA B; 4FLV A; 4JI1 O; 4MVU A; 2WWW A; 3GWK C; 3ZMV A; 1X4T A; 2EBO A; 4O4J A; 3E22 A; 3FYI B; 4FPP A; 4DR1 O; 3RVY A; 1IBL O; 5LOV A; 1B6Q A; 3F5W C; 1DTO A; 2K1E A; 1IXM A; 1LUW A; 3OD4 A; 1NTZ H; 1KUQ A; 5JH7 B; 5IYB O; 4UVB A; 1CXZ B; 3TXQ A; 3SPC A; 2XHB A; 2ILM A; 3MHH C; 4DV7 O; 2CDY A; 4J9Z B; 1S5L Z; 2VRZ A; 1OCR C; 4O4H A; 3SJQ C; 4X20 A; 4DYL A; 1KEC A; 1BHB A; 1X59 A; 1FXK B; 3OMI B; 3JAT A; 1JOY A; 1K5Q A; 2GV9 A; 1PKX A; 2KG7 B; 3O65 A; 3HKD B; 2OT5 A; 3CWB H; 4DV0 B; 3RYC B; 4AIL C; 1GAX A; 2Y0P A; 1BCC H; 3H1K H; 3J7A U; 3QO8 A; 1PP9 H; 2XAQ A; 2W0X A; 2UUB O; 2QGN A; 4O4I B; 4GX1 A; 2O57 A; 3BFR A; 4U3J B; 3STL C; 2IH1 C; 3D8C A; 1SQF A; 2VQF O; 4K35 A; 1NS1 A; 2XAF A; 4FIP C; 1Y76 A; 3AG7 A; 4OPH A; 1JPX A; 2LGW A; 2UXB B; 1JVM A; 2KB1 A; 5JH7 A; 1YTF D; 4LBE C; 1AI7 A; 5IYZ B; 3ZHQ A; 4GLX A; 1BHA A; 1YJN V; 2R72 A; 1MSW D; 4W4K A; 4ZKI A; 3QF7 A; 1NVP D; 3MD0 A; 3ABT A; 3P3P A; 3APO A; 1Q5O A; 1FXK A; 2NN4 A; 1J5E B; 4HYO A; 4ZBM A; 4DR2 O; 5FPO A; 3JD4 A; 5IDJ A; 3HKD A; 4I0X B; 3K03 A; 3WB1 A; 5KHG A; 1KKC A; 1QR9 A; 1OCR B; 1XBL A; 1JJ2 U; 3RYC A; 4MVS A; 4QE7 A; 2YDE A; 4CS3 A; 4TQF A; 4RUF A; 2Q68 A; 1AIL A; 5B1A B; 1I7F A; 3DC6 A; 2N74 A; 5L3F A; 1ORQ C; 4JI5 O; 4K8X A; 1FXH A; 1B3Q A; 1WPX A; 2WA3 A; 4XDK A; 3KCX A; 4U3J A; 1D2D A; 2QEX V; 5KAI Z; 2XTA A; 2JJ1 G; 1L0N H; 1P4R A; 3G4S V; 3JAL B; 4DR1 B; 3AG2 C; 1PPJ H; 4H33 A; 1IBL B; 1E1R G; 1H2N A; 3ZN0 A; 1NI8 A; 4TWK A; 5KUM A; 4JAV A; 2Q5Z A; 3BEH A; 4I4T A; 3ABL C; 4FK5 C; 1CP9 A; 3TGU H; 4QGP A; 3K9S A; 4JI7 B; 1I08 A; 3RBZ A; 3AG4 B; 3OFN G; 4DK0 A; 2HHH O; 2IH3 C; 3K5O A; 1VF7 A; 2P67 A; 2YID A; 2P5O A; 4DV7 B; 2EUL A; 1VQ6 V; 3K59 A; 2JGD B; 4J11 A; 1IXB A; 5GON B; 2XAJ A; 2Q6A A; 4X1I A; 4MSW C; 4I0X A; 2EJR A; 3UCS C; 2K9P A; 1PNK A; 2NR5 A; 3ABM B; 3JAS A; 2BTQ B; 1R3L C; 3K08 A; 3KKY A; 3T2M A; 4BW9 A; 1FJG B; 4EEQ A; 1HWY A; 2ETN A; 2DOS A; 4JI6 O; 4IYI A; 3QNE A; 4Z1M G; 2PUS A; 3UT5 A; 1HDJ A; 1N33 O; 4IGG A; 2UU9 B; 1QHT A; 3TJT A; 2UUB B; 3BCC H; 2ZR2 A; 3JAL A; 5LL6 Y; 4NB5 A; 4TV8 B; 3DC5 A; 4OPA A; 3ZMZ A; 3FKS G; 4QNH B; 3OW2 U; 3ZRS A; 1MSD A; 1VQL V; 2ZE5 A; 1VQ4 V; 1L8D A; 1Y4M A; 2CUG A; 1M57 B; 3BHP A; 4WBN B; 1WPB A; 1W0J G; 3OMN B; 4J42 A; 2UUA O; 4P9O A; 2Y4U A; 3LNM B; 1EN6 A; 2RCV A; 2JGD A; 5GON A; 3CC7 V; 4E4E A; 1XL6 A; 2CAZ C; 1GM7 A; 3K57 A; 5EIB C; 4DV5 B; 1OV9 A; 4PI0 A; 4DR2 B; 5CA3 A; 4B3R O; 3G67 A; 2M6Y A; 3H1H H; 1VQ9 V; 3M8A A; 4H0L B; 1DGS A; 3ETE A; 1W2B U; 3D3I A; 4LNU B; 1V55 C; 3P30 A; 1YCI A; 1OCZ B; 1GRJ A; 2EIJ B; 4BW5 A; 3T1C A; 3CCE V; 1XI1 A; 1QBZ A; 1CPY A; 2QKS A; 5IWA O; 3T1Y O; 3B2E E; 4YY3 O; 3PN1 A; 1US6 A; 5C8Y B; 4TV8 A; 2XUM A; 1Q6H A; 1M56 C; 1XOU A; 3B09 A; 2WA4 A; 4DUY B; 5KHK A; 3EHB B; 3LSS A; 4GZR B; 3G71 V; 1QQC A; 4FFB B; 2KQX A; 1W0K G; 4LR3 A; 4WBN A; 2XAS A; 2G38 A; 1UFI A; 2DW4 A; 2HJD A; 4PD4 F; 2GTS A; 3WU2 Z; 4GKK O; 4UUJ C; 3N27 A; 2Q7E A; 4FLW A; 1M4U A; 4EFE A; 2BOB C; 5EBM C; 4OX9 O; 2ZE8 A; 3OEH G; 2H8P C; 4YIO A; 5CA0 B; 2BTO A; 2LP7 A; 4DUZ O; 3BPZ A; 2HKO A; 1QR8 A; 3BA8 A; 1I5X A; 2WLL A; 4PDL A; 4CZZ A; 1Q81 W; 3CEI A; 4C7U A; 2B9Z A; 4LNU A; 1NU1 H; 3THO A; 2JEU A; 3ZRX A; 2JJ2 G; 2MW2 B; 3FB5 C; 3OUF A; 1JA8 A; 1HR0 O; 1R6K A; 1S5J A; 2ZIN A; 3S3X A; 2E5L O; 1Y6X A; 5HFL A; 3MHS C; 5C8Y A; 2F4V O; 1P7B A; 3ASN B; 4BIU A; 2XND G; 3OR7 C; 3R65 A; 3CCS V; 2VS0 A; 3VQY A; 3ZN1 A; 3VOU A; 3JAK B; 4Z2W A; 2R9A A; 1JR9 A; 4NTX A; 4JTC B; 3K04 A; 1VF6 C; 1KBH A; 1L0L H; 3NXS A; 4LCU C; 4L87 A; 3CCR V; 2Q7H A; 1GMG A; 1F51 A; 1LR1 A; 2YIA A; 2IM9 A; 1XHX A; 3ETG A; 4WFB V; 1KP3 A; 1H2S B; 1G1X B; 3H1I H; 1YIT V; 2V4D A; 4R8C A; 5CA0 A; 3C3T A; 1MZF A; 3FB8 C; 2OWO A; 2Y4T A; 4UCS A; 1F4M A; 2LW1 A; 3OGC C; 2QE7 G; 2HLD G; 4B3R B; 3G80 A; 5KX5 B; 4WFG A; 3E83 A; 4K3A A; 1K34 A; 1P7G A; 2Y48 A; 1N34 B; 2F23 A; 1TGO A; 5CBG A; 2P4V A; 3JYC A; 1EN4 A; 3I56 V; 3CMA V; 2WSS G; 2QA4 V; 2AHZ A; 4ZOL B; 1HNX O; 2ZDI C; 3T1Y B; 2ZE6 A; 4YY3 B; 1MNG A; 1RM1 C; 5CA1 B; 1ZSP A; 3AG3 B; 4DR7 O; 4L8J A; 1WP7 A; 2EIL B; 2ZIM A; 4UV9 A; 4MT8 A; 4AQY O; 1XIL A; 3AK3 A; 2PY5 A; 1AR4 A; 1QNM A; 3JAK A; 1R73 A; 2CGN A; 4ASU G; 4X9Q A; 4GKJ O; 4NXN B; 4PI2 A; 1K73 W; 2PZS A; 5IJ0 B; 3JAW B; 1MOF A; 1ZL8 A; 1N36 O; 3GWO A; 1N32 B; 3OT7 A; 2OCC C; 1SET A; 2RQ6 A; 1GN2 A; 1S3J A; 3FAV B; 5LP6 B; 4OX9 B; 4DUZ B; 2YC0 A; 4UV8 A; 3APQ A; 2WLK A; 3K9A A; 2DYR C; 5KX5 A; 4LF9 B; 4XBF A; 3CP1 A; 5H2F Z; 3OM3 B; 4N21 A; 5A9G A; 2ZM6 O; 2QDO A; 2JS5 A; 5J9P C; 2Z3Y A; 4GUN A; 3RFR A; 5JJE B; 4PDM A; 1ENV A; 3TET A; 3K5L A; 4YXW G; 4PA6 A; 2YEV B; 2X6C A; 3CCV V; 3KG2 A; 2GBO A; 5J2U A; 2Y0I A; 4KFM A; 2ZCE A; 3K5M A; 3E2E A; 5L3D A; 2F4V B; 5AG2 A; 1Q86 W; 3WB0 A; 3N2G A; 4GX0 A; 1SC5 B; 3TCU A; 2EIN C; 4JI2 O; 1TAE A; 4LF8 O; 4YJ3 B; 3DTU B; 5B1N A; 1V54 B; 3IFX A; 3JAW A; 5JCO C; 4B7K A; 3ZRW B; 1WB7 A; 3LDC A; 2X0L A; 2IW5 A; 5BXZ A; 1XDC A; 2BOC C; 5L3G A; 2PI5 A; 4KXR A; 5LP6 A; 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3CCL V; 1HNW O; 3H1J H; 2JGU A; 5F2V O; 4CS2 A; 3J81 N; 1PL4 A; 3CC4 V; 1MZE A; 3LSQ A; 5E79 Z; 5L3E A; 4I4T B; 4PA9 A; 1WLE A; 1FFX B; 5L3B A; 4DR5 B; 1NQT A; 2UXC B; 4FLT A; 1J95 A; 2B5U A; 3LSU A; 1OZ0 A; 1H8H G; 1S5H C; 3O9O A; 4X88 A; 4YJ2 B; 4CH3 A; 4JI4 O; 4DR4 B; 3RN4 A; 5LMU O; 4O4L B; 3D36 C; 4X1K A; 4Q6G A; 2IJI A; 1H2M A; 1YJ9 V; 2Q4P A; 4X1I B; 1BE3 H; 4N23 A; 3RGB A; 1TUB A; 3JAS B; 2GTA A; 2E3C A; 1XMQ B; 5DED A; 2X6A A; 4TV9 B; 4GX5 A; 4FZ0 A; 2AGA A; 1OCC C; 1XNR B; 1QLE C; 4UVC A; 4JI1 B; 1U96 A; 2CE4 A; 2LQT A; 5K1P A; 4YHH B; 2GUZ B; 2BSK B; 3UT5 B; 4KHP O; 2A3Q A; 3TK1 A; 1GN3 A; 1IBM O; 5ITZ A; 5LXT A; 1FD9 A; 2H3O A; 3ZBH A; 1SS3 A; 2YS8 A; 3WG7 C; 4DRX A; 2IU3 A; 4MTX A; 2VQE B; 1Q7Y W; 3JCZ A; 1FFX A; 3JAM N; 4Q20 A; 4X64 O; 1ZWI C; 1XNQ O; 3JD3 A; 2KSD A; 4YJ2 A; 2ZNJ A; 1LNQ A; 4MVZ A; 3CCQ V; 4F6E A; 4JF3 A; 4O4L A; 2A79 B; 2HEP A; 2Q69 A; 4J7K A; 4DV2 B; 2UUC O; 3OUS A; 4NVP A; 4RO2 A; 1AI5 A; 4TV9 A; 5KHJ A; 3QG5 A; 3FFQ A; 1G6U A; 4JV5 B; 4PDV A; 3L73 H; 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