The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
46
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structure length |
46
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Chain Sequence |
SNAEASRVYEIIVESVVNEVREDFENAGIDEQTLQDLKNIWQKKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription/dna
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| molecule keywords |
DNA (5'-D(*TP*GP*TP*AP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*C)-3
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| publication title |
Crystal structure of a yeast TFIIA/TBP/DNA complex.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| total genus |
18
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| structure length |
46
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| sequence length |
46
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1996-04-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3IC7 A; 3W7X A; 2P90 A; 3W7W A; 4HAM A; 3E35 A; 5GW7 A; 3W7S A; 1NVP B; 3W7T A; 1RM1 C; 5CA3 A; 3W7U A; 2WAM A; 2HR3 A; 3D3I A; 1NH2 B; 1S3J A; 3BY6 A; 1YTF B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3ETQ A; 3KCX A; 2ZT9 B; 1X59 A; 4EFB A; 2DYR B; 5B1A C; 3CWB H; 5KA5 A; 2GSM B; 1Y74 B; 2YI9 A; 1L0N H; 3SYC A; 2JEU A; 4CH6 A; 3K58 A; 2P4K A; 4JI7 B; 2UXX A; 1GO3 F; 1N4C A; 2R9I A; 2CTQ A; 1FJG B; 1WJZ A; 3SPH A; 4I55 B; 3JYC A; 1IBM O; 2W6J G; 1NZ6 A; 5KA6 A; 4LFC O; 3LSS A; 4O4L B; 2H3O A; 1Y76 A; 4KXR A; 4IL6 Z; 1R6T A; 4BIZ A; 1VQ9 V; 3JAT A; 1HNZ B; 4LFA O; 1M90 W; 4IT5 A; 5IYZ B; 2X7R B; 5LA6 A; 4ZKI A; 4H33 A; 4PA7 A; 4TWK A; 3BRC A; 2D3O W; 2F4V O; 3H1I H; 5IT9 N; 3HB3 B; 4HNA A; 3FKS G; 4J80 A; 3M99 B; 4X20 B; 4F4L A; 5BXZ A; 1P49 A; 3CRQ A; 2MW2 B; 4NYK A; 4X1Y B; 2Q7H A; 4YJ3 A; 3E22 A; 3ABK C; 3ABL B; 4TOI A; 1WP8 A; 4OX9 B; 2UXC B; 1BL8 A; 3APQ A; 2JRI A; 5LMU B; 5JVD B; 3KG2 A; 1R3L C; 5C8Y A; 4O4I B; 3P3P A; 5LYJ B; 3JSN A; 4F6R B; 1YHQ V; 4BAY A; 4K0K B; 2Q67 A; 4PA3 A; 2BE3 A; 2AW9 A; 3G67 A; 1RSO B; 2DYS B; 1GTO A; 2YEV A; 1AI5 A; 4DUZ O; 4B3T B; 4UCT A; 4L87 A; 2JEX A; 2HJF C; 5JCO A; 1QLE C; 2YIC A; 4J9Z B; 4OPA A; 4JF3 A; 5FPO A; 4ZHQ A; 4U7O A; 1AJQ A; 5FNV A; 1K7D A; 1JX9 A; 1T5E A; 5B3S C; 2IH1 C; 1TUB A; 4MTO A; 3I56 V; 1S77 D; 4LNU B; 3LNM B; 2BSK A; 3IC9 A; 2EIK C; 1HR0 B; 1RPR A; 1UPG A; 3EFF K; 3L9D A; 4LF5 O; 3OMN B; 2HR3 A; 1DGS A; 2YDE A; 1NH2 B; 1K34 A; 1I0H A; 4GYC B; 4IHJ B; 3SPI A; 3LDE A; 1R1B A; 3HPL C; 3PN1 A; 5C93 A; 2GUZ A; 4CS3 A; 4EB6 B; 3D36 A; 5JH7 A; 1QLN A; 5B1B B; 1EFR G; 3BFR A; 1AR1 B; 1K4D C; 4CC5 A; 4AIL C; 1Z5V A; 1MSW D; 5L3C A; 3IJ4 A; 5LXT B; 2KSD A; 4LFB O; 5KHH A; 5CA0 A; 2KB1 A; 1IBL O; 4MVS A; 2Y48 A; 3H1H H; 4U3J B; 3ZN0 A; 4HZ3 A; 3R66 A; 3E8G A; 3OEE G; 3LDD A; 1ZL8 B; 4R6Z A; 4JYA O; 2Y0P A; 1BGY H; 1AI4 A; 1YEW A; 4I4T B; 4JI8 B; 2X6B A; 2UU9 B; 4JI5 O; 4YHH O; 5KX5 A; 2B1I A; 1MMM A; 1QVF U; 2P7T C; 5K1X A; 4DV2 B; 3EHB B; 4KFM A; 3B09 A; 4DV5 O; 1VQO V; 4I9Q A; 5CMU A; 3R65 A; 4DV1 O; 3QTC A; 4DV3 B; 5KAF Z; 4JAV A; 1QQC A; 4TV8 B; 3C90 A; 4X1I A; 2HP8 A; 1TVK A; 1YTF D; 1SQV H; 2B5U A; 4Q6G A; 3W7X A; 1BMF G; 4PV1 B; 3RYH B; 3H9V A; 4GX5 A; 4MW8 A; 1VAR A; 1XQ8 A; 1HNW O; 4UB6 Z; 1OCC C; 3T1H B; 2ZIM A; 1FFT B; 1WA8 A; 5EYP B; 2Y0I A; 4JI4 B; 3G71 V; 4TQF A; 3NR7 A; 1H38 A; 5AG2 A; 2XAG A; 2OTL V; 2P67 A; 2OCH A; 1FXK C; 1K3E A; 3K06 A; 4I0X A; 3SPC A; 3TK1 A; 2DW4 A; 3AG4 B; 4G28 B; 3RYF B; 4JZ2 A; 3ZED A; 3JAK A; 3CCM V; 5GW7 A; 3CB2 A; 2CH7 B; 4K35 A; 3H1K H; 3QO8 A; 1NVP D; 1SET A; 4JTA B; 1FKA O; 4X88 A; 5BR8 B; 1F7Y A; 2WLM A; 4PDR A; 4JI2 O; 3FB8 C; 4IIJ A; 1J95 A; 1PP9 H; 3B2E E; 1M9N A; 1DTO A; 1WPB A; 1QR8 A; 2QWO B; 4AHC A; 4ZIB A; 2BOB C; 2EIM C; 3GWK C; 5JJN B; 3C3T A; 1SC5 B; 2UUA B; 2YXH A; 3E89 A; 1ZX3 A; 1O9G A; 2F93 B; 4JI3 O; 4FLU A; 4RWU A; 4XDL A; 3BEH A; 4QIW F; 1R3J C; 1L8D A; 2ZDI A; 5KUM A; 2YUA A; 2AHZ A; 2IJI A; 1TA8 A; 4TUY A; 4JZG A; 1N0N A; 3RT3 C; 3SPJ A; 1QNM A; 3T2M A; 1L0L H; 5KLV H; 3L70 H; 5HFL A; 3FB7 C; 5B66 Z; 2R9A A; 2WLJ A; 2PZS A; 4DW0 A; 1O9H A; 5L3F A; 5ITZ B; 1S3J A; 4XDJ A; 4DO2 A; 2A79 B; 1NTK H; 1BS3 A; 3OE7 G; 4X66 O; 1Y74 A; 2Q69 A; 3JAM N; 1VQ5 V; 2RCV A; 3M7M X; 3QO7 A; 2K1E A; 3ZRX A; 2EIN B; 4DR4 O; 2HVJ C; 3FAV B; 4NTX A; 1NR7 A; 3U10 A; 1WAZ A; 4BW9 A; 3RYI B; 4O4L A; 4NXM O; 4UV9 A; 4IYH A; 1R6N A; 3HKC B; 1OCR C; 4E4E A; 2WSS G; 4WFB V; 2E74 B; 2E75 B; 3K5N A; 5IYZ A; 2OCC B; 3SYA A; 1EM1 A; 5B3S B; 4PA4 A; 2W6I G; 3DGE A; 4LF6 B; 2ZXW B; 4DV6 B; 1WNS A; 3SYQ A; 1VQ8 V; 3IC7 A; 3AG2 B; 1FAF A; 1VQM V; 4X20 A; 2XAS A; 4ZOL B; 1H8E G; 2GUZ B; 2VWJ A; 3G80 A; 1R6K A; 2M6Y A; 1VF6 A; 4X1Y A; 2QWQ B; 3K0D A; 2WLN A; 3HKB B; 2UXB B; 3KZI Z; 3QF7 A; 2IJK A; 1M4U A; 2Q68 A; 1GN4 A; 1Z2G A; 1M56 B; 2IJH A; 4O4I A; 4X65 B; 5CN0 A; 5LYJ A; 2Y69 B; 3CCE V; 2HHH B; 4HBN A; 2ILM A; 1RSO A; 5J9P C; 5DEC A; 1Q82 W; 2G38 A; 2OIG A; 4J41 A; 5LGT A; 5CB4 B; 5JJE B; 2CDY A; 2PTM A; 4EFE A; 1OHH G; 1R3I C; 1GN2 A; 4GKJ B; 4GX2 A; 4TT3 G; 4R8C A; 4DR5 B; 1OV9 A; 2OTJ V; 3UO3 A; 3EXA A; 3AG1 C; 4LH6 A; 1BCC H; 1P4R A; 3ABM B; 4FFB A; 2P4V A; 5BY1 A; 2Y4T A; 1AIL A; 2DJV A; 3ZHR A; 2JGU A; 4GKK O; 4FZ1 A; 3APO A; 1UJW B; 3BY6 A; 4O4H A; 4N21 A; 4FLV A; 4H37 A; 2EZP A; 5EBW C; 2UXD B; 2V7Q G; 1H2S B; 1XMO B; 4UVC A; 4RO2 A; 1WA8 B; 3ASN B; 1DLB A; 1W59 A; 1TGO A; 4WFG A; 2YSU B; 3VOU A; 5LXT A; 1XEQ A; 1DF4 A; 4N23 A; 4DV7 B; 3O65 A; 1XL4 A; 2PI4 A; 4DR1 B; 1R73 A; 4JI0 B; 1KYO F; 4U3J A; 1IVS A; 1F23 A; 4ASU G; 1F4M A; 1KP2 A; 4I0X B; 1M5I A; 1ZL8 A; 2FML A; 5CBH A; 4HYO A; 4I4T A; 2BTQ B; 1MZF A; 4X64 B; 4YY3 B; 2WWW A; 3N2K B; 3F7Y C; 5KAI Z; 2CE4 A; 4B3S B; 4CS2 A; 2IJJ A; 3DSQ A; 2E5L O; 2CK3 G; 5B1N A; 4LF7 O; 4U7N A; 2EIL B; 2VQE B; 2GTA A; 4FIP C; 4B3R O; 1QHT A; 3D8C A; 2UUB B; 1US6 A; 3DXR B; 4HAM A; 1N33 O; 1XNQ O; 2AGA A; 4J7J A; 1PNL A; 2P22 C; 2DQ3 A; 1QR9 A; 4BW5 A; 3RGB A; 4TV8 A; 4JV5 O; 4UUJ C; 1K8A W; 2ZE8 A; 4QE9 A; 3RYH A; 3J80 N; 1M1K W; 4MT8 A; 2H8P C; 3A2F A; 4TUY B; 5EYP A; 3STZ C; 4FK5 C; 2ZM6 O; 2EIJ B; 1I5Y A; 4MVZ A; 4AQY B; 4B3M B; 1HDJ A; 4CH4 A; 2C2A A; 4MVQ A; 2PUS A; 1WPX A; 1J5E B; 3UQ8 A; 4GUN A; 1N34 O; 1Q7Y W; 2CUG A; 2PYL A; 1Y67 A; 2IU0 A; 5H6Q A; 2HVK C; 4MVM A; 1K4C C; 3RYF A; 2ZE6 A; 1MG1 A; 3JD2 A; 2DWE C; 5EBM C; 2CH7 A; 5IYC O; 1TAE A; 3OMA B; 2IH3 C; 1XL6 A; 1K9M W; 1P84 F; 4FPP A; 1SQX H; 3JD3 A; 1OZ0 A; 3ZBH A; 4DK1 A; 4TSF G; 3J81 N; 2ADP A; 1J5E O; 2YIB A; 5LP6 B; 4GX0 A; 4FMT A; 4CH3 A; 5LHI A; 5IYD O; 3JD1 A; 4W4K A; 1KMI Z; 1SS3 A; 3S3X A; 2FYU H; 1DF5 A; 2PF4 E; 3FX7 A; 4NVP A; 5IY5 C; 2A06 H; 3BA9 A; 3LSU A; 4DV4 B; 1PM9 A; 1VQ6 V; 5JQG A; 3CC7 V; 1K92 A; 1XHZ A; 3F5T A; 4JI7 O; 2XND G; 4MS2 A; 4LF8 B; 1KP3 A; 1FJG O; 1S5H C; 1SQG A; 4DUY B; 3JD0 A; 5ITZ A; 1YF2 A; 5KHI A; 3FB5 C; 2EBO A; 4FVM A; 3JCU Z; 2KG7 A; 1V54 C; 1HNZ O; 4JPR A; 3FFQ A; 1IUR A; 3L74 H; 1MA1 A; 3OTF A; 2CTP A; 3ZMS A; 3CS5 A; 5CBG A; 5GTH Z; 3ETE A; 5B5E Z; 3FAV A; 4KL1 A; 3ZIA G; 5IJ0 B; 4QGP A; 3RYI A; 3OTO B; 1ENV A; 1QBZ A; 3ABU A; 3CHX A; 1NT2 B; 2LGW A; 1ORQ C; 4FM2 A; 1PNM A; 3HKC A; 4MTG A; 4OX9 O; 1YCI A; 2UXC O; 2LFR A; 4X9Q A; 4UCO A; 4G2K A; 2ZR2 A; 1IBK B; 5LMU O; 5FL7 G; 3P30 A; 2QSA A; 2JJ1 G; 3OW2 U; 1EZJ A; 4FFB B; 4UV8 A; 3L73 H; 4K0K O; 1CPY A; 4J42 A; 4UFZ A; 1Y66 A; 3AG1 B; 4O4H B; 4Z1M G; 4B3T O; 4ZOL A; 4DR7 B; 1XNR B; 1NVP B; 1OCO C; 3O9O A; 3HKB A; 1SES A; 4FLX A; 1BE3 H; 1JPX A; 3ETD A; 3FB6 C; 2AZ2 A; 3D36 C; 2WAM A; 3OMI B; 5IJ9 A; 3QG5 A; 5LGU A; 1VMG A; 1EBO A; 2DE0 X; 2IBZ H; 3CMA V; 1M57 B; 3CYO A; 1BHA A; 3WB1 A; 1HR0 O; 3JAS A; 4ZBM A; 1QU7 A; 2OT5 A; 3W7S A; 3K5L A; 5KUK A; 3UKM A; 1OCZ B; 3OD4 A; 4MTF A; 5CB4 A; 4WCE V; 3RBZ A; 1PD3 A; 1VQP V; 4P2Z A; 1FXH A; 2NLJ C; 1PPJ H; 3MD0 A; 4JAU A; 3X2Q C; 2YXY A; 4AI8 A; 5EK0 A; 1V55 C; 3AG7 A; 3K0G A; 3ZHS A; 3JAW B; 4UVA A; 4R7C A; 5J2T B; 5EBL C; 4G27 B; 1S5J A; 1RM1 C; 1W2B U; 1FFX A; 2P5O A; 4LF9 B; 5IDJ A; 1HNX B; 1YJW V; 4LP8 A; 2WLL B; 4JI8 O; 3WU2 Z; 2P90 A; 2UU9 O; 3WB0 A; 4GZR B; 4IGG A; 3ZRV A; 3W7W A; 3RFR A; 3T1Y B; 1X4T A; 2GV9 A; 3WG7 B; 3CJH B; 1KD1 W; 1ZUQ A; 4I9W A; 4MVO A; 4FZ0 A; 3W7U A; 1MOF A; 4J7Z A; 4YIO A; 5JWP A; 4DV2 O; 2QKC A; 5B1O A; 1GKF A; 1H2L A; 2LFS A; 2V4D A; 2QDO A; 2L35 A; 3E8B A; 4FLZ A; 2WA4 A; 1S5L Z; 2QTO A; 3FYI B; 5L3G A; 3ASO B; 4DV3 O; 2BTQ A; 4X62 B; 4JI6 B; 3N2K A; 4F6E A; 1TUE B; 2MK3 A; 1YIJ V; 2BTO A; 2A7W A; 4O4J B; 1W0K G; 2JVD A; 5B1A B; 2VRZ A; 3ICX A; 1JCH A; 3T1H O; 1AI6 A; 2OWO A; 1SZT A; 1N36 B; 1CP9 A; 4JI4 O; 2Q7G A; 2RN9 A; 3DXR A; 2L6L A; 4CH5 A; 2XAH A; 2EUL A; 2N04 A; 3SJC C; 4NR1 A; 1JJ2 U; 2UUC B; 1RP3 B; 3GVM A; 3AEI A; 3ZS8 C; 4NXN B; 3UT5 A; 3MHS C; 4UCU A; 1GM8 A; 4RQF A; 2KQX A; 4P30 A; 3T4D A; 1IX9 A; 4X62 O; 1I94 B; 4LF4 B; 3SJA C; 2QM8 A; 2EX3 A; 1G6U A; 1JVM A; 2JIZ G; 3T4Z A; 5GTI Z; 5JQG B; 4QNH B; 5BR8 O; 1XRE A; 4DXW A; 3GB7 C; 5LHG A; 4DR6 B; 2NN4 A; 3D3Q A; 5GON A; 3K9A A; 3BAA A; 4RUE A; 2YIA A; 2CTW A; 2UUC O; 3SDL A; 2UUA O; 1JMK C; 4NB5 A; 3KCY A; 3SGI A; 3AG3 C; 1K5Q A; 2JS3 A; 3ABK B; 4J7K A; 2KG7 B; 3CC2 V; 2DYR C; 4QE7 A; 4FLY A; 2PY5 A; 4A5U B; 1RFY A; 3G6E V; 2QM7 A; 3KKY A; 4WFA V; 2DN9 A; 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