The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin-induced misreading of the genetic code.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
28
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1IBM O; 1N36 O; 2ZM6 O; 3O65 A; 4LF9 O; 2UUC O; 4DV3 O; 1HR0 O; 1I94 O; 1N34 O; 2DJV A; 4JI6 O; 4LF6 O; 4LF8 O; 1N32 O; 2FKX A; 2UUB O; 4LF7 O; 2LW7 A; 2E5L O; 2UXD O; 3J81 N; 4DV6 O; 4JYA O; 4DV4 O; 4JI5 O; 4DUY O; 4DV2 O; 5LL6 Y; 4DUZ O; 2Z0A A; 4GKJ O; 1R6T A; 1XNQ O; 3SDL A; 4DV7 O; 1YZB A; 2N74 A; 4B3T O; 2VQE O; 2F4V O; 1R1B A; 4LFA O; 1X59 A; 4X62 O; 1XNR O; 4LFB O; 3J7A U; 3R66 A; 4DV5 O; 2VQF O; 5IT9 N; 4GKK O; 4B3R O; 4JV5 O; 3F5T A; 2UUA O; 4JI3 O; 1XMO O; 3M8A A; 1N33 O; 4DV0 O; 4OX9 O; 1KUQ A; 4B3M O; 4JI1 O; 1J5E O; 4JI2 O; 1DK1 A; 4NXM O; 4OPA A; 4DR5 O; 2ZKO A; 1AB3 A; 4JI7 O; 4DR6 O; 4DR1 O; 4LFC O; 5IWA O; 4JI8 O; 5A2Q N; 1IBL O; 4OPH A; 4K0K O; 5LMN O; 4A5U B; 4LF5 O; 1NS1 A; 2DOS A; 2JRI A; 5H5N A; 3JAM N; 3T1H O; 2UU9 O; 1F7Y A; 1G1X B; 4LF4 O; 2HHH O; 4DR7 O; 4AQY O; 1FJG O; 4DV1 O; 4YHH O; 4X66 O; 1IBK O; 5LMU O; 5BXZ A; 1AIL A; 3T1Y O; 4NXN O; 1HNZ O; 5FLX N; 4B3S O; 5BY1 A; 4X64 O; 4JI4 O; 2AGA A; 2UXB O; 3OTO O; 4DR4 O; 3RT3 C; 3J80 N; 1HNX O; 1XEQ A; 1A32 A; 4KHP O; 1FKA O; 4YY3 O; 4X65 O; 5BR8 O; 2UXC O; 1XMQ O; 4DR2 O; 4JI0 O; 1D2D A; 1HNW O; 4DR3 O; 1FYJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1RSO A; 1H8E G; 2ZM6 O; 3OTF A; 4YJ3 B; 4WBN A; 1AI5 A; 1EM1 A; 4CC5 A; 2QWO B; 1E1R G; 2JDI G; 2EZP A; 1VQK V; 5CN0 A; 3ZHS A; 1B04 A; 1F4M A; 2LP7 A; 1NTM H; 2XAH A; 2L6L A; 4LWS B; 1BZK A; 5C8Y B; 2QWP B; 1I5X A; 1Q6H A; 5KUM A; 1YZB A; 2VQE B; 1JCH A; 3R65 A; 3CSX A; 3D3Q A; 3H1H H; 3TJT A; 4I55 A; 3OEE G; 3JAK B; 3R66 A; 2E74 B; 2VQF O; 1ORQ C; 3RYI A; 3HKE A; 4D6T H; 4AQY B; 4X66 B; 5LMU B; 4MVZ A; 3C90 A; 1BCC H; 2PY5 A; 1L8D A; 4DR5 B; 3B8N A; 1Q81 W; 2Q0O C; 2KKW A; 1M56 C; 5IJ9 B; 4XBF A; 3H1I H; 4PA3 A; 3SGI A; 3K5M A; 5LHH A; 1AP5 A; 2GUZ A; 4N23 A; 4JI0 B; 4H13 B; 1NVP D; 1OCR B; 1PP9 H; 3CME V; 5IE9 A; 1YJ9 V; 4LF4 B; 2WLL A; 2Q4P A; 4AQY O; 4X66 O; 4YJ2 B; 2EIL C; 5LMU O; 1HNZ B; 1EN6 A; 1Z5W A; 2ZE8 A; 4MVM A; 3ZRV A; 2LJ2 A; 3JAS A; 2Q6A A; 3W7X A; 4W4L A; 4JZ2 A; 3ABK C; 1NI8 A; 1LUW A; 1MG1 A; 4LR3 A; 1H2L A; 5B1B B; 1GO3 F; 4PI2 A; 1WLE A; 2DYR B; 3S3W A; 2JGD B; 3CCL V; 3ABL B; 4JAV A; 3SYC A; 1MMM A; 2FL4 A; 1PPJ H; 4JI0 O; 1JR9 A; 3E2E A; 5L3C A; 1H8H G; 1W0J G; 1I94 B; 2W0F C; 1AI4 A; 1N32 B; 1Y74 B; 1SA0 A; 2DJV A; 4X62 B; 3SJC C; 3CX5 F; 1VMG A; 3HKD B; 2BSK A; 4G27 B; 2XAJ A; 3APQ A; 1Q43 A; 4UFZ A; 5IY5 C; 4DUZ O; 1FXK B; 1IXM A; 3AK1 A; 3B8M A; 4O2B B; 3CCU V; 4GT1 A; 3GWK C; 3Q4H A; 1J5E B; 3CRM A; 4DV7 O; 1NU1 H; 3ZHR A; 1CXZ B; 3C3T A; 2GV9 A; 3QF7 A; 5L3D A; 2WA3 A; 3BVO A; 1X59 A; 1TUB B; 4X62 O; 1KP3 A; 3OMA B; 3MD0 A; 1FPO A; 2QSA A; 1Z5V A; 5LOV B; 1E1Q G; 3UO3 A; 4BIU A; 3QO7 A; 4DYL A; 2PI4 A; 2EIK B; 2XAF A; 1HWY A; 3F7V C; 5CB4 B; 1IX9 A; 5BMV A; 1J5E O; 4BR6 A; 4DXW A; 3K5O A; 3THO A; 1THZ A; 3HKC B; 3L70 H; 4JI7 O; 3LDE A; 1BT8 A; 1QNM A; 3K04 A; 4JI8 O; 2D3O W; 4CS4 A; 4KHP B; 2FYU H; 3AG3 C; 4LCU C; 3RWR D; 4FLZ A; 2CK3 G; 1NS1 A; 4EFB A; 1M1K W; 1NKD A; 2YIB A; 1YIJ V; 1M57 C; 2V7Q G; 1V55 B; 3CPW U; 2YI9 A; 3SPJ A; 2HEP A; 4J9Y B; 4FM0 A; 4PV1 B; 5KA5 A; 3ASN C; 1VQ7 V; 3CRA A; 2EZO A; 1Q5O A; 3OUF A; 4FLT A; 1K5Q A; 1HW7 A; 4KHP O; 2OTJ V; 1KU9 A; 4X65 O; 1PM9 A; 2VWJ A; 5CBH A; 1FXH A; 3A8T A; 2NNU A; 1K4C C; 5LHG A; 1WAZ A; 3K06 A; 4L8J A; 5E79 Z; 1CEZ A; 1YIT V; 4DV3 O; 4LF6 B; 3SJA C; 5LP6 A; 2UXD B; 1QLN A; 2WLN A; 5EYP A; 5EIB C; 3QG5 A; 4PD4 F; 4JV5 B; 1QLE B; 1N0J A; 1VQ9 V; 3ZHV A; 2R9R B; 4X89 A; 3JAS B; 2LFR A; 2R9I A; 2IJK A; 2QKA A; 2Q7G A; 4J11 A; 1TVK B; 4B08 A; 3HKB B; 4UCV A; 4HBN A; 3CD6 V; 2VWK A; 1R3J C; 1PNM A; 3QVN A; 4DK0 A; 2N05 A; 2JJ2 G; 3D3I A; 3NXS A; 2CAZ C; 4PDM A; 4JV5 O; 3RYF A; 3S3X A; 3VQV A; 2DWE C; 2GBO A; 2ZR2 A; 3F5W C; 3W7T A; 1UPG A; 2BSK B; 1HNX B; 1GMG A; 5LMN B; 2JVD A; 4GUN A; 3K5L A; 3SYP A; 5HFL A; 1I0H A; 2XUM A; 4UB6 Z; 1JX9 A; 5D5Q A; 4MVO A; 5JQG A; 3K9A A; 1QU7 A; 4RWU A; 2XTA A; 5B1N A; 4K3A A; 2F95 B; 3C3S A; 4JI4 B; 3ASO C; 4DK1 A; 4JGS A; 4R7C A; 5J2U A; 1YSC A; 1WP8 A; 4ZHQ A; 1DF4 A; 3RT3 C; 1ARO P; 1US6 A; 2PYJ A; 2XT9 A; 3T4Z A; 1HNX O; 4QE9 A; 3A0B Z; 1S76 D; 2EUL A; 1L0L H; 5BMV B; 1WA8 B; 1PL0 A; 1XQ8 A; 1IBM B; 3K08 A; 3TET A; 1RPR A; 4C7U A; 2UUB B; 3UT5 A; 2B5U A; 3OAA G; 1AJP A; 1H38 A; 1S5J A; 3OGI B; 2EIM B; 4DV6 O; 4MS2 A; 1YTF B; 4IL6 Z; 2UUA B; 3GB7 C; 3EHB B; 4NTW A; 5DED A; 4GCZ A; 5EBW C; 2CTQ A; 5IDJ A; 1EFR G; 2F4V O; 3AK2 A; 1R6N A; 3BA9 A; 4B3R B; 4U7O A; 2BTO A; 2RN9 A; 2W6I G; 2Q7E A; 3FB8 C; 2UXN A; 1OCO B; 1R6K A; 3FYE B; 4PA6 A; 2UUA O; 3IFX A; 4B7K A; 1JFF B; 4EB6 A; 5LP6 B; 5F2V O; 3CRR A; 2IH1 C; 3X2Q C; 2P90 A; 4P9P A; 5EYP B; 2UXB B; 3DC6 A; 4DR1 B; 1AB3 A; 4UVA A; 1V54 B; 5IWA O; 2CTP A; 4NVP A; 4LBE C; 2DQ3 A; 2PI5 A; 1M93 A; 1JMK C; 3FX7 A; 1XDC A; 3BFR A; 4UV9 A; 2UU9 O; 4NR1 A; 1XOU A; 2G38 A; 4I4T A; 5CA1 B; 5FLX N; 3P3N A; 2ZNJ A; 3K03 A; 2UXB O; 2CH7 A; 2ADP A; 3OTO O; 4RUF A; 2L35 A; 3RYF B; 3GVM A; 3L9D A; 3QO8 A; 4DV4 B; 5L3G A; 3HR0 A; 1NH2 D; 1MA1 A; 1YF2 A; 1D5N A; 3BRC A; 1R3I C; 1K9M W; 2V4D A; 3E8G A; 2PYL A; 4W4K A; 1Y4M A; 1N4C A; 1S5H C; 1KC8 W; 3B4S A; 4FM2 A; 5FPO A; 1J95 A; 3AEI A; 3L73 H; 4QGP A; 1K33 A; 2HLD G; 4JI5 B; 5CBF A; 5IYC O; 4DV4 O; 4FFB B; 2FB5 A; 1RM1 B; 1WPB A; 5CMU A; 3E8B A; 1KB9 F; 1BMF G; 1NVP B; 5J9P C; 4TSF G; 2P7T C; 1XI1 A; 2P67 A; 1P49 A; 5LA6 B; 3M7M X; 3AG1 B; 2F43 G; 2E76 B; 2OCC B; 3ABL C; 1XNR O; 5ITZ A; 1S72 V; 4DV5 O; 2F1M A; 2EIJ C; 3L74 H; 3RVY A; 5IT9 N; 3E22 A; 4DV0 B; 1K97 A; 1Y67 A; 2EBO A; 4JF3 A; 3D36 A; 4JI1 O; 4TV8 B; 4JI2 O; 2AZ2 A; 4LFC B; 1URF A; 1Q7Y W; 4QJF B; 3AG4 B; 5LYJ B; 3CXC U; 2PF4 E; 1DTO A; 4RAI A; 3ZN0 A; 2F93 B; 1H2N A; 5H5N A; 2EIN C; 1IXB A; 4X1K A; 4DR3 B; 5H9C A; 3O9O A; 2JEU A; 2P4K A; 1YDX A; 4QIW F; 5K1P A; 1K92 A; 4WFH A; 3L75 H; 2E5L B; 3B40 A; 3QTC A; 1GK9 A; 4NKG B; 2YIB D; 1Q8I A; 4TV9 A; 2ZNI A; 1FXV A; 1XEQ A; 1FKA O; 4YY3 O; 4GX5 A; 3SYQ A; 2IH3 C; 1P7G A; 2RJZ A; 5GTI Z; 1ZWI C; 4DR2 O; 1GH6 A; 4DR3 O; 2ATK C; 4LF9 O; 4PDV A; 3JD2 A; 4Q20 A; 2Q67 A; 4QE7 A; 1SQB H; 5KHK A; 2CTR A; 2E5L O; 4O4H B; 3JSN A; 3QNE A; 4I50 A; 1I7F A; 4DRX A; 1Y76 B; 1ZAU A; 4WF9 V; 2KSD A; 3SPG A; 1R3L C; 1R6T A; 1W59 A; 3IJ4 A; 3W7S A; 1KEC A; 2CH7 B; 2Y69 C; 2N74 A; 2ZXW B; 3OUS A; 1K7D A; 1O9H A; 4UCU A; 2R9A A; 2WWW A; 3WFV A; 4YIO A; 2VQF B; 4IT5 A; 4LNU A; 3BY6 A; 3H1J H; 1MZE A; 5IJ0 A; 5EC2 C; 3CJH B; 4JI3 O; 2KQX A; 3ZMZ A; 1AJQ A; 4X1I A; 2ITC C; 4J7Z A; 4FJC C; 3JAW B; 1FFX A; 2Y48 A; 1IUR A; 3JAL A; 1OCC B; 4KFM A; 5EK0 A; 2WLK A; 2DOS A; 1MZF A; 5IYZ B; 2A3Q A; 4TUY A; 1N0N A; 5B1A C; 2LO1 A; 2QKS A; 4MVU A; 5ITZ B; 2MW2 B; 4H33 A; 3LUT B; 1K73 W; 3E22 B; 5H2F Z; 4X20 B; 1YEW A; 1A32 A; 2ZCE A; 1KKC A; 2WLH A; 5EBL C; 3RGB A; 2BOC C; 1DF5 A; 4FZ0 A; 1K3E A; 4FLW A; 4O2A A; 1V9P A; 1I08 A; 4RO2 A; 2LGW A; 4U3J B; 1VF6 C; 1AR4 A; 4O4L A; 1WP7 A; 2P06 A; 2KG7 A; 3ABM B; 2B9Z A; 3JAR B; 3CHX A; 4MTF A; 1DLB A; 1YJW V; 4X1K B; 3SPI A; 1KKD A; 5E1A C; 4DUZ B; 5LL6 Y; 2HG5 C; 3IC7 A; 4DV7 B; 2OYQ A; 3SDL A; 5KA6 A; 1VQN V; 2ZDI C; 4CH5 A; 2Y0I A; 3MHH C; 2HKO A; 4TV9 B; 5CBG A; 5B3S B; 2QWN B; 2DW4 A; 5FL7 G; 3RYH A; 2ZE5 A; 2C2A A; 5JVD A; 3J7A U; 2OCH A; 3BAA A; 4O4J B; 3K79 A; 4FM1 A; 4DW1 A; 3CCJ V; 4FLV A; 1Q6I A; 1SET A; 1SQP H; 2ZR3 A; 4PJ0 Z; 3CCS V; 1XMO O; 3U11 A; 2Y0P A; 3IC9 A; 3UM7 A; 3AG2 C; 1NTZ H; 4FLY A; 3WB0 A; 3EVK A; 1SKV A; 4JI7 B; 1OCZ B; 3FB7 C; 4JI8 B; 3OR7 C; 4DRX B; 4O4I B; 3ZED A; 3KG2 A; 1AVM A; 1QQC A; 1UJW B; 1TAE A; 4KUM A; 4A5U B; 1VF6 A; 2QE7 G; 5B66 Z; 5FPR A; 1RSO B; 3UCS C; 1VQM V; 4WBN B; 4UUJ C; 1RP3 B; 3TCU A; 4I0X A; 5KMG A; 2AGA A; 3ZMS A; 4LNU B; 1X4T A; 1H2K A; 4J42 A; 4CC6 A; 1SC5 B; 4X65 B; 2ZDI A; 4Z1M G; 3CEI A; 4BIO A; 2R70 A; 1KYO F; 2RDC A; 2Q9L A; 1SQF A; 1YVW A; 3EXA A; 1V54 C; 4DV3 B; 3JCU Z; 3CWB H; 1FFX B; 3CCQ V; 4D7T A; 5GON A; 4ZI7 A; 4I55 B; 3WG7 B; 1P84 F; 1GAX A; 3RYI B; 1TUE B; 3CB2 A; 3HKE B; 1XUQ A; 4UXN A; 3ZJZ A; 3RYC A; 4FIP C; 3I55 V; 3CC4 V; 4J41 A; 2XAG A; 3A0H Z; 2DYS C; 3T1C A; 3ZS8 C; 3OM3 B; 4CS3 A; 4TWK A; 1AP6 A; 1Q6U A; 4B3T O; 4BW9 A; 1ZX3 A; 4N21 A; 3SJB C; 4CZZ A; 2PTM A; 5LGT A; 4LFA O; 1ZL8 A; 2GUZ B; 1JVM A; 2WLI A; 2WLL B; 1QBZ A; 3E35 A; 1NH2 B; 1N33 O; 3CRC A; 3K0D A; 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3CCM V; 5IY5 B; 3K9S A; 3VQY A; 4UCR A; 4G2K A; 2CUG A; 4NXM O; 3KZI Z; 5IWA B; 4DR6 O; 3RYC B; 1BL8 A; 2YXL A; 5A2Q N; 1XIL A; 1BE3 H; 4ICG A; 1WNS A; 4XDJ A; 2UU9 B; 4H37 A; 1SQG A; 4KXR A; 3OFN G; 3LNN A; 4Z2W A; 1AIL A; 4LF8 B; 2QWQ B; 3L71 H; 3JAT A; 3OTO B; 2ZIO A; 2WLI B; 5L3E A; 1L1F A; 4DR4 O; 1F51 A; 4WFF A; 2X7R B; 1KMI Z; 1COW G; 2BE3 A; 3K57 A; 2X6B A; 2ZT9 B; 1QHT A; 4IGG A; 4GKJ B; 2DE0 X; 1SZT A; 3CCE V; 3AG3 B; 4AI8 A; 4JYB A; 4DO2 A; 2BTQ A; 3CMA V; 4RUE A; 5KHG A; 1FFT B; 3ZN1 A; 1N36 O; 2UUC O; 4IHJ A; 2OTL V; 4X1Y A; 4LF8 O; 3KKY A; 5LGU A; 2FKX A; 4Q6G A; 4TOI A; 3U0Z A; 3ABT A; 4WFG A; 3ASN B; 1P7B A; 4P9O A; 4I9W A; 4BAY A; 1RFY A; 4CH3 A; 1CP9 A; 3ABU A; 3E8F A; 4F4L A; 2QGN A; 3FAV A; 3APO A; 5CA0 A; 5KLV H; 1SQV H; 3IAY A; 5J2T B; 3L72 H; 4GKJ O; 4LH7 A; 3ETD A; 4P2Z A; 1CPY A; 5IYD O; 3ZMT A; 5LXT A; 3M99 B; 1XNR B; 3TK1 A; 1MOF A; 2VRZ A; 2YUA A; 4IYI A; 4DV5 B; 1OCR C; 3ZHU A; 4PHZ A; 3CRQ A; 5JQG B; 1MNG A; 2OT5 A; 3T4D A; 2A06 H; 4JI1 B; 4OX9 O; 4LWS A; 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