The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
46
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sequence length |
123
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structure length |
123
|
Chain Sequence |
AQSRTLLAGIVQQQQQLLDVVKRQQELLRLTVWGTKNLQTRVTAIEKYLKDQAQLNAWGAAFRQVAHTTVPWPNASLTPKWNNETWQEWERKVDFLEENITALLEEAQIQQEKNMYELQKLNS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
|
| molecule keywords |
GP41
|
| publication title |
Three-dimensional solution structure of the 44 kDa ectodomain of SIV gp41.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
46
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| structure length |
123
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| sequence length |
123
|
| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-05-20 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1DF5 A; 4FIP C; 2LP7 A; 1JPX A; 2OT5 A; 4JF3 A; 4JGS A; 5HFM A; 4FJC C; 1MG1 A; 5KA6 A; 3B8N A; 1QCE A; 1JQ0 A; 5CN0 A; 5KA5 A; 1QR9 A; 1Y4M A; 2X7R B; 2MK3 A; 3MHS C; 3P30 A; 3K9A A; 3MHH C; 1I5Y A; 1DLB A; 2EBO A; 5CMU A; 2P6J A; 1F23 A; 5HFL A; 4N21 A; 2EZO A; 2EZP A; 4JPR A; 4E2L A; 1K33 A; 4G2K A; 3M99 B; 1MOF A; 1I5X A; 1Y66 A; 1K34 A; 3B8M A; 3CYO A; 4FK5 C; 3WFV A; 1QR8 A; 2M7W A; 3B77 A; 1ENV A; 3GWO A; 1QBZ A; 1SZT A; 5H9C A; 3H01 A; 4N23 A; 1EBO A; 3CP1 A; 1DF4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2GTA A; 3J81 N; 4ABM A; 4YJ3 A; 4DV5 B; 1K5Q A; 2A7W A; 2D2C B; 2YDE A; 1MA1 A; 4FFK A; 4JI1 O; 1SF9 A; 1RPR A; 4IGG A; 2X6C A; 4JV5 B; 3ABL C; 1JX9 A; 3KCX A; 1JJO A; 1CPY A; 3FAV A; 4B3R B; 1FJG O; 1L8D A; 1BHA A; 3QVN A; 2Y4T A; 2E74 B; 4MVO A; 1WNS A; 5JJE B; 4WFH A; 3G67 A; 4U7O A; 2X6B A; 4HAM A; 1FXK B; 2E5L O; 3ABL B; 5CA0 A; 3RW0 A; 4LF7 O; 2Q7E A; 1H2N A; 5KHH A; 1FYJ A; 5KUM A; 3ZRV A; 5FPO A; 2Q0A A; 5J2T A; 2QWO B; 2HJF C; 4IIJ B; 3UCS C; 4J10 A; 1HR0 O; 1AI6 A; 2G38 A; 1HNZ O; 3CJH B; 3WB2 A; 2DQ3 A; 2Q67 A; 1KKC A; 4PDR A; 3N2G A; 3X2Q C; 1KMI Z; 3VOU A; 3CWB H; 3SYQ A; 2HP8 A; 5LXT A; 1RSO A; 3HKD A; 3VQV A; 5LMN O; 1IBK O; 2F1M A; 1IBL O; 1U97 A; 3IFX A; 4BR6 A; 1H2G A; 3L71 H; 4JYA B; 3ZMU A; 3MD0 A; 4DR5 B; 1AR5 A; 1ROP A; 1GAX A; 2F43 G; 5JVD A; 2YI9 A; 2UUB O; 4JYY A; 4K0K B; 4UB8 Z; 4DR4 O; 1Y67 A; 2XHB A; 5IY5 B; 1X4T A; 5KMG A; 2F23 A; 3JAW A; 4FK5 C; 1N4C A; 1H8E G; 3JAT B; 4OX9 O; 2Q8V A; 1NH2 B; 2A3Q A; 4BIU A; 3DTU B; 1PNL A; 3CRR A; 3L75 H; 1PPJ H; 5EC1 C; 2CDY A; 1YTF B; 3U11 A; 3C90 A; 2MK3 A; 1MSD A; 1JR9 A; 3K9A A; 2ZXW C; 4X65 O; 4WCE V; 2B1I A; 2E3C A; 4GX2 A; 1NZ6 A; 4NXN B; 1WLE A; 1FFX A; 2PYL A; 1HW7 A; 3BA8 A; 4N21 A; 4MVQ A; 3TCU A; 4B3S B; 1GTO A; 2F93 B; 4O2B B; 3K58 A; 1FKA O; 3SJB C; 2ZQM A; 4NR1 A; 1R3I C; 4MVU A; 5B3S C; 4JF3 A; 4KUM A; 4U7N A; 1MSW D; 3LUT B; 1BSM A; 2JIZ G; 4GCZ A; 2UXN A; 1Y6X A; 3FYI B; 2ZXW B; 1OCZ C; 5F2V O; 1TGO A; 3QG5 A; 2JJ1 G; 4I4T A; 1WB8 A; 4X20 A; 2LJ2 A; 2HHH O; 1GM9 A; 4TUY A; 4JI7 B; 3AG3 C; 3JAR A; 1Q6I A; 4LH7 A; 3LDC A; 3WG7 C; 1F7Y A; 4ZHQ B; 4LF4 B; 2A0L A; 4NVP A; 1W2B U; 4KFM A; 3E8B A; 2Q7H A; 1ZX3 A; 1DK1 A; 3F7Y C; 1OCO C; 1HP8 A; 1DTO A; 4WFB V; 2P5O A; 4NB5 A; 4DV5 O; 5GON A; 3AG3 B; 3ML0 A; 2YC0 A; 2UXD B; 3OM3 B; 2JEU A; 3P30 A; 3OMA B; 1VF7 A; 4I9W A; 4DR2 B; 1MAB G; 1H38 A; 3L72 H; 1OZ0 A; 1QQC A; 4JPR A; 1OCO B; 1D5N A; 1FXH A; 4GX5 A; 3B8M A; 3HKE A; 3A8T A; 1XNR B; 4X1K B; 2ZE5 A; 4R7C A; 1YI2 V; 4ZKI A; 2OIG A; 5B1B C; 5LP6 C; 4WBN A; 1AB3 A; 1R6K A; 1M57 C; 3ZMS A; 5J9P C; 2ARH A; 2GUZ A; 5A9G A; 2KG7 B; 3UT5 B; 4YIP A; 5LA6 B; 3MDS A; 4U3J A; 1Q90 D; 1MNG A; 4FLU A; 4GLX A; 1URF A; 1M93 A; 3SGI A; 1XNQ O; 2WLI B; 3W7S A; 3LNN A; 1HNW B; 3K59 A; 3JCZ A; 1GMG A; 5DEC A; 4I5S A; 2QE7 G; 1M57 B; 4JYA O; 3G6B A; 1ARO P; 1VQL V; 4DUY B; 4LCU C; 2UXC B; 1ZAU A; 4FM0 A; 4EFB A; 3RYI B; 2ZDI C; 4O4H B; 4LP8 A; 3FX7 A; 4WFE A; 2IBZ H; 1GM8 A; 3OTF A; 1QNM A; 4F6R B; 3W7T A; 3CB2 A; 3W7X A; 1SA0 B; 1ZUQ A; 1AIL A; 4IHJ A; 3H1K H; 3CXC U; 5KHI A; 4R6Z A; 4TV9 B; 2W0X A; 1VAR A; 5C8Y B; 2F95 B; 1XRE A; 3SDL A; 2LGW A; 4F4L A; 4OXS A; 3FB7 C; 1IXB A; 5CBF A; 1KQS U; 2ZNI A; 2R9A A; 1KP2 A; 3DXR B; 2QWQ B; 5A2Q N; 3RWR D; 5GTH Z; 4LWS A; 4JI8 B; 3K3W A; 4A5U B; 1VF6 C; 2QEX V; 2V4D A; 4JTD B; 1WPB A; 1BL8 A; 1E79 G; 3AK2 A; 3HKC B; 1WP7 A; 5JCO C; 4WFA V; 4MTF A; 4H0L B; 5IJ9 A; 2ZIM A; 4UCO A; 3E35 A; 1BMF G; 1GH6 A; 1EFR G; 4C7U A; 2FTK A; 4LF4 O; 3DC6 A; 4J7K A; 4MT8 A; 5L3E A; 1CEZ A; 4BAY A; 2DN9 A; 2XAQ A; 1XIL A; 1SQB H; 4TOI A; 1JFF B; 1RM1 B; 4B7E A; 3KCY A; 2ADP A; 3BY6 A; 2UXD O; 1YIT V; 5LOV A; 4D7S A; 4FPP A; 5B5E Z; 3AK1 A; 3IGA C; 1XMQ O; 4EB6 A; 1GN2 A; 3ZMV A; 1YJN V; 4DR7 O; 1FXK A; 2UUC O; 5D5P A; 5C93 A; 4JAU A; 1M90 W; 1BQ0 A; 3ZHS A; 3APO A; 3ZED A; 3SPG A; 2LW1 A; 1P7G A; 1N33 O; 3BA9 A; 4Z1M G; 1K34 A; 2HFE C; 4FM1 A; 3JAL B; 1F51 A; 5IT9 N; 4RO2 A; 4F6E A; 3CJH A; 4TV8 B; 4PJ0 Z; 3CSX A; 3DC5 A; 3N2K B; 4RWU A; 2QM4 A; 2JS3 A; 3P3P A; 4YJ2 A; 2CUG A; 2ZT9 B; 2PY5 A; 1SZX A; 4FLX A; 2OYQ A; 3WFV A; 2RMK B; 1W0J G; 4DXW A; 1VMG A; 4LF9 B; 2GDS A; 3CCR V; 4XDL A; 5KHG A; 1VQK V; 5H5N A; 3Q4H A; 1K4D C; 3APQ A; 1KKD A; 1G8M A; 2ILM A; 1OCR B; 3L73 H; 4MVR A; 1K97 A; 1Z5V A; 3JAT A; 3OR7 C; 4MVM A; 4X66 B; 2EIN C; 4I0X A; 4DUZ B; 3E22 A; 2WLM A; 3LNM B; 3EVK A; 4E4E A; 1UJW B; 3AG7 A; 1KC8 W; 1AJQ A; 2WWW A; 3TET A; 4HBN A; 2QGN A; 4RUF A; 1HNX B; 4I55 B; 1VIB A; 1NKD A; 4AI8 A; 4O2B A; 1S5J A; 3PN1 A; 5H2F Z; 4LFB B; 1IXM A; 2EBO A; 1N34 B; 3IAY A; 2BSK B; 2DW4 A; 3K9S A; 3CPW U; 4DV4 B; 2P4V A; 2IU3 A; 4EFE A; 3CME V; 4DRX A; 2OCH A; 3OR6 C; 1E1R G; 1SQG A; 3FB6 C; 4D6T H; 2DYS C; 4B7K A; 3ZCC A; 4UV8 A; 2BE3 A; 2NNU A; 2CAZ C; 4H13 B; 5EIB C; 3H1J H; 5B1O A; 2M7W A; 3CRQ A; 1QBZ A; 2DYR C; 2B1G A; 1TVK B; 3ABK C; 1Q8I A; 2HG5 C; 3OTO O; 3TXS A; 3JAM N; 4O4L A; 2A79 B; 1I5Y A; 3OW2 U; 2W6J G; 5KHK A; 4AIL C; 1GN4 A; 2FL4 A; 2UUA B; 5GTI Z; 4CS3 A; 3D36 C; 5LYJ B; 2ZE7 A; 5L3C A; 2DYR B; 3ABK B; 1YJW V; 1THZ A; 1ZL8 B; 4MW3 A; 4DV1 B; 2QTS A; 5KAI Z; 3JD4 A; 3K79 A; 1KBH A; 1WP8 A; 2EIM C; 1VQP V; 3W7W A; 5HFL A; 2FB5 A; 2YEV B; 4X1K A; 1EN6 A; 2YUA A; 2XAS A; 3QNE A; 4Z1V A; 5H9C A; 2LGQ A; 1SQF A; 5CA3 A; 4JI3 B; 2WSS G; 1I08 A; 4YY3 O; 4DV2 B; 2KG7 A; 1PL4 A; 2ZD9 A; 1P7B A; 2R70 A; 4I50 B; 3T1H O; 4B3M B; 1JA8 A; 2WLI A; 1XHZ A; 4UCR A; 1H8H G; 3RVZ A; 2GBO A; 1J5E O; 3JAK B; 3L9D A; 1KEC A; 2JDI G; 2OIE A; 4CBC A; 1QHT A; 3RYF B; 2V1D A; 3DSQ A; 4FLW A; 1NJI W; 4LF9 O; 4O4I B; 2PUS A; 3CC4 V; 4R50 A; 3K5M A; 1AR1 B; 3R66 A; 4O4H A; 3D3I A; 1XDC A; 4X1I B; 5GW7 A; 4DW1 A; 3RYC B; 1M1K W; 4JTC B; 4N23 A; 4F6R A; 1XOU A; 1BS3 A; 4DR3 B; 1Y4M A; 4DR1 O; 1DLB A; 4LC1 A; 5LGU A; 1VP7 A; 5DED A; 3OE7 G; 1HNX O; 2H94 A; 4YHH B; 2KB1 A; 1WN7 A; 3CC7 V; 3CHX A; 4LFB O; 4D7T A; 1K8A W; 5BY1 A; 3NXS A; 5TIS Z; 3UO2 A; 3RYH B; 3RGB A; 1UFI A; 3H1L H; 3HKB B; 5IYC O; 2BTQ B; 1Z2G A; 2QJ1 A; 2R72 A; 2O57 A; 4FLT A; 1D5A A; 5BR8 B; 2WLL A; 4RQF A; 3X2Q B; 3JAS A; 4UVC A; 2GSM B; 2PI4 A; 2JGD A; 2WLJ A; 4WFG A; 4LF6 B; 4DV0 B; 2ZE8 A; 3K06 A; 1SET A; 5B66 Z; 3CX5 F; 2OT5 A; 3ICX A; 4FMT A; 1AI4 A; 1AP6 A; 4X88 A; 3AG4 C; 1KYO F; 1K5S A; 3CCE V; 4NTY A; 2P7T C; 1NH2 D; 1KP3 A; 5IJ0 B; 1I94 O; 4X1Y B; 3ZX6 A; 4TQD A; 5JJJ B; 1YTF D; 1GRJ A; 3ETG A; 1PKX A; 2VS0 A; 3IC7 A; 3CS5 A; 2AW9 A; 4X64 B; 5JWP A; 2Q73 A; 2M6Y A; 4JZ2 A; 3MHS C; 2E76 B; 1FXV A; 3K0G A; 5JH7 B; 2VQF O; 4GX0 A; 1PL0 A; 2N05 A; 1TUB B; 4LBE C; 4G2K A; 3CYO A; 1R3L C; 1OV9 A; 2BTO A; 1IZ3 A; 4FZ0 A; 5EC2 C; 4XDK A; 5JQG B; 4JI6 O; 4DV3 O; 3CEI A; 2VRZ A; 2Q68 A; 2Z0A A; 5B3S B; 1H2L A; 2VQE B; 2DWD C; 1WA8 B; 2A06 H; 3JAL A; 4PHZ A; 4LF8 O; 4JI3 O; 1OCZ B; 1N36 B; 2PTM A; 3OMN B; 2VWK A; 5FNV B; 2YXL A; 1SQV H; 3SPC A; 4JI4 B; 4AQY B; 1EZJ A; 2QTO A; 5EYP B; 2ZNJ A; 3OMI B; 1GK9 A; 4JV5 O; 5J2U A; 3BHP A; 3WG7 B; 2IJK A; 5L3D A; 1IX9 A; 5EBM C; 3S3W A; 3HR0 A; 4B3R O; 2WAM A; 2Y0P A; 3VQW A; 1QLE C; 3BCC H; 2C2A A; 5CB4 A; 3RVY A; 5KUK A; 2CH7 A; 4UCS A; 2ZR3 A; 1XMO B; 4FLZ A; 1K92 A; 2LP7 A; 3VBB A; 3OEH G; 1Q3E A; 3K5O A; 5IYZ B; 5KAF Z; 5IYD O; 4J7Z A; 1VQ4 V; 3M7M X; 2YS8 A; 1VEW A; 3ZMT A; 4IT5 A; 1EN5 A; 2XAG A; 1EM1 A; 3JCU Z; 2DQ0 A; 4X62 B; 1B04 A; 1QLE B; 1GN3 A; 3MAQ A; 4ZOL B; 2Q4P A; 2ATK C; 4PA9 A; 1YCI A; 4DR3 O; 1AR4 A; 4TQF A; 5BXZ A; 3QF7 A; 3SR2 C; 3OUF A; 4LFA B; 1G6U A; 1MG1 A; 2BSK A; 1LR1 A; 3QO5 A; 4WFF A; 5B1B B; 3OGC C; 5LP6 B; 3CRA A; 1FAF A; 4OPA A; 1R1B A; 4DR5 O; 5DN6 G; 4J42 A; 1XBL A; 4GT1 A; 1M4U A; 2ITD C; 2RJZ A; 2BOB C; 4LR3 A; 4K0K O; 1SS3 A; 1TAE A; 2OCC C; 3LSS A; 3LDE A; 3FAV B; 5EZY A; 2UXX A; 1N0J A; 4NXM B; 1U96 A; 1L0N H; 2AHY A; 2L35 A; 1FS0 G; 1R73 A; 1ZLZ A; 3A0H Z; 3EFF K; 1NTK H; 1TVK A; 2LFR A; 2Z5U A; 1JMK C; 1PD3 A; 4H37 A; 5CA0 B; 3I55 V; 4NXN O; 4GKK B; 1PV0 A; 3E8F A; 4FFB B; 5LMU B; 4B3S O; 4GX1 A; 2VWJ A; 1NBM G; 2IU0 A; 3RFR A; 2ZM6 B; 2YXY A; 4KP4 A; 1EZV H; 1L0L H; 1XEQ A; 2DOS A; 3P3N A; 3K0D A; 2CK3 G; 3G71 V; 2E75 B; 4DV7 B; 3SPJ A; 4X64 O; 3THO A; 2Q7G A; 4EEQ A; 1YDX A; 1ZL8 A; 4DK1 A; 3N2G B; 4UCV A; 4NTX A; 2HVJ C; 4JI5 B; 4J9Y B; 1RSO B; 2FML A; 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2DJV A; 4GZR B; 3K5L A; 4L87 A; 3G4S V; 3HKE B; 2QKS A; 5IJ0 A; 3UM7 A; 4LF7 B; 4RUE A; 4HYO A; 2UXB B; 1SQX H; 3N27 A; 3H1H H; 2HKO A; 4LNU B; 5FL7 G; 1H2K A; 4PDV A; 1RFY A; 3ZS8 C; 2ITC C; 2EIN B; 1HR0 B; 3ZBH A; 1S72 V; 3H01 A; 4FLV A; 1X59 A; 2Q0O C; 5EBL C; 2GUZ B; 3LSQ A; 3E2E A; 1WJZ A; 4DV7 O; 2QWN B; 3B2E E; 1TUB A; 5KA6 A; 4JI8 O; 1VQM V; 5LMN B; 1IBK B; 1OJH A; 1IBL B; 1P84 F; 4JI5 O; 2Q69 A; 1S76 D; 1T5E A; 2P4K A; 5B1N A; 3OT7 A; 2X6A A; 1N32 O; 4ZHQ A; 2UUB B; 1VQ9 V; 3K08 A; 1ZTE A; 4U3F H; 5EBW C; 4DR4 B; 3B4S A; 2XOK G; 1PP9 H; 4DV6 O; 4OX9 B; 1B6Q A; 2DYS B; 5EYP A; 3K04 A; 1S5H C; 1L1F A; 1I7F A; 1R3K C; 1GN6 A; 2QSA A; 3M99 B; 3TGU H; 2ZKO A; 1KB9 F; 3GWO A; 3GWK C; 4IHJ B; 3SYA A; 1TA8 A; 1DF4 A; 5FPR A; 1HDJ A; 2KKW A; 2HJD A; 3KG2 A; 4LFC B; 2AZ2 A; 4RQE A; 3AEI A; 1GO3 F; 3ABM C; 2BCC H; 1QR9 A; 1YIJ V; 4MW8 A; 4PEL A; 1LUV A; 4PA4 A; 4P9P A; 1MZF A; 5KHJ A; 2WA4 A; 2XAF A; 4BIO A; 2W6I G; 4I9Q A; 3RT3 C; 4UVA A; 5IYZ A; 3A0R A; 3RN4 A; 4GKJ B; 4GUN A; 1JJ2 U; 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