The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| total genus |
30
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1DK1 A; 4B3R O; 1X59 A; 1HNW O; 1NS1 A; 4AQY O; 4YY3 O; 4NXM O; 5BR8 O; 4NXN O; 5LMU O; 4DV3 O; 4DUZ O; 4LF8 O; 4B3S O; 4DV2 O; 2VQF O; 4JI4 O; 2Z0A A; 4JI7 O; 1J5E O; 2UXD O; 3T1Y O; 1XMQ O; 4DR4 O; 4JI8 O; 1R1B A; 1IBL O; 2UUB O; 1XNR O; 4X64 O; 4B3M O; 1HR0 O; 3JAM N; 1N32 O; 1N34 O; 4YHH O; 4GKK O; 2F4V O; 3R66 A; 2AGA A; 3OTO O; 4DV6 O; 1AB3 A; 2VQE O; 1R6T A; 2UUC O; 4JI2 O; 4LF4 O; 2UXC O; 3M8A A; 4LFC O; 4DR2 O; 1G1X B; 4LF7 O; 4OX9 O; 2UXB O; 4DR1 O; 5LMN O; 5IT9 N; 4LFB O; 4JI0 O; 2HHH O; 4DV1 O; 2DOS A; 4X65 O; 4DV4 O; 4JYA O; 2N74 A; 1N33 O; 5A2Q N; 5BY1 A; 1N36 O; 5BXZ A; 3SDL A; 5IWA O; 1XMO O; 2E5L O; 3RT3 C; 4B3T O; 4JV5 O; 4LF6 O; 4OPH A; 3T1H O; 2UUA O; 1HNZ O; 4DR6 O; 4JI1 O; 4DV7 O; 4LFA O; 3F5T A; 2LW7 A; 2FKX A; 4LF9 O; 4KHP O; 1IBM O; 1FYJ A; 3J81 N; 4OPA A; 4DR3 O; 1XEQ A; 2ZKO A; 4GKJ O; 2DJV A; 1XNQ O; 2UU9 O; 4K0K O; 4JI6 O; 4X66 O; 1HNX O; 4DV0 O; 4A5U B; 4LF5 O; 3J7A U; 5FLX N; 5H5N A; 1AIL A; 1F7Y A; 4JI5 O; 1I94 O; 3O65 A; 4DUY O; 1FKA O; 3J80 N; 4DR5 O; 4DV5 O; 2ZM6 O; 4X62 O; 2JRI A; 1KUQ A; 1YZB A; 1IBK O; 5LL6 Y; 1FJG O; 4DR7 O; 1A32 A; 1D2D A; 4JI3 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1P7B A; 1RSO B; 4UXN A; 1PNM A; 3OAA G; 4LF8 O; 1XUQ A; 3I5D A; 3GB7 C; 1YJN V; 4NXN B; 2UXN A; 2OTJ V; 2V7Q G; 5KX5 B; 1IBL O; 4BIZ A; 3QNE A; 2NNU A; 4P30 A; 2LGQ A; 1GN2 A; 2F95 B; 3R66 A; 4RUF A; 1H8E G; 3OUS A; 4DR7 B; 4EFB A; 1KBH A; 3H1J H; 1F51 A; 1U96 A; 4IYI A; 2F4V B; 2NR5 A; 4LFB O; 4DV1 O; 2FB5 A; 5JH7 B; 2JIZ G; 2GHY A; 4QGP A; 4DV4 O; 3OTF A; 3IC9 A; 5F2V O; 3SDL A; 3KKY A; 1COW G; 3RYI A; 4KXR A; 1QU7 A; 1GTO A; 3HKB A; 4YIP A; 3HKC A; 1OHH G; 1W0K G; 4B3T B; 1Y66 A; 2QWN B; 1QVG U; 4TQF A; 1HNZ B; 5CA3 A; 4LF7 B; 1AR5 A; 4FLY A; 3APQ A; 3IJ4 A; 2LFR A; 4ZKI A; 5IJ0 B; 4H33 A; 1X4T A; 4YXW G; 3E22 A; 4JI6 O; 1EN4 A; 5BMV B; 3B2E E; 1VIB A; 1I08 A; 1V54 C; 1VQ9 V; 5LGN A; 1S5L Z; 2EJR A; 4DV5 O; 3NXS A; 2LO1 A; 2IJI A; 3N2G B; 5LXT A; 3JSN A; 1TA8 A; 2ITC C; 1NZ6 A; 5FPO A; 4FLT A; 1I7F A; 4B3S O; 1MZF A; 4UCR A; 4JI4 O; 3ZMU A; 1J5E O; 4FVM A; 1L0L H; 5C8Y B; 4GLX A; 1AJP A; 5KMG B; 3P3N A; 5H6Q A; 4DUY B; 2OIG A; 2OCH A; 4HBN A; 2QSA A; 1RP3 B; 4U3J B; 3ABK B; 5KX5 A; 3FAV B; 4LF4 O; 1FXK B; 3CRM A; 1EN6 A; 2RJZ A; 3ZHT A; 3WG7 B; 4HNA B; 3M99 B; 1BSM A; 5KHG A; 1KD1 W; 3BCC H; 3SPI A; 3H9V A; 3ABM B; 1LUW A; 4JYC A; 3RN4 A; 4I55 B; 2AZ0 A; 5JH7 A; 2YIA A; 4KL1 A; 1HR0 B; 4RWU A; 5ITZ B; 3ABL B; 3ZRW A; 4H0L B; 4DV7 O; 1YDX A; 5LP6 B; 4FM0 A; 1Q82 W; 2ZDI C; 4FMT A; 2GBO A; 5KA6 A; 3K08 A; 5IYZ B; 2L35 A; 3JAK B; 5CMU A; 1VQK V; 4FLX A; 3WFV A; 4QNH B; 1P7G A; 1IBM B; 3IGA C; 2EIK B; 5FLX N; 1NU1 H; 5DEC A; 2VS0 A; 4K0K B; 2QM4 A; 1N0J A; 1JX9 A; 4JI5 B; 5BMV A; 4MVU A; 1SZX A; 3RYF B; 3APO A; 3CCM V; 3LDC A; 5EYP B; 5JJE B; 4W4L A; 2WLH A; 4PA4 A; 4MTF A; 2HJF C; 2GUZ B; 1NS1 A; 5B1A C; 4DV3 O; 3N2G A; 1O9H A; 4J7J A; 3SJQ C; 4JTD B; 3EVK A; 5J2U B; 2VQF O; 1WB7 A; 2EUL A; 2BSK B; 1JJO A; 1XOU A; 2P4V A; 2BOB C; 4PI2 A; 3ZMV A; 4PI0 A; 2B9Z A; 1QVF U; 2B1I A; 3GWO A; 1Y74 A; 1ZSP A; 5C8Y A; 1YTF B; 1BL8 A; 3UO3 A; 2UXC O; 5KMG A; 2XTA A; 5EK0 A; 2P67 A; 2Y48 A; 1KC8 W; 4OGQ B; 2VWJ A; 1YIT V; 1LUV A; 3OTO B; 5LGT A; 4JYB A; 4B3R B; 3CYO A; 1PL0 A; 2F1M A; 1BMF G; 4U3J A; 2HVK C; 4AI8 A; 3FAV A; 4DR1 B; 2PY5 A; 1FAF A; 1MAB G; 2RCV A; 5KHJ A; 1BT8 A; 5E79 Z; 2E74 B; 4FZ0 A; 5HFM A; 5BZB A; 1NTM H; 3K0D A; 2CK3 G; 4F6E A; 4FM2 A; 2M6Y A; 4AIL C; 4WFH A; 1AJQ A; 4I55 A; 4UVA A; 1R3K C; 1IX9 A; 4UV9 A; 4L87 A; 3AG4 B; 5ITZ A; 2X7R B; 5LP6 A; 3OMN B; 3LSS A; 5KLV H; 3SPG A; 3SPJ A; 2DJV A; 2Q68 A; 1HNX O; 4G27 B; 2ZR2 A; 3MAQ A; 5IYZ A; 4OXS A; 2ZQM A; 1KP2 A; 1AP6 A; 4GT1 A; 4GUN A; 3JAK A; 4DYL A; 1XMO B; 2Y4U A; 3ZIA G; 2ZM6 O; 3K0G A; 4FZ1 A; 1Q3E A; 4ASU G; 1V55 C; 3KCX A; 2LW1 A; 1XL6 A; 5LA6 B; 1ORQ C; 1QLE B; 4AQY O; 4YY3 O; 1HWY A; 3RYF A; 1WP7 A; 1K8A W; 4QPK A; 5EYP A; 1SQV H; 2GUZ A; 2Q9L A; 3A0H Z; 4X66 B; 2JJ2 G; 5JCO A; 1FFT B; 1OV9 A; 3CX5 F; 4E2L A; 1QR8 A; 2A0L A; 3AK3 A; 4PDV A; 4B3M O; 2ETN A; 4JI7 B; 3H1K H; 5J2U A; 4N21 A; 4TOI A; 1FFX B; 4GX1 A; 2BSK A; 2KSD A; 1SQB H; 5LHH A; 2Q4P A; 3ZMS A; 4J41 A; 1TAE A; 1W2B U; 1XI1 A; 1H38 A; 3BRC A; 2FL4 A; 5IT9 N; 1M4U A; 3K5M A; 3ASO B; 4NXM B; 4NR1 A; 3B8M A; 1SES A; 3OFN G; 4LR3 A; 3CB2 A; 4JAV A; 2EJ7 A; 1ZL8 B; 3B77 A; 3TXQ A; 1W59 A; 5LOV B; 3DC5 A; 3AK2 A; 3B09 A; 4MT8 A; 2AZ2 A; 1N36 B; 4NKG B; 4GKK B; 2QM8 A; 3SPH A; 4DR6 O; 3ZHS A; 5EZY A; 4LFC B; 1NI8 A; 4LF9 O; 1ZWI C; 3VOU A; 3OW2 U; 3K59 A; 1K33 A; 1I5X A; 4DR3 O; 4LH7 A; 4GKJ O; 1PL4 A; 4I0X B; 2JK5 C; 3JCU Z; 4FLZ A; 3HB3 B; 3ZHU A; 5LBQ A; 2YXY A; 1E1R G; 3GVM A; 4QE7 A; 3O65 A; 5H9C A; 1RPO A; 1OCC B; 3J80 N; 2UU9 B; 4B7E A; 4CH5 A; 2YID A; 2FML A; 1B06 A; 4KFM A; 3FB6 C; 1PV0 A; 5EBM C; 3AG1 C; 1MG1 A; 4J42 A; 2Y4T A; 2W6J G; 1NR7 A; 1YI2 V; 1VQ4 V; 2LFS A; 1OCO C; 3VQY A; 4PA9 A; 2H8P C; 2W0X A; 2QR4 A; 3TXS A; 3VQX A; 3K5L A; 5LA6 A; 5JQG B; 4DV2 O; 2F93 B; 3K9A A; 4F4L A; 1H8H G; 5BR8 B; 2UXD O; 4PA6 A; 4NVP A; 3W7X A; 1GO3 F; 4F6R B; 3KG2 A; 3T1Y B; 5FL7 G; 4U7N A; 3SYP A; 5EIB D; 4O4H B; 2EIJ C; 1WA8 B; 1GMG A; 4DR2 O; 2P4K A; 2IJJ A; 3JAW B; 3JYC A; 1T5E A; 1FFX A; 1HP8 A; 3AG3 B; 5LYJ A; 1MA1 A; 4X1K B; 2Y0I A; 2LQT A; 1WPX A; 1OCR B; 1EZV H; 1N33 O; 4JZG A; 1Q81 W; 5GON B; 2BOC C; 4W4K A; 4LF6 O; 3CJH B; 1WLE A; 2F66 C; 2PI4 A; 3ZJZ A; 3T1H O; 1M56 C; 2UUA O; 4YJ2 B; 2ZIM A; 3I55 V; 3ASN B; 2YC0 A; 2E5L B; 4QPJ A; 1SER A; 4Q6G A; 5LOV A; 3L73 H; 2PI5 A; 3F5T A; 3DSQ A; 2UUC B; 4JYY A; 1URF A; 3FKS G; 5CBG A; 4WF9 V; 2H3O A; 1IUR A; 4NTX A; 5A9G A; 5EIB C; 3LUT B; 4UB8 Z; 5B66 Z; 3I56 V; 2D2C B; 2H94 A; 4BIO A; 3WB0 A; 4X1Y B; 4KP4 A; 1TGO A; 2VRZ A; 1CPY A; 1AIL A; 2GSM B; 1ZTE A; 4WBN A; 1ROP A; 2CTW A; 1XNQ B; 1JFF A; 3ETD A; 5TIS Z; 5B1B B; 3SJA C; 2PTM A; 2IM9 A; 4I0X A; 4JZ2 A; 3OEH G; 1I94 B; 5JJN B; 3CEI A; 2IW5 A; 4DR5 B; 2KKW A; 4ZIB A; 4XDK A; 2ITD C; 3BAB A; 2WWW A; 4DUZ O; 3JSL A; 2JDI G; 1THZ A; 1R3I C; 1UPG A; 5JQG A; 1N34 O; 1MSW D; 3N2K B; 1IBL B; 4JAA A; 1SS3 A; 1YCI A; 2BTQ B; 3UM7 A; 3OUF A; 2UXX A; 1MMM A; 2UXB O; 5LMN O; 3ICX A; 3N27 A; 1R6N A; 1AI6 A; 4O4H A; 1WA8 A; 4PDR A; 1Y67 A; 5KAF Z; 1K9M W; 4LFB B; 3JAW A; 5A2Q N; 4DV1 B; 2YIB A; 4EB6 B; 1JJ2 U; 1R73 A; 2YI8 A; 1AVM A; 2Q6A A; 4X1K A; 1OCZ C; 4CS4 A; 5AG2 A; 2PZS A; 2YXH A; 2DWE C; 5GON A; 1W0J G; 4LFA O; 4PA3 A; 3CJH A; 2CE4 A; 2E76 B; 3T4Z A; 1RM1 C; 3GWK C; 3ABT A; 1K3E A; 2GDS A; 3JAR B; 3E2E A; 1EFR G; 3RYC A; 4MVM A; 3L75 H; 1S72 V; 2WLK A; 3SPC A; 4QJF B; 5H5N A; 3RYH B; 3CWB H; 5L3D A; 2P7T C; 4MVS A; 4X1Y A; 1B04 A; 3A0R A; 1FJG O; 4DR7 O; 2GV9 A; 5JVD B; 4WCE V; 3CCE V; 3G6E V; 3W7W A; 1V54 B; 1NQT A; 3HPL C; 4DV5 B; 4BW9 A; 4O2A B; 1DK1 A; 4I4T B; 1X59 A; 2YDE A; 4MVO A; 3D3I A; 5E1A C; 2MK3 A; 3SYC A; 3P3P A; 1VQ7 V; 1S77 D; 1MSD A; 3AG7 A; 1VQM V; 4IHJ A; 2QWQ B; 4DR4 O; 4LF5 B; 4B3S B; 4RQE A; 4JI4 B; 2CDY A; 4H44 B; 3FX7 A; 1J5E B; 4YHH O; 1VF6 C; 1KKC A; 1TVK B; 1D5N A; 1AJN A; 4TT3 G; 1Q7Y W; 1UFI A; 4JI2 O; 4ZHQ B; 1XIL A; 1SET A; 5JJJ B; 4LF7 O; 3ML0 A; 3E8G A; 3F7Y C; 4I7Z B; 4JI0 O; 1HNW B; 3N2K A; 1R6K A; 1RSO A; 4LF4 B; 4DW1 A; 4Q20 A; 2ZNI A; 2ADQ B; 1YSC A; 2BTQ A; 5DED A; 1UJW B; 1CP9 A; 4LP8 A; 2DYR C; 3CME V; 1SQP H; 4DXW A; 3WU2 Z; 5LGU A; 4X64 B; 1VF7 A; 2WLI B; 1KEC A; 2Q0O C; 3DTU B; 1N32 B; 2Z3Y A; 1EBO A; 1H2K A; 4JI1 O; 1AI7 A; 4EB6 A; 4TQD A; 3D3Q A; 1WAZ A; 4J11 A; 2IH1 C; 2V1D A; 4PDL A; 2RDC A; 1BCC H; 2CUG A; 2HHH B; 1VEW A; 2ZKO A; 3CCL V; 2R9I A; 2RQ6 A; 2WSS G; 3JAR A; 3G6B A; 1JVM A; 1N8R W; 2JVD A; 3KCY A; 4DUY O; 1XBL A; 4IYH A; 3OT7 A; 3OGC C; 1RPR A; 4RUE A; 4UCT A; 3RGB A; 1GM8 A; 2BCC H; 3RYH A; 4L8J A; 5J9P C; 1BS3 A; 1US6 A; 3VQV A; 1D2D A; 2XAS A; 3BHP A; 4AHC A; 1K73 W; 4J9Y B; 3ZX6 A; 3BY6 A; 4D7T A; 4YIO A; 2Y0P A; 5JVD A; 1YVW A; 1YEW A; 5IYC O; 1KMI Z; 4O2A A; 5IJ0 A; 4I4T A; 1GK9 A; 2EIN C; 4BR6 A; 1R1B A; 3CCJ V; 4JAU A; 1HR0 O; 1SQX H; 2XND G; 3ZRV A; 4XDL A; 1G8M A; 2K1E A; 4BIU A; 5KHH A; 3H1I H; 1J95 A; 5JWP A; 4NTW A; 3OR7 C; 1AR4 A; 3RFR A; 4FFB B; 1TVK A; 2ZXW C; 3CC7 V; 2UXC B; 4RQF A; 4J80 A; 1O9G A; 4ZHQ A; 3LNM B; 1P84 F; 5IYB O; 2EIK C; 1NH2 D; 1SQQ H; 3C3T A; 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5KUM A; 3W7U A; 1H2N A; 2DYS B; 2B5U A; 3UCS C; 4K8X A; 5CN0 A; 5IY5 C; 4X66 O; 4DV0 O; 4A5U B; 2CGO A; 2QDO A; 1ARO P; 2IJH A; 5EBW C; 2XOK G; 4LWS B; 4X62 O; 4LCU C; 2NLJ C; 5KAI Z; 4CC6 A; 1SC5 B; 3K9S A; 2OTL V; 5CA0 A; 2ZE6 A; 4JI3 O; 2O57 A; 5H6R A; 3G71 V; 3K5O A; 5IJ9 B; 3ZRS A; 3K06 A; 4X1I B; 4NXM O; 3X2Q C; 4KHP B; 1S5J A; 3D8C A; 2ATK C; 1SA0 A; 4RAI A; 2Q7E A; 1IVS A; 3AG1 B; 1JPX A; 2DMX A; 2OWO A; 2BTO A; 1NVP D; 2OYQ A; 2ZE7 A; 3B40 A; 1XDC A; 5EBL C; 4PV1 B; 1OCO B; 4JI8 O; 2UUB O; 4DV2 B; 2QA4 V; 2QM7 A; 2D3O W; 1Q90 D; 2UXD B; 5CA1 B; 4GKK O; 2AGA A; 2M7W A; 4DV6 O; 2VQE O; 1DF5 A; 5EC1 C; 3M8A A; 4LFC O; 1NR1 A; 2WLJ A; 2X6A A; 3E8F A; 3FB5 C; 2EIJ B; 2GTS A; 5L3B A; 4DR2 B; 2PGG A; 1VP7 A; 4UUJ C; 2P06 A; 3TGU H; 3UT5 B; 1OCC C; 2HP8 A; 3JAL B; 1Q6H A; 1M9N A; 2Q5Z A; 4DK0 A; 1N33 B; 2B1G A; 1F4M A; 1Y6X A; 4FLU A; 5LHG A; 4LC1 A; 4K35 A; 4O4L B; 3T1H B; 3THO A; 5FPR A; 3OEE G; 3A2F A; 1M56 B; 4B7K A; 1MNG A; 3TET A; 1ZAU A; 4CZZ A; 2DE0 X; 1KYO F; 3AG2 B; 1NT2 B; 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