The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
88
|
structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
28
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UUB O; 1HNW O; 1XMO O; 5A2Q N; 4DUY O; 1J5E O; 4LF4 O; 1XNQ O; 4JV5 O; 1N34 O; 2JRI A; 4LFC O; 1HNZ O; 4OX9 O; 2Z0A A; 1HNX O; 4B3M O; 4JI2 O; 4B3T O; 4DV5 O; 4OPH A; 3M8A A; 4X65 O; 5IWA O; 4DV3 O; 3J81 N; 1D2D A; 4DV2 O; 4DV7 O; 4DUZ O; 3R66 A; 1HR0 O; 1FYJ A; 4DR7 O; 2UXC O; 5BXZ A; 4JI1 O; 4DR6 O; 3JAM N; 1XNR O; 1I94 O; 1FKA O; 4JYA O; 3T1H O; 1A32 A; 2FKX A; 4DR5 O; 3O65 A; 4JI4 O; 1KUQ A; 1G1X B; 4YHH O; 4LFA O; 3OTO O; 4JI6 O; 4LFB O; 5LMN O; 1IBM O; 2VQF O; 4LF6 O; 3RT3 C; 4KHP O; 2UUC O; 1N32 O; 1XMQ O; 4DV6 O; 4NXM O; 1AB3 A; 5BY1 A; 5LMU O; 2UXB O; 4DV4 O; 4LF8 O; 1XEQ A; 4JI0 O; 4A5U B; 4JI5 O; 4DR2 O; 4LF9 O; 3J7A U; 4JI3 O; 2UU9 O; 2F4V O; 1NS1 A; 2AGA A; 4JI8 O; 4GKJ O; 1R6T A; 4NXN O; 4DR4 O; 5LL6 Y; 2DJV A; 4B3S O; 5H5N A; 2N74 A; 2ZM6 O; 4LF5 O; 4DR3 O; 5BR8 O; 4GKK O; 1X59 A; 3J80 N; 4X66 O; 2E5L O; 1IBK O; 4K0K O; 4LF7 O; 2ZKO A; 2DOS A; 3SDL A; 3F5T A; 2UUA O; 1N36 O; 1AIL A; 2VQE O; 1F7Y A; 3T1Y O; 2HHH O; 4B3R O; 5IT9 N; 2UXD O; 4YY3 O; 4DV0 O; 1N33 O; 5FLX N; 1DK1 A; 1R1B A; 4DV1 O; 4AQY O; 1IBL O; 1YZB A; 4X64 O; 4X62 O; 4DR1 O; 1FJG O; 4OPA A; 2LW7 A; 4JI7 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2UUB O; 4JTA B; 1XDC A; 1V54 C; 3AG3 B; 2O57 A; 3CRA A; 5EIB C; 3JSL A; 4UB6 Z; 3B2E E; 1XNR B; 2L35 A; 3IJ4 A; 3B40 A; 3TXS A; 5L3D A; 4ZOL A; 4OPH A; 1YHQ V; 1JFF B; 2JJ2 G; 4YHH B; 1M56 C; 4TV9 A; 1K9M W; 2VWJ A; 4DV2 O; 3OTO B; 2W6J G; 2OTJ V; 3CCV V; 2ZE8 A; 4TUY B; 1GH6 A; 5GW7 A; 2UUC B; 2F66 C; 2ODM A; 5FNV B; 2FTK A; 1AJN A; 2EIM C; 1SET A; 2Q4P A; 1Y76 B; 1VMG A; 2ADP A; 2GTA A; 1KUQ A; 1S0V A; 2BSK B; 4PJ0 Z; 1FS0 G; 4GKJ B; 1G1X B; 5KAI Z; 2P5O A; 3HB3 B; 5DN6 G; 1R3J C; 2ZM6 B; 5EYP A; 4IIJ B; 3N2G A; 3ZHS A; 3ASO B; 2QSA A; 3OEE G; 4YJ2 B; 4DK0 A; 5IYZ B; 3W7X A; 1XHX A; 3K9S A; 4RAI A; 1P7B A; 2YUA A; 5LHI A; 2UU9 O; 1H38 A; 3L9D A; 5B3S B; 2DE0 X; 3K5N A; 5E79 Z; 4YXW G; 1VQM V; 1XIL A; 3D36 C; 1BT8 A; 4JI7 B; 1GKF A; 4CZZ A; 2UUB B; 1H8E G; 2LFR A; 2H3O A; 3DC6 A; 4J80 A; 2QEX V; 1W0J G; 1PP9 H; 4J41 A; 2R9A A; 4O4L A; 1OV9 A; 4IHJ B; 1BHA A; 1VQL V; 1Q6I A; 3P3N A; 4FLY A; 3OD4 A; 1Z5W A; 4JGS A; 3ZED A; 1IBL O; 2D2C B; 2QTO A; 3SPI A; 4X64 O; 5IYB O; 1TUB B; 1HNW O; 5C8Y A; 5JQG B; 3JAR A; 2RMK B; 2GBO A; 2Z3Y A; 3SYP A; 4MTO A; 1VQ8 V; 1R73 A; 4CC6 A; 3WB0 A; 5CB4 A; 4B3T O; 2WWW A; 4PD4 F; 4JI8 B; 3T1C A; 3QO7 A; 4G27 B; 1JPX A; 2QE7 G; 4QJF B; 4X9Q A; 1B6Q A; 4WFF A; 2AZ0 A; 4MVS A; 2VS0 A; 3CPW U; 1YIT V; 4X20 B; 3JAL A; 1RM1 C; 4TT3 G; 4Z1M G; 4JZG A; 3WG7 B; 3PJS K; 4TV8 B; 3UM7 A; 5JH7 A; 2UU9 B; 1S3J A; 4N21 A; 2C2A A; 5LXT B; 3CRQ A; 3KCX A; 1FPO A; 1QR9 A; 5LMN O; 2VQF O; 5A9G A; 1DF4 A; 1K4D C; 1R6K A; 1MOF A; 3I55 V; 2ZR2 A; 2EZO A; 2QKA A; 3EFF K; 2IM9 A; 3RYC B; 1XRE A; 3APQ A; 4LCU C; 2F95 B; 2XOK G; 2Y0I A; 2Y0P A; 4X1K A; 2LGW A; 2LO1 A; 2CH7 A; 4UVB A; 5JCO C; 3PN1 A; 2WLH A; 1FXK B; 1VQ5 V; 3D8C A; 4O4H A; 4JAV A; 4LF5 O; 1IBL B; 5EC2 C; 4X64 B; 5CA0 B; 2Q69 A; 1QU7 A; 4WBN B; 4PA6 A; 1HNW B; 2HP8 A; 3R65 A; 2IU0 A; 3SYA A; 4K0K O; 3FKS G; 5EBW C; 1E1R G; 3E22 A; 3MD0 A; 4GLX A; 3C90 A; 3B4S A; 2WPD G; 2PF4 E; 4B3T B; 1OJH A; 2JS5 A; 3HKC A; 2M6Y A; 1GO3 F; 1GAX A; 3AG3 C; 4D7S A; 2AZ2 A; 1SER A; 2W0F C; 3E2E A; 4JZ2 A; 2XND G; 3LUT B; 1PKX A; 4UCR A; 5JJJ B; 3HKE B; 1Q86 W; 4P9O A; 5BMV A; 1J5E O; 1SA0 A; 4JV5 O; 3OE7 G; 3SYO A; 3ZMS A; 3JD0 A; 4K3A A; 3CME V; 1CPY A; 1Y74 A; 2YI9 A; 1BL8 A; 4IT5 A; 5GTI Z; 3M8A A; 1WN7 A; 4X65 O; 2CTP A; 3CXH F; 4FFK A; 5LP6 A; 4UXN A; 2P6J A; 3SPJ A; 1WP8 A; 4ZIB A; 5LMN B; 3THO A; 2VQF B; 2CGN A; 5LOV B; 5KA5 A; 2R9R B; 3STZ C; 4I55 A; 4C7U A; 3LSQ A; 1A32 A; 2YDE A; 3P30 A; 1JA8 A; 5C93 A; 2LGQ A; 1MG1 A; 2KG7 A; 3FB6 C; 1G4Y B; 1AI7 A; 3T4D A; 4BWA A; 4LF5 B; 1D5A A; 1NBM G; 1TVK A; 3W7W A; 1CP9 A; 2DQ3 A; 2G38 A; 2E3C A; 3Q4H A; 4K0K B; 2E75 B; 3J7A U; 4LH6 A; 4UV9 A; 4ABM A; 4DXW A; 3SJQ C; 1GN3 A; 1EZV H; 5IY5 B; 1F4N A; 4O2A B; 1W2B U; 3CB2 A; 4GX5 A; 1VIB A; 4K8X A; 4FLW A; 4GKK O; 4KP4 A; 2JEX A; 1IBK O; 1SQP H; 1XUQ A; 2BTO A; 4JV5 B; 3RYF B; 1WNS A; 3K03 A; 2HG5 C; 2P67 A; 4ZI7 B; 3L75 H; 4HAM A; 3H9V A; 1D5N A; 2XAQ A; 4JYY A; 4X65 B; 2OYQ A; 5H2F Z; 4J9Z B; 3ZMT A; 4LFC O; 1URF A; 2A3Q A; 1GK9 A; 4R6Z A; 2HKO A; 3BRC A; 2MW2 B; 1HNZ O; 1HNX O; 1RFY A; 1LNQ A; 4JI2 O; 3DXR B; 2JGD B; 1K73 W; 4JAS A; 1KP2 A; 3P3P A; 1L8D A; 1NR7 A; 4PDV A; 1B04 A; 4DR7 O; 5J2U B; 5J2T B; 1AR4 A; 1ZSP A; 1YJ9 V; 4GX0 A; 3N2K A; 4BAY A; 1VQ7 V; 5CA3 A; 3A0B Z; 4JYA O; 3F5W C; 1MZF A; 3ABM B; 4CH5 A; 5IJ9 A; 1EBO A; 4KFM A; 4KL1 A; 1V54 B; 2RNB A; 3EHB B; 2B5U A; 1M5I A; 3ICX A; 2EZP A; 1YEW A; 2RN9 A; 4E2L A; 3QF7 A; 3E8F A; 4CS3 A; 1MSD A; 3UQ8 A; 4GKK B; 2OT5 A; 2GSM B; 1P4R A; 4W4K A; 3QNE A; 3LDC A; 2AGA A; 4WF9 V; 1WPB A; 3S3X A; 4NXN O; 5L3B A; 2XAG A; 1YCI A; 2DJV A; 3LDD A; 5IDJ A; 4FM1 A; 4PA7 A; 4PA4 A; 2WLL A; 2HVJ C; 4LFC B; 1ARO P; 2UXX A; 2DWD C; 5LYJ A; 4RWU A; 4F6R B; 1Q8I A; 3D3Q A; 3ABU A; 3OR6 C; 2FYU H; 3RGB A; 2ZKO A; 3VQX A; 1HNZ B; 1HNX B; 2JEU A; 3U10 A; 3FAV B; 5DEC A; 1W59 A; 3ABL B; 2OCH A; 1VF6 C; 1BMF G; 3K3W A; 1COW G; 5EZY A; 4DR7 B; 2R72 A; 5ITZ B; 1I5X A; 2PTM A; 4MVZ A; 1P7G A; 3QVN A; 3CCM V; 4JYA B; 4DW1 A; 4UVC A; 2WLI B; 4I5S A; 1O9G A; 1N0N A; 3KG2 A; 4MSW C; 1QLE B; 2FB5 A; 3FYI B; 4UB8 Z; 2JIZ G; 3OW2 U; 4JAA A; 3AG1 B; 4W4L A; 5EIB D; 5H6Q A; 4DUZ O; 5JWP A; 4R8C A; 2UXC O; 3CCL V; 4MVO A; 3OUF A; 2YSU B; 5KLV H; 4B7K A; 4CBC A; 4ZHQ A; 2QWN B; 2Y48 A; 3ASN B; 4EB6 B; 5FPO A; 4NXN B; 4MT8 A; 3A0H Z; 1VF7 A; 1ZL8 B; 3HKB B; 4DV1 B; 2WAM A; 3ABK B; 4ICG A; 1AI5 A; 5B1B B; 4UCT A; 1XMQ O; 3N27 A; 4I50 B; 5CN0 A; 3E83 A; 4LF8 O; 1XEQ A; 5IY5 C; 2Q7H A; 2F93 B; 3NXS A; 5KMG A; 3DSQ A; 1VF5 B; 2N05 A; 1M9N A; 1JQ0 A; 4JPR A; 2N74 A; 4X1I A; 1FXV A; 2QKS A; 3DC5 A; 4X66 O; 3ZHU A; 2YEV B; 2ZE5 A; 2X7R B; 3F7V C; 4UV8 A; 4FVM A; 4P2Z A; 2HEP A; 2Y4U A; 4DRX B; 3MDS A; 4KXR A; 4FLZ A; 5IT9 N; 5FLX N; 4O2B A; 3SJB C; 1NZ6 A; 3CC2 V; 3K5O A; 4DUZ B; 5E1A C; 1U96 A; 4LF4 O; 2UXC B; 3FYE B; 5LHH A; 5B66 Z; 1JX9 A; 5JJE B; 5K1X A; 3ZBH A; 4FJC C; 2CK3 G; 3T4Z A; 1MAB G; 1UPG A; 1SZT A; 1ZWI C; 4XBF A; 4BIZ A; 5IYC O; 3E89 A; 3ABM C; 3CP1 A; 3OMA B; 1XMQ B; 4DR6 O; 4PI2 A; 2LJ2 A; 1NH2 B; 4LF8 B; 4J42 A; 3ML0 A; 1DF5 A; 4I0X A; 3B8N A; 4GCZ A; 3SGI A; 4E4E A; 3JAS A; 3EVK A; 2HR3 A; 4B08 A; 2A06 H; 2PY5 A; 3ZHT A; 2KKW A; 4JI6 O; 4LFB O; 3CJH A; 4U3J B; 5LGT A; 1PM9 A; 2BE3 A; 4LH7 A; 2N04 A; 4HNA B; 1VQK V; 1R3L C; 2E76 B; 3APO A; 4RQE A; 4X66 B; 4JAU A; 2ADQ B; 1NU1 H; 3JAT B; 4JI5 O; 5LA6 A; 3RBZ A; 3ZRW A; 5CBH A; 3HR0 A; 4JI8 O; 2XTA A; 3CSX A; 2YIA A; 1OCC B; 1YJN V; 3K5M A; 4MVM A; 3JAW A; 3K57 A; 2KQX A; 3OT7 A; 2Q6A A; 1XL4 A; 2ZNJ A; 4JYC A; 2ZD9 A; 5CA1 B; 5BR8 O; 2K1E A; 4LF4 B; 4UUJ C; 3ABL C; 1SKV A; 3RYH B; 4LF7 O; 2IU3 A; 2YIB D; 3K08 A; 3SJC C; 5KHJ A; 3VBB A; 3F5T A; 5DED A; 3ZS8 C; 1N36 O; 3CXC U; 5HFM A; 1OCZ B; 1F7Y A; 2DN9 A; 3H1J H; 1I7F A; 2GHY A; 1R1B A; 1L0L H; 1K7D A; 2AHZ A; 1WP7 A; 4XDJ A; 4GX1 A; 1WA8 B; 4DR6 B; 3GVM A; 4I9W A; 2XHB A; 3D36 A; 1QLE C; 5EK0 A; 2JRI A; 4LR3 A; 2ITD C; 3AG1 C; 5B1N A; 1XHZ A; 2Q8V A; 1B06 A; 1HWY A; 2LP7 A; 1EFR G; 2AXT Z; 4Z2W A; 5IWA O; 2Q0O C; 4FLU A; 2EX3 A; 4JI6 B; 4LFB B; 4LWS A; 1BS3 A; 3ETE A; 3R66 A; 3HKD B; 1DTO A; 2DWE C; 3FD9 A; 3ZN1 A; 3ZCC A; 1YI2 V; 3ASN C; 3B77 A; 4JI5 B; 2EJR A; 5GTH Z; 2P90 A; 3ABK C; 3CYO A; 2VQE B; 5B1B C; 3H1L H; 3RW0 A; 5B1O A; 3GB7 C; 1IXB A; 5H9C A; 3IGA C; 1K3E A; 5GON A; 1IBM O; 1SQF A; 4WFA V; 1NKD A; 1MZE A; 3L72 H; 2P7T C; 3K59 A; 4LNU B; 3VQV A; 2QGN A; 4CH3 A; 5BR8 B; 4NXM O; 4TSF G; 4QGP A; 4X88 A; 1Q6U A; 3K06 A; 3RYI A; 1RSO B; 3NR7 A; 4LF7 B; 2JGU A; 1K4C C; 5J9P C; 4N23 A; 1OCO B; 1PL0 A; 1N36 B; 4I4T B; 4MS2 A; 1ZTE A; 1M93 A; 1JJ2 U; 5KX5 B; 4QPK A; 2QWO B; 4YJ3 B; 1DGS A; 4OXS A; 5L3E A; 5H5N A; 3ZRS A; 5KUK A; 2GUZ A; 3M99 B; 1JJO A; 2P4K A; 1Q82 W; 4Q20 A; 3FB5 C; 4O4J A; 2B1G A; 1H2N A; 3B8M A; 2ARH A; 1M1K W; 4PDL A; 4JI4 B; 1ZAU A; 1IUR A; 2Q73 A; 4B3R O; 3BAB A; 2F23 A; 5JCO A; 4MVU A; 3C3T A; 4AHC A; 5IJ0 B; 5IWA B; 1QVG U; 3OAA G; 3D3I A; 4BIO A; 4WFH A; 4ASU G; 1YZB A; 4FPP A; 1FJG O; 4OPA A; 2QA4 V; 3A8T A; 4MVQ A; 3JAK A; 4MW3 A; 2B1I A; 1YF2 A; 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4DV5 O; 1YTF D; 2HJD A; 3CS5 A; 1E79 G; 3QG5 A; 1ORQ C; 2E74 B; 3U0Z A; 4LFA B; 1VP7 A; 1NTK H; 1TUB A; 5JQG A; 2LQT A; 1Y66 A; 1N32 B; 2P22 C; 4JI1 O; 1SQB H; 3GWO A; 1KBH A; 3UT5 B; 5LMU B; 2A7W A; 2OTL V; 1KP3 A; 4JI0 B; 1WPX A; 1SES A; 2DMX A; 1TUE B; 4JI3 B; 2QWR B; 1BGY H; 4PDR A; 2ETN A; 2QM4 A; 4DR4 B; 1XQ8 A; 4LF6 O; 4X20 A; 2BOC C; 3RT3 C; 3UKM A; 1AVM A; 1XL6 A; 1OCO C; 2KB1 A; 5BZB A; 4TV8 A; 3LDE A; 2F1M A; 2VWK A; 2UXB O; 2IBZ H; 4P30 A; 2R70 A; 3MHH C; 3H01 A; 5LXT A; 1VQ4 V; 1PD3 A; 4TQF A; 1SQG A; 3JYC A; 1Y67 A; 2PI4 A; 2EJ7 A; 4NTX A; 3ZHQ A; 2EIN C; 2YC0 A; 4I9Q A; 1R6T A; 4PI0 A; 2MK3 A; 2Q9L A; 4GZR B; 3K9A A; 2ILM A; 4QE9 A; 3RYC A; 4NTY A; 2ZCE A; 4UVA A; 4QIW F; 3ZIA G; 4F4L A; 1JMK C; 1GTO A; 1V9P A; 1XOU A; 2M7W A; 3SDL A; 4MVR A; 4EEQ A; 1FXK A; 2CTW A; 4DV5 B; 1H2K A; 3OMI B; 3KCY A; 2L6L A; 1R6N A; 1N33 O; 4WFB V; 5CA0 A; 4ZOL B; 4WBN A; 1DK1 A; 4DV1 O; 3U11 A; 4H33 A; 4TV9 B; 2ZE6 A; 3OM3 B; 2X6B A; 3E8G A; 4JI1 B; 1LUW A; 3AK2 A; 1F51 A; 2DYS C; 1KMI Z; 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