The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
87
|
structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| total genus |
30
|
| structure length |
87
|
| sequence length |
87
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR7 O; 1KUQ A; 3J80 N; 1N32 O; 5LL6 Y; 4JI6 O; 3RT3 C; 4JI8 O; 4OX9 O; 4B3M O; 1N33 O; 3SDL A; 1XNR O; 3O65 A; 4B3R O; 4DR2 O; 2FKX A; 4DR6 O; 2UUA O; 4X64 O; 2AGA A; 5BY1 A; 4X66 O; 4DV4 O; 1HNW O; 4JI2 O; 4DUY O; 1J5E O; 2UUB O; 4LF7 O; 1FKA O; 4YHH O; 4JI4 O; 1R1B A; 3J7A U; 2UUC O; 2UXC O; 1FYJ A; 4OPH A; 4DV3 O; 4DR4 O; 2F4V O; 2JRI A; 4KHP O; 1YZB A; 5A2Q N; 1IBM O; 4JV5 O; 1HNX O; 4AQY O; 4NXN O; 4NXM O; 4X62 O; 4LFC O; 5BXZ A; 2N74 A; 2VQE O; 4DV6 O; 1X59 A; 3R66 A; 2UXB O; 1XEQ A; 4DV7 O; 3F5T A; 5LMU O; 1HNZ O; 5BR8 O; 1F7Y A; 4X65 O; 4JI7 O; 3T1H O; 1AB3 A; 4DV1 O; 1DK1 A; 1I94 O; 2E5L O; 4LF8 O; 4DR3 O; 2DJV A; 3OTO O; 4LF5 O; 4B3T O; 3M8A A; 5LMN O; 4LF4 O; 4LF9 O; 2LW7 A; 2UU9 O; 1A32 A; 2UXD O; 4JI5 O; 1IBK O; 3JAM N; 4GKK O; 4JI0 O; 2VQF O; 4LF6 O; 5FLX N; 4JI3 O; 4B3S O; 4OPA A; 4GKJ O; 4YY3 O; 1N36 O; 1G1X B; 2ZKO A; 4LFA O; 2Z0A A; 3J81 N; 4DUZ O; 4K0K O; 2DOS A; 4DR5 O; 2HHH O; 5H5N A; 1XMO O; 4JYA O; 1XNQ O; 1XMQ O; 4DR1 O; 4LFB O; 1FJG O; 4A5U B; 1HR0 O; 5IT9 N; 1IBL O; 1D2D A; 2ZM6 O; 1N34 O; 4DV0 O; 4DV2 O; 1R6T A; 1NS1 A; 5IWA O; 4JI1 O; 4DV5 O; 1AIL A; 3T1Y O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DV0 B; 4K35 A; 5J2T A; 1VQ4 V; 4BW5 A; 4LNU B; 1SZT A; 1B3Q A; 3E22 A; 4K8X A; 3SDL A; 2Q73 A; 1FAF A; 1OZ0 A; 1N32 B; 1N0J A; 4X88 A; 3A0R A; 2HJD A; 1THZ A; 3W7T A; 4W4K A; 5C8Y B; 4N21 A; 4LF7 O; 3B8M A; 3J7A U; 3U10 A; 3AG4 B; 1LNQ A; 4JV5 O; 4NXN O; 4TQF A; 4U3J A; 2QM8 A; 2VWK A; 4ZOL A; 2X6C A; 4JTD B; 3OMI B; 3L72 H; 1PPJ H; 3RYH B; 4D7T A; 5AG2 A; 1P84 F; 5LMU O; 3JD3 A; 3AG1 B; 2DYR B; 3OT7 A; 1SQV H; 4G2K A; 3ZMZ A; 3OEH G; 1WAZ A; 1YTF D; 1YDX A; 5B1B C; 4DR3 O; 4NTX A; 1OCO B; 4JAS A; 3CS5 A; 1I94 B; 1HW7 A; 1L8D A; 2GUZ B; 2RDC A; 5LA6 A; 3WFV A; 4PEL A; 4CH4 A; 5GTH Z; 5IYC O; 4B3T B; 1SQG A; 4O4I A; 4QPK A; 3OEE G; 3CD6 V; 3FB7 C; 2ZE6 A; 2BSK B; 2BTQ A; 1SES A; 4LF6 B; 1PL4 A; 3SYA A; 2C2A A; 5KHI A; 1F23 A; 1Q7Y W; 1JFF A; 3CPW U; 5J2T B; 4JYA O; 1GN4 A; 3QVN A; 3E22 B; 1FD9 A; 1HR0 O; 4TQD A; 3H1I H; 3CE2 A; 1R6T A; 1FFT B; 4HBN A; 5IWA O; 4JI1 O; 1PNM A; 2QM7 A; 1SQX H; 4UCU A; 1SRY A; 4DR7 O; 3FAV B; 4DK0 A; 5H9C A; 1IBL B; 4DV2 B; 3O9O A; 4LF7 B; 3R65 A; 3M99 B; 3O65 A; 1AI7 A; 3BEH A; 5HFM A; 2QKS A; 4DK1 A; 1QBZ A; 3CRM A; 1DF4 A; 1URF A; 1QR8 A; 2YDE A; 1AP6 A; 3LSQ A; 4X20 A; 4FJC C; 2XAJ A; 1IDS A; 2HVJ C; 2GSM B; 2R9A A; 2NLJ C; 2UUA B; 4JI4 O; 2UXC O; 2JRI A; 3P3P A; 1US6 A; 4MVZ A; 5LMU B; 1R3L C; 4FM2 A; 4AQY O; 1UPG A; 3LSS A; 3G6B A; 1V54 B; 1WA8 A; 1FXH A; 3OUF A; 1J95 A; 2YS8 A; 4RO2 A; 5CA1 B; 4DR3 B; 2XAH A; 4PHZ A; 3ZJZ A; 3IC7 A; 1XBL A; 2F66 C; 2UXB B; 2EIM C; 4TWK A; 4DXW A; 2W6I G; 2F95 B; 2BTQ B; 4JI7 B; 5EC2 C; 4LF4 O; 2WLL B; 5JVD A; 3CRQ A; 4KP4 A; 1VQN V; 1JFF B; 2EUL A; 3W7U A; 4P9O A; 1I5Y A; 4X8A A; 3RYI A; 4OPA A; 2CGN A; 4DRX A; 2HVK C; 3N2G B; 4JI5 B; 3CCR V; 4LBE C; 4Z1V A; 4PDR A; 4JI0 B; 3ZN0 A; 4JI1 B; 4B3S B; 2Z0A A; 3OW2 U; 2Y4T A; 5CN0 A; 4I0X A; 2CE4 A; 1RM1 C; 2Y0P A; 2GDS A; 1BHB A; 5BZB A; 1XMQ O; 3BAB A; 3RW0 A; 5L3B A; 1YF2 A; 2ZXW B; 4O4L B; 4FLX A; 5B1N A; 1XMO B; 5EIB C; 4O2A B; 4JF3 A; 4PA7 A; 4X20 B; 2DN9 A; 1ENV A; 3ZBH A; 2XUM A; 2PZS A; 2EIL B; 4G28 B; 4JI4 B; 4FZ1 A; 1XNR O; 4C7U A; 2ZE7 A; 5L3G A; 5KA5 A; 4AQY B; 3D8C A; 4OX9 B; 4B3M B; 4O4J B; 1WA8 B; 5DN6 G; 1NVP D; 1NTK H; 3UQ8 A; 1OV9 A; 4DV3 O; 5LHI A; 3WG7 C; 1AI4 A; 1V55 B; 1Z2G A; 1OCR B; 2YEV A; 4NXM O; 2CTP A; 4YHH B; 4TUY A; 4FFB A; 3ZIA G; 2HEP A; 5C93 A; 1SER A; 1Q82 W; 2VQE O; 3ABT A; 2W6J G; 1XEQ A; 4FFK A; 5JVD B; 5JH7 A; 1KKC A; 1YI2 V; 1M93 A; 2XT9 A; 5GON A; 3H9V A; 3CRC A; 3IGA C; 4F6E A; 5JCO C; 5EYP B; 1S76 D; 3RYI B; 3B4S A; 5LXT B; 3OD4 A; 1V9P A; 5BMV A; 5H6R A; 4I9W A; 4GT1 A; 4I0X B; 2OT5 A; 2Q5Z A; 1GRJ A; 1K8A W; 1VMG A; 3CCE V; 2X7R B; 4XDJ A; 3G80 A; 1ROP A; 4O2B B; 1Q43 A; 4BR6 A; 4NB5 A; 5B5E Z; 2AXT Z; 4GKJ O; 4MVO A; 2R9I A; 1DLB A; 3LDE A; 5L3C A; 1VQO V; 4FM0 A; 2WWW A; 3B40 A; 4YY3 B; 1M56 C; 3CEI A; 1I5X A; 1AJN A; 2M6Y A; 2ZM6 O; 2N04 A; 3CC7 V; 3TJT A; 1N33 O; 2HJF C; 2LP7 A; 2V4D A; 4R7C A; 3ZHQ A; 1K73 W; 1GKF A; 4RUF A; 4JI8 O; 4DV3 B; 2W0X A; 2ZIO A; 3E8G A; 2Y0I A; 2ILM A; 4CS3 A; 1XL6 A; 2YEV B; 2WLM A; 4K8Z A; 4TUY B; 2LW1 A; 2UXX A; 3A0B Z; 1D5N A; 3FKS G; 4JYC A; 3VQV A; 1VQK V; 2Q68 A; 2ZDI A; 4OPH A; 1ZX3 A; 3HKB B; 1YIT V; 2Q0O C; 5K1P A; 5A2Q N; 4DUY B; 4TV9 A; 5GON B; 3B09 A; 3OM3 B; 2UUB B; 2YXY A; 4JTC B; 3HKD A; 1QQC A; 3K5N A; 4CC6 A; 1H2G A; 4FZ0 A; 2WLH A; 3H1K H; 4UV9 A; 4UVB A; 3B2E E; 1X59 A; 5BMV B; 3OE7 G; 4PDM A; 5JCO A; 3K9S A; 1K34 A; 3SJC C; 1PP9 H; 1JA8 A; 2RNB A; 4CBC A; 1BQ0 A; 2ATK C; 2P90 A; 2QTO A; 3PJS K; 3ZRS A; 2QA4 V; 4GKJ B; 1OHH G; 5CBF A; 2GTS A; 1K5Q A; 3H1L H; 2EIJ B; 1SET A; 2QSA A; 5IY5 B; 1WPB A; 1SA0 B; 1VEW A; 4RUE A; 3VQY A; 3CP1 A; 3JAL A; 2XOK G; 2QWR B; 2F1M A; 3DXR A; 1SQQ H; 1G1X B; 1NT2 B; 4UCR A; 5DEC A; 1RSO A; 2PGG A; 1MZE A; 4Q6G A; 3C3T A; 4MTF A; 4EEQ A; 4FLZ A; 3ZHT A; 1N33 B; 2QTS A; 1NTM H; 3UKM A; 1SQF A; 3LSU A; 3L71 H; 3UM7 A; 4A5U B; 4I50 A; 1S77 D; 2MK3 A; 4BIU A; 1XNQ B; 2NR5 A; 1MZF A; 3SPC A; 3KG2 A; 3RYC B; 2IW5 A; 3BVO A; 2QJ1 A; 3FB5 C; 2IJI A; 2IU0 A; 1Q81 W; 4HNA B; 4TV9 B; 2ITD C; 4FLV A; 2X6A A; 3ZCC A; 4FPP A; 1H38 A; 3OR6 C; 1GTO A; 2OCC C; 5A9G A; 5BY1 A; 4DW1 A; 4NTW A; 3GB7 C; 1YHQ V; 5JJN B; 1IXB A; 1FKA O; 4KUM A; 3E2E A; 1PM9 A; 2UUC O; 3D3I A; 1MNG A; 4IIJ A; 1VQM V; 2OIG A; 5LYJ B; 4P2Z A; 2WSS G; 3JAW A; 4FM1 A; 3PN1 A; 4TT3 G; 5KLV H; 3D36 C; 4X1Y B; 1I0H A; 3E8F A; 4OXS A; 1XQ8 A; 4LH7 A; 1GH6 A; 2XAF A; 1NU1 H; 5FNV A; 3HKE A; 3F5T A; 1O9H A; 3STZ C; 3W7X A; 5JJJ B; 4J41 A; 3ASN B; 3JAL B; 1BS3 A; 4DV1 O; 3ABU A; 2L35 A; 3DXR B; 3ETE A; 1F4N A; 4YJ3 A; 4MW3 A; 4LF5 O; 2FL4 A; 5IYD O; 3TXQ A; 1KP3 A; 1A32 A; 2A3Q A; 2X0L A; 4GKK O; 2JVD A; 3OTO B; 2LGQ A; 2HR3 A; 2KB1 A; 2YID A; 2DMX A; 2OIE A; 5EBL C; 5LP6 B; 3SPH A; 5B3S B; 4DUZ O; 3JAT A; 3K06 A; 1BL8 A; 4YIP A; 2HHH O; 3IAY A; 1OCC C; 3TK1 A; 3Q4H B; 2B9Z A; 2QEX V; 4NVP A; 3I55 V; 1Q86 W; 1VF5 B; 4LFB O; 3K3W A; 4D6T H; 5EBM C; 2DYS C; 2V7Q G; 4CS2 A; 1M9N A; 3UO2 A; 4DV5 O; 5KHH A; 3X2Q C; 3KZI Z; 4J9Z B; 1QLE C; 4I5S A; 1SF9 A; 4GX0 A; 3AG2 B; 2FKX A; 2Z5U A; 3QO8 A; 4JI6 B; 3IJ4 A; 2FB5 A; 3ABL C; 4U3F H; 4CZZ A; 4OGQ B; 2GBO A; 2LGW A; 1BT8 A; 5FPR A; 5FNV B; 3F7Y C; 1RPO A; 4X66 B; 5D5Q A; 3D36 A; 2ZCE A; 3VOU A; 3QF7 A; 1J5E B; 2YIB D; 2JS5 A; 1EFR G; 2IJH A; 5HFL A; 5B1O A; 4P9P A; 1KP2 A; 1Q6U A; 3HKC A; 4LFC B; 1YJ9 V; 1FXK A; 1EZV H; 4FLU A; 5LOV A; 3RFR A; 1HDJ A; 1TGO A; 2M7W A; 2Y69 C; 2CDY A; 1H8E G; 4QNH B; 2G38 A; 4F6R A; 2CTR A; 1IBK O; 3JSL A; 5LMN B; 1DGS A; 2F43 G; 4UUJ C; 4X1I A; 3C90 A; 3JD0 A; 3ABM B; 4LR3 A; 4K0K O; 3CCL V; 2Q7E A; 2XAG A; 1FJG O; 1RP3 B; 3K5M A; 2P22 C; 3APO A; 2P5O A; 3CCU V; 4Z2W A; 3L73 H; 5KMG A; 3STL C; 1NH2 B; 1BCC H; 2A7W A; 2XAQ A; 1SZX A; 4GX1 A; 4R8C A; 1B04 A; 3JAS B; 3GWK C; 4DO2 A; 1K7D A; 2P06 A; 3RN4 A; 3OAA G; 1JJ2 U; 1NR7 A; 3TXS A; 5H2F Z; 2KSD A; 4I4T A; 1F51 A; 2QKC A; 1BMF G; 1P4R A; 2Q67 A; 3K9A A; 2Y48 A; 4KHP O; 1FXK B; 4MTG A; 1UJW B; 1HNX O; 1NZ6 A; 1Y76 A; 2BCC H; 3CME V; 1P7G A; 4YXW G; 4CH3 A; 4R50 A; 1N4C A; 2Q6A A; 2WAM A; 2P7T C; 1ARO P; 3HPL C; 5LGU A; 5D5P A; 3G67 A; 5LGN A; 2PYL A; 4JV5 B; 4U3J B; 3RVY A; 2XHB A; 1OJH A; 1TA8 A; 4NXN B; 4FK5 C; 5B1A B; 4UFZ A; 4ZOL B; 2A0L A; 3VBB A; 2EIN C; 1HP8 A; 2LQT A; 2N05 A; 4F6R B; 4D7S A; 3MHH C; 2EIK C; 4HAM A; 3T1H O; 2ADP A; 3T1C A; 3E86 A; 2E5L O; 3ASO B; 3L9D A; 3JAK A; 4X1I B; 2JGD A; 4UCS A; 4J80 A; 4DYL A; 4FLW A; 3SYO A; 3D3Q A; 1QVF U; 4IHJ A; 4HZ3 A; 4J11 A; 2E74 B; 2VQF O; 4I7Z B; 5LA6 B; 3LDD A; 1JPX A; 1G4Y B; 4O4I B; 5KMG B; 5CB4 A; 2LJ2 A; 3BPZ A; 4JGS A; 3FYI B; 3CHX A; 1GM8 A; 1H2S B; 2DOS A; 4IYH A; 2CK3 G; 4K3A A; 4BIO A; 3E8B A; 1NKD A; 1OCZ B; 4I4T B; 4JYA B; 3F7V C; 5DM6 V; 1YSC A; 5CA3 A; 5IJ0 A; 1U96 A; 1SQP H; 3NR7 A; 2OCH A; 1R3K C; 4J42 A; 4GZR B; 5CMU A; 1HR0 B; 1XHZ A; 3SJB C; 5IWA B; 3QNE A; 1GN2 A; 2V1D A; 3S3W A; 3FFQ A; 4KHP B; 3SR2 C; 4DR7 B; 3CXC U; 3OFN G; 3CXH F; 1QNM A; 3ZRW A; 1RFY A; 2RN9 A; 1GN3 A; 2Q7G A; 5TIS Z; 2DQ0 A; 3CJH A; 3MD0 A; 2RCV A; 5EC1 C; 4DR4 O; 2F4V O; 1YZB A; 5E79 Z; 3ETG A; 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4MSW C; 5CA0 A; 1CXZ B; 4KL1 A; 1AR5 A; 4FFB B; 4NXM B; 2JK5 C; 1KMI Z; 2QE7 G; 2OWO A; 3B8N A; 1YJW V; 1Y6X A; 2VWJ A; 3RBZ A; 2VQE B; 2YSU B; 1R3I C; 5JH7 B; 2EIM B; 1VF6 C; 2FTK A; 2OTJ V; 4JI3 B; 1JMK C; 5KAI Z; 3I5D A; 3EXA A; 3U11 A; 3M8A A; 5CBH A; 5J2U A; 5KHK A; 1MSD A; 4ABM A; 1IX9 A; 4ZI7 A; 1VAR A; 4ZIB A; 2YI8 A; 1EBO A; 1H2N A; 1YEW A; 4IGG A; 2ZKO A; 3VQW A; 2AZ0 A; 2WA3 A; 5LHH A; 2GHY A; 1RM1 B; 2ZNI A; 2ZQM A; 5KAF Z; 3DC5 A; 2ZT9 B; 1MSW D; 4DR2 B; 1M57 C; 3AG3 C; 1BZK A; 2QKA A; 4GX5 A; 4QIW F; 5JQG B; 3T1Y O; 2ZM6 B; 1W59 A; 2A79 B; 5LL6 Y; 3EHB B; 4J10 A; 5L3E A; 3CYO A; 2LO1 A; 1Z5W A; 3SYQ A; 5IJ9 A; 2AGA A; 4JI8 B; 4DV4 O; 5FL7 G; 4JI2 O; 2EBO A; 1G8M A; 3W7W A; 2WLK A; 1R1B A; 4WFH A; 3WG7 B; 2AHY A; 3AG4 C; 4I55 A; 4G27 B; 3F5W C; 4XDK A; 5EK0 A; 3NXS A; 4EB6 A; 4JYY A; 1WP8 A; 3HKD B; 1GAX A; 2D3O W; 4DW0 A; 1JR9 A; 2JJ2 G; 4DV7 O; 3CWB H; 3AG1 C; 2DYR C; 1DK1 A; 3GVM A; 1LUV A; 4JAA A; 2CH7 A; 1YTF B; 5GTI Z; 2JIZ G; 4LF8 O; 3K03 A; 3K58 A; 4O4H A; 1OCO C; 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