The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
52
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Knots found |
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sequence length |
272
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structure length |
122
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Chain Sequence |
ATLKDITRRLKSIKNIQKITKSMKMVAAAKYARAERELKPARVYLCGAIHSSVAKQMKLANIIYYSLKESTTSEQSARMTAMDNASKNASEMIDKLTLTFNRTRQAVITKELIEIISGAAAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrogen ion transport
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| molecule keywords |
BOVINE MITOCHONDRIAL F1-ATPASE
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| publication title |
The structure of bovine F1-ATPase complexed with the antibiotic inhibitor aurovertin B.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
52
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| structure length |
122
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| sequence length |
272
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| other databases |
 KnotProt 2.0: Artifct K +31
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1996-05-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| G | PF00231 | ATP-synt | ATP synthase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5L3D A; 3ABU A; 1H8E G; 5LGU A; 1NBM G; 3OEH G; 5LGT A; 2JIZ G; 2XAG A; 2Y48 A; 2UXX A; 2V1D A; 3ABT A; 4CZZ A; 1H8H G; 3FKS G; 2W6J G; 1E1R G; 4BAY A; 4XBF A; 5L3F A; 2IW5 A; 3OFN G; 4UV9 A; 5L3G A; 5LHH A; 2QE7 G; 2WPD G; 1W0K G; 2XAF A; 4UVC A; 5L3B A; 3OEE G; 2W6I G; 2XOK G; 2V7Q G; 3ZMZ A; 1EFR G; 4ASU G; 5L3C A; 1BMF G; 2XAH A; 2Z5U A; 3OAA G; 5H6R A; 2XND G; 2JJ1 G; 5L3E A; 5LGN A; 3ZMV A; 2R9I A; 4YXW G; 4KUM A; 2XAS A; 1E1Q G; 1OHH G; 5FL7 G; 4UVB A; 2DW4 A; 1MAB G; 2F43 G; 1FS0 G; 4TT3 G; 4UV8 A; 2HLD G; 3ZIA G; 2XAQ A; 3ZMS A; 1E79 G; 2HKO A; 5H6Q A; 5LHI A; 1W0J G; 1COW G; 4TSF G; 2XAJ A; 4UXN A; 3OE7 G; 2WSS G; 3ZMU A; 2EJR A; 2H94 A; 2X0L A; 5LHG A; 4UVA A; 2JJ2 G; 2CK3 G; 5DN6 G; 3ZN1 A; 4Z1M G; 2JDI G; 5LBQ A; 3ZN0 A; 3ZMT A; 2UXN A; 2Z3Y A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5KHI A; 5L3D A; 1H2L A; 5C8Y B; 2H3O A; 1RSO A; 2BE3 A; 2ZXW B; 4FPP A; 3CRQ A; 1HNW B; 3LDE A; 2B1G A; 4JZG A; 3RFR A; 4GCZ A; 2UUB B; 1WA8 A; 3I55 V; 1H2S B; 3D36 A; 5B1A B; 2RQ6 A; 3D8C A; 2P5O A; 2IH3 C; 1JJ2 U; 5C8Y A; 4YY3 O; 1XHX A; 1LR1 A; 4J7J A; 4OX9 O; 2UXB B; 3IC7 A; 1Q86 W; 2ITD C; 2ZE8 A; 1GM9 A; 4UUJ C; 1K5S A; 4LF7 B; 1XMQ O; 3FX7 A; 1R6T A; 4H44 B; 2R9I A; 2CDY A; 1YCI A; 1FXH A; 1KP3 A; 3TGU H; 1OCC B; 2CTW A; 4NB5 A; 2B1I A; 3OMA B; 1K33 A; 4DO2 A; 2A06 H; 4FM2 A; 3D3I A; 4X8A A; 3AK1 A; 2DYS C; 1XHZ A; 1PNM A; 2HVK C; 3CXC U; 1R73 A; 4ZI7 B; 1MA1 A; 2P67 A; 5KHK A; 3CCR V; 4FZ0 A; 3HR0 A; 5IYZ A; 3CHX A; 2QKC A; 1VMG A; 1N0J A; 5BZB A; 4K0K O; 4H33 A; 4DV7 O; 4GKJ O; 4DR3 O; 2F4V B; 4KFM A; 2FL4 A; 2CK3 G; 4FMT A; 4J80 A; 1O9G A; 2P22 C; 2ZR2 A; 4ZI7 A; 4O4I B; 1PL4 A; 1S72 V; 2VQE O; 4DYL A; 2D2C B; 1VQ5 V; 4DR7 B; 4NR1 A; 2V4D A; 3OEH G; 1VQO V; 4Q20 A; 2LW1 A; 1YIT V; 1K3E A; 2AW9 A; 1JPX A; 3FKS G; 4RQE A; 4O4I A; 5JH7 B; 1MMM A; 1HNZ B; 1FFX B; 3AG2 C; 4LF8 B; 2Y0I A; 5B66 Z; 2EIK B; 1KMI Z; 3OEE G; 3EHB B; 3WB1 A; 2FB5 A; 2ZQM A; 2DYS B; 1J5E O; 4DR1 O; 2PTM A; 2F93 B; 1VAR A; 3BHP A; 1YIJ V; 4RQF A; 3CYO A; 1R3K C; 4JTA B; 3RN4 A; 3SYC A; 2A7W A; 2WLK A; 2WLI B; 3R66 A; 2ILM A; 1NTM H; 4DR4 O; 1KEC A; 4JI5 O; 4DW1 A; 5CMU A; 1E1Q G; 3M7M X; 1DGS A; 4R6Z A; 3ZHU A; 2K9P A; 1JVM A; 4G2K A; 5LP6 C; 3ZIA G; 3JAT B; 5K1X A; 2DE0 X; 2Q0A A; 2YUA A; 3X2Q C; 2GBO A; 3A0B Z; 5B1B B; 3VQX A; 1W0J G; 2WLI A; 2QWN B; 2LW7 A; 3B8N A; 1SS3 A; 3OE7 G; 3STL C; 3VQW A; 1OCR C; 3E8H A; 3RYH B; 1LUW A; 3ABM B; 2QGN A; 5JJN B; 2O57 A; 4AQY O; 2X0L A; 2LO1 A; 3JAT A; 3BA9 A; 2UUA O; 4GX1 A; 4PA4 A; 1I94 B; 4TV9 B; 5K1P A; 4A5U B; 1ENV A; 2NLJ C; 1SQX H; 4LF5 B; 4DV1 O; 1X4T A; 2JDI G; 3OMI B; 2CTQ A; 1YTF B; 1Z5V A; 4K8Z A; 3JD2 A; 4J7Z A; 3CS5 A; 4KXR A; 3RYH A; 1IBL B; 4CC6 A; 4B3T B; 5KHH A; 3K5N A; 4B7E A; 4JI4 B; 1K8A W; 4NTY A; 2FKX A; 1AP5 A; 5B1O A; 1A32 A; 2UU9 O; 2GHY A; 1SQV H; 1YJN V; 1H8H G; 2DWD C; 2FYU H; 4MTG A; 4WF9 V; 2VRZ A; 2Q8V A; 4LWS A; 2IW5 A; 2EUL A; 4Q6G A; 2HJF C; 1XMQ B; 3E8G A; 1W0K G; 3TET A; 2DQ0 A; 4NXM B; 3ABL B; 1XRE A; 4I4T B; 4LF9 B; 1WJZ A; 3FYI B; 2OYQ A; 2Q73 A; 2ZT9 B; 5EYP A; 1K73 W; 1TA8 A; 3ZCC A; 4FM1 A; 2Z5U A; 4P9O A; 1R3J C; 4OXS A; 2AXT Z; 3K3W A; 1M57 C; 5LP6 A; 3ZX6 A; 3ETE A; 1NI8 A; 2N05 A; 1Q82 W; 3A0H Z; 1OHH G; 1N36 B; 4YJ3 B; 4TV8 B; 2VWK A; 4DV7 B; 2QWO B; 5H6Q A; 5EK0 A; 1UJW B; 2GV9 A; 2UXD B; 3UO2 A; 4QPK A; 2HHH B; 5H9C A; 2M7W A; 3E83 A; 1KUQ A; 4MW8 A; 3SGI A; 3W7W A; 1B06 A; 2GTA A; 3KG2 A; 1ZAU A; 3DTU B; 3FAV A; 5JQG A; 5EC1 C; 3O65 A; 3K9A A; 2ODM A; 2RN9 A; 4PD4 F; 4EFB A; 1ZTE A; 4YJ3 A; 2KG7 B; 4TV8 A; 3NXS A; 2ZIO A; 3MHH C; 1PD3 A; 1FXK B; 2DQ3 A; 5CA0 B; 3J81 N; 1XNR O; 1M4U A; 2DN9 A; 2KSD A; 2HP8 A; 3CCU V; 3LNN A; 3SYO A; 3E8F A; 4X66 O; 3QF7 A; 1AJQ A; 2P4K A; 4LCU C; 1FKA O; 4TUY B; 3T4Z A; 3ABU A; 5KX5 A; 2KG7 A; 1YI2 V; 1Q6H A; 5LGT A; 3WU2 Z; 4LFC O; 3PN1 A; 2F23 A; 2YXL A; 4ABM A; 1FXK A; 1SES A; 4FLZ A; 3CE2 A; 3STZ C; 3ML0 A; 3F5T A; 2F66 C; 3H1I H; 4FFK A; 2YIC A; 3OUS A; 2EX3 A; 1YEW A; 4GUN A; 2AZ2 A; 4LF4 B; 1QR9 A; 2WPD G; 3UM7 A; 3QTC A; 3G80 A; 1US6 A; 1ZSP A; 3EVK A; 1DF4 A; 1QLE C; 1K92 A; 4MVO A; 3C3S A; 4DUZ B; 1JQ0 A; 4TWK A; 4HAM A; 1S76 D; 3QVN A; 2ZNI A; 5GTI Z; 1YF2 A; 2NN4 A; 3BPZ A; 1EZV H; 1V9P A; 1JMK C; 4JAS A; 1M56 C; 2W0X A; 3L9D A; 4QE7 A; 1OJH A; 2JGU A; 2XAQ A; 2GDS A; 1H38 A; 1NVP B; 1BZK A; 5LHI A; 3ZHT A; 3K57 A; 2YIB D; 2ZM6 B; 2GUZ A; 3ZMU A; 3CC2 V; 3JCU Z; 5LMU B; 4IYI A; 2Z0A A; 2GTS A; 3APO A; 4CS2 A; 3OR7 C; 4UVA A; 3ZS8 C; 4MSW C; 3CMA V; 2G38 A; 4IGG A; 3C90 A; 2EIN C; 3Q4H B; 4FVM A; 1FJG O; 3H01 A; 5D5P A; 3RYF A; 1QLN A; 2XTA A; 3WG7 C; 3T1Y B; 1GTO A; 2WWW A; 1PV0 A; 1GK9 A; 2JS5 A; 5JCO C; 1ZWI C; 4PDR A; 1SER A; 3Q4H A; 3WB2 A; 2JS3 A; 4IT5 A; 4F6R B; 4NTW A; 2ZIN A; 2OCH A; 3MD0 A; 2ZD9 A; 2EBO A; 4UCV A; 2ZCE A; 2ZE7 A; 4LH7 A; 3TK1 A; 3ABK C; 3OTF A; 4DV2 O; 3AK3 A; 1WP7 A; 2W6I G; 4HNA B; 4P9P A; 3LDC A; 1NU1 H; 2V7Q G; 2PI5 A; 3P32 A; 1AI4 A; 4R8C A; 2QEX V; 3I5D A; 2MW2 B; 4F6R A; 1Q81 W; 2DYR C; 3ZRS A; 2BSK B; 1IBK B; 2YXH A; 4IIJ B; 3ZHV A; 3MAQ A; 4H37 A; 3SYQ A; 2EIJ C; 1VQL V; 4JI6 O; 1KD1 W; 4GX2 A; 2YID A; 1S5J A; 1FFT B; 1N32 O; 1J95 A; 1BQ0 A; 3RYI A; 4EKW A; 3CP1 A; 2BSK A; 2QTO A; 4IIJ A; 1VQN V; 1JA8 A; 3DSQ A; 2ZXW C; 2PGG A; 4GLX A; 4PI2 A; 2JGD A; 1XNR B; 1YTF D; 5H5N A; 1Y67 A; 1IXM A; 3S3W A; 5B1A C; 4DV3 O; 1GRJ A; 2PF4 E; 3B77 A; 4NKG B; 1YHQ V; 1MSW D; 1G4Y B; 4LFC B; 5DN6 G; 1SC5 B; 2KB1 A; 4Z1M G; 1X59 A; 4MVS A; 1PNK A; 3FB5 C; 3K5O A; 1R3I C; 1MSD A; 5JCO A; 1WB7 A; 2K1E A; 2IM9 A; 4LBE C; 2LGQ A; 4J10 A; 4QJF B; 3QO5 A; 2OCC B; 2Y48 A; 5LYJ B; 2NNU A; 3K06 A; 2V1D A; 2PYL A; 2MK3 A; 1NH2 B; 3JAK B; 3JAS B; 1E1R G; 2R70 A; 2JRI A; 4BAY A; 2WLL B; 2Q4P A; 3CSX A; 3J7A U; 1QU7 A; 5L3G A; 1N33 O; 4WFH A; 4JI2 B; 2UUC O; 1SET A; 4I0X A; 1S77 D; 1K34 A; 4P2Z A; 4X64 O; 4JI7 O; 3E2E A; 2CH7 A; 3UT5 A; 3JAK A; 3UQ8 A; 2VWJ A; 2P6J A; 2WLL A; 3OTO B; 1IUR A; 3CCQ V; 1EN4 A; 1SF9 A; 3UO3 A; 2IU3 A; 1XNQ B; 3IC9 A; 3WB0 A; 3BEH A; 2YXY A; 1Y4M A; 2HLD G; 1QQC A; 2Y4T A; 3CEI A; 1YDX A; 4UCU A; 2D3O W; 3JAR B; 1AJP A; 1COW G; 1FJG B; 2XAJ A; 3HKB B; 5KUM A; 2ITC C; 1P7G A; 1I0H A; 3CWB H; 1VQ7 V; 4DV5 B; 3OW2 U; 1V54 B; 2H94 A; 4J11 A; 2ETN A; 2EIK C; 3JAR A; 3OM3 B; 3W7U A; 3TXS A; 3ZN1 A; 1LUV A; 1VQ9 V; 1YVW A; 4QE9 A; 3SJA C; 4XDK A; 2QJ1 A; 1D5N A; 4FJC C; 5LBQ A; 5CBF A; 5H2F Z; 2E5L O; 3B09 A; 1ZL8 B; 3H1L H; 5KLV H; 1JOY A; 2ZDI C; 3LSS A; 4AIL C; 3SJC C; 1D5A A; 4DV2 B; 3HKE B; 2LGW A; 1YXB A; 5BR8 O; 4LR3 A; 4ZKI A; 4K3A A; 2PI4 A; 1I7F A; 1BHB A; 5EBW C; 2R9R B; 4DR2 O; 4DK1 A; 2UXC O; 1SZT A; 2F95 B; 1NS1 A; 1SKV A; 3JD3 A; 5B1B C; 3EFF K; 4B3R B; 2RCV A; 3B8M A; 3LSU A; 3HKE A; 4JYY A; 2XOK G; 1N32 B; 1QVF U; 3SPH A; 3ETD A; 1Y74 B; 1NTZ H; 4TOI A; 3ZRV A; 3ABM C; 4JI1 O; 1UPG A; 5L3C A; 1DK1 A; 1NVP D; 2YIB A; 4WBN B; 1K4D C; 3JYC A; 1PM9 A; 5LGN A; 3VOU A; 3E86 A; 4B7K A; 4MVR A; 4MS2 A; 1NT2 B; 1FS0 G; 1Y74 A; 1K97 A; 1MZE A; 3DC6 A; 5J2U B; 4U3F H; 3JSL A; 3CCS V; 4JV5 O; 2M6Y A; 4QPJ A; 3CME V; 4WBN A; 5B3S B; 4OGQ B; 5JH7 A; 4JI8 B; 2L6L A; 4FLV A; 4UXN A; 1FFX A; 5D5Q A; 4EB6 B; 4X88 A; 3K58 A; 3CPW U; 1MZF A; 3SJB C; 3G6B A; 1AI6 A; 4BW5 A; 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