The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
56
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structure length |
56
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Chain Sequence |
MVYDKIAAQGEVVRKLKAEKAPKAKVTEAVECLLSLKAEYKEKTGKEYVPGLEHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ligase
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| molecule keywords |
TRNA SYNTHETASE
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| publication title |
A recurrent RNA-binding domain is appended to eukaryotic aminoacyl-tRNA synthetases.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Cricetulus griseus
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| total genus |
18
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| structure length |
56
|
| sequence length |
56
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| ec nomenclature |
ec
6.1.1.15: Proline--tRNA ligase. |
| pdb deposition date | 1999-09-23 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4YY3 O; 1XNQ O; 3T1H O; 4NXN O; 4LFB O; 4JI6 O; 1XEQ A; 4JI2 O; 1R6T A; 1X59 A; 4OX9 O; 5BY1 A; 4LF5 O; 2AGA A; 2UXD O; 5IT9 N; 1NS1 A; 4LF7 O; 1AB3 A; 1I94 O; 3SDL A; 4DV4 O; 1IBM O; 4LF6 O; 1N36 O; 4DV3 O; 4LF8 O; 1HNZ O; 2UUC O; 5H5N A; 2LW7 A; 5BR8 O; 1IBK O; 2HHH O; 4DV1 O; 3F5T A; 1AIL A; 4KHP O; 4K0K O; 4DUY O; 1FKA O; 4DR7 O; 2FKX A; 1KUQ A; 5BXZ A; 4JI8 O; 4DR3 O; 4AQY O; 5IWA O; 4JI7 O; 2VQE O; 4JI3 O; 4DR5 O; 1J5E O; 2JRI A; 2UXC O; 1FYJ A; 1XNR O; 4B3R O; 1HNW O; 1HNX O; 2F4V O; 1N34 O; 3J81 N; 2VQF O; 3RT3 C; 1A32 A; 1DK1 A; 1R1B A; 2N74 A; 3JAM N; 3M8A A; 2E5L O; 4B3S O; 4B3T O; 1D2D A; 5FLX N; 4JI5 O; 1F7Y A; 1FJG O; 4GKJ O; 4DV0 O; 4OPA A; 4B3M O; 4DV2 O; 2UXB O; 3OTO O; 5LL6 Y; 4LF9 O; 4A5U B; 4DV6 O; 1G1X B; 1N32 O; 4X66 O; 4DUZ O; 3O65 A; 1IBL O; 4OPH A; 4LFC O; 5LMU O; 4DR1 O; 2UUB O; 4X62 O; 3J80 N; 4DR2 O; 2UU9 O; 4X64 O; 4JV5 O; 2ZM6 O; 5LMN O; 3J7A U; 3R66 A; 4JI4 O; 2ZKO A; 1XMQ O; 4JI1 O; 1XMO O; 1N33 O; 2Z0A A; 4JYA O; 1YZB A; 3T1Y O; 4DV7 O; 2DJV A; 2DOS A; 2UUA O; 4DV5 O; 4YHH O; 4DR6 O; 4GKK O; 4LF4 O; 4LFA O; 1HR0 O; 5A2Q N; 4NXM O; 4JI0 O; 4X65 O; 4DR4 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1IZ3 A; 2QR4 A; 4NB5 A; 2WLN A; 1PKX A; 2HFE C; 1JQ0 A; 5LXT A; 1HW7 A; 3OEH G; 1M57 C; 1IUR A; 2UXD O; 5IT9 N; 3HKB A; 4O4L A; 4FFK A; 2DWD C; 1WJZ A; 1IBM O; 5FNV A; 4MVM A; 3AG2 C; 3OR7 C; 1TGO A; 4PDM A; 3CE2 A; 3S3X A; 3IAY A; 3AK1 A; 1W59 A; 3ZMT A; 2Y69 B; 5FPR A; 3Q4H B; 3F5T A; 2KQX A; 4CH6 A; 4IIJ B; 4HAM A; 4TT3 G; 5BXZ A; 5CA3 A; 4AQY O; 1K5Q A; 2ZD9 A; 4BIU A; 3LSU A; 2R72 A; 1G8M A; 4JAS A; 1H2L A; 3SJA C; 3J81 N; 1M9N A; 3CS5 A; 3M99 B; 1N33 B; 2E76 B; 2OYQ A; 1XIL A; 4DV2 B; 5L3F A; 5A9G A; 3W7S A; 4QE9 A; 4K8X A; 1HP8 A; 3B8N A; 1D5N A; 3I56 V; 1KQS U; 4PD4 F; 1PNK A; 4X1I A; 4E2L A; 3UKM A; 4UVB A; 4X64 B; 4BW9 A; 4JAU A; 2GHY A; 3AG3 C; 1GTO A; 4LFC O; 4IHJ B; 3HKE B; 2JGD A; 4G27 B; 1UPG A; 4K3A A; 1VF7 A; 2LJ2 A; 4WCE V; 3CRC A; 2D3O W; 1BGY H; 3CWB H; 3ETE A; 3N2G B; 4DV7 O; 2UUA O; 1NU1 H; 4UXN A; 3E35 A; 3E22 B; 1FFX A; 2ZIO A; 1YDX A; 3K06 A; 1M56 C; 2JK5 C; 3L74 H; 4GT1 A; 1MG1 A; 2EIN B; 1XNQ O; 3HKB B; 4RWU A; 2YIB A; 1LUW A; 3THO A; 2EIM C; 1QVF U; 2ZNI A; 1B06 A; 5LA6 A; 4O4I A; 4RO2 A; 1K7D A; 5B1B C; 3G4S V; 4WFB V; 2K1E A; 3H1J H; 3O9O A; 4QE7 A; 4U7O A; 4WBN B; 5KLV H; 2LW7 A; 3STZ C; 4JI8 B; 1SF9 A; 2ITD C; 2BTO A; 3JAK B; 3EHB B; 1ZSP A; 3DXR B; 4K0K O; 1J5E B; 1Q82 W; 5LHH A; 3M7M X; 3CC7 V; 3D36 C; 1BZK A; 1CEZ A; 1BCC H; 1F4M A; 3JD0 A; 3ASN B; 1HNW O; 4GUN A; 4B7E A; 2WPD G; 3JAR B; 3F5W C; 1AJQ A; 2AXT Z; 3NXS A; 4JI4 B; 1BHA A; 5EBM C; 1Q81 W; 3D3Q A; 2YEV A; 1K97 A; 5CBH A; 1AR5 A; 2HJD A; 1M90 W; 2WA3 A; 2ZE6 A; 1PL0 A; 4PI2 A; 4U3J A; 4DV2 O; 1V55 B; 2UXB O; 1SKV A; 4ZHQ A; 4LF9 O; 4FMT A; 1WP7 A; 3K59 A; 1Z2G A; 4DUZ O; 5IJ9 B; 1OZ0 A; 4FJC C; 2AZ0 A; 4UCS A; 3CXC U; 5E1A C; 2JDI G; 3B40 A; 1L8D A; 5JJJ B; 5LMU O; 1MAB G; 2EBO A; 4X64 O; 1THZ A; 2QKA A; 1JPX A; 4ZI7 B; 1YSC A; 4DV5 B; 2YID A; 2PY5 A; 1YXB A; 3G6B A; 2X6A A; 3JAT B; 1NKD A; 1I7F A; 3H1H H; 3OT7 A; 1IVS A; 4U7N A; 4C7U A; 3ZMV A; 4IGG A; 1Q6H A; 3T1H B; 1YTF D; 3CJH A; 2CK3 G; 2QWN B; 2EZO A; 4JGS A; 2BSK A; 4O4I B; 4LP8 A; 2JJ1 G; 2UXC B; 5EK0 A; 3AG7 A; 4B3R B; 1H38 A; 3E2E A; 1I0H A; 1R6N A; 2QKS A; 3WG7 B; 4KL1 A; 1IBK B; 1NTZ H; 2B5U A; 5KMG B; 1BL8 A; 2QM7 A; 1BQZ A; 4JYC A; 2XTA A; 4MSW C; 1N0N A; 4YJ2 A; 4FZ1 A; 4KHP B; 4RUF A; 1W2B U; 1FXK B; 4CBC A; 1YF2 A; 2RCV A; 2VS0 A; 2HP8 A; 1AR4 A; 2DE0 X; 1OCZ C; 5E79 Z; 4J11 A; 4JI7 B; 3T1C A; 1YCI A; 1Q8I A; 4JI8 O; 3RYF A; 2OT5 A; 2YUA A; 3QG5 A; 2GTA A; 3ZRX A; 1F4N A; 1J5E O; 3CCM V; 4CS2 A; 2XAJ A; 3OR6 C; 3OGC C; 3CD6 V; 2YEV B; 2Y4U A; 1AI4 A; 1Y74 A; 1XMQ B; 4JI1 B; 2P22 C; 3JAL B; 2ODM A; 2PZS A; 3BHP A; 3ABL B; 1JJ2 U; 1F7Y A; 2B1I A; 1ROP A; 4N21 A; 4A5U B; 1BHB A; 5KAF Z; 3ZHT A; 4P9O A; 5IE9 A; 3JSL A; 4U3F H; 4OPH A; 4DYL A; 2F95 B; 5L3C A; 2P67 A; 5EYP B; 3ABK B; 1PNL A; 4I5S A; 3CCR V; 2ZNJ A; 5H6R A; 4TQF A; 2QWO B; 4NTX A; 1WA8 A; 5BR8 B; 3CJH B; 2DOS A; 4DV5 O; 3BEH A; 3CPW U; 4YY3 B; 2A06 H; 3RWR D; 4PA4 A; 3CX5 F; 4X8A A; 2NN4 A; 4XDK A; 2XT9 A; 1VQ5 V; 1AJP A; 4FLU A; 3SJB C; 3VQV A; 5LOV A; 2O57 A; 3T1H O; 1VEW A; 4W4L A; 1N34 B; 1AB3 A; 1I94 O; 2IM9 A; 4G2K A; 3SPJ A; 5DEC A; 1WPB A; 1IX9 A; 1S0V A; 3OUF A; 2QTS A; 1IBK O; 5KHK A; 4GCZ A; 2E74 B; 3RYF B; 3K9S A; 5KHG A; 3CYO A; 2VQE B; 4EKW A; 3CMA V; 4KHP O; 2YXL A; 2ZCE A; 2WSS G; 3APO A; 4MTF A; 4B08 A; 1H8H G; 2ILM A; 4BWA A; 4JI7 O; 4F6R A; 2F4V B; 4EEQ A; 3K0G A; 1QR9 A; 2WAM A; 1XNR O; 5FPO A; 2JVD A; 2UU9 B; 2VWJ A; 3RW0 A; 3OEE G; 4IYI A; 2AZ2 A; 4ZKI A; 1R1B A; 3M8A A; 4NR1 A; 3K0D A; 3CRM A; 4Z2W A; 5FLX N; 3ABM B; 5JVD A; 3CCV V; 2EIK C; 1Q5O A; 5KAI Z; 2EX3 A; 5LHG A; 1P49 A; 3K3W A; 1M1K W; 4IL6 Z; 2JJ2 G; 3ZN0 A; 2BOB C; 3D36 A; 4X1Y A; 2EIJ B; 4DR1 O; 2R9R B; 1AVM A; 1M93 A; 4FLW A; 3EXA A; 4NXM B; 1K3E A; 4I55 A; 2PGG A; 5H6Q A; 4FFB B; 1TAE A; 4YHH O; 2B9Z A; 1HR0 O; 5JH7 A; 5ITZ A; 5AG2 A; 5J2T A; 4ZOL A; 1SQQ H; 1L1F A; 4FIP C; 2W0F C; 4YY3 O; 3ZRV A; 2ZIN A; 4H33 A; 3KKY A; 1Y4M A; 3H01 A; 4K8Z A; 3CRR A; 1N36 B; 4O4H B; 4I50 B; 2AGA A; 1TVK A; 1MMM A; 4DK0 A; 3SDL A; 4J7Z A; 3HB3 B; 1V54 B; 1L0N H; 3HR0 A; 4DV3 O; 1XHX A; 2JS3 A; 3KZI Z; 5H2F Z; 3UT5 B; 4DV1 O; 2C2A A; 3OTO B; 4JI3 B; 2Y0I A; 3JAS A; 4HZ3 A; 2ATK C; 3RBZ A; 3B4S A; 2VQE O; 2VQF B; 2JRI A; 2Q69 A; 2W6J G; 3AK2 A; 3QO7 A; 2F4V O; 2OIE A; 2ZIM A; 1TUE B; 3AK3 A; 1DK1 A; 2XAH A; 4FVM A; 4NVP A; 3UO3 A; 4X1K B; 1CPY A; 1VQ4 V; 2CDY A; 4DR6 B; 4LNU B; 4X20 B; 1FS0 G; 1K73 W; 4O4J B; 3VQY A; 3H9V A; 4CH3 A; 2QWR B; 4I7Z B; 4TV9 A; 1KU9 A; 1OCC B; 1K33 A; 4DRX B; 5J2U B; 1ZL8 A; 5LP6 C; 3OW2 U; 3TGU H; 2X6C A; 3X2Q B; 2QM4 A; 2QJ1 A; 1QCE A; 2GSM B; 2YIA A; 5L3D A; 3SJQ C; 5B1N A; 3N27 A; 1QNM A; 1YZB A; 3T1Y O; 1NVP B; 4LBE C; 2AW9 A; 2EUL A; 5H9C A; 1UJW B; 4NKG B; 4LF4 O; 4NXM O; 2ZDI C; 4DO2 A; 2XUM A; 5HFM A; 3K5L A; 4YXW G; 1KYO F; 1COW G; 4DW1 A; 2EIL C; 4Q6G A; 4JF3 A; 3L72 H; 4J42 A; 5J9P C; 2CH7 B; 2RDC A; 4JI6 O; 1D5A A; 2Q0A A; 4LF6 B; 1PP9 H; 5JCO A; 1RPR A; 4LF7 O; 4UVA A; 1X4T A; 1VQM V; 3HPL C; 1NR1 A; 1QU7 A; 2A9H A; 1N36 O; 2HHH B; 1TA8 A; 3RYC B; 1H2G A; 3T4Z A; 3FYE B; 3CCE V; 1QLE B; 5KX5 B; 3E89 A; 1VP7 A; 5KHH A; 4Q20 A; 3K08 A; 5C93 A; 3CCJ V; 2NR5 A; 1HNX B; 1NH2 B; 4JI3 O; 1S5H C; 2BTQ A; 2WLL A; 3RYI A; 5KUK A; 1GM8 A; 3ZMU A; 2VQF O; 4I9Q A; 1A32 A; 2H3O A; 1S5J A; 4RQE A; 1VQK V; 4Z1V A; 4HNA A; 3TCU A; 1PNM A; 3L73 H; 4B3T O; 2LGQ A; 1ZTE A; 1SQG A; 4GKK B; 4B7K A; 3C3T A; 4GX1 A; 1B6Q A; 2A3Q A; 4L8J A; 4PI0 A; 2IH3 C; 2CTR A; 4BR6 A; 4JI2 B; 1PV0 A; 2UXX A; 1PPJ H; 1L0L H; 3G6E V; 5KA6 A; 1MZE A; 3WB2 A; 5B3S C; 4MT8 A; 3R66 A; 3LSS A; 5CA1 B; 1K34 A; 1VMG A; 1VQL V; 2HKO A; 1M5I A; 3G67 A; 4MS2 A; 3BRC A; 3LSQ A; 2PYJ A; 3FAV A; 3OFN G; 1VQ7 V; 5EBW C; 4JAV A; 2LP7 A; 1H2S B; 1VQO V; 1RFY A; 3UM7 A; 1G4Y B; 3QO8 A; 2Q5Z A; 4LF6 O; 2A7W A; 4X88 A; 3ZRW A; 3IGA C; 3E8H A; 1FAF A; 1DLB A; 3EVK A; 5H5N A; 3JAW A; 1NQT A; 1NT2 B; 4MTO A; 1XOU A; 5LXT B; 3WFV A; 1H2N A; 2HHH O; 4O4L B; 5IJ0 A; 1FKA O; 1S3J A; 2FKX A; 2ZE5 A; 5CA0 A; 3K5M A; 5FNV B; 3H1K H; 1XBL A; 1MNG A; 4UCR A; 3E8F A; 3RN4 A; 2XAQ A; 1Y66 A; 2OCH A; 1KMI Z; 4D6T H; 1I5X A; 2FB5 A; 3QVN A; 2ETN A; 5IY5 B; 1YVW A; 4W4K A; 1HNX O; 3GWO A; 2ZM6 B; 3CHX A; 3ASO C; 2KG7 A; 4Z1M G; 5C8Y A; 2QDO A; 3L75 H; 1E1R G; 3HKC A; 4GLX A; 2BCC H; 2N05 A; 1B3Q A; 3JD2 A; 1NZ6 A; 3AG1 B; 3TK1 A; 1Y76 A; 3EFF K; 2HVJ C; 1RSO A; 1Q43 A; 4CS3 A; 1G1X B; 3LUT B; 2X0L A; 5L3G A; 2CGO A; 2Q7H A; 1XHZ A; 2XAF A; 1VF5 B; 5JJN B; 1TUB A; 1P7B A; 1H2K A; 4JTD B; 1XRE A; 4TUY A; 4X1I B; 1N33 O; 3QNE A; 3GWK C; 2DN9 A; 3ETG A; 3JYC A; 3K57 A; 3BFR A; 2LGW A; 2JGD B; 4DR7 B; 2X7R B; 3KCX A; 3ZMZ A; 5CB4 A; 1CP9 A; 4DV4 B; 2OWO A; 1Q6I A; 4TQD A; 2GUZ A; 1R6T A; 4H0L B; 3SPI A; 3ZRW B; 2PF4 E; 1ZWI C; 5LP6 A; 1FFX B; 1OHH G; 1RP3 B; 4I9W A; 2PYL A; 1U96 A; 3BVO A; 1WLE A; 1RM1 B; 3RYH A; 1NTM H; 3BAB A; 3D8C A; 4I0X A; 5LA6 B; 2CTQ A; 3TXS A; 1N32 B; 2M7W A; 3OMA B; 4EB6 A; 4R6Z A; 1WAZ A; 2KG7 B; 4UB8 Z; 3L9D A; 1QLE C; 3CC2 V; 4ICG A; 1GN3 A; 3GVM A; 1Y67 A; 5JJE B; 4J9Z B; 1PM9 A; 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4JV5 O; 2F43 G; 1GN2 A; 3AG1 C; 1BSM A; 1EFR G; 2P7T C; 1XMQ O; 4JI1 O; 4LH6 A; 3A0B Z; 4P2Z A; 3ASN C; 1WB7 A; 1BT8 A; 2DJV A; 5HFL A; 3W7U A; 2YXH A; 2WLJ A; 3ZBH A; 1KD1 W; 4LFB B; 1YIJ V; 2FYU H; 2AHY A; 1XL6 A; 1O9G A; 3SJC C; 4TV8 A; 1WA8 B; 3P3N A; 1V55 C; 5GON A; 1XEQ A; 2IH1 C; 2CUG A; 2GV9 A; 2WLI A; 1I08 A; 2YXY A; 2QA4 V; 2KB1 A; 5GW7 A; 1P4R A; 3RVY A; 4MVR A; 2NLJ C; 4JI5 B; 5GTH Z; 5LOV B; 4GX5 A; 2QGN A; 5BR8 O; 2E3C A; 1EN6 A; 4UB6 Z; 1NH2 D; 3OM3 B; 2RN9 A; 3AG3 B; 1Z5W A; 5LYJ A; 3SPH A; 2OCC B; 2FL4 A; 2Q9L A; 1N0J A; 1GO3 F; 2UUB B; 1Y6X A; 1SA0 A; 5B1O A; 1N34 O; 3BAA A; 1EBO A; 4ASU G; 2ITC C; 2P90 A; 4QGP A; 4OXS A; 4JYA B; 4F6R B; 1FJG O; 2NNU A; 3WG7 C; 4LFA B; 1F51 A; 1J95 A; 2EIM B; 5LL6 Y; 3K79 A; 3B2E E; 2W0X A; 4GX2 A; 3ZN1 A; 2IJH A; 3BY6 A; 1FXK C; 4X66 O; 2ADQ B; 2RNB A; 3JCZ A; 3RGB A; 1CXZ B; 5JVD B; 5IYC O; 4JTC B; 3R65 A; 2UU9 O; 4PEL A; 1IBM B; 3J7A U; 5BMV A; 2P6J A; 4X9Q A; 3ABT A; 1GN6 A; 1NI8 A; 3PN1 A; 4EFE A; 2YC0 A; 3ML0 A; 4X1Y B; 3ZHV A; 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