The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| publication title |
Functional insights from the structure of the 30S ribosomal subunit and its interactions with antibiotics
pubmed doi rcsb |
| total genus |
33
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-08-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4YY3 O; 1HR0 O; 1R1B A; 2Z0A A; 2UUC O; 4LFA O; 1N33 O; 4JI3 O; 4JI8 O; 2ZKO A; 1IBM O; 3J81 N; 1G1X B; 2VQF O; 4X62 O; 4X64 O; 2UXD O; 1NS1 A; 4LFC O; 2DOS A; 4JI2 O; 4GKK O; 4DUY O; 1J5E O; 2DJV A; 5BXZ A; 4DV6 O; 4LF4 O; 4OPH A; 4LFB O; 1FJG O; 1IBK O; 4B3T O; 4LF8 O; 3F5T A; 1F7Y A; 4JI6 O; 3M8A A; 1AB3 A; 2VQE O; 1N34 O; 4LF9 O; 1X59 A; 1FKA O; 5LL6 Y; 4DR3 O; 3J80 N; 4B3M O; 3SDL A; 1AIL A; 4DV5 O; 4YHH O; 4DV4 O; 4B3R O; 4JYA O; 2N74 A; 3RT3 C; 4K0K O; 1HNW O; 1N32 O; 4LF5 O; 1HNX O; 4JI1 O; 5BY1 A; 3T1H O; 1I94 O; 4DV3 O; 4DR5 O; 4NXN O; 2AGA A; 4DV7 O; 5A2Q N; 1DK1 A; 4DUZ O; 4A5U B; 4X66 O; 4JI7 O; 4NXM O; 3O65 A; 4JI5 O; 4DV0 O; 4LF7 O; 1R6T A; 1D2D A; 5LMN O; 4DR1 O; 1A32 A; 2HHH O; 1XEQ A; 1XMQ O; 1HNZ O; 4DV2 O; 1FYJ A; 4OPA A; 1XMO O; 5IWA O; 2F4V O; 1XNQ O; 2FKX A; 4JI4 O; 5LMU O; 1XNR O; 4DV1 O; 4AQY O; 4DR6 O; 3JAM N; 5BR8 O; 1N36 O; 2UUB O; 2UU9 O; 5FLX N; 4DR4 O; 4X65 O; 4DR7 O; 1KUQ A; 4LF6 O; 4GKJ O; 4B3S O; 2UXB O; 2JRI A; 2ZM6 O; 5H5N A; 3OTO O; 3R66 A; 4OX9 O; 2E5L O; 2UUA O; 4KHP O; 5IT9 N; 4JI0 O; 4DR2 O; 2LW7 A; 1IBL O; 1YZB A; 3J7A U; 3T1Y O; 2UXC O; 4JV5 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1R1B A; 2MW2 B; 3OE7 G; 4LWS B; 4UCU A; 3RYF A; 4DW0 A; 3CP1 A; 1N34 B; 1DTO A; 2Q5Z A; 2DYR B; 4CH4 A; 2BTQ A; 4QPK A; 2QA4 V; 1QVF U; 4JI2 O; 5KHI A; 4RUF A; 2YXY A; 3OUF A; 1XMO B; 5LBQ A; 4LF4 O; 4MTO A; 3MHS C; 2GTS A; 1L0N H; 3ZCC A; 3ZMS A; 4ASU G; 3ZS8 C; 2VQE O; 3W7U A; 5JH7 A; 4J9Z B; 3UQ8 A; 1WN7 A; 2WPD G; 4XBF A; 4NXM B; 1TAE A; 1SQQ H; 4FFB A; 2RN9 A; 2N74 A; 2UXB B; 4QIW F; 1Y76 B; 5JVD B; 3ZMT A; 4E2L A; 1KKC A; 1SQV H; 2WLN A; 3BA9 A; 3TGU H; 5B1B C; 4I9Q A; 2RJZ A; 3LDC A; 1FS0 G; 4DV7 O; 4LFA B; 1WA8 B; 4Q20 A; 3E86 A; 4JI3 B; 1VQ5 V; 5F2V O; 2Y48 A; 4JGS A; 1S5H C; 5H2F Z; 3EHB B; 2EX3 A; 3B09 A; 3E89 A; 1CPY A; 3W7X A; 4QPJ A; 2XHB A; 3RYI A; 5LGN A; 5B3S C; 1XNQ O; 2RDC A; 4FLT A; 2WWW A; 4DV1 O; 4FFK A; 5KHH A; 2UU9 O; 2ZDI A; 1KUQ A; 1OCO C; 2OCH A; 4B3R B; 3HPL C; 3CCQ V; 3R66 A; 3WU2 Z; 3DTU B; 1KYO F; 2FYU H; 1HP8 A; 3PN1 A; 1EZV H; 2YIA A; 1NTM H; 3DXR B; 4O4H B; 4JV5 O; 1Q82 W; 1XQ8 A; 1COW G; 2YEV B; 3C90 A; 3HKD B; 3ZMU A; 1WPX A; 2CK3 G; 5EZY A; 4DO2 A; 3ZMV A; 4I55 B; 1Z5W A; 4WFF A; 4JI7 B; 5EYP B; 5JWP A; 3SR2 C; 5KA5 A; 4MVU A; 5HFL A; 1M56 C; 2JGU A; 1BT8 A; 1UFI A; 1Q6H A; 3Q4H A; 2BSK B; 3E8B A; 4EKW A; 3F5T A; 5K1P A; 4P30 A; 1R73 A; 4H44 B; 2BOB C; 1N34 O; 4I4T B; 3ZRS A; 4ZOL B; 1PM9 A; 4CH5 A; 3ETD A; 1RP3 B; 4JYA O; 4UCS A; 5KHG A; 2QWR B; 2BE3 A; 4MTX A; 3CS5 A; 1HNX O; 3G4S V; 1R3L C; 5JJN B; 4R8C A; 1W2B U; 4WFE A; 4KP4 A; 1KMI Z; 1ZLZ A; 3K08 A; 2EIM B; 3MAQ A; 1M57 B; 4NXM O; 3O65 A; 1PV0 A; 4AI8 A; 2F66 C; 1QQC A; 1V9P A; 5D5Q A; 5IYZ B; 3JD3 A; 1FPO A; 3A0B Z; 2FKX A; 1MA1 A; 5KMG B; 4AQY O; 2IH3 C; 2DWD C; 3I5D A; 3CWB H; 1NH2 D; 3ETG A; 1CXZ B; 4BIO A; 1ZWI C; 2Y0P A; 2VQF B; 2M7W A; 2EIJ C; 1M90 W; 2JRI A; 3EVK A; 3SYQ A; 2QWQ B; 4LF5 B; 2R70 A; 4R7C A; 3UKM A; 1AJN A; 2ZNI A; 1MOF A; 2Q7G A; 4CC6 A; 3J7A U; 2EJR A; 1H2S B; 5LHI A; 2UXC O; 4D6T H; 3C3S A; 3BPZ A; 4X8A A; 2Q69 A; 5L3F A; 3BY6 A; 4PD4 F; 5B1A C; 3W7W A; 3FX7 A; 1SQX H; 3OR7 C; 2UXD O; 1TVK A; 4FZ0 A; 1F23 A; 2HHH B; 4O4L A; 1XMQ B; 2B5U A; 4DUY O; 1L1F A; 1UJW B; 5BXZ A; 2HFE C; 2P90 A; 1JPX A; 2ZDI C; 4YJ3 A; 4O2B A; 5B1O A; 1RSO B; 3IFX A; 1YVW A; 3ZN0 A; 3K0G A; 1SA0 B; 2F23 A; 2V7Q G; 4LF6 B; 2F43 G; 4B7K A; 2XOK G; 5KA6 A; 4TSF G; 4U7O A; 1ZUQ A; 1NH2 B; 1S0V A; 3T1C A; 3CRQ A; 4PDL A; 4H0L B; 2HP8 A; 4NXN O; 4GX1 A; 2WLM A; 4K3A A; 1HR0 B; 4N21 A; 1DK1 A; 1MG1 A; 2ADQ B; 4O4J A; 4A5U B; 1GRJ A; 4DR4 B; 4UV9 A; 3BHP A; 2DW4 A; 4O4I A; 4IIJ A; 3VQX A; 2CDY A; 1Y76 A; 3F5W C; 5JVD A; 4NB5 A; 5B1N A; 2MK3 A; 1PL0 A; 1FAF A; 5FL7 G; 3JAR B; 4MVZ A; 5CA0 B; 4XDL A; 2Q73 A; 3ABL C; 3LNN A; 1WA8 A; 2RMK B; 4JI8 B; 4J11 A; 1JQ0 A; 3JAT A; 4PA7 A; 4WFG A; 1W0K G; 2DYS B; 5LYJ B; 4BWA A; 3I55 V; 5FNV B; 1HNW B; 3QVN A; 4FK5 C; 1RM1 C; 5CN0 A; 2QKA A; 4X20 B; 5K1X A; 2Q6A A; 2A06 H; 1G1X B; 4I50 B; 4UV8 A; 4GX5 A; 2VQF O; 3FB5 C; 4DV0 B; 1YTF D; 3ZHR A; 4ABM A; 2Y4T A; 3CEI A; 2P5O A; 3H1H H; 1GN4 A; 5KLV H; 1QR8 A; 4YXW G; 1W0J G; 3CMA V; 1BHB A; 2UUB B; 5DM6 V; 2KKW A; 1XRE A; 3QO7 A; 1H2N A; 4I55 A; 2ZE5 A; 3STZ C; 2FTK A; 4LNU B; 4GKJ B; 3RT3 C; 4B08 A; 4MTF A; 1Q43 A; 4F4L A; 2OWO A; 5BY1 A; 2IU0 A; 1PPJ H; 1SS3 A; 4EB6 A; 5LOV B; 4WFB V; 2BSK A; 1US6 A; 3WB1 A; 4YY3 B; 3QG5 A; 1BCC H; 2W6I G; 2DQ3 A; 2WSS G; 4HZ3 A; 4TV8 B; 3CC7 V; 3M7M X; 3OMA B; 2PI5 A; 2JVD A; 3VQW A; 1D2D A; 1DF5 A; 3X2Q C; 4QNH B; 1FYJ A; 3RYH A; 1S77 D; 1G6U A; 3FAV B; 1YDX A; 1AR5 A; 3A8T A; 4HNA A; 1BMF G; 4BIZ A; 2DYR C; 4DR6 O; 3G71 V; 5CA1 A; 1BSM A; 4GYC B; 2R9R B; 1YTF B; 1VQ6 V; 4BIU A; 4DR4 O; 3JAW A; 5DN6 G; 5KUK A; 3APO A; 4W4K A; 2E3C A; 4HBN A; 3OW2 U; 1MAB G; 2ZM6 O; 1VEW A; 1FXK A; 1HW7 A; 3ZN1 A; 5L3E A; 5IYZ A; 5B66 Z; 1VQP V; 5CMU A; 5KMG A; 4LBE C; 4ZKI A; 4WBN B; 4LF8 B; 4JI8 O; 3ML0 A; 2P06 A; 3K57 A; 1V54 C; 3W7T A; 1NU1 H; 4DR3 B; 1EFR G; 4MVS A; 4MW3 A; 4DV5 B; 5JCO A; 1FXV A; 2QM4 A; 3ABM C; 2QM8 A; 4JAV A; 4UXN A; 1XDC A; 4K0K B; 1Y66 A; 1T5E A; 2HVK C; 3FB6 C; 3JAL B; 4AHC A; 4GZR B; 2X0L A; 1VQ7 V; 3M99 B; 1O9H A; 1QBZ A; 3K0D A; 3VBB A; 3L73 H; 2GHY A; 2KB1 A; 1H38 A; 1X59 A; 4DK0 A; 1KD1 W; 1EZJ A; 4PA9 A; 1P7B A; 3RWR D; 1X4T A; 5LMN B; 3U11 A; 3ABK B; 3RVY A; 2QKS A; 3FYE B; 4G2K A; 1P49 A; 2UUA B; 1KQS U; 5IWA B; 1K4D C; 5H9C A; 2Q0A A; 2R9I A; 1OCZ C; 1YJN V; 1RSO A; 1XBL A; 4U3J B; 4UB6 Z; 1OCC B; 5CA3 A; 2P22 C; 1AJQ A; 3OR6 C; 5LA6 B; 3P3P A; 2V4D A; 2JGD A; 1H2K A; 2YIB D; 2OYQ A; 3TXS A; 3SYA A; 2CE4 A; 2Y69 C; 1E1R G; 1VF5 B; 5JQG B; 2F4V O; 4EFB A; 1PNL A; 4JI4 O; 2XT9 A; 4KUM A; 2HG5 C; 2ZCE A; 5LXT A; 3D36 A; 4LH7 A; 1WP8 A; 1IBM B; 5FPO A; 2PGG A; 1BGY H; 3LDD A; 4IHJ B; 3ZMZ A; 3K06 A; 1CP9 A; 3H1I H; 1Q5O A; 3ZHT A; 4DK1 A; 4RQF A; 1JOY A; 2AHZ A; 4C7U A; 4DR5 B; 4MVO A; 4UB8 Z; 1S76 D; 4B7E A; 4O2A A; 4JF3 A; 3RFR A; 4LF9 B; 3ABT A; 4UVA A; 3CCM V; 4GX2 A; 1VQ8 V; 3LSQ A; 4LC1 A; 3WB2 A; 5IY5 B; 2YDE A; 4CBC A; 3K5L A; 1JFF B; 1SC5 B; 3TK1 A; 3QO8 A; 3ZX6 A; 3N2K B; 1N32 B; 1YIT V; 1LUV A; 1THZ A; 3UT5 B; 1M57 C; 5KUM A; 1I94 B; 1IBK O; 3ZRW A; 4B3T O; 4P9O A; 4LF8 O; 3ZBH A; 5J2T B; 1VQ4 V; 3CME V; 1EN6 A; 4I50 A; 4DR3 O; 4J10 A; 1FXK C; 1SER A; 1HWY A; 4DV5 O; 5LP6 A; 2HEP A; 4K0K O; 2ILM A; 4I0X A; 4J7K A; 3MHH C; 5IJ0 B; 3AG4 C; 4TV9 A; 2YS8 A; 3ETE A; 2IJI A; 4X1Y A; 1Q86 W; 2XAS A; 1SES A; 2KQX A; 2V1D A; 5JCO C; 2WA3 A; 4FLY A; 4ZHQ A; 1U96 A; 1ZL8 A; 1K97 A; 4X66 O; 5B5E Z; 3B2E E; 3ZHV A; 1KKD A; 5LMN O; 4LNU A; 4GLX A; 2EIK B; 1A32 A; 4RAI A; 3CRR A; 5IWA O; 2E5L B; 2EIN B; 1OCR B; 2PI4 A; 5EIB D; 3CCE V; 2VWK A; 3ASO C; 4PA3 A; 1BL8 A; 3ASN C; 5IJ9 B; 5CB4 B; 1MSW D; 3MDS A; 5FLX N; 3S3X A; 2C2A A; 1AVM A; 5DEC A; 2JS5 A; 4CH6 A; 4FLX A; 2Y0I A; 4FM2 A; 2Q68 A; 3CYO A; 2HR3 A; 4CS3 A; 4OX9 O; 1EN4 A; 4KHP O; 1WPB A; 2H3O A; 5IT9 N; 4P9P A; 3FAV A; 1Q6U A; 1M1K W; 4PI0 A; 1DLB A; 1YI2 V; 1UPG A; 5EK0 A; 3UO3 A; 1IBM O; 5E1A C; 3WG7 C; 1QLE B; 2ZQM A; 3AG7 A; 2IU3 A; 3OUS A; 4DV2 B; 3CJH B; 3JYC A; 3D36 C; 1P84 F; 4Q6G A; 1AI7 A; 1GN3 A; 5GTI Z; 1VQO V; 2CGN A; 3ZJZ A; 2ZR2 A; 4NR1 A; 5J2U B; 3CRA A; 4LF9 O; 2OIG A; 4KL1 A; 5BMV A; 3L70 H; 2EUL A; 4FIP C; 3AG1 C; 3JSL A; 4Z1V A; 3OTO B; 5EC2 C; 1N32 O; 3CE2 A; 2Y4U A; 3UM7 A; 3RYC B; 1IXM A; 2PYJ A; 2EZP A; 3GWK C; 5KAF Z; 1I94 O; 1Q8I A; 3AG2 C; 2KG7 B; 1JX9 A; 2QE7 G; 4U3F H; 4DV3 O; 2CH7 B; 1Q6I A; 2VRZ A; 2UUC B; 1V55 C; 1URF A; 4PEL A; 2W6J G; 4JPR A; 1AI5 A; 3DSQ A; 2QGN A; 4DYL A; 1N0N A; 1XMO O; 1VMG A; 3HKE B; 5LP6 C; 4LFB B; 2EZO A; 4OGQ B; 1M93 A; 5KX5 B; 3E35 A; 2ETN A; 1KU9 A; 2XAF A; 3P3N A; 1AR1 B; 2JIZ G; 4DRX B; 4B3M B; 3KCX A; 3T4Z A; 4X64 B; 4DV4 B; 2LFR A; 1K8A W; 2UXB O; 2BOC C; 3D3I A; 2F95 B; 1I7F A; 5LA6 A; 2E5L O; 3OTF A; 1D5A A; 1FD9 A; 3HR0 A; 1VF6 A; 4K8Z A; 1XEQ A; 5GON A; 1B3Q A; 5FPR A; 2ZIO A; 3JAS B; 4LFA O; 1VF7 A; 4JI3 O; 1MZE A; 5L3C A; 1VQM V; 1TGO A; 4MSW C; 3KZI Z; 4JI5 B; 4J7J A; 2X6A A; 3OAA G; 4IHJ A; 2PF4 E; 5KAI Z; 2CAZ C; 1YHQ V; 1WJZ A; 2DN9 A; 3L75 H; 1GM7 A; 4CC5 A; 3IC7 A; 4J42 A; 1BE3 H; 1F7Y A; 3C3T A; 3AG3 C; 3WFV A; 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2HLD G; 3T2M A; 3CCU V; 3RYF B; 5A2Q N; 1I0H A; 5AG2 A; 5BR8 B; 2YEV A; 1R3I C; 2Q7E A; 3HKD A; 4QJF B; 4ZI7 B; 4AIL C; 1WAZ A; 5EYP A; 3G67 A; 3OGI B; 3ZRV A; 4PJ0 Z; 4YIO A; 1XMQ O; 1HNZ O; 1KEC A; 2HHH O; 3MD0 A; 4DW1 A; 2P4V A; 2QTO A; 5TIS Z; 4DV6 B; 3BEH A; 1GM8 A; 4PV1 B; 2CH7 A; 4LH6 A; 4RUE A; 1Y4M A; 3AK1 A; 3CXC U; 2LW1 A; 2FB5 A; 3G6B A; 1XI1 A; 4I4T A; 4FFB B; 3U0Z A; 4EEQ A; 4LF6 O; 4J41 A; 4YHH B; 4ZOL A; 1ZAU A; 2ITD C; 1Y6X A; 4LFC B; 3E8F A; 4DXW A; 1GN2 A; 4GKK B; 1XUQ A; 4TQD A; 1YZB A; 2NR5 A; 2WLK A; 1Q7Y W; 2CTW A; 4BAY A; 3SJQ C; 2YID A; 4LCU C; 3HKE A; 1HR0 O; 3FB7 C; 1FJG B; 3JD2 A; 2VS0 A; 3IJ4 A; 1KC8 W; 3JSN A; 2JDI G; 1NJI W; 3AK2 A; 2LGW A; 3B77 A; 3GWO A; 2GV9 A; 5B1A B; 1RPO A; 3H1L H; 2WAM A; 5EBW C; 2XAJ A; 5J9P C; 4UCR A; 3OMI B; 4X9Q A; 1NQT A; 4MW8 A; 3JAS A; 4HYO A; 2DQ0 A; 2HJF C; 4X65 B; 3QF7 A; 3EFF K; 1PP9 H; 3SDL A; 1AIL A; 3S3W A; 2EIN C; 4XDJ A; 4LF7 B; 1ZTE A; 4ZBM A; 1HNW O; 1SF9 A; 1K4C C; 1Z2G A; 1W59 A; 3T1H O; 1XHX A; 1MZF A; 4JI0 B; 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