The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| publication title |
The structural basis for the action of the antibiotics tetracycline, pactamycin, and hygromycin B on the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
29
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| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-12-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI4 O; 5BXZ A; 5LL6 Y; 4KHP O; 5BR8 O; 4X62 O; 1HNZ O; 4A5U B; 1HNX O; 1KUQ A; 2N74 A; 4JI0 O; 3R66 A; 3M8A A; 2Z0A A; 3SDL A; 3T1H O; 4LF4 O; 2UXB O; 1D2D A; 4DV2 O; 3J81 N; 4NXM O; 4LF7 O; 5BY1 A; 1HNW O; 4DV3 O; 4JI8 O; 4K0K O; 2UXD O; 1FJG O; 1FYJ A; 1F7Y A; 2UUA O; 1NS1 A; 4LFA O; 4JYA O; 4LFB O; 5IWA O; 1XNQ O; 4LF5 O; 2UU9 O; 3J7A U; 4LF8 O; 1IBK O; 4DV5 O; 2FKX A; 4DR5 O; 1FKA O; 3RT3 C; 4OPA A; 4LF6 O; 4DR7 O; 4JI7 O; 5LMN O; 4JI6 O; 4DV0 O; 4DR1 O; 4DR4 O; 4X66 O; 2UUB O; 1XMO O; 3T1Y O; 4B3T O; 4X64 O; 4JV5 O; 4JI1 O; 4GKJ O; 3O65 A; 1X59 A; 4DUZ O; 1XMQ O; 5H5N A; 2ZKO A; 2DJV A; 1N34 O; 1HR0 O; 4YHH O; 1AB3 A; 4B3R O; 2VQE O; 2AGA A; 1G1X B; 2LW7 A; 2F4V O; 1N32 O; 3JAM N; 1YZB A; 4OPH A; 1N36 O; 4B3M O; 4NXN O; 5LMU O; 3F5T A; 1AIL A; 1DK1 A; 4DR3 O; 4LF9 O; 2E5L O; 4DR6 O; 2ZM6 O; 4DUY O; 1N33 O; 1XEQ A; 4JI2 O; 1R6T A; 2VQF O; 5A2Q N; 2DOS A; 2JRI A; 4X65 O; 4DR2 O; 2HHH O; 3OTO O; 4AQY O; 1IBM O; 1J5E O; 1IBL O; 1I94 O; 4YY3 O; 4B3S O; 1XNR O; 5IT9 N; 4DV7 O; 1R1B A; 4DV1 O; 5FLX N; 4DV6 O; 4LFC O; 4DV4 O; 4OX9 O; 4GKK O; 1A32 A; 4JI3 O; 3J80 N; 2UUC O; 2UXC O; 4JI5 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DV7 B; 5CBF A; 3MAQ A; 1AJP A; 1H8H G; 4FFK A; 1BS3 A; 3OTF A; 2QGN A; 3CCL V; 3ETG A; 3JAS A; 3B09 A; 5LOV A; 5DED A; 3OW2 U; 1F4N A; 3OGC C; 3M8A A; 2QWP B; 4YJ3 A; 4MVZ A; 4AQY B; 4PA9 A; 4U3J B; 2F66 C; 3B2E E; 4CS3 A; 2DYS B; 4R50 A; 5JCO A; 1FJG O; 1RSO A; 4FFB B; 1AP6 A; 4DV4 B; 3H01 A; 1GM9 A; 1HNW B; 5ITZ A; 4K0K B; 4X1K B; 1WP7 A; 1MZF A; 3ABL B; 3OM3 B; 1GN4 A; 4OPA A; 1ZL8 A; 3AG2 C; 3S3X A; 4H37 A; 1DTO A; 1NZ6 A; 5GTI Z; 4X66 O; 5EZY B; 1X4T A; 3GVM A; 1GH6 A; 3CCV V; 3VQX A; 3SJQ C; 4NXM B; 3DC5 A; 2P90 A; 2V7Q G; 5H5N A; 1HW7 A; 4IHJ B; 4TV8 A; 3ZS8 C; 4YHH O; 4JTD B; 4FLZ A; 2NR5 A; 3CD6 V; 4OPH A; 2HLD G; 1OV9 A; 4AI8 A; 4X89 A; 1WP8 A; 2EIN B; 2BE3 A; 3K5N A; 2ZNI A; 4DR6 O; 3W7U A; 5LMU B; 4BAY A; 5A2Q N; 4B7K A; 2LW1 A; 3CX5 F; 1OCR B; 4YIP A; 2Q6A A; 3E86 A; 1VQL V; 3OEE G; 1Q7Y W; 1OZ0 A; 4G2K A; 5CN0 A; 1SES A; 4RWU A; 1J5E O; 2DN9 A; 2E5L B; 5DEC A; 3SPC A; 4UCO A; 1VQP V; 3ZRX A; 3OGI B; 4JPR A; 3ABK C; 4DV7 O; 1IBM B; 1R1B A; 2G38 A; 3G6E V; 1WA8 A; 3TK1 A; 4UV8 A; 2VQE B; 4RO2 A; 4AIL C; 1A32 A; 1V55 C; 2QWR B; 1JFF B; 2FML A; 2EZP A; 2K9P A; 1VQ9 V; 4DW1 A; 2ZT9 B; 1B06 A; 2RDC A; 3QO8 A; 1AR1 B; 4HZ3 A; 4JTA B; 4ZHQ A; 5HFM A; 1H2M A; 1Q6U A; 2BTO A; 1B04 A; 4TWK A; 1SER A; 5IE9 A; 1IBL B; 2ZXW C; 2PGG A; 4NB5 A; 4I55 B; 1HNW O; 5IYC O; 4K0K O; 3N2K A; 4DV2 B; 3FB5 C; 1XI1 A; 4KP4 A; 3JAK A; 4U7O A; 4OXS A; 2WLM A; 4UCR A; 3OD4 A; 1R73 A; 3CRQ A; 1JVM A; 4Z2W A; 4JAV A; 1VQN V; 3DGE A; 4PA6 A; 2ZE8 A; 1S5H C; 3JCZ A; 5KA5 A; 4JI6 B; 4LNU B; 4DV0 B; 3ASO B; 4DR1 B; 4DR4 B; 4X1Y A; 2OCH A; 3ABU A; 4W4K A; 1MG1 A; 5CBH A; 4WFH A; 2H8P C; 2QA4 V; 2JVD A; 1KBH A; 2LW7 A; 1R3I C; 4E4E A; 2HP8 A; 4PA4 A; 4NXN O; 5LMU O; 1AJQ A; 3P32 A; 4CH4 A; 5IYD O; 3EXA A; 3OR7 C; 1Z5W A; 1P7G A; 2E5L O; 2IBZ H; 4TUY B; 4MTG A; 3VQV A; 4J7Z A; 1WJZ A; 1IBM O; 5D5P A; 1G4Y B; 5L3G A; 4XDL A; 1M56 C; 3JD2 A; 4XDJ A; 3CCE V; 4MVO A; 4O4L B; 4MVU A; 2E3C A; 1XNR B; 3UCS C; 4O4I B; 5H6R A; 4DV6 B; 4X1I A; 1XRE A; 1SC5 B; 2A06 H; 2VWK A; 1NQT A; 3SPG A; 3RWR D; 3ZCC A; 4BIZ A; 5DN6 G; 1JCH A; 3OMA B; 5GON A; 4DV2 O; 4QPK A; 4WFE A; 3A2F A; 3EHB B; 4GX5 A; 1I08 A; 1WAZ A; 4J7J A; 3LDE A; 2WLI A; 4UCU A; 1SA0 A; 1FAF A; 4I7Z B; 2WLL A; 4MSW C; 1DGS A; 4I9Q A; 1ZWI C; 3L75 H; 2WLJ A; 4DV5 O; 4H13 B; 4IT5 A; 4JI6 O; 4DV0 O; 4DR1 O; 4DR4 O; 3T2M A; 1TVK B; 4N21 A; 4UCT A; 1YCI A; 1VQ6 V; 4QGP A; 4MVM A; 2N04 A; 1K33 A; 2P4V A; 2GTS A; 5CB4 A; 3JD1 A; 1GMG A; 4BR6 A; 1YI2 V; 1KP2 A; 3DXR B; 3ABK B; 3K0G A; 1FFX B; 2L35 A; 1L0N H; 3JD4 A; 4YJ2 A; 4XDK A; 2DMX A; 2DQ0 A; 1OCC B; 1JJO A; 2R9I A; 3C3T A; 2EIJ B; 1DK1 A; 1XIL A; 1SQB H; 5GW7 A; 1M93 A; 1SQV H; 2DYR C; 4F6E A; 2D2C B; 3FD9 A; 2CAZ C; 5IJ0 B; 2OTL V; 1QLN A; 4R6Z A; 3TXS A; 1NKD A; 3SYQ A; 3K57 A; 1XNR O; 5CMU A; 3OTO B; 4H0L B; 1IZ3 A; 4FLU A; 4DV6 O; 4LFC O; 3G4S V; 4CC6 A; 4FIP C; 1N32 B; 2LFR A; 4MS2 A; 2EX3 A; 4LBE C; 4DV1 B; 3I55 V; 2WLH A; 3BAB A; 1OCZ C; 5BXZ A; 1Y6X A; 2Q9L A; 1Y67 A; 1E1Q G; 1K5S A; 4KUM A; 1KUQ A; 2N74 A; 4K8Z A; 2QTS A; 3MHH C; 2Z0A A; 4JI2 B; 2AZ2 A; 1YIT V; 4K35 A; 1HNZ B; 3RW0 A; 2RCV A; 1W2B U; 1UPG A; 1V9P A; 3ZHS A; 4LF7 O; 1V54 C; 4DYL A; 2LP7 A; 2NLJ C; 5C8Y B; 2WA4 A; 4LP8 A; 5IYZ B; 1CEZ A; 2QKC A; 4JYA O; 3UT5 B; 4PI2 A; 2XHB A; 2NN4 A; 2WWW A; 5KMG A; 5EIB C; 3ZHT A; 1IBK B; 3D3I A; 4O2A A; 1BZK A; 2KG7 B; 1M56 B; 2AGA A; 1HP8 A; 2HR3 A; 4PA7 A; 1SZT A; 4NYK A; 4UUJ C; 3FKS G; 1NR7 A; 3ABT A; 4LFB B; 4J42 A; 2CDY A; 4CS4 A; 1NVP D; 1AVM A; 2PF4 E; 5EYP A; 3F7Y C; 1N33 O; 1R6T A; 3K79 A; 2QM4 A; 2Y48 A; 2Y4U A; 3OTO O; 2EIL B; 1MOF A; 4LF9 B; 4E2L A; 4I4T B; 1MSD A; 2XAF A; 4B7E A; 2YXH A; 5KHG A; 3HKB A; 4DUY B; 4L8J A; 4LR3 A; 4HYO A; 2EIM B; 2V1D A; 4JYY A; 3K3W A; 4DV1 O; 3D3Q A; 5KX5 B; 4WF9 V; 5LP6 B; 5CA0 B; 2MK3 A; 4B3S B; 1L0L H; 3K03 A; 4U3J A; 4KXR A; 5LXT A; 2QJ1 A; 1SQQ H; 1MA1 A; 2Q4P A; 3K58 A; 3CC4 V; 3LNN A; 4X62 O; 1HNZ O; 5B1B C; 3JD3 A; 3P30 A; 2ADP A; 3IFX A; 4QPJ A; 2ZM6 B; 2Q0O C; 3SDL A; 2P5O A; 2CGO A; 2VQF B; 5BR8 B; 3J81 N; 3BA9 A; 4WBN B; 1PD3 A; 4GLX A; 1FD9 A; 2OCC B; 4QJF B; 3Q4H A; 1NVP B; 1HWY A; 3K9S A; 1FYJ A; 4BW5 A; 3D8C A; 1NS1 A; 2JEU A; 1XBL A; 4FM1 A; 1YJW V; 1IBK O; 2DW4 A; 1FXV A; 1M57 B; 3SJA C; 1QNM A; 3RT3 C; 3UO2 A; 2XAS A; 1I7F A; 2UU9 B; 3BRC A; 4X9Q A; 1BQ0 A; 1I5X A; 4R7C A; 5JJJ B; 2X0L A; 3NXS A; 2R70 A; 1W59 A; 1WB8 A; 2ZE6 A; 2DYR B; 3FAV A; 4QNH B; 4GKJ O; 3MDS A; 1Y74 A; 3TGU H; 2UUB B; 2YEV A; 5J9P C; 1JJ2 U; 5BMV B; 5EIB D; 5B3S C; 1FJG B; 3X2Q C; 4FMT A; 2PTM A; 2Q68 A; 2YIC A; 5CA3 A; 1N34 B; 1HR0 B; 3A0H Z; 1GO3 F; 4O4J A; 4LF9 O; 5H6Q A; 2HJD A; 4I0X A; 2E75 B; 1P4R A; 4DUY O; 3HKE B; 4P9O A; 4DR3 B; 3ZHQ A; 3QVN A; 4YY3 O; 3E8G A; 2IU3 A; 3TXQ A; 3L9D A; 4B3S O; 2HHH B; 2QWN B; 1KMI Z; 4TOI A; 4IIJ B; 1VQ4 V; 1I94 B; 3JAL B; 3JAW B; 1YF2 A; 1VQ8 V; 1AI5 A; 4JI3 O; 4FLW A; 4PV1 B; 4FK5 C; 3WG7 C; 3CMA V; 5LA6 A; 2QWQ B; 2LQT A; 4I55 A; 3AG1 C; 1CXZ B; 3BCC H; 5BR8 O; 3AG7 A; 4J80 A; 1H2L A; 3OT7 A; 1EZJ A; 2QEX V; 1N0J A; 1Y76 B; 2QE7 G; 1DLB A; 2QKA A; 1Q81 W; 4FPP A; 2P7T C; 3QO7 A; 4FZ1 A; 1SQX H; 1QLE B; 4G27 B; 1R3L C; 5IWA O; 2YC0 A; 2UU9 O; 4GCZ A; 1BSM A; 5LHG A; 3W7W A; 1AR5 A; 1QVF U; 4LFA B; 3RGB A; 1B3Q A; 1WNS A; 3LNM B; 1S5L Z; 1EM1 A; 4MTX A; 5JCO C; 1URF A; 2UUB O; 4TV9 B; 2GDS A; 1NH2 D; 5LYJ A; 1CP9 A; 4UVB A; 1SF9 A; 1XMO B; 3AEI A; 3ETE A; 2ZKO A; 1B6Q A; 1N34 O; 1HR0 O; 4B3R O; 2ZE7 A; 1QBZ A; 3ZJZ A; 5JQG A; 1XMQ B; 2R9A A; 3HR0 A; 5LGT A; 3BVO A; 2P4K A; 1R3K C; 4DR3 O; 5L3E A; 2OYQ A; 4NR1 A; 2QWO B; 5B1B B; 5J2U A; 2HHH O; 2KB1 A; 5H9C A; 1IUR A; 4JZG A; 4H44 B; 1I94 O; 2Y4T A; 3QNE A; 1IXB A; 1YXB A; 1YHQ V; 1YJ9 V; 3E22 B; 3GWO A; 4OGQ B; 3SJB C; 3BFR A; 5GTH Z; 4IYH A; 1PM9 A; 2HVJ C; 2XAG A; 2CUG A; 4AHC A; 4UV9 A; 2LJ2 A; 2QTO A; 1NH2 B; 2Z3Y A; 3KG2 A; 4NXN B; 3OEH G; 2GUZ B; 1N0N A; 1AJN A; 2KQX A; 3THO A; 1KU9 A; 1YDX A; 1K4C C; 1SZX A; 2ADQ B; 3CCQ V; 3H1K H; 4K3A A; 3ZMV A; 3ASN C; 2AXT Z; 1AI4 A; 4JI0 B; 1VP7 A; 2CE4 A; 1VF6 A; 4EB6 B; 4GX0 A; 2E76 B; 5EBL C; 3W7S A; 1WB7 A; 5JVD B; 1QHT A; 3K04 A; 1PNL A; 4LFA O; 4X20 B; 3MD0 A; 3B4S A; 1WN7 A; 5FNV B; 2FKX A; 3E8B A; 1D5A A; 2UUA B; 3CRR A; 1O9H A; 4GZR B; 1G8M A; 1J95 A; 1I5Y A; 2GHY A; 1K3E A; 3UKM A; 3PJS K; 1Y66 A; 3DXR A; 1WLE A; 3OR6 C; 1TGO A; 1PNM A; 1OJH A; 4EKW A; 1XMO O; 1FFX A; 1EZV H; 3ZIA G; 3N27 A; 4CBC A; 4LF6 B; 2HJF C; 4GUN A; 2ODM A; 4I50 A; 2Y69 B; 3JSL A; 1XMQ O; 3RYI B; 3OMN B; 5EBW C; 1JMK C; 4JTC B; 3B40 A; 5KAI Z; 4DV5 B; 5LBQ A; 1RPO A; 4CH3 A; 2JRI A; 2BSK B; 1K92 A; 3VBB A; 2DWD C; 4WFF A; 1AR4 A; 2WA3 A; 2YUA A; 3ABM B; 4HNA A; 4F6R A; 3A0R A; 4K8X A; 2YS8 A; 2L6L A; 2GBO A; 4PJ0 Z; 2Q8V A; 4BIO A; 2R9R B; 3JAS B; 4JI5 O; 3K9A A; 5LOV B; 4W4L A; 2NNU A; 1R3J C; 5L3F A; 4LH6 A; 4QIW F; 3ICX A; 3EVK A; 4LWS A; 2IH3 C; 3P3P A; 3SYP A; 3ZMT A; 4JI0 O; 2PYL A; 1TUB A; 1K4D C; 5B1A C; 5LGN A; 5TIS Z; 3UT5 A; 4KHP B; 3CP1 A; 1LUV A; 1QU7 A; 2C2A A; 3ZRS A; 5B5E Z; 3QF7 A; 5ITZ B; 4WFB V; 3P3N A; 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2PZS A; 4PDL A; 4MVR A; 1YZB A; 3WB0 A; 1GM7 A; 3OAA G; 3U11 A; 3RFR A; 3H1H H; 4L87 A; 5IDJ A; 3F5T A; 1GRJ A; 1VQ5 V; 4FM0 A; 1BL8 A; 4PDR A; 4JZ2 A; 5JH7 A; 1M90 W; 4NTX A; 5B1A B; 3DTU B; 1F4M A; 3HPL C; 4X88 A; 3RYC A; 4GKJ B; 4ASU G; 1M1K W; 2BTQ A; 3K0D A; 2ZIN A; 4PD4 F; 3B77 A; 1FXK C; 3LSU A; 1TAE A; 3QO5 A; 2OIG A; 4GKK O; 4X1I B; 2HEP A; 2UXC O; 3QG5 A; 1FXK A; 4J9Y B; 2UXN A; 2JK5 C; 4JI4 O; 5EC2 C; 4ZIB A; 2ILM A; 2EBO A; 5LL6 Y; 1IVS A; 2XTA A; 5GON B; 1JR9 A; 4ZI7 B; 4QE7 A; 1ZAU A; 2DQ3 A; 2F23 A; 4NTY A; 1M5I A; 1GN3 A; 2WLI B; 1S5J A; 1MZE A; 1SA0 B; 4YY3 B; 3ZN0 A; 3G80 A; 2DYS C; 4CH6 A; 1F51 A; 2UXD O; 3EFF K; 2XND G; 3FFQ A; 1CPY A; 1H2G A; 4DW0 A; 4CC5 A; 1NTK H; 4JI3 B; 4DV3 B; 3JCU Z; 3UO3 A; 4DO2 A; 1RM1 C; 4FFB A; 3JAR B; 3ZN1 A; 3ABL C; 3FB7 C; 4GT1 A; 4X1K A; 1ARO P; 1K7D A; 2OIE A; 3SPJ A; 3A8T A; 4JV5 O; 4JI1 O; 1Q43 A; 3O65 A; 5EZY A; 3BHP A; 1X59 A; 1LNQ A; 3FYE B; 3RVZ A; 2JGU A; 1MMM A; 2RNB A; 2ZIO A; 4YJ2 B; 1N8R W; 3CCR V; 2ZD9 A; 4LC1 A; 2B1I A; 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