The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
36
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| publication title |
Selection of tRNA by the Ribosome Requires a Transition from an Open to a Closed Form
pubmed doi rcsb |
| total genus |
36
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-10-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2FKX A; 4JI3 O; 4JYA O; 1XMQ O; 4KHP O; 4DV5 O; 4DUY O; 1N33 O; 5LMN O; 5H5N A; 4JI7 O; 1XEQ A; 5LMU O; 4DR5 O; 3T1Y O; 3RT3 C; 4LF7 O; 4YY3 O; 1XMO O; 4GKJ O; 2Z0A A; 1N36 O; 2UXB O; 5IT9 N; 2F4V O; 4LFB O; 1NS1 A; 5BXZ A; 2UUA O; 1HNX O; 4YHH O; 2JRI A; 4X66 O; 1HR0 O; 4B3R O; 4B3T O; 2LW7 A; 4K0K O; 4NXN O; 1IBL O; 4B3S O; 4OX9 O; 1YZB A; 2UU9 O; 4LF9 O; 3R66 A; 4JI0 O; 4LFA O; 1AIL A; 1X59 A; 3M8A A; 4LF4 O; 1R6T A; 4DR2 O; 1HNW O; 3T1H O; 2ZM6 O; 4A5U B; 4DV2 O; 1AB3 A; 4LFC O; 5IWA O; 1J5E O; 3O65 A; 3SDL A; 4OPA A; 1IBM O; 4LF8 O; 4DR7 O; 1G1X B; 4OPH A; 4LF5 O; 1HNZ O; 3F5T A; 3JAM N; 4JI2 O; 4DR1 O; 1A32 A; 2DOS A; 4DV6 O; 1N32 O; 1FYJ A; 4DR3 O; 4DV1 O; 5BY1 A; 5A2Q N; 4DR4 O; 1D2D A; 1KUQ A; 4JV5 O; 4AQY O; 1XNQ O; 2HHH O; 2VQF O; 4DV0 O; 2UUC O; 4X64 O; 4DV4 O; 3J7A U; 4DUZ O; 1F7Y A; 1FJG O; 1R1B A; 2N74 A; 2DJV A; 4JI6 O; 4GKK O; 5FLX N; 1I94 O; 1FKA O; 5LL6 Y; 4JI8 O; 3OTO O; 2ZKO A; 3J80 N; 2VQE O; 4JI1 O; 4DV3 O; 2UXC O; 4JI4 O; 1XNR O; 1IBK O; 5BR8 O; 4NXM O; 1DK1 A; 4B3M O; 4X65 O; 2AGA A; 2E5L O; 4DR6 O; 4DV7 O; 2UUB O; 4JI5 O; 4LF6 O; 4X62 O; 3J81 N; 1N34 O; 2UXD O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RYH A; 3DC5 A; 3CCV V; 5FPO A; 3RYI A; 3S3W A; 1XMO B; 1Q43 A; 2PUS A; 2P06 A; 5H5N A; 3E8H A; 2YIB D; 1SC5 B; 4IIJ A; 1YSC A; 2MW2 B; 4JYC A; 5IYB O; 3LNN A; 3JAK A; 2Z0A A; 2LO1 A; 3KZI Z; 4H13 B; 2F43 G; 4LNU B; 1H2N A; 2CH7 A; 1YDX A; 1JJ2 U; 5DN6 G; 2Y48 A; 4YHH O; 4E4E A; 3Q4H B; 3IGA C; 2ZIO A; 4K0K O; 4NXN O; 5DED A; 4NB5 A; 1QR9 A; 1ZUQ A; 2D2C B; 1K33 A; 3AG2 C; 2AHZ A; 3IAY A; 3T1H O; 4YHH B; 1NI8 A; 2XT9 A; 3CC4 V; 2OCH A; 1CEZ A; 2BOC C; 2WLL A; 1LUW A; 1N32 B; 4P9O A; 2O57 A; 4PDM A; 1OCZ C; 1Q5O A; 3CCL V; 3SJC C; 2VRZ A; 3ASN B; 4JV5 B; 1FFX A; 1KMI Z; 4IYH A; 3H1K H; 1M56 C; 5L3C A; 1D5N A; 4MVQ A; 4DR1 O; 5E79 Z; 4BIO A; 3ABK C; 2QTS A; 1BHB A; 5KLV H; 4DV1 O; 5CBH A; 5KHG A; 1B3Q A; 5IY5 B; 3ZN0 A; 4ZIB A; 1DF4 A; 3F7V C; 3OMI B; 1URF A; 4LC1 A; 3H01 A; 4DR1 B; 3RYF B; 3CSX A; 1Q6H A; 1JJO A; 1VQ6 V; 1KQS U; 5BZB A; 1GTO A; 3UO3 A; 3G4S V; 1GM9 A; 1I5X A; 2WLJ A; 3CJH B; 2EZP A; 1X4T A; 1XNR O; 4TUY B; 1KC8 W; 4QPK A; 4TV9 A; 1H2S B; 2V7Q G; 2CAZ C; 1VF5 B; 5LA6 A; 2E5L O; 3J81 N; 4CH3 A; 2E76 B; 4D6T H; 1XNR B; 4QNH B; 4JI3 O; 3T1Y B; 2EUL A; 4FK5 C; 4XBF A; 2Q9L A; 3F5W C; 5CB4 B; 5CA1 B; 5LMN O; 3CPW U; 2ARH A; 3K5O A; 4UV9 A; 4FJC C; 4TQF A; 3VQX A; 3RYF A; 4J7J A; 1OCZ B; 1Q82 W; 4DR2 B; 1XRE A; 4MTO A; 2L6L A; 4O2B B; 2GUZ B; 1IBL O; 1M56 B; 3ZIA G; 3HKB A; 1K34 A; 3ABK B; 1GRJ A; 2H3O A; 2Q68 A; 4TT3 G; 1VQN V; 4DV2 O; 5BMV A; 2EJ7 A; 2ZXW B; 1GN3 A; 4JF3 A; 4OPH A; 3C3S A; 1OJH A; 3A8T A; 3IFX A; 1RSO B; 2R9R B; 4DV2 B; 3TJT A; 2RMK B; 1FYJ A; 4LCU C; 5KA6 A; 4JYY A; 2QKA A; 4GKK B; 1XNQ O; 5LGT A; 1UPG A; 1QHT A; 2WAM A; 3R65 A; 5BR8 B; 1QCE A; 2ZDI A; 2XOK G; 1EN5 A; 5FLX N; 4JI8 O; 3OTO O; 2Q4P A; 5IJ0 B; 5HFM A; 4U3J B; 2ATK C; 2UXC O; 5H2F Z; 4MTF A; 3W7S A; 1AR4 A; 3BVO A; 2EZO A; 2Q5Z A; 3OTO B; 2WA4 A; 1THZ A; 2ZE8 A; 3ZS8 C; 5B1B C; 4F6E A; 1BHA A; 4LBE C; 1I0H A; 4B08 A; 1PL0 A; 4J41 A; 1WAZ A; 2IH3 C; 2R70 A; 3A0B Z; 3HKC A; 4IT5 A; 1Y74 B; 1XMQ O; 4GKJ B; 1AVM A; 1MSD A; 2DQ3 A; 2A06 H; 4AI8 A; 3EFF K; 3NXS A; 3E86 A; 1DGS A; 3ABT A; 1LUV A; 5J2T B; 1EZV H; 3EXA A; 4X20 B; 5J2U B; 1AP5 A; 3T1C A; 3B8N A; 2ADQ B; 1NU1 H; 4KFM A; 2PZS A; 2F4V O; 4O4L B; 4HYO A; 1P4R A; 2HFE C; 3JAW B; 2ZE6 A; 1SKV A; 2WLI B; 3JCZ A; 1S72 V; 1UFI A; 2BSK B; 3M8A A; 3N2G A; 3TET A; 1WA8 A; 1TAE A; 2M7W A; 3B8M A; 3RFR A; 1W59 A; 4FLT A; 3SDL A; 4DR7 O; 5FNV A; 1NH2 D; 3D8C A; 2YUA A; 4J7Z A; 4E2L A; 4QGP A; 3SYO A; 3JAT B; 4DV4 B; 4DR3 O; 1EM1 A; 3U10 A; 2ITC C; 4DR7 B; 3M99 B; 3AEI A; 4AQY O; 1PV0 A; 4ZHQ A; 5J2U A; 3QG5 A; 2WLH A; 5B3S C; 2VQF O; 4DV0 O; 3QO8 A; 1SZT A; 5LP6 C; 4JI4 B; 3K79 A; 4CH5 A; 4DR3 B; 3JAR A; 2VQF B; 5K1X A; 4I4T A; 4DV0 B; 2JJ1 G; 3G6B A; 4LWS B; 1IBK O; 4WFE A; 2W6J G; 2W0F C; 4NTX A; 3OE7 G; 4GX1 A; 3P30 A; 3MDS A; 4TV8 B; 2DMX A; 1BSM A; 1AI7 A; 1SQQ H; 2WA3 A; 1M5I A; 2YEV A; 4KL1 A; 5LGN A; 4YJ3 A; 4ZOL B; 4IYI A; 1XL4 A; 4JI7 B; 3JCU Z; 4N21 A; 3ZN1 A; 1NVP D; 4IL6 Z; 4AHC A; 1JOY A; 5C8Y B; 1YHQ V; 3TCU A; 5JWP A; 3OUS A; 1XEQ A; 3UO2 A; 3SPI A; 3RT3 C; 2MK3 A; 5GON B; 2ODM A; 4NR1 A; 2BTO A; 1XHX A; 4H37 A; 3E89 A; 3ETE A; 2C2A A; 2X6A A; 2ZD9 A; 2UUA O; 2QR4 A; 3ETD A; 1XQ8 A; 1BT8 A; 4PA3 A; 4CH6 A; 5KX5 B; 4X1K A; 2UU9 O; 1CPY A; 2F95 B; 1OCC C; 1K5S A; 1R6T A; 4QIW F; 3F7Y C; 3CCM V; 2DN9 A; 3ZHV A; 5B3S B; 1OCR C; 4ZI7 A; 5EIB D; 2QSA A; 3HKD B; 1AJQ A; 4FZ1 A; 4TSF G; 2UU9 B; 2DQ0 A; 1Q7Y W; 3FB7 C; 2JVD A; 4O2A A; 5LP6 B; 1VQP V; 4MVO A; 2BTQ A; 3CP1 A; 4D7S A; 1QLN A; 2X6B A; 1TVK A; 5BY1 A; 5JCO C; 3AG3 C; 1WLE A; 4CH4 A; 3OM3 B; 3BHP A; 2Y69 C; 3DXR B; 1PNL A; 3L70 H; 3UT5 A; 2V4D A; 1NZ6 A; 3ZED A; 2P22 C; 4K8X A; 4O4J A; 4FLX A; 5KX5 A; 5JJE B; 2ZCE A; 2W6I G; 3L9D A; 1H2L A; 2NNU A; 4ASU G; 1JQ0 A; 4XDK A; 2YXY A; 1IVS A; 1Y66 A; 4UVB A; 1YTF D; 1F23 A; 3E8F A; 3HKD A; 5JQG B; 1L0N H; 5LP6 A; 5CA0 B; 2IBZ H; 3BFR A; 1KP3 A; 2JS5 A; 1B04 A; 5JVD B; 1H8E G; 1NTK H; 2CUG A; 3CRM A; 3P32 A; 2F66 C; 3RBZ A; 1BL8 A; 1VQM V; 1YEW A; 1OCC B; 1GKF A; 2WWW A; 3CHX A; 1ZL8 B; 2JIZ G; 2QM7 A; 2RCV A; 3CCR V; 1OCR B; 1KKC A; 4I55 A; 4FFB B; 2KKW A; 4LH7 A; 4U7O A; 2P67 A; 1N0J A; 4OX9 O; 3WB1 A; 2R72 A; 2CGN A; 1FXK B; 1K4C C; 1TUE B; 1YVW A; 2F1M A; 1JX9 A; 3AG3 B; 5IWA O; 5JJN B; 4UXN A; 3OEE G; 3O65 A; 1IBM O; 2Z5U A; 1MNG A; 1VEW A; 4DR4 B; 3OEH G; 3L71 H; 4JI2 O; 3C3T A; 5IWA B; 1MOF A; 4K3A A; 4GX2 A; 1WP7 A; 4FLW A; 5KHI A; 2NR5 A; 5CA3 A; 3CCS V; 2EIN C; 3K5N A; 5H6R A; 4JI1 B; 2YXH A; 5LYJ A; 5IYZ B; 2Q0A A; 2DJV A; 3SJA C; 1WPB A; 3PJS K; 4MT8 A; 5LL6 Y; 2EIM C; 2DWD C; 3RYH B; 3CYO A; 2VQE O; 1GO3 F; 3ZRX A; 1AP6 A; 3RYI B; 4C7U A; 2QWQ B; 1GN6 A; 1VQK V; 2QKC A; 1DLB A; 1QLE B; 3C90 A; 3ZRW A; 5JCO A; 4IIJ B; 3JYC A; 5EBL C; 3G67 A; 5L3D A; 4LF6 O; 3K58 A; 3JAK B; 1BE3 H; 3E22 A; 1K92 A; 3ZX6 A; 2CH7 B; 2Y0P A; 4I0X A; 3GWO A; 3TGU H; 4JYA O; 2JGU A; 1P84 F; 3LNM B; 3JAS A; 1N36 B; 3LSU A; 1OHH G; 2OIE A; 1W2B U; 3APQ A; 2GTA A; 3B09 A; 1H2G A; 3G71 V; 4MVS A; 5CBG A; 3HR0 A; 1GM7 A; 1XMO O; 1I7F A; 2H8P C; 3WB2 A; 5LBQ A; 2UXB O; 1M9N A; 1FXV A; 4BIU A; 1V55 C; 4UCU A; 2IM9 A; 5A9G A; 2Q7E A; 1HNW B; 4X66 O; 1CP9 A; 1FFX B; 2GHY A; 4HBN A; 4JAA A; 2KG7 A; 4W4K A; 2QM8 A; 2UXB B; 1YIT V; 4LF5 B; 2EJR A; 4LR3 A; 4X66 B; 1IX9 A; 5KUK A; 1KEC A; 1HDJ A; 3VQY A; 2F93 B; 3SPH A; 2EIN B; 3CCJ V; 4P9P A; 1SA0 A; 3T2M A; 1WN7 A; 5IE9 A; 1Q81 W; 2X0L A; 2EIM B; 1N32 O; 2B9Z A; 1GMG A; 1R3K C; 1FJG B; 5A2Q N; 4TV9 B; 5L3E A; 4J80 A; 4JV5 O; 4PDV A; 2YIB A; 5EYP A; 5GTH Z; 4HZ3 A; 2A7W A; 5LA6 B; 2YI9 A; 2H94 A; 1IZ3 A; 3AG4 C; 1QBZ A; 1F7Y A; 2ZDI C; 4IHJ A; 4DK1 A; 2CE4 A; 1PNK A; 1XBL A; 4MSW C; 1VQL V; 3K5L A; 1Y4M A; 3A0R A; 1MSW D; 2B1G A; 1IXB A; 3CRR A; 3CXH F; 2OT5 A; 2EIJ C; 1K7D A; 1JFF A; 5KHH A; 4DR6 O; 3QO5 A; 2R9I A; 3T4D A; 3UQ8 A; 2YID A; 4CZZ A; 1YI2 V; 3CRA A; 2ZR3 A; 2QTO A; 1FS0 G; 4JZ2 A; 4DR5 B; 2OTJ V; 4LF7 B; 4NVP A; 3QO7 A; 4DR6 B; 4DV5 O; 5B1O A; 1AJN A; 5KMG A; 1F4N A; 4GT1 A; 3HKB B; 3JD3 A; 1CXZ B; 3T1Y O; 1H38 A; 3RVZ A; 3BCC H; 4CS4 A; 1EFR G; 4GYC B; 5BMV B; 1M90 W; 4DV5 B; 1Q8I A; 1Q6I A; 2PI5 A; 2QE7 G; 3JD2 A; 4R50 A; 2ZIN A; 4B3R O; 2LW1 A; 1ZSP A; 3SR2 C; 3WU2 Z; 3ASO C; 1VQ5 V; 3X2Q C; 1HP8 A; 4U7N A; 4XDL A; 3RWR D; 4OXS A; 4DR2 O; 1E79 G; 1PL4 A; 4B3R B; 2DE0 X; 3AG2 B; 1R3J C; 4LF8 O; 2FTK A; 3AG4 B; 2XAH A; 2E75 B; 2FB5 A; 2QEX V; 5JJJ B; 2HR3 A; 1OCO C; 2YDE A; 4LF8 B; 1NTZ H; 1TGO A; 2XHB A; 2VWJ A; 2EIJ B; 1SZX A; 1YF2 A; 1G8M A; 2LQT A; 1XIL A; 1BS3 A; 4GKK O; 5IJ9 A; 2ZKO A; 1FAF A; 4X1Y A; 3K3W A; 5KHK A; 3ZRS A; 1M57 C; 3HKC B; 2AZ2 A; 5BR8 O; 4DW1 A; 1PPJ H; 1T5E A; 1TUB A; 1BMF G; 3DGE A; 3RN4 A; 3AG1 C; 5KHJ A; 4MTX A; 5J9P C; 1VAR A; 2PGG A; 2X7R B; 1PKX A; 2P90 A; 1M93 A; 1IUR A; 4JAV A; 5JH7 A; 3NR7 A; 4PD4 F; 3BA8 A; 3K04 A; 1SS3 A; 3BY6 A; 3FB8 C; 4QJF B; 3WG7 C; 3ASO B; 1PM9 A; 3N2G B; 1WA8 B; 4GKJ O; 4UCR A; 4FFK A; 2JK5 C; 4CC5 A; 5IT9 N; 1P7B A; 1NJI W; 5FNV B; 1ROP A; 3FYE B; 4D7T A; 1FXH A; 3D36 A; 1KBH A; 2KB1 A; 2OIG A; 3A2F A; 1K73 W; 2PYJ A; 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3FYI B; 2Y4U A; 3ABL B; 3VBB A; 4DW0 A; 4DUY B; 4ZI7 B; 4LFA B; 4EFB A; 3ZMU A; 3DSQ A; 3JSN A; 3CD6 V; 2WLM A; 4O2A B; 2VS0 A; 2BTQ B; 1EN4 A; 4FLZ A; 1KU9 A; 4L87 A; 2HP8 A; 5H6Q A; 4UVC A; 5LHI A; 3EVK A; 1TVK B; 5F2V O; 3DC6 A; 4MTG A; 3H1H H; 3ABM C; 3JD4 A; 2ZT9 B; 3UT5 B; 4FVM A; 5GW7 A; 1L1F A; 3L75 H; 4JAU A; 4O4J B; 2K1E A; 2UUC B; 2YXL A; 1NT2 B; 2HKO A; 3FX7 A; 1KUQ A; 5ITZ A; 1KKD A; 3FFQ A; 2G38 A; 2JS3 A; 1GM8 A; 3CE2 A; 1AJP A; 3H1L H; 3PN1 A; 3SYP A; 2A79 B; 4X9Q A; 1JR9 A; 3ZBH A; 1UJW B; 2ZNI A; 2OYQ A; 3CCQ V; 3CCU V; 5LHH A; 1YIJ V; 4RUE A; 1BGY H; 4U3F H; 4J7K A; 1V54 B; 4YIO A; 2XUM A; 3HPL C; 1I5Y A; 2K9P A; 2Q0O C; 1N34 O; 4NKG B; 1YTF B; 1W0J G; 1H2K A; 2CTP A; 5LMU B; 3OMN B; 3U0Z A; 3ZHQ A; 1NR7 A; 1JMK C; 4I55 B; 2YIA A; 1HW7 A; 4KHP O; 5IYC O; 2CTR A; 2CTQ A; 3KCY A; 1N34 B; 3E2E A; 3D3I A; 3ZMV A; 2Z3Y A; 4KHP B; 1ZLZ A; 4LF9 B; 5D5P A; 3K0D A; 2F23 A; 5BXZ A; 2PTM A; 3BPZ A; 3UKM A; 5IDJ A; 4LF4 B; 2XAS A; 1AI4 A; 3IJ4 A; 1SQB H; 3AK2 A; 3ETQ A; 1J5E B; 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