The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
54
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Knots found |
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sequence length |
272
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structure length |
122
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Chain Sequence |
ATLKDITRRLKSIKNIQKITKSMKMVAAAKYARAERELKPARVYLCGAIHSSVAKQMKLANIIYYSLKESTTSEQSARMTAMDNASKNASEMIDKLTLTFNRTRQAVITKELIEIISGAAAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Bovine F1-ATPase covalently inhibited with 4-chloro-7-nitrobenzofurazan: the structure provides further support for a rotary catalytic mechanism.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Atp synthase
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| molecule keywords |
F1-ATPASE
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| total genus |
54
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| structure length |
122
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| sequence length |
272
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| other databases |
 KnotProt 2.0: Artifct K +31
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-04-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| G | PF00231 | ATP-synt | ATP synthase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4CZZ A; 2R9I A; 3OE7 G; 4ASU G; 2F43 G; 2XOK G; 2W6I G; 2WPD G; 5LHG A; 2QE7 G; 3FKS G; 3ABT A; 2XND G; 1H8E G; 2EJR A; 5LGT A; 2X0L A; 2JJ2 G; 4Z1M G; 5FL7 G; 3ZMZ A; 5L3B A; 4UVA A; 2WSS G; 2HKO A; 4UV8 A; 3ZMV A; 1E79 G; 2XAG A; 2JJ1 G; 5L3G A; 2V7Q G; 3OEH G; 4UVB A; 5H6R A; 2XAH A; 1FS0 G; 3ZN0 A; 2JDI G; 5LHI A; 1E1R G; 1BMF G; 1E1Q G; 1OHH G; 5L3F A; 4UV9 A; 3OEE G; 2XAF A; 1H8H G; 5L3D A; 3ZMT A; 5LBQ A; 1W0J G; 3OAA G; 2Y48 A; 4UVC A; 2H94 A; 5H6Q A; 2UXN A; 5LHH A; 4KUM A; 2XAJ A; 4TT3 G; 1NBM G; 4UXN A; 4XBF A; 1COW G; 2Z3Y A; 3ZMS A; 4TSF G; 1EFR G; 4YXW G; 2CK3 G; 2IW5 A; 3OFN G; 2W6J G; 3ZMU A; 2XAS A; 5LGU A; 1MAB G; 2Z5U A; 5L3C A; 2DW4 A; 2HLD G; 2UXX A; 2JIZ G; 2XAQ A; 3ABU A; 5L3E A; 5LGN A; 5DN6 G; 2V1D A; 3ZN1 A; 4BAY A; 3ZIA G; 1W0K G; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CZZ A; 1GM8 A; 3SGI A; 1BS3 A; 1AB3 A; 4UUJ C; 2XOK G; 4O4H B; 2WLN A; 4X66 O; 4YJ3 A; 3VQW A; 4DV2 O; 3L9D A; 4PI0 A; 4H33 A; 4DUY O; 3AK3 A; 3T1C A; 3CB2 A; 3CCJ V; 4DYL A; 3ZHS A; 4GKK B; 5FL7 G; 1KYO F; 2PYJ A; 5E79 Z; 3W7S A; 4A5U B; 4MW8 A; 5KUK A; 3SPG A; 1GAX A; 4X64 B; 1DF5 A; 1VIB A; 5CBF A; 4BIU A; 2WSS G; 3FYI B; 4JAV A; 5B1N A; 4DR6 O; 1PV0 A; 4BWA A; 3JAW A; 1WB8 A; 3AG2 C; 1G8M A; 4UVB A; 1S5L Z; 4JI5 O; 2EZP A; 4GLX A; 2CTW A; 2ZCE A; 3SR2 C; 2VQE B; 1XI1 A; 3OEE G; 3F7V C; 1K3E A; 4J9Z B; 5L3D A; 1SZT A; 5AG2 A; 1XIL A; 2RQ6 A; 5LOV A; 3Q4H A; 3H1J H; 5E1A C; 2WLJ A; 1OCC B; 1R3L C; 3FX7 A; 4ZI7 A; 4LF6 O; 5H2F Z; 1FFX A; 2VWK A; 1VQM V; 3WG7 C; 1DF4 A; 3CJH B; 3X2Q B; 1NJI W; 3G67 A; 1F7Y A; 2CAZ C; 5HFL A; 5IT9 N; 1SA0 B; 4JI6 B; 2IH3 C; 1Q5O A; 1JFF B; 4H13 B; 1H2K A; 3CCM V; 4C7U A; 4AHC A; 1QNM A; 2YXL A; 1EN5 A; 4U3J B; 1I0H A; 4GKJ O; 1XMO B; 4EB6 A; 2JIZ G; 3A0H Z; 1KP2 A; 4O2B A; 4JV5 B; 2ZNJ A; 1AR5 A; 5EBW C; 5K1P A; 4KFM A; 1BT8 A; 2DJV A; 3H01 A; 1ROP A; 1IXM A; 4FLY A; 5H9C A; 2ZD9 A; 1RSO B; 2ZIN A; 2UUA B; 2NNU A; 4Q6G A; 4J7Z A; 2Q0A A; 2NN4 A; 3RW0 A; 3UT5 B; 1SKV A; 3MDS A; 3CP1 A; 1Q8I A; 1AR1 B; 4DV0 O; 4LP8 A; 3OMI B; 4R50 A; 1TVK B; 2IU3 A; 5LMN O; 4FLU A; 4X89 A; 1YSC A; 1S77 D; 2L6L A; 3CWB H; 1Z5W A; 1NT2 B; 4JYB A; 1L0N H; 2DQ0 A; 4GX1 A; 1Q82 W; 3UO3 A; 4LF8 B; 3JYC A; 3CJH A; 1HWY A; 3IAY A; 2GUZ B; 4MTF A; 2JDI G; 1SET A; 3J81 N; 1JFF A; 1H2L A; 3LSQ A; 1SQF A; 3D3Q A; 4JTA B; 1OCZ C; 2ZQM A; 3OTF A; 3ZHR A; 4GKK O; 4UVC A; 3E83 A; 1WN7 A; 3LDE A; 3QO8 A; 1L8D A; 2X6B A; 2ZDI A; 5B1A C; 2Y0I A; 5CA0 A; 4YIO A; 2QWQ B; 3TET A; 1AP5 A; 4MVM A; 1D2D A; 2ARH A; 3NR7 A; 1FXK A; 4DW1 A; 2D2C B; 3B77 A; 2ILM A; 2OCC B; 1I5X A; 1RSO A; 3ZHQ A; 4GUN A; 4DR7 O; 1JPX A; 3IC7 A; 2IW5 A; 4DK0 A; 5K1X A; 3OFN G; 4B3M B; 3ZS8 C; 5J2U B; 1MAB G; 1IVS A; 2AGA A; 4MS2 A; 4FM2 A; 3RN4 A; 2Q7H A; 1TVK A; 3ABU A; 4NYK A; 3KG2 A; 3S3W A; 3SPH A; 2BTO A; 1QU7 A; 1AJN A; 1K7D A; 1I5Y A; 1ZSP A; 2Z0A A; 3ETD A; 4JI6 O; 2QE7 G; 3AK1 A; 3KZI Z; 4F6R A; 4LBE C; 2GUZ A; 3B8M A; 2QWN B; 1EBO A; 2XTA A; 4X65 O; 1EM1 A; 5EZY A; 5KHG A; 5BZB A; 3CRA A; 4JV5 O; 3VQY A; 5L3B A; 4PD4 F; 4PJ0 Z; 2LW7 A; 1J95 A; 1TUE B; 1N33 B; 4QNH B; 1W59 A; 4UCS A; 5IYB O; 4QJF B; 4LFA B; 3K0D A; 5FPR A; 1IXB A; 3ABK B; 2ZIM A; 5H6R A; 2HFE C; 3HKC B; 1AI4 A; 3OUS A; 1VQ5 V; 2CH7 B; 5LHI A; 4I0X A; 1M56 C; 2ITD C; 3OGI B; 4D7S A; 1HNZ B; 5LA6 B; 3CHX A; 1M4U A; 1K5Q A; 1PL0 A; 2EIN B; 2CGO A; 4GCZ A; 1Q3E A; 1Y66 A; 3CCS V; 1ZUQ A; 1Y76 B; 4HBN A; 1KKC A; 4JI2 B; 2IJJ A; 1OCO C; 2EIJ B; 3BAB A; 3H1H H; 2CTR A; 4K8Z A; 1R3I C; 2A7W A; 2DYS B; 4YY3 B; 3E8H A; 4JI7 B; 4MTG A; 1RM1 B; 1OV9 A; 3K5L A; 4R6Z A; 2EJ7 A; 4JI8 B; 4RQF A; 2L35 A; 1VF7 A; 2Y4T A; 2E75 B; 2Z5U A; 5IYC O; 1XRE A; 2BSK B; 1Q7Y W; 4QE9 A; 1AIL A; 4JYC A; 4IT5 A; 4BAY A; 3HKD A; 2JEX A; 3A0R A; 4DXW A; 2YIA A; 3OE7 G; 5C93 A; 2EBO A; 4NXN O; 5H5N A; 5KA6 A; 1NZ6 A; 1SQP H; 1PNK A; 3HKC A; 2ADQ B; 1SF9 A; 3EXA A; 3ZRX A; 2CH7 A; 4B3M O; 4DV6 B; 4CH6 A; 1PM9 A; 1N36 B; 4Z1M G; 4FFK A; 1KMI Z; 3JAS B; 4B7E A; 2OWO A; 5HFM A; 3L71 H; 3CMA V; 1G6U A; 1AI7 A; 2WLI A; 4G2K A; 5IJ0 B; 2CUG A; 5JCO A; 3ZMV A; 5J2T B; 1YIT V; 1HP8 A; 2YXH A; 4FJC C; 1Y76 A; 2JJ1 G; 4X1Y B; 2F93 B; 2V7Q G; 3SJA C; 5KAF Z; 3N2G B; 1BE3 H; 1XL4 A; 1B04 A; 4F6E A; 4JAS A; 1NQT A; 4OPH A; 4BIO A; 2YIC A; 1VEW A; 3AG1 C; 3WU2 Z; 5LMU B; 3ZMT A; 3CCU V; 2ZT9 B; 3LSS A; 1Y74 B; 3OW2 U; 2BE3 A; 5EIB D; 3RYI B; 2UXN A; 1CP9 A; 4AQY B; 3KCX A; 2UU9 B; 3I56 V; 2M6Y A; 1YJN V; 2BSK A; 2YXY A; 4EEQ A; 1K4C C; 4XBF A; 2RJZ A; 4WFB V; 5CN0 A; 4LFA O; 3RYF B; 3GWO A; 1K97 A; 2Q0O C; 2ZKO A; 4O4J A; 4TSF G; 1V55 C; 1N0N A; 3QO7 A; 3JAK B; 2CK3 G; 1WNS A; 3IC9 A; 1XHX A; 3JD1 A; 1P7G A; 2CE4 A; 4DR4 B; 1AP6 A; 3H1L H; 1HNZ O; 1YCI A; 3B4S A; 3WB2 A; 2OT5 A; 5B1B C; 3JAR B; 1VQN V; 1AI6 A; 1J5E B; 1IX9 A; 3JAS A; 5DN6 G; 2JGD A; 2FL4 A; 4JI2 O; 1NH2 B; 5LP6 A; 2VQF B; 4DV4 O; 3CXC U; 4ASU G; 4YJ2 B; 2A9H A; 2F43 G; 1JA8 A; 1GN3 A; 2WPD G; 2EZO A; 2O57 A; 4YY3 O; 4I55 B; 2MW2 B; 4PV1 B; 2CTQ A; 2W0X A; 3ASO B; 4J42 A; 3CPW U; 2FKX A; 1ZX3 A; 1D5N A; 3JCZ A; 3VQX A; 1XBL A; 1NH2 D; 3U11 A; 4LWS A; 5KLV H; 1WP8 A; 4JI5 B; 5EC1 C; 3LUT B; 1QVG U; 3BEH A; 2LGQ A; 2R70 A; 1SC5 B; 2QA4 V; 2JEU A; 1JQ0 A; 1YZB A; 1WAZ A; 2IM9 A; 3L73 H; 2PUS A; 5FLX N; 4J10 A; 4HNA A; 1N36 O; 3MHH C; 4J11 A; 1R73 A; 2IBZ H; 4DRX B; 2IH1 C; 1CEZ A; 4DV1 B; 2OTJ V; 1NBM G; 1NTM H; 3OMN B; 1S76 D; 3T1H B; 4CH3 A; 4WFA V; 3K59 A; 2OIE A; 4CH5 A; 1DLB A; 1GN2 A; 3HKE A; 3X2Q C; 3FAV B; 4YJ2 A; 5CA3 A; 3TJT A; 5B5E Z; 4I55 A; 4X1K A; 3PJS K; 2W6J G; 3LDC A; 3AG3 B; 5JVD B; 1FD9 A; 5KMG B; 5LMU O; 5L3C A; 2HLD G; 2JS5 A; 1UJW B; 1UFI A; 4AQY O; 4O4L B; 2QKA A; 2UU9 O; 2ZDI C; 4B3T B; 3HR0 A; 1R6K A; 3T4Z A; 5F2V O; 1W0K G; 1IUR A; 4DV0 B; 1Y6X A; 1FXK C; 1OCR B; 2W6I G; 4UCU A; 3K5N A; 2Y69 B; 4H37 A; 4WFH A; 3RVZ A; 1MA1 A; 4PDL A; 4DR4 O; 1BQZ A; 3RWR D; 5B1O A; 4I4T A; 4O2A B; 2P22 C; 2AXT Z; 3R66 A; 3K9A A; 4IYH A; 4D6T H; 2LP7 A; 1LUV A; 4LF9 B; 1EZJ A; 3BHP A; 1VQO V; 4DRX A; 1J5E O; 3ETQ A; 1W2B U; 3HKB B; 4TQD A; 2DN9 A; 2DYR C; 1R1B A; 3ETE A; 2VQF O; 5CBG A; 3JAM N; 5EK0 A; 5GON B; 2WLL B; 1M5I A; 3UM7 A; 1BMF G; 4JF3 A; 1ZL8 A; 4JTC B; 3FAV A; 4RUF A; 5LBQ A; 4MT8 A; 2QKS A; 5H6Q A; 1ENV A; 5KMG A; 4J7K A; 4CH4 A; 2XAJ A; 1VF6 A; 4O4I A; 3E22 A; 3G80 A; 4PA9 A; 1COW G; 4TUY B; 2E5L B; 2EIK B; 4DR7 B; 4LH7 A; 1V54 B; 2Q9L A; 1AJQ A; 4GX0 A; 1YJ9 V; 2GTA A; 4DUZ B; 1T5E A; 3N27 A; 4I9Q A; 2KKW A; 5KX5 B; 4Z1V A; 4GX5 A; 3G6E V; 3TXS A; 3D8C A; 2OCC C; 4UB6 Z; 5EYP B; 2UXD O; 2YEV A; 3W7U A; 4NTW A; 3IJ4 A; 2XAQ A; 1I7F A; 4UCO A; 1QVF U; 4DR1 B; 1SER A; 1QR9 A; 3CXH F; 4DV1 O; 3K06 A; 5C8Y A; 4WBN B; 1YF2 A; 4LFC O; 5EBM C; 3T1H O; 3VBB A; 2OIG A; 4AI8 A; 3IGA C; 1P84 F; 3HKB A; 1BSM A; 4O4H A; 1QBZ A; 4X65 B; 4FIP C; 5GON A; 2WA3 A; 4CC5 A; 1LUW A; 3SPC A; 2LJ2 A; 2AHZ A; 5KAI Z; 1JJO A; 2KQX A; 1H8E G; 2QR4 A; 4JI4 B; 3H1K H; 2JJ2 G; 3CME V; 5BXZ A; 4ZHQ B; 4AIL C; 2GSM B; 1KC8 W; 1K34 A; 3ZMZ A; 5FNV B; 1P49 A; 4UVA A; 4JI0 B; 2VWJ A; 2WLM A; 1FPO A; 4FM0 A; 1URF A; 4JZ2 A; 4B3T O; 2ZXW B; 1FKA O; 4LF7 B; 3H1I H; 2N05 A; 5IY5 C; 1XHZ A; 1Y4M A; 3AG4 C; 4TV8 B; 2DE0 X; 3K57 A; 3QF7 A; 3APQ A; 5L3F A; 2BTQ B; 1M57 B; 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