The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| publication title |
4'-O-Substitutions Determine Selectivity of Aminoglycoside Antibiotics
pubmed doi rcsb |
| total genus |
35
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1HNZ O; 2LW7 A; 4OPA A; 1I94 O; 1F7Y A; 4JI7 O; 1R6T A; 3OTO O; 2VQF O; 4AQY O; 1YZB A; 5IT9 N; 4LF7 O; 4LFC O; 3J7A U; 4DR5 O; 4GKK O; 4DV5 O; 4B3M O; 5BR8 O; 4GKJ O; 3F5T A; 3SDL A; 3M8A A; 4YY3 O; 5FLX N; 1R1B A; 5BY1 A; 4DR3 O; 4DV4 O; 2FKX A; 4NXN O; 1IBK O; 3T1Y O; 1XMQ O; 2UXB O; 1D2D A; 3J81 N; 1J5E O; 2ZM6 O; 4DUY O; 1HNX O; 4DR7 O; 4X64 O; 1N34 O; 4JYA O; 4A5U B; 4NXM O; 4DR4 O; 1AIL A; 1X59 A; 3R66 A; 2F4V O; 1KUQ A; 4KHP O; 5LMU O; 4DR6 O; 2UXC O; 4DR1 O; 4JV5 O; 4K0K O; 5BXZ A; 4DV2 O; 4JI3 O; 2AGA A; 4DV0 O; 4OX9 O; 2UU9 O; 5H5N A; 1NS1 A; 3RT3 C; 2UUC O; 2E5L O; 1XNQ O; 4X66 O; 4DV6 O; 4JI5 O; 1N36 O; 2DOS A; 4DUZ O; 4JI6 O; 4LF4 O; 3T1H O; 1N32 O; 3O65 A; 3JAM N; 4DV1 O; 1G1X B; 2UXD O; 1A32 A; 1XEQ A; 4B3R O; 4JI4 O; 2HHH O; 4LFA O; 2N74 A; 2UUA O; 4B3S O; 4LF9 O; 4OPH A; 2DJV A; 4LF8 O; 4X62 O; 2Z0A A; 5LMN O; 4DR2 O; 5A2Q N; 4LF5 O; 4JI0 O; 4JI2 O; 3J80 N; 1DK1 A; 4LF6 O; 1IBM O; 4DV3 O; 4B3T O; 4DV7 O; 1AB3 A; 1N33 O; 4X65 O; 5LL6 Y; 1HR0 O; 4YHH O; 1HNW O; 2UUB O; 1FKA O; 1XNR O; 1FYJ A; 2VQE O; 4JI8 O; 4LFB O; 1FJG O; 1XMO O; 5IWA O; 4JI1 O; 2JRI A; 2ZKO A; 1IBL O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2OT5 A; 3A0R A; 2IU0 A; 3O9O A; 2LW7 A; 1FS0 G; 5JJJ B; 2QM7 A; 4JI3 B; 3RVY A; 5B66 Z; 3K5L A; 4AQY O; 1Y6X A; 3JD4 A; 3OEE G; 3UT5 A; 1N32 B; 3T1H B; 1BSM A; 4IIJ B; 4O4I A; 3MD0 A; 3CE2 A; 4JI4 B; 3B09 A; 4DYL A; 3H1K H; 2CTW A; 2ZIO A; 4DR2 B; 3JSN A; 2YDE A; 4MVU A; 1SA0 A; 4WFB V; 2X6A A; 2WA4 A; 1KMI Z; 3CX5 F; 3GWK C; 2IH3 C; 4FFK A; 3SJC C; 3K0D A; 1XI1 A; 1CPY A; 4ZHQ B; 2H3O A; 4DV1 B; 1WPB A; 2YI8 A; 3DSQ A; 1SRY A; 1L8D A; 3CRM A; 4RUF A; 4LC1 A; 2KG7 B; 1RFY A; 4JI3 O; 3HB3 B; 1R3K C; 3AG2 C; 1LR1 A; 4JI7 B; 4P9O A; 4LR3 A; 3P3N A; 4X66 O; 3CHX A; 2GDS A; 1N32 O; 4LH7 A; 4IHJ B; 3T1H O; 2R9A A; 3F5W C; 4WBN B; 2QKS A; 5EYP B; 2Z3Y A; 3CCJ V; 2EBO A; 2IU3 A; 1M4U A; 4JI4 O; 1JVM A; 1IVS A; 4FFB B; 2RNB A; 4J10 A; 1K9M W; 4I50 B; 4DR2 O; 3RYI A; 3ASO B; 4NXN B; 3ETE A; 3N2K A; 2K1E A; 3K9S A; 4DUY B; 1AB3 A; 3SYP A; 3UT5 B; 4X64 B; 2GTA A; 3CRC A; 2PY5 A; 4MW3 A; 3DXR B; 2Z5U A; 1I0H A; 3IC9 A; 1Q90 D; 1ZX3 A; 4ZIB A; 1UPG A; 1WJZ A; 2UXC B; 3ZBH A; 2ZKO A; 5LGN A; 3E86 A; 3AEI A; 2QDO A; 4JI7 O; 4TV9 A; 3OTO O; 3K9A A; 5IY5 C; 3K5O A; 1ROP A; 4UB6 Z; 4H33 A; 2X6B A; 1QR9 A; 1XDC A; 5H9C A; 4JI5 B; 1YXB A; 2BOB C; 3MDS A; 3F5T A; 3DC6 A; 4GCZ A; 5JQG B; 4O2A A; 3OD4 A; 4LFA B; 3CCQ V; 4MTG A; 3ML0 A; 2FKX A; 4NXN O; 4GX2 A; 5KAI Z; 2D2C B; 2EIL C; 1EZJ A; 2X0L A; 4DUY O; 3CRA A; 2K9P A; 4X64 O; 2EUL A; 1N34 O; 1YI2 V; 4A5U B; 1SKV A; 4MVS A; 1VQ5 V; 1I5X A; 1HWY A; 1R73 A; 1KU9 A; 1SQV H; 1CEZ A; 4ZI7 A; 1ARO P; 3ABM B; 4X1Y B; 4ZOL B; 1NKD A; 2IM9 A; 3U0Z A; 2UXC O; 1TUB A; 3RYI B; 1FJG B; 4X62 B; 3ZRV A; 2D3O W; 1L0L H; 1VF5 B; 3RT3 C; 2EX3 A; 5IE9 A; 3IFX A; 4JI5 O; 3SJB C; 1PKX A; 2PYL A; 4UVC A; 3OTF A; 5LP6 C; 3ZCC A; 4CS2 A; 2HHH O; 4LFA O; 3OW2 U; 2HEP A; 1P7G A; 4LH6 A; 4O4L B; 2LFR A; 4TV9 B; 1BE3 H; 4RAI A; 2O57 A; 4H37 A; 2AXT Z; 5ITZ A; 1K92 A; 1M9N A; 1Q6U A; 1QBZ A; 1AR5 A; 2P22 C; 1Y67 A; 1BHB A; 5KX5 B; 3SYA A; 1X4T A; 3TGU H; 1O9H A; 3BY6 A; 3NR7 A; 1FJG O; 5LP6 A; 2A06 H; 2P6J A; 1XL4 A; 2CE4 A; 3OE7 G; 3U10 A; 2YS8 A; 5J9P C; 4TQD A; 5H6Q A; 4MTX A; 4RQE A; 2NLJ C; 4LP8 A; 2XT9 A; 1OCZ B; 4DV5 O; 1QLE C; 3DGE A; 4JZ2 A; 1NR7 A; 4ZI7 B; 2EIM C; 2UXD B; 2Y69 C; 2B1G A; 1TA8 A; 1IX9 A; 1Q43 A; 2EZP A; 3BRC A; 3B4S A; 4LF9 B; 4Z1M G; 1NVP D; 3BCC H; 5AG2 A; 1FXV A; 1LUW A; 1VEW A; 5KHG A; 1KBH A; 2LO1 A; 3K5N A; 3ASN C; 4HNA B; 4XDJ A; 2ZT9 B; 4JGS A; 1OCR C; 1OCO B; 3U11 A; 1S5H C; 4NVP A; 2QEX V; 2A79 B; 3TET A; 1VF7 A; 4QJF B; 4TUY A; 2UUA B; 4PA9 A; 1NTM H; 4EB6 B; 4OXS A; 3H1I H; 3ZRS A; 1BL8 A; 1GO3 F; 1P7B A; 4IYI A; 4I4T A; 3CCV V; 4DUZ O; 3OMI B; 1AR1 B; 1B3Q A; 1QR8 A; 1IXM A; 1HR0 B; 2L6L A; 2UXD O; 2Y0I A; 3WG7 C; 4B3R O; 4O4J B; 2ADP A; 3FAV A; 3MAQ A; 3OAA G; 3RWR D; 4WF9 V; 4LF9 O; 2DN9 A; 3M99 B; 2W6I G; 5JCO C; 4JI1 B; 3HKD B; 2OIE A; 5DED A; 1OCC C; 5L3E A; 4K3A A; 4PA4 A; 2RMK B; 3RYF A; 2WAM A; 5GON A; 1NTK H; 1VMG A; 5LMU B; 1WA8 A; 5KLV H; 2JRI A; 1NT2 B; 3VOU A; 1I94 O; 1VQ7 V; 3I5D A; 2VQF O; 5JWP A; 3SPG A; 5LHI A; 5JCO A; 1RP3 B; 2IJH A; 4X1K A; 1WB7 A; 3CRQ A; 3P3P A; 3I56 V; 3ZHR A; 4TQF A; 4KFM A; 1VQ9 V; 3OR6 C; 3FD9 A; 4B3S B; 4UV8 A; 1SS3 A; 4TT3 G; 5KHI A; 2XUM A; 2EIJ C; 4CH6 A; 4UCU A; 1N4C A; 3ASN B; 4DV6 B; 4X65 B; 1AR4 A; 2GTS A; 1PM9 A; 1XQ8 A; 5LMU O; 2XTA A; 2CH7 B; 1R3L C; 1WLE A; 4YJ2 A; 3QVN A; 2ATK C; 3P32 A; 3CC7 V; 3H9V A; 2CGN A; 5D5P A; 2Y4U A; 3E22 A; 4GLX A; 1SC5 B; 1E79 G; 4DW1 A; 1A32 A; 3RYF B; 4QNH B; 1PD3 A; 4B3S O; 4J7J A; 2P4V A; 1KQS U; 1WA8 B; 2AHZ A; 5A2Q N; 1GH6 A; 1JOY A; 3J80 N; 1HNZ B; 2Y48 A; 4MW8 A; 4X1I B; 4E4E A; 1XRE A; 4EFE A; 1QVG U; 4X65 O; 1QCE A; 3K3W A; 3CCU V; 2H8P C; 2LJ2 A; 2W0X A; 1ZSP A; 5B1A C; 1BMF G; 3HPL C; 1MNG A; 3AK2 A; 1KKD A; 3JAR A; 3L75 H; 4TV8 A; 2V1D A; 3CB2 A; 2BTQ A; 4DV0 B; 4CZZ A; 5IT9 N; 4LFC O; 3LNN A; 4CC5 A; 3ZMT A; 4EEQ A; 1IZ3 A; 3OFN G; 2NNU A; 1Q6I A; 4MVM A; 3GB7 C; 5BY1 A; 2OCC C; 4KP4 A; 4YJ2 B; 1ZWI C; 2DWE C; 2EZO A; 3VQW A; 1AI5 A; 2V4D A; 2B5U A; 4FM0 A; 1XL6 A; 4GZR B; 1NR1 A; 2E5L B; 1COW G; 4YIO A; 2XAG A; 1KUQ A; 3A2F A; 2XOK G; 2ZNJ A; 3K5M A; 1WB8 A; 3H1H H; 1VAR A; 2YUA A; 1H38 A; 4DV0 O; 5EBL C; 2ETN A; 4UCR A; 5CN0 A; 3ZHQ A; 2R70 A; 2IH1 C; 4DV3 B; 5JVD A; 2XAJ A; 4YXW G; 4RWU A; 2LW1 A; 3ZIA G; 1RPO A; 3STL C; 1PNL A; 3ZX6 A; 4J41 A; 4BIZ A; 2XND G; 4JYY A; 3CWB H; 4TV8 B; 5B3S C; 4I9Q A; 3W7U A; 2BTQ B; 1DK1 A; 4LWS A; 2UXB B; 5B1B B; 2RQ6 A; 4KUM A; 4AQY B; 5LHH A; 3ABU A; 3ABT A; 1VQO V; 2QSA A; 3HKB B; 3K57 A; 1Q86 W; 3T1C A; 2UUB O; 4JAV A; 3A0H Z; 1FKA O; 1R3J C; 4G2K A; 1LNQ A; 1PNM A; 2OWO A; 3QNE A; 3AG7 A; 5GTH Z; 2ZD9 A; 1DGS A; 2UXX A; 1YTF D; 1SZX A; 4WFF A; 1DF4 A; 4JF3 A; 5JH7 A; 1S72 V; 2DMX A; 4JPR A; 5TIS Z; 2PF4 E; 1V55 B; 1MZF A; 4NKG B; 5CA1 A; 4OGQ B; 1YHQ V; 2ZE7 A; 5JJE B; 3HR0 A; 4J7K A; 4DO2 A; 2YEV B; 1Y76 B; 2UXB O; 4O4H A; 3EHB B; 4UB8 Z; 5FPO A; 4U3J A; 1BQ0 A; 1AI7 A; 2ZNI A; 4X66 B; 2GUZ A; 1RSO A; 2JGD A; 5IYZ B; 2AZ0 A; 3FYE B; 3LUT B; 5JVD B; 4H13 B; 4U7N A; 1Y74 A; 4KHP O; 1U97 A; 3W7X A; 2GV9 A; 3E8G A; 3B2E E; 2YIA A; 4NTW A; 3K03 A; 2WSS G; 4GKK B; 3B8M A; 1VP7 A; 1Z5W A; 3CRR A; 2ZQM A; 5E1A C; 4I55 A; 4FK5 C; 3L71 H; 4FMT A; 3HKC B; 4OPH A; 4LF8 O; 3RYH A; 1ENV A; 4ICG A; 2Q8V A; 1ORQ C; 3KKY A; 1SQB H; 1NQT A; 3LSQ A; 5H6R A; 3TCU A; 1TAE A; 3OTO B; 1AJQ A; 1F4M A; 5B3S B; 3CXH F; 3JCU Z; 1KYO F; 2JS3 A; 5JH7 B; 1PL4 A; 4DK0 A; 5IJ9 B; 4DK1 A; 4WCE V; 3HKE A; 3CP1 A; 3ZJZ A; 2F4V B; 1JFF A; 2RCV A; 2E3C A; 3ABL B; 4PI2 A; 4F4L A; 2QM8 A; 1EN5 A; 3Q4H B; 1F7Y A; 3C3S A; 1VQ6 V; 4O4H B; 3CCM V; 1L1F A; 4XBF A; 3TXS A; 2QM4 A; 1M5I A; 4GKK O; 1N34 B; 2JGD B; 2PUS A; 4O4I B; 1B04 A; 5LBQ A; 2P67 A; 1US6 A; 1Y74 B; 5IJ0 A; 2PZS A; 4X89 A; 2HG5 C; 1PV0 A; 4R7C A; 1FPO A; 3CME V; 3K59 A; 5CB4 A; 3D3Q A; 3B77 A; 4UCV A; 1SA0 B; 1K5Q A; 2DYR C; 4D7T A; 2WLM A; 4CH3 A; 3ICX A; 1SER A; 4NTY A; 3CCR V; 2E75 B; 1RM1 C; 1N33 B; 1NH2 B; 3IC7 A; 2QWQ B; 1X59 A; 2F4V O; 2VRZ A; 3ZRW A; 3K79 A; 2F66 C; 2MK3 A; 2YXY A; 2HHH B; 2BE3 A; 4JV5 O; 1QNM A; 2P06 A; 3JD0 A; 1SQF A; 1AP6 A; 1MAB G; 1EFR G; 2JIZ G; 4TWK A; 4DR5 B; 3HKE B; 2CTP A; 1FXK C; 4GKJ B; 3JD2 A; 4CS4 A; 3QO5 A; 2YIC A; 3A0B Z; 3C3T A; 4MVR A; 1UJW B; 1K73 W; 3D3I A; 2HVJ C; 1K8A W; 5B5E Z; 1YJ9 V; 3N2K B; 1J5E B; 1N33 O; 3LSU A; 3AG2 B; 4JYA B; 3GWO A; 1TVK A; 4DV5 B; 5J2T A; 3RW0 A; 2FL4 A; 1PP9 H; 4DR6 B; 1FXK A; 2B9Z A; 4DR1 B; 2QKC A; 4PDV A; 5EBM C; 5CB4 B; 2Q7G A; 2YID A; 4WFA V; 1YZB A; 1N8R W; 1PNK A; 4NR1 A; 4L8J A; 5GW7 A; 1THZ A; 3IJ4 A; 4DR5 O; 4ABM A; 2WWW A; 4GKJ O; 4B7K A; 2Q9L A; 2W6J G; 2CAZ C; 3BVO A; 1WNS A; 4PHZ A; 4O2A B; 4BIU A; 4O2B A; 1BT8 A; 1XUQ A; 3MHS C; 1XHZ A; 3J81 N; 1J5E O; 4H44 B; 1SF9 A; 2HJF C; 1SQQ H; 4JYA O; 5IY5 B; 4DUZ B; 1M56 C; 1KD1 W; 3R66 A; 1VIB A; 3G6B A; 4P30 A; 4DR6 O; 4B3R B; 3RBZ A; 4DR1 O; 1TUB B; 4R8C A; 4JI8 B; 1SQX H; 4GX1 A; 1IBL B; 2N04 A; 3IAY A; 5LYJ A; 3WU2 Z; 3G80 A; 3BFR A; 4UVB A; 2NN4 A; 1R6N A; 4X8A A; 2EIL B; 4RUE A; 2Q69 A; 3JAM N; 2PI4 A; 3RYC A; 5L3B A; 3LSS A; 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4UUJ C; 3SYQ A; 4MVO A; 1MG1 A; 4LFC B; 5IYB O; 4F6E A; 4IGG A; 3VBB A; 1OHH G; 2KB1 A; 2H94 A; 4BWA A; 5GON B; 3AG3 C; 2EIN C; 3JAT B; 4LFB O; 1YVW A; 3WG7 B; 5E79 Z; 1NZ6 A; 2KKW A; 2WLL A; 4PDM A; 4J9Z B; 5LA6 A; 4LF7 O; 2QWR B; 1TUE B; 2LGW A; 3EXA A; 3UM7 A; 2ZCE A; 4NTX A; 4X1K B; 2HLD G; 3JAW A; 3W7W A; 1ZTE A; 1GK9 A; 1OCC B; 3THO A; 3K0G A; 4IT5 A; 3SDL A; 5F2V O; 1L0N H; 3CCE V; 2MW2 B; 2GHY A; 1SES A; 2ZXW C; 4X20 A; 3TXQ A; 5J2U B; 3TK1 A; 1D5N A; 5EC2 C; 4NB5 A; 2R72 A; 4PA3 A; 4FLW A; 2ZM6 O; 2V7Q G; 1XHX A; 1GN2 A; 1MZE A; 4N21 A; 4B3T B; 4DV7 B; 2UXN A; 3WFV A; 5L3D A; 1U96 A; 2ARH A; 1Z5V A; 1Q7Y W; 3WB2 A; 3AG4 B; 4QGP A; 3CXC U; 5C93 A; 5B1O A; 5CMU A; 5KUM A; 1D5A A; 3ZN0 A; 1FFX B; 1JR9 A; 2OTL V; 2EIK C; 5C8Y B; 4AI8 A; 2QA4 V; 5IDJ A; 1NS1 A; 1XNQ O; 4WFH A; 3E22 B; 2R9R B; 1K7D A; 4B7E A; 2EIJ B; 2F43 G; 1I08 A; 2VS0 A; 4BIO A; 3ZHT A; 4MS2 A; 5CBG A; 4TOI A; 2UUB B; 4I0X A; 2Q0O C; 3SYO A; 3GVM A; 3R65 A; 4FZ1 A; 1OV9 A; 2WLL B; 4Z1V A; 1JMK C; 1KP3 A; 5L3G A; 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