The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin-induced misreading of the genetic code.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
28
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| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5FLX N; 1KUQ A; 4DV4 O; 4K0K O; 5BXZ A; 1N34 O; 1G1X B; 1AIL A; 4OPH A; 4DR6 O; 2FKX A; 4OX9 O; 1FJG O; 1FYJ A; 4NXM O; 4B3M O; 4LF5 O; 4JI0 O; 4LF8 O; 3O65 A; 4LF4 O; 5IWA O; 3J7A U; 3OTO O; 4LF6 O; 1NS1 A; 4JI2 O; 4JI4 O; 4JI7 O; 4LF7 O; 4JI5 O; 4DV2 O; 2Z0A A; 5BY1 A; 1HNW O; 1IBM O; 4DV5 O; 4X64 O; 1IBL O; 4DUY O; 4DR3 O; 2UXD O; 4DV7 O; 2UUB O; 2E5L O; 4JI1 O; 4DV3 O; 2UXC O; 4LFC O; 1YZB A; 2AGA A; 3JAM N; 1N32 O; 4GKJ O; 3J80 N; 4LFA O; 4DR1 O; 2DJV A; 3R66 A; 4X65 O; 3J81 N; 4DR5 O; 1DK1 A; 4DR4 O; 1A32 A; 2DOS A; 5LL6 Y; 1N33 O; 2HHH O; 3SDL A; 5LMN O; 4AQY O; 1D2D A; 4JI3 O; 3M8A A; 2ZKO A; 1XEQ A; 4JI8 O; 4LF9 O; 4B3R O; 1HR0 O; 4X66 O; 1IBK O; 4DR2 O; 1AB3 A; 3F5T A; 4DV6 O; 5BR8 O; 2UXB O; 1X59 A; 1I94 O; 4B3T O; 5IT9 N; 4DV0 O; 4JI6 O; 4B3S O; 1J5E O; 4JYA O; 4DR7 O; 5A2Q N; 1HNX O; 1R6T A; 4OPA A; 1F7Y A; 2ZM6 O; 4X62 O; 2UUC O; 2UUA O; 3RT3 C; 2LW7 A; 4YHH O; 2UU9 O; 4KHP O; 4LFB O; 4YY3 O; 2VQF O; 1XNR O; 4GKK O; 4DUZ O; 4A5U B; 2F4V O; 5H5N A; 1R1B A; 3T1H O; 1HNZ O; 4DV1 O; 2VQE O; 4NXN O; 1FKA O; 3T1Y O; 2JRI A; 1N36 O; 4JV5 O; 5LMU O; 2N74 A; 1XMO O; 1XNQ O; 1XMQ O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2XAJ A; 5EC1 C; 1NTM H; 3CRM A; 3ZHQ A; 5KUK A; 3ICX A; 3CPW U; 2Q9L A; 1L8D A; 4DR6 O; 2EBO A; 1BL8 A; 2YUA A; 3CD6 V; 2UU9 B; 1VQ6 V; 1GKF A; 2EIJ C; 2BTQ B; 2Y69 B; 3JAS B; 1TAE A; 5CB4 A; 2QR4 A; 1HNZ B; 4JI7 B; 4NXN B; 5B1B C; 5CBH A; 4LF7 B; 4MS2 A; 5KHI A; 3A0B Z; 3LDC A; 3HKD B; 4D7T A; 4YJ2 A; 2H94 A; 4X8A A; 4UB6 Z; 5EYP A; 2BOC C; 5KAI Z; 5IY5 B; 2XND G; 4DV3 B; 2V1D A; 4H33 A; 2HJD A; 3JAM N; 3ETQ A; 2EIL C; 1MAB G; 4O4I B; 4FMT A; 5FPR A; 4PEL A; 4TV9 A; 1X4T A; 3JAR B; 5KMG A; 2JDI G; 4FVM A; 5LGU A; 1COW G; 2DOS A; 2ZXW C; 3A0R A; 4ICG A; 3S3W A; 4OGQ B; 2R70 A; 5J2T A; 1EBO A; 3JSL A; 2B1G A; 3FAV A; 2OCC C; 1JX9 A; 3UO2 A; 2DQ0 A; 2IJJ A; 4MTX A; 2FL4 A; 3G6E V; 4JI6 O; 1SC5 B; 4I50 B; 1Z5V A; 3JAK B; 4FLX A; 4DR7 O; 4DRX A; 1NU1 H; 3E86 A; 3N2K B; 1F7Y A; 1SQQ H; 3G71 V; 1US6 A; 2GTS A; 2WLL B; 1AR4 A; 3MHH C; 4LF9 B; 1XBL A; 1XNR B; 3RW0 A; 1IVS A; 4DR2 B; 1ZLZ A; 4CC6 A; 2WLI B; 2OWO A; 1WP8 A; 5DN6 G; 1K3E A; 3W7U A; 3JD1 A; 2XAS A; 1PNM A; 4J7J A; 3ZRV A; 5DM6 V; 5LMU O; 1G8M A; 1EN4 A; 1XMO B; 4N23 A; 1ENV A; 1XHX A; 5BZB A; 2KQX A; 4J10 A; 5EIB D; 3E8G A; 2CH7 A; 2WSS G; 4TV8 A; 2Q73 A; 3Q4H B; 4UCV A; 4NXM O; 4B3M B; 1IXB A; 1MZE A; 3FD9 A; 3MHS C; 1W0J G; 4EFB A; 1Q6U A; 1RSO A; 3OTO O; 5GW7 A; 2EIM C; 1GAX A; 2KKW A; 5L3F A; 3P30 A; 2DE0 X; 5LXT A; 2CTP A; 1WA8 A; 1PM9 A; 3RYC B; 5LHI A; 1QCE A; 2Z3Y A; 4DR3 B; 2GHY A; 2ZT9 B; 4G28 B; 1DF5 A; 4LFC O; 2OTL V; 1R3L C; 3L72 H; 1SZT A; 4J7Z A; 1VQO V; 1XOU A; 3DXR A; 2JGU A; 1H8E G; 1P49 A; 3KCX A; 3LSQ A; 5J9P C; 5EC2 C; 3ZHU A; 3R66 A; 3ASN B; 3FB8 C; 1AVM A; 5CA1 B; 1G4Y B; 1AI6 A; 5LYJ B; 4HNA B; 1M56 C; 3HKC A; 4QPJ A; 4QPK A; 1FFX B; 1D2D A; 4LWS B; 1VQK V; 1WPB A; 3SYA A; 5B3S B; 1TVK B; 4JI1 B; 1YEW A; 2K9P A; 1I08 A; 4TWK A; 5BMV A; 3CHX A; 4DV6 O; 4R50 A; 4EB6 A; 5IYB O; 3STL C; 1X59 A; 1VQ8 V; 5IT9 N; 2DYR C; 3G4S V; 2YXY A; 1SKV A; 4UCO A; 2EIN C; 3ABK C; 3LSS A; 1BQZ A; 2QWO B; 3ZHT A; 4OPA A; 4O2B B; 1KP3 A; 1VF6 A; 2YSU B; 2A06 H; 3B2E E; 3OGI B; 4YHH B; 2YEV B; 1XRE A; 4GKK O; 5E1A C; 2WWW A; 4FM0 A; 2VQE O; 2LFR A; 1R73 A; 2M7W A; 4J9Z B; 2ATK C; 3VQW A; 4X1Y B; 4IYH A; 5LP6 B; 4U3J A; 2P6J A; 2L6L A; 3OMN B; 3AG3 C; 1AJQ A; 4MT8 A; 2PGG A; 3ABM B; 3J7A U; 4KP4 A; 3JYC A; 1NH2 D; 1VQL V; 4RUE A; 4LF6 B; 1LR1 A; 2CK3 G; 1MNG A; 5JCO A; 2ODM A; 4PA6 A; 4FZ1 A; 1ZWI C; 4Z1M G; 5LHH A; 1K34 A; 1XMQ B; 2UXD B; 4U7O A; 2Q0O C; 1GH6 A; 3OR7 C; 1JFF A; 5D5P A; 4LP8 A; 1PD3 A; 3K04 A; 1I5Y A; 3TCU A; 3P32 A; 5EBL C; 1W59 A; 2ZNI A; 3OR6 C; 3HB3 B; 5IWA B; 2YID A; 3U0Z A; 1JJO A; 1TUE B; 2HVJ C; 4LC1 A; 4B7K A; 2QWR B; 5H9C A; 3C3S A; 4DV2 B; 1WB7 A; 1NQT A; 4I55 B; 2EZO A; 3JAL B; 4XDJ A; 5EZY B; 2PI4 A; 4X1K A; 3JD4 A; 3T4Z A; 2XAQ A; 4H37 A; 1AJP A; 1K92 A; 2LP7 A; 3VBB A; 1M4U A; 1N4C A; 2RN9 A; 1GK9 A; 1R6N A; 4I0X B; 2UXB O; 5B1A B; 3SYQ A; 1XQ8 A; 2IJH A; 2P22 C; 4O4J A; 1XDC A; 2CGO A; 3UO3 A; 1YXB A; 3B4S A; 2N05 A; 3JAR A; 2EIJ B; 1NZ6 A; 4QGP A; 1R3I C; 2DW4 A; 4I9Q A; 2BCC H; 5IYZ A; 2H8P C; 3BHP A; 1SQF A; 5B1B B; 5CA0 A; 2UXN A; 4IT5 A; 5IY5 C; 2XAG A; 4YIP A; 4FM1 A; 3CXC U; 1ARO P; 4H0L B; 2F23 A; 3H1H H; 3X2Q C; 3MAQ A; 4P9O A; 2FKX A; 2A0L A; 4ZHQ B; 2EIL B; 4LH6 A; 3KKY A; 3ZHR A; 1GN2 A; 1NJI W; 5JWP A; 4JI2 O; 5IYC O; 4DK0 A; 1BSM A; 3FKS G; 2R72 A; 5C93 A; 1KB9 F; 3HKE A; 4TOI A; 1N36 B; 4FLU A; 2YS8 A; 4DV5 B; 2BSK B; 2WLI A; 3LDE A; 3P3P A; 3OT7 A; 2OCC B; 4MVO A; 2Q67 A; 3CMA V; 4EEQ A; 2LQT A; 1XUQ A; 1Q82 W; 4LF8 B; 3ZS8 C; 4O4L B; 4DR1 O; 4ZI7 A; 1YDX A; 4GUN A; 1M90 W; 1XI1 A; 3S3X A; 4QNH B; 4GLX A; 1JMK C; 2CTW A; 2YC0 A; 1QLE C; 3M8A A; 2P06 A; 2XAH A; 3E35 A; 3RYC A; 1N32 B; 1WJZ A; 1S5L Z; 3CCM V; 1SQB H; 3D3I A; 1P84 F; 3ZCC A; 4IYI A; 5IJ0 B; 2M6Y A; 2Q7E A; 1ZTE A; 3CP1 A; 1KQS U; 4DR4 B; 1KD1 W; 2WA3 A; 3ETG A; 2HHH B; 5L3D A; 2EIM B; 4JI3 B; 1YVW A; 1XL4 A; 1R1B A; 3T1H O; 4DV1 B; 5BR8 B; 1W0K G; 1R6K A; 2HR3 A; 3H1I H; 1IUR A; 5EK0 A; 3UKM A; 3QO7 A; 3ASN C; 3WB0 A; 3N27 A; 5BXZ A; 1BHB A; 1D5A A; 2Q4P A; 1FJG O; 1F4M A; 2IM9 A; 3LSU A; 5B1N A; 4G2K A; 2N04 A; 4PA4 A; 3SJB C; 4DUZ B; 4WF9 V; 5EBW C; 1M56 B; 1FXK C; 2QM8 A; 1GM7 A; 3EFF K; 3ZMS A; 3H1J H; 4BIO A; 1AI4 A; 1M1K W; 1YHQ V; 5KX5 A; 1NTK H; 2ZE8 A; 1MA1 A; 4X1Y A; 4FFK A; 2OTJ V; 2F43 G; 2X0L A; 5LP6 A; 1NH2 B; 1FD9 A; 2YI8 A; 2DYR B; 4HBN A; 2EIN B; 3ABK B; 1BQ0 A; 1VQM V; 4QIW F; 1HDJ A; 3RYI B; 4MVS A; 3J81 N; 3ZRS A; 4MW8 A; 3NXS A; 3T4D A; 1A32 A; 3IGA C; 3ZMT A; 1N33 O; 5LBQ A; 1H2S B; 2HEP A; 3G6B A; 2NR5 A; 4AQY O; 3IC9 A; 3HR0 A; 2R9I A; 3RWR D; 1JOY A; 3H1K H; 1NR1 A; 1JJ2 U; 3DSQ A; 4NTX A; 2YIB A; 2PYJ A; 3KZI Z; 4DV0 O; 3CCU V; 3IAY A; 3ABM C; 4B3S O; 1J5E O; 1NBM G; 3BFR A; 3C3T A; 2LGW A; 4DR7 B; 2D3O W; 3AG3 B; 4XDK A; 5DEC A; 1OV9 A; 3ZRX A; 5JQG B; 5LOV B; 3BVO A; 2UUC O; 4I55 A; 2LW7 A; 4JYB A; 1GRJ A; 5EZY A; 2QSA A; 3SPI A; 4X89 A; 1SA0 A; 5KA6 A; 5KLV H; 4ZOL A; 1MOF A; 3NR7 A; 2D2C B; 2VWK A; 4O4H B; 4JF3 A; 2N74 A; 4UCT A; 4I0X A; 3JD0 A; 2L35 A; 3UQ8 A; 3QF7 A; 4PDR A; 1WP7 A; 4OX9 O; 4X62 B; 1OCO B; 4PA7 A; 1UJW B; 4UVA A; 3OTO B; 4R7C A; 3RN4 A; 1KYO F; 2A3Q A; 1LUW A; 4F6E A; 1Y67 A; 4WFF A; 2F66 C; 4DXW A; 3BY6 A; 2ZIM A; 2QKC A; 3TXS A; 2DYS C; 1Y76 B; 3BAA A; 3T1C A; 2E5L O; 3RYH A; 4OXS A; 4UCR A; 2VWJ A; 3QO5 A; 2AGA A; 3F7Y C; 4HYO A; 2R9A A; 1GTO A; 3WFV A; 4ZHQ A; 1YTF B; 4L87 A; 4UB8 Z; 1DK1 A; 3ML0 A; 4F6R B; 2YXL A; 1HNW B; 3SPC A; 1IBM B; 4CS2 A; 1S72 V; 1L1F A; 1H2M A; 5C8Y A; 1I0H A; 4U7N A; 3W7W A; 2BSK A; 4LH7 A; 1IBK O; 1WLE A; 2WPD G; 4GKJ B; 4LFA B; 1TGO A; 1I94 O; 3WU2 Z; 3X2Q B; 2Q5Z A; 4I7Z B; 1AI5 A; 1R6T A; 1FFT B; 3U11 A; 2QDO A; 2ZR3 A; 2CAZ C; 1PL0 A; 3ZRW B; 3OUF A; 4JTC B; 4ASU G; 4FLV A; 1AI7 A; 2PUS A; 4UFZ A; 1HR0 B; 3LUT B; 4GKK B; 3H01 A; 2XAF A; 3UCS C; 3K5O A; 1YJN V; 3ABU A; 3T1Y O; 2VRZ A; 4MVR A; 1FS0 G; 1VIB A; 3EHB B; 1NKD A; 1HNX B; 1PV0 A; 5B5E Z; 1ZL8 B; 4UV8 A; 3OMA B; 4LNU A; 5JJJ B; 2LJ2 A; 1M57 B; 3L71 H; 4XBF A; 3BA8 A; 4K3A A; 4J42 A; 2FB5 A; 4JI5 O; 1QLE B; 3AG2 C; 2UXX A; 2QWQ B; 2Y0I A; 2QJ1 A; 4H44 B; 1F4N A; 2DWE C; 1QHT A; 3D36 C; 4FIP C; 4YIO A; 2MW2 B; 3ABT A; 4BW9 A; 4CC5 A; 1K9M W; 1Q6H A; 3K5N A; 4X20 B; 1CPY A; 4MTO A; 2DQ3 A; 2FYU H; 2OIG A; 5FL7 G; 5KHG A; 4I4T B; 3DC6 A; 4YJ3 B; 4MVZ A; 5LL6 Y; 1IBL B; 1AP6 A; 3EXA A; 1JA8 A; 2OIE A; 4TUY A; 3OW2 U; 2ZE5 A; 2ZKO A; 3TJT A; 4JI8 O; 2QKA A; 4BR6 A; 3OEE G; 4X66 O; 3ETE A; 1ZAU A; 4ZBM A; 3JCZ A; 2UXB B; 1B6Q A; 4Z1V A; 4FLZ A; 5JVD A; 2YI9 A; 4HZ3 A; 1KEC A; 1OCZ B; 3CS5 A; 2W6J G; 4BW5 A; 4DR5 B; 1QQC A; 3H1L H; 4PD4 F; 4NB5 A; 3SJQ C; 1XL6 A; 2ADP A; 4AI8 A; 1MG1 A; 1PNL A; 4JAS A; 2UU9 O; 1K97 A; 3IFX A; 3LNN A; 5L3G A; 4YY3 O; 4B08 A; 1FXK B; 1HNZ O; 2WAM A; 4NXN O; 1BE3 H; 3JAW A; 3JD3 A; 4FLT A; 2EJ7 A; 3E22 B; 1G6U A; 4MSW C; 3K57 A; 1UPG A; 3RYF A; 2F1M A; 2P5O A; 2HVK C; 1GO3 F; 1SQX H; 3JAT B; 3EVK A; 1BT8 A; 2VQF B; 3BCC H; 3CJH A; 2JVD A; 2F4V B; 3DC5 A; 4Z2W A; 2NNU A; 4B7E A; 2GSM B; 3TET A; 4K0K B; 3CCE V; 5IJ9 B; 3HKB B; 1H2L A; 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1HW7 A; 1ZL8 A; 4QE9 A; 1YTF D; 2JJ1 G; 2JS5 A; 2Q69 A; 2WLL A; 1VMG A; 1IZ3 A; 2B9Z A; 1PPJ H; 4GT1 A; 1L0N H; 2P90 A; 5AG2 A; 5HFM A; 4QE7 A; 3CCV V; 1N33 B; 1JR9 A; 3VQX A; 3GVM A; 2Q7H A; 1VQ5 V; 5JJE B; 4O2A B; 3SYP A; 2Q8V A; 3M7M X; 4YJ2 B; 1OCC B; 3H9V A; 3Q4H A; 5K1P A; 2YIA A; 4DV0 B; 1XHZ A; 2P4V A; 2BTO A; 1M57 C; 3SYC A; 4FZ0 A; 2QTO A; 4K8X A; 4GX5 A; 4TSF G; 2UUC B; 4YJ3 A; 4TV9 B; 4C7U A; 5KMG B; 2AW9 A; 2ZR2 A; 5JH7 B; 5L3B A; 3WB1 A; 3AG2 B; 3CEI A; 5GTH Z; 2YDE A; 2DN9 A; 3ZMV A; 1SZX A; 1FKA O; 4J41 A; 4B3T B; 3ZJZ A; 4PA3 A; 3W7X A; 1L0L H; 4PJ0 Z; 2WLN A; 4LCU C; 3SPH A; 1XMQ O; 3FAV B; 2MK3 A; 2E75 B; 5CA1 A; 5LYJ A; 4OX9 B; 3G67 A; 4HNA A; 3O65 A; 4H13 B; 5IWA O; 4FLY A; 4UUJ C; 1FFX A; 4K35 A; 4WFB V; 4LWS A; 4D6T H; 5GTI Z; 1VQP V; 1TVK A; 4RQF A; 4DV2 O; 1BHA A; 2FTK A; 2XTA A; 3AG1 C; 4DV7 O; 1OCZ C; 2A9H A; 3K03 A; 2E5L B; 1YZB A; 4DR6 B; 3CX5 F; 1S0V A; 2PI5 A; 3B8M A; 4O2B A; 4MVU A; 1YSC A; 2YXH A; 3D8C A; 2CH7 B; 3CCQ V; 2RJZ A; 1YCI A; 2YEV A; 1EN5 A; 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