The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
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| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
A structural basis for streptomycin-induced misreading of the genetic code.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
32
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JYA O; 5BR8 O; 4DR2 O; 5IWA O; 4B3M O; 4B3T O; 4X64 O; 4DR5 O; 2E5L O; 4LF5 O; 4K0K O; 1FYJ A; 4JI8 O; 2Z0A A; 4DV7 O; 2UXC O; 4JI1 O; 1YZB A; 2UUA O; 1FJG O; 5LMN O; 1IBM O; 4B3S O; 3O65 A; 1I94 O; 2VQF O; 1XMO O; 4GKJ O; 2LW7 A; 1J5E O; 4DV0 O; 1HNZ O; 4LF9 O; 4DUY O; 4OX9 O; 4DV2 O; 1XMQ O; 2DOS A; 3R66 A; 4DR1 O; 5A2Q N; 2HHH O; 5BY1 A; 1N32 O; 4JI0 O; 3J81 N; 4NXM O; 4DV1 O; 4AQY O; 2ZKO A; 1A32 A; 1IBL O; 3JAM N; 3T1Y O; 1DK1 A; 1R1B A; 4JI3 O; 1D2D A; 3F5T A; 4GKK O; 4JI7 O; 2UUC O; 4LF6 O; 1XNQ O; 4LF7 O; 3RT3 C; 2DJV A; 4LF8 O; 1HR0 O; 2AGA A; 2F4V O; 4LF4 O; 1HNW O; 4LFA O; 4DV6 O; 1XEQ A; 4A5U B; 1G1X B; 4JI6 O; 1N36 O; 3OTO O; 4DV3 O; 4DV5 O; 4JV5 O; 2N74 A; 2ZM6 O; 3M8A A; 1AIL A; 1KUQ A; 1IBK O; 4KHP O; 4DR3 O; 4OPH A; 3SDL A; 1N33 O; 1FKA O; 3J7A U; 4OPA A; 4YY3 O; 1NS1 A; 5BXZ A; 2UUB O; 5IT9 N; 4DV4 O; 4JI4 O; 4YHH O; 4DUZ O; 4B3R O; 3T1H O; 5LL6 Y; 5FLX N; 2UXB O; 3J80 N; 1R6T A; 4DR4 O; 2JRI A; 1N34 O; 1X59 A; 5LMU O; 2VQE O; 4DR7 O; 4LFB O; 4X65 O; 1AB3 A; 1F7Y A; 1HNX O; 4JI2 O; 1XNR O; 4NXN O; 2FKX A; 5H5N A; 4JI5 O; 4LFC O; 4X62 O; 4DR6 O; 4X66 O; 2UU9 O; 2UXD O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2YSU B; 1UPG A; 1WAZ A; 2C2A A; 2M7W A; 4QJF B; 1NQT A; 2UXD B; 2Y0P A; 1NH2 B; 3JAT B; 1DF5 A; 2YIB D; 3FKS G; 1GM7 A; 2Q0A A; 4PI2 A; 5C8Y A; 3LNN A; 2JS5 A; 3L73 H; 3UKM A; 1I94 B; 1ARO P; 2XUM A; 2EJ7 A; 4DV0 O; 1VP7 A; 4X9Q A; 3CRM A; 1E1Q G; 1ZLZ A; 4O4H B; 5F2V O; 2Q69 A; 4GX0 A; 3FAV B; 2DOS A; 1Z5V A; 2A0L A; 4PA4 A; 1SES A; 4GLX A; 1YCI A; 1BQZ A; 3I56 V; 4AQY O; 2EIL B; 3ZHT A; 1H2M A; 1WB7 A; 2JS3 A; 4DK0 A; 3CRC A; 3OR6 C; 3CD6 V; 1SQV H; 2JEU A; 3QF7 A; 4UCS A; 4BIZ A; 3CRR A; 4XDL A; 3CCM V; 3AG4 B; 5LA6 A; 3M99 B; 4FIP C; 3IC9 A; 1G6U A; 3CCQ V; 3ZMT A; 1WLE A; 4GX2 A; 4YXW G; 4KHP O; 1J95 A; 4IGG A; 3AG2 C; 1MZE A; 2PZS A; 2K9P A; 5L3F A; 4YHH O; 4HBN A; 5EBL C; 4B3R O; 2BSK A; 2UUB B; 4MVU A; 3VBB A; 4E2L A; 2OCC C; 4QE9 A; 2ETN A; 1B06 A; 2JRI A; 4X1I B; 5EYP B; 3OUF A; 3CXC U; 5CBG A; 1XNR O; 4MW8 A; 1GKF A; 2KSD A; 4X66 O; 2BTQ B; 2ZXW C; 2A79 B; 1BHA A; 4DR6 B; 3F7Y C; 2F1M A; 4IYI A; 4X64 O; 4JI8 O; 1L1F A; 1YZB A; 1GK9 A; 4B3T B; 3D36 C; 1S3J A; 1LUW A; 2AW9 A; 4LBE C; 2PGG A; 1N4C A; 1K34 A; 2QDO A; 1VQM V; 2RN9 A; 5KHG A; 2Q73 A; 5LHH A; 1CPY A; 3B4S A; 4LF9 O; 2PY5 A; 2JJ1 G; 4IIJ A; 4CZZ A; 5EZY B; 3ABK C; 1PV0 A; 3CXH F; 3FYE B; 1TAE A; 3R65 A; 2HHH O; 3N27 A; 2F95 B; 1SQF A; 3ZMS A; 1UJW B; 1QR8 A; 2IM9 A; 4ZI7 B; 2LFS A; 3BAB A; 2XT9 A; 1VQL V; 3F5T A; 3RYH B; 5JJN B; 2XAH A; 2WAM A; 1K3E A; 1Q7Y W; 4JI7 B; 4GUN A; 2G38 A; 4LF7 B; 3W7U A; 1Y67 A; 4H37 A; 1ZUQ A; 1EBO A; 2P67 A; 3JAL A; 2CTP A; 4NTW A; 1IXM A; 4LF8 B; 4TUY B; 1N0N A; 1AI6 A; 5FNV B; 4JI6 O; 3LNM B; 4DV3 O; 4ABM A; 1MSD A; 2IU3 A; 2JGD A; 3WFV A; 3ZRX A; 2N74 A; 2ZM6 O; 4LNU B; 3E35 A; 1H8H G; 3ABM C; 1Y74 B; 4DW0 A; 4UB6 Z; 2NLJ C; 3GB7 C; 5LXT B; 4OPA A; 2ZNJ A; 1N33 B; 1VQ5 V; 2Q8V A; 2ITD C; 2XTA A; 4DYL A; 3IGA C; 2QTS A; 3CC2 V; 2BCC H; 2EX3 A; 2JJ2 G; 4CH5 A; 1OV9 A; 2BOB C; 5LL6 Y; 4DV4 B; 3OAA G; 4BR6 A; 4ZOL A; 2UXN A; 4WCE V; 3SYA A; 2VQE B; 4X65 B; 2YIA A; 4F4L A; 4KP4 A; 4MVQ A; 5EIB D; 4UV9 A; 4EFE A; 4DR2 O; 4LF5 O; 2WLH A; 2HKO A; 3JAS B; 4QE7 A; 4J9Z B; 3CCU V; 4W4K A; 3SJB C; 3DXR B; 4YJ2 B; 3P32 A; 1AVM A; 3T1C A; 4DXW A; 3WG7 C; 2VRZ A; 5B3S C; 3E22 A; 4DV0 B; 3OGC C; 2HJF C; 5KMG B; 4JF3 A; 2AHZ A; 3QVN A; 1Y76 A; 1S5J A; 4LP8 A; 2EIJ C; 3J81 N; 2Q5Z A; 4Z1V A; 3K58 A; 4F6E A; 4AQY B; 2GTS A; 4PA6 A; 5JVD B; 1XRE A; 2X0L A; 2WLI B; 1YXB A; 1WJZ A; 2Y69 B; 2A3Q A; 2DJV A; 1JFF A; 5L3D A; 3WU2 Z; 2FML A; 3E86 A; 4CBC A; 3ETE A; 1YTF D; 2QWR B; 3EVK A; 3K0G A; 1GN3 A; 1QVG U; 4FFB B; 4IYH A; 3B09 A; 4X88 A; 3D36 A; 3OTO O; 1ZL8 A; 3TXS A; 1HW7 A; 1VEW A; 1XL4 A; 4X1Y A; 1UFI A; 1SQX H; 3HB3 B; 4RQF A; 1MSW D; 1AJP A; 2FYU H; 4UUJ C; 4KHP B; 1TVK A; 1D5A A; 4NTX A; 2ZIO A; 4P9O A; 3LDD A; 5KAF Z; 3VQV A; 1QLE C; 2MW2 B; 4LWS A; 1K4D C; 1OCO C; 1MNG A; 4PA7 A; 4PA9 A; 4YHH B; 3J80 N; 2N04 A; 4B3R B; 4FLW A; 3JSN A; 4O2A B; 4R50 A; 5CMU A; 2X6A A; 3RYI A; 2R9R B; 1KP2 A; 4MVR A; 4DW1 A; 5LHI A; 4J7Z A; 1XNR B; 3SR2 C; 2DE0 X; 3L72 H; 3K9S A; 4X66 B; 2ITC C; 1FYJ A; 1JJ2 U; 2IU0 A; 4DV7 O; 5J2U A; 4X64 B; 5CA3 A; 4JI8 B; 4L87 A; 4BIO A; 4HNA B; 5B1A B; 5GON B; 2LO1 A; 3MAQ A; 2IH3 C; 1WA8 B; 1TUB A; 2Y0I A; 4ZHQ B; 3L75 H; 3A0H Z; 3ICX A; 4LF9 B; 2F43 G; 4PI0 A; 5CA0 B; 1QHT A; 1I7F A; 2IBZ H; 1BCC H; 2EIL C; 4I0X A; 2PYL A; 1B3Q A; 4J80 A; 4DV1 O; 4ASU G; 2HHH B; 3CEI A; 2OIE A; 4PJ0 Z; 2OTL V; 1VF6 A; 3G6B A; 2ZIM A; 1NVP B; 5E79 Z; 3SYO A; 3HKB B; 1XUQ A; 1VQN V; 3ZHR A; 4R8C A; 4MTO A; 3S3W A; 1CEZ A; 1XNQ O; 4TT3 G; 1CXZ B; 3AG4 C; 3JCU Z; 4IHJ A; 3ASO B; 1HR0 O; 3RBZ A; 1ZWI C; 1BQ0 A; 2R9A A; 3CX5 F; 1OCC B; 3FX7 A; 1XEQ A; 4A5U B; 2LGW A; 1OJH A; 2RCV A; 1VQ9 V; 5LHG A; 4J42 A; 5L3B A; 4JI6 B; 4KFM A; 3W7T A; 4DV3 B; 1SA0 B; 3N2G B; 2ZM6 B; 3GVM A; 5IJ0 B; 3CC7 V; 3JD3 A; 1N8R W; 1SZT A; 5LYJ B; 4JI4 O; 1NZ6 A; 4YJ3 B; 1WB8 A; 4KUM A; 4ZBM A; 4QNH B; 4H44 B; 2A06 H; 1MG1 A; 5K1X A; 2PF4 E; 2QSA A; 3Q4H B; 2KB1 A; 2EIK B; 2FKX A; 3U11 A; 4D6T H; 4FLU A; 4JYA O; 2DYS B; 3BA9 A; 1K7D A; 2WLJ A; 1Q8I A; 4U3J A; 4DR2 B; 4HZ3 A; 4LF5 B; 2IJI A; 2Q7H A; 2K1E A; 2Q0O C; 2Q9L A; 4JZG A; 1KU9 A; 2FTK A; 1QCE A; 1EN5 A; 2W6J G; 4BW9 A; 3OW2 U; 1VQ6 V; 1L0N H; 1FXK B; 2GHY A; 1JCH A; 4WFG A; 1M56 C; 1GH6 A; 4JI0 O; 1U96 A; 5KHJ A; 3FFQ A; 4X1K B; 1SRY A; 1M93 A; 4C7U A; 4TV8 A; 3CB2 A; 5B1B B; 3SPI A; 4CH6 A; 2PI4 A; 4TSF G; 2M6Y A; 3CPW U; 1W0K G; 1ZAU A; 2N05 A; 5KX5 B; 3L71 H; 1Q3E A; 3JAT A; 3HKC B; 2OTJ V; 1EN6 A; 5J2T B; 4K8Z A; 1FS0 G; 3E8G A; 5B1O A; 4DV5 O; 2H8P C; 4O2B B; 3OTO B; 3M8A A; 1IBK O; 4H0L B; 4O4H A; 1KP3 A; 3CCS V; 4OPH A; 3VQX A; 1E1R G; 1AP6 A; 3FAV A; 2EJR A; 5EK0 A; 4U7N A; 4QIW F; 2GV9 A; 2OYQ A; 5H2F Z; 1AR5 A; 2AZ2 A; 5TIS Z; 1GN4 A; 2KG7 B; 1JR9 A; 2L6L A; 1F7Y A; 3GWO A; 3SYC A; 3UO3 A; 4PEL A; 2NN4 A; 3W7X A; 1WN7 A; 2UU9 O; 3JAK B; 5BR8 O; 2OWO A; 5DED A; 1VMG A; 3CSX A; 5LMN O; 1YVW A; 1OCZ B; 2A7W A; 3BFR A; 1QLE B; 3CRA A; 2CGN A; 3RW0 A; 4DV7 B; 1IBM O; 2WLM A; 4OGQ B; 4GCZ A; 3ZCC A; 3DGE A; 2B1G A; 4JZ2 A; 2BE3 A; 4P2Z A; 3FB8 C; 1QNM A; 2Q6A A; 1V54 B; 2KQX A; 3OR7 C; 5IJ9 B; 4GX1 A; 1IX9 A; 3SPG A; 1YDX A; 4D7S A; 1Q6H A; 1YTF B; 3S3X A; 1Y4M A; 5CBH A; 4NXM O; 2ZKO A; 1A32 A; 1IBL O; 4P30 A; 3O9O A; 4Z1M G; 4DV1 B; 3TET A; 2HVJ C; 5EYP A; 3WB0 A; 3K0D A; 4WFA V; 2Y69 C; 3HPL C; 2RDC A; 3KG2 A; 3HKD B; 5B1N A; 4I5S A; 2OCH A; 2ZE5 A; 4JTA B; 3THO A; 2BTQ A; 1XNQ B; 2F4V O; 5J9P C; 4O4L B; 1HNW O; 2ZE6 A; 4RUE A; 2EZP A; 1HR0 B; 3WB1 A; 4RO2 A; 1K5S A; 5LGT A; 3SJA C; 3EXA A; 3ZS8 C; 2R9I A; 4WFF A; 2WLN A; 1PPJ H; 3SGI A; 4JV5 O; 4N21 A; 1LR1 A; 3QNE A; 4U3F H; 2GDS A; 3G80 A; 2B5U A; 5EZY A; 5LP6 B; 2Z5U A; 1L8D A; 4MTF A; 2YEV A; 2ZDI A; 2YC0 A; 2IJK A; 3RFR A; 3FB7 C; 3H01 A; 4ZI7 A; 4JI4 B; 1R3I C; 1CP9 A; 3N2K B; 3IJ4 A; 4H33 A; 5KUK A; 1K73 W; 1FPO A; 3RYH A; 2XND G; 2JGU A; 2QKA A; 4LFC O; 2FB5 A; 3STZ C; 3ZN0 A; 3EFF K; 4X8A A; 4B3M O; 1IUR A; 3H1J H; 1S76 D; 3G4S V; 4I9W A; 2UXC O; 4JYA B; 1VF7 A; 4TUY A; 2EIN B; 2ZT9 B; 1E79 G; 5B1A C; 1HDJ A; 5FNV A; 2V7Q G; 2X6C A; 3JD0 A; 1BE3 H; 3LSS A; 1XMO O; 1QBZ A; 3BRC A; 1HNZ O; 1SET A; 4LNU A; 4O4J B; 2ZD9 A; 5HFL A; 2Y48 A; 1Y74 A; 1OCR B; 2LGQ A; 2WWW A; 3JSL A; 4CS2 A; 4EB6 B; 5LXT A; 2A9H A; 1WP7 A; 1BT8 A; 3M7M X; 3X2Q B; 1KMI Z; 1BHB A; 5JJE B; 4JI0 B; 4UB8 Z; 3JAM N; 5JCO C; 1W59 A; 5LOV B; 4GKK O; 2CDY A; 1PNK A; 2CE4 A; 1VQ4 V; 4ZIB A; 3ASO C; 4J11 A; 4MVM A; 4R6Z A; 3K5N A; 5B66 Z; 2RQ6 A; 4PDM A; 1OCC C; 2YXH A; 4PA3 A; 3JAS A; 5D5P A; 4DV6 O; 1M56 B; 3DXR A; 4YJ2 A; 1KQS U; 4GYC B; 4DV5 B; 3ZMZ A; 5KAI Z; 3FB6 C; 1JA8 A; 1IBK B; 4G28 B; 4J7K A; 3U10 A; 5KMG A; 3J7A U; 5EC2 C; 3VOU A; 1NBM G; 3D8C A; 1PP9 H; 1K33 A; 3T1H O; 2XAF A; 3A0R A; 3K3W A; 1F51 A; 3CWB H; 4LFB O; 2EIK C; 1Q5O A; 5JVD A; 3NXS A; 3G71 V; 2WLI A; 2DYS C; 3SJC C; 3E8F A; 2QTO A; 3UQ8 A; 4CS3 A; 2UU9 B; 1PKX A; 5BR8 B; 2UUA O; 1FJG O; 2BSK B; 3UT5 B; 3H9V A; 4FFB A; 3E2E A; 3ABT A; 5LMN B; 3BPZ A; 1IBM B; 4ZKI A; 4I50 B; 4NR1 A; 4DUY O; 3BHP A; 1FXK C; 3E89 A; 4B08 A; 3E83 A; 2AHY A; 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3I55 V; 4DR1 O; 2HP8 A; 1FD9 A; 5D5Q A; 1I5Y A; 1P84 F; 3VQY A; 4MVZ A; 5LYJ A; 4GX5 A; 1K97 A; 4UVA A; 5EC1 C; 1MA1 A; 4I9Q A; 4YJ3 A; 3CC4 V; 3CP1 A; 1FFT B; 3NR7 A; 2V1D A; 1K5Q A; 3K5M A; 3Q4H A; 3AK3 A; 2HEP A; 5BMV B; 4GKK B; 4NKG B; 2CH7 B; 3BCC H; 4QGP A; 1Y76 B; 1MZF A; 1Y6X A; 5K1P A; 3W7S A; 1XBL A; 3AG1 C; 1G1X B; 2QM8 A; 4DV6 B; 3SPH A; 3BVO A; 1JX9 A; 1XHZ A; 5LP6 C; 3KCX A; 4JAS A; 2GUZ B; 1XOU A; 4JYC A; 1SF9 A; 1FXK A; 2QE7 G; 1P7G A; 4X1K A; 3ZRW B; 2CK3 G; 1ZTE A; 4UCU A; 2F66 C; 4BAY A; 3T1H B; 2Y4T A; 4BWA A; 1ROP A; 4LFB B; 1ORQ C; 4JI5 O; 4DK1 A; 4F6R B; 1YJN V; 4TQD A; 5IWA O; 5KX5 A; 2EIN C; 5IYZ B; 5CA1 B; 4JI1 O; 4FLV A; 3DC5 A; 3HKC A; 3P3N A; 2DWE C; 5J2T A; 2UUA B; 4U7O A; 4QPJ A; 1FJG B; 1D5N A; 2VQF O; 2W6I G; 3MDS A; 1R6K A; 1EN4 A; 4O2B A; 1OCR C; 1SZX A; 4FK5 C; 1RM1 B; 4WF9 V; 1URF A; 2IJJ A; 1RFY A; 1WP8 A; 4MT8 A; 1NT2 B; 1BSM A; 1S5L Z; 4DUY B; 1XMQ O; 4J10 A; 1IXB A; 2D3O W; 1DTO A; 3X2Q C; 2EIM B; 2CGO A; 5FPR A; 4I4T B; 1NTK H; 3T1Y O; 1Q90 D; 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