The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
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| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
Expanded use of sense codons is regulated by modified cytidines in tRNA.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
28
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-08-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UU9 O; 1XNQ O; 4JV5 O; 1IBL O; 4JI5 O; 4DV5 O; 1D2D A; 2DJV A; 4JI3 O; 4LF5 O; 5LL6 Y; 5FLX N; 5A2Q N; 1XMQ O; 4X66 O; 1I94 O; 5IT9 N; 2JRI A; 4DV6 O; 2N74 A; 3T1Y O; 1HNZ O; 4A5U B; 1N32 O; 4DR4 O; 1HNW O; 4JI0 O; 4X62 O; 4NXN O; 1IBM O; 1FKA O; 4DR3 O; 1N33 O; 4K0K O; 4B3S O; 4B3M O; 4JI4 O; 2UXC O; 1R6T A; 4JI7 O; 1FJG O; 5LMU O; 1J5E O; 2UUA O; 3T1H O; 4NXM O; 2Z0A A; 5BXZ A; 1XNR O; 1R1B A; 3J7A U; 2LW7 A; 4LF8 O; 4DV0 O; 1XEQ A; 4OX9 O; 4OPA A; 4JI2 O; 4GKK O; 4JI1 O; 1DK1 A; 2AGA A; 4DR6 O; 1YZB A; 1G1X B; 5BR8 O; 4DV7 O; 4YY3 O; 4DV1 O; 2ZM6 O; 4LF7 O; 4LF4 O; 4OPH A; 1HNX O; 2VQF O; 1N36 O; 3JAM N; 3OTO O; 1A32 A; 1N34 O; 4X65 O; 2UXB O; 1HR0 O; 5BY1 A; 4DR5 O; 4DV2 O; 4KHP O; 1NS1 A; 1AB3 A; 3J80 N; 2VQE O; 2ZKO A; 4JYA O; 5LMN O; 1XMO O; 4LF6 O; 4DV4 O; 4JI6 O; 1F7Y A; 4AQY O; 2FKX A; 2UUC O; 1FYJ A; 4GKJ O; 5H5N A; 3RT3 C; 4DR7 O; 2F4V O; 2DOS A; 4B3T O; 2E5L O; 3O65 A; 2HHH O; 4DR1 O; 4DV3 O; 3R66 A; 4DUY O; 2UUB O; 4JI8 O; 4X64 O; 3F5T A; 3SDL A; 4LF9 O; 1AIL A; 4LFC O; 4YHH O; 4DR2 O; 3M8A A; 4LFB O; 4LFA O; 1IBK O; 1KUQ A; 5IWA O; 4B3R O; 1X59 A; 3J81 N; 4DUZ O; 2UXD O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JI3 O; 4FZ1 A; 1RSO B; 1ZAU A; 3CB2 A; 4ZOL A; 2WPD G; 4HYO A; 3L72 H; 4BR6 A; 3ZHQ A; 3ZHU A; 4GX1 A; 2DYR B; 2N74 A; 3M99 B; 4P30 A; 4U7O A; 2EIK B; 3B77 A; 4PA3 A; 4JI0 O; 1K5S A; 1Y66 A; 5IYD O; 1YJN V; 5IJ0 A; 4XBF A; 2H8P C; 1VF6 A; 1EZV H; 5LMU O; 1U96 A; 2N04 A; 4UUJ C; 1NZ6 A; 4RUF A; 2OWO A; 2XAG A; 3VOU A; 2JJ2 G; 5EYP B; 3ASN C; 1IXB A; 2VS0 A; 3JD4 A; 5CA1 A; 3E2E A; 5H2F Z; 3IFX A; 2DYS B; 4LF7 O; 4QPK A; 2L35 A; 2YXL A; 1M56 B; 2QKA A; 1HNX O; 3CX5 F; 4CC5 A; 2VQF O; 3D3I A; 2ITC C; 4DR3 B; 3HB3 B; 1N33 B; 1N36 O; 2A06 H; 2XND G; 2ITD C; 5CN0 A; 1OCO B; 4JTD B; 3RBZ A; 2PZS A; 4J11 A; 4U3J A; 4QIW F; 3L70 H; 4LP8 A; 4CZZ A; 1IDS A; 3W7S A; 4AQY O; 1FYJ A; 3C3S A; 1VQN V; 3JSL A; 2E5L O; 5KX5 A; 4GZR B; 5KAF Z; 3CP1 A; 5J2T A; 4K0K B; 2KQX A; 4K8Z A; 1MSW D; 3CCU V; 2GTS A; 2AZ0 A; 1QR8 A; 2IJI A; 4OX9 B; 3UT5 B; 1KP3 A; 3RVY A; 1H2L A; 4MTG A; 2DN9 A; 5L3F A; 3T2M A; 1YDX A; 3VBB A; 1P7G A; 2JGD A; 2P6J A; 3RYI B; 2EZO A; 2Q8V A; 3CC7 V; 1KU9 A; 1D2D A; 4FLW A; 4F6E A; 3ZRS A; 1GO3 F; 3JSN A; 5L3G A; 1Q81 W; 4Z2W A; 4X20 A; 1VP7 A; 5B3S C; 1MNG A; 2JRI A; 4WBN A; 1FD9 A; 1AI4 A; 3TXS A; 5LYJ A; 4K35 A; 2OCH A; 1K97 A; 1H2M A; 1YIJ V; 2GUZ B; 5LMN B; 4MTO A; 3RYC B; 4I4T B; 3CHX A; 4B3T B; 5IY5 B; 4UXN A; 1XEQ A; 4O4L A; 3JAL A; 1SET A; 2BTO A; 4QE9 A; 4JYY A; 5LOV A; 1NH2 D; 1HDJ A; 2DQ0 A; 1AI7 A; 1EZJ A; 2PUS A; 1I08 A; 1E79 G; 5HFM A; 2Y69 C; 3OFN G; 3CC2 V; 2DQ3 A; 2FML A; 2QWQ B; 4DV5 B; 1Q6I A; 1AB3 A; 4PDV A; 4MVZ A; 2CTQ A; 1V55 B; 3M7M X; 2EX3 A; 1W0J G; 3SYO A; 4TV8 B; 4X1Y A; 2F4V O; 1ZL8 A; 3AG4 C; 4DR4 B; 5JH7 A; 3K5L A; 4DRX A; 1TUE B; 3RN4 A; 1M93 A; 2D2C B; 2UUB O; 3THO A; 2B1G A; 4GYC B; 3FB8 C; 3N2G B; 2ZE8 A; 1OCZ B; 3ZN1 A; 1MG1 A; 2LW1 A; 4KHP B; 1FS0 G; 4UCT A; 2OT5 A; 1P4R A; 2WWW A; 1KUQ A; 1S5J A; 3CE2 A; 1QLE C; 4MVU A; 2Q0O C; 4O4H A; 1DF4 A; 1EN6 A; 1XL4 A; 4MW8 A; 1M5I A; 1WP7 A; 2IH3 C; 1FXH A; 2QTO A; 4FM2 A; 1KQS U; 5K1P A; 2F95 B; 2H3O A; 5JCO A; 3VQV A; 3OTO B; 1F51 A; 5BMV B; 2RNB A; 4CH3 A; 2UXX A; 2Q7H A; 1IBM O; 4IT5 A; 1XHX A; 1VIB A; 2EIM C; 2YI9 A; 1R6T A; 2QM8 A; 4FK5 C; 1WB8 A; 3ZJZ A; 1CPY A; 2UUA O; 3STZ C; 3J7A U; 2LW7 A; 4G2K A; 1TGO A; 5IJ9 B; 1SER A; 1J95 A; 5EC1 C; 3O9O A; 1XMQ B; 4I5S A; 4F6R A; 2ZR2 A; 1DK1 A; 2EUL A; 4O4J B; 4O2B B; 4DR6 O; 1YZB A; 2HR3 A; 3QVN A; 5FPO A; 4DW1 A; 4DV7 O; 4J7K A; 2WLK A; 3K0D A; 2XAF A; 4H33 A; 4CH4 A; 3HKE B; 2ZR3 A; 5IE9 A; 4I9Q A; 1KD1 W; 3JAM N; 3AG1 B; 2DWD C; 3PJS K; 2HLD G; 2UU9 B; 2DW4 A; 3JAR A; 3K5M A; 1OZ0 A; 4BIZ A; 1DLB A; 1GN4 A; 2X7R B; 4ZOL B; 2P67 A; 2X6B A; 1NTZ H; 3CCV V; 4DXW A; 2YDE A; 1YXB A; 4GKK B; 5H6Q A; 1VQ8 V; 3BAB A; 2FKX A; 1QU7 A; 3O65 A; 4YY3 B; 4PD4 F; 2ZM6 B; 2B1I A; 2Q7E A; 4DR1 O; 3AG7 A; 2JJ1 G; 5IJ0 B; 5LGU A; 4WF9 V; 4N23 A; 1Y67 A; 4JI8 O; 3LDE A; 4TUY B; 2IJK A; 2IJH A; 4UVA A; 2RDC A; 2P7T C; 3CCR V; 4YHH O; 3OEH G; 3ASO C; 4FLX A; 4LFB O; 2A79 B; 4B3R O; 4MTX A; 4WFE A; 1SQQ H; 3SPC A; 3AK2 A; 4HBN A; 5CA1 B; 3HR0 A; 1LUV A; 1P84 F; 5A2Q N; 4BW9 A; 4GLX A; 4FFK A; 1PNM A; 2WLL A; 4U3J B; 2Q69 A; 1ARO P; 4UB6 Z; 4YJ3 A; 4FM0 A; 3A0R A; 1SC5 B; 4ZKI A; 2L6L A; 3K06 A; 2AXT Z; 5KX5 B; 4PV1 B; 5J2T B; 4Z1M G; 2HJF C; 1K9M W; 2BOB C; 4LCU C; 2QEX V; 3SYA A; 4E4E A; 3TJT A; 2VWJ A; 2XAH A; 3ABM B; 5L3C A; 4MSW C; 2BOC C; 3CCJ V; 3SPJ A; 2K9P A; 2UXD B; 2JGD B; 1PNK A; 3CJH A; 5F2V O; 4DR5 O; 3I5D A; 4J42 A; 4JTC B; 2Q68 A; 3UT5 A; 5IYC O; 1AP6 A; 3ZN0 A; 5J2U A; 2IH1 C; 4DYL A; 4X20 B; 3ZRW B; 1Q5O A; 4UFZ A; 4WBN B; 3BHP A; 3E35 A; 2V7Q G; 4DR7 O; 4ICG A; 1XIL A; 2DYR C; 3N27 A; 3OD4 A; 4DV1 B; 1KP2 A; 5B1B B; 2R9I A; 4DV3 O; 3CPW U; 4NKG B; 4QPJ A; 2CDY A; 2EIK C; 3Q4H A; 1D5A A; 3E8G A; 2HVK C; 3K58 A; 2IJJ A; 3L71 H; 2MK3 A; 3EVK A; 4JZG A; 3OMA B; 2ODM A; 1OCR B; 4BIO A; 2GUZ A; 3MAQ A; 3GWK C; 3MHS C; 4LFA O; 4PEL A; 3CRC A; 2K1E A; 3ZS8 C; 2Q0A A; 5D5Q A; 1L0N H; 5LOV B; 3ZMV A; 1LR1 A; 3QO5 A; 1DTO A; 4JF3 A; 3ABL B; 3ETE A; 5LA6 A; 4JYB A; 4RQF A; 2ZIO A; 1RPO A; 2DYS C; 2H94 A; 5KA5 A; 4X66 O; 1I94 O; 3KZI Z; 1M56 C; 3SJB C; 4DV2 B; 4H13 B; 4D7S A; 1Q7Y W; 1OCO C; 4I0X A; 2BSK A; 4FVM A; 4YIO A; 1R3K C; 1YHQ V; 1PKX A; 1QBZ A; 4JV5 B; 4X1Y B; 1K4D C; 2Q5Z A; 2HHH B; 5JH7 B; 2CTW A; 1VAR A; 4LF8 O; 4DRX B; 1F4N A; 1FFT B; 4JI2 O; 1G6U A; 5EZY A; 4TOI A; 4X8A A; 5LP6 A; 2DE0 X; 3L73 H; 3ABK B; 2B5U A; 4DV6 B; 3FYI B; 1V54 C; 4QGP A; 2ZQM A; 2HEP A; 3ABT A; 3NR7 A; 4O4H B; 4OGQ B; 3RYF A; 2Q9L A; 4DUZ B; 3RGB A; 4TT3 G; 2QA4 V; 1MZE A; 2X6C A; 1NS1 A; 3CCQ V; 4TQD A; 1WA8 A; 5KUK A; 5L3B A; 1ZX3 A; 4E2L A; 1OHH G; 3AG2 B; 1K4C C; 3K5O A; 1HNZ B; 1E1Q G; 1GM7 A; 1ZUQ A; 1NI8 A; 3TK1 A; 1LNQ A; 4NTW A; 1Y74 B; 2YUA A; 2W6J G; 4LF4 B; 3KCX A; 1Q6U A; 1ZTE A; 5KLV H; 1J5E B; 4PDL A; 3JYC A; 5CB4 A; 3KKY A; 1U97 A; 2R72 A; 4TQF A; 3OR6 C; 2A7W A; 5CA3 A; 5IY5 C; 4F6R B; 2M7W A; 1KYO F; 4W4K A; 4GUN A; 2R9R B; 4XDK A; 3JAT A; 5B1N A; 1H2G A; 5CBH A; 2JK5 C; 2P22 C; 2JIZ G; 4WFA V; 1H8H G; 4A5U B; 4JYA B; 1OCC C; 2ILM A; 4JAS A; 4NXN O; 3G71 V; 4K0K O; 4B3S O; 5IWA B; 1V55 C; 1UPG A; 3B09 A; 1XRE A; 2PTM A; 2QSA A; 1XNQ B; 1IBL B; 2M6Y A; 3AG3 B; 5LGN A; 4OX9 O; 3HKB B; 3IC7 A; 4HNA A; 2GDS A; 2GHY A; 2P90 A; 4JI1 O; 3AK3 A; 2AGA A; 3P32 A; 3BEH A; 1G1X B; 3X2Q B; 3SYQ A; 1GMG A; 3ZHT A; 4LFC B; 1OCZ C; 2W0F C; 1Q6H A; 3FFQ A; 3RYH B; 4TUY A; 2UXB O; 1VQP V; 4IGG A; 3SJC C; 3S3X A; 2QTS A; 2LFR A; 5LMN O; 1M9N A; 1AJP A; 4DV4 O; 1NH2 B; 3IC9 A; 2A0L A; 2WLL B; 4B3T O; 1Y6X A; 2Y48 A; 3WB1 A; 1TUB A; 3CRM A; 1F4M A; 4DUY O; 1VQL V; 2CTR A; 3H1H H; 1QLN A; 4YJ3 B; 4UVB A; 2ZT9 B; 1K8A W; 1GKF A; 3UO2 A; 1ENV A; 4R6Z A; 3J81 N; 1YF2 A; 1XBL A; 2E75 B; 3OW2 U; 3B4S A; 4DV5 O; 4J9Z B; 1YTF B; 4MVS A; 2NNU A; 4H37 A; 5FLX N; 3A2F A; 3SYC A; 3VQX A; 3CCL V; 1ZSP A; 3CJH B; 1D5N A; 1F23 A; 1JJ2 U; 3AG1 C; 4LF9 B; 2WLH A; 4DR4 O; 4JTA B; 4FLU A; 3TCU A; 5J9P C; 5J2U B; 1XMO B; 3FAV A; 1FPO A; 4B3M O; 2NR5 A; 4CH5 A; 4WFF A; 1JCH A; 2JEX A; 4MVQ A; 3ZHS A; 1HW7 A; 5IDJ A; 3H1J H; 1B6Q A; 4Z1V A; 2Z5U A; 2ZCE A; 1DF5 A; 1JPX A; 3ZRW A; 3Q4H B; 4G27 B; 1TAE A; 3DC5 A; 2PF4 E; 3DXR A; 1JMK C; 1SQB H; 1PPJ H; 2Y0I A; 1VF6 C; 3K08 A; 1K5Q A; 1GRJ A; 3IJ4 A; 4JI0 B; 2E74 B; 1JOY A; 3OTO O; 1HR0 O; 2B9Z A; 5LMU B; 3SPG A; 1MOF A; 2W0X A; 3GWO A; 3K57 A; 1AJQ A; 1AR4 A; 1O9H A; 3D3Q A; 1KKD A; 3JAW A; 1KBH A; 3CRQ A; 5LA6 B; 4R50 A; 1WP8 A; 5D5P A; 1YVW A; 3T1Y B; 3ML0 A; 5AG2 A; 1ORQ C; 1N32 B; 4UV8 A; 4I0X B; 4LF7 B; 2BSK B; 4FLT A; 2A3Q A; 3CEI A; 1P7B A; 1N36 B; 1AR1 B; 4YJ2 A; 3IGA C; 2HFE C; 3ZRX A; 3UO3 A; 4NTY A; 4DV0 B; 1SF9 A; 2R9A A; 1BHA A; 4ASU G; 1VQ7 V; 1IBK O; 5EZY B; 5LP6 B; 2V1D A; 2EIN B; 4AHC A; 2EIL B; 2UU9 O; 1BMF G; 4JI5 O; 1I0H A; 2QWN B; 1GM9 A; 3H1K H; 1YTF D; 3RYF B; 2CTP A; 3LSS A; 3ABM C; 5IT9 N; 1S0V A; 2XT9 A; 3DSQ A; 2VRZ A; 4TSF G; 1OJH A; 1WA8 B; 5GON B; 1WB7 A; 5LXT A; 4JI4 O; 2PGG A; 2EJ7 A; 1CEZ A; 2QGN A; 2HKO A; 4NXM O; 4EB6 B; 2Z0A A; 1WLE A; 1R1B A; 1L1F A; 3BCC H; 5H9C A; 1VQ6 V; 3JAS A; 3FKS G; 1R3I C; 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2C2A A; 3DC6 A; 2KSD A; 4GCZ A; 1MMM A; 3HKD A; 3PN1 A; 1WN7 A; 5FNV A; 1W59 A; 3ZIA G; 1NR7 A; 3APO A; 2ZDI A; 2FB5 A; 5KUM A; 1XI1 A; 1M4U A; 4R7C A; 1B04 A; 2KKW A; 4DV2 O; 4PHZ A; 2VQE O; 4WCE V; 3VQW A; 4Q6G A; 2HG5 C; 3E8H A; 2EIJ C; 5C8Y A; 1THZ A; 4FLZ A; 1PD3 A; 4H44 B; 1H2N A; 2ZIM A; 2XAQ A; 2WA4 A; 1F7Y A; 2UUC O; 1NKD A; 2Y4U A; 1EBO A; 3E83 A; 3CC4 V; 4CC6 A; 3QF7 A; 2HHH O; 4FLY A; 1EN5 A; 2OYQ A; 3RW0 A; 3FAV B; 3U10 A; 4DK0 A; 3BY6 A; 1BS3 A; 2XHB A; 3T1H B; 4X89 A; 1Q90 D; 1K73 W; 1K7D A; 3OGC C; 1SZX A; 2ZE6 A; 4X9Q A; 3H9V A; 4QNH B; 3M8A A; 1MAB G; 1KMI Z; 1BGY H; 3AG3 C; 2OTL V; 2OCC B; 4DUZ O; 3OM3 B; 4GT1 A; 4FJC C; 3DXR B; 1JFF A; 2Y0P A; 4NR1 A; 3X2Q C; 4ZIB A; 2Z3Y A; 2BTQ A; 4DR1 B; 1MSD A; 3ZBH A; 2CGO A; 3CXH F; 4I55 A; 4JI8 B; 5FL7 G; 1HNZ O; 4G28 B; 2AZ2 A; 3G67 A; 3ETG A; 3JAW B; 1FXK A; 1FKA O; 3UKM A; 4JI6 B; 1QVG U; 2EJR A; 1J5E O; 4ZI7 A; 4YXW G; 2QM4 A; 5BXZ A; 4RWU A; 3A0H Z; 5IYZ A; 4BAY A; 1I5X A; 2P4K A; 4B7E A; 1V9P A; 4GX2 A; 3T1C A; 4HAM A; 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