The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
30
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-03-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1AIL A; 4DV4 O; 4KHP O; 2UUC O; 4LF9 O; 1R6T A; 2ZKO A; 1KUQ A; 4X65 O; 1D2D A; 2LW7 A; 4B3T O; 4DR6 O; 3F5T A; 1I94 O; 2F4V O; 1HNX O; 5BR8 O; 4JI3 O; 1F7Y A; 4DV0 O; 3RT3 C; 1HR0 O; 3JAM N; 1N32 O; 3M8A A; 5A2Q N; 4JV5 O; 5FLX N; 4DR1 O; 3J81 N; 5H5N A; 4DV6 O; 4OX9 O; 1XMO O; 4DV2 O; 4DV1 O; 1DK1 A; 1NS1 A; 2UXD O; 2FKX A; 4LFB O; 1XEQ A; 1AB3 A; 1A32 A; 1R1B A; 2UXC O; 4JI8 O; 1XNQ O; 3O65 A; 4OPH A; 2VQF O; 1N33 O; 4K0K O; 2JRI A; 4JI5 O; 1X59 A; 2UUB O; 2Z0A A; 1G1X B; 4DV5 O; 4DUZ O; 1YZB A; 4DV7 O; 4YHH O; 2UXB O; 4DV3 O; 4LF4 O; 4JI1 O; 4LF8 O; 4GKJ O; 4A5U B; 1FYJ A; 4JI2 O; 5BY1 A; 4NXN O; 3SDL A; 1N34 O; 4JI7 O; 1HNW O; 3J7A U; 3T1H O; 1XMQ O; 4X64 O; 1IBK O; 4JI0 O; 4DR7 O; 4DR2 O; 1XNR O; 3J80 N; 1IBM O; 4LF5 O; 2DJV A; 4LFA O; 1HNZ O; 4JI4 O; 2UU9 O; 4LFC O; 3R66 A; 5BXZ A; 4B3M O; 4JI6 O; 4YY3 O; 4X66 O; 4OPA A; 4DR3 O; 4NXM O; 4LF6 O; 4LF7 O; 2AGA A; 4GKK O; 5IWA O; 1FKA O; 4AQY O; 1FJG O; 4B3S O; 4B3R O; 1IBL O; 1J5E O; 4X62 O; 5LL6 Y; 2DOS A; 5LMN O; 5LMU O; 3T1Y O; 2ZM6 O; 5IT9 N; 1N36 O; 4JYA O; 2E5L O; 2VQE O; 2HHH O; 4DUY O; 4DR4 O; 3OTO O; 4DR5 O; 2UUA O; 2N74 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3FX7 A; 2FL4 A; 1TVK B; 1PV0 A; 1R6T A; 2X0L A; 2YXL A; 1H2L A; 1D2D A; 4B3T O; 4G28 B; 3HR0 A; 1QCE A; 1R3I C; 4K8X A; 1H2N A; 2XND G; 4EB6 A; 1BQZ A; 3EHB B; 1GN6 A; 1LUV A; 5AG2 A; 3SPG A; 4JI4 B; 3K57 A; 4TV8 A; 2RQ6 A; 1TA8 A; 4G27 B; 4UFZ A; 1V9P A; 1W59 A; 5LA6 A; 1FXV A; 2VQF O; 1D5A A; 1CP9 A; 1CPY A; 1I7F A; 2YDE A; 2IJK A; 3SPJ A; 3DSQ A; 3ASO C; 4JAS A; 5FL7 G; 3I5D A; 1Z2G A; 1JVM A; 2CGO A; 4DV3 O; 3FFQ A; 1NR1 A; 3JAT B; 4CZZ A; 4PDR A; 2CH7 B; 4J11 A; 1RSO A; 1HW7 A; 1SET A; 4QGP A; 3ZIA G; 3JYC A; 4FLW A; 2Q0A A; 1FXK A; 2A06 H; 5C93 A; 1IXM A; 2GUZ A; 3RN4 A; 4WFG A; 4DR1 B; 1S5L Z; 1TUE B; 2ZE8 A; 1SQV H; 4DV4 B; 3RYF A; 5HFL A; 3CCL V; 1G6U A; 1PKX A; 3AG2 B; 2JEU A; 2QWO B; 4DR3 O; 1YDX A; 1L1F A; 4GKK O; 1CEZ A; 1FKA O; 5IYZ B; 4AQY O; 3UQ8 A; 3W7S A; 2PI5 A; 1P84 F; 4O2A B; 5LL6 Y; 2UUB B; 3SJB C; 4WFE A; 5LMU O; 1Q82 W; 2CAZ C; 1FXK C; 4X20 A; 1S5H C; 5KA5 A; 2N74 A; 1N4C A; 4KHP O; 2LW1 A; 2PZS A; 4JI1 B; 2IU3 A; 3SGI A; 2OYQ A; 2ADP A; 4BIZ A; 1I08 A; 3ZBH A; 1AR4 A; 1PPJ H; 4CC5 A; 4DW0 A; 3ABM C; 3FYI B; 2WA3 A; 1N33 B; 3W7T A; 1GM9 A; 3CCJ V; 2XAS A; 5B1O A; 3JD3 A; 2LFR A; 3RYI A; 2YEV A; 1HNZ B; 1BZK A; 2ATK C; 4B08 A; 2UXN A; 2Q9L A; 4ZIB A; 2EIJ B; 4UV9 A; 3UM7 A; 4LF4 B; 5IDJ A; 4FLX A; 4LF7 B; 5GTI Z; 2A79 B; 2YS8 A; 5JH7 A; 2IM9 A; 1XUQ A; 2XAH A; 3RVZ A; 1GM7 A; 3IC9 A; 2Q69 A; 1Q3E A; 3CJH A; 2Y4T A; 2EUL A; 1MSD A; 2QTO A; 5F2V O; 3F7V C; 3B4S A; 5LGU A; 3DC5 A; 4LBE C; 4KFM A; 3ZHS A; 3TGU H; 1K4C C; 1S5J A; 4TQF A; 1I94 B; 1JX9 A; 2B5U A; 4MW3 A; 2BSK B; 1JCH A; 1T5E A; 5JJE B; 1AVM A; 4QIW F; 4HYO A; 4LFC O; 4J7Z A; 5IYB O; 4OX9 B; 4B3M O; 2QR4 A; 5CBG A; 5EZY B; 4LF6 O; 4TSF G; 4FLZ A; 1FJG O; 1M56 C; 1J5E O; 4MTF A; 4FMT A; 5IE9 A; 1YVW A; 3CYO A; 2HHH O; 2QM8 A; 2JIZ G; 2XT9 A; 4DV7 O; 5KX5 B; 1VQ4 V; 1AJQ A; 1ROP A; 3ABK B; 4PA3 A; 3OR7 C; 3LDC A; 3MDS A; 4YJ3 B; 3VQX A; 1GM8 A; 1ZWI C; 4GCZ A; 5B3S C; 1WB8 A; 3Q4H B; 2ZQM A; 4D7S A; 4NR1 A; 1HR0 O; 4F4L A; 4DV6 O; 4PDL A; 2ZR2 A; 1KKD A; 3JD1 A; 2Q67 A; 5IY5 B; 4X66 B; 3BCC H; 4GLX A; 4QE9 A; 2QWN B; 2ZXW B; 4J7J A; 2X6A A; 5DN6 G; 4B3S B; 4B3R B; 5EIB C; 4UCO A; 1VQK V; 5KAF Z; 1SKV A; 1BCC H; 1IBK B; 1F23 A; 1EM1 A; 3LNN A; 3C3T A; 5EIB D; 2VWJ A; 2E74 B; 1R3K C; 3LDE A; 1SQP H; 2B9Z A; 5D5Q A; 1SQQ H; 5KHJ A; 3UO2 A; 3D8C A; 5HFM A; 3CC2 V; 1R3J C; 4X62 B; 1GH6 A; 2W0X A; 1AP6 A; 4MVM A; 4LF5 O; 4U7N A; 2HG5 C; 2QKA A; 2DQ0 A; 4EB6 B; 1OHH G; 3VQY A; 3L73 H; 4TV8 B; 5IWA O; 3SPC A; 3GVM A; 2ILM A; 3HKC A; 5LP6 A; 3TXQ A; 2GSM B; 5LA6 B; 2ZM6 O; 3ABL B; 3FB5 C; 4DK1 A; 2ZT9 B; 1ARO P; 1GK9 A; 5JWP A; 3CCQ V; 2UUC O; 2L6L A; 4FM2 A; 3K0G A; 4RQF A; 5CBH A; 1P4R A; 3E86 A; 4I5S A; 4UCR A; 4NTX A; 1EZJ A; 1GTO A; 1XOU A; 1QVF U; 2O57 A; 3ZJZ A; 4PV1 B; 1Q86 W; 5CN0 A; 3RT3 C; 3SJC C; 1S72 V; 3IGA C; 5EBL C; 2WLN A; 3WU2 Z; 1FXK B; 4YY3 B; 1P49 A; 1NTK H; 2UXD O; 2GUZ B; 2LGQ A; 2YXY A; 1XEQ A; 1U96 A; 2XAG A; 1KP3 A; 1JPX A; 1YHQ V; 4AIL C; 3A0B Z; 1COW G; 1H8E G; 3RYF B; 5JJN B; 4K8Z A; 3AEI A; 4JI7 B; 2EX3 A; 4GX0 A; 3W7W A; 2IW5 A; 3ABM B; 4DR2 B; 1G4Y B; 3OFN G; 2VQE B; 4LH6 A; 2UXB O; 1RPO A; 3APO A; 3FAV A; 5K1P A; 4LF9 B; 5IYZ A; 4X20 B; 2P5O A; 4QE7 A; 4NXM B; 1VQ8 V; 4NXN O; 3FB6 C; 3E89 A; 1SA0 A; 3E8H A; 4I9Q A; 2LGW A; 4ZI7 A; 4O2B A; 4G2K A; 1WB7 A; 3CS5 A; 3HKD A; 4MSW C; 3I56 V; 5BXZ A; 3D36 A; 4JYB A; 2L35 A; 1HDJ A; 2YEV B; 2Y0P A; 3CC4 V; 2YSU B; 4BIO A; 4JPR A; 4UV8 A; 1VQM V; 1M90 W; 4O4H A; 3H1K H; 5BR8 B; 2MW2 B; 5JH7 B; 4DV5 B; 2F93 B; 1XDC A; 2PI4 A; 2E3C A; 1O9H A; 3HKB A; 1SF9 A; 4DR5 O; 3UO3 A; 3D36 C; 3A0H Z; 4XDJ A; 3CJH B; 4PA6 A; 5DM6 V; 4OXS A; 3K5O A; 5L3G A; 5B66 Z; 3F5T A; 1HNW B; 4ZOL A; 4CBC A; 1JR9 A; 1WPB A; 1Q6U A; 2JJ2 G; 1M56 B; 3U0Z A; 3OMN B; 2D3O W; 1IBM B; 1N32 O; 3M8A A; 1K97 A; 2X6C A; 3J81 N; 2QKS A; 1O9G A; 3CXH F; 4KL1 A; 4DV1 O; 4I50 A; 5GTH Z; 1K33 A; 5TIS Z; 4JAV A; 4R6Z A; 4LFB O; 3ZN1 A; 3B8N A; 1PP9 H; 2UXC O; 2BOC C; 2EIK C; 4WFH A; 1AJP A; 4FFB A; 4ZHQ B; 2X7R B; 1K8A W; 3ZCC A; 4OPH A; 2CK3 G; 2QTS A; 5B3S B; 2RCV A; 4MVZ A; 1K7D A; 1Q43 A; 1YZB A; 3IAY A; 5EZY A; 4LFA B; 4YHH O; 2HFE C; 1RP3 B; 4JI6 B; 2UXX A; 1YI2 V; 3L75 H; 2YIB A; 3T4D A; 3SDL A; 4JYY A; 4EFE A; 2YI9 A; 4F6R A; 1DF4 A; 1DTO A; 5LYJ A; 1EN4 A; 3E22 A; 1MZF A; 3QF7 A; 4U3F H; 1NJI W; 4J41 A; 1EBO A; 1SZX A; 3X2Q C; 2NN4 A; 1VQ5 V; 1NI8 A; 4O4L A; 2KKW A; 4YJ3 A; 1IUR A; 4LR3 A; 2EJ7 A; 4GUN A; 4GX2 A; 1QLE C; 2DMX A; 2HLD G; 4H33 A; 5LHI A; 1M9N A; 2Q0O C; 3QTC A; 2VQF B; 1XIL A; 3K79 A; 3NR7 A; 2Q7G A; 1I0H A; 1PNM A; 2QGN A; 2N05 A; 5IT9 N; 2DYS C; 5KHI A; 3BPZ A; 2JDI G; 3CB2 A; 3O9O A; 4JV5 B; 1M4U A; 1XRE A; 2OCC C; 2ZIN A; 1B6Q A; 3SYA A; 1D5N A; 3ZN0 A; 3CRR A; 5LGT A; 2CTR A; 2CDY A; 1KEC A; 2ZE5 A; 5DED A; 1FFX A; 1TAE A; 1KC8 W; 2QE7 G; 4N21 A; 4JI3 O; 2WAM A; 4RWU A; 4CH3 A; 2ZIO A; 3BVO A; 3K03 A; 3S3W A; 3E2E A; 3OT7 A; 4AI8 A; 2H8P C; 4YXW G; 1Q6I A; 1NH2 D; 3F5W C; 4UCS A; 2B1I A; 3L74 H; 5KHH A; 5B1N A; 3ZHU A; 4AQY B; 5CB4 A; 2ZR3 A; 2K9P A; 1AR1 B; 2BE3 A; 5H6R A; 5IJ9 A; 4JAU A; 2JRI A; 1URF A; 1VQ6 V; 2PY5 A; 5LMU B; 3HKC B; 1QQC A; 3OEE G; 5LP6 B; 1TGO A; 5EBM C; 4EEQ A; 3AK3 A; 2WLH A; 1BT8 A; 4KHP B; 1YXB A; 2LFS A; 4MTO A; 4FZ1 A; 2HR3 A; 4GZR B; 2Q68 A; 4JI2 O; 1GRJ A; 1V55 C; 3JSL A; 1XBL A; 2M6Y A; 1SQX H; 3RFR A; 4X64 O; 5FPR A; 4JI0 O; 4GT1 A; 5BMV A; 5LMN B; 1Q7Y W; 2FML A; 2WLL A; 1WN7 A; 1NQT A; 4L87 A; 3KZI Z; 3CMA V; 4FLT A; 1MOF A; 1YTF D; 2WLM A; 3RYC A; 2F95 B; 1BQ0 A; 4PDV A; 3JAL B; 4X1K A; 1SQB H; 2HJD A; 3OTF A; 3RGB A; 3ZRS A; 2DOS A; 3C3S A; 2WWW A; 3JAW A; 4R7C A; 4JYC A; 5KHG A; 4FM0 A; 3N27 A; 4MT8 A; 1GN2 A; 2WA4 A; 5B1B C; 2WSS G; 1NVP B; 2GDS A; 1XMO B; 2R72 A; 1FXH A; 2R9I A; 1LUW A; 4FVM A; 2DYR C; 3FAV B; 2LO1 A; 1KQS U; 1XHX A; 3G67 A; 1WA8 A; 3VOU A; 1B3Q A; 3RW0 A; 2GHY A; 1IVS A; 1ZUQ A; 1HNX O; 4IGG A; 4MW8 A; 4DV0 O; 3BA8 A; 4WBN A; 1SA0 B; 2R70 A; 4LFC B; 4ZI7 B; 2QEX V; 4O2B B; 3HKD B; 1NS1 A; 3BY6 A; 4ASU G; 4LF6 B; 2P06 A; 5L3E A; 1PD3 A; 4PA7 A; 2QM7 A; 4J10 A; 4UCT A; 1J5E B; 4K0K O; 2EBO A; 1JFF A; 1K92 A; 2E76 B; 5IYC O; 4LCU C; 2YUA A; 3H01 A; 4O4H B; 5J2T B; 3BFR A; 3W7U A; 1MZE A; 2AHY A; 3CRM A; 3OEH G; 1IX9 A; 1E1Q G; 3UT5 B; 4GKJ O; 1W0J G; 3HKB B; 4UVA A; 1FYJ A; 2YIA A; 2EIK B; 1H2M A; 4E2L A; 4K35 A; 1IZ3 A; 1V54 C; 2CTP A; 2NR5 A; 1S76 D; 2QDO A; 4ZOL B; 1DF5 A; 5GON A; 3ABU A; 1MNG A; 2Y4U A; 4TT3 G; 2Q73 A; 3CPW U; 2JS5 A; 1NKD A; 1RM1 C; 2ADQ B; 4K3A A; 2OIG A; 5L3F A; 1ZLZ A; 3HPL C; 4I50 B; 4UVB A; 1Y4M A; 4NTW A; 1NZ6 A; 1NR7 A; 1VQL V; 3ZMZ A; 4FFB B; 1CXZ B; 3LNM B; 3PN1 A; 3ZHV A; 4W4K A; 3LUT B; 2DWE C; 2E5L O; 5LXT A; 2AZ2 A; 3EXA A; 5IYD O; 1MSW D; 2EIN C; 3ASN C; 4J9Y B; 4DV4 O; 2IU0 A; 4P9O A; 3K59 A; 3X2Q B; 4ZHQ A; 3DC6 A; 3KCX A; 2EIL C; 3ZHQ A; 1VAR A; 3QO5 A; 1QLE B; 3I55 V; 4MVQ A; 4LWS A; 1OCZ C; 2Q6A A; 4YJ2 A; 4PD4 F; 3AG4 B; 4LF5 B; 3H1I H; 4F6R B; 5LYJ B; 2WLJ A; 2JEX A; 1XQ8 A; 3E22 B; 3UKM A; 1A32 A; 2ODM A; 3K3W A; 2OCC B; 4CS2 A; 4HAM A; 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2ETN A; 3JAW B; 4DR5 B; 2UU9 B; 1OCR C; 3JAR A; 1VF6 A; 5FNV A; 1PNK A; 4LF8 O; 1MAB G; 4CC6 A; 2EZO A; 2G38 A; 1DLB A; 3VQW A; 4NVP A; 1Q90 D; 5C8Y A; 1XMQ O; 1EN5 A; 5CA0 A; 1IBK O; 4PI0 A; 1H2G A; 3QVN A; 1JA8 A; 2QSA A; 5E1A C; 1WA8 B; 2KG7 B; 1N32 B; 5KA6 A; 1VQO V; 2DJV A; 3WB2 A; 1GKF A; 4ZKI A; 3ZMT A; 5CA1 A; 3FKS G; 1AJN A; 3ZMS A; 4WBN B; 3STL C; 4LFB B; 1Z5W A; 1F4M A; 4UB6 Z; 1VF6 C; 4MVO A; 3WB0 A; 3CCM V; 5H2F Z; 2AGA A; 1SES A; 5A9G A; 2Y0I A; 3E35 A; 1MG1 A; 4X62 O; 2WLI B; 1WAZ A; 5B5E Z; 3FD9 A; 4DUY O; 5EYP A; 4LH7 A; 1JFF B; 1V54 B; 3OTO O; 2DW4 A; 1N8R W; 4DRX A; 4Z1V A; 2P4K A; 4QPK A; 4JI8 B; 1RM1 B; 4DR6 O; 3ICX A; 1M1K W; 3DXR A; 5J2T A; 2DQ3 A; 5A2Q N; 1BL8 A; 1PL0 A; 3UT5 A; 3QO7 A; 1MA1 A; 4I0X A; 1DK1 A; 5GON B; 2P6J A; 3L71 H; 2EIN B; 3ASN B; 2A9H A; 2CTW A; 3DGE A; 4PHZ A; 4DK0 A; 2VWK A; 3P3P A; 4JTC B; 3OMI B; 1S77 D; 2YXH A; 3APQ A; 4FPP A; 3N2G A; 2EIL B; 1YF2 A; 1OCZ B; 4PA4 A; 1BGY H; 1K5S A; 2KQX A; 3OUS A; 3MHH C; 2GBO A; 5LXT B; 4P9P A; 4LNU A; 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