The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
33
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VQF O; 4AQY O; 4DR5 O; 4B3R O; 4X66 O; 4LF6 O; 5A2Q N; 4DR6 O; 3J80 N; 3SDL A; 3R66 A; 4DR7 O; 4DV4 O; 1DK1 A; 4DR1 O; 4LF8 O; 4DV7 O; 4B3T O; 1F7Y A; 4DR3 O; 5IT9 N; 1N33 O; 4JI1 O; 5LMN O; 3T1H O; 4DV6 O; 4JYA O; 4GKJ O; 3F5T A; 3J7A U; 4YY3 O; 1KUQ A; 4JI4 O; 5BXZ A; 4DR4 O; 4DR2 O; 4GKK O; 3JAM N; 4B3S O; 4DV3 O; 4LF7 O; 1X59 A; 5LMU O; 2VQE O; 4LFA O; 1FYJ A; 1N34 O; 1XMO O; 1FKA O; 1HNX O; 4JI3 O; 2FKX A; 4LFB O; 1I94 O; 1HNZ O; 4X64 O; 4OPA A; 2UUC O; 2N74 A; 4DUZ O; 4LF9 O; 4JI0 O; 4JV5 O; 4OX9 O; 1NS1 A; 4X62 O; 1XNR O; 1N36 O; 3M8A A; 4KHP O; 2DOS A; 1IBL O; 2UXB O; 4NXM O; 1FJG O; 4X65 O; 1IBM O; 2DJV A; 4DV5 O; 4NXN O; 1XEQ A; 5FLX N; 2ZKO A; 2JRI A; 4YHH O; 1AIL A; 4B3M O; 2UUB O; 1HNW O; 1D2D A; 4JI5 O; 5LL6 Y; 4DUY O; 4K0K O; 2ZM6 O; 1YZB A; 4JI2 O; 1N32 O; 4LFC O; 1IBK O; 5BR8 O; 1XNQ O; 1J5E O; 4JI8 O; 4LF5 O; 1XMQ O; 5H5N A; 2UU9 O; 4DV2 O; 2F4V O; 3O65 A; 1R6T A; 2E5L O; 1AB3 A; 3T1Y O; 4JI7 O; 1R1B A; 2UXC O; 2LW7 A; 2HHH O; 4LF4 O; 2UUA O; 3J81 N; 1G1X B; 4OPH A; 1A32 A; 5BY1 A; 4A5U B; 5IWA O; 2AGA A; 4DV0 O; 3OTO O; 1HR0 O; 2Z0A A; 3RT3 C; 4DV1 O; 2UXD O; 4JI6 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1OCC B; 5IE9 A; 3OD4 A; 4DR5 O; 4LF6 O; 2HKO A; 5IJ0 A; 2CK3 G; 1JCH A; 1Y6X A; 4XDK A; 3JSL A; 4J42 A; 4MVO A; 5B3S C; 5LMN O; 3HKC B; 2Q7G A; 3P32 A; 1XUQ A; 3QF7 A; 4DRX B; 1O9G A; 3N2K A; 4DR2 O; 1F4N A; 3IFX A; 2HG5 C; 3EHB B; 4FFB B; 4DV3 O; 2ZT9 B; 4NYK A; 4UV8 A; 1N36 B; 5EC2 C; 3L71 H; 4LFB O; 2JIZ G; 2EUL A; 3L74 H; 2UUA B; 4YHH B; 4KHP O; 3M99 B; 3CCS V; 3JAK B; 1FJG O; 4FZ1 A; 1RM1 C; 2Q4P A; 4FLX A; 4O4J A; 4B3M O; 4IYH A; 5L3D A; 3H1L H; 1YZB A; 1BE3 H; 2Q6A A; 2XHB A; 5BR8 O; 4Z1V A; 5E1A C; 5D5P A; 2QJ1 A; 1PD3 A; 4DV2 O; 2JGU A; 4P30 A; 3CCL V; 3RW0 A; 3RYH B; 2Q5Z A; 4R50 A; 4KUM A; 3BCC H; 2UXC O; 1AP6 A; 3LSS A; 1DGS A; 1XI1 A; 3EFF K; 4I4T B; 1SQV H; 2XTA A; 4TQD A; 1N8R W; 2QEX V; 2NLJ C; 1MA1 A; 1VEW A; 1ZX3 A; 4AHC A; 1BS3 A; 3KZI Z; 4DV1 O; 2ILM A; 3CHX A; 4ZOL A; 2WA4 A; 4O4H B; 1ZWI C; 4IHJ B; 1AR5 A; 1Y67 A; 3H01 A; 4R8C A; 4DR4 B; 2CTW A; 1BMF G; 1VQP V; 4DV7 O; 3JAW A; 1YEW A; 4ASU G; 4UCR A; 1ZAU A; 4PV1 B; 1OCZ C; 3ETE A; 5JWP A; 3IGA C; 2NNU A; 2WPD G; 4JI5 B; 3SPC A; 4ZHQ B; 3KCX A; 1GAX A; 2AHY A; 1EBO A; 1EN6 A; 3APO A; 4LF9 B; 3G4S V; 2EIM C; 2IJI A; 1S5J A; 3ETD A; 3RN4 A; 2PYJ A; 5B1O A; 3TK1 A; 2UXB B; 2CTQ A; 4YJ2 A; 1YJW V; 4UFZ A; 2WLH A; 1XNR O; 1BCC H; 2VRZ A; 2ZDI A; 1B6Q A; 4CH5 A; 4WF9 V; 3DC6 A; 2OCC B; 1XIL A; 2EJR A; 2ZDI C; 3CWB H; 1URF A; 3K0D A; 4PD4 F; 4DV5 O; 2P67 A; 1NT2 B; 1HNW O; 4I0X A; 1H2S B; 2YSU B; 3TXQ A; 4BW5 A; 2QE7 G; 2WLN A; 3B40 A; 3CRA A; 3SYA A; 3FB6 C; 1VQ9 V; 4GUN A; 4KFM A; 2QA4 V; 2A9H A; 1MSW D; 1NKD A; 2JJ2 G; 1EZJ A; 3JAR A; 4K8X A; 5K1X A; 4I50 B; 1Q3E A; 2RCV A; 3BEH A; 3PN1 A; 4R6Z A; 4LF6 B; 4P9O A; 3SJC C; 2P4V A; 3G67 A; 1H38 A; 1XOU A; 4RWU A; 5LA6 A; 1GK9 A; 4FPP A; 3FB8 C; 3JAK A; 3WB2 A; 4UB8 Z; 5LMN B; 4X1K A; 1TVK B; 4PA4 A; 3UKM A; 2QKS A; 1TUB B; 2DQ3 A; 4L87 A; 5LHG A; 1Q6U A; 3SDL A; 2PF4 E; 4NVP A; 1H2G A; 1Q86 W; 4DR2 B; 1FXV A; 4BR6 A; 1XRE A; 3ZCC A; 1Z5W A; 2Y4U A; 3RYI B; 4HNA B; 5EZY A; 2BE3 A; 3W7W A; 2O57 A; 1Z2G A; 2K9P A; 4QJF B; 5DED A; 2IJH A; 3K03 A; 3P30 A; 4BIU A; 3K5N A; 4UCS A; 3TGU H; 2A7W A; 5KHG A; 2QR4 A; 4LBE C; 2XT9 A; 4JTD B; 3ML0 A; 1SF9 A; 5LYJ B; 2AW9 A; 1ZUQ A; 3M7M X; 3ZHU A; 5EBL C; 3KKY A; 2ZE5 A; 4YJ3 B; 4H0L B; 4FLU A; 2F93 B; 4B3M B; 3A0H Z; 2Z5U A; 5KX5 B; 4FM1 A; 4PI0 A; 2HLD G; 3E8B A; 1Y76 A; 2XAS A; 3HKE A; 2PZS A; 5BR8 B; 2BOC C; 3UT5 A; 1SET A; 4DV2 B; 3CRM A; 1U97 A; 2CGN A; 4LNU A; 3JD3 A; 3QVN A; 2C2A A; 2WWW A; 4DV4 B; 2UXC B; 3O9O A; 3G71 V; 3ZS8 C; 3CCE V; 1J5E O; 4F4L A; 2YIB A; 1RPR A; 4MVS A; 1SQF A; 3AG2 B; 1RSO B; 2R70 A; 3ABL C; 5B1A B; 5GTH Z; 4DV1 B; 1ZSP A; 2RJZ A; 3JAT B; 3TET A; 4LF4 O; 3E89 A; 2CTR A; 2R72 A; 5LOV A; 1G4Y B; 3G6B A; 2BTO A; 3D36 A; 5H6R A; 1GN3 A; 3BAA A; 1HNX B; 3D36 C; 5CA0 B; 4DV7 B; 1H8H G; 2EBO A; 3DSQ A; 4X66 O; 2ZD9 A; 3RWR D; 5LHI A; 2EX3 A; 4WFH A; 5DEC A; 3E35 A; 4J41 A; 4DR3 O; 1NI8 A; 2ZXW B; 1RP3 B; 2W6J G; 3T1H O; 3J7A U; 4DYL A; 5TIS Z; 1YCI A; 1GM8 A; 4U3J A; 1D5A A; 1KUQ A; 1QQC A; 4MS2 A; 4B08 A; 5B5E Z; 2BTQ A; 4PDR A; 2Q8V A; 3OR7 C; 4FLW A; 5LP6 B; 4MW8 A; 1N0N A; 3TXS A; 1R3I C; 2ADQ B; 1V55 B; 3OAA G; 3WU2 Z; 1WLE A; 4GX2 A; 5JH7 B; 4X64 O; 3THO A; 4DV5 B; 3R65 A; 5LBQ A; 4BIO A; 3LDD A; 4JI0 O; 1SZX A; 3OMA B; 4LC1 A; 5KA5 A; 1T5E A; 5IWA B; 1VF6 A; 3ZN1 A; 1VP7 A; 1K34 A; 4O4L A; 2UXD B; 3ZHT A; 4EB6 B; 1CXZ B; 1VF6 C; 4CS4 A; 1JOY A; 3CRC A; 3HKD A; 4X20 B; 4QPK A; 4X1I B; 1PNM A; 1KD1 W; 2QWO B; 2YXL A; 3PJS K; 4J9Z B; 3CPW U; 4YIP A; 1B04 A; 2ETN A; 4X1Y A; 2HVK C; 3UCS C; 2DWD C; 3FAV A; 1VQ4 V; 5D5Q A; 1KQS U; 4OXS A; 2Y69 C; 5IJ0 B; 4JAU A; 1UFI A; 4GYC B; 3EXA A; 1P7G A; 1ENV A; 2UUA O; 2JGD A; 3DXR A; 1NVP B; 1SC5 B; 5IJ9 A; 2EJ7 A; 1XMO B; 4JZ2 A; 4I7Z B; 4QNH B; 1GN4 A; 2WA3 A; 2HFE C; 3N2K B; 2D2C B; 3SJQ C; 2E74 B; 4TT3 G; 1MOF A; 2ZR2 A; 4FIP C; 2P22 C; 1EZV H; 4LF8 O; 5A9G A; 1F7Y A; 1KC8 W; 5KHH A; 1PL0 A; 1DTO A; 1L8D A; 3F5T A; 1NTZ H; 4DUY B; 1SQP H; 2ITC C; 3L70 H; 1NTM H; 2MK3 A; 2M6Y A; 1PV0 A; 1PP9 H; 3AG4 C; 5H9C A; 1RM1 B; 3W7U A; 3K0G A; 3JAS A; 4FLZ A; 3AK1 A; 1I94 O; 3S3W A; 3K5M A; 3UO2 A; 4O4J B; 2LGW A; 1KU9 A; 1NS1 A; 3BPZ A; 3ZHV A; 2IJJ A; 1H2M A; 4I9W A; 3BY6 A; 1WB7 A; 2GHY A; 2W6I G; 3ZJZ A; 4JI6 B; 4FVM A; 1QCE A; 1Q82 W; 3JD4 A; 2JRI A; 1IDS A; 5H2F Z; 2A79 B; 4PJ0 Z; 3D8C A; 1KBH A; 4TV9 A; 4DO2 A; 4JI5 O; 1AP5 A; 4K0K O; 2ZM6 O; 1AI5 A; 2HR3 A; 3BAB A; 4LF4 B; 3FB7 C; 3W7X A; 2L35 A; 1GN2 A; 1WNS A; 3CYO A; 4UCT A; 3O65 A; 4J9Y B; 4ZOL B; 1US6 A; 3HB3 B; 5LP6 C; 4X66 B; 4J7J A; 3J81 N; 1OCZ B; 3JAW B; 3AK2 A; 4OPH A; 1A32 A; 1KP3 A; 3BRC A; 1K4D C; 4DXW A; 4FMT A; 2IH1 C; 2Z0A A; 2XND G; 4U3F H; 1BL8 A; 2EIM B; 1GMG A; 2YI9 A; 1H2N A; 4FM0 A; 4IL6 Z; 1U96 A; 2P7T C; 4WFB V; 3ABM C; 3U0Z A; 5KUM A; 5IT9 N; 1QVG U; 4GCZ A; 4JYA O; 5EBM C; 3L72 H; 2HEP A; 3D3I A; 4G27 B; 4YJ2 B; 2QSA A; 1L1F A; 1WAZ A; 5BXZ A; 4CH6 A; 3H1J H; 4CZZ A; 4X64 B; 3K79 A; 5IY5 B; 4B3S O; 3CC4 V; 4JI0 B; 2Q69 A; 3GB7 C; 2ZCE A; 3JCZ A; 5LXT A; 4PDV A; 1JFF A; 5C93 A; 3JD0 A; 1K7D A; 2JK5 C; 1VQ5 V; 3BFR A; 4AI8 A; 1KKD A; 2WSS G; 4I0X B; 3LUT B; 5KA6 A; 2B1G A; 2PUS A; 3K3W A; 3OUS A; 3JD2 A; 5H6Q A; 4QPJ A; 1M9N A; 1P4R A; 2YIA A; 4GT1 A; 2DJV A; 3CCU V; 1NH2 D; 5FLX N; 3ZMU A; 3JAR B; 3SPJ A; 1QR9 A; 3RBZ A; 3I56 V; 3UO3 A; 5IYZ B; 2LW1 A; 5ITZ B; 3BVO A; 5LA6 B; 1B06 A; 4X1K B; 4LH7 A; 3A0R A; 2FML A; 1WA8 A; 1OJH A; 2KQX A; 2Q9L A; 2YID A; 1VQ7 V; 3CEI A; 1P49 A; 4UVA A; 1SKV A; 3H1I H; 4MSW C; 5KHJ A; 5EZY B; 4LF8 B; 1AR4 A; 4WFG A; 4MVZ A; 3OTO O; 1BHB A; 1SQX H; 1L0L H; 3K04 A; 3L73 H; 2LQT A; 4CH4 A; 2RN9 A; 3LNN A; 2QDO A; 2CDY A; 1VAR A; 2W0F C; 3W7T A; 1YVW A; 3AEI A; 2H3O A; 2X0L A; 4DV4 O; 1DK1 A; 1GN6 A; 1UPG A; 2QWR B; 2HJF C; 1RPO A; 4O4I A; 2FYU H; 3HR0 A; 3ZHR A; 2B9Z A; 1JMK C; 4JTA B; 4NKG B; 3CCQ V; 1TUE B; 4JI4 O; 5HFM A; 3ZHS A; 1I94 B; 1J95 A; 1COW G; 5EYP A; 2GBO A; 4JI8 B; 1X59 A; 1I5Y A; 3ZED A; 1Y76 B; 3OUF A; 3HKE B; 2UU9 B; 1FYJ A; 1OV9 A; 3UT5 B; 1HNX O; 1Y74 A; 2L6L A; 4D6T H; 2E75 B; 2EIK C; 4LNU B; 2E76 B; 2N04 A; 2HHH B; 3SJA C; 4JAA A; 1HW7 A; 5L3G A; 4MVU A; 4K0K B; 3ABL B; 2ZM6 B; 5EIB D; 3VQY A; 3AG3 C; 1F23 A; 4J7Z A; 1Q6H A; 4EEQ A; 4IYI A; 4FJC C; 4HYO A; 2F66 C; 1MZF A; 2CGO A; 5LGU A; 5LL6 Y; 5LOV B; 4LP8 A; 2P6J A; 1IX9 A; 2Q73 A; 3BA8 A; 2XAG A; 1JJO A; 5IYB O; 2YDE A; 4TOI A; 1AB3 A; 2CH7 A; 3VOU A; 1B3Q A; 5IY5 C; 4BWA A; 1R3J C; 1EFR G; 1S5H C; 2LFR A; 4DW1 A; 1Q7Y W; 3ABK C; 1AR1 B; 1PPJ H; 5KMG A; 3A2F A; 1GM9 A; 1YF2 A; 5IWA O; 1BQ0 A; 1HR0 O; 3OM3 B; 5L3F A; 3OFN G; 4TSF G; 1GO3 F; 2UXD O; 1E79 G; 1CEZ A; 4U3J B; 2Y4T A; 4JYA B; 5CBH A; 2R9A A; 3MAQ A; 2KKW A; 2BTQ B; 4ZBM A; 2ODM A; 4O2A A; 4X88 A; 2Z3Y A; 4CBC A; 3ASO B; 4L8J A; 5KLV H; 1YDX A; 2YS8 A; 4B3S B; 5KAF Z; 1CP9 A; 2AXT Z; 4DV6 O; 4NXN B; 4H44 B; 1VQN V; 5IYZ A; 5ITZ A; 1VQO V; 4J7K A; 4RUF A; 1YTF B; 4JYY A; 2NR5 A; 2JS3 A; 3Q4H A; 4JYC A; 2GV9 A; 3B77 A; 4GKK O; 3BA9 A; 3JAM N; 3LDC A; 3I5D A; 2XUM A; 4LH6 A; 5B66 Z; 4O4L B; 3WB1 A; 1XMO O; 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2Q0A A; 4BIZ A; 4FM2 A; 3IAY A; 2P06 A; 2WLI A; 3ZMS A; 1FKA O; 1AI7 A; 3K5O A; 1XDC A; 4FK5 C; 4GLX A; 2HVJ C; 4DK1 A; 1BSM A; 2UUC O; 2Q0O C; 4TV9 B; 1ZL8 A; 1BT8 A; 1JQ0 A; 4UCV A; 3SYC A; 1BHA A; 3DTU B; 5FL7 G; 1N4C A; 1WN7 A; 4B7K A; 2WLK A; 4Q6G A; 2BOB C; 1FFX A; 1RFY A; 4AQY B; 4WBN A; 4I9Q A; 4UVC A; 3RVZ A; 3ASO C; 1SRY A; 3VQW A; 1N32 O; 4H13 B; 1S77 D; 1N33 B; 4LF5 O; 2G38 A; 1HDJ A; 2A3Q A; 4O2B B; 2B5U A; 1LNQ A; 3LNM B; 3QTC A; 4JGS A; 1HR0 B; 2EIN C; 2R9R B; 3ABM B; 2ZE7 A; 1M5I A; 1QU7 A; 2PGG A; 4J10 A; 2LP7 A; 2A06 H; 2V1D A; 2Y48 A; 3ZRS A; 3RT3 C; 5LGN A; 3ZX6 A; 1QR8 A; 4DV6 B; 4DUZ B; 4TUY A; 2OCH A; 2Q68 A; 2DMX A; 1S3J A; 4AIL C; 3X2Q C; 2KSD A; 3H9V A; 4GKK B; 4R7C A; 3CC7 V; 2ZNJ A; 4JI1 O; 5LXT B; 1AVM A; 1JFF B; 2PI4 A; 2Y0P A; 3JD1 A; 5FNV A; 1WPX A; 5CB4 B; 3RGB A; 2YI8 A; 1YIT V; 1XMQ B; 4OX9 B; 3ZRW A; 3OT7 A; 5EK0 A; 1IBL B; 3SYQ A; 1FFT B; 2FKX A; 1FS0 G; 4X65 B; 2QM7 A; 1SQQ H; 3F7V C; 2EIL C; 1DF5 A; 3OE7 G; 2FTK A; 5E79 Z; 2UUB B; 2X7R B; 2AZ2 A; 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