The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
34
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S Ribosomal RNA
|
| publication title |
Crystal Structure of a Bioactive Pactamycin Analog Bound to the 30S Ribosomal Subunit.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
34
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-05-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3R66 A; 4DR3 O; 2VQF O; 1FKA O; 3SDL A; 4JI8 O; 4JI3 O; 1XEQ A; 3T1Y O; 2UUC O; 4KHP O; 4JI5 O; 1I94 O; 4LF6 O; 4DV3 O; 4LF9 O; 5BY1 A; 2JRI A; 1XNQ O; 4DR4 O; 5LMN O; 4DV0 O; 1R1B A; 4X62 O; 4B3R O; 1AB3 A; 3M8A A; 4DUZ O; 4B3T O; 4B3M O; 1HNZ O; 4LFA O; 2UUA O; 1F7Y A; 4YHH O; 4A5U B; 1N32 O; 1X59 A; 4LF4 O; 4JYA O; 4JI0 O; 4LFB O; 1R6T A; 4DV6 O; 4GKJ O; 3F5T A; 4X66 O; 4AQY O; 3OTO O; 5IT9 N; 4DR6 O; 4B3S O; 5A2Q N; 4GKK O; 4LF5 O; 4NXM O; 4LF8 O; 4OX9 O; 4DR5 O; 1HNX O; 2UXC O; 4X65 O; 4JI1 O; 2UU9 O; 2ZM6 O; 4DV2 O; 3JAM N; 4K0K O; 1FYJ A; 1HNW O; 1AIL A; 1A32 A; 2DOS A; 2FKX A; 5BXZ A; 1XMQ O; 1KUQ A; 4DV5 O; 3RT3 C; 1FJG O; 2HHH O; 4OPA A; 4JV5 O; 4JI4 O; 4DV1 O; 4LF7 O; 4DR1 O; 4NXN O; 1YZB A; 1D2D A; 3J80 N; 4DV4 O; 2Z0A A; 4DR2 O; 4LFC O; 2UXB O; 1N34 O; 4JI7 O; 2E5L O; 1IBK O; 1IBL O; 5H5N A; 1G1X B; 2ZKO A; 3J81 N; 5LL6 Y; 2LW7 A; 4OPH A; 1NS1 A; 4JI6 O; 1J5E O; 4JI2 O; 4DV7 O; 5BR8 O; 4DR7 O; 3J7A U; 4X64 O; 2F4V O; 1DK1 A; 1N33 O; 4YY3 O; 2DJV A; 1IBM O; 1HR0 O; 2AGA A; 3O65 A; 3T1H O; 5LMU O; 2UXD O; 1N36 O; 2VQE O; 4DUY O; 2UUB O; 1XNR O; 1XMO O; 2N74 A; 5IWA O; 5FLX N; #chains in the Genus database with same CATH topology 2N05 A; 1QLN A; 1KKC A; 2B9Z A; 2YI8 A; 3OGC C; 4O4J A; 4IL6 Z; 2C2A A; 4X1K A; 2R72 A; 4FM1 A; 4KHP O; 1F4M A; 1K3E A; 3NXS A; 3ZHS A; 5LGN A; 4GUN A; 5H2F Z; 4RQE A; 2DQ0 A; 4GCZ A; 2YS8 A; 3ZJZ A; 4RO2 A; 2WA3 A; 1ZLZ A; 3H1H H; 4JI6 B; 1P49 A; 3GWO A; 5LHG A; 1LR1 A; 3HKC B; 4JYA O; 3JAS B; 2Q6A A; 3FB5 C; 2EIL C; 4X8A A; 1R73 A; 5FL7 G; 3OTO O; 5B5E Z; 3K58 A; 2XAG A; 1MZF A; 4ABM A; 1EM1 A; 1US6 A; 1GM9 A; 1PKX A; 4GT1 A; 1B6Q A; 2ZE8 A; 3H1J H; 5KAF Z; 1YI2 V; 3CYO A; 1P7G A; 4DXW A; 1QVF U; 3TJT A; 5KHJ A; 4MTF A; 2Z3Y A; 4JZG A; 5EZY B; 5H6Q A; 1NR1 A; 1RSO B; 5FPO A; 2W0F C; 4LF6 B; 1KUQ A; 4GX2 A; 1N33 B; 3RT3 C; 1QR9 A; 1SZT A; 1LUV A; 1YIJ V; 4DV1 O; 1GRJ A; 4PDV A; 1Y6X A; 1N8R W; 3K5L A; 3VQW A; 2JJ1 G; 1I7F A; 4LFC O; 3JAT B; 1DF5 A; 2R70 A; 1GM7 A; 1QLE C; 3ZS8 C; 1FFX A; 1U96 A; 2OYQ A; 3CCM V; 2EIM C; 2WLI B; 3UO2 A; 4OPH A; 5IYZ B; 4ZHQ A; 4JI0 B; 5IY5 B; 2P06 A; 3G80 A; 2IH1 C; 3ABL B; 4CZZ A; 2EBO A; 4JGS A; 4WCE V; 2YIA A; 4JF3 A; 3W7T A; 3J7A U; 4LP8 A; 4U3J B; 2UXC B; 1OCC C; 4YXW G; 4JAA A; 1KEC A; 2ZM6 B; 2EIL B; 2RMK B; 5BZB A; 3P30 A; 4XDJ A; 1NZ6 A; 1FKA O; 3K5M A; 3HR0 A; 3OE7 G; 4FLU A; 1PNM A; 5CA0 A; 2W6J G; 4CBC A; 4O2B B; 2L35 A; 2HHH B; 1OCZ C; 1Q86 W; 1HP8 A; 2HFE C; 3SR2 C; 5BY1 A; 2UXB B; 5IYD O; 5E1A C; 3CXC U; 1OCO C; 2EZP A; 3D36 C; 5IYB O; 3L73 H; 4IYI A; 3H1K H; 1SET A; 2EJR A; 5B1B C; 2JGD B; 1F51 A; 1GO3 F; 1NVP D; 5F2V O; 4FFB B; 1N0N A; 2LGW A; 2FB5 A; 3ZN0 A; 1EZJ A; 1ZWI C; 3L74 H; 2YXY A; 1HNW O; 4FVM A; 5JH7 A; 1OCC B; 3KCX A; 2ZDI C; 3ZMZ A; 3OT7 A; 1HR0 B; 1O9G A; 1ZTE A; 4U7O A; 3C3S A; 2PGG A; 4NVP A; 2NNU A; 4DR2 O; 1NI8 A; 1OCZ B; 4KP4 A; 1IBL O; 1COW G; 1NJI W; 3JAK B; 2GSM B; 3UQ8 A; 2OTL V; 4BW5 A; 1S5L Z; 5LA6 A; 2QSA A; 4X64 O; 4LF9 B; 4GKK B; 2WWW A; 3STZ C; 1QHT A; 4DR5 B; 2BSK A; 3L71 H; 3K5O A; 2JK5 C; 4R6Z A; 3A0B Z; 4O2A A; 4YJ2 B; 1CXZ B; 4CS4 A; 2WLN A; 2P67 A; 1SA0 B; 3T1Y O; 1AVM A; 2DYS B; 2Y4T A; 3SPC A; 4F6E A; 3AK2 A; 2DMX A; 2QA4 V; 1B04 A; 1BGY H; 1Z5W A; 3JD2 A; 3C90 A; 4JPR A; 2D2C B; 3U11 A; 1OHH G; 4JZ2 A; 2BOB C; 2BCC H; 1M1K W; 1G4Y B; 3FYE B; 3JAW A; 4JI7 B; 4NB5 A; 2XOK G; 3AG4 B; 4JI1 O; 5L3D A; 3CSX A; 4UCS A; 3SYQ A; 4LWS A; 3A2F A; 4FJC C; 2WA4 A; 1H2N A; 4LH6 A; 4N23 A; 3ML0 A; 1Q6U A; 5IJ9 B; 3PJS K; 1X4T A; 3UT5 A; 3D3I A; 2VS0 A; 3OR6 C; 3CE2 A; 4KL1 A; 2QWQ B; 2RN9 A; 4MTG A; 1Q7Y W; 4H44 B; 4B3R B; 3W7W A; 5FNV B; 4DUZ B; 4BWA A; 3L9D A; 1VIB A; 2Q69 A; 3DC6 A; 2AW9 A; 5ITZ B; 4YIO A; 1MSD A; 4JI6 O; 3ZBH A; 1Y74 B; 4DV6 B; 3ABM B; 1VQM V; 1BQ0 A; 4DR6 B; 4FIP C; 4B3S B; 1YTF B; 1VQ4 V; 2PYL A; 1NR7 A; 4J10 A; 3JAL A; 1EN4 A; 4X65 B; 1GN2 A; 1FXV A; 1XQ8 A; 2UUB O; 2ZIM A; 3ASO C; 5EBL C; 1EN6 A; 5C8Y B; 3QF7 A; 4EFE A; 2ZNJ A; 5LP6 A; 4WFG A; 3OTO B; 2WSS G; 3Q4H B; 3RYF B; 4LF6 O; 2KSD A; 3T1C A; 4UCV A; 4DV4 B; 5KUM A; 1AI7 A; 2EIK C; 1GH6 A; 3CC4 V; 3CPW U; 2YI9 A; 3CRM A; 2OIE A; 3SPI A; 3KKY A; 4PEL A; 4L87 A; 4LCU C; 2QWO B; 3CRQ A; 2Y69 C; 4JI2 B; 4GYC B; 2H3O A; 5BR8 B; 4I9Q A; 1PPJ H; 3BA8 A; 4JI0 O; 5EBM C; 1QBZ A; 4ZKI A; 2YIB D; 3T1H B; 2YDE A; 1IX9 A; 2HG5 C; 2DQ3 A; 5A2Q N; 4J9Z B; 5LXT B; 1XMO B; 1GN6 A; 2UXC O; 2GUZ A; 1AI5 A; 3IGA C; 2ZM6 O; 3SYP A; 2JEX A; 5BMV A; 5KAI Z; 1K8A W; 4I4T A; 2EIN C; 2OIG A; 4WBN A; 4JI5 B; 5B1O A; 2CUG A; 2AHZ A; 2IM9 A; 1M57 C; 3BY6 A; 1WB8 A; 4BIU A; 2HHH O; 4UVB A; 2K1E A; 3CJH B; 3ZRS A; 4PJ0 Z; 1YF2 A; 4H33 A; 5D5P A; 1QCE A; 2X6A A; 4PA7 A; 5L3E A; 3CMA V; 1D2D A; 4BW9 A; 2UXB O; 1Q90 D; 1FAF A; 1XOU A; 4K3A A; 3UO3 A; 2EIJ C; 4FM2 A; 1FXK A; 1DF4 A; 1GKF A; 1JJ2 U; 1LNQ A; 1PP9 H; 2NN4 A; 1DK1 A; 2Y69 B; 2CTQ A; 3VQV A; 5H9C A; 2JVD A; 4YIP A; 2QWP B; 4U7N A; 2DYR C; 2GTS A; 3B8M A; 3RYC A; 3JSN A; 4TV9 B; 2B1I A; 1UPG A; 3RN4 A; 1XMQ B; 3QG5 A; 4EFB A; 3DTU B; 3ZHT A; 4FM0 A; 4KUM A; 1I5Y A; 3B4S A; 1JFF A; 4D6T H; 4QIW F; 2YUA A; 2LFS A; 4WFE A; 1M57 B; 2RJZ A; 1XIL A; 4EB6 A; 1VQN V; 4O4L A; 4J7K A; 3K9A A; 1J5E B; 3H1I H; 3DXR A; 2NR5 A; 3MHS C; 3APQ A; 4JYB A; 3EVK A; 2F4V B; 3BCC H; 3B77 A; 3CRR A; 5JQG B; 1TVK B; 4PA6 A; 3ABK B; 4DW0 A; 4GKK O; 4I55 B; 2QGN A; 1DGS A; 4DR5 O; 4J7J A; 4DK1 A; 3K57 A; 2ITD C; 3GVM A; 2OCH A; 5L3F A; 4LC1 A; 2EZO A; 1HDJ A; 1NTZ H; 1J95 A; 1YSC A; 1A32 A; 3S3W A; 2DYR B; 1Y67 A; 3A0H Z; 3DSQ A; 4YJ3 B; 4FLX A; 4MVO A; 4LF7 O; 2QM8 A; 4X62 B; 4G27 B; 3J80 N; 4TQF A; 4B3T B; 4ZI7 B; 4D7T A; 2UUA B; 4IHJ B; 3BA9 A; 4PV1 B; 3J81 N; 1ZUQ A; 4RUE A; 5H6R A; 2IH3 C; 3X2Q B; 4ZOL B; 2WLL B; 3HKB B; 4AQY B; 3QO5 A; 1VQ8 V; 2ZE7 A; 2CDY A; 3G71 V; 4LF5 B; 3ASN C; 4OX9 B; 1NKD A; 2BOC C; 2L6L A; 1ZAU A; 1N0J A; 1ZL8 A; 1KD1 W; 3RYH A; 4J9Y B; 5GON B; 5CA1 B; 5KA5 A; 2ZR3 A; 1YJ9 V; 3RYI B; 4XDL A; 2YSU B; 4LH7 A; 1TUB A; 2XND G; 4QPK A; 4DYL A; 1BHB A; 1SQP H; 3BAB A; 3ZMS A; 5FPR A; 1ZX3 A; 3JCU Z; 4DR1 B; 1IXB A; 1SRY A; 1EN5 A; 3BPZ A; 4X1K B; 4DO2 A; 2A06 H; 3WG7 C; 4B3R O; 4Z1V A; 3HKD B; 4DUZ O; 1Q3E A; 4QGP A; 3ABT A; 3FB8 C; 4AIL C; 4BAY A; 3B8N A; 3VOU A; 1VEW A; 5LYJ A; 2FL4 A; 2ZQM A; 4Q20 A; 4DV6 O; 4J7Z A; 4FFK A; 2RNB A; 1KBH A; 3IFX A; 4DR6 O; 4B3S O; 1M56 C; 5EK0 A; 1JQ0 A; 1YDX A; 2LQT A; 1IZ3 A; 3OFN G; 1OZ0 A; 4X65 O; 3OMN B; 2KG7 B; 4H0L B; 1V55 B; 4TUY A; 3P3N A; 1H2G A; 3ASN B; 4K0K O; 3FAV A; 2CGN A; 2FKX A; 1JCH A; 2WAM A; 4UCO A; 1WB7 A; 1MOF A; 2MK3 A; 2PI4 A; 4UV8 A; 4R50 A; 1IDS A; 4UXN A; 1VQO V; 4CH5 A; 4DV4 O; 2KB1 A; 2KKW A; 2UUB B; 4X1Y A; 3ETQ A; 4YHH B; 3RVZ A; 1FFX B; 2HKO A; 4JI2 O; 4ICG A; 3SJC C; 5BR8 O; 1K7D A; 3WG7 B; 4ZHQ B; 1NT2 B; 2B5U A; 5K1X A; 2AXT Z; 1BQZ A; 2LP7 A; 3MD0 A; 3K0G A; 4GZR B; 1AP5 A; 3T1H O; 3EFF K; 1YEW A; 1VQ9 V; 3FD9 A; 2Q5Z A; 1XMO O; 3KCY A; 3LSQ A; 1BMF G; 3JYC A; 1M56 B; 1P7B A; 3DGE A; 4MSW C; 2AZ2 A; 4JI5 O; 2RDC A; 4OGQ B; 3SGI A; 3CD6 V; 5EZY A; 1RSO A; 3RW0 A; 1AB3 A; 1D5A A; 3G67 A; 1FFT B; 2P6J A; 1SQF A; 5KMG A; 4PD4 F; 4X88 A; 1M4U A; 4C7U A; 3E83 A; 3CX5 F; 1VQL V; 3ZMV A; 5LMU B; 3AG7 A; 2ZIO A; 2VQE B; 3T4D A; 1FD9 A; 2WLI A; 3TET A; 4HBN A; 5B1A C; 3LDD A; 2ETN A; 4MVM A; 3ZX6 A; 2R9A A; 5A9G A; 2UXN A; 2AHY A; 1FS0 G; 1JA8 A; 1XMQ O; 1XI1 A; 5JH7 B; 4U3J A; 1VAR A; 1QQC A; 1QLE B; 4OPA A; 1JOY A; 3A8T A; 2EIM B; 2XAS A; 2M7W A; 2A0L A; 2OCC C; 2RQ6 A; 2GTA A; 3KG2 A; 5CBH A; 4UV9 A; 1NVP B; 2VWK A; 1G1X B; 4PA9 A; 3C3T A; 1K34 A; 1S77 D; 1RM1 C; 4JTD B; 4LF4 B; 1VF6 A; 2LW7 A; 4KXR A; 4O2B A; 1GM8 A; 3RGB A; 2HVK C; 5EC2 C; 1J5E O; 2ILM A; 3E35 A; 3AK3 A; 1TAE A; 2F4V O; 1R3K C; 4YY3 O; 4CH3 A; 4QJF B; 4UB8 Z; 5DED A; 2Q0O C; 4BR6 A; 3GB7 C; 3IC9 A; 2YIC A; 3WFV A; 3MHH C; 2Q7G A; 4PDR A; 5FLX N; 3U10 A; 3R66 A; 3RFR A; 2XUM A; 4O2A B; 2Q68 A; 1B06 A; 1Z5V A; 3L72 H; 3LNM B; 3OAA G; 2IJK A; 4P30 A; 1OCO B; 1VQK V; 4FFB A; 4UCT A; 2CK3 G; 2G38 A; 4PDM A; 3K08 A; 3RWR D; 4F6R B; 4P2Z A; 1HW7 A; 2E5L B; 4UFZ A; 3SJQ C; 1S5H C; 4X62 O; 1S0V A; 2QDO A; 3M8A A; 5B1B B; 2WLK A; 4B3T O; 3M99 B; 2IJI A; 3OW2 U; 4FZ1 A; 2UUA O; 3ZHR A; 2YEV A; 3K3W A; 2OCC B; 3CRA A; 1R3I C; 2BTQ A; 2OTJ V; 4TV8 A; 1MA1 A; 2YID A; 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1H2L A; 5ITZ A; 3RBZ A; 5IWA B; 1T5E A; 4D7S A; 1Y74 A; 4HNA B; 1UJW B; 3IAY A; 1KKD A; 3SYO A; 4WFH A; 5BMV B; 5BXZ A; 4I4T B; 4K8X A; 3B09 A; 4WBN B; 2W0X A; 1XNQ B; 4DR4 B; 2HLD G; 1JX9 A; 4FPP A; 1BHA A; 1SQX H; 4CH6 A; 5E79 Z; 3AG2 C; 2PYJ A; 3K0D A; 1HNZ B; 2XT9 A; 4P9O A; 2Y0I A; 5K1P A; 1RPO A; 3E22 B; 1AI6 A; 2LFR A; 3LSS A; 3Q4H A; 3RYF A; 5KX5 B; 4JAV A; 2QJ1 A; 3FX7 A; 4ZBM A; 3ASO B; 1YXB A; 1BSM A; 1TA8 A; 3O65 A; 5LMU O; 4J11 A; 3SJB C; 2XAH A; 5LBQ A; 2VQE O; 1WN7 A; 3SJA C; 2DE0 X; 4FK5 C; 3OEE G; 3RYC B; 3CHX A; 4Z1M G; 2EIK B; 4X89 A; 1SS3 A; 2Y0P A; 4B08 A; 4JV5 B; 5EYP B; 1W0J G; 1AJP A; 5LXT A; 4IT5 A; 4DV3 O; 1JFF B; 2Q7E A; 4RWU A; 2HJD A; 2M6Y A; 2PF4 E; 1IBK B; 3K5N A; 2ZD9 A; 3UKM A; 1VQP V; 1G6U A; 3B40 A; 4O4H A; 4GX0 A; 4EB6 B; 4O4L B; 2X7R B; 1X59 A; 3I56 V; 4LF4 O; 5JVD A; 4DR7 B; 3CJH A; 2Y48 A; 1M93 A; 4BIZ A; 2EIN B; 1YJN V; 1NTM H; 2Q7H A; 4CS3 A; 4DR3 B; 3CRC A; 1OJH A; 2E74 B; 3K9S A; 1K4D C; 3OGI B; 1Q43 A; 2UUC B; 3JAR A; 2V1D A; 1NU1 H; 1M5I A; 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