The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| total genus |
29
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UXD O; 4DV3 O; 4DV0 O; 3OTO O; 4NXN O; 4DV1 O; 2UUC O; 1R1B A; 4LF6 O; 1IBM O; 5LL6 Y; 3R66 A; 1XMQ O; 4JYA O; 4X66 O; 4YHH O; 2JRI A; 5FLX N; 4JI8 O; 2UUA O; 4B3M O; 4LFC O; 3JAM N; 4X62 O; 2DJV A; 1AIL A; 3J80 N; 4DR3 O; 4JI2 O; 2F4V O; 2ZM6 O; 2VQF O; 4B3R O; 2UUB O; 5IWA O; 1N32 O; 5IT9 N; 5LMU O; 4X65 O; 3T1Y O; 4AQY O; 2HHH O; 1IBK O; 2Z0A A; 4DR6 O; 2UU9 O; 3T1H O; 4JI3 O; 4B3T O; 2UXC O; 4JI0 O; 1A32 A; 4OX9 O; 4OPA A; 3M8A A; 1KUQ A; 1FYJ A; 1R6T A; 1XMO O; 3J7A U; 4LF4 O; 3SDL A; 4JV5 O; 5H5N A; 4DV7 O; 4KHP O; 3J81 N; 1N34 O; 4JI1 O; 2N74 A; 4LF7 O; 3RT3 C; 4YY3 O; 5BY1 A; 1XNQ O; 4LF5 O; 1F7Y A; 5BXZ A; 1IBL O; 3F5T A; 2DOS A; 4X64 O; 4A5U B; 1X59 A; 2ZKO A; 2UXB O; 2LW7 A; 1DK1 A; 5A2Q N; 4B3S O; 1G1X B; 2VQE O; 4DV2 O; 2E5L O; 4NXM O; 1YZB A; 4LFB O; 4DR2 O; 4LF8 O; 4DV5 O; 4DUY O; 1NS1 A; 1N36 O; 4JI6 O; 4GKJ O; 5LMN O; 1HNW O; 1N33 O; 4DV4 O; 2AGA A; 4K0K O; 4DV6 O; 2FKX A; 1FKA O; 4JI4 O; 1HNX O; 1XEQ A; 4JI5 O; 4DR7 O; 1HR0 O; 4DR5 O; 4GKK O; 4LF9 O; 4DR4 O; 1J5E O; 3O65 A; 4DR1 O; 5BR8 O; 1FJG O; 1XNR O; 4JI7 O; 4LFA O; 1AB3 A; 4DUZ O; 4OPH A; 1HNZ O; 1D2D A; 1I94 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2Q9L A; 2YI8 A; 4J11 A; 3K5M A; 4FLX A; 1T5E A; 1EZV H; 3R66 A; 2YXL A; 2ZE7 A; 1BZK A; 3MHS C; 4CS4 A; 4TUY B; 1PPJ H; 1EN6 A; 1K34 A; 1PL0 A; 5KUK A; 3QTC A; 3DXR B; 5KHK A; 4MVR A; 4U3J B; 4JI2 O; 3T1C A; 2GTA A; 3WU2 Z; 3CCM V; 5IWA O; 1GTO A; 4NTX A; 4DR6 O; 1BGY H; 2CDY A; 2Y0P A; 4I50 B; 5JCO A; 3S3W A; 5GW7 A; 1N0N A; 4BIU A; 3L75 H; 3BY6 A; 2ZM6 B; 1RP3 B; 5D5Q A; 2OTL V; 1I5Y A; 1GRJ A; 3C90 A; 1SRY A; 1US6 A; 2H8P C; 5LGT A; 3RFR A; 3H1L H; 2GTS A; 2LP7 A; 3CRQ A; 5CA1 B; 1AJN A; 2W0X A; 5TIS Z; 4HAM A; 1GM9 A; 2X6B A; 2MW2 B; 2CGO A; 3FYE B; 2M7W A; 3ZRX A; 4YY3 O; 2YXY A; 3VQY A; 2EIJ C; 2M6Y A; 1XL4 A; 1IBL O; 3SYP A; 2VQF B; 4B3R B; 4I9W A; 5KA6 A; 2UUB B; 1KQS U; 4JI1 B; 3QO7 A; 4FVM A; 3STL C; 1NVP D; 2GHY A; 3A0R A; 4PA3 A; 3WG7 B; 2N04 A; 3ZN1 A; 3MDS A; 2QKA A; 1BHA A; 2XND G; 1WB7 A; 1UFI A; 1GN4 A; 4RO2 A; 1Q43 A; 4GX2 A; 3WFV A; 4UV8 A; 3BHP A; 5ITZ B; 1XRE A; 1BS3 A; 2EIJ B; 2F1M A; 3W7S A; 2ZQM A; 3ASN B; 3UT5 B; 1N34 B; 4DR4 O; 2BSK B; 1DTO A; 5JJE B; 1N33 B; 3JAT A; 3JAS A; 1RPR A; 1D2D A; 2ZDI C; 2HJD A; 2P22 C; 1D5N A; 5L3B A; 2EX3 A; 4DXW A; 3ABM C; 3N2G B; 4MW8 A; 4MS2 A; 1Y74 A; 2JK5 C; 1VP7 A; 4FLW A; 1DLB A; 5KHH A; 3HKE A; 4DV2 B; 1K97 A; 1ZX3 A; 2AHZ A; 4ZOL B; 3ETD A; 4MTX A; 3SJB C; 2JVD A; 3OMN B; 1WPB A; 3GB7 C; 4DV0 B; 4TOI A; 2Q7E A; 3BA8 A; 4CZZ A; 2VQF O; 1YIT V; 4B3R O; 2UUB O; 5B66 Z; 2PGG A; 1ZSP A; 3K0G A; 3BAB A; 1E1R G; 3JCU Z; 1Q6H A; 1ZL8 B; 3RGB A; 4LWS B; 4JI3 O; 1Q6I A; 2CH7 A; 5J2T A; 3QVN A; 1TGO A; 1XNR B; 1KEC A; 3VQW A; 1TAE A; 4OPA A; 2OIE A; 1JFF B; 4GX0 A; 1NJI W; 1FD9 A; 1DF5 A; 1QU7 A; 5LHH A; 2JIZ G; 4ZI7 A; 1MSD A; 1N34 O; 4LH6 A; 2CUG A; 2WLI A; 1AI4 A; 2JS3 A; 5D5P A; 1XI1 A; 5BXZ A; 1L1F A; 2P06 A; 2ZNJ A; 3N2K A; 4YJ2 A; 4NTY A; 1SS3 A; 1AP6 A; 4H37 A; 4W4K A; 1P49 A; 1FXH A; 2B5U A; 1VQP V; 4DV2 O; 1NS1 A; 4EKW A; 4JI0 B; 5LYJ B; 2CGN A; 2DW4 A; 2WLH A; 3MAQ A; 4L87 A; 4UXN A; 2VRZ A; 3LUT B; 3WB0 A; 1XNR O; 1VQL V; 3SYA A; 1AB3 A; 1YDX A; 3P3P A; 5IY5 B; 3ZX6 A; 1HNZ O; 4GKK B; 1R1B A; 5KHI A; 4Z2W A; 5AG2 A; 2KG7 A; 3TJT A; 2F93 B; 3DSQ A; 5FLX N; 1N36 B; 3LNN A; 5LMN B; 4MTG A; 2VWJ A; 4UVB A; 3AK2 A; 4FIP C; 4UB8 Z; 1N32 O; 1MA1 A; 2QWR B; 2Q4P A; 3X2Q B; 1PNL A; 2BOC C; 1KMI Z; 3BEH A; 1SES A; 1NVP B; 3ABK C; 4LCU C; 4JI0 O; 4JI7 B; 1JQ0 A; 1QLE C; 3CC4 V; 4O4I B; 1YJ9 V; 3UO2 A; 4QE9 A; 1H8E G; 3ZJZ A; 4DV3 B; 4F6R A; 3JAW B; 3ZMT A; 2ZD9 A; 4J9Z B; 4TV9 A; 5CBH A; 1R3K C; 3OD4 A; 5FPR A; 3HB3 B; 4JAS A; 1H2S B; 1NBM G; 3ETQ A; 4Z1V A; 4LF4 B; 3D3Q A; 4XDL A; 1O9H A; 4UCV A; 3ABK B; 4FLV A; 4IL6 Z; 5KMG B; 3E8F A; 1XUQ A; 1M9N A; 2OCC B; 4X1Y B; 2HHH B; 2ZE6 A; 2XAS A; 3U11 A; 3HKD B; 2ZCE A; 4LFB O; 4HYO A; 1N36 O; 5LMN O; 5KX5 A; 2WA4 A; 2G38 A; 1GKF A; 1TUE B; 3AG1 B; 1QR9 A; 2DYR C; 5CB4 B; 4GKJ B; 3OR6 C; 3AG3 B; 1OCC C; 2VWK A; 3CCQ V; 4JI7 O; 4FFB B; 1XNQ B; 3NXS A; 3ZRW A; 4DV3 O; 1K73 W; 3AEI A; 4BWA A; 4PDV A; 4B08 A; 4RWU A; 2YUA A; 1YCI A; 3QF7 A; 3ZRS A; 2PTM A; 3UO3 A; 2XOK G; 4MVM A; 1VAR A; 2IBZ H; 5IT9 N; 4NR1 A; 1OCO B; 4L8J A; 2AZ2 A; 2HHH O; 1FXK C; 3JAR A; 4MVS A; 1CP9 A; 3JD0 A; 2Q69 A; 1TUB A; 3RN4 A; 3STZ C; 2UXC O; 1R6N A; 3OGC C; 1SA0 B; 5B3S B; 2HJF C; 4MVO A; 3THO A; 4MSW C; 4ZHQ A; 2Q0A A; 3RYF A; 3APO A; 4KFM A; 4I55 A; 2V7Q G; 3ZHU A; 4DW1 A; 4NVP A; 3OTO B; 1XMO O; 2V4D A; 5H5N A; 3SPI A; 1M90 W; 4JYA B; 2N74 A; 2ZXW C; 1WB8 A; 1V54 C; 5K1X A; 3PJS K; 1XNQ O; 1PV0 A; 2XAJ A; 3CCE V; 2PYL A; 5B1B C; 3QG5 A; 4FM1 A; 4FZ0 A; 3BRC A; 1DK1 A; 3WB2 A; 4LF5 B; 4DR2 O; 2JGD A; 1YVW A; 2ZR2 A; 1DGS A; 1K8A W; 3SPC A; 4TWK A; 2Q6A A; 4FFK A; 4KXR A; 2VS0 A; 2JEX A; 3FAV B; 4JYB A; 1XEQ A; 1BT8 A; 4WFF A; 2RQ6 A; 3ABU A; 3O65 A; 2OT5 A; 3FX7 A; 5CBF A; 4UB6 Z; 5EZY B; 3QNE A; 3FKS G; 5EBL C; 5B1A C; 1VQ8 V; 3OTO O; 3DC6 A; 2UXB B; 1F51 A; 3GWO A; 4JYA O; 4FMT A; 5IJ9 A; 2A06 H; 3OR7 C; 1WAZ A; 2DJV A; 3CC2 V; 1M56 B; 3QO5 A; 4DV4 B; 4IHJ B; 2ADP A; 2R70 A; 3C3T A; 2ILM A; 3K5L A; 4X62 B; 1NTM H; 1J5E B; 2A0L A; 1VF6 A; 3E83 A; 1I7F A; 2X0L A; 5L3E A; 5LMU B; 4FPP A; 5FPO A; 1YSC A; 3U10 A; 3W7U A; 4DW0 A; 1ZUQ A; 4WFG A; 1AR5 A; 2P4K A; 4HNA A; 4K35 A; 3ASO B; 3DC5 A; 1V55 B; 4I0X A; 4YIO A; 3K57 A; 2QEX V; 1K33 A; 5BZB A; 3IAY A; 3CC7 V; 1OHH G; 3SYO A; 2P90 A; 1VIB A; 2IW5 A; 4JYC A; 4AI8 A; 3L72 H; 3HKC A; 1Y76 A; 5KUM A; 1NTZ H; 1G8M A; 5E79 Z; 1VQM V; 2UXB O; 2YDE A; 1V9P A; 1NKD A; 3K08 A; 1Q6U A; 3ZN0 A; 3JAT B; 5DEC A; 3I55 V; 2ATK C; 5LHG A; 1HNW O; 3ZHQ A; 4DV4 O; 5JWP A; 3CCS V; 1FKA O; 2FB5 A; 2AXT Z; 3KCY A; 3HKE B; 2Y48 A; 1J5E O; 3UKM A; 3ZED A; 2XTA A; 3RYH A; 2F23 A; 4PEL A; 3LNM B; 1U96 A; 1XDC A; 1W59 A; 3IC9 A; 5EIB C; 3OUS A; 5K1P A; 1NT2 B; 2DWE C; 2DQ3 A; 3CMA V; 2UUC O; 5LL6 Y; 2Y0I A; 2Y4T A; 3B2E E; 3ZMU A; 2CH7 B; 5J2T B; 4MVZ A; 2E74 B; 2RN9 A; 5BMV B; 4GCZ A; 4DRX A; 4HZ3 A; 1AJP A; 3OAA G; 1H38 A; 2QWN B; 4JF3 A; 2NN4 A; 1AIL A; 3J80 N; 4DV1 B; 4ZI7 B; 4X1I A; 1LUV A; 4UUJ C; 4CC5 A; 3CJH A; 4J10 A; 4AQY O; 3OE7 G; 1YJW V; 1M5I A; 1K3E A; 4DR5 B; 3A0H Z; 2WLI B; 4ABM A; 5BR8 B; 4XBF A; 4YJ2 B; 4RUF A; 2QSA A; 1I94 B; 1COW G; 4YIP A; 2P67 A; 2Q8V A; 4J41 A; 3FB8 C; 3ABL B; 1EN4 A; 3ZHT A; 3AG2 B; 3BVO A; 4X20 A; 3RT3 C; 4H33 A; 3CPW U; 3CCR V; 4QGP A; 4JTC B; 4GLX A; 5GTH Z; 1ZAU A; 4DR3 B; 2K1E A; 4NB5 A; 3VOU A; 2GSM B; 4X1K A; 3WG7 C; 2IJK A; 4B3T B; 1K4D C; 4JI6 O; 5C8Y A; 1MNG A; 2YSU B; 1QVF U; 5B1O A; 4EB6 A; 3LSU A; 3JD4 A; 5EC2 C; 2RJZ A; 3E22 A; 2OCH A; 3ABT A; 4Q20 A; 1NR7 A; 2QGN A; 2ZIM A; 2PYJ A; 1IUR A; 3ASN C; 2KG7 B; 4DR5 O; 5GON A; 3W7W A; 5BR8 O; 2B1G A; 3JYC A; 2OIG A; 1OV9 A; 2Q7G A; 1G6U A; 3CCV V; 1I94 O; 1H2M A; 1HR0 B; 3FD9 A; 1DF4 A; 5J2U A; 3UQ8 A; 4PDL A; 3K0D A; 1BCC H; 2E5L B; 4P9O A; 3JCZ A; 3RYC A; 5JH7 A; 4DR3 O; 1X4T A; 1H2L A; 2ZM6 O; 1SC5 B; 5CMU A; 1GN3 A; 2KKW A; 4TV9 B; 2EIL B; 3K03 A; 2JDI G; 2QKC A; 2QWQ B; 2Z0A A; 4JI5 B; 3KZI Z; 3VBB A; 2JS5 A; 4B3T O; 4PDR A; 5IYC O; 1FJG B; 5KHG A; 3CCJ V; 1R73 A; 2QWP B; 2QM8 A; 3G80 A; 2Q73 A; 1GM7 A; 3TK1 A; 1CEZ A; 1IBK B; 3CX5 F; 2WLN A; 1FYJ A; 5EYP B; 2EIM B; 3ZHR A; 4MVU A; 4JI1 O; 4F4L A; 3TCU A; 3ZIA G; 4WF9 V; 4B3M B; 4MVQ A; 2R72 A; 3QO8 A; 2JJ2 G; 2AZ0 A; 2PY5 A; 1OCR B; 2NNU A; 3E35 A; 2RNB A; 5HFL A; 2DQ0 A; 1U97 A; 5LA6 A; 4PDM A; 3K06 A; 3T1Y B; 1FFX A; 1G1X B; 2DYS C; 4FZ1 A; 2YEV A; 3H1H H; 2E5L O; 2Y69 C; 1SZT A; 3CD6 V; 3ZRW B; 3M7M X; 1N33 O; 2GUZ A; 3CRM A; 5CBG A; 5LP6 A; 4TQF A; 3E89 A; 2FKX A; 4NXM B; 4DK1 A; 4O2A A; 5IDJ A; 3ZMS A; 4JI5 O; 4H44 B; 4IGG A; 1HWY A; 2CTQ A; 2E76 B; 1FJG O; 3CS5 A; 2KSD A; 4LR3 A; 5IY5 C; 1XL6 A; 2WSS G; 2DYS B; 3JD1 A; 1W0K G; 5A9G A; 1YHQ V; 2QJ1 A; 3CP1 A; 2Y69 B; 1ARO P; 3JAR B; 4CBC A; 5E1A C; 4DV0 O; 1SQQ H; 1TUB B; 1BSM A; 1GAX A; 3T4D A; 2EIN B; 1Q86 W; 2JRI A; 1VQ5 V; 4WFE A; 3RVY A; 3DXR A; 4B3M O; 1JCH A; 4TT3 G; 4ZHQ B; 4Z1M G; 1RSO A; 3RYF B; 4I55 B; 3AG4 B; 1QCE A; 2A9H A; 3T1Y O; 3X2Q C; 2O57 A; 5LXT B; 5KHJ A; 4LF9 B; 1YF2 A; 3TXQ A; 3T4Z A; 2RCV A; 2E75 B; 2X6A A; 4YXW G; 4O4L A; 1FPO A; 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2UXD B; 3Q4H A; 4LF4 O; 3H1I H; 1OZ0 A; 1R3L C; 3JSL A; 3VQV A; 1E79 G; 1P84 F; 4LFC B; 1SQG A; 4PD4 F; 1QQC A; 3D3I A; 3OUF A; 2DMX A; 1F23 A; 3HKB A; 3AK1 A; 4WFB V; 4X65 B; 1FS0 G; 1IXB A; 2E3C A; 4JZG A; 3EVK A; 4WBN B; 3RYH B; 3T1H B; 1EBO A; 3S3X A; 2NLJ C; 1JJO A; 4GKJ O; 4J7Z A; 1WLE A; 1J95 A; 1JJ2 U; 1QBZ A; 2N05 A; 3B77 A; 5B5E Z; 4K0K O; 3CB2 A; 5JVD B; 2HR3 A; 1K9M W; 4DR7 O; 4ICG A; 2W6I G; 4DR1 O; 3L9D A; 3CME V; 1SQP H; 1UPG A; 2X7R B; 1XIL A; 4C7U A; 4LFA O; 3E8B A; 1SQV H; 4QJF B; 1HW7 A; 5JQG B; 1R3I C; 2H94 A; 4MT8 A; 4H13 B; 3RWR D; 1AI7 A; 3CJH B; 3OFN G; 2UXD O; 4FLY A; 4O4J A; 1H2N A; 3CCU V; 3RYI A; 5LOV A; 4KUM A; 3ETG A; 4LFC O; 1P7G A; 3CSX A; 4K8X A; 3CRA A; 1OJH A; 1M56 C; 2QE7 G; 2Q5Z A; 1JX9 A; 1AI6 A; 2PZS A; 1YI2 V; 2IU0 A; 4X65 O; 1WN7 A; 2UUA B; 4UCO A; 4ASU G; 3T1H O; 4BR6 A; 2F4V B; 2BE3 A; 4NYK A; 1QHT A; 2WLL A; 1AP5 A; 4E4E A; 3LDE A; 2LGQ A; 1I5X A; 4CH5 A; 5L3F A; 1IVS A; 3ASO C; 1KB9 F; 2Q0O C; 4FLT A; 3SPH A; 1V55 C; 2CE4 A; 1AJQ A; 3KKY A; 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