The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| total genus |
31
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| structure length |
87
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| sequence length |
87
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-12-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ZM6 O; 2UUB O; 4GKK O; 4A5U B; 1G1X B; 4LFA O; 4JI7 O; 4LFB O; 4KHP O; 2Z0A A; 4B3T O; 4DV2 O; 4DV3 O; 1AB3 A; 2DJV A; 3R66 A; 4JV5 O; 1X59 A; 1I94 O; 2HHH O; 4JYA O; 1IBK O; 2ZKO A; 5FLX N; 4X62 O; 1AIL A; 3J80 N; 1A32 A; 5BR8 O; 4JI5 O; 1HNX O; 1XEQ A; 5H5N A; 2DOS A; 2UXD O; 4LF7 O; 4B3R O; 2UUA O; 5LMN O; 4DR5 O; 3J7A U; 3JAM N; 3J81 N; 1IBL O; 4DUZ O; 1XNQ O; 4DR2 O; 4DR4 O; 1N32 O; 2UXC O; 4YHH O; 2E5L O; 4DV4 O; 1N34 O; 3SDL A; 4DV6 O; 1HNZ O; 1NS1 A; 3T1H O; 3O65 A; 5IT9 N; 4DR3 O; 5IWA O; 4X66 O; 3M8A A; 4DV0 O; 1FYJ A; 2UU9 O; 4JI6 O; 2N74 A; 4JI0 O; 1IBM O; 2VQE O; 4JI2 O; 4K0K O; 4JI8 O; 2AGA A; 4X64 O; 4LF6 O; 4DR1 O; 1N36 O; 2UUC O; 1KUQ A; 1HNW O; 1XNR O; 2F4V O; 4DV1 O; 1D2D A; 4OPH A; 2UXB O; 4DV7 O; 4JI1 O; 1J5E O; 4AQY O; 1XMO O; 1F7Y A; 3OTO O; 4NXN O; 2JRI A; 4DR6 O; 4DR7 O; 4YY3 O; 1R6T A; 4JI3 O; 1XMQ O; 1R1B A; 2VQF O; 4LFC O; 4DV5 O; 4B3M O; 3T1Y O; 1FKA O; 1FJG O; 1DK1 A; 2LW7 A; 4DUY O; 4OX9 O; 4B3S O; 2FKX A; 1HR0 O; 5BXZ A; 1N33 O; 4LF8 O; 5A2Q N; 3F5T A; 4GKJ O; 4OPA A; 4NXM O; 4LF9 O; 5LMU O; 5LL6 Y; 4X65 O; 3RT3 C; 4JI4 O; 4LF4 O; 5BY1 A; 1YZB A; 4LF5 O; #chains in the Genus database with same CATH topology 5H6Q A; 1BQZ A; 4PA4 A; 5CA0 B; 1YF2 A; 2CAZ C; 3B8N A; 1KKC A; 1NR7 A; 5HFM A; 1F23 A; 1QQC A; 2IM9 A; 4GX5 A; 3BY6 A; 4MS2 A; 3ZHU A; 3WFV A; 5BR8 O; 4P9P A; 2OT5 A; 1Y74 A; 4BIO A; 2EIK C; 3FYE B; 4MT8 A; 5LGU A; 2LJ2 A; 3WB0 A; 5LMU B; 2XAG A; 3EXA A; 4PDV A; 4FZ0 A; 4DW1 A; 4KP4 A; 1E1R G; 1WN7 A; 3DTU B; 1Q86 W; 3SPI A; 4LFB B; 3BA8 A; 1SF9 A; 4MVS A; 4P9O A; 4DK0 A; 3E83 A; 3ASO B; 3T4Z A; 1SQV H; 5CA0 A; 3CCE V; 3CRM A; 1NTM H; 3K58 A; 1M1K W; 1HDJ A; 4H44 B; 1NQT A; 3LSS A; 2HKO A; 5GTH Z; 3GB7 C; 3JAT B; 1QLN A; 4YHH B; 1Q6U A; 1P84 F; 5KHH A; 4I9Q A; 1QVF U; 4DV6 B; 1Y4M A; 3EHB B; 2JRI A; 3ZHR A; 4XBF A; 5AG2 A; 2UU9 B; 3U11 A; 4JI6 B; 1BE3 H; 4WCE V; 1NR1 A; 2VQF O; 4F6R B; 4LFC O; 4DV5 O; 1BHB A; 2A79 B; 1R3L C; 4LF8 O; 3BFR A; 3SPJ A; 3X2Q C; 4NXM O; 1XUQ A; 4JGS A; 1R6K A; 4K35 A; 3JAT A; 2H94 A; 1G4Y B; 3ZMV A; 3MAQ A; 5B1A C; 1NT2 B; 4UB8 Z; 3I5D A; 4JI7 O; 1XMQ B; 4OGQ B; 1S72 V; 1SET A; 1V9P A; 2DJV A; 5LHG A; 2Q9L A; 3R66 A; 5H2F Z; 2HHH O; 4F6R A; 5CN0 A; 3K5M A; 5KAI Z; 4B7K A; 2GSM B; 4J41 A; 3QO7 A; 3FB6 C; 4DR5 O; 3ZHT A; 2WSS G; 1PL4 A; 1RM1 C; 3C3S A; 2PF4 E; 1Z5V A; 2VWK A; 2XAF A; 2AW9 A; 1L0N H; 4FZ1 A; 1EZV H; 2QKC A; 2QTO A; 2VWJ A; 1I94 B; 4TV9 B; 1Q7Y W; 2IH1 C; 3M7M X; 4MVR A; 5FPR A; 3CME V; 2D2C B; 3UO3 A; 2EIN C; 4IT5 A; 3H1L H; 4NVP A; 3VQY A; 2ZXW B; 4JZG A; 4DR4 B; 5LHI A; 1I0H A; 4DV1 O; 1HW7 A; 4RQE A; 1K34 A; 4DV4 B; 5D5P A; 2P22 C; 3RWR D; 3OEH G; 5L3E A; 3T1H B; 1IDS A; 4UVC A; 4NXN O; 4FMT A; 1L1F A; 5CA3 A; 5B3S B; 5LGN A; 4O4H B; 2HG5 C; 2V7Q G; 4I50 B; 4TV9 A; 4JI0 B; 4TQD A; 3SPC A; 1QR9 A; 1FJG O; 3ZX6 A; 3FFQ A; 4TOI A; 3BVO A; 4GKJ O; 1N34 B; 3LNM B; 4GKK O; 4A5U B; 4PEL A; 3JD1 A; 4GLX A; 5K1X A; 3A0B Z; 3CC2 V; 1CXZ B; 1NBM G; 5CBG A; 4DV2 O; 1K9M W; 3ZED A; 5IY5 B; 2LQT A; 1NH2 B; 4X64 B; 2HR3 A; 4LF6 B; 4O4H A; 4P30 A; 5FLX N; 1OCZ C; 2HEP A; 4I50 A; 3CWB H; 4RAI A; 1HR0 B; 3VOU A; 2QWN B; 1GK9 A; 2K1E A; 1J5E B; 3DGE A; 3GWK C; 2B1I A; 1VMG A; 3JAM N; 1JOY A; 1XNQ O; 4NB5 A; 1H2S B; 4JAS A; 5L3D A; 1SKV A; 4LBE C; 2ADQ B; 3ETE A; 5LHH A; 4MTO A; 3O65 A; 3LSQ A; 1JFF B; 1W2B U; 3S3X A; 3AG3 B; 3JCZ A; 5KHG A; 3HKD B; 3H1K H; 1IBM O; 1BQ0 A; 3H01 A; 3VQX A; 2JEX A; 1RSO B; 1M5I A; 5GON B; 1T5E A; 4CS2 A; 5JH7 B; 4PHZ A; 3CCL V; 4UCT A; 4Q6G A; 4UV9 A; 4ICG A; 1SC5 B; 1OCO C; 2WAM A; 3UT5 A; 2Q73 A; 1NZ6 A; 4JI5 B; 3JSL A; 1EFR G; 1BGY H; 3CC4 V; 3JSN A; 2Q8V A; 2G38 A; 4RQF A; 4B3M O; 2Z5U A; 4U3J B; 4D7S A; 1KKD A; 1RFY A; 1JFF A; 1VQ6 V; 1MSD A; 3HKD A; 2R70 A; 1HNW B; 5F2V O; 2CDY A; 5B1B C; 4LF9 O; 1RSO A; 3K9S A; 3OTO B; 5GON A; 2CTW A; 2R9A A; 1KP2 A; 1N4C A; 1YVW A; 4TSF G; 4BWA A; 1YJ9 V; 4LF5 O; 3ABL B; 5JH7 A; 1R73 A; 3W7W A; 3CC7 V; 3CX5 F; 3FB5 C; 3C90 A; 4J9Z B; 1X59 A; 2WLN A; 4J9Y B; 3AG4 B; 3A0R A; 4OX9 B; 4H0L B; 2IH3 C; 4U3J A; 1RPR A; 1XBL A; 1QLE C; 4GCZ A; 2CGO A; 3ICX A; 4JAA A; 2ZM6 B; 4DUZ O; 2JS3 A; 1R6N A; 2Q4P A; 3B4S A; 5J2T B; 2ZDI C; 3CCM V; 4QIW F; 5IWA O; 1I5X A; 4X66 O; 2ARH A; 2CH7 B; 2NLJ C; 3FB7 C; 3B40 A; 4OXS A; 4TT3 G; 1WPX A; 1K4C C; 3A8T A; 3SYO A; 1BMF G; 3T2M A; 3ZN0 A; 3WG7 B; 3JAS B; 4DR2 B; 1U96 A; 4TUY B; 1OCC C; 4WFF A; 4AQY O; 1XMO O; 2E5L B; 4JV5 B; 2Q67 A; 1S0V A; 2N05 A; 3UKM A; 4N21 A; 3EFF K; 2Y4T A; 1H8H G; 1GN6 A; 3TGU H; 3JCU Z; 4LNU B; 5J2T A; 2ZE5 A; 4JI3 O; 1N0N A; 5KHK A; 3W7S A; 3SYC A; 3AG7 A; 2DW4 A; 4IGG A; 1KB9 F; 2CH7 A; 4EEQ A; 4ASU G; 2YID A; 5GTI Z; 5BXZ A; 4LH7 A; 2OIG A; 3OR7 C; 4IHJ B; 4O2A B; 3IGA C; 5KUM A; 3PN1 A; 4J7K A; 1ENV A; 3AG1 C; 3JAS A; 1XL4 A; 4KUM A; 2F23 A; 2QTS A; 4TUY A; 2YIB A; 3TXS A; 4DR6 B; 3RGB A; 2WLI B; 2EUL A; 4DR7 B; 3SPH A; 4UCO A; 4X8A A; 2CUG A; 4WFG A; 4HAM A; 3UQ8 A; 3E2E A; 4LNU A; 2CTP A; 4PJ0 Z; 3N27 A; 4X1Y B; 1Q90 D; 4LP8 A; 4PA6 A; 2EIJ B; 5B1N A; 2LW1 A; 4PDL A; 2ZNJ A; 4X1K B; 3DC6 A; 5KA6 A; 1IBL O; 2FB5 A; 4IHJ A; 4O2A A; 4P2Z A; 2QA4 V; 1XHX A; 2Q5Z A; 3VBB A; 3BEH A; 1GTO A; 2P90 A; 3ASO C; 5JCO A; 4JYA B; 1SZX A; 2WLI A; 4O4L B; 4AIL C; 3K0D A; 2V4D A; 4JI2 O; 2XHB A; 1VP7 A; 2WPD G; 2AGA A; 3SPG A; 4X1Y A; 5EIB C; 2W0F C; 1EN6 A; 3IAY A; 3W7X A; 2UXB O; 2XAH A; 2AZ2 A; 3G71 V; 1PV0 A; 2E3C A; 1G6U A; 4MVQ A; 4JYB A; 3APO A; 3ZIA G; 3JD2 A; 5LYJ B; 2YI8 A; 2RJZ A; 4JF3 A; 3E8H A; 3GWO A; 3OW2 U; 4JTD B; 4CBC A; 3OMI B; 2HLD G; 1PNL A; 4YJ2 B; 1M90 W; 4O4L A; 2MW2 B; 3JD3 A; 1EZJ A; 1V55 C; 5FL7 G; 1S3J A; 1U97 A; 3D36 A; 2AHZ A; 4RUE A; 1OZ0 A; 4Z1V A; 4YJ3 B; 3K57 A; 4J10 A; 2XAQ A; 2Y48 A; 4G28 B; 4J42 A; 5LXT B; 2QWR B; 1XI1 A; 4J11 A; 3CCQ V; 2UUB O; 4WBN B; 4LFA O; 4F4L A; 2OCH A; 4FJC C; 3OAA G; 1YSC A; 5LYJ A; 2Q68 A; 2RNB A; 3OEE G; 2IJK A; 4J7Z A; 3JAK B; 1JQ0 A; 3B2E E; 5LA6 B; 4R6Z A; 1YTF D; 1THZ A; 1XRE A; 2BOC C; 4YJ2 A; 1S5L Z; 1P4R A; 4UUJ C; 1NKD A; 4EKW A; 1SQB H; 3CCS V; 3P3P A; 1WP8 A; 3G80 A; 5E79 Z; 5B1O A; 5A9G A; 2QWO B; 2XTA A; 2ZE6 A; 4YJ3 A; 5J2U B; 4LWS B; 4K8X A; 1SQF A; 1DF4 A; 5LXT A; 1MZF A; 2DWD C; 1R3J C; 1SQP H; 4WBN A; 3K79 A; 3W7T A; 3WB1 A; 3LNN A; 1HNZ O; 4U7O A; 5EC2 C; 1K97 A; 4I0X B; 3K3W A; 3ZMS A; 1FS0 G; 5BR8 B; 3KCY A; 3STL C; 1MMM A; 4J80 A; 3JAK A; 5LA6 A; 4CH3 A; 1M57 C; 2IU0 A; 3CMA V; 1LR1 A; 3KZI Z; 5IYZ B; 4DR1 O; 2UUC O; 3CEI A; 2KSD A; 2ZXW C; 1US6 A; 1JJO A; 4GX2 A; 4G2K A; 1FPO A; 2E74 B; 2WA3 A; 5IJ9 B; 2B9Z A; 5J2U A; 3AK2 A; 1AVM A; 4LWS A; 4F6E A; 2DE0 X; 2ZCE A; 2YSU B; 3OMA B; 1GAX A; 2OCC B; 3MHS C; 2JK5 C; 5B3S C; 4YY3 O; 2YUA A; 1OJH A; 3CSX A; 2UXD B; 4LC1 A; 3KKY A; 1XDC A; 3MDS A; 4FM2 A; 4I0X A; 3SGI A; 2NR5 A; 1K7D A; 2ADP A; 3CYO A; 5L3C A; 4DK1 A; 3QF7 A; 4PD4 F; 1G8M A; 2PUS A; 3JD4 A; 1ROP A; 4FK5 C; 1MG1 A; 1VF6 C; 3K04 A; 4MVO A; 3ASN B; 3U0Z A; 5IYZ A; 4JI4 O; 4TQF A; 2QM7 A; 4FLZ A; 4I7Z B; 3CCV V; 1Q5O A; 5IJ9 A; 1GM7 A; 3T1C A; 4LFC B; 3ZHQ A; 4QGP A; 4DV5 B; 1K92 A; 1NVP B; 1YXB A; 4YIO A; 1VEW A; 5CMU A; 3ZRV A; 2B5U A; 1PPJ H; 4LF8 B; 4JI1 B; 4NXM B; 1ARO P; 1GH6 A; 1H2N A; 4LF7 O; 3E8B A; 1P49 A; 1OCR C; 1QU7 A; 4CH6 A; 2UUA O; 2YXH A; 4JI7 B; 1KU9 A; 5EC1 C; 1CEZ A; 3T1Y B; 2ITC C; 1RP3 B; 5BMV B; 3NR7 A; 5IT9 N; 4DYL A; 2F95 B; 2JEU A; 4JPR A; 4DO2 A; 2NN4 A; 2O57 A; 4JZ2 A; 2Y0I A; 5IE9 A; 3AG3 C; 5IYB O; 1VQK V; 2PTM A; 2VQE O; 1YIJ V; 3H1I H; 4JI8 O; 4DR5 B; 1KUQ A; 2QKS A; 2HVJ C; 3CRQ A; 4DV7 O; 5E1A C; 2GV9 A; 4LH6 A; 2XND G; 2X7R B; 2DMX A; 1PM9 A; 3I55 V; 3DC5 A; 4K8Z A; 2BOB C; 4MVZ A; 5BMV A; 2GHY A; 2IBZ H; 3CCU V; 3K0G A; 3L9D A; 4TWK A; 4PA3 A; 2F93 B; 2W6J G; 4WFB V; 4IYH A; 2EIK B; 2ZT9 B; 4DV1 B; 4JYY A; 4CH5 A; 3CB2 A; 4X65 O; 3RFR A; 1WA8 B; 1YZB A; 3AEI A; 4NXN B; 2R9R B; 1G1X B; 2W0X A; 3ABL C; 3ZHS A; 2BTQ B; 5KLV H; 5L3B A; 2X6B A; 4B3T O; 4QPJ A; 1FXK B; 1XQ8 A; 4UFZ A; 1NI8 A; 3ABK B; 1FJG B; 2W6I G; 4FLX A; 1KC8 W; 1H2K A; 4ABM A; 1AR1 B; 3AG4 C; 1SQQ H; 4GKJ B; 1WAZ A; 2EBO A; 3HR0 A; 4CC6 A; 1M4U A; 4H37 A; 4ZBM A; 2JVD A; 4GKK B; 3OMN B; 3CS5 A; 4MVM A; 4BIZ A; 1PD3 A; 2Q7G A; 4R7C A; 4EFE A; 4XDL A; 3SR2 C; 1WA8 A; 4DV2 B; 3OGI B; 4CC5 A; 2DN9 A; 4MSW C; 2EIL B; 1N34 O; 2BTQ A; 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4HBN A; 1N0J A; 2R72 A; 3OFN G; 4GT1 A; 2V1D A; 1AI7 A; 2GBO A; 2Q6A A; 3HPL C; 5KHI A; 2H3O A; 2H8P C; 4IYI A; 3SYQ A; 2LO1 A; 3ETG A; 4WF9 V; 1VQN V; 3E22 B; 3WB2 A; 3CJH B; 3H9V A; 1HNX B; 5IWA B; 4X66 B; 3FAV B; 1UJW B; 5KUK A; 3ZCC A; 1RPO A; 3O9O A; 2ZIN A; 4X20 B; 2XOK G; 4NTY A; 2DYS C; 4B08 A; 3LDD A; 5C8Y B; 5EYP A; 2YXL A; 3OTF A; 2FKX A; 2OWO A; 1IXB A; 4RUF A; 4AQY B; 1XMO B; 3QTC A; 4LF4 O; 2GUZ B; 3RYI B; 3QG5 A; 1TUB B; 3A0H Z; 4C7U A; 3UO2 A; 1R3I C; 1VQ7 V; 3E22 A; 1ZWI C; 4JI3 B; 4DV3 O; 3CJH A; 4LR3 A; 4JV5 O; 4I9W A; 3FAV A; 1QVG U; 1QNM A; 1IBK O; 2QEX V; 4X62 O; 3CRC A; 2ODM A; 4PA7 A; 4G27 B; 4X20 A; 2DWE C; 4FLY A; 1CP9 A; 5C8Y A; 4JYC A; 5H6R A; 3DSQ A; 3S3W A; 2XAJ A; 4BW5 A; 3LSU A; 1XHZ A; 2GUZ A; 3RYI A; 4K3A A; 4WFE A; 3ZMT A; 1TUB A; 1VIB A; 1P7B A; 4YXW G; 3FYI B; 2QWP B; 4DR3 O; 4TV8 B; 5KAF Z; 4FFK A; 2WLL B; 3TJT A; 1NH2 D; 5L3G A; 2QE7 G; 1Y67 A; 2E75 B; 2RMK B; 5BZB A; 1VF7 A; 4KHP B; 1XNR O; 2F4V O; 5B1B B; 1PL0 A; 5JVD B; 2JGD B; 2P4V A; 3EVK A; 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