The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
86
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sequence length |
275
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structure length |
268
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Chain Sequence |
NVPFWTEEHVRATLPERTYGTALLLAGSDDMPGAALLAGLGAMRSGLGKLVIGTSENVIPLIVPVLPEATYWRDGWKKAADAQLEETYRAIAIGPGLPQTESVQQAVDHVLTADCPVILDAGALAKRTYPKREGPVILTPHPGEFFRMTGVPVNELQKKRAEYAKEWAAQLQTVIVLKGNQTVIAFPDGDCWLNPTGNGALAKGGTGDTLTGMILGMLCCHEDPKHAVLNAVYLHGACAELWTDEHSAHTLLAHELSDILPRVWKRFE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of Bacillus subtilis YXKO--a member of the UPF0031 family and a putative kinase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Hypothetical 29.9 kDa protein in SIGY-CYDD intergenic region
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| source organism |
Bacillus subtilis
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| total genus |
86
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| structure length |
268
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| sequence length |
275
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| ec nomenclature |
ec
4.2.1.136: ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase. |
| pdb deposition date | 2002-02-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01256 | Carb_kinase | Carbohydrate kinase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5COJ A; 3GO6 A; 3RRE A; 1UA4 A; 3K9E A; 3RQ8 A; 1LIO A; 1ESJ A; 4XF7 A; 4S1H A; 3MBJ A; 3RM5 A; 1RFT A; 3RS8 A; 2JG1 A; 3Q1Y A; 2DDM A; 4E8Z A; 2HQQ A; 2I6A A; 2A9Y A; 4E8Y A; 1TZ6 A; 3RPZ A; 4E8W A; 2AWD A; 3QAI A; 3NBV A; 3RSQ A; 4YWR A; 3RTE A; 4JKS A; 4C5K A; 1EKK A; 2HW1 A; 2V78 A; 1U2X A; 2PKN A; 3B1R A; 4K9C A; 4LCA A; 3RU2 A; 3IBQ A; 2XTB A; 3UQE A; 4KAH A; 3KEU A; 1RFV A; 3PL2 A; 3GO7 A; 3HIC A; 2ABQ A; 3IKH A; 4B8R A; 1RKD A; 5BYC A; 3NM1 A; 3NC9 A; 4K8P A; 3RQ2 A; 3RTC A; 3B1O A; 2F02 A; 3IQ0 A; 3RRB A; 5BYF A; 3NC2 A; 4WJM A; 4U7X A; 2PKF A; 2DDO A; 3NL3 A; 3Q92 A; 4C5J A; 4LC4 A; 1ESQ A; 4XF6 A; 3UQD A; 4JJP A; 2AA0 A; 1VK4 A; 3NBW A; 4GM6 A; 3ZS7 A; 2R3E A; 4C5N A; 2NWH A; 3BF5 A; 3KTN A; 4KAN A; 3NCA A; 2AJR A; 2JG5 A; 2QCV A; 4X8F A; 5C3Z A; 2C4E A; 3PZS A; 3RRJ A; 1EKQ A; 4C5L A; 2AJP A; 5CGA A; 1JXI A; 2JGV A; 4N08 A; 2A9Z A; 5F11 A; 2AX3 A; 4EBU A; 5C3Y A; 1YHJ A; 2YXU A; 2AFB A; 4K8K A; 4LBX A; 4UBE A; 3RS9 A; 3IE7 A; 4E3A A; 4O1G A; 3RSG A; 3B1P A; 3GBU A; 4XCK A; 5TQI A; 4N09 A; 4O1L A; 1BX4 A; 3KD6 A; 3H49 A; 3IN1 A; 3LOO A; 4S1M A; 3RTD A; 2ABS A; 1TD2 A; 1UB0 A; 3FHX A; 4YL5 A; 1V19 A; 5B6A A; 4EUM A; 1VI9 A; 3BGK A; 5BYE A; 1TZ3 A; 4EN4 A; 4B8S A; 1C3Q A; 1V1B A; 3RQH A; 4S1I A; 3UQ9 A; 3DZV A; 3RO4 A; 1LHP A; 1YGJ A; 2F7K A; 2HLZ A; 3HPD A; 5BYD A; 5C41 A; 3NM3 A; 3NL2 A; 3HYO A; 1V1S A; 4K8C A; 3RQX A; 1DGM A; 2I6B A; 5CGE A; 3I3Y A; 3KZH A; 3RTG A; 4C5M A; 2RBC A; 3LJS A; 5EY7 A; 3CQD A; 3LKI A; 4K93 A; 3UQ6 A; 3N1C A; 3RT9 A; 4KAD A; 1L2L A; 2R3B A; 4LBG A; 3RTA A; 4E84 A; 5F0Z A; 1VM7 A; 3RT7 A; 4PVV A; 1RFU A; 2AB8 A; 3B3L A; 3UBO A; 1LIJ A; 1WYE A; 1TYY A; 3RU3 A; 3RY7 A; 3H74 A; 1RK2 A; 3RQ5 A; 3RQQ A; 3RRF A; 2PKM A; 1KYH A; 3JUL A; 4DU5 A; 3VAQ A; 3NL6 A; 4K9I A; 4K8T A; 1GC5 A; 3RQ6 A; 4DC3 A; 5TRW A; 1GQT A; 3LHX A; 3RSF A; 3RSS A; 1RKS A; 5EYN A; 1YGK A; 1LHR A; 3MBH A; 5CM5 A; 3QA2 A; 4S1I B; 2FV7 A; 1V1A A; 3FHY A; 1LIK A; 4KBE A; 4E69 A; 3K5W A; 3B1Q A; 4XDA A; 5C40 A; 3W4S A; 4KAL A; 3EWM A; 3UMP A; 2I5B A; 2C49 A; 4EOH A; 2YXT A; 3VAS A; 3OTX A; 2DCN A; 3RTB A; 4JKU A; 3DRW A; 3UMO A; 2DDW A; 1LII A; 3RPH A; 2PKK A; 3NL5 A; 2QHP A; 3B1N A; 1JXH A; 2VAR A; 3IH0 A; 1RKA A; 2Q5R A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3Q1Y A; 2HQQ A; 2I6A A; 2A9Y A; 3RSQ A; 4YWR A; 3RTE A; 4C5K A; 2V78 A; 2JFG A; 1U2X A; 3IBQ A; 3GO7 A; 1O5Z A; 1RKD A; 3NM1 A; 4K8P A; 3RTC A; 2Y1O A; 3B1O A; 3NC2 A; 2GCB A; 3ZL8 A; 2DDO A; 3NL3 A; 1ESQ A; 3NBW A; 2R3E A; 2NWH A; 3BF5 A; 3KTN A; 3ZM6 A; 2JG5 A; 2QCV A; 5C3Z A; 3PZS A; 3RRJ A; 5CGA A; 2A9Z A; 4BUB A; 5C3Y A; 4K8K A; 4LBX A; 4O1L A; 1BX4 A; 3LOO A; 1UB0 A; 5B6A A; 4EUM A; 1VI9 A; 4C12 A; 4S1I A; 3RO4 A; 5C41 A; 1EEH A; 2WTZ A; 4K8C A; 1DGM A; 5EY7 A; 3CQD A; 4K93 A; 2XJA A; 1P3D A; 3RT9 A; 2R3B A; 4LBG A; 2XPC A; 5A5F A; 5F0Z A; 4PVV A; 2AB8 A; 1LIJ A; 1TYY A; 3RU3 A; 1RK2 A; 3JUL A; 3NL6 A; 4UAG A; 4DC3 A; 5TRW A; 1RKS A; 2FV7 A; 2VTE A; 4KBE A; 4E69 A; 3W4S A; 4KAL A; 3UMP A; 3OTX A; 2DCN A; 2PKK A; 2QHP A; 3B1N A; 4S1H A; 3RM5 A; 1RFT A; 2DDM A; 4E8Y A; 1TZ6 A; 4E8W A; 2AWD A; 2HW1 A; 2JFF A; 2PKN A; 3B1R A; 3PL2 A; 4CVK A; 3NC9 A; 2VOS A; 4KAN A; 3NCA A; 2AJR A; 2C4E A; 4N08 A; 2GC5 A; 1YHJ A; 4E3A A; 3RSG A; 3GBU A; 4S1M A; 3IN1 A; 2ABS A; 4YL5 A; 1V19 A; 1TZ3 A; 4EN4 A; 1C3Q A; 3UQ9 A; 5BYD A; 3NM3 A; 3NL2 A; 3HYO A; 1V1S A; 2I6B A; 2UUO A; 2RBC A; 3NRS A; 3LKI A; 1L2L A; 4C13 A; 4E84 A; 3RT7 A; 1RFU A; 1JBW A; 3H74 A; 3RRF A; 2GCA A; 1P31 A; 4BUC A; 3RQ6 A; 3LHX A; 3RSS A; 5EYN A; 1YGK A; 1LHR A; 4S1I B; 2UAG A; 1LIK A; 3N2A A; 1W7K A; 4XDA A; 2C49 A; 2X5O A; 2JFH A; 3RTB A; 3DRW A; 3RPH A; 1JXH A; 3GO6 A; 2UUP A; 3K9E A; 3RQ8 A; 1LIO A; 1ESJ A; 3RS8 A; 2VOR A; 4E8Z A; 4JKS A; 3UQE A; 4KAH A; 3HIC A; 2ABQ A; 3IKH A; 4B8R A; 2F02 A; 4HV4 A; 3ZM5 A; 4U7X A; 1W78 A; 1JBV A; 2PKF A; 3EAG A; 1E0D A; 4LC4 A; 4X8F A; 3HN7 A; 1EKQ A; 5A5E A; 1JXI A; 2JGV A; 5F11 A; 2AX3 A; 4EBU A; 2AFB A; 3RS9 A; 2Y67 A; 1UAG A; 4XCK A; 5TQI A; 3H49 A; 1J6U A; 2Y68 A; 3RTD A; 3FHX A; 3BGK A; 3DZV A; 1YGJ A; 3PYZ A; 1GG4 A; 3KZH A; 4C5M A; 3LJS A; 2AM1 A; 3UQ6 A; 3N1C A; 4KAD A; 1VM7 A; 2WJP A; 3UBO A; 1WYE A; 3RY7 A; 3RQ5 A; 1KYH A; 3VAQ A; 4K8T A; 4QF5 A; 3UAG A; 5CM5 A; 3FHY A; 3K5W A; 3EWM A; 3NL5 A; 1GQQ A; 4JJP A; 1RKA A; 2Q5R A; 5COJ A; 3RRE A; 1UA4 A; 2GC6 A; 4XF7 A; 3MBJ A; 2JG1 A; 3RPZ A; 3QAI A; 3NBV A; 1EKK A; 4K9C A; 3RU2 A; 4LCA A; 2XTB A; 3KEU A; 1RFV A; 5BYC A; 3RQ2 A; 1GQY A; 3IQ0 A; 3RRB A; 5BYF A; 4WJM A; 3HJ6 A; 3QCZ A; 2Y66 A; 3Q92 A; 4C5J A; 4XF6 A; 3UQD A; 2AA0 A; 1VK4 A; 3ZS7 A; 4GM6 A; 4C5N A; 2AM2 A; 4C5L A; 2AJP A; 4QDI A; 1E8C A; 4UBE A; 2YXU A; 3IE7 A; 4O1G A; 3B1P A; 4CVM A; 4N09 A; 3KD6 A; 1TD2 A; 5BYE A; 4B8S A; 1V1B A; 3RQH A; 1LHP A; 2F7K A; 2HLZ A; 3HPD A; 3RQX A; 4CVL A; 3I3Y A; 5CGE A; 3RTG A; 2F00 A; 3RTA A; 3B3L A; 3RQQ A; 4DU5 A; 2PKM A; 4ZIY A; 4K9I A; 1GC5 A; 1GQT A; 3RSF A; 3MBH A; 3QA2 A; 1V1A A; 3LK7 A; 5C40 A; 3B1Q A; 2I5B A; 4EOH A; 2YXT A; 3VAS A; 3UMO A; 4JKU A; 2DDW A; 1LII A; 1FGS A; 2VAR A; 3IH0 A; 2VTD A; #chains in the Genus database with same CATH homology 5COJ A; 3GO6 A; 3RRE A; 1UA4 A; 3K9E A; 3RQ8 A; 1LIO A; 1ESJ A; 4XF7 A; 4S1H A; 3MBJ A; 3RM5 A; 1RFT A; 3RS8 A; 2JG1 A; 3Q1Y A; 2DDM A; 4E8Z A; 2HQQ A; 2I6A A; 2A9Y A; 4E8Y A; 1TZ6 A; 3RPZ A; 4E8W A; 2AWD A; 3QAI A; 3NBV A; 3RSQ A; 4YWR A; 3RTE A; 4JKS A; 4C5K A; 1EKK A; 2HW1 A; 2V78 A; 1U2X A; 2PKN A; 3B1R A; 4K9C A; 4LCA A; 3RU2 A; 3IBQ A; 2XTB A; 3UQE A; 4KAH A; 3KEU A; 1RFV A; 3PL2 A; 3GO7 A; 3HIC A; 2ABQ A; 3IKH A; 4B8R A; 1RKD A; 5BYC A; 3NM1 A; 3NC9 A; 4K8P A; 3RQ2 A; 3RTC A; 3B1O A; 2F02 A; 3IQ0 A; 3RRB A; 5BYF A; 3NC2 A; 4WJM A; 4U7X A; 2PKF A; 3HJ6 A; 2DDO A; 3NL3 A; 3Q92 A; 4C5J A; 4LC4 A; 1ESQ A; 4XF6 A; 3UQD A; 4JJP A; 2AA0 A; 1VK4 A; 3NBW A; 4GM6 A; 3ZS7 A; 2R3E A; 4C5N A; 2NWH A; 3BF5 A; 3KTN A; 4KAN A; 3NCA A; 2AJR A; 2JG5 A; 2QCV A; 4X8F A; 5C3Z A; 2C4E A; 3PZS A; 3RRJ A; 1EKQ A; 4C5L A; 2AJP A; 5CGA A; 1JXI A; 2JGV A; 4N08 A; 2A9Z A; 5F11 A; 2AX3 A; 4EBU A; 5C3Y A; 1YHJ A; 2YXU A; 2AFB A; 4K8K A; 4LBX A; 4UBE A; 3RS9 A; 3IE7 A; 4E3A A; 4O1G A; 3RSG A; 3B1P A; 3GBU A; 4XCK A; 5TQI A; 4N09 A; 4O1L A; 1BX4 A; 3KD6 A; 3H49 A; 3IN1 A; 3LOO A; 4S1M A; 3RTD A; 2ABS A; 1TD2 A; 1UB0 A; 3FHX A; 4YL5 A; 1V19 A; 5B6A A; 4EUM A; 1VI9 A; 3BGK A; 5BYE A; 1TZ3 A; 4EN4 A; 4B8S A; 1C3Q A; 1V1B A; 3RQH A; 4S1I A; 3UQ9 A; 3DZV A; 3RO4 A; 1LHP A; 1YGJ A; 2F7K A; 2HLZ A; 3HPD A; 5BYD A; 5C41 A; 3NM3 A; 3NL2 A; 3HYO A; 1V1S A; 4K8C A; 3RQX A; 1DGM A; 2I6B A; 5CGE A; 3I3Y A; 3KZH A; 3RTG A; 4C5M A; 2RBC A; 3LJS A; 5EY7 A; 3CQD A; 3LKI A; 4K93 A; 3UQ6 A; 3N1C A; 3RT9 A; 4KAD A; 1L2L A; 2R3B A; 4LBG A; 3RTA A; 4E84 A; 5F0Z A; 1VM7 A; 3RT7 A; 4PVV A; 1RFU A; 2AB8 A; 3B3L A; 3UBO A; 1LIJ A; 1WYE A; 1TYY A; 3RU3 A; 3RY7 A; 3H74 A; 1RK2 A; 3RQ5 A; 3RQQ A; 3RRF A; 2PKM A; 1KYH A; 3JUL A; 4DU5 A; 3VAQ A; 3NL6 A; 4K9I A; 4K8T A; 1GC5 A; 3RQ6 A; 4DC3 A; 5TRW A; 1GQT A; 3LHX A; 3RSF A; 3RSS A; 1RKS A; 5EYN A; 1YGK A; 1LHR A; 3MBH A; 5CM5 A; 3QA2 A; 4S1I B; 2FV7 A; 1V1A A; 3FHY A; 1LIK A; 4KBE A; 4E69 A; 3K5W A; 3B1Q A; 4XDA A; 5C40 A; 3W4S A; 4KAL A; 3EWM A; 3UMP A; 2I5B A; 2C49 A; 4EOH A; 2YXT A; 3VAS A; 3OTX A; 2DCN A; 3RTB A; 4JKU A; 3DRW A; 3UMO A; 2DDW A; 1LII A; 3RPH A; 2PKK A; 3NL5 A; 2QHP A; 3B1N A; 1JXH A; 2VAR A; 3IH0 A; 1RKA A; 2Q5R A;
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